Une étude écossaise améliore la compréhension des STEC non-O157

« Une étude écossaise améliore la compréhension des STEC non-O157 », source article de Joe Whitworth paru le 24 mars 2020 dans Food Safety News.

Des chercheurs en Écosse ont accru leurs connaissances sur les E. coli producteurs de shigatoxine (STEC) non-O157 dans le pays dans le cadre des travaux sur la gravité des maladies causées par ces souches bactériennes.

La Food Standards Scotland a commandé une étude pour améliorer la compréhension des STEC non-O157. Elle apporte une ressource pour la surveillance et lors de futures éclosions d'infection.

Les STEC non-O157 représentent 30 pour cent de toutes les STEC isolés en Écosse, mais aucune épidémie avec plus de cinq cas n'a été identifiée dans le pays. Les STEC non-O157 sont des souches de E. coli qui produisent également des shigatoxines (stx). Cependant, comme les souches non-O157 peuvent être plus difficiles à détecter, on connaît moins la gravité des maladies qu'elles provoquent. Les shigatoxines sont l'un des principaux facteurs de virulence, qui provoquent la diarrhée, la colite hémorragique et le syndrome hémolytique et urémique (SHU).

Un avis récent de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a révélé que toutes les souches de E. coli producteurs de shigatoxines sont pathogènes et potentiellement associées à une maladie grave.

Sérotypes trouvés

Le laboratoire de référence écossais des E. coli O157/STECS, le SERL, est responsable de l'identification et du typage des E. coli O157 et des autres STEC. En 2017, le SERL a introduit le séquençage du génome entier (WGS) comme principale méthode de typage pour cette étude.

Le SERL a séquencé le génome entier des isolats historiques de patients pour examiner le profil génétique des organismes impliqués dans la maladie en Écosse. Cela comprenait la recherche de différents gènes susceptibles d'être associés à une maladie plus grave, des gènes pouvant conférer une résistance aux antimicrobiens (RAM) et une parenté génétique des différentes souches.

Un total de 522 STEC non-O157 ont été identifiés sur une période de 16 ans et 88 sérotypes différents ont été retrouvés. Les sérotypes les plus courants étaient E. coli O26:H11 et E. coli O103:H2. Ce sont également les principaux sérotypes STEC non O157 en Europe et aux États-Unis. E. coli O145:H28 était le troisième sérotype le plus fréquemment détecté et a été responsable de petites éclosions écossaises.

E. coli O26:H11 représentait 27 pour cent, ou 141 sur 522, de tous les sérotypes observés de février 2002 à février 2018. Les sérotypes suivants les plus courants étaient O103:H2 avec 49 et O145:H28 avec 45. 47 sérotypes ont été retrouvés une seule fois.

Les 5 premiers sérotypes représentent 53% de tous les STEC analysés dans l'étude. E. coli O26 a été détecté chaque année depuis 2002 ; E. coli O103:H2 a été retrouvé chaque année depuis 2005 et E. coli O145:H28 a été identifié chaque année depuis 2007.

Gènes liés à une maladie grave

Les résultats indiquent que les souches non-O157 portant une série de différents types de stx et celles dépourvues du gène eae (intimine) sont capables de provoquer la maladie, montrant que ces marqueurs ne peuvent pas être utilisés isolément pour déterminer la pathogénicité.

Un total de 21 profils de sous-types stx différents ont été détectés. Stx1a seulement était le profil de sous-type le plus courant avec 176 sur 522 ou 33,7%, suivi de stx2a seulement avec 78 et stx2a stx1a avec 60. Près de 8% de la collection écossaise de STEC non-O157 portait le variant stx2f.

Sur les 176 STEC non-O157 hébergeant stx1a, 48,3% étaient O26:H11 et 26,7% étaient O103:H2. Sur 78 isolats ne contenant que du stx2a, 52,5% ou 41 d'entre eux étaient O145:H28.

Au total, 89 gènes de virulence (à l'exclusion des gènes stx) ont été détectés parmi les isolats.

