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samedi 9 décembre 2023

Diphtérie : il y a 100 ans, le premier vaccin à base d'anatoxines bactériennes

Le blog dédie cet article à tous les antivax …

«Diphtérie : il y a 100 ans, le premier vaccin à base d'anatoxines bactériennes», source Institut Pasteur.
En 1923, le vétérinaire Gaston Ramon découvrait l’anatoxine diphtérique, une molécule capable de neutraliser la toxine produite par la bactérie à l’origine de la diphtérie. A peine un an plus tard, il conceptualise la notion d’adjuvants et crée l’ancêtre du vaccin DTP. Ces découvertes sauveront des milliers de vies au cours des années suivantes.

La diphtérie est une angine grave qui atteint tout d’abord la gorge, et peut ensuite affecter d’autres organes tels que le système nerveux central. Elle se caractérise par la présence de «fausses membranes» blanchâtres constituées de cellules mortes au fond de la gorge. Le croup ou «cri de corbeau», est une autre caractéristique de la maladie dont le nom se réfère aux sons émis par les patients en détresse respiratoire. Dans la France du milieu du XIXe siècle, la diphtérie touchait chaque année près de 30 000 personnes et tuait la moitié des enfants affectés.

Les toxines bactériennes à l’origine de leur propre antidote
En 1888, les pasteuriens Emile Roux et Alexandre Yersin découvrent que la bactérie à l’origine de la diphtérie, Corynebacterium diphtheriae, est capable d’émettre une toxine qui serait vraisemblablement à l’origine de la maladie. La toxine diphtérique, de son nouveau nom, fut la première toxine bactérienne à avoir été identifiée.


Portraits d’Emile Roux (gauche, vers 1894) et Alexandre Yersin (droite, vers 1908). Crédit Institut Pasteur.

Apparue dans les années 1890, la sérothérapie est une discipline consistant à inoculer des animaux avec des doses croissantes d’une toxine. Le corps de l’animal, pour se protéger contre cette toxine, émet en réponse une dose croissante d’une substance spécifiquement neutralisante, l’antitoxine.

Lors de leurs expériences, Emile Roux et ses collaborateurs remarquent que cette substance peut être produite puis extraite en grande quantité et sans traumatisme chez des chevaux. Ils décident alors d’inoculer ce sérum à des dizaines d’enfants menacés par la diphtérie. Grâce à ces inoculations, deux fois plus d’enfants que prévu survivent : l’expérience est un succès,la sérothérapie antitoxique est née. Lors du Congrès de Budapest en 1894, Emile Roux fut qualifié de héros, de «sauveur des enfants». Mais il ne faut pas non plus oublier les travaux et le soutien de ses collaborateurs : Alexandre Yersin, mais aussi Martin et Chaillou.

Gaston Ramon, l’inventeur du vaccin antidiphtérique
Trente ans plus tard, le pasteurien Gaston Ramon s’intéresse aux anatoxines, des toxines bactériennes traitées par le formol et la chaleur pour leur faire perdre leur pouvoir pathogène.

En 1923, il remarque que dans un récipient contenant une toxine et son antitoxine, un précipité se forme : c’est la floculation, un phénomène mesurable qui permet de quantifier la neutralisation d’une toxine par son antitoxine. Gaston Ramon en conclut qu’inoculer un être vivant avec une anatoxine permet de l’immuniser contre la toxine associée. Le 10 décembre 1923, Emile Roux présente les résultats de Gaston Ramon à l’Académie des Sciences.

Le Canada fut l'un des premiers pays à administrer l'anatoxine à grande échelle. En 1924, sous le contrôle de Gaston Ramon, les Connaught Laboratories de l'Université de Toronto entreprirent la préparation de l'antitoxine diphtérique. Celle-ci fut bientôt mise à la disposition de toute la population canadienne.

La même année, Gaston Ramon conceptualise la notion d’adjuvants, des substances qui renforcent la réponse immunitaire lorsqu’elles sont administrées conjointement avec un traitement. En inventant les vaccins associés, il réussit également un tour de force : immuniser par la même occasion contre la diphtérie et le tétanos grâce à l’ancêtre du vaccin DTP (diphtérie, tétanos, poliomyélite). Grâce entre autres à ces travaux, les années 1920 voient par ailleurs apparaître les vaccins contre la tuberculose (1921) la diphtérie (1923), le tétanos et la coqueluche (1926), d’autres maladies elles aussi mortelles.

vendredi 17 novembre 2023

L’antibiorésistance ou comment les bactéries deviennent résistantes

«L
’antibiorésistance ou comment les bactéries deviennent résistantes», source document pédagogique de l’Institut Pasteur du 16 novembre 2023.

La résistance aux antibiotiques - ou antibiorésistance - est un enjeu de santé publique majeur. Conserver l’efficacité des antibiotiques contre les bactéries passe notamment par comprendre comment ces résistances fonctionnent et comment les bactéries deviennent résistantes. Explications.

Les antibiotiques sont des médicaments qui servent à lutter contre les infections dues à des bactéries. Ils ont sauvé et sauvent encore des millions de vies chaque année, mais leur efficacité est menacée car les bactéries peuvent s’adapter et résister au traitement. On parle de résistance aux antibiotiques ou aux antibactériens. «L’antibiorésistance désigne à la fois une dynamique qui existe depuis l’utilisation des antibiotiques, mais aussi l’ensemble des mécanismes que les bactéries utilisent pour résister à ces traitements», résume Didier Mazel responsable de l’unité Plasticité du génome bactérien à l’Institut Pasteur.

