Surveillance des risques de transmission du COVID-19 par la surveillance des gouttelettes dans des hôpitaux et des environnements de vie

Représentation schématique du but et de l'objet de cette étude. Le but et l'objectif de cette étude étaient de rechercher à la fois le SRAS-CoV-2 et les fomites dans les hôpitaux et les bâtiments publics afin d'évaluer la surveillance des fomites et des biofluides par qPCR en tant qu'indicateurs d'hygiène ainsi que des marqueurs candidats de la transmission du COVID-19 par une voie indirecte de l’infection. Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

C’est une étude scientifique italienne comprenant de très nombreux intervenants qui est parue dans mSphere et qui relate la «Surveillance des risques de transmission du COVID-19 par le traçage quantitatif par PCR en temps réel de gouttelettes dans des hôpitaux et des environnements de vie»

Résumé

La contamination de l'environnement par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) se produit par le biais de gouttelettes et de liquides biologiques libérés dans l'environnement par des patients ou des porteurs asymptomatiques. Les surfaces et objets contaminés par la salive ou les sécrétions nasales représentent un risque de transmission indirecte de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).

Nous avons analysé les surfaces de l'hôpital et des espaces de vie pour identifier la présence d'ARN viral et la propagation de fomites* dans l'environnement. La contamination anthropique par des gouttelettes et des fluides biologiques a été surveillée en détectant la signature du microbiote en utilisant une PCR quantitative en temps réel (qPCR) sur des espèces sélectionnées et un séquençage massif sur des amplicons d’ARN 16S.

Au total, 92 échantillons (écouvillons floqués) ont été prélevés dans des zones critiques pendant la pandémie, y compris des surfaces intérieures (trois hôpitaux et trois bâtiments publics) et des surfaces extérieures exposées à une contamination anthropique (poignées et mains courantes, terrains de jeux). Des traces de fluides biologiques ont été fréquemment détectées dans des espaces ouverts au public et sur des objets touchés avec les mains (> 80%).

Cependant, l'ARN viral n'a pas été détecté dans les salles d'hôpitaux ou d'autres surfaces intérieures et extérieures, ni dans le système d'air d'un hôpital COVID, mais uniquement dans l'environnement d'un patient infecté, en association cohérente avec des traces de gouttelettes et des fomites. Les objets manipulés ont accumulé le plus haut niveau de contaminations multiples par la salive, les sécrétions nasales et les traces fécales, renforçant encore le rôle prioritaire du lavage des mains dans la prévention.

En conclusion, la contamination anthropique par des gouttelettes et des fluides biologiques est répandue dans les espaces ouverts au public et peut être tracée par qPCR. La surveillance des fomites peut soutenir l'évaluation des risques de transmission indirecte du coronavirus ou d'autres virus grippaux dans l'environnement.

Importance

Plusieurs études ont évalué la présence du SRAS-CoV-2 dans l'environnement. La salive et les gouttelettes nasopharyngées peuvent atterrir sur des objets et des surfaces, créant des fomites. Un indicateur approprié permettrait la détection de gouttelettes ou de biofluides porteurs du virus. Par conséquent, nous avons recherché de l'ARN viral et des gouttelettes et des fomites sur les surfaces à risque.

Nous avons surveillé par qPCR ou par séquençage nouvelle génération des gouttelettes à travers leur microbiote. Bien que l'étude ait été réalisée pendant la pandémie, le SRAS-CoV-2 n'a pas été détecté de manière significative sur les surfaces, à la seule exception des zones environnementales proches des patients infectieux.

À l'inverse, la contamination anthropique était fréquente, suggérant un rôle des biofluides en tant que marqueurs putatifs de la transmission indirecte et de l'évaluation des risques. De plus, toutes les surfaces contaminées par le SRAS-CoV-2 présentaient un microbiote en gouttelettes. La surveillance des fomites par qPCR peut avoir un impact sur les stratégies de santé publique, soutenant la prévention de la transmission indirecte de la même manière que ce qui est fait pour d'autres maladies transmissibles (par exemple, la grippe et les infections de type grippal).

