Cas de botulisme à Bordeaux : Rôle crucial des données de cartes de crédit et de la coopération internationale rapide, selon une étude

Dans un article de 2005, il a été fait état de l’utilisation des cartes de fidélité d’un distributeur afin de retrouver des clients qui avaient acheté des steaks hachés mis en cause dans une intoxication alimentaire.  

Voici à plus petite échelle un remake en quelque sorte, 18 ans après, mais cette fois-ci, il s'agit de cartes dites de crédit ...

«Les données des cartes de crédit utilisées pour retracer les cas possibles dans une épidémie de botulisme», source article de Joe Whitworth paru le 28 novembre 2023 dans Food Safety News.

Une épidémie de botulisme d'origine alimentaire en France a mis en évidence l'efficacité de l'utilisation des données de carte de crédit pour identifier des patients potentiels, selon des chercheurs.

En septembre 2023, une épidémie de botulisme touchant 15 personnes survient à Bordeaux lors de la Coupe du monde de rugby. Les malades venaient du Canada, de France, d'Allemagne, d'Irlande, d'Espagne, du Royaume-Uni et des États-Unis. Une personne est décédée. Des patients ont déclaré avoir consommé des sardines en conserve produites localement au restaurant Tchin Tchin Wine Bar.

Une recherche des personnes ayant consommé les sardines a été effectuée à partir des données des reçus de cartes de crédit du restaurant, selon une étude publiée dans la revue Eurosurveillance, «Foodborne botulism outbreak involving different nationalities during the Rugby World Cup: critical role of credit card data and rapid international cooperation, France, September 2023.»

Obtenir des coordonnées grâce à l'utilisation de la carte de crédit

En examinant les commandes de repas et les reçus des cartes, les chercheurs ont découvert que 29 clients avaient commandé des sardines en conserve. Une douzaine de cas suspects avaient déjà été identifiés. Les autorités sanitaires françaises ou britanniques en ont contacté 14 autres, mais elles n'ont présenté aucun symptôme. Cependant, trois d'entre eux étaient des citoyens britanniques symptomatiques qui ont été orientés vers des soins d'urgence au Royaume-Uni et ont reçu de l'antitoxine botulique.

L'identification des clients a été possible après avoir examiné les paiements par carte de crédit et récupéré leurs coordonnées personnelles via les sociétés émettrices de cartes de crédit.

Compte tenu de la gravité du botulisme, les sociétés émettrices de cartes ont coopéré avec les autorités sanitaires et ont contacté les clients identifiés pour obtenir leur approbation avant de transmettre leurs coordonnées. Cela a permis à trois Britanniques ignorant leur maladie d'être envoyés aux urgences pour y recevoir de l'antitoxine botulique.

Au moment où l’épidémie a été reconnue, la plupart des personnes exposées étaient rentrées dans leur pays d’origine. Cependant, tous ont été identifiés via les sociétés de cartes de crédit et ont reçu un contact en cas d'urgence de santé publique en cas d'apparition de symptômes.

Des données telles que des cartes de fidélité ou des reçus sont fréquemment utilisées dans les enquêtes sur les épidémies pour identifier les produits alimentaires achetés. Ces méthodes complètent d'autres moyens d'investigations épidémiologiques. Cependant, en raison des réglementations sur la protection des données, l'accès aux données personnelles via les reçus de carte de crédit n'est pas toujours possible dans les meilleurs délais. Cette pratique ne peut pas être appliquée systématiquement lors d'investigations épidémiologiques étant donné la sensibilité des données, ont dit les scientifiques.

Type de botulisme généralement peu lié au poisson

Tous les patients suspects avaient fréquenté le même restaurant bordelais à des dates différentes et consommé des sardines marinées en conserve. Ceux-ci faisaient partie d'un lot préparé par le restaurant le 1er septembre et servi entre le 1er et le 10 septembre. Plusieurs cas ont signalé un mauvais goût ou une odeur désagréable du produit mariné dans de l'huile et des herbes.

Les personnes sont tombées malades entre le 5 et le 12 septembre. L'âge médian des cas était de 36 ans, mais variait entre 30 et 70 ans. Parmi tous les cas, sept étaient des femmes et huit des hommes. Treize ont été hospitalisés, dont six ont nécessité une ventilation mécanique invasive. Sur les 15 cas suspects, 10 ont été confirmés en laboratoire.

