Le séquençage du génome complet aide le Danemark à révéler une épidémie à Campylobacter

« Le projet WGS aide le Danemark à révéler une épidémie à Campylobacter », source article de Joe Whitworth publié le 26 juillet 2019 dans Food Safety News.

Au Danemark, 50 personnes sont tombées malades à cause de Campylobacter après avoir consommé de la viande de poulet, mais les autorités estiment que le nombre réel de patients pourrait être beaucoup plus élevé.

Le Statens Serum Institut (SSI), l'administration vétérinaire et alimentaire danoise (Fødevarestyrelsen) et le DTU Food - Institut national de l'alimentation investiguent sur l'épidémie à Campylobacter jejuni.

Campylobacter est la principale cause d'infections bactériennes intestinales au Danemark et plus de 4 500 cas ont été enregistrés en 2018.

Le même type de Campylobacter, séquence de type 122, identifié chez des patients par séquençage du génome complet (WGS pour whole genome sequencing) a également été retrouvé dans de la viande de poulet provenant d'un abattoir, appelé HKScan à Vinderup, une ville du nord-ouest du Jutland.

HKScan est une entreprise de viande et de plats nordiques employant plus de 600 personnes au Danemark dans des unités de production à Vinderup et Skovsgaard. L’administration danoise des aliments et des produits vétérinaires poursuit son investigation et des responsables ont été envoyés pour aider l’entreprise à suivre et à éliminer la source de l’infection.

Recherche sur les origines de Campylobacter

Les personnes malades sont 20 femmes et 30 hommes âgés de 14 à 87 ans avec un âge médian de 49 ans.

Dans le cadre d'un projet de cette année associant le département de microbiologie clinique (KMA) d'Aalborg, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise et SSI, des isolats de Campylobacter provenant de patients diagnostiqués à Aalborg depuis mars 2019 ont été collectés, envoyés à SSI et le génome complet a été séquencé.

Les isolats de Campylobacter ne sont pas systématiquement soumis et séquencés, de sorte que l'épidémie a été détectée en raison du projet et pourrait sinon être passée inaperçue. Dans le passé, il était difficile de détecter et de résoudre de telles épidémies.

Certains isolats proviennent également d’autres isolats de KMA dans le cadre du projet danois intégré de surveillance et de recherche sur la résistance aux antimicrobiens (DANMAP pour Danish Integrated Antimicrobial Resistance Monitoring and Research Programme).

Steen Ethelberg, chef de section Épidémiologie et prévention des maladies infectieuses au SSI, a dit que les patients étaient tombés malades au cours des deux derniers mois et que des cas étaient toujours signalés.

« L'estimation la plus récente du nombre de cas supplémentaires dans la population par rapport aux cas contrôlés en laboratoire diagnostiqués est un facteur de 12, donc il y aurait plus de cas qui sont réellement malades dans d’autres éclosions », a-t-il déclaré à Food Safety News.

« Si nous connaissons cette épidémie, c'est parce que nous menons un projet dans une partie du pays où tous les isolats de patients sont collectés et soumis au séquençage du génome complet. Étant donné que l'épidémie est principalement basée sur l'un des 10 laboratoires, vous pouvez vous attendre à des patients dans tout le pays. Il semble probable qu'il pourrait y avoir plus de cas et nous avons également détecté des cas groupés plus petits dans le projet. »

Ethelberg a déclaré que le projet essayait de voir comment le WGS pourrait être utile pour comprendre Campylobacter.

« Il s’agit de collecter des isolats de patients dans un laboratoire, d’analyser simultanément la viande de poulet et de soumettre les isolats de Campylobacter dans la viande de poulet au WGS, puis de comparer les séquences. Dans le cadre du projet, nous étudions l'étiologie de Campylobacter mais nous observons également des épidémies en temps réel. Cette épidémie est suffisamment importante pour que nous pensions qu'elle devrait être signalée au public, mais dans un sens, elle n'est pas si différente, car nous savons que de nombreuses personnes sont atteintes de Campylobacter provenant de produits de volaille. »

Investigation de la Danish Veterinary and Food Administration (DVFA)

L'Administration vétérinaire et alimentaire danoise a prélevé des échantillons sur différentes coupes de poulet provenant de différents magasins pour la recherche de Campylobacter et les a séquencés.

Annette Perge, de l'agence, a déclaré à Food Safety News qu'il était encore trop tôt pour conclure que l'épidémie était terminée.

« L'abattoir produit des produits frais et congelés. Nous ne pouvons donc pas exclure que des produits puissent encore être sur le marché ou être achetés et stockés congelés chez des particuliers. Sur la base d’interviews de patients, il n’a pas été possible de mettre en évidence des produits, des lieux d’achat ou des périodes d’achat spécifiques », a-t-elle déclaré.

« En outre, il n’existe aucune obligation légale stipulant que Campylobacter est interdit dans la viande de volaille. Cependant, même sans exigences légales, les aliments utilisés comme prévu ne doivent pas provoquer de maladie. L'abattoir est un grand établissement et leurs produits sont vendus dans toutes les grandes chaînes de magasins danoises. »

L'agence ne sait pas encore si le lien était limité à une exploitation agricole ou à un établissement, selon Perge.

« Le lien entre les isolats alimentaires et les échantillons de routine prélevés à l'abattoir, des échantillons de peau de cuisse de poulets prélevés régulièrement pour des analyses et les isolats de patients a été observé lors de la comparaison des résultats du séquençage du génome complet. Cependant, il n'a pas été possible de vérifier le lien par le biais d'entretiens avec des patients.

« Nous n'avons aucune indication que cette épidémie soit due à une contamination persistante dans l'abattoir. Ils ont été autorisés à continuer la production. Ils nous aident de toutes les manières possibles à résoudre le cas. »

Perge a déclaré que des échantillons de poulets provenant d'une exploitation agricole spécifique présentaient une ressemblance étroite avec les patients.

« L'équipe d’audit a visité l’exploitation agricole et l’abattoir et des corrections ont été apportées aux pratiques. À l'heure actuelle, aucun poulet n'est livré à l'abattage car ils ne sont pas encore assez âgés. La viande de poulets abattus dans cette exploitation agricole sera analysée pour la recherche de Campylobacter et les isolats éventuels seront séquencés et comparés à la souche épidémique. Si la viande contient un plus grand nombre de Campylobacter, l'utilisation de la viande sera restreinte. »