L'EFSA explique les nouvelles exigences de l'UE en matière de partage de données de séquençage du génome entier pour les foyers de maladies d'origine alimentaire

Un vent de communication souffle sur l’EFSA, cela nous change avec ce qui se passe en France …

« Questions-réponses : L'EFSA explique les nouvelles exigences de l'UE en matière de partage de données de séquençage du génome entier (WGS) pour les foyers de maladies d'origine alimentaire », par Bailee Henderson dans Food Safety Magazine.

Ce qu'il faut savoir

• Le règlement (UE) 2025/179, entré en vigueur le 23 août, impose aux États membres de l'UE de réaliser un séquençage du génome entier (WGS) sur cinq agents pathogènes clés lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire.

• Un partage plus rapide et plus complet des données WGS via le système conjoint EFSA-ECDC « One Health WGS » peut révéler des liens transfrontaliers entre foyers épidémiques et faciliter des interventions rapides.

• Les entreprises alimentaire doivent coopérer avec les autorités compétentes en fournissant, sur demande, les isolats de pathogènes et les données WGS lors des investigations sur les foyers épidémiques.

• Le Dr Frank Verdonck, chef de l'unité des dangers biologiques (BIOHAZ) de l'EFSA, explique l'importance du règlement (UE) 2025/179, ses modalités d'application concrètes et la manière dont les acteurs du système alimentaire doivent s'y préparer.

• La conférence de l'EFSA intitulée Science Meets Polic (La science rencontre la réglementation), qui se tiendra les 2 et 3 septembre à Rome, abordera les défis de mise en œuvre, les préoccupations et idées reçues du secteur, la collaboration public-privé ainsi que l'utilisation des données WGS dans le cadre du nouveau règlement.

Le 23 août 2026, le règlement (UE) 2025/179 est entré en vigueur, imposant aux États membres de l'UE de réaliser un séquençage du génome entier (WGS) sur les isolats de cinq pathogènes importants lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire. Les résultats du WGS seront transmis au système conjoint « One Health WGS » de l'EFSA et de l’ECDC, permettant ainsi à l'EFSA de comparer les données WGS issues d'isolats alimentaires et d'isolats cliniques humains. Ce nouveau règlement vise à faciliter les investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire et à permettre une détection rapide des sources et des causes de ces foyers.

Frank Verdonck, chef de l'unité « Dangers biologiques et santé et bien-être des animaux » (BIOHAZ) de l'EFSA, s'est entretenu avec Food Safety Magazine au sujet des exigences du nouveau règlement, des informations clés pour le secteur, des idées reçues, des progrès en matière de partage des données, des défis de la mise en œuvre et de la troisième conférence « Science Meets Policy ». Cette conférence se tiendra les 2 et 3 septembre 2026 à Rome (Italie) avec le thème : « De la réglementation à la pratique : transformer le séquençage du génome entier (WGS) en actions concrètes pour l'investigation des foyers de maladies d'origine alimentaire ».

Le règlement (UE) 2025/179 est entré en vigueur le 23 août. Quel problème ce règlement visait-il à résoudre et quels changements fondamentaux apportera-t-il à la manière dont les données de séquençage du génome entier (WGS) sont générées, partagées et utilisées lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire dans l'UE ?

Les foyers de maladies d'origine alimentaire impliquent de plus en plus de cas qui, au départ, semblent sporadiques et sans lien entre eux, et concernent souvent des produits distribués dans plusieurs pays. Dans ces situations, pour déterminer si des cas signalés dans des lieux différents proviennent de la même source, il est nécessaire de comparer en détail les pathogènes isolés à partir d'aliments, d'animaux, d'environnements de production et de personnes infectées. Le WGS offre ce niveau de résolution en générant l'empreinte génétique d'un micro-organisme, ce qui permet aux scientifiques de déterminer si les isolats sont étroitement apparentés et pourraient appartenir au même foyer épidémique.

Le règlement (UE) 2025/179 comble trois lacunes pratiques dans l'utilisation du WGS lors des investigations sur les foyers de maladies d'origine alimentaire dans l'UE :

1. Premièrement, concernant la génération de données : le WGS est déjà utilisé dans de nombreux pays, mais sa mise en œuvre reste inégale au sein de l'UE en raison de disparités en matière de capacités, de coûts, d'expertise et d'infrastructures. En imposant la fourniture de données WGS pour les isolats pertinents liés à des foyers épidémiques, le règlement agit comme un levier important pour accélérer la mise en œuvre au niveau national et favoriser une utilisation plus harmonisée du WGS dans les investigations.

2. Deuxièmement, concernant le partage des données : le règlement établit un cadre juridique plus clair précisant quelles informations doivent être partagées au niveau de l'UE et à quel moment. Cela aide les autorités compétentes à prendre des décisions plus cohérentes en matière de partage de données, en clarifiant les raisons pour lesquelles certaines données sont essentielles à l'évaluation des foyers épidémiques à l'échelle de l'Union. Le champ d’application reste limité aux données relatives aux foyers épidémiques, mais il constitue un point de départ important pour un partage de données plus large et plus systématique à l’avenir.

3. Troisièmement, concernant l’utilisation des données : les données de séquençage du génome entier (WGS) doivent toujours être interprétées conjointement avec des informations épidémiologiques et des données relatives à la chaîne alimentaire. Le règlement devrait améliorer l’exhaustivité et la rapidité de disponibilité des données au niveau de l’UE, favorisant ainsi des comparaisons plus robustes à l’échelle européenne et améliorant la détection et l’investigation des foyers épidémiques transfrontaliers.

Le règlement impose aux autorités compétentes de collecter des isolats de Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni et Campylobacter coli lorsqu’ils sont associés ou suspectés de l’être à un foyer épidémique, et de transmettre les résultats du séquençage du génome entier « sans retard injustifié ».

Concrètement, à quoi correspondent une collecte et un partage de données effectués dans des délais appropriés, et comment cela peut-il aider les investigateurs ?

Les avantages du séquençage du génome entier ne se concrétisent que lorsque les données génomiques sont rendues disponibles pour le partage, permettant ainsi des comparaisons entre différents secteurs et au-delà des frontières. En pratique, l’expression « sans retard injustifié » signifie que les autorités compétentes doivent collecter les isolats pertinents, générer des données de séquençage du génome entier (WGS) et partager les résultats dès qu'ils sont disponibles, suffisamment rapidement pour appuyer les investigations pendant le déroulement d'une épidémie. L'objectif est d'éviter que les données soient générées et utilisées au niveau national, mais partagées au niveau de l'UE beaucoup plus tard, lorsque leur utilité pour détecter des liens plus larges est réduite.

Un partage de données plus rapide et plus complet peut contribuer à révéler des liens qui pourraient autrement passer inaperçus, aidant ainsi à identifier des liens transfrontaliers que les pays individuels ne peuvent pas détecter individuellement.

Il n'existe pas de délai fixe unique, car celui-ci dépend de l'investigation et de la disponibilité des isolats et des résultats de séquençage.

Le système One Health WGS de l'EFSA et de l'ECDC permet de comparer les isolats provenant d'aliments, d'aliments pour animaux, d'animaux et de l'environnement avec les isolats provenant de cas humains. Comment la mise en commun de ces différents flux d'informations génomiques peut-elle améliorer les investigations multinationales sur les épidémies ?

>Le principal avantage du partage de données génomiques au niveau de l'UE est qu'il offre une vision plus large que celle qu'un seul pays peut avoir individuellement. Ceci est particulièrement pertinent dans un marché ouvert, où des produits contaminés peuvent être fabriqués dans un pays, distribués dans d'autres et provoquer des cas transfrontaliers.