Une étude précédente parue dans la même revue donnait plus de détails sur huit personnes originaires de quatre pays admises en unité de soins intensifs du CHU de Bordeaux.

Les inspecteurs ont visité le restaurant et, même s'ils n'ont identifié aucun écart dans le stockage des aliments, ils ont noté des techniques de stérilisation incorrectes dans la préparation des aliments en conserve.

Les échantillons de sardines provenant de cinq bocaux différents ont été testés positifs à la neurotoxine botulique de type B et à Clostridium botulinum de type B. Tous les autres échantillons d’aliments, y compris les ingrédients de la marinade, se sont révélés négatifs.

Des articles antérieurs sur le botulisme provoqué par le poisson et d'autres produits marins ont été liés à la neurotoxine botulique de type type E, tandis que le type B a été principalement associé aux produits transformés à base de porc.

«Cette épidémie de botulisme d'origine alimentaire en France met en évidence à la fois l'efficacité de l'utilisation des données des cartes de crédit pour identifier les personnes exposées et éventuellement prévenir rapidement les cas graves. Cela souligne également l’importance de réseaux de collaboration internationaux efficaces, en particulier lors de rassemblements de masse où des personnes de nombreux pays peuvent être exposées, comme lors des prochains Jeux olympiques organisés en France à l’été 2024», ont dit les chercheurs.

La viande de gibier sauvage devrait devenir plus sûre, selon le BfR

«La viande de gibier sauvage devrait devenir plus sûre», source communiqué du BfR 17/2023 du 4 octobre 2023.

Un réseau européen vise à réduire davantage les risques sanitaires.

La viande de gibier, notamment celle du cerf élaphe, du sanglier ou du faisan, fait partie des aliments ayant la plus faible empreinte écologique. Ces animaux grandissent dans la nature, se nourrissant de ce que la nature leur offre, ce qui signifie également qu'ils peuvent être exposés à divers contaminants environnementaux. De plus, les animaux sauvages peuvent être porteurs d’agents pathogènes zoonotiques. Le réseau européen ‘Safety in the Game Meat Chain’ (Sécurité sanitaire dans la chaîne de la viande de gibier) qui sera créé au cours des quatre prochaines années sous la direction de l'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR), et promeut l'échange de connaissances sur les risques sanitaires associés au gibier. viande obtenue par la chasse pour les consommateurs. «Notre objectif est de rendre ces aliments d'origine animale aussi sûrs que possible, tant en Europe que dans le monde», déclare le président du BfR, le professeur Andreas Hensel. «Nous visons à minimiser autant que possible les risques chimiques et microbiens.» Le réseau en pleine expansion comprend actuellement 29 pays, englobant non seulement des États membres de l’UE, mais également des pays tiers, notamment ceux des Balkans occidentaux, la Turquie, le Royaume-Uni, les États-Unis, la Nouvelle-Zélande et l’Australie.

Sur une période de quatre ans, les cinq groupes de travail du réseau se concentreront sur la chasse et la transformation, les réseaux de commercialisation de la viande de gibier et la chaîne d'approvisionnement, ainsi que sur divers risques biologiques et chimiques. Pour ce faire, les activités de recherche au niveau national seront compilées et évaluées. Les groupes de parties prenantes du monde universitaire, de l'industrie, des institutions gouvernementales et des consommateurs finaux recevront des mises à jour continues sur les nouvelles découvertes.

L'un des objectifs centraux du réseau est la collaboration directe avec les groupes de parties prenantes pour traduire les connaissances en actions tout au long de la chaîne de production, «de la forêt à l'assiette». L'accent n'est pas seulement mis sur les substances indésirables provenant de l'environnement (contaminants environnementaux), mais également sur la prévention ou la réduction de l'apport de métaux lourds, notamment le plomb, provenant des munitions de chasse. Les risques biologiques vont des parasites tels que les larves de Trichinella, qui peuvent être transmises à l'homme par la consommation de viande de gibier, jusqu'aux agents zoonotiques bactériens, notamment Salmonella et Escherichia coli vérotoxinogènes (VTEC), en passant par des virus comme le virus de l'hépatite E (VHE) chez les sangliers.

