Alors
que nous entrons dans le deuxième trimestre de la pandémie de
COVID-19, les tests de dépistage du coronavirus du syndrome
respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) étant de plus en plus
disponibles (bien que toujours limités et/ou lents dans certaines
régions), nous sommes confrontés à de nouvelles questions et les
défis concernant ce nouveau virus.
Quand
tester?
Qui
tester?
Que
tester?
À
quelle fréquence tester?
Et
que faire des résultats des tests?
Étant
donné que le SRAS-CoV-2 est un nouveau virus, il existe peu de
preuves sur lesquelles s'appuyer pour utiliser les tests et gérer
les diagnostics (1).
Plusieurs
points doivent être pris en considération pour commencer à
répondre à ces questions; en particulier, quels types de tests sont
disponibles et dans quelles circonstances sont-ils utiles?
Cette
compréhension peut aider à guider l'utilisation des tests aux
niveaux local, régional, étatique et national et informer ceux qui
évaluent la chaîne d'approvisionnement pour s'assurer que les tests
nécessaires sont et continuent d'être disponibles.
Ici,
nous expliquons les types de tests disponibles et comment ils
pourraient être utiles face à une situation en évolution rapide et
sans précédent. Il existe deux grandes catégories de tests
SRAS-CoV-2: ceux qui détectent le virus lui-même et ceux qui
détectent la réponse de l’hôte au virus. Chacun sera considéré
séparément.
Nous
devons reconnaître que nous avons affaire à (i) un nouveau virus,
(ii) une pandémie sans précédent dans les temps modernes, et (iii)
un territoire inexploré.
Dans
cet esprit, en l'absence d'une thérapie efficace ou d'un vaccin
éprouvé, les tests de diagnostic, que nous avons, deviennent un
outil particulièrement important, informant la gestion des patients
et potentiellement contribuant à sauver des vies en limitant la
propagation du SRAS-CoV-2.
Quel
est le test le plus approprié, et pour qui et quand?
En
théorie, si la population mondiale entière pouvait être testée en
même temps, avec un test fournissant 100% de spécificité et de
sensibilité (irréaliste, évidemment), nous pourrions être en
mesure d'identifier tous les individus infectés et de trier les gens
en ceux qui, à ce moment-là, étaient :
asymptomatique,
peu/modérément
symptomatique et,
sévèrement
symptomatique.
Les
symptômes asymptomatiques et peu/modérément symptomatiques
pourraient être mis en quarantaine pour éviter la propagation du
virus, avec les symptômes sévèrement gérés et isolés dans les
établissements de soins de santé.
Le
tracking
des contacts
pourrait
être effectué pour trouver ceux qui risquent d'être en période
d'incubation en raison de leur exposition. Alternativement, tester
une réponse de l'hôte, si, encore une fois, le test était
hypothétiquement sensible et spécifique à 100%, pourrait
identifier les personnes précédemment exposées au virus et (si
nous savions que cela était vrai, ce que nous ne faisons pas)
étiqueter ceux qui sont immunisés au virus, qui pourrait être
sollicité pour travailler dans des contextes où des personnes
potentiellement infectées (par exemple, des patients malades dans
les hôpitaux) pourraient autrement présenter un risque.
Malheureusement,
ces scénarios hypothétiques ne sont pas réalité. Cependant, avec
cette situation idéale comme guide, ce que nous avons aujourd'hui en
tant que tests devrait être soigneusement examiné en termes de
comment ils peuvent être utilisés pour rapprocher la crise actuelle
de la situation idéale, en particulier en l'absence de thérapies ou
de vaccins.
Bien
que le virus puisse être cultivé, cela est dangereux et ne se fait
pas systématiquement dans les laboratoires cliniques. Bien que la
détection d'antigènes viraux soit théoriquement possible, cette
approche n'a pas été, à ce jour, une approche primaire, mais une
approche que les participants au sommet ont considérée comme
méritant des recherches supplémentaires.