Comment les résistances fonctionnent ?

Plusieurs mécanismes de résistance existent et peuvent conduire à une même insensibilité au traitement. La plupart du temps, la bactérie va soit altérer l’antibiotique lui-même, soit la molécule cible avec laquelle celui-ci réagit normalement, ce qui dans les deux cas le rend inefficace. D’autres formes de résistance moins efficaces sont connues, comme la pompe d’efflux, qui permet d’expulser l’antibiotique en dehors de la bactérie.

«La surveillance de l’antibiorésistance passe par la mesure de la fréquence des souches sensibles ou résistantes à un antibiotique, c’est-à-dire la proportion de bactéries devenues insensibles à ce médicament», poursuit Céline Loot, chercheuse dans l’unité de Didier Mazel.

Comment les bactéries deviennent résistantes ?

Quand elles sont confrontées à un antibiotique, les bactéries évoluent : les lignées résistantes se reproduisent mieux et finissent par devenir majoritaires.

Mais les nouvelles résistances se propagent bien plus vite par des mécanismes dits de «transferts horizontaux» : la résistance se transmet entre des organismes de lignées différentes, et non d’une bactérie à ses descendantes.

- La conjugaison, lorsque des bactéries se transmettent entre elles des petits morceaux de matériel génétique, appelés des plasmides, et qui peuvent porter des gènes qui fournissent des résistances. «Les plasmides peuvent se transmettre entre des genres bactériens très différents, ce qui en fait le mécanisme de transmission de résistances le plus important et celui que nous voudrions le plus contrôler», précise Céline Loot.

- La transformation naturelle, qui a lieu quand une bactérie intègre de l’ADN présent dans son environnement.

- La transduction, qui consiste en un transfert de matériel génétique entre une bactérie et un virus qui l’infecte. Ce mécanisme joue cependant un rôle mineur dans l’acquisition de résistance.

«Tout ce qui va stresser les bactéries va favoriser les transferts horizontaux, alerte Didier Mazel. C’est le cas des antibiotiques même à faible concentration, comme dans les eaux usées où l’on en trouve des traces. C’est d’autant plus le cas là où on concentre des bactéries, comme dans les biofilms, des communautés de cellules qui adhérent aux supports solides, et qui peuvent se former par exemple sur le matériel médical».

La lutte contre l’antibiorésistance, un enjeu de santé publique

- La prévention
Pour combattre l’antibiorésistance, «le plus efficace reste la prévention, souligne Céline Loot. Aujourd’hui, les foyers de la résistance sont en Asie du Sud-Est, où l’on voit une utilisation massive d’antibiotiques sans prescription médicale, qu’il faudrait limiter».

- Des alternatives aux antibiotiques actuels

«Nous sommes en quête de nouvelles molécules dont on aurait une utilisation prudente pour prévenir l’apparition de nouvelles résistances», développe la chercheuse. Les scientifiques développent aussi de nouveaux modes de traitements, «comme les bactériophages, ou rendre de nouveau la bactérie sensible à l’antibiotique. On souhaite aussi empêcher les transferts horizontaux pour limiter la dispersion des résistances. Au final, on devient très créatifs !», décrit Didier Mazel.

La recherche fondamentale reste nécessaire, puisque c’est sur ces connaissances que s’appuie le développement de nouvelles approches thérapeutiques.

ESKAPEE : sept pathogènes à surveiller

Parmi les bactéries incriminées dans l’antibiorésistance, un groupe de sept pathogènes identifiés sous le terme de bactéries ESKAPEE constitue notamment une menace sérieuse. Ce sont les bactéries résistantes qui représentent le plus un problème de santé publique selon l’OMS, et sur lesquelles la recherche se focalise. Ces bactéries sont à l’origine de nombreuses infections nosocomiales : des infections pulmonaires, urinaires ou post-opératoires, mais aussi parfois des septicémies chez les patients immunodéprimés.

- Enterococcus faecium,

- Staphylococcus aureus,
- Klebsiella pneumoniae,
- Acinetobacter baumannii,
- Pseudomonas aeruginosa,
- Enterobacter spp.,
- Escherichia coli.

mercredi 4 octobre 2023

Botulisme alimentaire : Retour sur la crise sanitaire. Page de pub de l'Institut Pasteur !

Dans cette intoxication alimentaire à Bordeaux liée à des conserves, il y a eu plusieurs cas de botulisme. Le blog vous proposé différentes approches, depuis Santé publique France très discrète sur ce sujet à l’OMS ...

La dernière approche en date est celle du 2 octobre avec ce communiqué de l’Institut Pasteur, «Botulisme alimentaire : Retour sur la crise sanitaire».

Début septembre 2023, plusieurs personnes ont été intoxiquées après avoir consommé des sardines en conserve artisanale dans un bar bordelais. Au 14 septembre 2023, cette intoxication a provoqué le décès d’une personne et l’hospitalisation de 10 autres. Retour sur la chronologie précise des événements et le rôle de l’Institut Pasteur dans la gestion de cette crise sanitaire. 

