Il paraît que Charles III bannit le foie gras de ses résidences royales

Selon La France Agricole du 21 novembre 2022,

Fini le foie gras à Buckingham. Le roi Charles III a banni ce met des tables des résidences royales, selon une lettre du palais envoyée à l'association Peta.

«Je peux confirmer que le foie gras n'est pas acheté par la maison royale ni servi dans les résidences royales et qu'il n'est pas prévu que cette politique change», poursuit Sir Tony Johnstone-Burt dans cette lettre datée du 10 novembre 2022. Le palais de Buckingham n'a pas répondu aux sollicitations de l'AFP. Elizabeth II aurait beaucoup apprécié le foie gras. Du foie gras de canard lui avait ailleurs été servi lors d'un dîner d'État à Paris en 2014, avec l'ancien président François Hollande.

Contrairement à Charles III, le blog continuera de promouvoir et à manger du foie gras, et si je peux me permettre une touche personnelle, j’en prépare moi-même pour les fêtes de Noël de fin d‘année, selon la recette très très facile de Jean-Pierre Vigato dans une vidéo sur ce lien, alors n’hésitez plus …

NB : La photo est issue de la vidéo.

Culture de la vente en vrac, non merci !

L’Anses traite d’un sujet dont je me sens totalement étranger, il s’agit de la «Vente en vrac : recommandations et produits à exclure».

Pourtant, il m’arrive sur les marchés de pein air de Paris de choisir des produits vendus en vrac, pommes de terre et carottes ainsi que des fruits, pommes et poires par exemple, mais ce n'est pas de cette vente dont nous parle l'Anses ...

Je ne dois pas être le seul à être étranger à cette culture de la vente en vrac puisque l’Anses rapporte à propos du consommateur, «acteur incontournable de la sécurité sanitaire», 

Lors de l’achat des produits préemballés ou non,vle consommateur doit respecter certaines règles pour éviter les intoxications au moment de la préparation, de la cuisson ou de la conservation des aliments.

La vente en vrac renforce la nécessité que le consommateur prenne une part accrue en tant qu’acteur de la sécurité sanitaire. Pour être pratiqué en toute sécurité, ce mode de consommation nécessite une phase d’acculturation.

Je ne traduirais pas acculturation, qui est un terme américain, par «Processus par lequel une personne ou un groupe assimile une culture étrangère à la sienne», ça me démange, mais plutôt par «Adaptation d'un individu ou d'un groupe à la culture environnante.»

Comme je ne souhaite pas m’adapter à cette nouvelle pratique, je préfère ne pas aller plus loin dans la rédaction de ce court article, et je vous renvoie à la Note d’appui scientifique et technique relative à un projet de décret prévoyant une liste d’exceptions à l’obligation de vente en vrac prévue à l’art. L. 120-1 du Code de la consommation pour des raisons de santé publique.

Je vous préviens à l’avance, la note comprend 71 pages, et cerise sur le gâteau, mais migraines en perspectives, L’Anses encourage fortement la rédaction par les professionnels de la distribution d’un Guide de bonnes pratiques d’hygiène spécifique à cette activité.

Mise à jour du 25 novembre 2021. Quand la com de l'Anses nous demande d'apporter notre contenant pour la vente en vrac ...

🛒Apporter un contenant propre, choisir un contenant adapté au produit acheté… les consommateurs ont aussi un rôle à jouer pour éviter d’éventuelles intoxications pour eux, comme pour leur entourage.

(6/7)

— Anses (@Anses_fr) November 25, 2021

Mise à jour du 25 mars 2022. On lira sans obligation l’avis du Conseil National de l’Alimentation, Sobriété en emballagesalimentaires – Développement du vrac et autres pistes d’action. 

Aux lecteurs du blog

Je suis en conflit depuis plusieurs années avec la revue PROCESS Alimentaire pour une triste question d’argent qui permettrait de récupérer et de diffuser correctement les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. Le départ du blog de la revue a été strictement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog, la visibilité de celui-ci devenant quasi nulle. J’accuse la direction de la revue de fuir ses responsabilités et le but de ce message est de leur dire toute ma colère. Elle ne veut pas céder, moi non plus, et je lui offre ainsi une publicité gratuite.

Pays-Bas : Optimisation des critères de notification pour la surveillance de Escherichia coli producteurs de shigatoxines

Voici un article, Optimisation des critères de notification pour la surveillance de Escherichia coli producteurs de shigatoxines, Pays-Bas, paru dans Emerging Infectious Diseases.

Résumé

Nous décrivons les conséquences de 2 changements majeurs dans les critères de notification pour la surveillance de Escherichia coli productreurs de shigatoxines aux Pays-Bas. Le changement de déclaration des infections aiguës et plus graves semble être un bon compromis entre la charge de travail, la redondance et la pertinence pour la santé publique, à condition que les isolats restent disponibles pour le typage et le séquençage.

Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) est un pathogène zoonotique qui provoque des maladies allant de la diarrhée légère au syndrome hémolytique et urémique (SHU) et la mort. L'infection survient principalement par la consommation d'aliments contaminés ou par contact avec des animaux ou du fumier. Dans la plupart des pays d'Europe, les infections à STEC sont à déclaration obligatoire au niveau national. En 2017, le taux moyen de notification en Europe était de 1,8 cas/100 000 habitants. Étant donné que les STEC peuvent provoquer des maladies graves et des épidémies sa notification est essentielle.

En combinant les données épidémiologiques sur les cas avec les informations sur le typage des agents pathogènes, qui sont devenues de plus en plus basées sur le séquençage du génome ces dernières années, les Pays-Bas ont mis en œuvre une surveillance des STEC pour suivre les tendances de l'incidence et des types circulants et détecter et définir les épidémies. La surveillance des STEC fournit également des données pour éclairer les actions de santé publique visant à prévenir et à contrôler la propagation du pathogène.

Les Pays-Bas ont commencé la surveillance de STEC O157 en 1999. L'introduction de la PCR, en particulier la PCR ciblant les gènes producteurs de shigatoxines, a facilité le diagnostic de tous les STEC et la PCR était plus rapide et plus sensible que la culture standard. Une étude pilote aux Pays-Bas entre 2005 et 2006 a montré la présence courante d'infections STEC non-O157 ; par la suite, la surveillance STEC O157 a été étendue à tous les STEC en juillet 2007. L'extension a provoqué une surcharge de rapports au service régional de santé publique, avec pour résultat que les informations au niveau des cas sur la maladie et son évolution ont été manquées. En outre, les informations disponibles suggéraient que la plupart des rapports provenaient de cas présentant des symptômes légers sur le long terme. En juillet 2016, les critères de notification ont été réduits pour cibler les infections aiguës et plus graves à STEC. Nous avons examiné les effets des modifications des critères de notification sur la surveillance des STEC aux Pays-Bas.

Conclusions

L'introduction de la PCR a facilité la détection de tous les STEC aux Pays-Bas. Cependant, les STEC sont un groupe hétérogène et certains sérotypes sont plus susceptibles de provoquer une maladie grave que d'autres. L'élargissement de la surveillance à tous les STEC a entraîné une multiplication par 20 des cas signalés, dont certains provenaient de cas présentant des symptômes légers et sur le long terme. Parce que la PCR est plus rapide, moins chère et plus facile que la culture, elle pourrait être demandée plus pour des résultats rapides dans les cas de maladie moins grave. En outre, de nombreux laboratoires ont mis en œuvre des tests multiplex par PCR à transcription inverse dans lesquels un échantillon est testé pour plusieurs maladies en une seule fois, au lieu de tester une maladie à la fois. Une étude en Norvège a montré que dans les laboratoires introduisant un test multiplex comme méthode de détection standard, le nombre de rapports STEC, en particulier de STEC de faible virulence, a considérablement augmenté par rapport aux laboratoires sans cette méthode. L'introduction d'un test multiplex conduit également à une augmentation de la détection des infections concomitantes.

La surveillance des sérotypes des STEC et des profils de gènes de virulence reste vitale et pertinente. Le confinement des critères de notification à l'apparition aiguë de la maladie avec> 1 des 3 symptômes prédéfinis a accru la pertinence de la surveillance pour la santé publique. Les données n'ont pas montré d'effets importants des modifications des critères sur STEC O157, ce qui n'implique aucun effet notable sur les notifications de maladie relativement grave dans le cadre de la surveillance. Cependant, un nouveau défi est apparu. Les isolats sont nécessaires pour fournir des informations sur les cas confirmés de STEC et les sérotypes en circulation et sont utilisés pour la détection des épidémies à l'échelle nationale en utilisant le séquençage du génome entier. À l'ère de l'augmentation du diagnostic moléculaire, les laboratoires régionaux effectuent moins de cultures, d'autant plus que les informations sur les sérotypes ne sont pas pertinentes pour le traitement des patients. Les critères de notification actuels aux Pays-Bas semblent être un bon compromis entre la charge de travail des laboratoires médicaux, la redondance des cas moins importants pour la santé publique et la capacité à mener des actions de santé publique. Cependant, nous soulignons que la surveillance nationale est menacée par la réduction des cultures et exhortons les instituts de santé publique et les laboratoires à se coordonner pour éviter la perte de cultures à l'avenir.

NB : On pourra aussi lire le rapport par RIVM de la surveillance des STEC aux Pays-Bas en 2017.

A la recherche de matière noire microbienne

« A la recherche de matière noire microbienne », source Nature du 8 juin 2020.

Des chercheurs développent des technologies pour trouver et développer des microbes que les biologistes ont eu du mal à cultiver en laboratoire.

Chaque chercheur qui entre dans le laboratoire de Yoichi Kamagata dans l'espoir de développer des micro-organismes intéressants subit une initiation: il essaie de cultiver Oscillospira guilliermondii, une bactérie retrouvée dans l'intestin de vaches et de moutons, mais jamais cultivée en laboratoire. Kamagata, microbiologiste à l'Institut national des sciences et technologies industrielles avancées de Tsukuba, au Japon, est fasciné par les microbes en forme de bâtonnets - dix fois ou plus la taille du célèbre habitant de l'intestin, Escherichia coli - depuis plus d'une décennie, car il semble prospérer uniquement chez des animaux qui se régalent d'herbe fraîche.