En centralisant ces différentes sources d'information, le système One Health WGS permet aux investigateurs de comparer les empreintes génétiques des pathogènes provenant de sources multiples dans un cadre commun. Cela peut contribuer à identifier des liens qui pourraient ne pas apparaître lorsque les données sont analysées séparément au niveau national ou sectoriel, facilitant ainsi la détection précoce des signaux dans les populations humaines et la chaîne alimentaire avant qu'ils ne se transforment en épidémies de plus grande ampleur.

Le WGS peut établir que les isolats sont génétiquement apparentés, mais les informations épidémiologiques et de traçabilité restent nécessaires pour comprendre la signification de cette relation. Comment intégrer les données génomiques, épidémiologiques et de traçabilité pour passer de la détection d'un foyer à l'identification de sa source et à la mise en œuvre de mesures ?

Au niveau des États membres, les autorités compétentes sont responsables au premier chef des investigations et du contrôle des épidémies, conformément à la directive européenne sur les zoonoses. Microbiologistes, épidémiologistes, experts de la chaîne alimentaire, évaluateurs et gestionnaires des risques apportent tous des éléments de preuve différents, nécessaires à la compréhension de l'événement et à la décision des mesures appropriées. Lorsqu'une épidémie peut être multinationale, le rôle de l'EFSA, de l'ECDC et de la Commission européenne devient essentiel. Leur collaboration permet de rassembler les informations des secteurs alimentaire et de la santé publique, de coordonner les États membres concernés et de favoriser une compréhension commune rapide de l'épidémie et des mesures de gestion des risques nécessaires.

Des articles précédents dans Food Safety Magazine rédigés par des auteurs de l'EFSA ont mis en lumière les différences entre les plateformes de séquençage, les chaînes de traitement bioinformatiques, les infrastructures et les capacités nationales, autant d'obstacles à la mise en œuvre du WGS et à l'harmonisation des données. Quels progrès ont été réalisés et quels défis pratiques ou d'interopérabilité subsistent ?

Des progrès significatifs ont été accomplis ces dernières années dans la mise en place des fondements techniques et organisationnels nécessaires à une utilisation plus large du WGS dans les investigations sur les foyers d'origine alimentaire. De nombreux États membres ont renforcé leurs capacités de séquençage et appliquent le WGS de manière systématique. La collaboration intersectorielle s'est intensifiée et le système One Health WGS de l’EFSA-ECDC fournit désormais un cadre commun pour la collecte et l'analyse des données relatives aux épidémies au niveau de l'UE. Les flux de travail bioinformatiques s'harmonisent de plus en plus, et celui de l'EFSA pour le secteur alimentaire, interopérable avec le système de l'ECDC, est de plus en plus utilisé comme référence au niveau national. Les laboratoires de référence de l'UE ont également joué un rôle important en soutenant la formation, le transfert de connaissances et une mise en œuvre plus cohérente entre les pays.

Les défis restants portent moins sur la possibilité d'utiliser le WGS que sur la manière de garantir que les données soient utilisées de façon comparable, opportune et interprétable. De nouvelles technologies de séquençage continueront d'émerger, rendant essentiel le maintien de la comparabilité entre les plateformes de séquençage et les flux de travail bioinformatiques. L'interprétation des cas groupés (clusters) par WGS demeure complexe et nécessite l'intégration de données épidémiologiques, de traçabilité et contextuelles, ainsi qu'une compréhension partagée de la dynamique et de l'évolution des populations bactériennes.

Avec l'entrée en vigueur de la nouvelle réglementation, l'attention se porte de plus en plus sur la garantie d'une mise en œuvre cohérente entre les pays et les secteurs. Des efforts continus seront nécessaires pour soutenir la qualité des données, l'interopérabilité, le partage rapide des informations et l'utilisation efficace du WGS dans les investigations sur les épidémies. La conférence Science Meets Policy de septembre sera l'occasion d'aborder ces défis pratiques et de favoriser les échanges d'expériences entre les parties prenantes.

En vertu du règlement (UE) 2025/179, les entreprises alimentaires et d'alimentation animale peuvent être tenus de fournir des isolats disponibles de pathogènes et des données relatives à ces isolats isues des résultats du WGS lors de suspicions d'épidémies. Que doivent comprendre les entreprises concernant cette obligation, et comment les entreprises, notamment les plus petites disposant de ressources plus limitées, peuvent-elles s'y préparer ?

Ce sera l'un des thèmes centraux de la conférence Science Meets Policy. Les entreprises alimentaire sont légalement tenus de coopérer avec les autorités compétentes lors des investigations sur les épidémies d'origine alimentaire. L'article 15 du règlement (UE) 2017/625 stipule clairement que les exploitants doivent assister et coopérer avec les autorités compétentes lors des contrôles officiels et autres activités officielles, y compris les investigations sur les épidémies. Cette coopération est également dans leur propre intérêt : en aidant à identifier la source de contamination et les lots concernés, les entreprises peuvent contribuer à limiter l'impact d'une épidémie sur la santé publique et à réduire les conséquences pour leurs propres activités.

Bien que la coopération avec les autorités compétentes fasse déjà partie du cadre juridique de l'UE, le règlement (UE) 2025/179 précise le rôle spécifique des exploitants en matière de WGS. Il n'oblige pas les exploitants à réaliser systématiquement un WGS, ni à partager systématiquement les données génomiques. En revanche, à la demande des autorités compétentes lors d'une investigation épidémiologique, les opérateurs doivent fournir les isolats pathogènes, s'ils sont disponibles, et partager les résultats du WGS qu'ils ont produits ou commandés de leur propre initiative.

ar conséquent, on attend principalement des entreprises, et notamment des PME, non pas qu'elles investissent directement dans la mise en œuvre de capacités de WGS, mais plutôt qu'elles soient prêtes à coopérer activement avec les autorités compétentes lors des investigations épidémiologiques, à comprendre ce qu'est le WGS et comment il est utilisé par les autorités, et à envisager de consacrer du temps à la formation du personnel concerné afin qu'il puisse répondre efficacement aux demandes d'isolats ou de résultats de WGS existants.

Quels aspects de la mise en œuvre du règlement (UE) 2025/179 pourraient encore limiter son efficacité, et comment surmonter ces difficultés ?

Les principaux obstacles se situent probablement au niveau des États membres, notamment en ce qui concerne la capacité à collecter et à organiser toutes les informations nécessaires à la soumission. Le règlement exige le partage non seulement des résultats de WGS, mais aussi des métadonnées contextuelles nécessaires à leur interprétation. Cela nécessite une coordination entre les laboratoires, les épidémiologistes, les autorités chargées de la sécurité des aliments et les gestionnaires des risques, afin que les informations pertinentes soient collectées, structurées et partagées avec l'EFSA en temps opportun. Dans certains États membres, il pourrait être nécessaire d'adapter les procédures d'investigation épidémiologique existantes afin de garantir la disponibilité simultanée des données génomiques et contextuelles au moment opportun.

Pour certains pays, la mise en œuvre pratique du WGS constituera un autre défi. Lorsque les capacités de WGS ne sont pas encore pleinement établies, un délai supplémentaire pourrait être nécessaire avant que le système ne soit pleinement opérationnel. La formation continue, le transfert de connaissances et le soutien de l'EFSA et des laboratoires de référence de l'UE seront essentiels pour combler ces lacunes et garantir une mise en œuvre plus cohérente dans toute l'UE.

