Affichage des articles dont le libellé est air. Afficher tous les articles
Affichage des articles dont le libellé est air. Afficher tous les articles

mardi 11 juillet 2023

Un nouvel outil de surveillance de l'air détecte les variants de la COVID-19 en 5 minutes

 

«Un nouvel outil de surveillance de l'air détecte les variants de la COVID-19 en 5 minutes», source article de Stéphanie Soucheray paru le 10 juillet 2023 dans CIDRAP News.

Un nouveau dispositif de preuve de concept conçu par des chercheurs de l'Université de Washington à Saint-Louis surveille des prélèvements d'air pour détecter des variants du virus de la COVID-19 en 5 minutes environ, selon une étude publiée dans Nature Communications.

L’étude est basée sur la construction antérieure par une équipe interdisciplinaire d'un biocapteur à micro-immunoélectrode (MIE) qui détecte la bêta-amyloïde comme biomarqueur de la maladie d'Alzheimer. Les chercheurs ont échangé l'anticorps qui reconnaît la bêta-amyloïde contre un nanocorps d'un lama qui reconnaît la protéine de pointe du virus SARS-CoV-2.

Utilisant la technologie des cyclones humides, le biocapteur permet aux échantillons d'air de se mélanger à des vitesses élevées, créant un vortex de surface piégeant les aérosols viraux. Cela permet au biocapteur de détecter les particules virales dans les fluides collectés.

«La récupération élevée du virus par le cyclone humide peut être attribuée à son débit extrêmement élevé, qui lui permet de prélever un plus grand volume d'air sur une collecte d'échantillons de 5 minutes par rapport aux préleveurs d’air disponibles dans le commerce», a dit le co-auteur principal Rajan Chakrabarty dans un communiqué de presse. Chakrabarty dirige le Complex Aerosol Systems Research Laboratory à l'Université de Washington.

Les chercheurs ont testé le biocapteur dans des chambres où deux personnes qui avaient récemment été testées positives pour la COVID-10 et sept échantillons d'air prélevés dans les chambres des patients ont correctement identifié les particules virales dans l'air.

Appareil compact et portatif

L'appareil est compact, mesurant 30,5 cm de large et 25,5 cm de haut, et a un débit de 1 000 litres par minute. Les auteurs de l'étude ont dit que l'appareil pourrait être utilisé par les écoles, les hôpitaux et les lieux publics pour détecter le SRAS-CoV-2, ainsi que d'autres virus aéroportés, notamment le virus respiratoire syncytial et la grippe. Il s'allume lorsqu'un virus est détecté, alertant ses opérateurs pour augmenter le débit d'air dans la pièce. 

«Si vous êtes dans une salle avec 100 personnes, vous ne voulez pas savoir cinq jours plus tard si vous pourriez être malade ou non. L'idée avec cet appareil est que vous pouvez savoir essentiellement en temps réel, soit toutes les 5 minutes, s'il y a un virus vivant», a déclaré le co-auteur principal John Cirrito.

lundi 19 septembre 2022

Etude de cas : Les silos de farine de l'usine de Buitoni Nestlé à Caudry

L’article sur le blog, La farine est bien à l'origine de la contamination des pizzas Fraich'Up par des STEC, selon Buitoni Nestlé, a suscité le commentaire pertinent suivant d’un internaute,  

Espérons que les investigations auront couvert l’étape des livraisons de la farine en citerne vrac.

Il est fréquent dans le secteur des farines que les citernes vrac ne soient lavées que toutes les 6 semaines, et/ou quand la glue, formée par le gluten en présence de condensation, compromets le dépotage.

Après 6 semaines d’utilisation, la couche de moisissures & levures peut être «intéressante» à observer visuellement, en particulier sur la face interne du sommet de la citerne et dans le cône de fluidisation.

Dans ce cas, le traitement thermique de la farine avant son chargement en citerne vrac ne peut suffire à garantir la propreté microbiologique de la farine à réception dans l’usine de transformation.

Ceci est encore plus complexe sur des citernes vrac à plusieurs compartiments avec un collecteur commun ; et dépotant avec un air de pousse venant d’un compresseur camion à filtre G3.

La maîtrise de la condensation est difficile mais essentielle. La condensation peut apparaître dès le premier chargement après le lavage de la citerne.

Quelques transporteurs pionniers proposent des citernes vrac sous ventilation permanente contrôlée. Cependant la filtration de l’air n’est pas toujours au niveau d’un air usine F7 et plus.

Les 4 silos de farine sur le site de Caudry : les photos semblent montrer une protection minimale contre les intempéries des systèmes de ventilation (filtres et vannes de pressurisation) situés en sommet des silos. Sûrement une piste d’amélioration.

En réponse à ces éléments, j’indiquais,

Merci de votre commentaire documenté. Comme l’avez bien dit «Espérons que». Ce la étant, sur un reportage vidéo de France info et une autre vidéo de La Voix du Nord, toutes deux du 13 avril 2022, on voit la situation que vos avez décrite sur le haut des quatre silos avec des gendarmes réalisant des prélèvements.
Pour les lecteurs du blog non familiers avec la filtration de l’air, ce lien peut s’avérer utile.

L’internaute a répondu à mon commentaire.

Merci pour les liens vidéos!
La vidéo de la Voix du Nord de 1:03 m'a fait frissonner : elle montre des prélèvements faits en sommet de silos sous la pluie et le vent... Ce qui souligne le fragilité hygiénique des silos de stockage extérieurs et sans cahute fermée en sommet de silos pour protéger les points de contact pluri-quotidiens avec l'extérieur (vannes compression et décompression) et de contacts moins fréquents mais plus larges (trappe ouverte pendant le changement des filtres, prélèvements, maintenance, nettoyage etc).

Le sommet des silos de stockage de matières à risques microbiologiques devrait être considéré et appréhendé comme une zone...à risque !

J’indiquais en réponse, «Comme quoi, il est possible de faire un audit à distance.»
Voici donc ces deux vidéos afin de vous faire votre propre opinion.

