Le séquençage du génome complet aide le Danemark à révéler une épidémie à Campylobacter

« Le projet WGS aide le Danemark à révéler une épidémie à Campylobacter », source article de Joe Whitworth publié le 26 juillet 2019 dans Food Safety News.

Au Danemark, 50 personnes sont tombées malades à cause de Campylobacter après avoir consommé de la viande de poulet, mais les autorités estiment que le nombre réel de patients pourrait être beaucoup plus élevé.

Le Statens Serum Institut (SSI), l'administration vétérinaire et alimentaire danoise (Fødevarestyrelsen) et le DTU Food - Institut national de l'alimentation investiguent sur l'épidémie à Campylobacter jejuni.

Campylobacter est la principale cause d'infections bactériennes intestinales au Danemark et plus de 4 500 cas ont été enregistrés en 2018.

Le même type de Campylobacter, séquence de type 122, identifié chez des patients par séquençage du génome complet (WGS pour whole genome sequencing) a également été retrouvé dans de la viande de poulet provenant d'un abattoir, appelé HKScan à Vinderup, une ville du nord-ouest du Jutland.

HKScan est une entreprise de viande et de plats nordiques employant plus de 600 personnes au Danemark dans des unités de production à Vinderup et Skovsgaard. L’administration danoise des aliments et des produits vétérinaires poursuit son investigation et des responsables ont été envoyés pour aider l’entreprise à suivre et à éliminer la source de l’infection.

Recherche sur les origines de Campylobacter

Les personnes malades sont 20 femmes et 30 hommes âgés de 14 à 87 ans avec un âge médian de 49 ans.

Dans le cadre d'un projet de cette année associant le département de microbiologie clinique (KMA) d'Aalborg, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise et SSI, des isolats de Campylobacter provenant de patients diagnostiqués à Aalborg depuis mars 2019 ont été collectés, envoyés à SSI et le génome complet a été séquencé.

Les isolats de Campylobacter ne sont pas systématiquement soumis et séquencés, de sorte que l'épidémie a été détectée en raison du projet et pourrait sinon être passée inaperçue. Dans le passé, il était difficile de détecter et de résoudre de telles épidémies.

Certains isolats proviennent également d’autres isolats de KMA dans le cadre du projet danois intégré de surveillance et de recherche sur la résistance aux antimicrobiens (DANMAP pour Danish Integrated Antimicrobial Resistance Monitoring and Research Programme).

Steen Ethelberg, chef de section Épidémiologie et prévention des maladies infectieuses au SSI, a dit que les patients étaient tombés malades au cours des deux derniers mois et que des cas étaient toujours signalés.

« L'estimation la plus récente du nombre de cas supplémentaires dans la population par rapport aux cas contrôlés en laboratoire diagnostiqués est un facteur de 12, donc il y aurait plus de cas qui sont réellement malades dans d’autres éclosions », a-t-il déclaré à Food Safety News.

« Si nous connaissons cette épidémie, c'est parce que nous menons un projet dans une partie du pays où tous les isolats de patients sont collectés et soumis au séquençage du génome complet. Étant donné que l'épidémie est principalement basée sur l'un des 10 laboratoires, vous pouvez vous attendre à des patients dans tout le pays. Il semble probable qu'il pourrait y avoir plus de cas et nous avons également détecté des cas groupés plus petits dans le projet. »

Ethelberg a déclaré que le projet essayait de voir comment le WGS pourrait être utile pour comprendre Campylobacter.

« Il s’agit de collecter des isolats de patients dans un laboratoire, d’analyser simultanément la viande de poulet et de soumettre les isolats de Campylobacter dans la viande de poulet au WGS, puis de comparer les séquences. Dans le cadre du projet, nous étudions l'étiologie de Campylobacter mais nous observons également des épidémies en temps réel. Cette épidémie est suffisamment importante pour que nous pensions qu'elle devrait être signalée au public, mais dans un sens, elle n'est pas si différente, car nous savons que de nombreuses personnes sont atteintes de Campylobacter provenant de produits de volaille. »

Investigation de la Danish Veterinary and Food Administration (DVFA)

L'Administration vétérinaire et alimentaire danoise a prélevé des échantillons sur différentes coupes de poulet provenant de différents magasins pour la recherche de Campylobacter et les a séquencés.