*Un fomite ou vecteur passif de transmission d'une maladie est, chez les anglophones surtout, un objet «contaminé» par des organismes pathogènes, quand cet objet est susceptible de propager une infection d'un individu à un autre lors du phénomène de contagion. Il ne préjuge pas du type d'agent infectieux incriminé. Source Wikipédia.

Initiative PREZODE, Prévenir les risques d’émergences zoonotiques et de pandémies

Je relaie bien volontiers le communiqué de presse du 11 janvier 2021 diffusé par le Cirad, «One Planet Summit : lancement de PREZODE, une initiative internationale inédite pour prévenir de futures pandémies».

Sous l’égide de la France, et notamment du ministère de l’Enseignement supérieur de la Recherche et de l’Innovation et du ministère de l’Europe et des Affaires étrangères, l’initiative PREZODE, Prévenir les risques d’émergences zoonotiques et de pandémies ou Preventing Zoonotic Diseases Emergence, vient d’être annoncée à l’occasion du One Planet Summit du 11 janvier consacré à la biodiversité. Initiée par trois instituts de recherche français, INRAE, le Cirad et l’IRD - en concertation avec une dizaine d’autres organisations de recherche [en France, Anses, Institut Pasteur, Inserm, CNRS et CNES, en Allemagne avec Helmholtz, l’institut Friedrich Loeffler et l’institut de virologie de Charité et aux Pays-Bas avec Wageningen Université], PREZODE regroupe déjà plus d’un millier de chercheurs. Cette initiative, qui se veut d’emblée globale, combinera projets de recherche et actions opérationnelles.

Depuis 50 ans, l’émergence des crises liées aux zoonoses s’accélère. 75 % de ces maladies infectieuses humaines sont en effet issues de réservoirs animaux et dues aux pressions exercées sur la biodiversité.

La crise liée à la pandémie de la COVID-19 qui secoue le monde a un coût humain, sanitaire, économique et social très lourd. Plus que jamais, une approche One Health (une seule santé) intégrant les interactions entre santé humaine, santé animale et santé environnementale s’impose pour anticiper de nouvelles pandémies. Les émergences de virus ou bactéries pathogènes pour l’humain se multiplient et leur récurrence semble inévitable. Il paraît donc aujourd’hui indispensable de travailler en amont de futures crises sanitaires en anticipant les risques d’émergence et en détectant de manière précoce ces maladies, de manière à réagir le plus tôt possible avant qu’elles ne se diffusent. Plusieurs études ont souligné qu’investir dans la prévention des maladies réduirait considérablement le coût de la gestion des crises.

L’initiative PREZODE vise à prévenir les risques d’émergences zoonotiques et de pandémies . Elle s’appuiera et renforcera les coopérations existantes avec les régions du monde (Afrique, Asie, Caraïbe, océan Indien, Méditerranée, Moyen-Orient, Amérique latine et Europe) qui sont le plus confrontées à des risques d’émergences zoonotiques. PREZODE soutiendra l’intégration et le renforcement des réseaux de santé humaine, animale et environnementale , en phase avec le concept «une seule santé» (One Health) afin de mieux évaluer et détecter les menaces d’émergences zoonotiques et de développer les actions de prévention avec l’ensemble des acteurs pour protéger les hommes, la planète, les socio-écosystèmes et réduire ainsi les risques de pandémie.

Cinq piliers, cinq groupes de travail

Suite à l’annonce du conseil d’experts de haut niveau One Health le 12 novembre 2020 au forum de Paris sur la paix, l’initiative PREZODE s’inscrit en cohérence avec les récentes recommandations du rapport sur la biodiversité et les pandémies publié par IPBES en octobre 2020.

