Comparaison du matériel génétique des pathogènes pour expliquer les éclosions de maladies d’origine alimentaire

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

« Comparaison du matériel génétique des pathogènes pour expliquer les éclosions de maladies d’origine alimentaire », source Avis du BfR n°047/2019 du 28 novembre 2019.

Les aliments peuvent être contaminés par des pathogènes causant des maladies tels que des bactéries, virus ou parasites. Le commerce mondial des produits alimentaires signifie que les contaminations peuvent conduire à des épidémies dans des endroits éloignés les uns des autres. Les autorités réglementaires compétentes utilisent des méthodes moléculaires de laboratoire pour détecter rapidement les causes et les liens potentiels entre les incidences de la maladie. Ces méthodes sont également continuellement développées grâce à leur application.

L'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR) a abordé les questions pertinentes pour ce sujet et évalué dans quelle mesure les méthodes moléculaires de la procédure de séquençage de nouvelle génération conviennent à la détection des foyers de cas de maladie et quelles données devraient également être inclus. Cette évaluation sert principalement à toutes les autorités du secteur de la santé publique, de la sécurité sanitaire des aliments et de la médecine vétérinaire pour qu'elles décident quelle méthode convient détecter les éclosions d’origine alimentaire.

Le « séquençage de nouvelle génération (NGS pour Next Generation Sequencing) » représente la deuxième et troisième générations de séquençage de matériel génétique et offre la résolution la plus élevée possible pour déterminer la séquence nucléotidique de molécule ou du génome d'ADN. Les coûts des méthodes ont considérablement diminué ces dernières années.

Deux méthodes sont actuellement utilisées pour examiner les flambées de maladies:

1) Pour un pathogène facile à cultiver disponible sous forme pure, le séquençage du génome complet (WGS) a été établi dans le monde entier. Le matériel génétique de la bactérie responsable est isolée chez le patient et comparé par rapport aux isolats du même agent pathogène provenant d’aliments. Cela permet d'identifier et d'évaluer les plus petites différences de matériel génétique.

2) En revanche, dans le séquençage du métagénome complet (WMS pour whole metagenome sequencing), le matériel génétique est directement extrait d'un échantillon alimentaire qui contient souvent diverses bactéries. Les micro-organismes tels que les parasites ou les virus qui sont difficiles à cultiver ou ne peuvent pas être cultivés peuvent être détectés. Le séquençage du métagénome complet convient comme méthode de diagnostic initial si aucun pathogène spécifique est suspecté.

Pour expliquer les éclosions de maladies d'origine alimentaire, la consultaton des données épidémiologiques sur les pathogènes peuvent être nécessaires selon la méthode d'analyse appliquée. Avec ces données, il peut être évalué pour savoir si un pathogène vérifié appartient à une éclosion particulière. Dans les cas idéaux, l’explication des voies de transmission et la source de la contamination est possible.