L'EFSA restera disponible pour fournir un soutien technique et opérationnel supplémentaire si nécessaire.

La conférence Science Meets Policy, qui se tiendra à Rome les 2 et 3 septembre, interviendra quelques jours seulement après l'entrée en vigueur du règlement. Quels sont les malentendus ou les incertitudes concernant les nouvelles exigences que vous rencontrez le plus fréquemment de la part des exploitants du secteur alimentaire ? Qu'espérez-vous que la conférence permettra d'éclaircir ?

Nous espérons que cette conférence permettra tout d'abord de mieux comprendre les possibilités et les limites du WGS. Certaines préoccupations des exploitants du secteur alimentaire sont liées à des questions concrètes de mise en œuvre, tandis que d'autres sont alimentées par des idées fausses sur l'interprétation des résultats du WGS. C'est pourquoi la conférence inaugurale portera sur la valeur scientifique et les limites du WGS, notamment sur les conclusions que l'on peut et ne peut pas tirer des seules données génomiques.

L'une des préoccupations récurrentes qui sera abordée lors de la conférence est le risque que les données du WGS restent dans les bases de données après l'évaluation d'une épidémie et soient utilisées ultérieurement pour justifier des mesures réglementaires, du simple fait de la détection d'un cluster génomique. En réalité, la nécessité scientifique de comprendre la dynamique des populations de pathogènes et celle d'identifier les sources d'une épidémie sont complémentaires, et non contradictoires. Lors des investigations épidémiologiques, l'attribution de la source ne peut reposer uniquement sur le WGS ; elle exige une évaluation combinée des données génomiques, épidémiologiques et de traçabilité.

Un autre point d'incertitude concerne l'utilisation et le partage des données de WGS par les autorités compétentes. La conférence présentera des exemples d'États membres illustrant leur préparation à la nouvelle réglementation, l'intégration du WGS dans les systèmes nationaux et les interactions entre les autorités et les entreprises alimentaires. Nous avons également invité des intervenants américains à présenter les interactions entre les agences et les opérateurs aux États-Unis, offrant ainsi un point de comparaison utile pour les acteurs européens.

>Enfin, le programme abordera la question de la valeur pratique du WGS pour l'industrie. Certains opérateurs s'interrogent sur l'utilité du séquençage dans un contexte commercial, au-delà des exigences réglementaires. Des sessions réunissant des opérateurs alimentaires (notamment des multinationales) et des représentants de filières telles que la viande, les produits réfrigérés et les abattoirs montreront comment le WGS peut appuyer les investigations internes, la prévention et la participation au partage de données à l'échelle de l'UE et au niveau mondial. La discussion finale, animée par un modérateur, fera le point sur ces questions et se concentrera sur les principaux défis restant à relever, tant au niveau des États membres que de celui des opérateurs.

La conférence abordera également des exemples de collaboration entre les autorités compétentes et l'industrie. À quoi ressemblerait un partenariat public-privé réussi en matière de partage de données WGS ?

Pour les opérateurs du secteur alimentaire, l'élément le plus important est une bonne coopération avec les autorités compétentes. Cette collaboration s'amorce au niveau national : le premier échange a lieu entre les opérateurs du secteur alimentaire et l'autorité nationale compétente. Tout partage de données à l'échelle de l'UE s'effectue par l'intermédiaire de l'autorité nationale compétente, qui demeure responsable du traitement des données et en garantit la traçabilité (chaîne de contrôle). Un partenariat public-privé réussi autour du WGS repose sur une répartition claire des rôles, une communication rapide et une compréhension mutuelle : le partage de données et d'isolats via l'autorité compétente peut aider à identifier plus rapidement les sources de contamination et à réduire l'impact d'une épidémie.

Si la mise en œuvre se déroule comme prévu, à quoi ressemblera, selon vous, une investigation sur une épidémie de maladie d'origine alimentaire en Europe dans quelques années, par rapport à une investigation menée avant le règlement (UE) 2025/179 ?

>Si la mise en œuvre est efficace, le changement principal ne sera pas seulement technique, mais aussi culturel. Le règlement (UE) 2025/179 a le potentiel de favoriser une prise de conscience plus large : le partage rapide de données à l'échelle de l'UE est essentiel pour gérer efficacement les épidémies.

Par rapport au passé, les investigations seront davantage interconnectées. Les données génomiques et contextuelles seront disponibles plus rapidement pour être comparées à l'échelle de l'UE, ce qui permettra aux autorités d'évaluer plus tôt si un signal est limité à un seul pays ou s'il s'inscrit dans un événement plus vaste impliquant plusieurs pays.

À plus long terme, cela pourrait favoriser un système plus proactif. Lorsque les données relatives à la sécurité des aliments et à la santé publique sont partagées et comparées en temps utile, certains signaux d'épidémie peuvent être détectés dès le stade du secteur alimentaire ; cela permet aux autorités et aux opérateurs d'agir plus tôt et de prévenir que des épisodes de contamination ne dégénèrent en épidémies à part entière.

Maîtrise de Listeria monocytogenes dans l'environnement de transformation des aliments : Leçons tirées d'une entreprise de transformation du saumon

Maîtriser Listeria monocytogenes dans l'environnement de transformation des aliments : Leçons tirées d'une entreprise de transformation du saumon associée à des épidémies (Controlling Listeria monocytogenes in the food processing environment: Lessons learned from a salmon processor associated with outbreaks). International Journal of Food Microbiology Volume 449, 16 March 2026.

Cette étude examine les sources de contamination et les mesures de réduction selon une approche approche de ‘recherche et destruction’ (Seek and Destroy') chez un producteur de saumon fumé à froid impliqué dans deux épidémies de listériose dues à L. monocytogenes ST 121.

Sur une période de 11 semaines, 329 échantillons ont été analysés (140 surfaces en contact avec les aliments, 41 surfaces non en contact avec les aliments et 148 échantillons de saumon ou de produits dérivés). Les analyses effectuées sur la chaîne de production ont révélé une contamination après le pelage et/ou le salage. La machine à peler a été identifiée comme la principale source de contamination : la souche responsable de l'épidémie a persisté sur deux convoyeurs et un rouleau rempli d'air.

Malgré un nettoyage et une désinfection approfondis, un traitement de la salle entière au peroxyde d'hydrogène et une exposition de la machine à décortiquer à une température de 80°C pendant 66 heures (à l'exclusion des convoyeurs et du rouleau thermosensibles), la contamination a récidivé. Le remplacement de la machine à peler, associé à un renforcement des mesures d'hygiène (incluant le démontage et l'ébullition des aiguilles d'injection de saumure), a permis d'éliminer toute trace de la bactérie dans 34 échantillons de saumon et 53 échantillons environnementaux entre les semaines 8 et 11. Au cours des 8 mois de suivi, aucun des 220 échantillons de produits testés n'a présenté de résultat positif.

Le séquençage du génome entier (SGE) a été réalisé sur 37 isolats : 21 prélevés lors de l'investigation menée dans l’usine (semaines 1 à 11), neuf isolats historiques et sept isolats issus d'expériences de suivi réalisées avec la machine à peler mise au rebut (cette pratique a été déjà souligné par le blog à plusieurs reprises -aa). Tous appartenaient au ST121, et un groupe correspondait à la souche responsable de l'épidémie.

Cette étude souligne l'importance d'une conception hygiénique des équipements de transformation alimentaire (en particulier les matériaux et interfaces des bandes transporteuses et des rouleaux) et l'intérêt du SGE pour identifier les contaminations persistantes lors de la transformation des produits de la mer prêts à consommer.

