E. coli, un ami qui vous veut du bien ?

Au hasard de lectures, je suis tombé sur cet article, un peu conte de fées, d’Alli Cartwright paru sur le site de la Society for Applied Microbiology et intitulé, « E. coli: un bug vraiment utile ».

Avant d'entrer dans le monde de la microbiologie, je ne connaissais que le nom du microbe, E. coli. Ce microbe semble si tristement célèbre que je ne peux toujours pas prononcer son nom de genre Escherichia parce que je ne l'ai jamais entendu dire. Tout comme Attenborough ou Clarkson, la mention même du nom conduit la plupart des personnes au même point de concentration mentale. Enfant, on m'a parlé de la ‘perversité’ de ce microbe. Il semblait se cacher dans des aliments qui nous rendaient malades. De mon esprit d'enfant, j'ai placé E. coli dans la catégorie des ‘mauvais’ donc je n'étais pas ravi quand j'ai dû travailler avec lui à 22 ans: pourtant c'est devenu mon microbe préféré.

Je suis têtue et je n'aime pas changer mon point de vue une fois que j'ai pris ma décision, alors quand j'ai commencé à travailler avec E. coli, j'ai continué avec mon point de vue précédent sans réfléchir. C'est jusqu'à ce que je puisse avoir un E. coli avec une protéine fluorescente verte.

Quelque chose au sujet d'une colonie de bactéries éclatantes sur une boîte de gélose la rendait très, très cool. Ce Noël, j'ai même poussé ma famille afin de dessiner des scènes de Noël sur des boîtes de gélose avec mon microbe brillant. Quand j'ai lu la fiche technique expliquant comment c'était le niveau de biosécurité 1, j'ai réalisé qu'il était peu probable de rendre les gens malades, alors j'ai réalisé que tous les E. coli n'étaient pas si mauvais. C'est à ce moment-là que j'ai commencé à découvrir comment nous avions conçu E. coli pour notre propre bénéfice.

Utiliser E. coli en médecine

D'une certaine manière, je me suis souvenu de mon cours de biologie de niveau A sur la production d'insuline humaine. Je me suis souvenu que l'enseignant avait expliqué comment l'insuline de vache ou de porc était utilisée jusqu'à ce que E. coli soit conçu pour produire de l'insuline humaine.

Une fois que les gènes de l'insuline humaine ont été déchiffrés, ce code pouvait être ajouté à l'ADN de E. coli pour faire croître l'insuline humaine dans le microbe qui se multiplie rapidement. La première insuline humaine commerciale de E. coli a été produite par Genentech en 1982 [1]. Le processus semble quelque peu simple dans le monde d'aujourd'hui où un plasmide est coupé par des enzymes de restriction et joint au gène de l'insuline humaine coupé d'un chromosome, mais à l'époque, le travail génétique était à ses balbutiements et je suis sûr que le processus était beaucoup plus difficile. Une fois que le gène de l'insuline était à l'intérieur de la bactérie, il pouvait se répliquer en produisant plusieurs copies du plasmide et donc de l'insuline prête à être purifiée et conditionnée pour traiter les diabétiques. E. coli a complètement révolutionné le traitement médical du diabète et ce n'est pas le seul exemple car 56% des produits pharmaceutiques dérivés d'une source vivante sont basés sur de bons vieux E. coli [1].

Utiliser E. coli pour réduire l'impact de l'homme sur le monde

Bien que E. coli modifié puisse être utilisé dans les soins de santé, il peut également être modifié à des fins industrielles. Parmi les applications se trouvent des processus pour essayer de réduire l'impact environnemental de l'homme. Alors que le World Wide Fund for Nature prévoit qu'il y aura plus de plastiques dans nos océans que de poissons d'ici 2050, c'est un soulagement que E. coli ait été conçu pour fabriquer des plastiques biodégradables [2, 3]. E. coli a été conçu pour utiliser des glucides provenant de déchets agricoles pour produire des produits chimiques tels que les polyhydroxyalcanoates nécessaires à la synthèse plastique [3, 4]. Un avantage supplémentaire dérivant de ces produits chimiques grâce à E. coli est qu'ils remplacent la nécessité d'utiliser du pétrole réduisant ainsi davantage l'impact environnemental de la production de plastique.