Des gènes de résistance aux aminosides ont été retrouvés dans 85 des 92 isolats présentant une résistance. Des gènes de résistance aux sulfamides ont été retrouvés dans 75 des 92 isolats. Des gènes de résistance aux tétracyclines se sont produits dans 45 isolats. Aucun gène n'a été associé à la résistance à la colistine. Sur 92 isolats porteurs de gènes de résistance, 63 étaient multi-résistants, de même que la résistance à trois classes d'antibiotiques ou plus.

Une deuxième phase du projet va comparer le potentiel de maladie prévu avec les symptômes réels de chaque patient afin de déterminer si une approche d'évaluation du risque moléculaire pourrait appuyer les décisions sur les interventions de santé publique pour l'infection à STEC à l'avenir.

L'étude soutient la recherche de Health Protection Scotland pour comparer le profil génétique des STEC non-O157 dans les cas cliniques du pays avec les symptômes rapportés par ces patients. Cela fournira un aperçu de la gravité de la maladie causée par des souches STEC non-O157, aidant les autorités à avoir une approche moléculaire plus détaillée pour évaluer les risques associés à la détection des STEC dans les aliments.

NB : En 2019, en France métropolitaine, il faut noter une épidémie de SHU pédiatrique à E. coli O26 en lien avec la consommation de fromages Saint Marcellin et Saint Félicien qui a touché 15 enfants et un adulte, selon Santé publique de France. 

Voir ici pour les données 2018 en France du syndrome hémolytique et urémique.

De l'évolution de Listeria monocytogenes dans une usine de transformation des aliments

Cet article publié, en intégralité et gratuitement, dans la revue Applied and Environmental Microbiology a pour titre, « L'évolution de Listeria monocytogenes dans une usine de transformation des aliments implique des substitutions limitées d'un seul nucléotide mais une diversification considérable par le gain et la perte de prophages* ».

Résumé

Le séquençage du génome entier (WGS pour Whole-genome sequencing) devient la méthode standard pour le sous-typage de Listeria monocytogenes. L'interprétation des données WGS pour les isolats provenant des aliments et des environnements associés est cependant difficile en raison d'un manque de données détaillées sur l'évolution de Listeria dans les installations de transformation.

Ici, nous avons utilisé les données WGS précédemment collectées pour 40 isolats de L. monocytogenes obtenus dans une usine de transformation de saumon fumé à froid entre 1998 et 2015 pour démontrer l'évolution moléculaire de L. monocytogenes dans cette installation, combinée à une évaluation phénotypique d'isolats sélectionnés.

Les isolats représentaient trois clusters (1, 2 et 3) ; les isolats du groupe 3 (n = 32) ont été obtenus sur 18 ans. Le taux de mutation moyen pour le groupe 3 a été estimé à 1,15 × 10⁻⁷ changements par nucléotide par an (∼0,35 changements par génome par an) ; on estime que les ancêtres communs les plus récents des sous-groupes 3a et 3b se sont produits vers 1958 et 1974, respectivement, à l'âge de l'établissement, ce qui suggère une persistance sur le long terme dans cet établissement.

Une grande diversité de prophages a été observée dans les sous-clusters 3a et 3b, qui ont un profil de prophage partagé et six profils de prophage uniques pour chaque sous-cluster (avec 16 profils de prophage retrouvés parmi les 40 isolats). L'opéron de tolérance aux ammonium quaternaires bcrABC a été retrouvé dans tous les isolats des clusters 2 et 3, tandis que le gène de tolérance au désinfectant, le transposon qacH (tolérance aux ammonium quaternaires) a été retrouvé dans un isolat du cluster 1; la présence de ces gènes était corrélée à la capacité de survivre à des concentrations accrues de désinfectants.

Les isolats sélectionnés ont montré une variation significative dans la capacité de se fixer aux surfaces, les isolats persistants se fixant mieux que les isolats transitoires à 21°C.

Importance

Les connaissances sur l'évolution génétique de L. monocytogenes dans les installations de transformation alimentaire sur plusieurs années font généralement défaut.