Vidéo de France info 13 avril 2022. L’usine de Caudry perquisitionnée suite à l’ouverture d’une enquête, les silos sont visibles à partir de 00:17.
Vidéo de La Voix du Nord du 13 avril 2022. Une perquisition dans l’entreprise Buitoni de Caudry, les silos sont présents à partir de 1:03
Si vous aussi souhaitez apporter des observations à partir des commentaires et/ou des vidéos, n'hésitez pas, le blog vous est ouvert ...

mardi 8 mars 2022

Les masques en tissu sont inférieurs dans la protection contre la propagation virale aéroportée, selon une nouvelle étude

Légende de l'image. Le tissu (fabric) est un matériau poreux avec une structure sur plusieurs échelles de longueur. Les trois images du haut, de gauche à droite, représentent des échelles de longueur successivement plus petites. À la plus grande échelle de longueur, le tissu est un treillis tissé à partir de fils (yarn) perpendiculaires qui passent par-dessus et desssous d'autres fils à angle droit par rapport à eux. Crédit Richard P. Sear.  

On sait désormais en France que les masques en tissus ne sont plus recommandés, certains lieux mettent cela en avant car «Les masques en tissu sont inférieurs dans la protection contre la propagation virale aéroportée», source journal Physics of Fluids en liaison avec l’article Modeling the filtration efficiency of a woven fabric: The role of multiple lengthscales.

Comme de nombreux autres virus, le COVID-19 se transmet principalement par des particules transportées dans l'air. Une personne infectée expire des particules contenant le virus dans l'air, qui peuvent ensuite être inhalées par une autre personne, qui devient alors infectée.

Les masques sont largement considérés comme une défense de première ligne importante contre la transmission aérienne de la maladie, comme le prouve une prépondérance de preuves. Alimentée par le variant omicron, la dernière vague de la pandémie a incité les responsables de la santé publique à recommander des masques plus protecteurs car tous les masques ne sont pas créés égaux.

Dans Physics of Fluids, par AIP Publishing, des chercheurs d'Angleterre, d'Allemagne et de France concentrent leur expertise, et leurs microscopes, sur l'examen de l'efficacité de la filtration des particules par du tissu tissé, qui, contrairement au matériau utilisé dans les filtres à air et les masques standard, consiste en fibres torsadées en fils. Il existe donc deux échelles de longueur : les diamètres de la fibre et du fil.

À l'aide d'images 3D produites par microscopie confocale pour voir les canaux d'écoulement d'air, les scientifiques simulent le flux d'air à travers ces canaux et calculent l'efficacité de filtration pour les particules d'un micromètre et plus de diamètre. L'étude conclut que pour les particules de cette gamme de taille, l'efficacité de filtration est faible.

«Les masques sont des filtres à air et les tissus tissés, comme le coton, font de bons jeans, chemises et autres vêtements, mais ce sont de mauvais filtres à air», a déclaré le co-auteur Richard Sear, de l'Université du Surrey. «Donc, utilisez du tissu tissé pour les vêtements et des N95 ou FFP2 ou KF94 pour les masques.»

En effet, les simulations de flux suggèrent que lorsqu'une personne respire à travers un tissu, la majeure partie de l'air circule à travers les interstices entre les fils du tissu tissé, entraînant avec lui plus de 90% des particules.

«En d'autres termes, ces écarts relativement importants sont responsables du fait que le tissu est un mauvais matériau pour fabriquer des filtres à air», a déclaré Sear. «En revanche, la couche filtrante d'un masque N95 est constituée de fibres beaucoup plus petites de 5 micromètres avec des espaces 10 fois plus petits, ce qui le rend bien meilleur pour filtrer les particules désagréables de l'air, comme celles contenant des virus.»

Alors que des recherches antérieures ont révélé des résultats similaires, cette étude est la première à simuler des particules traversant directement les interstices du tissu tissé.

Sear a ajouté que les bons masques devraient comporter les «deux Fs pour bonne filtration et bon fit ou bon ajustement».

Les masques chirurgicaux s'adaptent mal, donc beaucoup d'air passe non filtré au-delà des bords du masque par les joues et le nez», a déclaré Sear.

Aux lecteurs du blog
Pour une triste question d’argent, 500 euros, la revue PROCESS Alimentaire prive les lecteurs de 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles, étant donné le nombre important de lecteurs. Le départ du blog de la revue a été uniquement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog.

mercredi 12 janvier 2022

Les sèche-linges sont une source sous-estimée de microfibres en suspension dans l'air

Les sèche-linges individuels pourraient rejeter jusqu'à 120 millions de microfibres par an dans l'environnement, selon une étude pilote.
«Les sèche-linges sont une source sous-estimée de microfibres en suspension dans l'air», source ACS News.

Référence: Microfibers Released into the Air from a Household Tumble Dryer, Environmental Science & Technology Letters.

Personne n'aime quand ses vêtements préférés se trouent ou s'effilochent après de nombreux cycles de machine à laver. Mais qu'arrive-t-il aux fragments de tissu et de couture qui se détachent ? Bien que l'on sache que le lavage des vêtements libère des microfibres dans les eaux usées, l'impact du séchage sur l'environnement n'est pas clair. Désormais, une étude pilote publiée dans Environmental Science & Technology Letters de l'ACS rapporte qu'un seul sèche-linge pourrait décharger jusqu'à 120 millions de microfibres par an, bien plus que les machines à laver.

Les microfibres peuvent provenir de tissus naturels, tels que le coton, ou synthétiques, tels que le polyester, qui sont également considérés comme des microplastiques. La libération de microfibres dans l'environnement est préoccupante car elles peuvent adsorber et transporter des polluants sur de longues distances. Et les fibres elles-mêmes peuvent être irritantes si elles sont ingérées ou inhalées. Des études antérieures ont montré que les microfibres sont libérées des lave-linges dans l'eau de lessive, mais ces déchets sont traités, éliminant une partie ou la plupart des fibres avant que l'eau ne soit déversée dans les rivières ou les ruisseaux. Cependant, il existe très peu d'informations sur la question de savoir si les sèche-linges, dont l'air passe à travers un conduit et est évacué directement vers l'extérieur, sont une source importante de microfibres en suspension dans l'air et de contamination de microplastiques dans la nature. Ainsi, Kai Zhang, Kenneth Leung et leurs collègues ont voulu compter les microfibres générées par les vêtements en coton et en polyester dans un sèche-linge pour estimer la quantité rejetée dans l'air extérieur par le linge d'un ménage chaque année.