Non seulement E. coli a été conçu pour minimiser notre guerre contre les plastiques, mais il a également été mis en service pour atténuer les changements climatiques induits par l'homme. L'excès de dioxyde de carbone atmosphérique est l'un des moteurs du changement climatique et bien que de nombreux pays s'efforcent de réduire leurs émissions de carbone, il est inévitable que nous ayons besoin d'un coup de main pour éliminer l'excès de dioxyde de carbone. Au lieu de se nourrir de glucides, une souche de E. coli a été conçue pour se nourrir de dioxyde de carbone et donc de l'éliminer de l'atmosphère [5]. Bien que cela soit utile, je reste sceptique car même si ces bactéries dont utilisées, elles mourront et se décomposeront sûrement en libérant du dioxyde de carbone dans l'atmosphère? J'espère que je me trompe et le petit E. coli peut nous aider à réduire le changement climatique mais pour le moment je me demande s'il y a une fin à l'utilité de ce petit microbe.

Maintenant, je suis plus instruit sur les utilisations de E. coli, je ne peux pas m'empêcher de penser qu'il a une mauvaise réputation pour un microbe généralement inoffensif. Je n'ai mis en évidence que 3 exemples du génie de E. coli. Bien sûr, certaines souches sont pathogènes, mais je pense toujours que ce microbe a plus de bons que de mauvais points. Surtout quand j'ai entendu qu'il a été utilisé pour créer un arôme et une odeur de raisin artificiel utilisés dans l'industrie des aliments et des boissons. Mon enfance n'aurait pas été complète sans le raisin Fanta et pourtant j'aurais associé ma boisson préférée à un microbe ‘diabolique’ si j'avais su. Pour moi, E. coli est vraiment un microbe vraiment utile.

Lectures complémentaires

[1] Baeshen NA, Baeshen MN, Sheikh A, Bora RS, Ahmed MMM, Ramadan HAI, Saini KS, Redwan EM (2014) Cell factories for insulin production. Microbial cell factories, 13: 1-9

[2] WWF (2018) The holiday plastic choking our oceans [Online]. Available from: https://www.wwf.org.uk/updates/holiday-plastic-choking-our-oceans

[3]Rampley C., Claassens N, Carreira L, Paramonov V (2016) Synthetic Biology: Engineering a bioplastic-producing E. coli cell factory – group 1 [Online]. Available from: https://www.youtube.com/watch?v=_Z0w6BVQ764

[4]Biocompare (2018) Metabolically engineered E. coli makes plastic in one step [Online]. Available from: https://www.biocompare.com/Life-Science-News/346118-Metabolically-Engineered-E-Coli-Makes-Plastic-in-One-Step/

[5]Cockburn H (2019) CO2-eating bacteria made in the lab could help tackle climate change, scientists say [Online]. Available from: https://www.independent.co.uk/news/science/climate-crisis-carbon-dioxide-eating-bacteria-co2-geoengineering-e-coli-a9223201.html

On relira cet article sur le blog du 15 novembre 2011, Tout ce qui est vrai pour Escherichia coli est vrai pour l’éléphant. 

Les titres des nouvelles peignent souvent E. coli comme une bactérie vicieuse, capable de causer des maladies et la mort à ceux qui sont assez malheureux pour l'ingérer. Mais il ne s’agit que d'une infime minorité de E. coli et une très petite partie de l'histoire de cette remarquable bactérie ; sa relation à la santé humaine et aux aliments que nous consommons est beaucoup plus complexe. Tous les E. coli ne sont pas méchants, la plupart, en fait, ne le sont pas – et certains même sont bénéfiques. Le 1er septembre 2011, l'American Academy of Microbiology a réuni un panel d'experts microbiologistes, des spécialistes de la sécurité des aliments et des bactériologistes pour développer une image plus précise de cette bactérie souvent calomniée. Ce rapport, le produit de cette réunion, raconte la grande histoire de E. coli : son rôle dans la santé humaine, dans les aliments et même dans notre compréhension de notre propre biologie. Source Microbe World.

