Pays-Bas : Optimisation des critères de notification pour la surveillance de Escherichia coli producteurs de shigatoxines

Voici un article, Optimisation des critères de notification pour la surveillance de Escherichia coli producteurs de shigatoxines, Pays-Bas, paru dans Emerging Infectious Diseases.

Résumé

Nous décrivons les conséquences de 2 changements majeurs dans les critères de notification pour la surveillance de Escherichia coli productreurs de shigatoxines aux Pays-Bas. Le changement de déclaration des infections aiguës et plus graves semble être un bon compromis entre la charge de travail, la redondance et la pertinence pour la santé publique, à condition que les isolats restent disponibles pour le typage et le séquençage.

Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) est un pathogène zoonotique qui provoque des maladies allant de la diarrhée légère au syndrome hémolytique et urémique (SHU) et la mort. L'infection survient principalement par la consommation d'aliments contaminés ou par contact avec des animaux ou du fumier. Dans la plupart des pays d'Europe, les infections à STEC sont à déclaration obligatoire au niveau national. En 2017, le taux moyen de notification en Europe était de 1,8 cas/100 000 habitants. Étant donné que les STEC peuvent provoquer des maladies graves et des épidémies sa notification est essentielle.

En combinant les données épidémiologiques sur les cas avec les informations sur le typage des agents pathogènes, qui sont devenues de plus en plus basées sur le séquençage du génome ces dernières années, les Pays-Bas ont mis en œuvre une surveillance des STEC pour suivre les tendances de l'incidence et des types circulants et détecter et définir les épidémies. La surveillance des STEC fournit également des données pour éclairer les actions de santé publique visant à prévenir et à contrôler la propagation du pathogène.

Les Pays-Bas ont commencé la surveillance de STEC O157 en 1999. L'introduction de la PCR, en particulier la PCR ciblant les gènes producteurs de shigatoxines, a facilité le diagnostic de tous les STEC et la PCR était plus rapide et plus sensible que la culture standard. Une étude pilote aux Pays-Bas entre 2005 et 2006 a montré la présence courante d'infections STEC non-O157 ; par la suite, la surveillance STEC O157 a été étendue à tous les STEC en juillet 2007. L'extension a provoqué une surcharge de rapports au service régional de santé publique, avec pour résultat que les informations au niveau des cas sur la maladie et son évolution ont été manquées. En outre, les informations disponibles suggéraient que la plupart des rapports provenaient de cas présentant des symptômes légers sur le long terme. En juillet 2016, les critères de notification ont été réduits pour cibler les infections aiguës et plus graves à STEC. Nous avons examiné les effets des modifications des critères de notification sur la surveillance des STEC aux Pays-Bas.

Conclusions

L'introduction de la PCR a facilité la détection de tous les STEC aux Pays-Bas. Cependant, les STEC sont un groupe hétérogène et certains sérotypes sont plus susceptibles de provoquer une maladie grave que d'autres. L'élargissement de la surveillance à tous les STEC a entraîné une multiplication par 20 des cas signalés, dont certains provenaient de cas présentant des symptômes légers et sur le long terme. Parce que la PCR est plus rapide, moins chère et plus facile que la culture, elle pourrait être demandée plus pour des résultats rapides dans les cas de maladie moins grave. En outre, de nombreux laboratoires ont mis en œuvre des tests multiplex par PCR à transcription inverse dans lesquels un échantillon est testé pour plusieurs maladies en une seule fois, au lieu de tester une maladie à la fois. Une étude en Norvège a montré que dans les laboratoires introduisant un test multiplex comme méthode de détection standard, le nombre de rapports STEC, en particulier de STEC de faible virulence, a considérablement augmenté par rapport aux laboratoires sans cette méthode. L'introduction d'un test multiplex conduit également à une augmentation de la détection des infections concomitantes.

La surveillance des sérotypes des STEC et des profils de gènes de virulence reste vitale et pertinente. Le confinement des critères de notification à l'apparition aiguë de la maladie avec> 1 des 3 symptômes prédéfinis a accru la pertinence de la surveillance pour la santé publique. Les données n'ont pas montré d'effets importants des modifications des critères sur STEC O157, ce qui n'implique aucun effet notable sur les notifications de maladie relativement grave dans le cadre de la surveillance. Cependant, un nouveau défi est apparu. Les isolats sont nécessaires pour fournir des informations sur les cas confirmés de STEC et les sérotypes en circulation et sont utilisés pour la détection des épidémies à l'échelle nationale en utilisant le séquençage du génome entier. À l'ère de l'augmentation du diagnostic moléculaire, les laboratoires régionaux effectuent moins de cultures, d'autant plus que les informations sur les sérotypes ne sont pas pertinentes pour le traitement des patients. Les critères de notification actuels aux Pays-Bas semblent être un bon compromis entre la charge de travail des laboratoires médicaux, la redondance des cas moins importants pour la santé publique et la capacité à mener des actions de santé publique. Cependant, nous soulignons que la surveillance nationale est menacée par la réduction des cultures et exhortons les instituts de santé publique et les laboratoires à se coordonner pour éviter la perte de cultures à l'avenir.

NB : On pourra aussi lire le rapport par RIVM de la surveillance des STEC aux Pays-Bas en 2017.