Un autre enseignement opérationnel est que les prélèvements classiques par écouvillonnage peuvent ne pas détecter certaines zones internes. Un échantillonnage normal avec des écouvillons en tissu n'a pas permis de déceler de contamination sur les pièces suspectes, tandis que l'immersion de pièces de machine dans un bouillon de pré-enrichissement pour Listeria a permis d'identifier L. monocytogenes sur les courroies et le rouleau. Cette méthode a été mise en œuvre dans une installation de biosécurité conçue pour la manipulation de matériaux contaminés et n'est pas adaptée à l'industrie agroalimentaire, car elle peut entraîner une prolifération importante de L. monocytogenes. Elle a toutefois démontré que la contamination dans les zones de refuge peut échapper à la détection par les méthodes d'échantillonnage de surface conventionnelles.

Conclusion

La maîtrise de la persistance de Listeria monocytogenes dans les installations de transformation alimentaire exige une approche multifactorielle.

La conception hygiénique des équipements est essentielle, car la détection de L. monocytogenes sur des surfaces « propres » est difficile en raison de la faible concentration de la bactérie cible et de la présence de zones poreuses ou inaccessibles.

La décontamination chimique seule s'est avérée insuffisante pour une élimination efficace, malgré un nettoyage en profondeur approfondi, un démontage et d'autres interventions.

De plus, l'utilisation de la chaleur comme mesure de maîtrise est limitée lorsque les matériaux ne supportent pas l'exposition à la chaleur. Le séquençage du génome entier (WGS) est précieux pour identifier plusieurs souches persistantes étroitement apparentées, mais son coût élevé et l'accès limité aux données de séquençage de santé publique peuvent entraver la confirmation de l'élimination des clones responsables d'épidémies.

Dans le cas précis de cette étude, l'identification et lenlèvement de la machine à peler contaminée, associés à des protocoles de nettoyage renforcés, ont finalement permis d'éliminer la souche responsable de l'épidémie liée à l'établissement.

Le partage des résultats détaillés et des stratégies de réduction issues des enquêtes sur les contaminations persistantes à L. monocytogenes peut fournir des informations précieuses à l'industrie alimentaire, contribuant ainsi à améliorer la sécurité des aliments et à réduire le risque de futures épidémies de listériose.

Commentaire.

Si chacun pouvait faire profiter de son expérience en la matière ...

Le partage de données et la confiance mis en avant lors de l'événement EFSA WGS

«Le partage de données et la confiance mis en avant lors de l'événement EFSA WGS», source article de Joe Whitworth paru le 8 septembre 2023 dans Food Safety News.

La plupart des aspects techniques liés au séquençage ont été résolus, mais le partage des données et la confiance restent des problèmes clés, selon des experts européens.

L’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) et le groupe de travail des Laboratoires de référence inter-européens (EURL) de la Commission européenne sur le prochain séquençage du génome (NGS) ont organisé cette semaine la deuxième conférence Science Meets Policy. Plus de 100 personnes de 20 pays y ont participé en personne, tandis que le nombre de personnes en ligne a culminé à 257.

Stefano Morabito de l'Institut national italien de la santé (ISS), George Haringhuizen de l'Institut national néerlandais pour la santé publique et l'environnement (RIVM), João André Carriço de bioMérieux, Katja Alt, du ministère fédéral allemand de l'Alimentation et de l'Agriculture, et Coen van der Weijden, de l'Autorité néerlandaise de sécurité des produits alimentaires et de consommation (NVWA) ont participé à une table ronde.

Les experts ont souligné la nécessité de faire preuve de flexibilité, d'autant plus qu'il existe 27 pays en Europe à différents stades d'utilisation du séquençage du génome entier et que les épidémies peuvent impliquer des pays extérieurs à l'UE. Ils ont discuté des types de données nécessaires, de la qualité et de la comparabilité des données, des problèmes de ressources, de la manière d'instaurer la confiance et du rôle des différentes parties, notamment les services réglementaires et l'industrie.

Le système One Health WGS de l’EFSA et de l’ECDC fonctionne depuis juillet 2022 et, même si les choses se passent bien, tous les États membres n’y contribuent pas de la même manière.

Dilemme du partage de données

Bernhard Url, directeur exécutif de l’EFSA, a dit que le partage de données génomiques se trouvait désormais à un tournant.

«Nous pensons que d’un point de vue technologique et méthodologique, nous sommes prêts à utiliser les données WGS plus largement et avec plus d’impact. De nombreux problèmes ont été résolus et l'infrastructure technique a été construite. Il ne fait aucun doute, du moins au sein de la communauté, que le partage de données ajoute de la valeur, car il permet une détection plus rapide des épidémies et une meilleure traçabilité. Cela augmente la probabilité de relier des cas sporadiques aux clusters et de détecter les épidémies, et il y a un impact économique mesurable», a-t-il dit.

«Cependant, même si l’on sait que le partage de données est utile, certains obstacles empêchent encore une utilisation plus large», a dit Url.

«Il existe des lacunes technologiques dans la mesure où tous les États membres ou organisations n'utilisent pas régulièrement le WGS. On s’inquiète également du fait que des personnes et des pays disent que nous ne disposons pas d’une base juridique solide pour partager des données. On craint que les personnes perdent le contrôle des données, qu’ils produisent les données, les partagent mais ne sachent pas ce qui se passe ensuite. On craint que si cette technologie était utilisée à grande échelle, beaucoup plus de clusters seraient détectés, ce qui est une bonne chose du point de vue de la santé publique, mais cela augmenterait également la charge de travail des autorités nationales pour suivre et traiter ces clusters.»

Url a dit qu’il serait «imprudent» d’attendre que les législateurs définissent les règles du jeu.

«La communauté WGS doit faire sa part pour créer les conditions du succès. Nous pensons que nous pouvons faire beaucoup pour faire progresser le partage de données dans le cadre législatif actuel. Nous devons encore travailler à créer une compréhension mutuelle sur les avantages et les limites de cette technologie. Nous devons nous mettre d’accord sur des lignes directrices, des processus et des procédures communs, sinon nous ne saurions pas comment comparer les différents résultats», a-t-il dit.

«Nous voulons agir aussi ouvertement que possible mais aussi confidentiellement que nécessaire, il y a une ligne fine que nous devons trouver. L'EFSA a investi des ressources dans la création d'une infrastructure technologique permettant le partage de données WGS, principalement pour lutter contre les menaces d'origine alimentaire. Nous continuerons à faire notre part pour faire progresser le partage des données génomiques.»

Eric Stevens

Point de vue des États-Unis

Eric Stevens, de la Food and Drug Administration des États-Unis, a dit que le réseau GenomeTrakr est le résultat de 12 années de travail. Fin 2021, il y avait 600 000 génomes dans la base de données publique, aujourd’hui c’est plus de 1 000 000 séquences.

«Après plus d'une décennie d'expérience, ce n'est pas le séquençage qui constitue le défi lors de la transition vers ces données, mais la manière dont vous allez les analyser, former le personnel, acquérir les compétences et permettre à l'ensemble du système de les utiliser efficacement.»

«Les métadonnées aident à dresser un tableau complet. Sans elles, vous disposez d’une séquence d’ADN qui ne peut vous renseigner que sur certaines choses. Les données contextuelles donnent vie à ces données, elles vous indiquent d'où viennent ces bactéries, comment elles vivaient et lorsque nous commençons à réfléchir aux interventions que nous pouvons faire, nous avons besoin de ces informations pour comprendre la situation dans son ensemble.