Un rapport de l’American Academy of Microbiology, « E. coli: good, bad & deadly. FAQ » ou E. coli: le bon, le méchant et le mortel. Questions fréquemment posées.

Le prix Nobel Jacques Monod a eu cet aphorisme célèbre « Tout ce qui est vrai pour le Colibacille est vrai pour l'éléphant » (« What is true for E. coli is true for the elephant »). Bien que cette phrase peut sembler une énigme, c’est sans doute la meilleure façon de résumer la contribution de E. coli à notre compréhension de la biologie.

Gestion du risque d'infections à Vibrio parahaemolyticus associé à la consommation d'huîtres: une revue

« Gestion du risque d'infections à Vibrio parahaemolyticus associé à la consommation d'huîtres: une revue », source article paru dans Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety.

Vibrio parahaemolyticus est une bactérie Gram négatif naturellement présente dans le milieu marin. Les huîtres, qui filtrent l'eau, peuvent accumuler ce pathogène dans leurs tissus mous, augmentant ainsi le risque d'infection à V. parahaemolyticus chez les personnes qui consomment des huîtres.

Dans cette revue, les facteurs affectant l'accumulation de V. parahaemolyticus dans les huîtres, la route de l'agent pathogène de la production primaire à la consommation et les effets potentiels du changement climatique ont été discutés. De plus, des stratégies d'intervention pour réduire l'accumulation de V. parahaemolyticus dans les huîtres sont présentées.

Une revue de la littérature a révélé les informations suivantes pertinentes pour la présente étude: (a) la gestion de la sécurité sanitaire des huîtres (pour la consommation humaine) de la production primaire à la consommation reste un défi, (b) il existe de multiples facteurs qui influencent la concentration de V. parahaemolyticus dans les huîtres de la production primaire à la consommation, (c) le changement climatique pourrait éventuellement affecter la sécurité sanitaire des huîtres, à la fois directement et indirectement, mettant la santé publique en danger, (d) de nombreuses stratégies d'intervention ont été développées pour contrôler et/ou réduire la concentration de V. parahaemolyticus dans les huîtres à des niveaux acceptables, mais la plupart d'entre elles se concentrent principalement sur les étapes en aval de la chaîne d'approvisionnement des huîtres, et (c) bien que la réglementation et/ou les directives disponibles régissant la sécurité sanitaires de la consommation d'huîtres soient principalement disponibles dans les pays développés, des informations limitées sur la sécurité sanitaire des aliments sont disponibles dans les pays en développement.

Les informations fournies dans cette revue peuvent servir d'alerte précoce pour gérer les effets futurs du changement climatique sur la sécurité sanitaire de la consommation d'huîtres.

Référence

Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety

Free Access

Managing the risk of Vibrio parahaemolyticus infections associated with oyster consumption: A review 

Nodali Ndraha, Hin‐chung Wong, Hsin‐I Hsiao

First published:13 April 2020

https://doi.org/10.1111/1541-4337.12557 

Listeria dans les légumes surgelés : comment réduire les risques, selon l'EFSA

Listeria dans les légumes surgelés : comment réduire les risques ?, source EFSA du 20 avril 2020.

L'EFSA a évalué les risques sanitaires associés à une contamination par Listeria des légumes qui sont blanchis – ébouillantés à l'eau chaude ou à la vapeur pendant une courte période – avant d'être congelés. Les experts concluent que les risques associés à la consommation de ces produits sont plus faibles que les risques liés à la consommation d’aliments prêts à consommer tels que poisson fumé, viande cuite, saucisses, pâtés, fromages à pâte molle – qui sont généralement associés aux contaminations par la listeria.

Les exploitants du secteur alimentaire blanchissent souvent les légumes avant de les congeler car ce procédé prévient l’action des enzymes susceptibles d’entraîner une perte de saveur, de couleur et de texture des légumes.