Le 11 septembre 2023, l’Agence Régionale de Santé (ARS) Nouvelle-Aquitaine reçoit le signalement de plusieurs cas probables de botulisme. Sept personnes prises en charge au CHU de Bordeaux présentent des troubles neurologiques ou digestifs. Elles ont toutes fréquenté la semaine précédente un même bar bordelais, où elles ont consommé des sardines en conserve artisanale. Les symptômes et l’épidémiologie évoquent le botulisme alimentaire, provoqué par la bactérie Clostridium botulinum. «Il s’agit d’une bactérie qui, lorsque la stérilisation d’une conserve est mal faite, peut se multiplier et produire une toxine. Les gens se contaminent au moment de l’ingestion» précise Gauthier Delvallez, responsable adjoint du centre national de référence (CNR) des bactéries anaérobies et botulisme.

La confirmation du botulisme par l’Institut Pasteur

L’enquête démarre ensuite concrètement. Ces cas suspects amènent la Direction départementale de la protection des populations (DDPP) de la Gironde à effectuer des prélèvements alimentaires pour rechercher la présence de toxine botulique dans les conserves suspectées. Le lendemain, 12 septembre, le bilan s’aggrave : une personne est décédée et sept se trouvent en service de réanimation. Au 14 septembre, 15 cas suspects de botulisme ont été identifiés, dont 10 sont hospitalisés. Si les signes évocateurs du botulisme se précisent, le diagnostic biologique doit encore être posé avec certitude. C’est le CNR des bactéries anaérobies et botulisme de l’Institut Pasteur qui lèvera les derniers doutes. Les échantillons collectés par la DDPP ainsi que les prélèvements des patients hospitalisés ont été analysés par le CNR qui a pu confirmer un botulisme de type B pour plusieurs patients et la présence de la bactérie et de sa toxine dans les conserves de sardines.

Une prise en charge adaptée, le plus tôt possible, à l’hôpital

On dispose de peu d’outils de lutte contre cette intoxication rarissime qui génère en moyenne 15 à 20 cas par an, en France. Le traitement du botulisme requiert, dans les formes sévères, des soins respiratoires intensifs avec ventilation assistée.

En cas de suspicion de botulisme, l’administration d’une anti-toxine botulique dans les 24 à 48 premières heures après le début des symptômes peut permettre de raccourcir le temps d’hospitalisation. La grande majorité des malades pris en charge sans délai guérissent sans séquelles, mais le traitement et la convalescence peuvent durer plusieurs mois.

Les CNR, des sentinelles face aux pathogènes

L’étroite collaboration entre les autorités sanitaires nationales et régionales et le CNR bactéries anaérobies et botulisme de l’Institut Pasteur a permis de rapidement identifier de façon certaine la bactérie à l’origine de cette crise sanitaire, la plus grave à ce jour en France en lien avec le botulisme alimentaire. Une étape essentielle pour une prise en charge optimale des personnes contaminées ou susceptibles de l’être.

Mise à jour du 12 octobre 2023

On lira l’étude, «Food-borne botulism outbreak during the Rugby World Cup linked to marinated sardines in Bordeaux, France, September 2023», parue le 12 octobre dans Eurosurveillance.

Complément bis
On lira ce document de l’Anses du 26 octobre 2023, «Le botulisme : de quoi s’agit-il et comment s’en prémunir ?» 

vendredi 15 septembre 2023

Deux projets de recherche à l’Institut Pasteur pour la sécurité alimentaire et la lutte contre la résistance aux antibiotiques

«Santé alimentaire et antibiorésistance : une lutte contre Listeria et Salmonella», source communiqué de l’Institut Pasteur.

La Fondation Le Roch-Les Mousquetaires soutient deux projets de recherche à l’Institut Pasteur pour la sécurité alimentaire et la lutte contre la résistance aux antibiotiques.

La sécurité alimentaire est une préoccupation essentielle dans notre société, exigeant une attention permanente et des efforts de recherche constants afin de contrer les risques microbiologiques qui y sont associés. L’Institut Pasteur a pour mission la surveillance chez l’Homme de six maladies d’origine alimentaire : listériose, salmonellose, infection à E. coli entéro-hémorragique, shigellose, botulisme et infection à vibrions.

La Fondation Le Roch-Les Mousquetaires, créée en 1998 à l’initiative du Groupement Les Mousquetaires, est un acteur majeur de la grande distribution en Europe. Accompagnant des projets à fort enjeu économique ou sociétal, la Fondation soutient l’Institut Pasteur et tout particulièrement deux projets de recherche scientifique d’une importance capitale pour la sécurité alimentaire et la santé publique.

Grâce au soutien de la Fondation Le Roch-Les Mousquetaires, voici les deux projets qui ont été financés :

1. la lutte contre la bactérie Listeria monocytogenes ;
2. la compréhension de l'émergence des premières bactéries pathogènes résistantes aux antibiotiques.