PREZODE reposera ainsi sur 5 piliers :

• l’analyse des risques zoonotiques ;
• la réduction de ces risques ;
• la détection précoce et l’évaluation des impacts socio-économiques ;
• le système de surveillance internationale des risques zoonotiques ;
• l’engagement des parties prenantes et le co-développement des réseaux régionaux de santé et de biodiversité.

Pour des socio-écosystèmes adaptés et résilients

L’ambition de l’initiative est ainsi de construire des socio-écosystèmes adaptés et résilients, réduisant les risques d’émergences zoonotiques tout en renforçant la biodiversité et en luttant contre la pauvreté et l’insécurité alimentaire.

PREZODE vise à fédérer et compléter de nombreux projets et programmes existants. Le travail conjoint des chercheurs, des communautés locales et des décideurs pour définir des solutions adaptées devrait déboucher sur l’identification et la réduction des principaux facteurs à l’origine des risques d’émergences zoonotiques, sur le co-développement de politiques intégrant santé, humaine et animale, et biodiversité, sur des systèmes de surveillance One Health en temps réel, et sur un renforcement des partenariats publics-privés et des dialogues science-société-politique.

Un programme de recherche-actions opérationnel dès 2022

Dès 2021, l’initiative se dotera d’un agenda scientifique et stratégique, d’une gouvernance et d’un plan de mise en œuvre, associé à des indicateurs de performance. Une plateforme numérique de récolte et partage de données sera aussi mise en place en co-construction avec toutes les parties prenantes. Les partenaires établiront également, au niveau global, ainsi que dans les pays et régions concernées, une analyse des étapes nécessaires pour intégrer les systèmes de santé (environnementale, animale et humaine) et de biodiversité en combinant recherche (dont les sciences sociales) et actions opérationnelles construites avec les communautés locales. Ce programme de recherches-actions inédit sera ainsi opérationnel dès 2022.

Ce programme mondial combinant recherches et actions opérationnelles a été co-construit et partagé en décembre 2020 avec plus de 400 participants de 50 pays des 5 continents.

Les organisations internationales comme l'OMS, l’OIE, la FAO, le Programme des Nations-Unies pour l’Environnement., la Banque Mondiale et la Commission Européenne ont manifesté leur vif intérêt pour cette initiative.

«Je me réjouis de l’initiative Prezode (…) Le monde a besoin d’une santé pour tous, par tous, pour une seule santé donc agissons de manière holistique, cohérente, collective et historique !», a souligné Qu Dongyu, Directeur général de la FAO.

La vaccination anti-COVID-19 va-t-elle marquer le pas en France ?

Décidément le froid et le chaud soufflent sur la vaccination anti-COVID-19 en France, jugez plutôt …

J'avais signalé, pour m’en inquiéter, que le dimanche 10 janvier, nous avions eu, en France, 0 personne vaccinée, mais l’espoir est vite revenu dès le lundi 11 janvier, nous étions sur les bons rails, du moins cela a été acté par des données fournies par le ministère de la santé ... dès lors comment expliquer la baisse brutale du 16 janvier ...

• 45 351 personnes vaccinées le 11 janvier 2021
• 51 483 personnes vaccinées le 12 janvier 2021
• 57 333 personnes vaccinées le 13 janvier 2021
• 71 049 personnes vaccinées le 14 janvier 2021
• 70 154 personnes vaccinées le 15 janvier 2021
• 24 316 personnes vaccinées le 16 janvier 2021

Le total de personnes vaccinées en France, en tenant compte des données depuis le 26 décembre 2020 au 16 janvier 201, est de 413 046.

Il vous faut savoir que le ministère de la santé fonctionne en prenant comme date le 26 décembre 2020 pour établir ses données :

• Au 11 janvier 2021, 138 351 personnes vaccinées
• Au 12 janvier 2021, 189 834 personnes vaccinées
• Au 13 janvier 2021, 247 167 personnes vaccinées
• Au 14 janvier 2021, 318 216 personnes vaccinées
• Au 15 janvier 2021, 388 730 personnes vaccinées
• Au 16 janvier 2021, 413 046 personnes vaccinées

Face à ces données, des questions se posent,

• Pourquoi cette baisse importante du nombre de personnes vaccinées le samedi 16 janvier 2021 ?
• Y aura-t-il des personnes vaccinées le dimanche 17 janvier 2021 ou bien le résultat sera-t-il identique au dimanche 10 janvier avec 0 personne vaccinée ? 
• A-t-on la crainte de ne pas avoir assez de vaccins Pfizer ou Moderna dans les prochains jours? Il serait question de retards de livraison de la part de Pfizer ...