Les risques d'origine chimique et microbiologique pouvant survenir lors de la transformation et du commerce de la viande de gibier, contaminant potentiellement le produit final, seront également évalués. L’objectif est de diffuser les connaissances scientifiques acquises grâce au réseau dans diverses régions et d’aligner les normes de sécurité des aliments à long terme au-delà des frontières.

Le réseau vise également à recueillir des informations sur les différentes pratiques de chasse et de formation ainsi que sur les réglementations et normes juridiques nationales en matière d'inspection de la viande et d'hygiène pour la viande de gibier dans chaque pays. Les règles de sécurité sanitaire pour le commerce transfrontalier de produits sauvages doivent être renforcées et harmonisées. En outre, le réseau met l'accent sur l'éducation des consommateurs sur les risques associés à la manipulation sûre de la viande de gibier. En fin de compte, cela peut renforcer la confiance du consommateur dans les produits à base de viande de gibier.

‘La sécurité sanitaire dans la chaîne de la viande de gibier’ est fondée par la Coopération européenne en science et technologie (COST).

Liens utiles : Safe Game Meat COST Action (CA22166)

L'Allemagne soutient la sécurité des aliments dans des pays africains

Marché en Tunisie

«L'Allemagne soutient la sécurité des aliments dans des pays africains», source Food Safety News.

Deux agences allemandes contribuent à renforcer la sécurité des aliments et la protection des consommateurs en Tunisie.

L'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR) et l'Office fédéral de la protection des consommateurs et de la sécurité alimentaire (BVL), tous deux rattachés au ministère fédéral allemand de l'Alimentation et de l'Agriculture (BMEL), apportent leur expertise au projet.

La Tunisie a adopté une nouvelle loi sur la sécurité des aliments en 2019 qui comprend la mise en place de structures d'analyse des risques. Le BfR et le BVL accompagnent le pays dans sa mise en œuvre sur le terrain.

L'objectif est de renforcer les structures administratives de la sécurité des aliments et de protection des consommateurs en Tunisie. Cela protégera le public, créera de meilleures conditions de travail et favorisera le commerce régional et mondial, selon des responsables.

Depuis l'adoption de la loi, la Tunisie a mis en place une Instance Nationale de la sécurité sanitaire des produits alimentaires (INSSPA) et une agence nationale d'évaluation des risques (ANCSEP/ANER). Tous deux sont sous la responsabilité du ministère tunisien de la Santé. BfR et BVL conseilleront les autorités tunisiennes et dispenseront des formations.

Le ministère fédéral allemand de la coopération économique et du développement (BMZ) fournit 5 millions d'euros pour ces efforts sur cinq ans.

Coopération marocaine et autres travaux

Plus tôt cette année, le BfR a signé un protocole d'accord avec l'Office nationale de sécurité sanitaire des produits alimentaires (ONSSA). L'objectif est de renforcer la coopération entre les deux autorités.

Le Maroc est un partenaire commercial important de l'Allemagne en Afrique du Nord et le BfR estime que l'évaluation des risques des denrées alimentaires doit être harmonisée et normalisée au niveau international.

«Les points focaux de la future alliance sont l'évaluation des risques des produits phytopharmaceutiques et la communication des risques, en particulier en relation avec les épidémies de maladies d'origine alimentaire», a dit Andreas Hensel, président du BfR.

Le BfR est également impliqué dans un projet de prévention et de lutte contre les infections à Campylobacter (PAC-CAMPY) qui se déroule jusqu'en octobre 2022.

Les partenaires étudieront l'efficacité des stratégies de réduction le long de la chaîne alimentaire, les stratégies de survie en dehors de l'hôte et l'interaction hôte-pathogène pour limiter la colonisation des agents pathogènes et la propagation chez les animaux affectés, les humains et dans l'environnement.

Un autre objectif est le développement de nouvelles méthodes moléculaires pour la détection quantitative sensible de Campylobacter à tous les stades de la chaîne alimentaire. Les modèles d'intervention sur les risques et d'attribution des sources, des maladies basés sur les données générées par le consortium, aideront les autorités de santé publique et l'industrie à cibler les interventions.

L'agence participe à des travaux visant à réduire les contaminants microbiens dans les processus d'abattage des volailles et des porcs. Le projet KontRed se déroule jusqu'en novembre 2023. L'objectif est de réduire la charge microbiologique des agents zoonotiques sur les carcasses en fin de chaîne d'abattage en optimisant les processus existants, en développant des mesures de contrôle et d'intervention et un modèle de validation.