Les experts de l'EFSA ont identifié des mesures de contrôle pertinentes que les exploitants du secteur alimentaire peuvent mettre en œuvre pour réduire les risques de contamination des légumes surgelés. Ces mesures comprennent le nettoyage et la désinfection de l'environnement de production, le contrôle de l'eau, de la durée et de la température aux différentes étapes de traitement ainsi qu’un étiquetage précis.

Ils soulignent l’importance de surveiller l’environnement de production alimentaire afin de pouvoir détecter toute trace éventuelle de Listeria monocytogenes. En effet, les bactéries Listeria peuvent persister dans les environnements de transformation des aliments à partir desquels elles peuvent ensuite contaminer des aliments.

L'EFSA formule également des recommandations sur les moyens les plus efficaces de réduire les risques à la maison. L’important est de respecter de bonnes pratiques d'hygiène : ranger les légumes surgelés ou décongelés respectivement dans un congélateur ou un réfrigérateur propre, à la température appropriée, et respecter les instructions présentes sur l’étiquetage pour une préparation sûre. De manière générale, les risques sont beaucoup plus faibles si les légumes sont cuits correctement après leur décongélation.

Ces travaux ont été déclenchés par un foyer épidémique multi-pays de listériose qui a affecté 53 personnes et causé 10 décès entre 2015 et 2018.

On lira le rapport The public health risk posed by Listeria monocytogenes in frozen fruit and vegetables including herbs, blanched during processing.

Le risque pour la santé publique posé par Listeria monocytogenes dans les fruits et légumes surgelés, y compris les herbes, blanchis pendant la transformation, 20 avril 2020, source EFSA.

Une éclosion dans plusieurs pays à Listeria monocytogenes ST6 liée à des légumes surgelés blanchis (LSB) a eu lieu dans l'UE (2015-2018). Les preuves de l'épidémis d'origine alimentaire montrent que L. monocytogenes est le pathogène le plus pertinent associé aux LSB.

La probabilité de maladie par portion de LSB non cuits, pour la population âgée (65 à 74 ans), est jusqu'à 3 600 fois plus élevée que les LSB cuits et très probablement inférieure à toutes les catégories d'aliments prêts à consommer évaluées.

Les principaux facteurs affectant la contamination et la croissance de L. monocytogenes dans les LSB pendant la transformation sont l'hygiène des matières premières et de l'eau utilisée en production, les conditions d'hygiène de l'environnement de transformation des aliments, et les combinaisons du couple temps - température (TT) utilisées pour le stockage et la transformation (par exemple blanchiment, refroidissement).

Les facteurs pertinents après transformation sont les caractéristiques intrinsèques des LSB, les combinaisons TT utilisées pour la décongélation et le stockage et les conditions de cuisson subséquentes, sauf s'ils sont consommés non cuits.

L'analyse des options de maîtrise possibles suggère que l'application d'un plan HACCP complet n'est pas possible ou n'améliorerait pas davantage la sécurité sanitaire des aliments.

Au lieu de cela, des programmes prérquis (PrP) spécifiques et des activités opérationnelles des PrP devraient être appliqués tels que le nettoyage et la désinfection de l’environnement d ela production, la maîtrise de l'eau, la maîtrise de TT et l'information sur les produits et la sensibilisation des consommateurs.

La présence de faibles niveaux de L. monocytogenes à la fin du processus de production (par exemple < 10 UFC/g) serait compatible avec la limite de 100 UFC/g au moment de la consommation si des recommandations d'étiquetage étaient strictement suivies (c.-à-d. 24h à 5°C).

Dans des conditions d'utilisation raisonnablement prévisibles (c'est-à-dire 48 h à 12°C), les niveaux de L. monocytogenes doivent être considérablement inférieurs (non détectés dans 25 g).

Les programmes de surveillance de routine pour L. monocytogenes devraient être conçus selon une approche fondée sur les risques et régulièrement révisés sur la base d'une analyse des tendances, la surveillance de l’environnement de la production étant une activité clé dans l'industrie des légumes surgelés.

Une étude étudie la résistance à la colonisation par Campylobacter chez le poulet

« Une étude étudie la résistance à Campylobacter chez le poulet », source The Rosalin Institue Edimbourg.