« Jusqu'à présent, personne n'a réussi », déplore Masaru Nobu, ingénieur et microbiologiste dans le groupe de Kamagata.

Oscillospira guilliermondii n'est guère unique; la grande majorité de la diversité microbienne reste non cultivable. Cette «matière noire» microbienne pourrait contenir des enzymes utiles, de nouveaux antimicrobiens et d’autres thérapies. La métagénomique moderne, qui implique le séquençage de l'ADN de tous les microbes dans une communauté à la fois, a révélé la composition microbienne de divers environnements, mais elle ne permet pas aux chercheurs de répondre à des questions fondamentales sur les microbes, telles que ce qu'ils mangent? Quels métabolites produisent-ils? Et comment interagissent-ils avec les autres dans leur environnement? Pour trouver les réponses, les microbiologistes doivent d'abord isoler, puis cultiver, les micro-organismes en laboratoire.

Cela peut être une affaire délicate. Certains microbes se développent très lentement, ont des besoins capricieux ou ne peuvent se développer qu'en présence de certains autres microbes. Quelques scientifiques adoptent une approche non ciblée, établissant des cultures avec l'idée que tout ce qui pousse a de bonnes chances d'être intéressant; d'autres ciblent des microbes spécifiques qu'ils souhaitent mieux comprendre. Quelle que soit l'approche, cultiver quelque chose que personne n'a cultivé auparavant nécessite de la persévérance, de la patience et de la chance.

« C'est une illusion de croire que l'on peut travailler sur des micro-organismes sans les faire croître », explique Didier Raoult, directeur de l'Institut Méditerranéen Infection du CHU de Marseille, France. Son aventure a commencé quand il était «jeune», dit-il, en 1983, quand, malgré leur réputation d'être l'une des bactéries les plus difficiles à isoler et à cultiver, il a décidé d'étudier les rickettsies. Ses étudiants possèdent le même esprit; certains sont allés jusqu'à déféquer en laboratoire, afin de pouvoir rapidement placer les échantillons dans des conditions sans oxygène qui hébergent des microbes intéressants. Leur dévouement a révélé au moins une nouvelle espèce, Faecalibacterium timonensis, et a permis la culture de plusieurs autres, ouvrant une série de microbes sensibles à l'oxygène à l'examen en laboratoire.

Parti à la pêche

Dans ses chasses plus conventionnelles, en utilisant des échantillons de patients ou d'autres volontaires, Raoult jette un large filet. Sa méthode, appelée culturomique, intègre la manipulation robotique des liquides pour créer diverses conditions de culture, ainsi que la spectrométrie de masse et le séquençage de l'ARN ribosomal pour identifier ce qui pousse. Raoult estime qu'il a jusqu'à présent produit environ 700 nouveaux micro-organismes, principalement de l'intestin humain.

En effet, l'un des plus grands défis de son laboratoire, dit Raoult, est de suivre le nom et la description des nouvelles espèces. L’équipe choisit souvent des noms qui honorent d’autres chercheurs, reflètent la maladie de la personne qui a donné l’échantillon de selles ou mettent en évidence l’emplacement de l’institut. Les rapports récents, par exemple, incluent une bactérie en forme de bâtonnet (Gordonibacter massiliensis) que le groupe a nommé d'après Massilia, l'ancien nom de Marseille et Prevotella marseillensis, d'une personne vivant à Marseille avec une infection à Clostridium difficile.

Les microbes trompeurs qui secouent l'arbre de vie

Des chercheurs tels que Raoult tentent de trouver au laboratoire des conditions pouvant accueillir de nouveaux microbes, souvent en copiant des environnements naturels. Mais Slava Epstein, microbiologiste à la Northeastern University de Boston, Massachusetts, va encore plus loin. « Pourquoi imitons-nous? » il dit. « Cultivons simplement des organismes dans la nature. »

L'équipe d'Epstein a conçu plusieurs appareils qui permettent aux chercheurs d'incuber des cultures pures dans des sols naturels ou des sédiments. Une version peu coûteuse est la puce d'isolement, ou ichip, qui est construite à partir d'un support de pointe de micropipette. Des chercheurs remplissent les trous avec un échantillon microbien dilué dans de la gélose fondue, dans l'espoir que chaque chambre contiendra un ou quelques microbes de starter. Les membranes semi-perméables en polycarbonate de chaque côté du rack permettent aux nutriments et autres molécules de pénétrer dans les chambres depuis l'environnement, mais empêchent les autres microbes d'y pénétrer.