Les chercheurs ont séché séparément les vêtements en polyester et ceux en coton dans un sèche-linge doté d'un conduit d'aération vers l'extérieur. Alors que la machine fonctionnait pendant 15 minutes, ils ont collecté et compté les particules en suspension dans l'air qui sortaient de l'évent. Les résultats ont montré que les deux types de vêtements produisaient des microfibres, ce qui, selon l'équipe, provient du frottement des vêtements qui se frottent les uns aux autres lorsqu'ils sont brassés. Pour les deux tissus, le sèche-linge a libéré entre 1,4 et 40 fois plus de fragments microscopiques que ceux générés par les machines à laver dans les études précédentes pour la même quantité de vêtements. Ils ont également constaté que la libération de microfibres de polyester augmente avec plus de vêtements dans la séche-linge, tandis que la libération de microfibres de coton reste constante quelle que soit la taille de la charge. Les chercheurs suggèrent que cela se produit parce que certaines microfibres de coton s'agrègent et ne peuvent pas rester en suspension dans l'air, un processus qui ne se produit pas pour le polyester. Enfin, l'équipe a estimé qu'entre 90 et 120 millions de microfibres sont produites et rejetées dans l'air extérieur par le sèche-linge d'un ménage canadien moyen chaque année. Pour maîtriser la libération de ces microfibres en suspension dans l'air, des systèmes de filtration supplémentaires devraient être adaptés pour les évents du sèche-linge, selon les chercheurs.

Complément du 14  janvier 2022. Suivez les conseils de l'Anses ...

Aux lecteurs du blog
A cause ou grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue. Triste histoire de sous car la revue estime qu’elle n’a pas les moyens de maintenir la diffusion de ces articles, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Merci de leur faire part de cette anomalie.

mercredi 22 décembre 2021

Des microplastiques retrouvés dans l’« air pur » des Pyrénées

Je vous souhaite un très bon et très joyeux Noël, de belles fêtes de fin d’année

«Des microplastiques retrouvés dans l’« air pur » des Pyrénées», source communiqué du CNRS du 21 décembre 2021.

© Jeroen Sonke 
Après la découverte de microplastiques dans les fleuves, les océans ou encore la neige, c’est dans l’« air pur » des montagnes que leur présence a été confirmée. En effet, une équipe de recherche internationale impliquant des scientifiques du CNRS, de l’Université Grenoble Alpes et de l’Université de Strathclyde (Ecosse) a découvert la présence de microplastiques au sommet du Pic du Midi (2 877 mètres d’altitude). Grâce à une pompe installée à l’Observatoire du Pic du Midi aspirant 10 000 m3 d’air par semaine, l’équipe de recherche a pu analyser la composition de cet air de haute altitude et ainsi déterminer la présence d’environ un microplastique tous les 4 m3. Ces polymères, comme le polystyrène ou le polyéthylène, trouvent leur origine dans les emballages. Si leur présence ne représente pas de risque directe, elle reste surprenante dans un endroit éloigné des sources de pollution. Les scientifiques ont également réussi à déterminer l’origine de ces particules grâce à des modélisations mathématiques des trajectoires des masses d’air. Ces plastiques proviendraient d’Afrique, d’Amérique du Nord ou encore de l’océan Atlantique, confirmant un transport aérien intercontinental des microplastiques. Ces résultats, publiés dans Nature Communications le 21 décembre 2021, décrivent une étape du cycle de vie des microplastiques, tout en permettant d’expliquer leur présence dans des régions reculées du monde, comme les pôles ou l’Everest.

Aux lecteurs du blog
Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivanthttp://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ...

vendredi 26 novembre 2021

COVID-19, souffler n'est pas jouer !

Le site de l’association Robin des bois attire l’attention sur «les catapultes à COVID et autres pathogènes». Il est rapporté,  

Les souffleurs de feuilles à air pulsé, fonctionnant au pétrole ou avec des batteries au plomb ou au lithium, dispersent des agents toxiques et infectieux dont les coronavirus. Le Haut Conseil de la Santé Publique (HCSP) saisi par la Direction Générale de la Santé (DGS) a recommandé dans son avis du 4 avril 2020 pendant la première des vagues Covid, de «ne surtout pas employer d’appareils pour souffler des poussières des sols de type souffleurs de feuilles».  

La phrase exacte de l’avis du 24 avril 2020 du HCSP, Préconisations du Haut Conseil de la santé publique relatives à l’adaptation des mesures barrières et de distanciation sociale à mettre en œuvre en population générale, hors champs sanitaire et médico-social, pour la maîtrise de la diffusion du SARS-CoV-2, est la suivante:

«De ne pas employer d’appareils pouvant souffler des poussières des sols de type souffleurs de feuilles ou jet à pression

C'est sans doute une des raisons qui font qu'à Paris, les feuilles tombées des arbres s'accumulent sur les trottoirs, devenus ainsi de véritables patinoires ...

Cela étant, des souffleurs d’air, il en existe ailleurs …

Sur l’hygiène des mains, l’avis du HCSP indique que c’est une mesure essentielle pour lutter contre la transmission croisée des virus entre les personnes.

L’hygiène des mains comprend le lavage à l’eau et au savon pendant au moins 30 secondes, avec un séchage soigneux de préférence avec une serviette en papier jetable. Les serviettes à usage partagé sont à proscrire.

Ce qui n’est pas indiqué en revanche, c’est de proscrire les sèche-mains électriques ou automatiques car ce sont des souffleurs ou de jets d’air pulsé pour le séchage des mains !

Le blog avait déjà rapporté cela en juillet 2020 dans Les sèche-mains électriques peuvent-ils servir de réservoir microbien pour une contamination?

Ainsi, l’Anses n’indique pas clairement comment se sécher les mains, y compris dans sa fiche sur l’hygiène domestique, mis à part d’éviter les torchons sales …

Les lecteurs du blog savent que le meilleur séchage des mains est obtenu avec un essuie-mains en papier à usage unique. Ils savent aussi que par temps de Covid ou non, il ne faut pas utiliser de sèche-mains électriques ou automatiques

Un article scientifique avaient rapporté ce qu’il en est de ces sèche-mains soit disant automatiques dans «Les sèche-mains automatiques peuvent être une source de contamination microbienne», source ASM News.