Ecevoir des microbes intestinaux de poulets résistants ne diminue pas la sensibilité des poulets aux bactéries qui provoquent une intoxication alimentaire.

La transplantation de microbes intestinaux de poulets relativement résistants à la bactérie Campylobacter dans des poulets sensibles n'améliore pas la résistance, selon une étude.

Campylobacter est l'une des principales causes d'intoxication alimentaire chez l'homme et se retrouve couramment chez le poulet. Ces résultats étaient inattendus, contredisant des études antérieures chez la souris.

Maladie humaine courante

Les infections à Campylobacter sont un problème grave chez les personnes, entraînant des diarrhées et des complications graves dans certains cas. Jusqu'à 80% des cas sont causés par des consommateurs qui manipulent et consomment de la viande de poulet contaminée.

Chaque année, on estime que plus d'un demi-million de personnes au Royaume-Uni ont été infectées par Campylobacter et la maladie coûte au pays environ 50 millions de livres sterling.

Des investigations ont montré qu'une proportion élevée de poulet réfrigérés en distribution est contaminée par Campylobacter et des stratégies sont nécessaires pour résoudre ce problème.

Constatation surprenante

Pour déterminer les types et le nombre de microbes présents, des scientifiques de Roslin ont analysé la composition génétique du microbiote intestinal de lignées de poulet présentant une résistance différente aux bactéries.

Les bactéries intestinales transplantées n'ont survécu chez les poulets sensibles que pendant un temps limité et ces poulets sont devenus encore plus sensibles à Campylobacter ; les scientifiques ont été surpris de le découvrir.

Des scientifiques ont utilisé les lignées de volaille uniques détenues par le National Avian Research Facility du Roslin Institute.

Compte tenu des résultats d'études antérieures chez la souris, nous pensions que les différences héritées de résistance aux agents pathogènes intestinaux pourraient être transférables en transplantant le microbiote intestinal de poulets résistants à des poulets sensibles, selon le Dr Cosmin Chintoan-Uta, co-responsable de l'étude, Roslin Institute.

Nous avons été surpris de constater que, s'il existe des différences héréditaires de résistance des poulets à Campylobacter, celles-ci ne s'expliquent pas par une variation significative du microbiote intestinal, selon Trong Wisedchanwet, co-responsable de l'étude, Roslin Institute.

Les résultats de l'étude, financée par le Biotechnology and Biological Sciences Research Council et le gouvernement écossais via le programme de recherche Rural and Environmental Science and Analytical Services, sont publiés dans la revue Applied and Environmental Microbiology, Role of Cecal Microbiota in the Differential Resistance of Inbred Chicken Lines to Colonization by Campylobacter jejuni.

Résumé

La campylobactériose est la principale maladie diarrhéique bactérienne d'origine alimentaire dans de nombreux pays, avec jusqu'à 80% des cas humains attribués au réservoir aviaire.

Les seules stratégies de contrôle actuellement disponibles sont des traitements rigoureux de la biosécurité en élevage et des carcasses. Des différences héréditaires dans la résistance des lignées de poulets à la colonisation par Campylobacter ont été signalées et des loci de caractères quantitatifs associés à la résistance apparaissent, bien que leur impact sur la colonisation semble modeste.

Des études récentes ont indiqué un rôle protecteur du microbiote contre la colonisation par Campylobacter chez les poulets. De plus, dans les modèles murins, les différences de résistance aux infections bactériennes peuvent être partiellement transférées entre les lignées par transplantation de microbiote intestinal.

Dans cette étude, nous avons examiné si les différences héréditaires dans la colonisation des lignées de poulets consanguines par Campylobacter jejuni sont associées à des différences dans le microbiote caecal.