1- La lutte contre la bactérie Listeria monocytogenes

L’unité de Biologie des infections, en collaboration avec le centre national de référence (CNR) et le centre collaborateur de l’OMS (CCOMS) Listeria dirigés par Marc Lecuit, étudie la bactérie Listeria monocytogenes, un pathogène alimentaire redoutable. Cette bactérie présente une capacité unique à survivre dans des conditions hostiles, y compris les environnements acides et les températures froides, ce qui lui permet de contaminer des aliments tels que les produits laitiers et carnés. Elle peut provoquer des infections très graves voire mortelles, en particulier chez le fœtus ou le nouveau-né, les personnes âgées et les individus immunodéprimés.

Dans ce contexte, l’étude de cette bactérie et de l’infection qu’elle induit sont d’une importance majeure au plan scientifique, médical, de santé publique et économique. La surveillance épidémiologique nationale recense chaque année en France plus de 400 cas de listériose, la maladie causée par Listeria monocytogenes, avec une mortalité supérieure à 30%. Ces chiffres mettent en évidence l’importance de mieux comprendre les caractéristiques des souches de Listeria monocytogenes qui contaminent les aliments et les installations de production alimentaire, ainsi que d’identifier les mécanismes de virulence de cette bactérie.

Commentaire

Listeria monocytogenes est largement en tête des produits alimentaires rappelés en 2023.

2 - La compréhension de l’émergence des premières bactéries pathogènes résistantes aux antibiotiques

Dirigé par François-Xavier Weill, responsable de l’unité des Bactéries pathogènes entériques de l’Institut Pasteur, ce projet ambitieux repose sur l'étude de 1000 souches historiques de bactéries pathogènes intestinales appartenant aux genres Salmonella et Vibrio afin de retracer l’évolution des résistances aux antibiotiques et de comprendre comment ces bactéries, responsables d’infections alimentaires, ont émergé et se sont propagées au fil du temps.

Le séquençage complet de l’ADN bactérien permettra d’explorer la parenté génétique entre les souches et les différentes structures génétiques responsables de la résistance aux antibiotiques. En étudiant ces 1000 souches, provenant d’infections humaines, animales et de produits alimentaires, les chercheurs pourront retracer l’évolution de la résistance aux antibiotiques et déterminer si les mêmes lignées bactériennes ont persisté jusqu’à nos jours.

Comprendre les étapes précoces de l’émergence des bactéries multirésistantes aux antibiotiques aidera à développer de nouvelles stratégies de prévention et de contrôle de ces infections. De plus, cette étude permettra d'évaluer l’efficacité des mesures actuelles de lutte contre la résistance aux antibiotiques et d’orienter les politiques de santé publique.

L’Institut Pasteur se félicite du fidèle soutien de la Fondation Le Roch-Les Mousquetaires.

L’impact des recherches qu’elle soutient est essentiel pour la santé publique et la sécurité alimentaire. Les données recueillies permettront d'améliorer les mesures de prévention, les stratégies de contrôle et les politiques de santé, contribuant ainsi à sauver des vies et préserver le bien-être de la société.

dimanche 11 juin 2023

Maladies infectieuses émergentes : DURABLE, un projet européen mené par l'Institut Pasteur

«Maladies émergentes : DURABLE, un projet européen mené par l'Institut Pasteur», souce communiqué de l’Institut Pasteur du 5 juin 2023.

Le projet européen DURABLE, mené par l'Institut Pasteur, a été lancé en février 2023. DURABLE signifie Delivering a Unified Research Alliance of Biomedical and public health Laboratories against Epidemics. Il s'agit d'un réseau dont l'objectif principal est de mettre en place un guichet unique pour la préparation des laboratoires aux maladies émergentes. Ce projet à grande échelle, d'une durée de quatre ans, contribuera à la mise en place de systèmes de santé plus solides, plus résistants et plus accessibles.

Avec l'augmentation des épidémies de maladies infectieuses, un réseau solide d'instituts de recherche fondamentale et translationnelle de classe mondiale est nécessaire pour répondre aux menaces sanitaires. Le consortium DURABLE de laboratoires européens de recherche et de santé publique a été financé dans le cadre du programme européen EU4Health à hauteur de 25 millions d'euros dont 20 millions par l'Union Européenne sur quatre ans (2023-2027). En plus de développer un guichet unique, ce projet établira un réseau durable de laboratoires et d'instituts de recherche capable d’améliorer la préparation aux maladies émergentes mais aussi d’alerter, de fournir des données scientifiques en temps réel et des analyses intégrées aux autorités européennes, telles que HERA et ECDC.

Coordonné par le Dr Jean-Claude Manuguerra, responsable de l'unité Environnement et risques infectieux au sein du Département Santé Globale de l'Institut Pasteur (Paris, France), avec le Professeur Marion Koopmans (Erasmus Medical Center, Pays-Bas) et Roberto Bruzzone (HKU-Pasteur Reasearch Pole), DURABLE va également :


- Développer et utiliser des méthodes ciblées et non ciblées pour l'identification des menaces connues et nouvelles ;
- Coordonner, intégrer, analyser et partager les résultats pour une utilisation rapide et directe dans la prise de décision en matière de santé publique ;
- Élaborer des études ciblées pour guider la collecte de données supplémentaires en réponse aux alertes.