L’étude présentée lors de ASM Microbe Online avait révélé que les sèche-mains automatisés pour toilettes peuvent héberger et propager des bactéries, notamment des staphylocoques et des coliformes. L'étude a montré qu'après le lavage des mains, les mains peuvent être inoculées de nouveau par des micro-organismes présents à l'intérieur du sèche-mains.

Malheureusement dans des questions-réponses, l'OMS tombe dans le panneau et rapporte à propos du Nouveau coronavirus (2019-nCoV) : conseils au grand public - En finir avec les idées reçues,

Les sèche-mains sont-ils efficaces pour tuer le nCoV 2019 ?
Non. Les sèche-mains ne sont pas efficaces pour tuer le 2019-nCoV. Pour vous protéger contre le nouveau coronavirus, vous devez vous nettoyer fréquemment les mains avec un produit hydro-alcoolique ou à l’eau et au savon. Une fois que vos mains sont propres, vous devez les sécher soigneusement à l’aide de serviettes en papier ou d’un séchoir à air chaud.
Aux lecteurs du blog
Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivanthttp://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ... 

jeudi 11 novembre 2021

Des chercheurs découvrent un nouveau moyen de détecter le coronavirus à travers les systèmes de ventilation des bâtiments

«Détection aéroportée. Des chercheurs de l'ECU découvrent un nouveau moyen de détecter le coronavirus à travers les systèmes de ventilation des bâtiments», source communiqué de l’East Carolina University.

Des chercheurs de la Brody School of Medicine de l'East Carolina University ont trouvé un nouveau moyen de détecter le virus qui cause la COVID-19 en analysant l'air traversant les systèmes de ventilation des bâtiments. La découverte pourrait conduire à une détection plus précoce du virus, à des protocoles de quarantaine améliorés, à une transmission réduite et à moins d'épidémies.

Le Dr Sinan Sousan, professeur au Département de santé publique et de recherche de Brody au North Carolina Agromedicine Institute, et expert en exposition environnementale et professionnelle à l'air, et la Dr Rachel Roper, professeur au Département de microbiologie et d'immunologie avec une importante connaissance sur l'étude des coronavirus, a été le fer de lance des efforts pour savoir si le SRAS-CoV-2 pouvait être détecté dans les systèmes de chauffage, de ventilation et de climatisation (CVAC) dans les dortoirs des étudiants.

Leurs travaux ont été récemment publiés dans The American Journal of Infection Control (texte complet en accès libre) et représentent une percée dans la manière dont le virus peut être détecté avant qu'un individu ne soit positif.

«Je pense que c'est important parce que vous voulez savoir si quelqu'un dans le bâtiment est infecté, potentiellement contagieux et infectant d'autres personnes, c'est donc une mesure de santé publique vraiment importante», a dit Roper à propos de l'étude, ajoutant que cette méthode pourrait également être utilisée pour rechercher d'autres virus et pathogènes en suspension dans l'air, tels que le virus de la grippe.

Les chercheurs ont collecté des échantillons dans deux grands dortoirs pour étudiants et une suite d'isolement hébergeant des étudiants, qui avaient été testés positifs pour la COVID-19, plusieurs fois par semaine pendant plus de trois mois à partir de janvier 2021.

L'équipe de Sousan a collecté un total de 248 échantillons d'air, testant quatre méthodes de collecte qui déposaient des échantillons dans de petits filtres, des solutions salines et des cartouches qui ont ensuite été conservés et transportés au laboratoire de Roper pour une analyse par RT-PCR. Les tests ont révélé la présence du SRAS-COV-2 dans les échantillons d'air de la salle d'isolement dans 100% du temps. Dans les dortoirs où les étudiants n'étaient pas déjà en isolement de la COVID-19, les chercheurs ont pu détecter le virus dans les échantillons d'air dans 75% du temps lorsque les étudiants du même étage ont ensuite été testés positifs via un écouvillon nasal.

L'astuce du succès consistait à capturer des échantillons d'air avec un virus suffisamment concentré pour être détecté et à maintenir la stabilité du virus dans les échantillons pour le ramener au laboratoire avec de l'ARN intact pour l'analyse PCR, a dit Roper.

De la même manière que pour tester les eaux usées d'un bâtiment, la mise en œuvre d'un échantillonnage de l'air du bâtiment à plus grande échelle pourrait permettre une détection plus précoce du virus, en particulier dans les espaces partagés.

«La détection dans l'air fournit un préavis d'expositions potentielles à des endroits spécifiques dans un bâtiment», a dit Mike Van Scott, vice-chancelier par intérim de la division de la recherche, du développement économique et de l'engagement d'ECU. «Il était fortuit que le SRAS-CoV-2 puisse être détecté dans les eaux usées, mais le prochain virus respiratoire que nous rencontrerons pourrait ne pas être aussi stable, et la détection dans l'air nous permettrait de réagir rapidement.»


Aux lecteurs du blog
Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivanthttp://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ...

dimanche 8 août 2021

Comment les microbiomes urbains contribuent à l'écologie de la vie en ville

«Comment les microbiomes urbains contribuent à l'écologie de la vie en ville», source article de Madeleine Baron dans ASM News.

Chaque ville a un microbiome. En fait, les paysages urbains hébergent des communautés microbiennes résidentes et transitoires qui peuplent tout, du sol et de l'air aux eaux usées et à l'intérieur et à l'extérieur des bâtiments. La composition de ces communautés varie d'une ville à l'autre. Il est important de noter que les microbes citadins jouent de nombreux rôles, largement inexplorés, dans la structure et la fonction des espaces urbains et la santé de ceux qui les habitent. Une meilleure compréhension des microbiomes urbains pourrait faciliter la conception de villes avec des microbes et leur importance pour le bien-être de la ville et des citoyens.