Essai
1. Essais pour l'ARN
viral
La
plupart des tests actuellement utilisés pour la détection directe
du SRAS-CoV-2 identifient l'ARN viral par amplification d'acides
nucléiques, généralement par PCR. Une considération importante
est exactement ce qui est testé pour l'ARN viral. Les tests qui
détectent l'ARN viral dépendent de la présence d'ARN viral dans
l'échantillon prélevé.
Les
types de
prélèvements
les plus couramment testés sont des écouvillons prélevés dans le
nasopharynx et/ou l'oropharynx, le premier étant considéré comme
un peu plus sensible que le second (2); si les deux sont collectés, les
deux écouvillons peuvent être combinés et testés simultanément
en une seule réaction pour conserver les réactifs.
Aujourd'hui,
les professionnels de la santé collectent ces écouvillons;
cependant, les preuves suggèrent que les patients ou les parents
(dans le cas des jeunes enfants) pourraient être en mesure de
recueillir leurs propres écouvillons (3,4). Après la collecte, les
écouvillons sont placés dans un liquide pour libérer le virus/ARN
viral des écouvillons en solution. Ensuite, l'ARN viral est extrait
de cette solution et ensuite amplifié (par exemple, par
transcription inverse-PCR ou
RT-PCR en anglais).
Pour
les patients atteints de pneumonie, en plus des sécrétions
nasopharyngées et orales, les sécrétions des voies respiratoires
inférieures, telles que les expectorations et le liquide de lavage
broncho-alvéolaire, sont testées. Il ne faut pas supposer que
chacun de ces éléments (par
ex.
écouvillon
nasopharyngé, crachats, liquide de lavage bronchoalvéolaire) aura
les mêmes chances de détecter le SRAS-CoV-2; les taux de détection
dans chaque type d’échantillon varient d’un patient à l’autre
et peuvent changer au cours de la maladie de chaque patient. Certains
patients atteints de pneumonie peuvent avoir des échantillons nasaux
ou oropharyngés négatifs mais un échantillon
positif
des voies respiratoires inférieures positif (5), par exemple. En
conséquence, la véritable sensibilité clinique de l'un de ces
tests est inconnue (et elle
n'est
certainement pas de 100%, comme dans le scénario hypothétique); un
test négatif n'écarte donc pas la possibilité qu'un individu soit
infecté. Si le test est positif, le résultat est probablement
correct, bien que l'ARN viral errant qui pénètre dans le processus
de test (par exemple, lorsque l'échantillon est collecté ou à la
suite d'une contamination croisée ou qu’un
test soit
effectué
par un technicien
de laboratoire infecté par le SRAS-CoV-2 [ce ne sont là que
quelques exemples]) pourrait éventuellement donner un résultat
faussement positif.
De
plus, nous notons que l'ARN viral n'est pas synonyme de virus vivant,
et donc, la détection d'ARN viral ne signifie pas nécessairement
que le virus peut être transmis à partir de ce patient. Cela dit,
les tests basés sur l'ARN viral sont les meilleurs tests que nous
ayons dans le cadre d'une maladie aiguë. Il est important de
reconnaître que la précision du test est affectée par la qualité
de l'échantillon, et il est donc essentiel que l'échantillon soit
obtenu de manière appropriée (et sûre). Le dépistage du
SRAS-CoV-2 chez les patients permet d'identifier ceux qui sont
infectés, ce qui est utile pour la prise en charge individuelle des
patients, ainsi que pour la mise en œuvre de stratégies
d'atténuation visant à prévenir la propagation dans les
établissements de santé et dans la communauté.
Tests pour le SRAS-CoV-2/COVID-19 et utilisations potentielles.
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Il
existe de nombreuses questions, défis et controverses sans réponse
concernant les tests de
détection d'ARN
viral. L'ARN peut se dégrader avec le temps. Il est à craindre que
la collecte d'échantillons pour les tests n'épuise la fourniture
d'équipements de protection individuelle essentiels nécessaires
pour soigner les patients infectés.