Souvent, l'équipe rassemble simplement un seau de terre et le conserve dans le laboratoire, en glissant dans des ichips pour que les chercheurs puissent développer leurs cultures. Ils laissent également occasionnellement des ichips dans l'environnement naturel, mais cela peut entraîner des interférences avec les chiens et la faune. « Les choses que nous détestons le plus sont les crabes », dit Epstein, « car ils viennent parfois et, avec leurs pines perforer nos membranes. »

En 2016, Brittany Berdy, alors étudiante diplômée d'Epstein, a fait un tour en avion militaire vers la base aérienne de Thulé, sur la côte nord-ouest du Groenland, pour rechercher des communautés microbiennes avec des adaptations uniques à l'environnement extrême. « Nous étions si loin au nord, qu'on a du aller vers le sud pour voir les aurores boréales », se souvient Berdy, désormais au Broad Institute of MIT et à Harvard à Cambridge, Massachusetts. Elle a pataugé dans les eaux froides d'un lac voisin sans nom pour placer les ichips, et est revenue quelques semaines plus tard pour les récupérer.

De retour à Boston, Berdy a essayé d'imiter les conditions du lac avec différents types de milieux à différentes dilutions. La partie la plus délicate correspondait à la température du lac à 10°C, trop froide pour un bain-marie, trop chaude pour une chambre froide. L'équipe a finalement réussi à utiliser un réfrigérateur sur le réglage le plus chaud, la porte légèrement entrouverte.

Système de jumelage

Des chercheurs comme Berdy, Epstein et Raoult ne savent pas exactement ce qu’ils vont retirer de leur culture. Mais souvent, des chercheurs recherchent quelque chose de spécifique. Par exemple, Mircea Podar, microbiologiste au Oak Ridge National Laboratory dans le Tennessee, s'intéresse aux grandes et diverses Saccharibacteria (anciennement TM7), qui font partie de la communauté des microbes qui vivent dans la bouche humaine, mais qui ne sont pas cultivées en laboratoire jusque récemment.

En 1996, les Saccharibacteria ont été parmi les premiers phylums à être identifiés par séquençage seul, plutôt qu'à partir d'une culture, dans un échantillon provenant d'une tourbière. Bien que n'étant pas particulièrement abondant dans le microbiome oral, leurs populations augmentent et diminuent avec certaines maladies - dont la parodontie - suggérant que les bactéries ont un rôle dans la santé. On les trouve également dans l'intestin humain, ainsi que dans la bouche des chiens, des chats et des dauphins, ainsi que dans les sols, les sédiments et les eaux usées. «Ils sont un peu partout», explique Podar.

Au début des années 2010, Podar a conçu un plan pour isoler les Saccharibacteria: utiliser le génome du microbe, qui est connu du séquençage unicellulaire, pour prédire quelles protéines se trouvent à la surface des cellules, puis générer des anticorps contre des versions artificielles de ces protéines. Les chercheurs pourraient utiliser des versions marquées par fluorescence de ces anticorps pour étiqueter les micro-organismes et les isoler d'un échantillon de salive en utilisant la cytométrie en flux.

Le premier postdoctorant du projet, James Campbell, a utilisé cette approche pour obtenir plusieurs cultures contenant des Saccharibacteria. Mais ce n'est que des années plus tard, après que Karissa Cross, étudiante diplômée, a repris le projet en 2014, que l'équipe a réussi.

« C'était tellement difficile, et il y avait de nombreux cas où je me sentais comme si cela n'allait jamais se produire », se souvient Cross, maintenant postdoctorant à l'Université Vanderbilt de Nashville, au Tennessee. Elle a essayé la culture liquide, la culture solide et la gélose au chocolat, à base de globules rouges lysés, entre autres recettes. « Il a fallu des jours pour créer des milieux. » Rien n'a marché.

Puis, en 2015, d'autres chercheurs ont signalé un indice crucial: les Saccharibacteria ne peuvent pas vivre seules. Ces minuscules bactéries sphériques, de seulement 200 à 300 nanomètres de diamètre, nécessitent un hôte du phylum Actinobacteria. En essayant d’isoler les Saccharibacteria, le groupe de Podar avait par inadvertance omis un partenaire clé.

Enfin, à l'été 2018, Cross a obtenu des séquences ADN correspondant aux Saccharibacteria de l'une de ses co-cultures - et pas seulement de n'importe quelle Saccharibacteria, mais probablement d'une nouvelle famille ou d'un nouvel ordre. Ce fut son moment eureka le plus important de ses études supérieures, dit-elle. Elle a envoyé un courriel à Podar, « Je pense que nous l'avons eu », et quelques secondes plus tard, elle a entendu ses pas descendre le couloir. Ils ont topé leurs mains.

La bonne recette

Quand il s'agit de nourrir de tels microbes difficiles, les détails comptent. Et un buffet à volonté d'acides aminés et de sucres, tels que ceux que l'on trouve dans les formulations de milieux standardisés, n'est pas nécessairement la bonne approche, explique Jörg Overmann, microbiologiste et directeur scientifique du Leibniz Institute DSMZ-German Culture Collection of Microorganisms and Cell Cultures à Braunschweig. La baisse de la concentration en nutriments retarde la croissance des microbes à croissance rapide, donnant aux producteurs lents le temps de se répliquer.