Comme le microbiome humain se compose de consortiums microbiens habitant des régions du corps (c'est-à-dire l'intestin, la peau, les poumons, etc.), les microbiomes urbains sont un ensemble de communautés microbiennes qui occupent divers réservoirs dans les paysages urbains, des profondeurs des égouts aux sommets des bâtiments. En tant que tel, il existe plusieurs réservoirs avec des rôles connus et émergents dans la santé et le fonctionnement des villes et de leurs habitants.

Sol

Le sol est l'une des substances les plus microbiennes et les plus diversifiées de la planète, et les écologistes microbiens découvrent les merveilles du microbiome du sol depuis des décennies. Les sols urbains (en particulier ceux des espaces verts, comme les parcs) contiennent une biodiversité considérable. En fait, Central Park à New York conserve un degré de diversité microbienne comparable à celui des paysages naturels du monde entier, y compris les sols tropicaux et désertiques. Comme dans les milieux naturels, les microbes du sol remplissent des fonctions biochimiques importantes pour l'écosystème urbain, notamment en facilitant le cycle des nutriments et le stockage du carbone.

Au-delà de ces fonctions, les microbes du sol urbain peuvent affecter la santé des habitants de la ville. Il est bien établi que les interactions avec les microbes environnementaux, y compris ceux du sol, sont nécessaires au bon développement et au bon fonctionnement du système immunitaire. Les sols urbains peuvent également héberger des pathogènes issus de la contamination par les eaux usées et d'autres déchets, ainsi que de nouveaux produits naturels dérivés de microbes ayant un potentiel thérapeutique. Des gènes microbiens censés coder un certain nombre de produits naturels thérapeutiquement pertinents, y compris l'agent anticancéreux épothilone et l'antibiotique érythromycine, ont été identifiés dans les sols des parcs de la ville de New York.

Air

L'air contient des populations microbiennes transitoires dont les compositions varient en fonction de l'utilisation des terres (par exemple, quelle partie du paysage est recouverte de végétation par rapport au béton). Les microbes qui occupent les surfaces des plantes peuvent être balayés dans l'atmosphère et aider à façonner la composition d’«aérobiome». En tant que telles, les communautés bactériennes planant au-dessus des parcs urbains sont distinctes et plus diversifiées sur le plan de la composition que celles au-dessus des parkings. De plus, le type de végétation dans les zones urbaines influence la diversité des aérobiomes urbains, avec une plus grande diversité microbienne observée dans les régions riches en arbres par rapport aux zones herbeuses.

Du point de vue de la santé, des études ont établi un lien entre les aérobiomes urbains et de moins bons résultats pour la santé par rapport aux zones rurales, notamment une prévalence accrue d'affections telles que l'asthme et les allergies. Cela peut être dû à l'abondance et à la diversité microbiennes accrues dans l'air rural par rapport aux zones urbaines, bien que seules quelques études aient évalué expérimentalement le lien entre les aérobiomes ruraux et urbains et la santé humaine. Ces études suggèrent que, par rapport aux espaces urbains, les aérobiomes ruraux orientent la réponse immunitaire vers une réponse T-régulatrice et de type Th1 (cellules T helper de type 1) plutôt qu'une réponse Th2 associée à l'allergie et l'asthme. Néanmoins, il existe un plus grand besoin d'explorations mécanistes sur les facteurs qui façonnent les communautés microbiennes aéroportées et leurs effets sur les citadins.

Eaux usées

Sous les villes animées se trouvent des réseaux de canalisations d'égouts; à travers ces tuyaux s'écoulent les déchets humains, les produits chimiques et les eaux de ruissellement. Les systèmes d'égouts contiennent des consortiums microbiens qui maintiennent des taxons de communautés sources (par exemple, des microbes dérivés d'excréments humains), mais diffèrent également de ces sources, suggérant une adaptation des microbes à l'environnement nutritionnellement et chimiquement distinct du système d'égouts. 

De plus, les biofilms bactériens le long de l'intérieur des tuyaux sont uniques du point de vue de la composition des populations transitoires dans les déchets qui s'écoulent, mettant l'accent sur la diversité de l'habitat au sein du système d'égout lui-même. Notamment, les eaux usées peuvent être utilisées pour surveiller la prévalence et la propagation des microbes pathogènes, y compris le SRAS-CoV-2, ainsi que des organismes résistants aux antibiotiques. Les microbes sont également bénéfiques pour la purification des déchets ; les usines de traitement des eaux usées s'enrichissent en micro-organismes qui digèrent les boues (c'est-à-dire les eaux usées filtrées pour éliminer le sable) pour les étapes ultérieures de purification de l'eau.


Bâtiments
Les villes ne sont pas appelées «jungles de béton» pour rien, les surfaces artificielles sont les fondements de la vie urbaine. L'intérieur des bâtiments héberge des assemblages de microbes largement dérivés de l'homme, comme ceux de la peau, ainsi que ceux introduits par l'air, le sol et l'eau. Les interactions avec ces microbes peuvent conduisent principalement à l'acquisition de microbes pathogènes et bénéfiques.

L'extérieur des bâtiments, qui communique avec l'air et d'autres réservoirs, héberge des communautés microbiennes qui influencent l'intégrité structurelle de la ville. Par exemple, les bactéries oxydant les sulfures déposées sur les surfaces des bâtiments peuvent produire des acides qui dégradent les métaux, tandis que certains champignons peuvent se transformer en pierre et produire des métabolites qui causent des dommages physiques et biochimiques. D'autre part, les microbes peuvent également protéger contre une telle dégradation et destruction. Par exemple, certains microbes non corrosifs produisent des antimicrobiens qui inhibent la croissance des espèces corrosives. Une meilleure compréhension des attributs structurels et fonctionnels des communautés habitant l'environnement ‘bâti’ peut favoriser l'application de méthodes microbiologiques pour préserver l'architecture de la ville, y compris les éléments précieux comme les monuments.

Bien que chacun des réservoirs ci-dessus soit caractérisé par son propre profil microbien, le microbiome urbain dans son ensemble est un ensemble de ceux associés à son sol, son atmosphère, son eau et ses surfaces. Les communautés microbiennes au sein des réservoirs se croisent pour façonner l'écosystème microbien à l'échelle de la ville. De plus, il existe des réservoirs au-delà de ceux discutés ici, tels que les animaux et les humains, qui contribuent aux assemblages microbiens des paysages urbains.