Partenaires et entités affiliées de DURABLE

  1. Institut Pasteur (IP) France
  2. Pasteur Network (PN)
  3. Katholieke Universiteit Leuven (KU LEUVEN) Belgique
  4. Statens Serum Institut (SSI) Danemark
  5. Friedrich Loeffler Institut - Bundesforschungsinstitut fuer Tiergesundheit (FLI) Allemagne
  6. Charite - Universitaetsmedizin Berlin (CHARITE) Allemagne
  7. Erasmus Medisch Centrum Rotterdam (EMC) Pays-Bas
  8. Partikas Drosibas, Dzivnieku Veselibas un Vides Zinatniskais Institutsbior (BIOR) Lettonie
  9. Universite d’Aix Marseille (AMU) France
  10. Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM) Pays-Bas
  11. Universita Degli Studi di Padova (UNIPD) Italie
  12. Uniwersytet Jagiellonski (JU) Pologne
  13. Agencia Estatal Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC) Espagne
  14. Helsingin Yliopisto (UH) Finlande
  15. Aristotelio Panepistimio Thessalonikis (AUTH) Grèce
  16. Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge (INSA) Portugal
  17. Univerzita Karlova (CU) République Tchèque
  18. Istituto Superiore di Sanità (ISS) Italie
  19. Tartu Ulikool (UTARTU) Estonie
  20. Hrvatski Zavod za Javno Zdravstvo (CIPH) Croatie

vendredi 5 mai 2023

Les biofilms formés par les bactéries peuvent favoriser l’émergence d’antibiorésistances

«Les biofilms formés par les bactéries peuvent favoriser l’émergence d’antibiorésistances», source communication de l’institut Pasteur du 4 mai 2023.

Les biofilms sont des structures biologiques qui permettent aux bactéries de survivre dans leur environnement. Des chercheurs de l’Institut Pasteur ont montré que ces biofilms favorisent l’émergence d’antibiorésistance chez les bactéries Escherichia coli exposées à des antibiotiques.

Les bactéries sont des microorganismes capables de se rassembler transitoirement en communautés. Lorsque cela arrive, elles peuvent former un biofilm, un écosystème pouvant notamment les protéger des agressions extérieures. Les biofilms formés à la surface des muqueuses ou de certains dispositifs médicaux sont très difficiles à éliminer, ce qui augmente considérablement les risques d’infection. Face à ce phénomène, la solution la plus employée est de répéter plusieurs traitements antibiotiques… mais ce n’est pas sans conséquence.

Dans une étude parue le 16 mars 2023 dans la revue Communications biology, des chercheurs de l’Institut Pasteur et de l’Université d’Hokkaido ont mesuré les effets de ces traitements chez la bactérie Escherichia coli. «Nous avons démontré qu’appliquer des doses répétées d’un antibiotique sur le biofilm de ces bactéries, non seulement ne permet pas leur élimination mais aussi entraîne le développement de leur résistance à cet antibiotique» rapporte Jean-Marc Ghigo, chef de l’unité Génétique des biofilms à l’Institut Pasteur et coauteur de l’étude. Inversement, le même traitement appliqué à des bactéries vivant sous forme libre conduit à une forte mortalité de ces dernières, sans qu’elles ne développent d’antibiorésistance.

L’enjeu mis en évidence par cette étude est double. Le premier concerne l’antibiorésistance, un fléau qui sévit depuis l’invention même des antibiotiques ; le second concerne les maladies nosocomiales, qui se transmettent au sein des hôpitaux. «Nous sommes donc convaincus que lutter pour l’éradication des biofilms pourrait non seulement contribuer à réduire l’impact des infections qui leurs sont liés, mais également réduire les probabilités d’émergence de résistance aux antibiotiques» affirme Christophe Beloin, chercheur au sein de l’unité et responsable de l’étude.

Cette étude entre dans le cadre de l’axe scientifique prioritaire Résistance aux agents antimicrobiens du plan stratégique 2019-2023 de l’Institut Pasteur.

NB : Photo de Escherichia coli uropathogènes dans un biofilm. Institut Pasteur.

Commentaire
L'institut Pasteur a bien changé. Il y a longtemps, bien longtemps, lors d'un colloque sur l'attachement des bactéries aux surfaces (aujourd'hui, on dirait biofilm), la position de l'Institut Pasteur d'alors était que cela était un artefact ...

lundi 20 mars 2023

Emergence en France d’une souche de Shigella sonnei hautement résistante aux antibiotiques


Voici une «Emergence en France d’une souche de Shigella sonnei hautement résistante aux antibiotiques», source communiqué de l’Institut Pasteur du 15 mars 2023.

Résumé
La shigellose, maladie diarrhéique très contagieuse, est due à la bactérie Shigella, circulant dans les pays industrialisés ou en cours d’industrialisation. Les chercheurs du Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella à l’Institut Pasteur qui surveillent cette bactérie sur le plan national depuis de nombreuses années, ont ainsi détecté l’apparition de souches de Shigella sonnei hautement résistantes aux antibiotiques. L’analyse des séquences du génome bactérien et les caractéristiques des cas, survenus préférentiellement chez des adultes de sexe masculin, suggèrent que ces souches, originaires d’Asie du Sud, se propagent notamment chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes. Ce constat devrait être pris en compte par les cliniciens et les laboratoires dans le cadre des consultations pour infections sexuellement transmissibles (IST), avec pratique d’un antibiogramme systématique en cas d’isolement d’une Shigelle pour une meilleure prise en charge des patients infectés par ces souches hautement résistantes. Ces résultats ont été publiés dans la revue Nature Communications le 26 janvier 2023.