Ces informations sont essentielles pour interpréter les résultats du WGS impliquant des aliments ou des isolats associés aux aliments.

Cette étude suggère que L. monocytogenes qui persiste dans les installations de transformation peut évoluer avec un faible taux de mutation d’un seul nucléotidique principalement dû à une sélection négative (c'est-à-dire purificatrice) mais avec une diversification rapide des prophages.

Par conséquent, l'isolement de L. monocytogenes avec peu de différences de polymorphisme d’un seul nucléotidique dans différents endroits (par exemple, les ateliers fournisseurs et les ateliers récepteurs) est possible, soulignant l'importance des métadonnées épidémiologiques et détaillées des isolats pour interpréter les données WGS dans l'enquête de traçabilité.

Notre étude montre également comment les analyses des données WGS avancées peuvent être utilisées pour soutenir les efforts d'analyse des causes profondes et peuvent, par exemple, localiser le moment où un événement de persistance a commencé (qui pourrait alors potentiellement être lié aux changements d'installations, à l'introduction de nouveaux équipements, etc. ).

Dans la conclusion, les auteurs notent,

Dans cette étude, nous avons montré que dans les conditions environnementales retrouvées dans une installation de fumage de poissons, L. monocytogenes évolue plus lentement que ce qui avait été estimé précédemment sur la base d'isolats humains et animaux.

De plus, nous avons également montré que la diversification du prophage est répandue et se produit beaucoup plus rapidement que la diversification d’un seul nucléotidique.

Par conséquent, l'isolement des souches de L. monocytogenes avec peu de différences du polymorphisme d’un seul nucléotidique à différents endroits (par exemple, les ateliers fournisseurs et les ateliers récepteurs) est possible, soulignant l'importance des métadonnées épidémiologiques et isolées détaillées pour interpréter les données du WGS dans les enquêtes de traçabilité. Par exemple, alors que l'isolement d'isolats presque identiques à partir d'équipements en contact avec les aliments immédiatement après désinfection serait un signe de persistance, l'isolement répété dans une zone de matières premières à fort trafic pendant la production pourrait également être dû à la réintroduction. Ce défi est soutenu par le fait que nous avons identifié un isolat étroitement lié au sous-cluster 3b, qui persistait dans l'établissement X évalué ici, dans un autre établissement voisin, semblable aux résultats d'une étude précédente qui a également identifié des isolats de L. monocytogenes étroitement apparentés (< 4 différences du polymorphisme d’un seul nucléotidique) dans des établissements de distribution dans deux États différents aux États-Unis. Bien que nous croyions que cette étude fournisse des résultats clés qui peuvent aider les services réglementaires et l'industrie alimentaire à mieux interpréter les données du WGS de L. monocytogenes provenant d’aliments et des isolats associés aux aliments, de futures études similaires dans des installations avec différentes conditions environnementales seront nécessaires pour fournir une plus large contexte et des résultats plus généralisables. Surtout, nos données suggèrent également que les estimations des ancêtres communs les plus récents pourraient être en mesure d'aider à identifier des événements spécifiques (par exemple, des expansions) qui pourraient avoir été associés à l'introduction de L. monocytogenes persistants ; cette approche peut être utile pour les efforts d'analyse des causes profondes.

*Un prophage est un génome de bactériophage inséré et intégré dans le chromosome d'ADN bactérien circulaire ou existe sous forme de plasmide extrachromosomique.

Une étude danoise montre que les infections à Campylobacter font souvent partie d’épidémies

« Une étude danoise montre que les infections à Campylobacter font souvent partie d’épidémies », source article de Joe Whitworth paru le 17 mars 2020 dansFood Safety News.

Selon une étude réalisée au Danemark, une grande partie des infections à Campylobacter ne sont pas sporadiques et peuvent être liées à des épidémies.

Les éclosions à Campylobacter sont rarement signalées, ce qui peut refléter les limites des tests de surveillance car le typage moléculaire n'est pas systématiquement effectué.