La composition des microbiomes urbains est spécifique à la ville

Il existe des variations considérables dans la composition des microbiomes urbains à travers le monde. Des facteurs tels que l'abondance d'espaces verts et l'exposition du sol, l'architecture urbaine et la composition des eaux usées varient d'une ville à l'autre. D'autres facteurs comme la géographie et le climat influencent également le type de microbes qui survivent dans les paysages urbains. Par conséquent, aucune ville n'a le même microbiome. Lorsque les scientifiques ont effectué des analyses du microbiome sur des échantillons prélevés sur diverses surfaces dans des immeubles de bureaux à Toronto, au Canada, Flagstaff, Arizona et San Diego, Californie, ils ont découvert que chacun présentait une structure de communauté bactérienne spécifique à la ville.

Plus récemment (et à plus grande échelle), le séquençage métagénomique d'échantillons prélevés dans des stations de transport en commun dans 60 villes du monde, de Denver à Tokyo, a révélé que chaque ville avait une empreinte microbienne unique. Il est important de noter que ces empreintes n'étaient pas des reflets directs des microbiomes humains ou du sol, illustrant que le microbiome urbain dans son ensemble est plus que la somme de ses parties. De plus, les chercheurs ont identifié 750 bactéries et plus de 10 900 virus dont les séquences ne correspondaient à aucune base de données de référence, soulignant qu'une grande partie de la vie microbienne habitant les espaces urbains, et leurs implications fonctionnelles en termes de structure de la ville et de santé des résidents, restent à explorer. Cette variation microbienne offre une excellente occasion de comprendre comment l'emplacement, la conception et les opérations de la ville influencent son microbiome, ce qui pourrait donner un aperçu de la façon dont les villes peuvent façonner leur microbiome pour un avantage fonctionnel maximal.

Vers une compréhension fonctionnelle des microbiomes urbains

Les progrès technologiques ont rendu de plus en plus évidents la complexité, le dynamisme et l'importance potentielle des microbiomes urbains, et de nombreuses questions restent sans réponse. Par exemple, l'importance relative des réservoirs microbiens spécifiques (par exemple, le sol, l'air, etc.) dans le paysage urbain varie-t-elle en fonction de la ville et du temps ? Comment les populations microbiennes au sein de ces réservoirs interagissent-elles et s'influencent-elles les unes les autres ? Une meilleure compréhension de ces interactions fournirait une vision plus nuancée des réseaux microbiens complexes qui définissent les microbiomes urbains dans leur ensemble.

De plus, une grande partie de ce que l'on sait sur les microbiomes urbains provient d'analyses d'acides nucléiques microbiens (principalement bactériens) dispersés dans les espaces urbains. Bien que cette approche donne un aperçu de la composition et des fonctions potentielles des communautés microbiennes, elle fait peu pour révéler les fonctions biologiques et écologiques réelles des microbes urbains et ce qu'elles signifient pour la santé humaine. Détecter les fragments d'ADN de pathogènes, par exemple, ne signifie pas nécessairement qu'ils sont largement répandus, ou même vivants. En effet, une analyse métagénomique du métro de New York a détecté Yersinia pestis et Bacillus anthracis (bactéries respectivement responsables de la peste et de la fièvre charbonneuse), bien que l'absence de cas signalés de peste ou de fièvre charbonneuse dans la ville suggère que ces pathogènes ne posent pas de problème de risque net pour la santé humaine. En fin de compte, obtenir des informations phénotypiques sur les communautés microbiennes urbaines, couplées à des enquêtes approfondies sur si et comment elles interagissent avec les humains et les infrastructures, permettrait de faire la lumière sur le rôle et l'utilisation potentielle de ces microbes dans la modulation de la santé de nos villes.

lundi 26 avril 2021

Covid-19 : Que savons-nous de la transmission aérienne du SARS-CoV-2 ?

«Covid-19: Que savons-nous de la transmission aérienne du SARS-CoV-2?», source BMJ 2021;373:n1030.

La façon dont le Covid-19 se propage est l'une des questions les plus débattues de la pandémie. Chris Baraniuk explique ce que les preuves nous disent sur la transmission aérienne du virus

Que signifie la transmission aéroportée?

Les scientifiques font la distinction entre les maladies infectieuses respiratoires classées comme «aéroportées» - qui se propagent par des aérosols en suspension dans l'air - et les infections qui se propagent par d'autres voies, y compris des «gouttelettes» plus grosses.

Les aérosols sont de minuscules particules liquides des voies respiratoires qui sont générées lorsque quelqu'un expire, parle ou tousse, par exemple. Ils flottent dans l'air et peuvent contenir des virus vivants, comme la rougeole et la varicelle. Les deux sont des exemples de maladies hautement infectieuses classées comme aéroportées parce qu'elles sont connues pour se propager par aérosols.

En revanche, on pense que des maladies comme la grippe se propagent principalement par des gouttelettes respiratoires plus grosses. Celles-ci ne flottent pas aussi facilement et sont plus susceptibles de tomber au sol à moins de 1 à 2 m de la source.

Une maladie aéroportée pourrait être globalement plus transmissible. Par exemple, les aérosols produits par la personne infectieuse A pourraient s'accumuler dans une petite pièce mal ventilée au fil du temps. La personne A peut quitter la pièce mais laisser ses aérosols derrière elle. Si la personne B arrivait alors dans la pièce et y passait du temps, elle pourrait potentiellement être infectée en respirant l'air contaminé.

Mais ces deux modes de transmission - aéroportée ou à base d'aérosol versus gouttelettes - ne s'excluent pas nécessairement mutuellement et les définitions de «gouttelette» et d'«aérosols» posent problème. «Ils devraient changer la terminologie», dit Julian Tang, virologue consultant à la Leicester Royal Infirmary. «Les gouttelettes ont touché le sol, elles ne sont pas inhalées. Tout le reste est un aérosol lorsqu'il est inhalé, quelle que soit sa taille.»

Les conseils de l'Organisation mondiale de la santé, les aérosols sont des particules liquides de cinq microns ou moins de diamètre. En réalité, de plus grosses particules d'humidité peuvent également rester en suspension pendant un certain temps dans l'air, en fonction de conditions telles que la température et l'humidité, dit Tang. Cela signifie qu'il peut être difficile d'établir qu'un virus n'a vraiment aucune possibilité de transmission aérienne.