La shigellose est une maladie diarrhéique très contagieuse, dont la transmission est oro-fécale. Parmi les différents types de Shigella, Shigella sonnei est le type majoritaire qui circule dans les pays industrialisés ou en cours d’industrialisation. Les infections à Shigella sonnei peuvent entrainer une diarrhée de courte durée (3-4 jours) cédant spontanément. Un traitement antibiotique devient cependant nécessaire pour les cas modérés à sévères (diarrhée sanglante, risque de complications) ou pour stopper la transmission entre les personnes dans des contextes épidémiques. L’acquisition par la bactérie de mécanismes de résistance aux antibiotiques limite alors les options thérapeutiques.

Dans cette étude, les scientifiques du Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella (CNR-ESS) à l’Institut Pasteur, montrent une augmentation de la résistance aux antibiotiques chez les souches de S. sonnei isolées en France depuis 17 ans. L’étude se base sur l'analyse de plus de 7 000 souches de S. sonnei et d'informations épidémiologiques recueillies dans le cadre de la surveillance nationale des shigelloses par le CNR-ESS entre 2005 et 2021. Pour cette surveillance le CNR-ESS analyse toutes les souches bactériennes adressées par son réseau de laboratoires partenaires privés ou publics, répartis sur tout le territoire français. Au cours de cette période, des souches dites hautement résistantes aux antibiotiques (ou XDR pour extensively drug-resistant) ont été identifiées pour la première fois en 2015. Puis, les scientifiques ont constaté que la proportion de ces souches XDR, résistantes à quasiment tous les antibiotiques recommandés pour le traitement de la shigellose, a augmenté de façon importante jusqu'à atteindre un pic en 2021: 22,3% de toutes les souches de S. sonnei étaient hautement résistantes cette année-là (correspondant à 99 cas).

Une analyse par séquençage génomique a révélé que toutes ces souches XDR françaises appartenaient à une même lignée évolutive devenue résistante à un antibiotique clé (la ciprofloxacine) vers 2007 en Asie du Sud. Puis, ces souches ont acquis dans plusieurs régions géographiques du monde, dont la France, différents plasmides [molécule d’ADN indépendante du chromosome bactérien et se répliquant de façon autonome.] codant pour la résistance à d'autres antibiotiques de première ligne (azithromycine et céphalosporines de troisième génération notamment). Pour les cas sévères, les seuls antibiotiques restant efficaces sont les carbapénèmes ou la colistine qui doivent être administrés par voie intraveineuse, ce qui rend le traitement plus agressif avec un suivi plus complexe en milieu hospitalier.

Ces souches XDR ont été observées en France dans différents contextes : chez des voyageurs revenant d'Asie du Sud ou d'Asie du Sud-Est, au cours d’une épidémie dans une école en 2017 (plus de 90 cas ayant conduit à la fermeture de l'école ; le cas initial revenait d’un voyage en Asie du Sud-Est), ou chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH). Ces derniers ont été contaminés par un clone épidémique qui diffuse en Europe depuis 2020 mais également retrouvé en Amérique du Nord et en Australie. Ce sous-groupe de souches XDR circulant chez les HSH était majoritaire : il représentait 97 % des souches XDR en France en 2021.

La fréquente utilisation des antibiotiques dans les régions d’Asie du Sud et du Sud-Est d’une part, et les traitements répétés d’infections sexuellement transmises chez certaines personnes potentiellement exposées à ce risque d’autre part, augmentent le risque de la sélection de ces souches de Shigella hautement résistantes.

Des études restent nécessaires pour mieux connaitre les différentes formes cliniques de cette infection et s’il existe en particulier des formes asymptomatiques permettant une plus grande dissémination de la bactérie. Des essais thérapeutiques sont également indispensables pour identifier des antibiotiques efficaces par voie orale pour traiter ces souches de Shigella hautement résistantes.

Plus d’informations sur la shigellose, lire la fiche d'information de l’Institut Pasteur.

NB : L’image est du Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella à l’Institut Pasteur.

jeudi 29 décembre 2022

Bicentenaire de la naissance de Louis Pasteur : Retour sur une année de commémoration

Bicentenaire de la naissance de Louis Pasteur : Retour sur une année de commémoration, source Institut Pasteur.

Il y a 200 ans, le 27 décembre 1822 naissait Louis Pasteur dans la ville de Dole (Jura). L’année 2022 a été l’occasion de revenir sur l’héritage scientifique et culturel de Louis Pasteur et de faire découvrir ou redécouvrir à chacun sa vie et son œuvre.

Le 27 décembre 1822 Louis Pasteur voyait le jour, fils de Jean-Joseph Pasteur, tanneur, et de Jeanne-Étiennette Pasteur. 200 ans après, nous célébrons l’homme et le scientifique à travers une œuvre qui contribua à révolutionner le XIXe siècle et dont l’héritage persiste de nos jours par l’intermédiaire de ses découvertes ou à travers la manière dont la recherche est conduite à l’Institut Pasteur.

Des initiatives sous une bannière commune
Le patrimoine de Louis Pasteur est partagé par un ensemble de partenaires qui ont décidé de s’associer pour afficher un label fédérant sous une même bannière les initiatives liées au bicentenaire. Cette association a également donné lieu à la création d’un site web pasteur2022.fr qui regroupe toutes ces initiatives.