Des chercheurs ont séquencé le génome complet de 1 509 isolats de Campylobacter jejuni provenant de 774 patients et 735 sources alimentaires ou animales au Danemark de 2015 à 2017 pour déterminer la fréquence des cas groupés génétiques parmi les patients et pour trouver des liens avec des isolats provenant de viande de volaille, de poulets de chair, de bovins, de porcs et de chiens. Les 774 isolats de Campylobacter jejuni représentaient environ 10% des cas au cours de la période.

Les travaux, publiés dans Emerging Infectious Diseases, Whole-Genome Sequencing to Detect Numerous Campylobacter jejuni Outbreaks and Match Patient Isolates to Sources, Denmark, 2015–2017, ont trouvé de nombreux cas groupés puisque 366 des 774 isolats cliniques formaient 104 cas groupés ou clusters de plus de deux isolats.

Un total de 41 cas groupés de patients représentant 54% des patients correspondaient à une source potentielle, principalement des poulets ou des poulets de chair domestiques.

Trouver l’origine des petits clusters

Les isolats cliniques ont été fournis par quatre laboratoires de microbiologie clinique : l'hôpital universitaire d'Aalborg, l'hôpital Slagelse, l'hôpital universitaire Hvidovre et l'hôpital universitaire Odense. Ces laboratoires ont diagnostiqué environ 60% des cas à Campylobacter au Danemark.

Les isolats cliniques représentaient 673 cas d’infection acquises au pays, 60 cas d’infection associés aux voyages et 41 cas chez des personnes dont le statut de voyage était inconnu. Une grande partie des isolats cliniques correspondaient à ceux des poulets de chair domestiques et du poulet ou de la viande de poulet importée, confirmant que le poulet est une source majeure d'infections humaines.

Cas groupés importants et cas groupés petits et cas sporadiques. Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

Des isolats de Campylobacter jejuni provenant d'aliments et d'animaux ont été collectés par la Danish Veterinary and Food Administration. Au total, 735 isolats représentaient des animaux du Danemark, dont 27 porcs, 214 bovins et 150 poulets de chair ou viande au détail, comme 172 poulets domestiques, 111 poulets importés, neuf dindons importés, quatre canards domestiques et 22 canards importés.

Au total, 82 cas groupés étaient petits avec deux à quatre isolats cliniques et 22 cas groupés étaient grands qui comprenaient de cinq à 17 isolats cliniques. Deux seulement n'étaient pas associés à une source. En revanche, parmi des petits nombres de cas groupés, moins d'un tiers correspondait à un isolat source.

Les chercheurs ont dit que cela indique que la viande de poulet et les poulets de chair domestiques ne sont pas des sources dominantes des petits nombres de cas groupés et suggèrent qu'ils peuvent provenir d'aliments importés, d'aliments à moindre charge de contamination, de petits lots d'aliments moins largement distribués ou de sources non alimentaires telles que le contact direct avec les animaux ou des expositions environnementales.

Séquençage du génome entier et épidémiologie

Les scientifiques disent que le séquençage du génome complet ou WGS est un outil précieux pour améliorer la surveillance et la détection des épidémies à Campylobacter, mais une limite est la détection des épidémies multi-souches.

Les chercheurs ont trouvé deux exemples pour lesquels des cas groupés génétiquement distincts pourraient être liées par des données épidémiologiques. Le premier était une éclosion dans laquelle 14 isolats ont été séquencés dans le cadre d'une investigation. Ces isolats se sont divisés en deux cas groupés distincts respectivement de huit et six isolats cliniques. L'épidémie multi-souches a impliqué 100 écoliers à qui on avait servi du lait non pasteurisé dans une exploitation laitière.

Dans le second exemple, un échantillon d'un patient était positif pour deux souches appartenant à des cas groupés distincts. Les deux cas groupés ont été observés pour la même période de 2016, et chacun des isolats appariés provenait de la viande de poulets domestiques et de poulets de chair en quelques semaines et contenait des isolats cliniques des quatre régions. Les deux isolats provenant de poulets de chair représentant chacun des cas groupés provenaient du même abattoir; les poulets provenaient de deux élevages géographiquement proches.