Autre réflexion, l'objectif '1 million de personnes vaccinées fin janvier' sera vraisemblablement atteint, dès lors rien ne presse de vacciner plus de personnes tous les jours ...

Un espoir, l’arrivée si possible avant fin janvier 2021 du vaccin AstraZeneca et Oxford. Cet espoir est justifié par le fait que ce vaccin, qui se conserve à 5°C, peut être administré par les pharmaciens, les médecins et tout autre personnel soignant !

A suivre ...

Le schéma ci-dessous est issu de VaccinTracker. Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

Complément du 17 janvier 2021. Selon la dernière note du Conseil scientifique COVID-19, actualisée au 13 janvier 2021,

La campagne vaccinale a débuté officiellement le 4 janvier 2021 en France. La stratégie actuelle repose sur la nécessité de gagner du temps pour vacciner le maximum de personnes à risque en raison de leur âge, de leur état de santé ou de leur profession, tout en limitant la vitesse de diffusion des variants sur le territoire français.

Dans le texte, il est aussi indiqué,  

En France, la campagne vaccinale a réellement débuté le 4 janvier 2021 avec en priorité les personnes âgées en EHPAD, les soignants de plus de 50 ans, les personnes de plus de 75 ans puis de plus de 65 ans.

Le Conseil scientifique insiste donc sur le fait de pouvoir faciliter l’accès à la vaccination aux personnes de plus de 65 ans qui ne peuvent pas se déplacer, s’inscrire sur des listes, appartenant à des groupes de précarité, loin des systèmes de soins, avec une possibilité de vaccination à domicile dès que des vaccins plus faciles d’utilisation seront disponibles, type AstraZeneca-Oxford ou peut-être Janssen et Johnson&Johnson, avec une seule injection. 

Concernant le nombre de personnes vaccinées au 17 janvier 2021, selon le ministère de la santé, il y a eu 422 127, soit uniquement pour le dimanche 17 janvier 2021, 9 081 !

Mise à jour du 19 janvier 2021. Remarques faites le 19 janvier 2021 par la Vice-Présidente Margaritis Schinas à la conférence de presse sur les actions clés pour un front uni afin de battre le COVID-19

Pour garantir un effort ambitieux de vaccination, des objectifs concrets sont essentiels. Ce qui est mesuré est fait:

• D'ici mars 2021, les États membres devraient avoir vacciné au moins 80% des professionnels de la santé et des services sociaux et des personnes de plus de 80 ans. 
• D'ici l'été 2021, les États membres devraient avoir vacciné au moins 70% de la population adulte. Pour atteindre ces objectifs, nous devons augmenter l'approvisionnement en vaccins, notamment en travaillant avec les fabricants pour maximiser la capacité de production dans l'UE. 

Risque négligeable de la zoonose transmise par des nématodes du genre Anisakis chez les poissons d'élevage issus de la mariculture européenne, selon une étude

Une étude récemment parue dans Eurosurveillance relate un risque négligeable de la zoonose transmise par des nématodes du genre Anisakis chez les poissons d'élevage issus de la mariculture européenne, 2016 à 2018.

Extraits de l’étude

Les résultats de cette étude ont répondu à la recommandation de l'EFSA de collecter des données sur les risques parasitaires dans les produits de la pêche à travers de larges enquêtes épidémiologiques. Ils ont permis de cartographier le ‘risque Anisakis’ dans la mariculture européenne, le définissant comme négligeable dans un nombre représentatif de poissons marins d’élevage appartenant aux espèces de truite arc-en-ciel, dorade royale, de bar européen et de turbot en cage.