Les substrats de croissance physique sont également importants. L’équipe d’Overmann fait parfois pendre un morceau de surface solide - de l’acier ou du verre, par exemple - dans une culture liquide pour fournir un substrat aux biofilms. « Nous obtenons des produits entièrement nouveaux qui sont entièrement différents de ce que vous obtenez sur une milieu gélosé », dit-il. Dans une étude utilisant cette technique avec des échantillons d'eau douce et de sol, l'équipe a dénombré plus d'une douzaine de types de bactéries jamais cultivées, dont au moins cinq nouveaux genres.

L'équipe de Kamagata utilise des bioréacteurs pour maintenir un flux de nutriments et éliminer les déchets. Garder la concentration globale de nutriments à un niveau plus bas reflète mieux l'habitat marin des organismes cibles, dit-il. Les chercheurs et leurs collaborateurs ont suspendu une éponge en polyuréthane (comme une éponge de cuisine) dans un réacteur pour mettre en culture, pour la première fois, une archéon d'eau profonde du clade de type eucaryote connu sous le nom d'Asgard archaea.

Pour savoir où commencer, les chercheurs peuvent consulter la base de données BacDive, qui répertorie les caractéristiques et les conditions de culture de plus de 80 000 souches cultivées provenant de 34 phylums bactériens et 3 phyliques archéens. Les informations génomiques, lorsqu'elles sont disponibles, peuvent également fournir des indices, explique Christian Jogler, microbiologiste à l'Université Friedrich Schiller d'Iéna, Allemagne.

Mais même les préoccupations des piétons peuvent faire une différence, prévient Jogler. Plutôt que de compter sur des systèmes de purification d'eau ultra pure, tels que Milli-Q, que de nombreux laboratoires utilisent, le groupe Jogler fabrique sa propre eau pure en la distillant deux fois. L'eau Milli-Q peut contenir des produits chimiques qui bloquent la croissance de certaines cultures, dit-il. De plus, ajoute Jogler, la gélose couramment utilisée comme agent gélifiant peut inhiber la croissance, il essaie donc parfois des alternatives telles que la gomme gellane.

Hub NatureTech

Même la façon dont la gélose est préparée peut être importante, a découvert le groupe de Kamagata. Lorsque la gélose est stérilisée à la chaleur avec des phosphates, elle produit du peroxyde d'hydrogène qui empêche certains microbes de se développer. L'autoclavage des composants séparément élimine le problème et a permis à l'équipe de cultiver des microbes auparavant non cultivés.

La patience est la clé. Il a fallu plus de 12 ans à Kamagata et à ses collègues pour développer leur archéon, baptisé provisoirement 'Prometheoarchaeum syntrophicum'. Mais une fois que les microbiologistes obtiennent la première culture d'un nouvel organisme, ce microbe se développe généralement plus rapidement.

Epstein appelle le processus domestication. Il suggère qu'au cours du premier cycle de croissance lent, certains microbes modifient leur épigénome; les marqueurs moléculaires sur l'ADN qui contrôlent l'expression des gènes, pour s'adapter aux conditions de laboratoire. Ensuite, ils grandissent plus vite.

Terre et ciel

Maintenant, Epstein développe une technologie pour isoler et cultiver de nouveaux microbes entièrement in situ.

Il appelle le dispositif Gulliver, en l'honneur de l'aventurier dans le livre de Jonathan Swift, 1726, les voyages de Gulliver. Les gullivers sont de petites boîtes remplies de gel stérile, avec une surface à membrane semi-perméable, comme celle de l'ichip, pour permettre aux nutriments et aux signaux de se diffuser. Un seul pore, d'un micromètre de diamètre, permet à un microbe individuel d'entrer de l'environnement. Ce microbe devrait boucher l'entrée, mais ses descendants pourraient peupler le gel à l'intérieur de la boîte, formant une colonie.

Finalement, dit Epstein, il pourrait être possible d'obtenir des résultats d'un gulliver sans l'ouvrir, ni même le récupérer. Les nanocapteurs pourraient collecter et renvoyer des données sur les niveaux d'oxygène ou de dioxyde de carbone, ou sur la production de composés de signalisation ou d'antibiotiques, imagine-t-il. Après avoir laissé tomber l'appareil, disons, dans les profondeurs de l'océan Arctique, les chercheurs pourraient simplement partir en vacances et attendez que les résultats affluent, plaisante-t-il.

Dans les mois à venir, Epstein prévoit de tester des gullivers au mont Erebus, un volcan antarctique actif. Mais son objectif ultime est au-delà de la Terre, déployant les appareils sur des corps potentiellement hébergeurs de vie tels que Mars ou la lune de Jupiter, Europe.

Le temps dira si des microbes existent dans de tels endroits. En attendant, il y a beaucoup de diversité microbienne sur la Terre pour occuper les chercheurs. Avec les bonnes techniques, dit Raoult, il devrait être possible de domestiquer et d'étudier tout micro-organisme, à terme.

«Non cultivable», estime-t-il, « est une insulte au futur. »

Des matières fécales des parcs d'engraissement à proximité sont probablement à l'origine des épidémies de laitues romaines aux Etats-Unis

Sans grande surprise, « Des matières fécales des parcs d'engraissement à proximité sont probablement à l'origine des épidémies de laitues romaines aux Etats-Unis », source Food Safety News.