Au total, 75 cas groupés contenaient des isolats d'origine clinique et alimentaire ou animale. Les isolats cliniques correspondaient le plus souvent à des isolats provenant de viande de poulets domestiques, de poulets de chair ou des deux, correspondant à 25 pour cent de tous les isolats cliniques de l'étude.

La viande de poulet et les isolats de poulets de chair d'un même groupe étaient souvent liés au même abattoir et certains provenaient du même élevage. Cependant, il était également courant que les isolats de cas groupés proviennent de différentes élevages.

Les cas groupés provenaient souvent de la détection d'un isolat alimentaire ou animal, suivis de la présence de plusieurs isolats cliniques sur quelques mois. Dans certains cas, le type de cas groupé a disparu pendant des mois et est réapparu plus tard chez de nouveaux patients.

Le travail a conduit à une surveillance continue basée sur des prélèvements de ≈10% des patients et il a démarré au Danemark pour détecter de grandes épidémies et les relier à des sources alimentaires ou animales afin de réduire l'incidence des infections à Campylobacter.

Des experts évaluent le potentiel du séquençage du génome complet pour la sécurité des aliments

« Des experts évaluent le potentiel du séquençage du génome complet pour la sécurité des aliments », source Food Safety News.

Selon un panel de l'EFSA, le séquençage du génome complet offre de nouvelles possibilités pour la détection et l'investigation des foyers épidémiques de cas de maladies infectieuses d'origine alimentaire, l'attribution de la source et l'identification des dangers.

L'avis scientifique du groupe d'experts sur les risques biologiques couvre l'utilisation du séquençage du génome complet (WGS) et de la métagénomique pour l'investigation des foyers épidémiques de cas, l'attribution de la source et l'évaluation des risques des pathogènes d'origine alimentaire. Les analyses coûts/bénéfices et les recommandations techniques sur l'utilisation du WGS et de la métagénomique n'ont pas été examinées.

Un certain nombre de recommandations ont été formulées par le panel de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), telles que des paramètres de normalisation et de contrôle de la qualité devraient être convenus au niveau international et validés pour prouver que les méthodes sont répétables, reproductibles et exactes.

Le panel a également conclu qu'une attention devrait être accordée au renforcement des capacités pour appliquer le WGS et la métagénomique dans les laboratoires européens et dans le monde entier afin d'aider à investiguer sur les épidémies transfrontalières et à développer des évaluations internationales standardisées des risques des micro-organismes d'origine alimentaire.

Relier les aliments aux infections

Une capacité accrue à associer des souches cliniques à des produits alimentaires contaminés permet aux patients d'être reliés à une épidémie, même lorsque différents aliments et zones géographiques sont impliqués ou qu'il s'agit d'infections historiques.

Il n'est pas prudent de définir des seuils absolus de différences de nucléotides pour l'inclusion et l'exclusion des isolats dans une épidémie, et des informations épidémiologiques devraient toujours être utilisées pour définir les épidémies, selon l'avis.

L'EFSA et l'ECDC ont déjà été invités par la Commission européenne à évaluer les plates-formes possibles pour la création et le fonctionnement d'une base de données pour collecter et analyser les données WGS pour Listeria monocytogenes, Salmonella et E. coli.

Le pouvoir discriminant du WGS pour la caractérisation des pathogènes est supérieur à celui des méthodes de typage moléculaire telles que l'électrophorèse en champ pulsé (PFGE) ou la MLVA.

Le polymorphisme mononucléotidique (SNP) et le typage de séquence multilocus (MLST) sont deux approches utilisées pour analyser les données WGS pour la détection des cas groupés ou clusters et l'investigation des épidémies, mais elles ne sont pas directement comparables.

Les résultats des approches basées sur SNP ne sont pas non plus directement comparables entre les laboratoires en raison du nombre de séquences incluses pour l'analyse, des paramètres de qualité utilisés par l'outil, du niveau élevé de discrimination et de la sélection du génome de référence.