«Pour nous, la meilleure utilisation est de rendre les données ouvertes accessibles à tous, car quelqu'un peut s'intéresser à Salmonella, quelqu'un d'autre à E. coli et parfois ces données se chevauchent avec des interventions que vous pouvez effectuer pour des contrôles préventifs et réduire la contamination.»

Stevens a dit qu'une fois les données entrées dans la base de données, diverses choses peuvent être examinées.

«Quand on commence à penser à la chaîne alimentaire mondiale, on peut se demander où avons-nous besoin de plus de données.et commencer à réaliser des projets pour résoudre ces problèmes afin de mieux comprendre comment les aliments sont contaminés en premier lieu. Vous ne sauriez rien de tout cela si vous n’aviez pas les données qui peuvent vous aider à montrer la voie», a-t-il dit.

«GenomeTrakr est responsable de près de 100 000 isolats alimentaires et environnementaux afin de dresser un tableau plus complet du lien entre les isolats cliniques et leurs sources, afin que nous puissions non seulement répondre aux épidémies d'origine alimentaire, mais aussi essayer de les prévenir. Lorsque vous commencez à examiner d’où proviennent vos sources d’isolats alimentaires et environnementaux liés aux maladies humaines, vous pouvez commencer à attribuer les sources et à un ciblage plus préventif. Si nous pouvons parvenir à un point où nous pouvons télécharger des données en temps réel, nous pouvons commencer à établir ces connexions le plus tôt possible pour retirer un produit contaminé du marché.»

Cela peut également aider à passer de la réponse aux épidémies à la prévention de la contamination.

«Dans un établissement par exemple, vous n'allez pas faire de WGS pour identifier un agent pathogène, vous pouvez faire une méthode de culture rapide pour voir sa présence ou son absence. Mais si vous avez un établissement qui se demande s'il y a un agent pathogène résident, vous aimeriez à 100% cette information du WGS. Vous pourriez étendre cela aux exploitations agricoles et aux sources d’eau potentielles», a dit Stevens.

«Lorsque vous commencez à réaliser des projets dans différentes parties du monde, vous commencez à comprendre que tout le monde a des problèmes qui ne le sont peut-être pas pour vous. Nous avons fait beaucoup de travail en Amérique latine et le gros problème pour se lancer dans le séquençage est la disponibilité des réactifs. Nous entendons dire que cela coûte cinq à sept fois plus cher que ce que nous payons. Lorsque nous parlons de l’utilisation de cette technologie dans le monde, nous devons commencer à nous concentrer sur les questions qui auront le plus d’impact.»

États-Unis : Enquête sur une épidémie dans plusieurs Etats d'infections à Listeria monocytogenes liées à des légumes surgelés produits dans des installations de fabrication de légumes surgelés

Une étude parue dans le Journal of Food Protection a pour titre «Investigation of a Multistate Outbreak of Listeria monocytogenes Infections Linked to Frozen Vegetables Produced at Individually Quick-Frozen Vegetable Manufacturing Facilities» (Enquête sur une épidémie dans plusieurs Etats d'infections à Listeria monocytogenes liées à des légumes surgelés produits dans des installations de fabrication de légumes surgelés).

Faits saillants

- Il s'agit de la première épidémie de listériose signalée aux États-Unis liée à des légumes surgelés.

- Les analyses de séquençage du génome entier sont cruciales lorsque les preuves épidémiologiques sont limitées.

- Des preuves microbiologiques et épidémiologiques ont conduit à de nombreux rappels volontaires.

- La recherche et l'éducation des consommateurs et de l'industrie sur les aliments surgelés sont nécessaires.

Résumé

En 2016, la FDA des États-Unis, le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) et des partenaires étatiques ont investigué sur neuf cas d’infections à Listeria monocytogenes liées à des légumes surgelés. L'investigation a commencé avec deux isolats environnementaux de L. monocytogenes récupérés auprès du fabricant A, principalement un transformateur d'oignons surgelés, qui correspondaient par séquençage du génome entier à huit isolats cliniques et des isolats historiques d'oignons avec des détails de collecte limités. Les informations épidémiologiques, la distribution des produits et les preuves de laboratoire associaient des aliments suspects, y compris des produits provenant du fabricant B, également un fabricant de produits de légumes et des fruits surgelés, à un cas supplémentaire de maladie. Les isolats environnementaux ont été obtenus lors d'investigations chez les fabricants A et B. Les partenaires étatiques et fédéraux ont interrogé des personnes malades, analysé les données des cartes d'achat et collecté des échantillons des ménages et des distributeurs. Neuf personnes malades entre 2013 et 2016 ont été signalées dans quatre États. Sur quatre personnes malades pour lesquelles des informations étaient disponibles, la consommation de légumes surgelés a été signalée par trois, consommateurs avec des cartes d'achat confirmant les achats de marques du fabricant B. Deux souches épidémiques identifiées de L. monocytogenes ( souche épidémique 1 et souche épidémique 2) correspondaient à des isolats environnementaux du fabricant A et/ou à des isolats de légumes surgelés récupérés à partir d'échantillons de produits ouverts et non ouverts provenant du fabricant B ; l'investigation a donné lieu à de nombreux rappels volontaires. La relation génétique étroite entre les isolats a aidé les investigateurs à déterminer la source de l'épidémie et à prendre des mesures pour protéger la santé publique. Il s'agit de la première éclosion connue de listériose dans plusieurs États aux États-Unis liée à des légumes surgelés et souligne l'importance de l'échantillonnage et des analyses du séquençage du génome entier lorsque les informations épidémiologiques sont limitées. En outre, cette investigation met l'accent sur la nécessité de poursuivre les recherches sur les risques de sécurité des aliments associés aux aliments surgelés.

Dans la discussion, les auteurs notent,

Il y avait des limites importantes à cette investigations. Premièrement, les enquêteurs n'ont finalement pas été en mesure de déterminer si les fruits surgelés, en plus des légumes surgelés, étaient une source de maladie pour des personnes liées à cette épidémie. Bien que trois personnes malades aient déclaré avoir mangé ou avoir acheté des fruits surgelés, y compris une personne malade qui a nié avoir mangé des légumes surgelés, aucun fruit surgelé restant n'était disponible pour des analyses microbiologiques afin de déterminer s'il aurait également pu être contaminé par les souches épidémiques 1 et/ou 2. Il convient de noter que les marques de fruits surgelés signalées par les personnes malades comprenaient deux provenant du fabricant B, et que le fabricant A était connu pour transformer des myrtilles surgelées au moins une fois par mois et par an.

Deuxièmement, les informations sur la façon dont les personnes malades préparaient et mangeaient des légumes et/ou des fruits surgelés, qui pourraient éclairer les stratégies de prévention axées sur le consommateur, étaient extrêmement limitées.

En conclusion, la FDA, le CDC et les agences de santé nationales et locales ont collaboré avec succès pour identifier et arrêter la première épidémie signalée de listériose associée à des légumes surgelés aux États-Unis. Sur la base des conclusions des inspections des installations, on pense que l'absence de maîtrise du pathogène dans l'environnement de transformation des fabricants A et B a joué un rôle, soulignant l'importance d'un nettoyage et d'une désinfection appropriés des surfaces en contact et non en contact avec les aliments. pour empêcher la contamination des aliments et/ou l'établissement de pathogènes résidents dans l'environnement de l'établissement.