Nous avons effectué des transplantations de microbiote caecal homologues et hétérologues entre la lignée 61 (résistante) et la lignée N (sensible) en administrant par voie orale le contenu fécal prélevé sur des donneurs âgés de 3 semaines à des poussins le jour de l'éclosion. Les oiseaux receveurs ont été testés (J21) avec C. jejuni 11168H. Chez les oiseaux recevant un microbiote homologue, la résistance différentielle des lignées à la colonisation de C. jejuni a été reproduite. Contrairement à notre hypothèse, le transfert du microbiote caecal de la ligne 61 à la ligne N a significativement augmenté la colonisation de C. jejuni. Aucune différence significative dans la composition globale des communautés microbiennes fécales des deux lignées n'a été identifiée, bien que des différences spécifiques aux lignées pour des unités taxonomiques opérationnelles spécifiques aient été identifiées.

Nos données suggèrent que, s'il existe des différences héréditaires de résistance aviaire à la colonisation par Campylobacter, celles-ci ne s'expliquent pas par une variation significative du microbiote caecal.

Importance

Campylobacter est une des principales causes de maladies diarrhéiques d'origine alimentaire dans le monde. La volaille est une source clé d'infections humaines, mais il existe actuellement peu de mesures efficaces contre Campylobacter chez les volaille pendant la production.

Une option de maîtrise de Campylobacter peut être de modifier la composition des communautés microbiennes dans les intestins aviaires en introduisant des bactéries bénéfiques, qui excluent les bactéries dangereuses. Nous avons précédemment décrit deux lignées de poulet consanguines qui diffèrent par leur résistance à la colonisation intestinale par Campylobacter. Ici, nous avons étudié la composition des communautés microbiennes dans l'intestin de ces lignées et si le transfert de bactéries intestinales entre les lignées résistantes et sensibles modifie leur résistance à Campylobacter. Aucune différence majeure dans les populations microbiennes n'a été retrouvée, et la résistance ou la sensibilité à la colonisation n'a pas été conférée par le transfert de bactéries intestinales entre les lignées. Les données suggèrent que le microbiote intestinal n'a pas joué de rôle dans la résistance à la colonisation de Campylobacter, au moins dans les lignées utilisées.

Une nouvelle étude révèle que les aliments crus pour chiens sont une source majeure de bactéries multirésistantes qui pourraient potentiellement coloniser les humains

En octobre 2019, j'avais publié Les aliments crus pour chiens dits BARF contiennent des bactéries multirésistantes dans un cas sur deux. Certains germes peuvent également être dangereux pour l'être humain, selon une étude de l'Université de Zurich.

Voici qu'une nouvelle étude vient de montrer un problème similaire. 

« Une étude révèle que les aliments crus pour chiens sont une source majeure de bactéries multirésistantes qui pourraient potentiellement coloniser les humains », source European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases.

Une nouvelle étude qui auraient due être présentée au Congrès européen de microbiologie clinique et des maladies infectieuses (ECCMID pour European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases) du 18 au 21 avril 2020 révèlent que les aliments crus pour chiens contiennent des niveaux élevés de bactéries multirésistantes, y compris celles résistantes aux antibiotiques de dernière intension.

Le transfert potentiel de telles bactéries entre les chiens et les humains est un risque international pour la santé publique, concluent les auteurs qui incluent le Dr Ana Raquel Freitas et ses collègues de la Faculté de pharmacie, UCIBIO/REQUIMTE, Université de Porto, Portugal.

Les entérocoques sont des pathogènes opportunistes - ils font donc partie de notre microbiote interne normal, mais ils peuvent provoquer des infections (par exemple chez les patients immunodéprimés ou hospitalisés).

Les régimes à base d'aliments crus pour chiens ont récemment gagné en popularité en tant que choix plus sain. Une controverse croissante concernant leur sécurité est en train d’émerger avec certaines preuves scientifiques montrant leur rôle en tant que véhicules de transmission de bactéries résistantes aux antibiotiques.

De plus, les chiens ont été décrits comme des réservoirs de Enterococcus faecium résistants à l'ampicilline (AmpR) cliniquement pertinents, mais la source reste inconnue.

Dans cette étude, les auteurs ont analysé les entérocoques obtenus à partir d'aliments transformés (secs et humides) et non transformés (surgelés) des principales marques commercialisées au Portugal.

