Une étude danoise montre que les infections à Campylobacter font souvent partie d’épidémies

« Une étude danoise montre que les infections à Campylobacter font souvent partie d’épidémies », source article de Joe Whitworth paru le 17 mars 2020 dansFood Safety News.

Selon une étude réalisée au Danemark, une grande partie des infections à Campylobacter ne sont pas sporadiques et peuvent être liées à des épidémies.

Les éclosions à Campylobacter sont rarement signalées, ce qui peut refléter les limites des tests de surveillance car le typage moléculaire n'est pas systématiquement effectué.

Des chercheurs ont séquencé le génome complet de 1 509 isolats de Campylobacter jejuni provenant de 774 patients et 735 sources alimentaires ou animales au Danemark de 2015 à 2017 pour déterminer la fréquence des cas groupés génétiques parmi les patients et pour trouver des liens avec des isolats provenant de viande de volaille, de poulets de chair, de bovins, de porcs et de chiens. Les 774 isolats de Campylobacter jejuni représentaient environ 10% des cas au cours de la période.

Les travaux, publiés dans Emerging Infectious Diseases, Whole-Genome Sequencing to Detect Numerous Campylobacter jejuni Outbreaks and Match Patient Isolates to Sources, Denmark, 2015–2017, ont trouvé de nombreux cas groupés puisque 366 des 774 isolats cliniques formaient 104 cas groupés ou clusters de plus de deux isolats.

Un total de 41 cas groupés de patients représentant 54% des patients correspondaient à une source potentielle, principalement des poulets ou des poulets de chair domestiques.

Trouver l’origine des petits clusters

Les isolats cliniques ont été fournis par quatre laboratoires de microbiologie clinique : l'hôpital universitaire d'Aalborg, l'hôpital Slagelse, l'hôpital universitaire Hvidovre et l'hôpital universitaire Odense. Ces laboratoires ont diagnostiqué environ 60% des cas à Campylobacter au Danemark.

Les isolats cliniques représentaient 673 cas d’infection acquises au pays, 60 cas d’infection associés aux voyages et 41 cas chez des personnes dont le statut de voyage était inconnu. Une grande partie des isolats cliniques correspondaient à ceux des poulets de chair domestiques et du poulet ou de la viande de poulet importée, confirmant que le poulet est une source majeure d'infections humaines.

Cas groupés importants et cas groupés petits et cas sporadiques. Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

Des isolats de Campylobacter jejuni provenant d'aliments et d'animaux ont été collectés par la Danish Veterinary and Food Administration. Au total, 735 isolats représentaient des animaux du Danemark, dont 27 porcs, 214 bovins et 150 poulets de chair ou viande au détail, comme 172 poulets domestiques, 111 poulets importés, neuf dindons importés, quatre canards domestiques et 22 canards importés.

Au total, 82 cas groupés étaient petits avec deux à quatre isolats cliniques et 22 cas groupés étaient grands qui comprenaient de cinq à 17 isolats cliniques. Deux seulement n'étaient pas associés à une source. En revanche, parmi des petits nombres de cas groupés, moins d'un tiers correspondait à un isolat source.

Les chercheurs ont dit que cela indique que la viande de poulet et les poulets de chair domestiques ne sont pas des sources dominantes des petits nombres de cas groupés et suggèrent qu'ils peuvent provenir d'aliments importés, d'aliments à moindre charge de contamination, de petits lots d'aliments moins largement distribués ou de sources non alimentaires telles que le contact direct avec les animaux ou des expositions environnementales.

Séquençage du génome entier et épidémiologie

Les scientifiques disent que le séquençage du génome complet ou WGS est un outil précieux pour améliorer la surveillance et la détection des épidémies à Campylobacter, mais une limite est la détection des épidémies multi-souches.

Les chercheurs ont trouvé deux exemples pour lesquels des cas groupés génétiquement distincts pourraient être liées par des données épidémiologiques. Le premier était une éclosion dans laquelle 14 isolats ont été séquencés dans le cadre d'une investigation. Ces isolats se sont divisés en deux cas groupés distincts respectivement de huit et six isolats cliniques. L'épidémie multi-souches a impliqué 100 écoliers à qui on avait servi du lait non pasteurisé dans une exploitation laitière.

Dans le second exemple, un échantillon d'un patient était positif pour deux souches appartenant à des cas groupés distincts. Les deux cas groupés ont été observés pour la même période de 2016, et chacun des isolats appariés provenait de la viande de poulets domestiques et de poulets de chair en quelques semaines et contenait des isolats cliniques des quatre régions. Les deux isolats provenant de poulets de chair représentant chacun des cas groupés provenaient du même abattoir; les poulets provenaient de deux élevages géographiquement proches.

Au total, 75 cas groupés contenaient des isolats d'origine clinique et alimentaire ou animale. Les isolats cliniques correspondaient le plus souvent à des isolats provenant de viande de poulets domestiques, de poulets de chair ou des deux, correspondant à 25 pour cent de tous les isolats cliniques de l'étude.

La viande de poulet et les isolats de poulets de chair d'un même groupe étaient souvent liés au même abattoir et certains provenaient du même élevage. Cependant, il était également courant que les isolats de cas groupés proviennent de différentes élevages.

Les cas groupés provenaient souvent de la détection d'un isolat alimentaire ou animal, suivis de la présence de plusieurs isolats cliniques sur quelques mois. Dans certains cas, le type de cas groupé a disparu pendant des mois et est réapparu plus tard chez de nouveaux patients.

Le travail a conduit à une surveillance continue basée sur des prélèvements de ≈10% des patients et il a démarré au Danemark pour détecter de grandes épidémies et les relier à des sources alimentaires ou animales afin de réduire l'incidence des infections à Campylobacter.