Les résultats d'une investigation sur la contamination de la laitue romaine impliquée dans trois éclosions à E. coli O157:H7 au cours de l'automne 2019 ont été publiés par la Food and Drug Administration des États-Unis.

À la fin de 2019, la FDA, les Centers for Disease Control and Prevention et les partenaires de l'État ont enquêté sur la contamination de la laitue romaine par plusieurs souches de E. coli O157:H7, ce qui a provoqué trois éclosions de maladies d'origine alimentaire remontant à la région de culture de la vallée de Salinas, Californie. Ces épidémies - deux dans plusieurs États et une dans un seul État débutant en septembre et se terminant en décembre 2019 - ont fait collectivement 188 décès.

L'investigation a été menée dans plusieurs exploitations agricoles identifiées par la traçabilité de l'épidémie, ainsi que dans d'autres entreprises et zones d'accès et a abouti à plusieurs conclusions clés:

1. Chacune de ces trois éclosions, identifiées dans le rapport comme les éclosions A, B et C, a été causée par des souches distinctement différentes de E. coli O157:H7, comme déterminé par l'analyse du séquençage du génome entier;
2. Des investigation de traçabilité de plusieurs sous-groupes de cas de maladie et des informations sur la chaîne d'approvisionnement ont identifié un producteur commun avec plusieurs ranchs/champs qui a fourni de la laitue romaine pendant la période concernée à plusieurs entités commerciales associées aux trois épidémies.
3. La même souche d'E. Coli O157: H7 à l'origine de l'épidémie A a été trouvée dans deux marques différentes de salades fraîches contenant de la laitue romaine en 2019;
4. Cette même souche épidémique d'E. Coli O157: H7 dans l'éclosion A a été détectée dans un échantillon composite de sol fécal prélevé sur une grille de bétail sur un terrain public à moins de deux milles en amont d'une ferme de production avec plusieurs champs liés aux éclosions par le retraçage. enquêtes;
5. D'autres souches de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), bien que n'étant liées à aucune des épidémies, ont été retrouvées à proximité de l'endroit où étaient cultivées les laitues romaines, y compris deux échantillons dans une zone frontalière d'une ferme immédiatement à côté de des pâturages de bétail dans les collines au-dessus des champs de légumes verts à feuilles et deux échantillons provenant du bassins de drainage des eaux à la ferme.

La FDA considère l'utilisation des terres adjacentes ou à proximité pour le pâturage du bétail comme le facteur contributif le plus probable associé à ces trois épidémies. Bien que l'agence n'ait pas pu confirmer une source ou une voie définitive de contamination des champs de laitues romaines, l'agence considère la transmission indirecte de matières fécales des terres adjacentes et voisines à partir des eaux de ruissellement, du vent, des animaux ou des véhicules vers les champs de laitues romaines ou aux sources d'eau agricoles utilisées pour cultiver la laitue romaine, comme voies possibles de contamination.

Ces résultats, ainsi que les résultats des précédentes éclosions de légumes verts à feuilles, suggèrent qu'un facteur contributif potentiel a été la proximité de bovins, « une source persistante de E. coli O157:H7 et d'autres STEC » des champs de produits identifiés dans les enquêtes de traçabiité. Ces constatations clés renforcent notre préoccupation quant aux impacts possibles de l'utilisation des terres à proximité et adjacentes sur la sécurité des cultures de légumes verts à feuilles et soulignent en outre l'importance de mettre en œuvre des mesures préventives appropriées fondées sur les risques pour réduire le potentiel de contamination des légumes verts à feuilles.

En raison de la nature récurrente des épidémies associées aux légumes verts à feuilles, la FDA a récemment publié le 2020 Leafy Greens STEC Action Plan, qui décrit une approche en trois volets pour lutter contre ce problème. Il décrit les plans de la FDA pour travailler avec l’industrie, les partenaires fédéraux, les autorités de réglementation nationales et locales, le monde universitaire et d’autres pour améliorer la sécurité des légumes verts à feuilles en faisant progresser les travaux dans trois domaines: la prévention, la réponse et la correction des lacunes dans les connaissances.

La sécurité sanitaire des aliments est une responsabilité partagée qui implique les producteurs, distributeurs, fabricants, détaillants et services réglementaires alimentaires. La FDA s’engage à travailler avec ces parties prenantes pour mettre en œuvre ce plan d’action afin de garantir que l’approvisionnement alimentaire américain demeure parmi les plus sûrs au monde.

Pour plus d'informations, on lira,

• Factors Potentially Contributing to the Contamination of Romaine Lettuce Implicated in the Three Outbreaks of E. coli O157:H7 During the Fall of 2019
• 2020 Leafy Greens STEC Action Plan
• FDA Outlines 2020 Action Plan to Help Advance the Safety of Leafy Greens
• Outbreak Investigation of E.coli: Romaine from Salinas, California (November 2019)

Mise à jour du 23 mai 2020. Bill Marler, l'avocat bien connu et éditeur de Food Safety News, se demande dans un article qui se veut sarcastique, si les problème évoqués dans le rapport de la FDA ne sont pas évidents depuis très longtemps. Pour preuve, cette image de bovins au dessus d'un champ de laitues ...