L'étude comprenait 46 échantillons (22 humides, 15 secs, 9 surgelés) de 24 marques internationales, provenant de 8 supermarchés et d'une clinique vétérinaire.

Des échantillons ont été obtenus de septembre à novembre 2019. Les échantillons congelés crus étaient principalement constitués de saumon, de poulet, de dinde, de veau, de cerf ou de canard, étant un mélange de différents types de viande, de fruits et de légumes.

Les échantillons ont été cultivés puis testés avec une gamme d'antibiotiques. Des entérocoques (n = 163) ont été identifiés dans 19/46 (41%) des échantillons: 8 sur 15 (53%) dans les aliments secs; 2 des 22 (9%) des échantillons humides et 9 des 9 (100%) dans les échantillons congelés crus, et identifiés comme des espèces de Enterococcus (91 isolats), E. faecium (59 isolats), E. faecalis ou d’autres espèces (13 isolats).

Sur les 9 échantillons de viande crue congelée, 30 E. faecium et 30 E. faecalis ont été récupérés. Tous les neuf portaient des entérocoques résistants à plusieurs antibiotiques (MDR pour multidrug-resistant) (20 E. faecium et 22 E. faecalis), y compris ceux résistants à une large gamme d'antibiotiques, tandis qu'un seul MDR-E. faecium (résistant à l'érythromycine/tétracycline/gentamicine) était détecté dans l'un des échantillons d'aliments humides et aucun dans les échantillons d'aliments secs.

Une résistance a été retrouvée aux antibiotiques, ampicilline, ciprofloxacine, érythromycine, tétracycline, streptomycine et chloramphénicol dans les 9 échantillons de type cru; sept sur neuf contenaient des entérocoques résistants à un antibiotique de dernière intension, le linézolide (78%) et six sur neuf contenaient des entérocoques résistants à la gentamicine ou à la quinupristine-dalfopristine. La résistance aux antibiotiques cliniquement pertinents tels que le linézolide, l'ampicilline ou la ciprofloxacine n'a été détectée que dans des échantillons congelés crus.

Les auteurs concluent: « Notre étude démontre que les aliments congelés crus pour chiens contiennent des entérocoques MDR, y compris des antibiotiques de dernière intension (linézolide) pour le traitement des infections humaines. Le contact étroit des animaux de compagnie avec les humains et la commercialisation des marques étudiées dans différents pays de l'UE présentent un risque international pour la santé publique si la transmission de ces souches se produit entre les chiens et les humains. Il existe de solides preuves passées et récentes que les chiens et les humains partagent des souches de E. faecium multirésistantes communes, et donc le potentiel de ces souches à être transmis aux humains par des chiens. »

Le Dr. Freitas ajoute: « Ces aliments crus surgelés sont censés être consommés après décongélation et pourraient au moins être cuits, pour tuer ces bactéries résistantes aux antibiotiques et les autres bactéries. Bien que ces aliments semblent être réglementés en ce qui concerne leur sécurité microbiologique par les autorités de l'UE , l'évaluation des risques liés aux dangers biologiques devrait également inclure des bactéries et/ou des gènes résistants aux antibiotiques en plus d'établir uniquement la présence d'agents pathogènes bactériens, tels que Salmonella. »

Complément du 21 avril 2020.

Deux études de scientifiques portugais présentées à l’European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) mettent en évidence les préoccupations concernant le potentiel de transmission de bactéries multirésistantes entre les animaux de compagnie et les humains.

Dans une étude, des chercheurs de l'Université de Porto ont découvert des niveaux élevés d'entérocoques résistans à plusieurs antibiotiques dans les aliments crus surgelés pour chiens vendus dans l'Union européenne.

Dans une autre étude, une recherche auprès de ménages et un dépistage moléculaire par des chercheurs de l'Université de Lisbonne ont trouvé le gène de résistance à la colistine MCR-1 chez deux humains en bonne santé et un chien souffrant d'une infection cutanée.

Mais dans une troisième étude, des chercheurs allemands ont signalé que la possession d'animaux domestiques ne semble pas être un facteur de risque significatif de colonisation par des micro-organismes résistans à plusieurs antibiotiques.