Bien que les fabricants puissent considérer que les légumes surgelés comme n'étant pas prêts à consommer, ils doivent fournir des instructions de cuisson, prendre des mesures pour s'assurer que ces aliments ne soient pas contaminés par l'environnement de transformation, d'autant plus que certains consommateurs peuvent utiliser ces produits sans cuisson et/ou avec une cuisson. Bien que l'étiquetage des produits alimentaires surgelés n'ait pas été examiné au cours de cette investigation, les consommateurs pourraient avoir besoin d'être informés pour suivre les instructions de cuisson du fabricant et la consommation de légumes surgelés insuffisamment cuits ou non cuits pourrait entraîner une maladie d'origine alimentaire. Une évaluation par les fabricants des instructions de cuisson sur les étiquettes des produits alimentaires surgelés, y compris l'accessibilité, la simplicité et l'efficacité, peut également être justifiée (Farber et al., 2021). Compte tenu des preuves de contamination à faible dose provoquant des éclosions de listériose chez les consommateurs très sensibles (Pouillot et al., 2016), des recherches supplémentaires sur la prévalence et le risque de L. monocytogenes dans les produits alimentaires tels que les légumes surgelés, y compris des études de dénombrement, sont justifiées. Enfin, cette investigation met en évidence comment le séquençage du génome entier est devenu un outil indispensable dans les investigations sur les épidémies, avec une mise en œuvre plus large permettant aux enquêteurs, dans certains cas, d'identifier des épidémies qui n'auraient peut-être pas été détectées autrement avant que le séquençage du génome entier ne soit disponible en tant qu'outil, i) aider à identifier de nouvelles paires pathogène-aliment ; ii) identifier la contamination dans les installations de production alimentaire qui peut être liée à des cas de maladie sur une longue période (ce qui pourrait suggérer une contamination récurrente) ; et iii) permettre une allocation plus efficace des ressources de santé publique des États et du gouvernement fédéral (Jackson et al., 2016).

États-Unis : Comment le séquençage et la collaboration ont résolu l'épidémie à Pseudomonas liée à des gouttes oculaires

Le blog vous en avait parlé dans États-Unis : Retour sur des gouttes oculaires contaminées par Pseudomonas aeruginosa. 81 cas et 4 décès.

Mais voici que vient d’être publié (déjà) et c’est toujours utile de comprendre comment les investigateurs ont procédé dans «Comment le séquençage et la collaboration ont résolu l'épidémie à Pseudomonas liée à des gouttes oculaires. Source article de Chris Dal paru le 16 juin 2023 dans CIDRAP News.

À la fin du mois dernier, le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) a signalé un quatrième décès et davantage de perte de vision causée par une épidémie d'une souche rare de Pseudomonas aeruginosa extrêmement résistante aux antibiotiques.

La mise à jour était la dernière à propos d'une épidémie remontant à mai 2022 liée à une marque de gouttes pour les yeux. Les responsables du CDC affirment que l'épidémie, qui, au 15 mai, a touché 81 personnes dans 18 États, dont 14 avec une perte de vision permanente, est plus inhabituelle et difficile que les précédentes épidémies de bactéries résistantes aux antibiotiques sur lesquelles ils ont enquêté.

Bien que l'épidémie soit techniquement terminée, son impact pourrait se faire sentir pendant des années, car la souche de P. aeruginosa qui l'a provoquée, une souche jamais vue aux États-Unis, circule désormais dans les établissements de santé américains et est susceptible de rester.

«Je pense qu'il est peu probable que nous parvenions à éradiquer cette souche des établissements de santé américains», a dit l'épidémiologiste du CDC et enquêteuse principale sur les épidémies, Maroya Walters à CIDRAP News.

Dans le même temps, Walters et d'autres affirment que l'enquête a mis en évidence comment le séquençage du génome entier, de solides programmes d'épidémiologie dans les services de santé des États et la collaboration entre les agences d'État et le CDC peuvent aider à démêler la source d'épidémies qui, autrement, semblent n'avoir aucun lien commun.

Une nouvelle version d'un agent pathogène bien connu

Les premiers cas signalés lors de l'épidémie se sont produits à Los Angeles en mai et juin 2022, lorsque les autorités sanitaires locales ont été informées de deux patients qui avaient développé des infections oculaires graves causées par P. aeruginosa résistant aux carbapénèmes après s'être rendus dans une clinique d'ophtalmologie locale.

P. aeruginosa est un agent pathogène virulent et opportuniste qui héberge plusieurs mécanismes pour combattre les antibiotiques et peut survivre dans des environnements difficiles. La bactérie provoque généralement des infections dans le sang et les poumons des patients hospitalisés immunodéprimés, est souvent multirésistante et se propage facilement dans les établissements de santé. En 2017, selon les données du CDC, il y avait 32 600 cas d’infection à P. aeruginosa chez des patients hospitalisés aux États-Unis. Le CDC considère qu'il s'agit d'une menace sérieuse.

Walters a dit que les deux cas étaient remarquables car ce n'était pas des infections typiques à Pseudomonas et qu'il n'y en avait que deux. En outre, les tests des isolats d'infections oculaires ont alerté les responsables du Los Angeles County Department of Public Health (LACDPH) que les deux infections hébergeaient un gène de résistance rare, une métallo-bêta-lactamase codée par l'intégron Verona, (VIM pour Verona integron-encoded metallo-beta-lactamase), qui confère une résistance aux antibiotiques carbapénèmes. Les tests de sensibilité aux antibiotiques ont révélé une résistance à plusieurs classes d'antibiotiques utilisés pour traiter les infections à Pseudomonas.

«Juste deux cas, c'était incroyablement étrange parce que nous n'avions jamais vu ces Pseudomonas producteurs de carbapénèmases dans un spécimen d'un œil auparavant», a-t-elle dit.

Kelsey OYong, épidémiologiste superviseur au LACDPH, a dit que le fait que presque tous les cas à P. aeruginosa hébergeaient des VIM aux États-Unis et qu’ils aient été associés à des établissements de soins aigus de longue durée, cet ensemble a incité le département à contacter le CDC.

«Nous n'étions pas au courant de nombreuses épidémies dues à P. aeruginosa-VIM- en ambulatoire et/ou en ophtalmologie et avons contacté le CDC pour obtenir des conseils», a dit Oyong.

Craignant que ces infections oculaires puissent être liées à la clinique d'ophtalmologie, les enquêteurs du CDC ont travaillé avec OYong et ses collègues pour rechercher certaines lacunes courantes en matière de prévention des infections, comme un équipement mal nettoyé ou une mauvaise hygiène des mains, qui auraient pu contribuer à la contamination. Mais aucune source évidente n'a été retrouvée.

Puis, plus tard cet été-là, le CDC a commencé à recevoir des rapports de de cas groupés d’infections à P. aeruginosa producteurs de carbapénémases dans quatre établissements de soins de longue durée de l'Utah et du Connecticut. Dans la plupart des cas, le dépistage a détecté l'agent pathogène dans les poumons des patients. Cependant, aucun des cas dans ces établissements n'était une infection oculaire.

Le séquençage révèle la souche épidémique

Walters et ses collègues du CDC ne pensaient pas qu'il y avait un lien entre les cas de Los Angeles, de l'Utah et du Connecticut jusqu'en septembre 2022, lorsque le réseau de laboratoires sur la résistance aux antibiotiques du CDC, qui comprend des laboratoires dans les 50 États, a séquencé un échantillon. des isolats des deux épidémies et a constaté que les séquences étaient génétiquement similaires. Peu de temps après, le séquençage des isolats des cas de Los Angeles (qui étaient passés à quatre) a indiqué qu'ils étaient similaires à la souche des épidémies de l'Utah et du Connecticut.