Les avatars du riz doré aux Philippines

« Pas de voie claire pour que le riz doré atteigne les consommateurs aux Philippines », source Université de Washington à St. Louis.

Une étude sur le choix des semences révèle des hypothèses erronées derrière des OGM très controversés

Annoncé comme une culture génétiquement modifiée pouvant sauver des millions de vies, le riz doré vient d'être approuvé comme sûr pour la consommation humaine et animale par les autorités chargées de la réglementation aux Philippines. Le riz est une culture enrichie en bêta-carotène qui vise à réduire la carence en vitamine A, un problème de santé dans les zones très pauvres.

Mais une nouvelle étude révèle que la plupart des familles à risque de carence en vitamine A ne peuvent pas cultiver le riz doré elles-mêmes, et la plupart des agriculteurs commerciaux ne le feront pas non plus.

« De nombreuses familles avec des enfants déficients en vitamine A n'ont même pas de rizière pour les planter », a déclaré Glenn Davis Stone, professeur d'anthropologie socioculturelle et d'études environnementales en arts et sciences à l'Université de Washington à St. Louis et co-auteur d'un nouveau article dans la revue Technology in Society. « Et ceux des montagnes ne le planteront pas parce qu'il a été cultivé dans les variétés de riz des plaines connues sous le nom d'IR-64 et RSC-82. »

L'approbation réglementaire aux Philippines est un jalon pour les scientifiques qui ont développé le riz doré à des fins nutritionnelles. Il s'agit de la première approbation de ce type dans le monde en développement. Mais même après près de trois décennies de développement, le riz doré est toujours en proie à des problèmes, selon Stone.

Le riz doré doit encore être approuvé pour la vente commerciale, et il a encore besoin d'une entreprise pour cultiver des quantités commercialisables de semences. Et même alors, soutient Stone, il n'y a pas de chemin clair pour que le riz parvienne aux enfants pauvres.

Stone, expert internationalement reconnu sur le côté humain des tendances agricoles mondiales, a été l'un des premiers à défendre l'ouverture d'esprit sur les cultures OGM dans un but 'humanitaire', telles que le riz doré. Depuis 2013, il dirige un important projet de recherche financé par la Fondation Templeton sur le riz aux Philippines.

La nouvelle étude de Stone est basée sur des enquêtes et des entretiens auprès de plus de 115 riziculteurs de la région de Nueva Ecija, considérée comme faisant partie du « bol de riz » des Philippines.

Dans le numéro du 7 février de The Conversation, Stone et son co-auteur de l'étude, Dominic Glover, chercheur en riz à l'Institute for Development Studies de l'Université du Sussex, suggèrent que les bailleurs de fonds du riz doré - et même certains économistes qui ont essayé de projeter ses impacts sur la santé - ont fait certaines hypothèses erronées sur la volonté des agriculteurs de planter la récolte.

« L'ancienne affirmation, répétée à nouveau dans un livre récent, selon laquelle le riz doré était 'fondamentalement prêt à l'emploi en 2002' est idiote », ont écrit Stone et Glover. Pas plus tard qu'en 2017, l'International Rice Research Institute (IRRI) a clairement indiqué que le riz doré devait encore « développer avec succès des variétés de riz adaptées à l'Asie, approuvées par les services réglementaires nationaux et qu'il devait montrer qu'il améliorait l'état de la vitamine A dans les conditions communautaires. »

« Les Philippines ont réussi à réduire de moitié leur taux de carence en vitamine A chez les enfants grâce à des programmes de nutrition conventionnelle. Si le riz doré apparaît sur le marché aux Philippines d'ici 2022, il aura fallu plus de 30 ans de développement pour créer un produit qui n'affecterait pas les niveaux de vitamines. dans sa population cible, et que les agriculteurs pourraient avoir besoin d'être payés pour planter. »

Apprivoiser les moisissures sauvages aux fromages

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« Apprivoiser les champignon sauvages aux fromages », source ASM News.

Les saveurs des aliments fermentés sont fortement façonnées par des champignons qui y poussent, mais l’origine évolutive de ces champignons n’est pas bien comprise. Les résultats expérimentaux publiés cette semaine dans mBio offrent aux microbiologistes une nouvelle vision de la transformation de ces moisissures de souches sauvages en souches domestiquées utilisées dans la production alimentaire.

Les microbiologistes rapportent que les moisissures sauvages de type Penicillium peuvent évoluer rapidement, si bien qu'en quelques semaines à peine, ces souches ressemblaient beaucoup à leur cousin domestiqué, Penicillium camemberti (ou camembertii), la moisissure qui donne sa saveur particulière au camembert. L'étude montre comment un champignon peut modifier son métabolisme en peu de temps ; cela démontre également une stratégie pour sonder l'évolution d'autres cultures utilisées dans les aliments, a déclaré le directeur de l'étude et microbiologiste, le Dr. Benjamin Wolfe.

« Dans les aliments fermentés, les microbes peuvent évoluer et évoluer avec le temps », a déclaré Wolfe.