MLST est appelée l'approche gène par gène et considère principalement les variations génétiques dans le core genome MLST (cgMLST) ou le génome complet MLST (wgMLST). Il existe des problèmes d'interopérabilité liés à l'utilisation de différents schémas et l'effet de différentes étapes analytiques sur la précision et la reproductibilité des profils alléliques n'est pas clair.

Utiliser la métagénomique

La métagénomique a le potentiel de détecter et de caractériser des micro-organismes non cultivables, difficiles à cultiver ou à croissance lente. L'utilisation pour l'investigation sur les foyéers épidémiques de cas est encore à un stade expérimental.

L'impact sur la future évaluation des risques des pathogènes d'origine alimentaire dépendra de la capacité à surmonter des contraintes telles que le manque de méthodes harmonisées, la faible sensibilité dans la détection de certains taxons dans l'échantillon et les limites liées à la spécificité des pathogènes cibles ou des communautés bactériennes. Les résultats dépendent du choix des flux de travail en laboratoire comme les protocoles d'extraction d'acides nucléiques et les stratégies de préparation des bibliothèques et du choix des pipelines bioinformatiques.

La shotgun métagénomique pourrait fournir des informations sur les déterminants génétiques hébergés par des bactéries pathogènes, ce qui en ferait une technique plus informative pour l'évaluation des risques.

Au cours de la période de transition de la mise en œuvre du WGS, il pourrait y avoir des difficultés dans l'échange de données. Selon l'avis, les différences dans les outils bioinformatiques, les bases de données utilisées et la nomenclature appliquée affecteront la comparabilité des résultats.

Normalisation et comparabilité

Les experts ont recommandé que les organisations internationales de normalisation fournissent des directives couvrant l'ensemble du processus, depuis l'extraction de l'ADN jusqu'au résultat final. Il est nécessaire de normaliser l'analyse des données WGS dans le but de développer un schéma universel de nomenclatures de souches et de bases de données partagées pour télécharger et comparer les séquences.

L'extraction de l'ADN, la préparation de bibliothèque et le séquençage par WGS fait partie de la norme ISO/CD 23418 en cours de développement. Cependant, la transparence sur les approches bioinformatiques, les séquences de référence et les développements logiciels pour l'analyse des données WGS est également requise.

Une analyse des forces, des faiblesses, des opportunités, des menaces sur l'utilisation du WGS et de la métagénomique pour le sérotypage de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) et de Salmonella a été effectuée.

Pour les STEC, les isolats non typables à l'aide du sérotypage classique et ceux présentant des réactions croisées non résolvables peuvent être attribués à un sérotype dérivé du génome à l'aide des données WGS. Le sérotypage WGS évite les problèmes de production et de contrôle de qualité des antisérums à forte intensité de ressources nécessitant des ressources et une expertise spécialisées.

Cependant, différents outils/bases de données et pipelines locaux sont utilisés pour prédire les sérotypes de Salmonella et de STEC et peuvent conduire à des résultats non comparables. Le WGS offre également une détermination génotypique du sérotype des STEC mais les gènes de virulence peuvent ne pas être exprimés.

Un financement limité pourrait entraver le développement, la gestion et la mise à jour des outils et des bases de données Internet pour l'analyse des données de séquençage. Une phase de transition des révisions du schéma White–Kauffmann–Le Minor pour Salmonella à adapter au WGS est attendue. Selon l'avis, cela pourrait nuire à la comparabilité des données de sérotypage échangées en raison de l'utilisation de différentes approches.

Entre-temps, l'EFSA a ouvert une période de consultation publique sur les recommandations à l'intention des demandeurs concernant l'analyse de la séquence du génome complet des micro-organismes ajoutés aux denrées alimentaires et aux aliments pour animaux.

L’utilisation de micro-organismes, tels que des bactéries, dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux doit être autorisée, sur la base de l’évaluation des risques de l’EFSA. Dans certains domaines, l'utilisation des données basées sur le WGS est une exigence pour l'évaluation des risques et les parties doivent utiliser cet outil pour préparer les demandes. La date limite pour soumettre des commentaires est le 28 février 2020.