Le Covid-19 est-il aéroporté ?

Certains scientifiques ont mis en doute la voie des aérosols parce que le Covid-19 ne semble pas aussi transmissible que, par exemple, la rougeole. Mais d'autres signalent des cas de transmission de Covid-19 où la propagation par voie aérienne semble être la seule explication derrière de multiples infections.

Les éternuements et la toux produisent généralement de plus grosses particules de liquide. Mais des preuves montrent que de grandes quantités de SARS-CoV-2 sont également expulsées dans de petits aérosols émis lorsque quelqu'un parle à un volume normal ou simplement en respirant. Une étude publiée en août 2020 a révélé qu'une seule personne aux premiers stades du Covid-19 pouvait émettre des millions de particules de SARS-CoV-2 par heure en respirant seule.

Les scientifiques ne savent toujours pas combien de temps des particules virales infectieuses viables peuvent persister dans l’air. Tang dit que c'est difficile à étudier car les appareils utilisés pour échantillonner l'air détruisent les virus, y compris le SARS-CoV-2. L’analyse peut détecter l’ARN du virus, mais elle ne trouve généralement pas de particules virales infectieuses entières. Cela ne signifie pas que des particules viables n’étaient pas présentes - il se peut simplement que la technique d’échantillonnage n’ait pas pu les récupérer intactes.

Malgré ces inconnues, plusieurs études de cas suggèrent que la transmission aérienne a propagé le SARS-CoV-2 à des distances au-delà de deux mètres de la personne infectieuse. Dans un restaurant de Guangzhou, (le blog avait consacré un article à ce sujet, ici) en Chine, 10 personnes ont dîné le 24 janvier 2020, peu de temps avant d'être testées positives pour le Ccovid-19. Trois familles étaient assises autour de trois tables séparées, mais proches les unes des autres. Une des familles avait récemment voyagé de Wuhan. Il n'y avait pas d'interaction entre les familles assises à leurs tables séparées, ni de voies évidentes de transmission en touchant des surfaces contaminées (fomites). Une étude des systèmes de ventilation du restaurant, des images des caméras de sécurité et des histoires de cas des personnes présentes a conclu que les particules infectieuses transportées dans l'air étaient probablement responsables de la propagation du virus.

Une autre étude, examinant une épidémie dans une église australienne en juillet 2020, a révélé qu'un choriste avait été testé positif au Covid-19 après avoir développé des symptômes. Les chercheurs ont identifié 12 cas secondaires parmi des fidèles qui étaient liés au choriste par séquençage génomique de leur infection à SARS-CoV-2. Certains de ces cas secondaires se trouvaient à 15 m du choriste, qui utilisait un microphone et non directement face à ceux qui étaient infectés. Le bâtiment était peu ventilé à l'époque et aucune des personnes infectées ne portait de masque. «Nous pensons que la transmission au cours de cette épidémie est mieux expliquée par la propagation aérienne», ont écrit les auteurs de l'étude.

Une équipe de chercheurs a récemment fait valoir dans le Lancet que les aérosols étaient probablement la voie dominante de transmission du SARS-CoV-2. Ils ont fondé cela sur 10 éléments de preuve, y compris le fait que la transmission est beaucoup plus élevée à l'intérieur qu'à l'extérieur, et que l'on pense que la transmission asymptomatique ou pré-symptomatique a provoqué un nombre important d'infections dans le monde. Lorsqu'une personne ne tousse pas, elle peut produire moins de gouttelettes mais émettre quand même de nombreux aérosols.

Que dit l'OMS sur la transmission aérienne du Covid-19?

La feuille de route de l'OMS pour améliorer et assurer une bonne ventilation intérieure dans le contexte de la covid-19, publiée le 1er mars 2021, déclare: «Le virus peut se propager à partir de la bouche ou du nez d'une personne infectée en petites particules liquides lorsque la personne tousse, éternue, chante, respire fortement ou parle. Ces particules liquides sont de tailles différentes, allant des plus grosses 'gouttelettes respiratoires' aux plus petits 'aérosols'.»

«La transmission d'aérosols peut se produire dans des situations spécifiques dans lesquelles des procédures générant des aérosols sont effectuées.»

L'OMS était cependant catégorique au départ sur le fait que la transmission aérienne du SARS-CoV-2 n'était pas possible. L'agence a tweeté le 28 mars 2020, «FACT: #COVID19 is NOT airborne.» ou Fait : #Covid 19 n'est PAS aéroporté. (Le tweet n'a pas été supprimé. L'OMS a dit au BMJ que sa politique était de ne supprimer aucune communication.) Cela a suscité de nombreux débats: en juillet 2020, 239 scientifiques ont signé une lettre ouverte «appelant la communauté médicale et les organismes nationaux et internationaux concernés pour reconnaître le potentiel de propagation aérienne du Covid-19. »

Depuis mars 2020, l'OMS a progressivement changé de position. Au moment d'écrire, son avis officiel se lit comme suit: «La transmission aérienne du SARS-CoV-2 peut se produire lors de procédures médicales générant des aérosols.»

Nick Wilson, anesthésiste à la Royal Infirmary d'Édimbourg, remet en question l'accent mis sur les procédures médicales. «Les procédures ne génèrent pas beaucoup d'aérosols, les gens les font, la physiologie le fait», dit-il. Il souligne également un rapport de l'OMS de 2014 qui notait que, pour toute nouvelle infection respiratoire aiguë présentant un risque élevé pour la santé publique, «les précautions de contact, ainsi que la protection des yeux, devraient être ajoutées aux précautions standard de routine chaque fois que possible, afin de réduire le risque de transmission.» Les précautions comprennent la ventilation et l'espacement des patients.

Selon l'OMS, en réponse aux questions du BMJ, «En dehors des établissements médicaux, la transmission d'aérosols et aéroportés peut se produire dans des circonstances et des environnements spécifiques, en particulier des espaces intérieurs, bondés et mal ventilés tels que des restaurants, des cours de fitness, des discothèques, des bureaux et des lieux de culte, où les personnes infectées passent de longues périodes de temps avec les autres.»