Le laboratoire de Wolfe à l’Université Tufts de Medford, Massachusetts, se concentre sur la diversité microbienne des aliments fermentés, mais il explique que les nouvelles expériences ont débuté par une découverte accidentelle. Son laboratoire cultivait et étudiait Penicillium commune, un champignon bleuâtre de type sauvage bien connu pour ses dommages au fromage et à bien d'autres aliments. Wolfe a comparé son odeur à un sous-sol humide.

Mais au fil du temps, les chercheurs ont remarqué des changements dans certaines des boîtes de Petri de laboratoire contenant la moisissure puante. « En très peu de temps, ce champignon funky, bleu et sentant le moisi a cessé de produire des toxines », a déclaré Wolfe.

Les cultures ont perdu leur teinte bleuâtre et sont devenues blanches; ils sentaient l'herbe fraîche et commençaient à ressembler davantage à P. camemberti. « Cela suggère que cela pourrait vraiment changer rapidement dans certains environnements », a-t-il déclaré.

Pour étudier cette évolution en temps réel, Wolfe et ses collaborateurs ont prélevé des échantillons de champignons dans une cave à fromages du Vermont colonisée par des souches sauvages de moisissures de type Penicillium. Les chercheurs ont cultivé les moisissures dans des boîtes de laboratoire contenant du fromage caillé. Dans certaines boîtes, les moisissures sauvages étaient cultivées seules; dans d'autres, elles ont été cultivées à côté de microbes qui sont des compétiteurs connus dans le monde féroce de la colonisation du fromage.

Au bout d'une semaine, a déclaré Wolfe, les moisissures sont apparues bleu-vert et indistinctes - pratiquement inchangées - dans tous les essais expérimentaux. Mais au fil du temps, dans les boîtes où les moisissures se sont développées seules, son apparence a changé. Trois ou quatre semaines après le passage en série, au cours duquel les populations de moisissures ont été transférées dans de nouvelles boîtes contenant du fromage caillé, 30 à 40% des échantillons de moisissures ont commencé à ressembler davantage à P. camemberti. Dans certains boîtes, cela devenait plus blanc et plus lisse; dans d'autres, moins indistinct. (Dans les cas d'essais compétitifs, les moisissures sauvage n'ont pas évolué aussi rapidement, ni aussi nettement.)

Dans des analyses de suivi, Wolfe et son équipe ont essayé d’identifier les mutations génomiques qui pourraient expliquer la rapide évolution, mais n’ont trouvé aucun coupable évident. « Ce n’est pas nécessairement uniquement génétique », a déclaré Wolfe. « Il y a quelque chose dans la culture de cet environnement fromager qui fait probablement basculer un commutateur épigénétique. Nous ne savons pas ce qui le déclenche et nous ne savons pas à quel point il est stable. »

Les chercheurs soupçonnent que les microbes utilisés dans la plupart des aliments fermentés (y compris le fromage, mais aussi la bière, le vin, le saké et autres) ont été domestiqués involontairement et qu'ils ont évolué vers des saveurs et des textures différentes en réaction à leur croissance dans un environnement alimentaire. Wolfe dit que l’étude de son laboratoire suggère que les souches sauvages pourraient être domestiquées intentionnellement pour produire de nouveaux types d’aliments artisanaux.

À commencer par le fromage, bien sûr. « Les champignons utilisés pour fabriquer le camembert américain sont français », a déclaré Wolfe, « mais nous pouvons peut-être sortir et trouver des souches sauvages, les amener au laboratoire et les domestiquer. Nous pourrions adopter une nouvelle approche diversifiée pour la fabrication du fromage aux États-Unis. »

NB : On lira aussi cet article du journal Le Monde de 2015, « La génétique des moisissures, tout un fromage ».

Domestiqués pour affiner les fromages, certains champignons montrent une grande faculté à échanger leur matériel génétique. Une caractéristique à double tranchant.

Légende. Photo extraite de l’article, Moisissures de Penicillium dans l'environnement du fromage. (A) Les moisissures blanches appelée Penicillium camemberti (exposition en culture pure dans une boîte de Petri) sont utilisées pour fabriquer du camembert.

Exposition kawaii sur la merde au Japon

Le Japon est un pays curieux à plusieurs égards, jugez plutôt ... Sukhbir Cheema Mashable SE Asia a écrit que l'amour des Japonais pour des trucs bizarres ne connaît pas de frontières.

Il y aura une exposition qui montrera de la merde de toutes les formes et de toutes les tailles. Mais surtout, cette merde va être mignonne. Ou kawaii comme on dit en japonais.

Il y aura de la merde interactive et amusante pour les gens de tous les âges.

Surnommé le musée d'Unko (Merde se traduit Unko en japonais), l'exposition se déroulera du 15 mars au 15 juillet à Yokoyama.

Les visiteurs pourraient trouver de la merde mignonne et caricaturée dans toute l'exposition. Il y aura même une « zone de merde Insta » où des rouleaux de caca orneront les quatre murs - parfait pour ceux qui aiment ce genre de merde.

Source Doug Powell du barfblog.