Le séquençage a également révélé que la souche épidémique de P. aeruginosa hébergeait une autre enzyme, une bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) de Guyane, qui confère une résistance aux antibiotiques. Cette combinaison de gènes de résistance, VIM et BLSE, n'avait jamais été observée auparavant dans des cas à Pseudomonas aux États-Unis.

Cette découverte expliquait pourquoi les tests de sensibilité aux antibiotiques des isolats avaient révélé une résistance à tant d'antibiotiques. Mais la source des infections, qui n'avait pas de lien épidémiologique évident, restait un mystère.

«Ces isolats étaient très étroitement liés, ce qui indiquait une origine commune», a expliqué Walters. «Et nous avons donc commencé à réfléchir à un produit, bien qu'il n'y ait jamais eu de produit contaminé par des micro-organismes producteurs de carbapénèmases auparavant.»

Puis, à la mi-novembre, le CDC a reçu un autre rapport d'infections oculaires à P. aeruginosa multirésistant, cette fois liées à une clinique de Floride. Des tests ultérieurs ont révélé que les isolats de ces infections avaient les marqueurs de la souche épidémique, selon Walters.

À peu près à la même époque, une étude cas-témoins menée par le CDC et le Connecticut Department of Health dans l'un des établissements de soins de longue durée du Connecticut a fait allusion à une source potentielle : les patients infectés étaient plus susceptibles d'avoir utilisé des larmes artificielles, un produit utilisé pour lubrifier les yeux secs.

«Les larmes artificielles semblaient être une découverte très significative dans l'étude cas-témoins», a dit Walters. «Et puis, à partir de là, il s'agissait vraiment de comprendre quelles marques de larmes artificielles les patients recevaient et s'il y avait une marque commune parmi les cas.»

Un examen ultérieur des expositions chez les patients de l'épidémie dans les établissements de santé a révélé que plus de 10 marques différentes de larmes artificielles avaient été utilisées. Mais une marque, EzriCare Artificial Tears, est apparue plus que d'autres et figurait parmi celles utilisées dans la clinique d'ophtalmologie de Los Angeles. Cela a conduit le CDC, le 20 janvier de cette année, à émettre un avertissement aux médecins et aux patients pour qu'ils cessent d'utiliser le produit jusqu'à ce que les analyses de laboratoire et les enquêtes épidémiologiques soient terminées.

Après que des tests aient confirmé la présence de la souche épidémique dans des flacons ouverts de larmes artificielles EzriCare dans le Connecticut et le New Jersey, la Food and Drug Administration (FDA) a émis un avertissement aux consommateurs et aux professionnels de santé de ne pas acheter ou d'arrêter immédiatement d'utiliser, EzriCare Artificial Tears, ainsi que les larmes artificielles de Delsam Pharma, une autre marque de larmes artificielles fabriquées par la même société, Global Pharma. La société a volontairement rappelé les produits le 24 février sur recommandation de la FDA.

Cas supplémentaires identifiés

Le 1er février, lorsque le CDC a publié un avis sur le réseau d'alerte sanitaire (HAN pour Health Alert Network) concernant l'épidémie, le nombre de cas était passé à 55, dans 11 États. Mais ce n'était pas la fin.

La couverture médiatique de l'épidémie a attiré l'attention d'Alex Sundermann, professeur adjoint de médecine à l'Université de Pittsburgh qui travaille au Centre d'épidémiologie génomique de l'université. En octobre 2022, Sundermann et ses collègues avaient détecté trois isolats de P. aeruginosa résistants aux antibiotiques chez deux patients grâce à un programme de surveillance qui combine la surveillance du séquençage du génome entier et l'apprentissage automatique pour détecter les épidémies hospitalières.

À l'époque, ils ne savaient rien de l'épidémie nationale. Et les deux patients n'avaient pas de liens clairs.

«Quand j'ai regardé leurs dossiers, rien ne reliait les deux [patients] au sein de l'hôpital», a dit Sundermann.

Après avoir pris connaissance de l'épidémie, Sundermann s'est rendu sur le site Internet du CDC et a découvert que l'agence avait publié un lien vers les génomes de référence d'isolats appartenant à la souche épidémique. Cela a permis à Sundermann et à ses collègues de comparer leurs isolats séquencés à la souche épidémique.

«Une fois que nous avons fait cela, il était tout à fait clair qu'ils étaient liés à la souche épidémique nationale», a-t-il dit.

Cette découverte a incité Sundermann à revenir sur les dossiers des deux patients, où il a découvert que l'un des patients avait acheté des gouttes pour les yeux auprès d'un distributeur en ligne qui vendait la marque en question.

«C'était la ‘preuve irréfutable’ pour répondre à la question de savoir comment le patient a probablement acquis cet agent pathogène», a dit Sundermann. «Nous ne recherchons pas toujours des gouttes pour les yeux lors de l'examen des épidémies.»

Sundermann et ses collègues ont écrit sur leur découverte sur le serveur de préimpression medRxiv.

L'identification des cas à Pittsburgh, ainsi que d'autres qui ont été signalés rétrospectivement, ont ajouté au total de l'épidémie. Et bien que l'épidémie soit terminée en termes d’origine, le nombre de patients pourrait continuer d'augmenter car des patients dans les établissements de santé où la souche épidémique a été identifiée sont infectés par transmission secondaire. Walters dit que le CDC s'attend à des cas supplémentaires mais espère qu'ils seront peu nombreux.

La collaboration et la communication sont considérées comme essentielles

OYong dit que l'enquête est un excellent exemple de collaboration entre les enquêteurs du terrain des services de santé locaux et des États, qui ont identifié les cas, rassemblé des listes d'expositions possibles et communiqué avec les fournisseurs, et le CDC, qui a coordonné les tests génomiques. via le réseau de laboratoires sur la résistance aux antibiotiques, a combiné les analyses des enquêtes distinctes et a communiqué à la FDA que les gouttes oculaires contaminées étaient la source probable.

Sans les tests génétiques rapides et la communication, il est probable que l'épidémie aurait mis beaucoup plus de temps à se reconstituer afin d’identifier l’origine», a-t-elle dit.

Walters est d'accord, ajoutant le dépistage par les services de santé du Connecticut et de l'Utah a joué un rôle clé.

«Le réseau de laboratoire sur la résistance aux antibiotiques a joué un rôle central dans l'identification de ces micro-organismes préoccupants et résistants et du fait qu'il s'agissait d'une souche unique», a-t-elle dit. «Mais le fait qu'une épidémie ait même été identifiée, plutôt qu'un seul cas, est dû au fait que les établissements de santé et les services de santé ont effectué le dépistage recommandé.»

Sundermann dit que l'enquête met en évidence le rôle que la surveillance basée sur le séquençage du génome entier dans les hôpitaux pourrait jouer afin d’identifier et arrêter plus rapidement les futures épidémies.

«Les hôpitaux devraient vraiment envisager de le faire, car vous trouvez des cas groupés à fort impact et à forte morbidité qui, autrement, ne sont pas détectées et sur lesquels vous pouvez intervenir», a-t-il dit. «Ainsi, vous pouvez aider les partenaires de santé publique, puis vous pouvez diriger vos interventions de prévention des infections afin de prévenir les épidémies de se propager dans votre propre hôpital.»

Des experts soulignent la puissance du WGS avant le lancement d'un guide de l'OMS

Le WGS est à la sécurité des aliments ce que le télescope Hubble a été pour l'astronomie.