Un article récent de 2016 de deux larves de A. pegreffii identifiées dans les organes viscéraux d'un bar européen d'élevage commercialisé dans le sud de l'Italie, a confirmé la sensibilité de cette espèce aux infections par Anisakis spp. Malheureusement, aucune donnée n'est disponible sur la ferme d'origine du bar européen infecté, ce qui rend impossible l'identification des facteurs de risque potentiels impliqués dans la transmission, comme cela a été fait pour le saumon de l'Atlantique dans des fermes norvégiennes, où des petits poissons ont été trouvés être infecté par des larves de nématodes de A. simplex et Hysterothylacium aduncum en raison de problèmes de gestion agricole.

Étant donné que la transmission des larves de Anisakis se fait à travers la chaîne trophique, les principaux aspects de risque à surveiller sont liés à une bonne gestion de la ferme piscicole, en se concentrant principalement sur la mise en œuvre de protocoles d'alimentation corrects et une gestion appropriée des classes de taille des poissons. À cet égard, il convient de souligner que, au sein de la population de poissons d'élevage, les petits poissons ou loser fish représentent généralement des spécimens à risque d'infection par Anisakis ou d'autres nématodes ayant un cycle de vie similaire (par exemple Hysterothylacium spp.), car les petits poissons sont moins capables de rivaliser pour la nourriture avec des poissons plus gros (poissons de qualité pour la récolte) et donc poussés à s'attaquer à des invertébrés potentiellement parasités ou à des poissons sauvages qui auraient pu pénétrer dans la cage.

Les résultats décrits dans cet article représentent la situation actuelle des poissons marins élevés dans l'UE et soulignent l'absence de Anisakis zoonotiques. L'approche utilisée jette en outre les bases de la planification des activités de surveillance dans les systèmes de pisciculture de l'UE, car elle semble faisable et fiable pour l'industrie. À cet égard, les méthodes de diagnostic de notre étude pourraient être utilisées comme un outil dans un système de type Hazard Analysis of Critical Control Point (HACCP). Un tel système aurait non seulement pour objectif d'identifier les points critiques à surveiller (par exemple, introduction de poissons uniquement à partir d'écloseries contrôlées, stratégie d'alimentation appropriée, bonnes pratiques de gestion, etc.) pendant la pisciculture, mais viserait également à obtenir un rapport parasitologique documenté. surveillance contrôlant l'absence de parasites zoonotiques tout au long de la chaîne de production aquacole au fil du temps. Cela garantirait à son tour que les produits de l'aquaculture ne présentent pas de danger pour la santé en ce qui concerne la présence de parasites zoonotiques. Une application pérenne de ce système de contrôle interne devrait garantir un retour économique aux agriculteurs en termes de meilleurs prix de marché pour les produits de la pêche à haut niveau de sécurité et une optimisation progressive des plans d'échantillonnage de surveillance avec un nombre plus faible de poissons à examiner en interne. Une application correcte d'un système de type HACCP comme évaluation interne d'autocontrôle des points critiques liés au risque zoonotique avait déjà été envisagée dans une analyse précédente pour le saumon atlantique. Lorsqu'elle est renforcée par l'utilisation de méthodes de détection des parasites réalisables et fiables pour les produits de la pêche transformés (produit de la pêche homogénéisé, etc.), elle pourrait en outre contribuer à maintenir la probabilité d'apparition de parasites zoonotiques chez tous les poissons d'élevage à un niveau très bas.

Pour faciliter l'application d'un système de contrôle interne, il est essentiel de disposer d'une méthode de diagnostic efficace, rentable et simple à mettre en œuvre. Ces exigences semblent être satisfaites par la combinaison de l'inspection effectuée conformément à la réglementation de l'UE et de la méthode de la presse hydraulique et lecture sous lumière UV utilisée dans cette étude et dans d'autres études épidémiologiques récentes. Les caractéristiques de ces approches permettraient leur application dans les diagnostics de routine sur le terrain avec une grande amélioration de la sensibilité.