Mise à jour. Voir la Consultationpublique sur les nouvelles recommandations aux pétitionnaires concernant l’analyse de la séquence du génome entier des microorganismes sur le site de l'EFSA.

Une épidémie à Campylobacter liée au poulet se poursuit au Danemark

« Une épidémie à Campylobacter liée au poulet se poursuit au Danemark », source article de Joe Whitworth paru le 16 janvier 2020 dans Food safety News.

Près de 90 personnes font partie d'une épidémie au Danemark à Campylobacter après avoir consommé de la viande de poulet d’un abattoir.

Le Statens Serum Institut (SSI), l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise (Fødevarestyrelsen) et le DTU Food - National Food Institute ont investigué sur l'épidémie à Campylobacter jejuni.

Dans le cadre d'un projet de l'année dernière impliquant le Département de microbiologie clinique (KMA) à Aalborg, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise et SSI, des isolats de Campylobacter provenant de patients diagnostiqués à Aalborg à partir de mars 2019 ont été collectés, envoyés au SSI et le génome complet a été séquencé.

Chute des infections vers la fin de l'année

Les isolats de Campylobacter ne sont pas systématiquement soumis et séquencés, de sorte que l'épidémie a probablement été détectée en raison du projet, selon les responsables. La séquence type 122 de Campylobacter jejuni a été identifiée chez des patients par séquençage du génome complet.

Ce type a également été retrouvé dans de la viande de poulet d'un abattoir appartenant à HKScan à Vinderup, une ville du nord-ouest du Jutland. Les produits de ce site sont vendus dans toutes les grandes chaînes de magasins danoises. Il a été précédemment révélé que l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise avait envoyé des agents pour aider l'entreprise à rechercher et à éliminer la source d'infection.

Entre février 2019 et le 9 janvier 2020, 88 patients avec le même type de Campylobacter ont été identifiés. Parmi les malades, 35 femmes et 53 hommes âgés de 2 à 91 ans. L'épidémie semble diminuer avec moins de cas d'infection vers la fin de 2019.

Steen Ethelberg, de SSI, a déclaré que le projet s'est déroulé en 2019 mais se poursuivra sous une forme modérée en 2020. Les isolats humains du laboratoire clinique d'Aalborg seront séquencés en temps réel cette année.

« Nous continuerons à le suivre, mais il est principalement entre les mains de la Danish Veterinary and Food Administration. Il a travaillé avec l'industrie pour contenir et arrêter l'épidémie. Il n'est pas tout à fait clair si elle est finie, mais le nombre de nouveaux cas a diminué », a-t-il déclaré à Food Safety News.

Meilleure compréhension de l'épidémie

Ethelberg a déclaré que le séquençage des isolats de Campylobacter nous avait beaucoup appris, mais que les partenaires du projet n'avaient pas encore eu la chance de se rencontrer, de discuter et de digérer toutes les données. Une publication scientifique est prévue sur les résultats.

« Nous avons eu une reconfirmation du fait que de nombreux cas groupés et d’épidémies jusqu'ici inconnus ont été découverts par le séquençage et que les produits de poulet sur le marché peuvent être associés à une partie de ceux-ci. Nous avons également découvert une énorme épidémie. Nous n'aurions probablement pas compris cela aussi bien que nous le faisons sans le séquençage. »

Campylobacter est la principale cause d'infections intestinales bactériennes au Danemark. En 2019, 5 300 cas ont été enregistrés, en hausse par rapport aux 4 500 infections enregistrées en 2018.

« Campylobacter est une grande préoccupation. Les chiffres ont tendance à augmenter ou à diminuer avec quelques centaines de cas d'année en année, ce qui est probablement une variation naturelle. En 2019, nous pensons qu'une partie de l'explication de l'augmentation est la grande épidémie », a déclaré Ethelberg.

« Les cas que nous avons dénombré sont basés sur le nombre d'isolats séquencés, donc en réalité il pourrait y avoir plusieurs fois plus de cas si nous supposons que l'épidémie a affecté l'ensemble du pays. Et encore une fois, nous n'aurions pas compris cela sans le séquençage. »