L'agence a ajouté que le terme «aéroporté» a une signification médicale spécifique qui s'applique à des maladies telles que la rougeole, qui se transmettent principalement par voie aérienne et sur de longues distances. «Pour le Covid-19», a ajouté l'OMS, «le virus se propage principalement par des surfaces proches, ou directes, par contact ou éventuellement contaminées. C'est pourquoi on ne l'appelle pas un virus en suspension dans l'air.»

En d'autres termes, l'agence est actuellement d'avis que la transmission virale par aérosols, bien que possible pour le Covid-19, n'est pas la principale voie par laquelle le SARS-CoV-2 se propage.

Que disent les gouvernements nationaux à propos de la transmission aérienne de le Covid-19?

Au moment de la rédaction de cet article, les conseils du Royaume-Uni indiquent que le Covid-19 se propage «dans l'air par des gouttelettes et des aérosols plus petits» et note que les particules infectieuses peuvent «rester en suspension dans l'air pendant un certain temps à l'intérieur, surtout s'il n'y a pas de ventilation.» Le principal message de sécurité publique du gouvernement, intitulé «mains, visage, espace», pour rappeler aux gens de se laver les mains, de porter des masques faciaux et de se tenir éloignés les uns des autres, a été récemment mis à jour pour inclure «l'air frais», afin d'encourager les personnes qui se rencontrent à rester en plein air.

Aux États-Unis, le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) a mis à jour ses conseils le 5 octobre 2020, reconnaissant «l'existence de certains articles publiés montrant des circonstances limitées et inhabituelles dans lesquelles des personnes atteintes de Covid-19 ont infecté d'autres personnes qui se trouvaient à plus de 6 pieds (1,82 m) de distance. ou peu de temps après que la personne positive au Covid-19 ait quitté une zone. Dans ces cas, la transmission s'est produite dans des espaces mal ventilés et fermés qui impliquaient souvent des activités entraînant une respiration plus lourde, comme le chant ou l'exercice. De tels environnements et activités peuvent contribuer à l'accumulation de particules porteuses de virus.»

D'autres pays, comme l'Australie, ne font aucune mention de la transmission par voie aérienne ou par aérosols dans leurs directives officielles sur la propagation du Covid-19.

Comment pouvons-nous empêcher la transmission aérienne?

Les conseils des gouvernements incluent la ventilation - comme l'ouverture des fenêtres - et l'évitement des espaces clos. Le Japon met l'accent sur le fait d'éviter les «3C»: crowded places, close contact, close conversations (lieux bondés, contacts étroits, conversations étroites) - cela se retrouve dans les communications de l'OMS qui mettent l'accent sur l'emplacement, la proximité et l'heure. Il existe des preuves à ce sujet dans les études de modélisation. Dans un cas, des chercheurs ont estimé que le risque d'infection pourrait être trois fois plus élevé dans une pièce mal ventilée que dans une pièce qui subissait 10 renouvellement d'air par heure.

L'installation d'unités de filtration d'air telles que celles avec filtre à air à haute efficacité ou des systèmes de ventilation spécialisés pourraient également aider. C'est peut-être l'une des raisons pour lesquelles certains gouvernements hésitent à déclarer officiellement le SARS-CoV-2 «aéroporté», dit Catherine Noakes, professeur de génie environnemental pour les bâtiments à l'Université de Leeds. «Si vous pensez que quelque chose se transmet sur les surfaces, il est facile d’adopter une approche de précaution et de dire à tout le monde de se laver les mains. Mais si nous disons que c'est dans les airs, cela signifie des investissements en capital assez importants dans les bâtiments et les technologies», dit-elle. L'installation de systèmes énergivores présente également des inconvénients environnementaux.

Les masques empêchent-ils la transmission aérienne?

Certains ont affirmé que la transmission aérienne signifierait que les masques seraient inefficaces, car les aérosols porteurs du virus pourraient passer à travers des trous microscopiques dans le tissu d'un masque. Mais Noakes dit que l'humidité accrue à l'intérieur d'un masque facial pourrait aider à attraper ces particules, si elles étaient émises par le porteur.

Elle ajoute que les masques en tissu - contrairement aux masques filtrants comme le FFP2 ou N95 - peuvent n'offrir qu'une protection limitée contre l'inhalation d'aérosols s'ils sont déjà en suspension dans l'air. Tang note que des masques plus serrés ou le port de deux masques pourraient réduire l'émission d'aérosols d'une source et l'inhalation par un porteur receveur.

Pourtant, Wilson dit que des masques plus lâches bloquent ou détournent la plupart de l'air expiré, ce qui réduit sa vitesse.

Comment la transmission aérienne se compare-t-elle à l'extérieur par rapport à l'intérieur?

Il existe un risque de transmission du Covid-19 à l'extérieur, mais il est faible par rapport aux paramètres intérieurs.

À l'été 2020, des rassemblements largement rapportés sur les plages britanniques ont été condamnés par certains qui ont supposé que ces événements entraîneraient un pic de transmission de Covid-19. En février de cette année, cependant, Mark Woolhouse, professeur d'épidémiologie des maladies infectieuses à l'Université d'Édimbourg, qui a conseillé le gouvernement pendant la pandémie, a dit aux députés: «Il n'y a pas eu d'épidémies liées aux plages publiques. Il n'y a jamais eu d'épidémie de Covid-19 liée à une plage, jamais, nulle part dans le monde, à ma connaissance.» La République d'Irlande a récemment publié des données suggérant que seulement 0,1% des cas de Covid-19 étaient liés à des activités de plein air.

Babak Javid, professeur de médecine à l’Université de Californie à San Francisco, affirme qu’il est temps d’offrir un message plus nuancé au public. Diverses interventions offrent une protection, dit-il, mais il est également important de reconnaître que les risques d'environnements particuliers peuvent différer. «Si vous portez des masques, vous pouvez probablement tolérer une distance plus courte entre les gens», dit-il, «Si vous êtes à l’extérieur, vous pouvez être plus proche des gens. Si vous êtes à l'intérieur, la distance en elle-même ne sera pas forcément protectrice.»