Annette Perge, de l'agence, a déclaré à Food Safety News qu'il était encore trop tôt pour conclure que l'épidémie était terminée.

« L'abattoir produit des produits frais et congelés. Nous ne pouvons donc pas exclure que des produits puissent encore être sur le marché ou être achetés et stockés congelés chez des particuliers. Sur la base d’interviews de patients, il n’a pas été possible de mettre en évidence des produits, des lieux d’achat ou des périodes d’achat spécifiques », a-t-elle déclaré.

« En outre, il n’existe aucune obligation légale stipulant que Campylobacter est interdit dans la viande de volaille. Cependant, même sans exigences légales, les aliments utilisés comme prévu ne doivent pas provoquer de maladie. L'abattoir est un grand établissement et leurs produits sont vendus dans toutes les grandes chaînes de magasins danoises. »

L'agence ne sait pas encore si le lien était limité à une exploitation agricole ou à un établissement, selon Perge.

« Le lien entre les isolats alimentaires et les échantillons de routine prélevés à l'abattoir, des échantillons de peau de cuisse de poulets prélevés régulièrement pour des analyses et les isolats de patients a été observé lors de la comparaison des résultats du séquençage du génome complet. Cependant, il n'a pas été possible de vérifier le lien par le biais d'entretiens avec des patients.

« Nous n'avons aucune indication que cette épidémie soit due à une contamination persistante dans l'abattoir. Ils ont été autorisés à continuer la production. Ils nous aident de toutes les manières possibles à résoudre le cas. »

Perge a déclaré que des échantillons de poulets provenant d'une exploitation agricole spécifique présentaient une ressemblance étroite avec les patients.

« L'équipe d’audit a visité l’exploitation agricole et l’abattoir et des corrections ont été apportées aux pratiques. À l'heure actuelle, aucun poulet n'est livré à l'abattage car ils ne sont pas encore assez âgés. La viande de poulets abattus dans cette exploitation agricole sera analysée pour la recherche de Campylobacter et les isolats éventuels seront séquencés et comparés à la souche épidémique. Si la viande contient un plus grand nombre de Campylobacter, l'utilisation de la viande sera restreinte. »

Le secteur alimentaire en mutation pourrait avoir un impact sur les risques de sécurité microbiologique des aliments

« Le secteur alimentaire en mutation pourrait avoir un impact sur les risques de sécurité microbiologique », source Food Safety News.

Les changements dans la manière dont les aliments sont produits, transformés et offerts aux consommateurs pourraient affecter la sécurité des aliments, selon une société de microbiologie du Royaume-Uni.

Un exposé de la Society for Applied Microbiology (SfAM) a examiné les développements récents et à venir dans la transformation des aliments, la fabrication des aliments et la chaîne d'approvisionnement, ce qui aura un impact sur les risques liés aux micro-organismes dangereux, tels que les bactéries et les virus et leurs toxines dans les aliments.

Le rapport a révélé que les innovations futures dans le processus de fabrication, en particulier la détection, le contrôle, le conditionnement et le stockage des microbes seraient cruciales pour lutter contre les menaces que les micro-organismes et leurs toxines font peser sur la sécurité des aliments.

Les ‘microbiologistes’ jouent un rôle dans l'identification, la compréhension et la lutte contre les microbes et leurs toxines. La microbiologie a des applications allant des activités à la ferme et dans la fabrication d'aliments aux distributeurs et aux comportements des consommateurs à la maison.

Rôle de l'automatisation

Selon le rapport, la fabrication évolue vers des processus automatisés de plus en plus complexes, utilisant des approches robotiques et numériques avancées. L'industrie de la viande utilise déjà l'analyse d'images vidéo pour évaluer la qualité des carcasses.

L'automatisation complète présente des avantages potentiels en termes de sécurité des aliments, tels que la nécessité de réduire le nombre de salariés réduisant le risque de contamination via la manipulation manuelle, selon la SfAM. Cependant, la formation de biofilms sur des machines est un challenge important dans la transformation des aliments qui doit être résolu. La nécessité de s'attaquer aux biofilms deviendra plus importante à mesure que les lignes de production automatisées fonctionnant 24 heures sur 24 deviendront de plus en plus courantes et que des machines plus sophistiquées seront utilisées, telles que la robotique et les imprimantes 3D.

