Emergence en France d’une souche de Shigella sonnei hautement résistante aux antibiotiques

Il y a peu je vous informais dans un article que le CDC mettait en garde contre l'augmentation de la shigellose ultrarésistante aux antibiotiques.

Voici une «Emergence en France d’une souche de Shigella sonnei hautement résistante aux antibiotiques», source communiqué de l’Institut Pasteur du 15 mars 2023.

Résumé

La shigellose, maladie diarrhéique très contagieuse, est due à la bactérie Shigella, circulant dans les pays industrialisés ou en cours d’industrialisation. Les chercheurs du Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella à l’Institut Pasteur qui surveillent cette bactérie sur le plan national depuis de nombreuses années, ont ainsi détecté l’apparition de souches de Shigella sonnei hautement résistantes aux antibiotiques. L’analyse des séquences du génome bactérien et les caractéristiques des cas, survenus préférentiellement chez des adultes de sexe masculin, suggèrent que ces souches, originaires d’Asie du Sud, se propagent notamment chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes. Ce constat devrait être pris en compte par les cliniciens et les laboratoires dans le cadre des consultations pour infections sexuellement transmissibles (IST), avec pratique d’un antibiogramme systématique en cas d’isolement d’une Shigelle pour une meilleure prise en charge des patients infectés par ces souches hautement résistantes. Ces résultats ont été publiés dans la revue Nature Communications le 26 janvier 2023.

La shigellose est une maladie diarrhéique très contagieuse, dont la transmission est oro-fécale. Parmi les différents types de Shigella, Shigella sonnei est le type majoritaire qui circule dans les pays industrialisés ou en cours d’industrialisation. Les infections à Shigella sonnei peuvent entrainer une diarrhée de courte durée (3-4 jours) cédant spontanément. Un traitement antibiotique devient cependant nécessaire pour les cas modérés à sévères (diarrhée sanglante, risque de complications) ou pour stopper la transmission entre les personnes dans des contextes épidémiques. L’acquisition par la bactérie de mécanismes de résistance aux antibiotiques limite alors les options thérapeutiques.

Dans cette étude, les scientifiques du Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella (CNR-ESS) à l’Institut Pasteur, montrent une augmentation de la résistance aux antibiotiques chez les souches de S. sonnei isolées en France depuis 17 ans. L’étude se base sur l'analyse de plus de 7 000 souches de S. sonnei et d'informations épidémiologiques recueillies dans le cadre de la surveillance nationale des shigelloses par le CNR-ESS entre 2005 et 2021. Pour cette surveillance le CNR-ESS analyse toutes les souches bactériennes adressées par son réseau de laboratoires partenaires privés ou publics, répartis sur tout le territoire français. Au cours de cette période, des souches dites hautement résistantes aux antibiotiques (ou XDR pour extensively drug-resistant) ont été identifiées pour la première fois en 2015. Puis, les scientifiques ont constaté que la proportion de ces souches XDR, résistantes à quasiment tous les antibiotiques recommandés pour le traitement de la shigellose, a augmenté de façon importante jusqu'à atteindre un pic en 2021: 22,3% de toutes les souches de S. sonnei étaient hautement résistantes cette année-là (correspondant à 99 cas).

Une analyse par séquençage génomique a révélé que toutes ces souches XDR françaises appartenaient à une même lignée évolutive devenue résistante à un antibiotique clé (la ciprofloxacine) vers 2007 en Asie du Sud. Puis, ces souches ont acquis dans plusieurs régions géographiques du monde, dont la France, différents plasmides [molécule d’ADN indépendante du chromosome bactérien et se répliquant de façon autonome.] codant pour la résistance à d'autres antibiotiques de première ligne (azithromycine et céphalosporines de troisième génération notamment). Pour les cas sévères, les seuls antibiotiques restant efficaces sont les carbapénèmes ou la colistine qui doivent être administrés par voie intraveineuse, ce qui rend le traitement plus agressif avec un suivi plus complexe en milieu hospitalier.

Ces souches XDR ont été observées en France dans différents contextes : chez des voyageurs revenant d'Asie du Sud ou d'Asie du Sud-Est, au cours d’une épidémie dans une école en 2017 (plus de 90 cas ayant conduit à la fermeture de l'école ; le cas initial revenait d’un voyage en Asie du Sud-Est), ou chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH). Ces derniers ont été contaminés par un clone épidémique qui diffuse en Europe depuis 2020 mais également retrouvé en Amérique du Nord et en Australie. Ce sous-groupe de souches XDR circulant chez les HSH était majoritaire : il représentait 97 % des souches XDR en France en 2021.

La fréquente utilisation des antibiotiques dans les régions d’Asie du Sud et du Sud-Est d’une part, et les traitements répétés d’infections sexuellement transmises chez certaines personnes potentiellement exposées à ce risque d’autre part, augmentent le risque de la sélection de ces souches de Shigella hautement résistantes.

Des études restent nécessaires pour mieux connaitre les différentes formes cliniques de cette infection et s’il existe en particulier des formes asymptomatiques permettant une plus grande dissémination de la bactérie. Des essais thérapeutiques sont également indispensables pour identifier des antibiotiques efficaces par voie orale pour traiter ces souches de Shigella hautement résistantes.

Plus d’informations sur la shigellose, lire la fiche d'information de l’Institut Pasteur.

NB : L’image est du Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella à l’Institut Pasteur.