Des
stratégies alternatives pour la collecte d'échantillons, y compris
la collecte à domicile, doivent donc être envisagées soit par un
professionnel de la santé, soit par les patients eux-mêmes (ou par
un parent dans le cas de jeunes enfants); l'utilisation d'autres
types d'échantillons, tels que le liquide buccal ou les écouvillons
nasaux (s'ils s'avèrent fournir des résultats équivalents à ceux
des écouvillons nasopharyngés) doit également être envisagée.
La
propagation aux personnels
de
santé et au sein des établissements de santé et de soins de longue
durée est une considération primordiale pour la hiérarchisation
des tests; le dépistage des patients susceptibles de souffrir du
SRAS-CoV-2 qui se trouvent dans des établissements de soins de santé
ou des établissements de soins de longue durée, ainsi que des
personnels
potentiellement
malades essentiels à la riposte à la pandémie, y compris des
personnels
de
santé, des responsables de la santé publique et d'autres dirigeants
essentiels, est une priorité. Cela dit, le test de toute personne
présentant des symptômes compatibles avec COVID-19 doit être
envisagé, car des tests larges aideront à définir qui a cette
infection, ce qui permettra de contrôler sa propagation.
Étant
donné que le SRAS-CoV-2 peut infecter n'importe qui et entraîner
une transmission avant le début des symptômes, voire même sans que
des individus ne développent de symptômes, le test de patients
asymptomatiques pourrait même être envisagé. Malheureusement, on
sait peu de choses actuellement sur la détection d'ARN viral chez
les patients asymptomatiques, et de telles stratégies de test
peuvent étirer les ressources disponibles au-delà des limites
réalistes.
Certaines
thérapies futures pourraient mieux fonctionner si elles étaient
administrées tôt, ce qui nécessitera des tests précoces pour le
SRAS-CoV-2 afin de réaliser une efficacité maximale. Les questions
du nombre de tests nécessaires et du type à effectuer sur chaque
patient (pour le diagnostic primaire si les résultats du test
initial sont négatifs et par la suite pour documenter la clairance
du virus pour libérer les patients de l'isolement) restent ouvertes.
À
mesure que le nombre de tests disponibles pour le SRAS-CoV-2
augmente, de nouveaux défis, notamment la nécessité de (i) mieux
comprendre la variabilité des caractéristiques de performance des
différents tests (par exemple, sensibilité et spécificité), y
compris sur différents types d'échantillons, (ii) optimiser les
analyses à partir de leur conception d'origine (par exemple,
plusieurs cibles vers une seule cible) pour améliorer l'utilisation
des réactifs tout en conservant les caractéristiques de
performance, et (iii) surveiller les performances des tests compte
tenu du potentiel de mutation du virus, sont émergentes. Le dernier
point peut être résolu en séquençant périodiquement le virus
évolué pour rechercher des changements dans les régions de liaison
des amorces et des sondes qui pourraient affecter les performances
des tests basés sur la détection de l'ARN viral; le séquençage
périodique peut également aider à suivre l'évolution virale. De
plus, au fur et à mesure que les tests augmentent, la réduction du
délai d'obtention des résultats continuera d'être cruciale pour
mieux gérer les patients et les professionnels de la santé.
L'élaboration de diagnostics rapides au point de service est une
lacune et devrait être une priorité. La mesure des niveaux viraux
peut également être utile pour surveiller la récupération, la
réponse au traitement et/ou le niveau d'infectiosité. Les tests de
diagnostic actuels basés sur l'ARN sont principalement qualitatifs,
et bien qu'ils puissent être calibrés pour fournir des charges
virales, un processus standardisé n'existe pas actuellement. Il
convient de noter qu'il n'y a pas de seuil établi pour
l'interprétation des charges virales, qui peuvent varier selon les
hôtes.
Bien
que des
tests soient
devenus disponibles, leur énorme demande a créé des défis pour la
chaîne d'approvisionnement, compromettant leur disponibilité même;
cela comprend les problèmes de disponibilité des tampons
nasopharyngés, des réactifs et instruments d'extraction d'ARN et
des réactifs et instruments de PCR.