Le National Biofilms Innovation Centre (NBIC) du Royaume-Uni a été créé en 2017 pour comprendre les biofilms. Les projets de sécurité des aliments annoncés en 2018 se concentrent sur l'utilisation de la lumière bleue et du plasma pour prévenir et éliminer le revêtement produit par certains micro-organismes lorsqu'ils adhèrent aux surfaces telles que le métal, le plastique ou les aliments. Les biofilms sont difficiles à enlever car ils peuvent résister aux produits chimiques et peuvent se former dans des zones difficiles à atteindre.

Les technologies génomiques telles que le séquençage du génome complet (WGS pour Whole Genome Sequencing) sont rapides et efficaces pour investiguer les épidémies de maladies d'origine alimentaire. Alors que cette technologie était coûteuse et réalisée par un nombre limité de laboratoires, elle est maintenant plus rentable et peut être mise en œuvre avec une formation minimale.

Les appareils portables de WGS sont maintenant utilisés pour la recherche d'agents pathogènes d'origine alimentaire. Dans un proche avenir, il est plausible que ces appareils fonctionnent avec une batterie de téléphone portable et puissent être utilisés pratiquement n'importe où. Toutefois, à mesure que cette technologie devient de plus en plus accessible, il est important que les utilisateurs soient suffisamment formés pour interpréter les données qu'ils produisent.

Une autre approche est l'utilisation de l'intelligence artificielle (IA) et de l'apprentissage automatique. Le séquençage du génome complet et l'utilisation de mégadonnées et de l'IA pourraient transformer les stratégies de santé publique visant à prévenir les maladies et à réagir rapidement aux épidémies, selon la SfAM.

Le rapport a révélé que les algorithmes devraient pouvoir prendre en compte des informations telles que la manière dont les micro-organismes interagissent avec différents environnements et matrices alimentaires, les changements de durée de stockage et de température et si les consommateurs visés appartiennent à un groupe vulnérable, comme les patients hospitalisés.

IBM et Mars collectent des données sur les microbiomes de divers ingrédients de la chaîne d’approvisionnement dans le cadre du consortium SFSCC (Sequencing the Food Supply Chain Consortium). Détecter un changement d'un microbiome « normal » dans la chaîne alimentaire peut révéler des problèmes potentiels tels qu’une contamination. En 2017, la SFSCC a déclaré qu'elle appliquait cette approche à l'industrie laitière aux États-Unis.

Blockchain et bactériophages

L'utilisation de la technologie des « registres distribués » (DLT pour distributed ledger technology), telle que la blockchain, gagne rapidement du terrain dans le secteur agroalimentaire. Nestlé, Unilever et IBM l'utilisent déjà pour la traçabilité et la transparence des chaînes d'approvisionnement alimentaire.

La blockchain pourrait promouvoir la normalisation des données dans l’industrie alimentaire, mais son utilité dépendra de la qualité des données. Les inspections, audits et analyses de routine resteront la méthode la plus importante pour garantir la sécurité des pratiques de l’industrie alimentaire, a déclaré la SfAM.

Les bactériophages, virus infectant de manière sélective les bactéries, mais ni les humains, ni les animaux, sont à l’étude pour décontaminer les aliments. Les phages ont été généralement reconnus comme sûrs (GRAS pour Generally Recognized as Safe) par la Food and Drug Administration des Etats-Unis et sont utilisés depuis le milieu des années 2000.

Le rapport a révélé que l’un des obstacles à leur utilisation au Royaume-Uni était leur acceptation par le public dans la chaîne alimentaire et que des enseignements pourraient être tirés de l’irradiation des aliments.

« À mesure que la chaîne d'approvisionnement alimentaire deviendra de plus en plus complexe et offrira de nombreuses façons aux consommateurs de recevoir des aliments, le risque de contamination changera et les services réglementaires devront s'adapter pour faire face aux nouveaux défis », selon le briefing.