Retrouvez des conférences partout en France et dans le monde et des expositions variées en France, sans oublier plusieurs écrits sur Louis Pasteur qui ont vu le jour en 2022 à l’occasion de ce bicentenaire.

mardi 22 mars 2022

22 mars 2022: Journée mondiale de l’eau : toujours de nombreuses maladies liées à l’eau

«Journée mondiale de l’eau : toujours de nombreuses maladies liées à l’eau», source Institut Pasteur.

Le 22 mars 2022 célèbre la Journée mondiale de l’eau. Cette année, le thème de cette journée est: «Eaux souterraines : rendre l’invisible visible». À cette occasion, découvrez-en plus à travers nos fiches maladies sur les maladies, majoritairement infectieuses, liées à l’accès à l’eau, ainsi que quelques initiatives de l’Institut Pasteur à Paris et du Pasteur Network.

L’eau est une ressource fondamentale pour garantir la vie et un point central de vigilance en matière de santé publique. De nombreuses maladies «hydriques» peuvent en effet toucher les populations pour lesquelles l’accès à l’eau ou à un assainissement de qualité ne peuvent être garantis. Instituée depuis 1994 par l’Organisation des Nations unies, la Journée mondiale de l’eau a notamment pour but sensibiliser sur les enjeux cruciaux autour de cette ressource essentielle, alors que deux milliards de personnes vivent sans accès à l’eau potable dans le monde. L’occasion de rappeler que de nombreuses maladies sont liées à un manque d’accès à l’eau propre, véhiculées par l’eau elle-même, ou dues à des agents pathogènes et des vecteurs qui se développent dans l’eau.

Les maladies par manque d’accès à l’eau propre
Le manque d’eau propre rend difficile les gestes basiques de l’hygiène, ce qui favorise donc le développement de nombreuses infections. Le trachome est une pathologie causée par le virusChlamydia trachomatis. La maladie touche les yeux et peut mener jusqu’à la cécité. Le virus se transmet par les mains, par les vêtements ou par des mouches, et l’hygiène est donc un facteur important pour prévenir l’infection. De la même manière, la shigellose est la maladie de l’insuffisance d’hygiène par excellence, et provoque un syndrome dysentérique et des diarrhées. Transmise de façon interindividuelle, elle peut aussi passer par les selles qui contaminent eau et nourriture, et par des mouches qui toucheraient les produits de consommation contaminés. Il s’agit d’une infection bactérienne causée par les bactéries Shigella, qui appartiennent à l’espèce Escherichia coli. Le manque d’accès à l’eau, à un assainissement de bonne qualité et à un manque d’éducation sanitaire constituent aussi des facteurs importants dans la malnutrition.

Les maladies véhiculées par l’eau elle-même
Dans les régions du monde où l’eau ne peut être assainie, elle peut contenir différents pathogènes qui infectent ainsi les habitants qui la consomment. C’est le cas de la bactérie responsable du choléra, Vibrio cholerae. Les selles de personnes infectées peuvent en effet contaminer des aliments ou l’eau, puis se transmettre par la consommation. Les virus de la poliomyélite, une infection qui atteint le système nerveux central et peut provoquer des séquelles à long terme, ou des hépatites A et E, peuvent aussi se transmettre par les eaux contaminées. Les conditions d’hygiène et le manque de systèmes d’épuration des eaux usées peut favoriser la circulation de certains parasites, comme les amibes. Ces organismes unicellulaires sont responsables de l’amibiase, une inflammation de la paroi du côlon qui provoque des diarrhées voire de la dysenterie.

Même en Amérique du Nord, en Asie ou en Europe, le risque de maladies véhiculées par l’eau existe, comme par exemple avec la légionellose, maladie d’origine bactérienne, potentiellement mortelle, due à l’affinité de la bactérie pour les systèmes modernes d’alimentation en eau comme les réseaux d’eau chaude sanitaire, les tours de refroidissement, etc.

Les maladies parasitaires infectant des animaux aquatiques
Plusieurs vers parasites infectant l’être humain possèdent comme hôtes intermédiaires des animaux aquatiques, comme des mollusques ou des crustacées. C’est le cas notamment du ver de Guinée, qui parasite la peau, de la grande douve du foie ou des schistosomes, qui peuvent parasiter différents organes. La contamination peut se faire lors de baignades dans des points d’eau contaminés ou par la consommation de plantes elles-mêmes contaminées par cette eau.

Les maladies dont le vecteur se reproduit dans les points d’eau
Les points d’eau stagnante constituent des lieux privilégiés pour la reproduction des moustiques, vecteur de nombreuses maladies infectieuses. Le moustique tigre (genre Aedes) est ainsi responsable de la transmission de maladies comme la dengue, la fièvre jaune ou le chikungunya. Le paludisme, maladie parasitaire provoquée des Plasmodium, se transmet quant à elle par la piqûre d’une femelle moustique du genre Anopheles. Il s’agit de la plus importante des maladies parasitaires en terme de cas par an dans le monde.