«Des experts soulignent la puissance du WGS avant le lancement d'un guide de l'OMS»,source article de Joe Whitworth paru le 13 juin 2023 dans food Safety News.

Des scientifiques ont donné un aperçu d'une publication à venir sur l'utilisation du séquençage du génome entier (WGS) dans la sécurité des aliments.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) lancera un guide en juillet qui décrit les capacités qui doivent être en place avant que le WGS puisse être utile pour la surveillance des maladies d'origine alimentaire et la riposte aux épidémies, les options pour sa mise en œuvre et comment intégrer le WGS dans les systèmes existants.

Le Dr Eric Brown, du Center for Food Safety and Applied Nutrition (CFSAN) de la Food and Drug Administration des États-Unis, a dit que le WGS a été l'un des plus grands impacts récents de la science.

«Pour nous, le WGS a été synonyme de progrès en matière de sécurité des aliments, comme le télescope Hubble l'a été pour l'astronomie, pour le mettre en perspective et ce n'est pas un euphémisme. Il ne fait aucun doute que le WGS a révolutionné la façon dont nous pouvons surveiller et enquêter sur la contamination dans l'approvisionnement alimentaire», a-t-il déclaré aux participants d'un webinaire WHO Health Talks.

Développement de l'utilisation du WGS

Deux incidents mettant en évidence la puissance du WGS dans les premiers jours de son utilisation ont été partagés par Brown.

«L'un impliquait du beurre d’arachide, parce que nous avons vu des cas de maladie dans plusieurs régions du pays, seulement 2 ou 3 cas de maladie, nous avons pu les associer à un WGS haute résolution, comprendre qu'un événement de contamination au beurre d’arachide commençait à émerger et arrêter avant qu'il ne devienne une épidémie. Le second était un événement lié à du fromage de style mexicain où nous avons pu relier plusieurs États de la côte Est à un fournisseur de fromage commun. Cela signifiait que nous pouvions désormais trier rapidement une vaste zone géographique et relier les maladies associées et les produits contaminés le plus rapidement possible.»

Brown a déclaré que le changement de paradigme utilisait le WGS pour la traçabilité avec des données librement disponibles en temps réel.

«Cela a donné naissance au domaine de l'épidémiologie génomique, où au lieu que l'épidémiologie montre toujours la voie, parfois un signal génomique pourrait être produit tôt qui pourrait montrer un lien, puis l'épidémiologie peut retracer cela d'avant en arrière», a-t-il déclaré.

«Quelques caractéristiques du WGS qui le rendent si puissant sont qu'il faut moins de cas cliniques, une portée et une définition d'une épidémie beaucoup plus claires, nous pouvons déterminer ce qui est lié ou non plus rapidement, nous pouvons également effectuer un suivi des sources en temps réel. Les matières premières peuvent être tracées, ce qui donne lieu à une meilleure analyse des causes profondes, car cela peut vous dire de quelle matière première de quelle partie du monde la contamination pourrait provenir. Des véhicules alimentaires complexes comme une salade peuvent avoir des ingrédients qui commencent n'importe où dans le monde.

Brown a cité deux exemples récents de partage de données dans la base de données GenomeTrackr.

«Dans une série d'événements liés au tahini qui a été exporté à l'international, plusieurs pays ont pu identifier une source commune de contamination pour le tahini. Un autre exemple est les épidémies à Listeria associées aux champignons enoki. Cela impliquait quatre pays en particulier : l'Australie, la Corée du Sud, le Canada et les États-Unis qui ont partagé leurs données et vous pouviez voir un lien à partir d'une cause profonde qui s'est manifestée dans plusieurs pays», a-t-il déclaré.

«À l'heure actuelle, nous continuons d'améliorer le processus et la base de données avec une plus grande intégrité des données, un renforcement des capacités pour mettre la technologie entre les mains d'un plus grand nombre de personnes dans le monde et nous assurer que nous pouvons les partager autant que possible en temps réel. Comme mon collègue de la FDA Marc Allard aime à le dire, pour chaque millier de génomes que nous pouvons entrer dans la base de données, nous pouvons prévenir six cas supplémentaires de maladie chaque année. Nous savons désormais que l'utilisation accrue du WGS entraîne plus d'épidémies et d'événements de contamination que nous pouvons identifier et cela équivaut à moins de personnes malades.

Principaux éléments du guide de l'OMS

La Dr Kirsty Hope, responsable de la Foodborne and Waterborne Diseases and One Health Branch en Nouvelle-Galles du Sud, Australie, a déclaré que la détection précoce aide à réduire le fardeau de la maladie dans la communauté.

«Le WGS a une plus grande sensibilité et spécificité dans le sous-typage des agents pathogènes d'origine alimentaire. Il donne beaucoup d'informations sur les facteurs de virulence et la résistance aux antimicrobiens. Il nous permet de comparer les souches au niveau national ou international. Le module améliore notre surveillance de routine déjà en place pour les agents pathogènes d'origine alimentaire, permet la détection des épidémies, aide à la réponse aux épidémies et intègre la réponse One Health, avec des personnes chargées de la santé animale et de la sécurité des aliments, des laboratoires et des bases de données de séquences et d'isolats qui permettent une détection précoce.»

Le document d'orientation de l'OMS couvre les principes à prendre en compte pour décider s'il est approprié d'utiliser le WGS. Les pays ont besoin d'un système établi de surveillance et de riposte sur lequel ils peuvent s'appuyer. Il y a un besoin d'adhésion politique et financière et une charge de ressources lors de l'utilisation du WGS. Trois modules comprennent l'introduction, la surveillance et les enquêtes sur les éclosions.

«Nous avons essayé de reconnaître que les pays sont tous à des stades différents de leur développement et de leur utilisation du WGS, les modules sont configurés de manière à ce que vous puissiez extraire un composant et l'utiliser uniquement ou vous pouvez utiliser l'ensemble du document. Le premier module définit les capacités minimales nécessaires avant qu'un pays puisse s'embarquer dans ce voyage du WGS pour améliorer les investigations sur les épidémies et la surveillance de routine. Cela leur donne également des options pour les différentes façons de mettre en œuvre le WGS», a déclaré Hope.

«Le deuxième module concerne les enquêtes sur les épidémies et l'utilisation du WGS. Il est destiné aux pays qui en sont aux premières étapes de la surveillance en laboratoire des agents pathogènes alimentaires afin de pouvoir commencer à vous appuyer sur cela. Il explique comment vous pouvez utiliser le WGS pour détecter les épidémies et le processus de réponse. Le troisième module concerne la surveillance. C'est pour les pays qui ont un système de surveillance en laboratoire et qui est utilisé depuis un certain temps. Il y a un certain chevauchement entre les modules sur les épidémies et la surveillance. Les modules sont utilisés comme un processus pour vous aider à parcourir, réfléchir et planifier dans vos pays et différentes agences sur la façon d'aller de l'avant avec le WGS.

Des études de cas par le CDC, l'UKHSA et l'Agence de la santé publique du Canada et des épidémies fictives sont incluses dans les directives.

«Pour la surveillance et la réponse, nous essayons de prévenir les cas de maladie de se produire et prendre des mesures de santé publique. Pour ce faire, nous utilisons les informations des épidémiologistes et de nos collègues de la sécurité des aliments et de la santé animale. Le WGS est une partie et aide à faire notre travail avec plus de précision, mais l'épidémiologie traditionnelle et la collaboration sont toujours nécessaires. Il est également important d'être clair sur les questions que vous vous posez pour obtenir les réponses que vous voulez ou vous pourriez avoir plus de questions», a déclaré Hope.