Même
avec des tests commerciaux approuvés par la FDA
et diffusés commercialement,
il y a des retards avec l'installation d'instruments et la fourniture
de réactifs/kits pour répondre à la demande sur de nombreux sites.
À l'heure actuelle, des efforts considérables sont déployés sur
plusieurs fronts pour relever les nombreux défis d'approvisionnement
entourant les tests et une continuité sécurisée des services de
test.
Essai
2 : La sérologie
L'autre
grande catégorie de tests est celle qui détecte les IgM, IgA, IgG
ou les anticorps totaux (généralement dans le sang). Le
développement d'une réponse anticorps à l'infection peut dépendre
de l'hôte et prendre du temps; dans le cas du SRAS-CoV-2, les
premières études suggèrent que la majorité des patients
séroconvertissent entre 7 et 11 jours après l'exposition au virus,
bien que certains patients puissent développer des anticorps plus
tôt. En raison de ce retard naturel, les tests d'anticorps ne sont
pas utiles dans le cadre d'une maladie aiguë. Nous ne savons pas
avec certitude si les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 qui se
rétablissent par la suite seront protégées, totalement ou
partiellement, contre une infection future par le SRAS-CoV-2 ou
combien de temps l'immunité protectrice peut durer; des preuves
récentes d'une étude sur les macaques rhésus suggèrent une
immunité protectrice après la résolution d'une infection primaire
(https://doi.org/10.1101/2020.03.13.990226;
cependant, d'autres études sont nécessaires pour le confirmer.
Les
tests d'anticorps pour le SRAS-CoV-2 peuvent faciliter (i) le
tracking
des contacts - les tests basés sur l'ARN peuvent également y
contribuer; (ii) la surveillance sérologique aux niveaux local,
régional, étatique et national; et (iii) l'identification de ceux
qui ont déjà eu le virus et peuvent donc (en cas d'immunité
protectrice) être immunisés.
En
supposant qu'il existe une immunité protectrice, les informations
sérologiques peuvent être utilisées pour guider les décisions de
retour au travail, y compris pour les personnes qui travaillent dans
des environnements où elles peuvent potentiellement être réexposées
au SRAS-CoV-2 (par exemple, les personnels
de
santé). Les tests sérologiques peuvent également être utiles pour
identifier les individus qui peuvent être une source d'anticorps
neutralisants thérapeutiques ou prophylactiques (actuellement
expérimentaux).
De
plus, les tests d'anticorps peuvent être utilisés dans des études
de recherche pour déterminer la sensibilité des tests PCR pour
détecter l'infection et être utilisés rétrospectivement pour
déterminer la véritable portée de la pandémie et aider au calcul
des statistiques, y compris le taux de létalité. Enfin, les tests
sérologiques peuvent éventuellement être utilisés à des fins
diagnostiques pour tester les individus à ARN viral négatif se
présentant tardivement dans leur maladie.
Les
participants au sommet ont noté que des tests pour les marqueurs de
l'hôte pourraient être nécessaires pour bien comprendre quels
patients sont à risque de développer une maladie grave de part leur
infection.
En
résumé, les deux catégories de tests pour le SRAS-CoV-2 devraient
être utiles dans cette éclosion. Nous avons la chance d'avoir les
technologies que nous utilisons
et
qui ont permis de rendre les diagnostics rapidement disponibles.
Il
y a probablement un lien direct entre la compréhension du niveau de
virus/maladie dans les communautés individuelles et l'acceptation
des mesures de contrôle qui nécessitent une action individuelle,
comme la distanciation sociale.
Maintenant,
nous devons assurer des efforts systématiques et coordonnés entre
les secteurs public, clinique, commercial et industriel pour garantir
des lignes d'approvisionnement robustes au milieu de la pandémie
afin que nous puissions tirer parti du pouvoir des tests pour lutter
contre la pandémie à laquelle nous sommes confrontés.
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