« En outre, les responsables locaux de la santé environnementale et les autres responsables de la réglementation doivent bénéficier d’un soutien suffisant pour comprendre les tendances changeantes en matière de transformation et d’achat des aliments, leur incidence sur les risques microbiologiques dans leur région et les technologies utilisées pour les maîtriser. Cela se traduit par un besoin de renforcer et de maintenir la base de compétences du Royaume-Uni en microbiologie alimentaire afin de suivre l'évolution rapide de l'environnement des consommateurs. »

La sécurité et qualité sanitaires de l'alimentation en France à l'horizon 2020, pas de quoi s'enthousiasmer, on fait avec ce qu'on a ...

Une note de service de la DGAL (DGAL/SDPRAT/2019-566) du 25 juillet 2019 nous informe de la « Stratégie et les orientations générales des missions relevant de la « Sécurité et qualité sanitaires de l'alimentation » pour l'année 2020. »

Cette instruction présente la stratégie et les orientations générales des missions relevant du programme 206 « Sécurité et qualité sanitaires de l'alimentation » pour l'année 2020. 

En introduction, après avoir cité quelques crises sanitaires, on peut lire,

C’est pour prévenir de nouvelles crises sanitaires que nous devons engager, avec nos partenaires, une transformation des modèles de production en faveur de l’amélioration de leurs performances économique, environnementale, sociale mais aussi sanitaire. La performance sanitaire doit ainsi devenir un enjeu majeur de compétitivité de nos systèmes de production. 

Je  crois que le directeur général pensait aux steaks hachés frauduleux …

Des inspections plus efficaces, dans l’objectif de responsabiliser davantage les professionnels et d’améliorer la santé et la sécurité au travail des inspecteurs

L'ensemble des inspections devront être menées dans un objectif de responsabilisation des professionnels. Si la politique des suites s’est globalement améliorée ces dernières années, comme l’a relevé la Cour des comptes lors de son contrôle relatif à la sécurité sanitaire de l’alimentation de 2018, il convient de poursuivre les efforts engagés en ce sens. Aussi, continuerons-nous de suivre avec attention, à l’aide d’indicateurs de performance spécifiques que vous retrouverez en annexe, la mise en œuvre des suites à donner aux inspections relevant des non-conformités.

On jugera sur pièces …

Une meilleure anticipation dans la gestion des alertes sanitaires et des foyers d’organismes nuisibles aux végétaux et de maladies animales 

Les crises sanitaires récentes ont mis en évidence l’intérêt de s’adapter et de renforcer les dispositifs de gestion. (…) 

Dans le domaine de la sécurité sanitaire, il convient de réviser le guide d'aide à la gestion des alertes à la lumière des recommandations du CNC et du CNA, émises suite aux retours d'expérience des crises Lactalis et fipronil, et de poursuivre les travaux d'organisation de crise tout au long de la chaîne de commandement (du niveau central, régional et local).

Il s’agit des avis de rappels. Au final, c’est le changement dans la continuité et les consommateurs seront encore une fois les laissés pour compte de l’attentisme de l’administration …

Des orientations à venir à la suite du rapport de la mission inter-inspections sur l’organisation des contrôles relatifs à la sécurité sanitaire des aliments 

La gouvernance de la sécurité sanitaire des aliments a fait l’objet de plusieurs rapports au cours de ces dernières années, de la Cour des Comptes mais aussi du Parlement. Dans ce contexte, une mission interministérielle sur l'organisation des contrôles relatifs à la sécurité sanitaire des aliments, associant différentes inspections générales, a été lancée le 25 avril dernier. 

Le périmètre de cette mission est large car il est indispensable d’avoir une approche globale et intégrée des risques englobant toutes les composantes de la sécurité sanitaire (analyse et gestion des risques, surveillance et gestion des alertes, élaboration de la réglementation, inspections) et toutes ses dimensions (santé végétale, santé animale, sécurité sanitaire des denrées alimentaires, eau). 

Les objectifs de la mission sont clairs. Il s’agit d’améliorer l’efficacité et la réactivité de la chaîne de commandement pour la gestion des risques, et la lisibilité pour le citoyen, les opérateurs et les partenaires internationaux, sans qu’à ce stade aucun schéma ne soit prédéfini. 

A la suite de la remise du rapport de la mission, en septembre ou octobre 2019, je pourrais être amené à redéfinir les orientations stratégiques et priorités de la DGAL pour 2020.