En conclusion, sur la base des résultats obtenus dans cette étude, le risque d'infection des larves de Anisakis est négligeable dans les produits halieutiques issus des la mariculture européenne. La dorade royale d'élevage, le bar européen, le turbot et la truite arc-en-ciel marine devraient donc être considérés comme aptes, comme saumon atlantique, à bénéficier de l'exemption du traitement de congélation prévue par le règlement (UE) n°1276/2011 pour les produits de la pisciculture sous la forme de «produits de la pêche marinés, salés et/ou ayant subi un autre traitement, si le traitement est insuffisant pour tuer les parasites viables.»

En association avec la mise en œuvre d'un système de contrôle volontaire approprié au niveau des exploitations, une surveillance épidémiologique à long terme sera utile pour surveiller en permanence le risque et garantir des niveaux élevés de sécurité des aliments dans les produits issus de aquaculture européenne.

Un concours de rappels entre l'Europe et les Etats-Unis, Nestlé rappelle 382 tones de produits alimentaires pour cause de présence de morceaux de verre et de plastqiue dur

Chez nous, selon la DGCCRF au 15 janvier 2021, notre record de nombre de produits rappelés liés aux graines de sésame contaminées par des résidus de produits phytopharmaceutiques ou de pesticides atteint le chiffre astronomique de 3 230 produits, ça doit bien faire quelques tonnes de produits alimentaires … et au sein de l'UE, ce doit être encore plus astronomique ...

Une autre série de rappels record comme les Etats-Unis en connaissent de temps à autre, «Nestlé rappelle plus de 381 tonnes de ‘hot pockets’ contenant des matières étrangères», source Food Safety News.

Nestlé Prepared Foods, basé à Mount Sterling, Kentucky, rappelle environ 762 615 pounds de hot pockets au pepperoni, des aliments non prêts à consommer qui pourraient être contaminés par des matières étrangères, en particulier des morceaux de verre et de plastique dur, rapporte le Food Safety et rapports du Service d'inspection (FSIS) de l’USDA du 15 janvier 2021.

Les hot pockets au pepperoni qui sont des aliments non prêts à consommer surgelés ont été fabriqué du 13 novembre 2020 au 16 novembre 2020. Le produit a une durée de conservation de 14 mois.

Les produits faisant l'objet du rappel portent le numéro de l'établissement «EST. 7721A» à l'intérieur de la marque d'inspection USDA. Le produit a été expédié dans des points de vente à travers le pays. Le problème a été découvert lorsque l'entreprise a reçu quatre plaintes de consommateurs concernant des matières étrangères dans les hot pockets au pepperoni.

L'entreprise a reçu un rapport faisant état d'une blessure buccale mineure associée à la consommation de ce produit. Le FSIS n'a reçu aucun autre rapport de blessure ou de maladie suite à la consommation de ce produit. Toute personne préoccupée par une blessure ou une maladie doit contacter un professionnel de la santé.

Le FSIS craint que certains produits congelés soient dans les congélateurs des consommateurs. Les consommateurs qui ont acheté ce produit sont priés de ne pas le consommer. Ce produit doit être jeté ou retourné au lieu d'achat. Le FSIS procède régulièrement à des contrôles de l'efficacité des rappels pour vérifier que les entreprises effectuant le rappel informent leurs clients du rappel et que des mesures sont prises pour s'assurer que le produit n'est plus disponible pour les consommateurs.

NB : Encore une fois, c'est le consommateur qui fait, à ses dépends, un contrôle pour cause de corps étrangers. décidément, la sécurité des aliments chez Nestlé n'est plus ce qu'elle était ... c'est un peu comme les graines de sésame contaminées par des résidus de produits phytopharmaceutiques, c'était une pratique semble-t-il courante jusqu'à ce qu'elle soit découverte ...