Enfin, l’Institut Pasteur de Paris lance le MOOC Water-Borne Infectious Diseases, co-dirigé par François-Xavier Weill (unité des Bactéries pathogènes entériques), Maël Bessaud (laboratoire Population virale et pathogénèse) et Dominique Franco (conseiller spécial du service éducatif de l'Institut Pasteur). Ce cours en ligne explique pourquoi l’eau peut transmettre des infections bactériennes, virales et parasitaires et explore les moyens de lutte et de prévention. Il sera ouvert du 22 mars au 24 mai 2022. Les inscriptions quant à elles sont ouvertes jusqu’au 18 mai 2022.

Voir aussi ce tweet de l’Anses.

Aux lecteurs du blog
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jeudi 17 mars 2022

Découverte d’un mécanisme d’échappement immunitaire permettant à Listeria d’infecter le système nerveux central

Tissu infecté par Listeria (la bactérie apparaît en rouge). YH Tsai, M Lecuit, ©Institut Pasteur.
«Découverte d’un mécanisme d’échappement immunitaire permettant à Listeria d’infecter le système nerveux central», source communiqué de l’Intsitut Pasteur du 14 mars 2019.

Certaines souches «hypervirulentes» de Listeria monocytogenes ont une capacité accrue à infecter le système nerveux central. Des scientifiques de l’Institut Pasteur, d’Université Paris Cité, de l’Inserm et de l’AP-HP ont décrit un mécanisme qui permet aux cellules infectées par Listeria monocytogenes de survivre à l’action du système immunitaire. Les cellules infectées circulant dans le sang ont ainsi une probabilité accrue d’adhérer aux cellules de la paroi des vaisseaux cérébraux et de les infecter à leur tour. Ceci permet aux bactéries de traverser la barrière hématoencéphalique et d’atteindre le cerveau. Cette étude est publiée dans Nature, le 16 mars 2022.

Le système nerveux central est séparé du sang par une barrière physiologique appelée barrière hématoencéphalique, qu’il est difficile de traverser. Pourtant, certains pathogènes y parviennent et infectent ainsi le système nerveux central, par des mécanismes encore mal connus.

Listeria monocytogenes est la bactérie responsable de la listériose humaine, une infection grave d’origine alimentaire, qui peut se traduire par une atteinte du système nerveux central appelée neurolistériose. Cette infection du système nerveux central est particulièrement grave et conduit au décès dans 30% des cas.

Les chercheurs de l’unité de Biologie des infections à l’Institut Pasteur (Université Paris Cité, Inserm) et du Centre National de Référence et Centre Collaborateur OMS Listeria dirigés par Marc Lecuit (Université Paris Cité et hôpital Necker-Enfants malades AP-HP) ont découvert, dans un modèle animal qui reproduit les différentes étapes de la listériose humaine, le mécanisme qui permet à Listeria monocytogenes d’infecter le système nerveux central. Pour cela, ils ont mis au point un modèle expérimental cliniquement pertinent, impliquant des souches virulentes de Listeria issues de patients atteints de neurolistériose.

Les scientifiques ont tout d’abord observé qu’un type de globules blancs, appelés monocytes inflammatoires, sont infectés par la bactérie. Ces monocytes infectés circulent par voie sanguine et adhèrent aux parois des vaisseaux cérébraux, permettant à Listeria d'infecter le tissu cérébral.

L’équipe de recherche a ensuite montré qu’InlB, une protéine de surface de Listeria monocytogenes, permet à la bactérie d’échapper au système immunitaire et de survivre dans la niche protectrice que constitue le monocyte infecté. En effet, l’interaction entre la protéine InlB et son récepteur cellulaire c-Met entraîne le blocage de la mort cellulaire induite par les lymphocytes T cytotoxiques ciblant spécifiquement les cellules infectées par Listeria. Grâce à InlB, les cellules infectées peuvent donc survivre aux lymphocytes T cytotoxiques.

Ce mécanisme permet de prolonger la durée de vie des cellules infectées, ce qui se traduit par une augmentation du nombre de monocytes infectés dans le sang et favorise la propagation de la bactérie aux tissus de l’hôte, dont le cerveau. Cette propriété favorise également la persistance de Listeria dans le tissu intestinal, son excrétion fécale et sa transmission à l’environnement.

«Nous avons découvert un mécanisme spécifique et inattendu, par lequel un pathogène augmente la durée de vie des cellules qu’il infecte, en bloquant spécifiquement une fonction du système immunitaire essentielle au contrôle de l’infection», explique Marc Lecuit (Université Paris Cité et hôpital Necker-Enfants malades AP-HP), responsable de l’unité de Biologie des infections à l’Institut Pasteur (Université Paris Cité, Inserm).

Il est possible que des mécanismes similaires favorisent l’infection du cerveau par d’autres pathogènes intracellulaires tels que Toxoplasma gondii et Mycobacterium tuberculosis. De plus, l'identification et la compréhension des mécanismes d’échappement immunitaire des cellules infectées pourrait conduire au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques anti-infectieuses, ainsi qu’au développement de nouvelles approches immunosuppressives chez les patients recevant une greffe d’organe.

Ces travaux ont été financés par l’Institut Pasteur, l’Inserm et le Conseil européen de la recherche (ERC), et bénéficient d’un financement de la Fondation Le Roch - Les Mousquetaires.

NB: Merci à Joe Whitworth qui m'a signalé l'information.

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