Le directeur général de l'alimentation a pas l'air assez convaincu par cette mission ... dont il loue les objectifs ... à suivre ...

Une transparence et un dialogue renforcés avec la société civile  

Tant en situation courante qu’en période de crise, les attentes du grand public et de la société civile en matière d’information sur les politiques et les mesures prises par les autorités sanitaires sont très importantes. L’administration a un devoir de transparence vis-à-vis des citoyens et des consommateurs et particulièrement dans le domaine de l'alimentation, porteur d’enjeux à la fois économiques, environnementaux, sociaux et sanitaires. 

Bien, mais on ne voit rien venir …

Teneur élevée en aluminium dans certains échantillons de thé matcha, selon un avis du BfR

« Teneur élevée en aluminium dans certains échantillons de thé matcha », source avis du BfR n°027 du 25 juillet 2019.

Lorsque des niveaux élevés d'aluminium ont commencé à être mesurés dans du thé matcha (poudre très fine de thé vert moulu), l'Institut fédéral allemand pour l'évaluation du risque (BfR) a évalué le risque pour la santé des consommateurs qui le consomment régulièrement.

Le thé Matcha est une boisson à la mode. Rien qu'en Allemagne, 165 produits ont été enregistrés au cours des cinq dernières années. Ceux-ci comprennent des thés ainsi que d'autres aliments, tels que des smoothies, du thé glacé, des biscuits, des gâteaux et des céréales.

L'aluminium est détecté à plusieurs reprises dans les thés, y compris le matcha. L’aluminium est le métal le plus répandu dans la croûte terrestre et s’infiltre dans les plantes via le sol. En outre, les consommateurs ingèrent de l'aluminium provenant d'autres sources, telles que les aliments transformés et non transformés, les matériaux d'emballage des produits alimentaires et les cosmétiques.

L'absorption de grandes quantités d'aluminium peut endommager le système nerveux, la capacité de reproduction et le développement des os à long terme. L'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a calculé une quantité journalière tolérable de 1 milligramme (mg) d'aluminium par kilogramme (kg) de poids corporel.

En l'absence de données disponibles pour l'Allemagne sur les quantités consommées de thé matcha ou de poudre de thé, l'évaluation sanitaire porte sur les quantités consommées de thé vert, même si cela peut éventuellement surestimer la consommation de thé matcha. Globalement, la proportion de consommateurs concernés de thé vert et de thé matcha est très faible.

L'autorité de surveillance d'un État fédéral allemand a collecté des données de mesure individuelles sur l'aluminium dans le thé matcha.

Les teneurs dans les trois échantillons étaient respectivement de 1743, 1775 et 2350 milligrammes (mg) par kilogramme (kg). Compte tenu de la quantité de thé vert consommée, la quantité journalière tolérable pour l'aluminium peut être dépassé à long terme chez les adultes grâce à la consommation régulière de thé de matcha avec les teneurs maximales mesurées, même lorsque le thé est considéré comme la seule source d'apport d'aluminium et aucune autre source d'aluminium n'est prise en compte.

Sur la base des données actuellement disponibles sur les apports en aluminium de toutes les sources, il est possible que la quantité journalière tolérable de 1 mg par kg de poids corporel calculé par l'EFSA soit plus du double de celui d'une partie de la sur  le  à long terme. À la lumière de cette situation pour les consommateurs, l’apport supplémentaire en aluminium résultant de la consommation régulière (quotidienne) d’un seul aliment, tel que le thé, qui absorbe à lui seul une partie considérable de la quantité journalière tolérable, voire la dépasse nettement si elle est consommée régulièrement, n’est pas tolérable à partir de un point de vue toxicologique. Comme il existe encore des lacunes dans les données disponibles, l'évaluation du risque pour la santé implique une grande incertitude et des recherches supplémentaires sont nécessaires.

Enfin, il convient de souligner qu'en raison du très petit nombre d'échantillons analysés, il est impossible de tirer des conclusions sur les niveaux normaux d'aluminium dans le thé matcha et sur l'évaluation globale de l'état de santé du thé matcha en tant qu'aliment.

NB: Au Japon, il existe des glaces près prisées au thé matcha mais aussi de la bière ...