En France, selon l'Anses du 14 décembre 2020, Singapour et la France signent un protocole d’accord pour renforcer leur coopération concernant la sécurité sanitaire des aliments.

Des chercheurs découvrent comment les micro-organismes évoluent dans des comportements coopératifs

«Des chercheurs de l'ISB découvrent comment les micro-organismes évoluent dans des comportements coopératifs», source communiqué de l'Institute for Systems Biology (ISB).

Les interactions interspécifiques sont à la base des écosystèmes, du sol à l'océan en passant par l'intestin humain. Parmi les nombreux types d'interactions, la syntrophie est une interaction interspécifique particulièrement importante et mutuellement bénéfique dans laquelle un partenaire fournit un produit chimique ou un nutriment consommé par l'autre en échange d'une récompense.

La syntrophie joue un rôle essentiel dans les cycles mondiaux du carbone en facilitant la conversion de la matière organique en méthane, qui est environ 30 fois plus puissant que le dioxyde de carbone en tant que gaz à effet de serre et qui est une source d'énergie durable. Et dans l'intestin humain, des milliards de cellules microbiennes interagissent également entre elles et avec d'autres espèces pour moduler la physiologie de leur hôte humain.

Par conséquent, déchiffrer la nature, l'évolution et le mécanisme des interactions interspécifiques syntrophiques est fondamental pour comprendre et manipuler les processus microbiens, la production de bioénergie et la durabilité environnementale.

Cependant, notre compréhension de ce qui motive ces interactions, de leur évolution et de la manière dont leur perturbation peut entraîner des maladies ou une instabilité de l'écosystème n'est pas bien comprise.

Les chercheurs et collaborateurs de l'ISB avaient pour objectif de s'attaquer à ces questions fondamentales pour faire la lumière sur la manière dont les interactions interspécifiques, en particulier la coopération, surviennent, évoluent et se maintiennent. Leurs résultats offrent une nouvelle fenêtre pour comprendre les rôles clés de ces interactions dans les applications industrielles, ainsi que dans la santé et la maladie des humains, des animaux et des plantes.

L'étude s'appuie sur les travaux antérieurs sur les interactions syntrophiques entre deux microbes, Desulfovibrio vulgaris (Dv) et Methanococcus maripaludis (Mm), qui coexistent dans divers environnements (intestin, sol, etc.) et jouent un rôle central dans une étape importante dans le cycle biogéochimique du carbone.

Avec une approche multidisciplinaire recoupant la biologie des systèmes, la microbiologie, la biologie évolutive et d'autres disciplines, les chercheurs ont analysé des quantités massives de données de séquence du génome générées à partir de plus de 400 échantillons. Ils ont étudié les schémas temporels et combinatoires dans lesquels les mutations se sont accumulées dans les deux organismes sur 1 000 générations, ils ont cartographié les lignées par séquençage cellulaire à haute résolution et caractérisé l'aptitude et la coopération des appariements de leurs isolats individuels.

L'équipe a découvert des preuves frappantes que les mutations accumulées au cours de l'évolution génèrent des interactions génétiques positives entre les individus rares d'une communauté microbienne. Ces interactions génétiques augmentent la coopérativité au sein de ces assemblages microbiens rares, permettant leur persistance à très basse fréquence au sein d'une population productive plus large. En outre, les chercheurs ont découvert l'un des premiers exemples d'évolution parallèle, c'est-à-dire l'accumulation de mutations dans des gènes similaires dans des populations évoluant indépendamment, sous-tendant l'évolution des deux organismes dans une communauté mutualiste.

«Cette étude est une étape importante dans la compréhension et la manipulation des événements adaptatifs précoces dans l'évolution des interactions mutualistes avec un large éventail d'applications pour la biotechnologie, la médecine et l'environnement», a dit le Dr Serdar Turkarslan, chercheur principal au Baliga Lab de l'ISB et auteur principal de un article récemment publié dans The ISME Journal.

Ces découvertes sont d'un grand intérêt car elles expliquent comment diverses populations microbiennes coexistent dans des environnements en évolution dynamique, comme dans les réacteurs, les sédiments lacustres et l'intestin humain. De plus, l'étude intègre l'analyse de systèmes multi-échelles de divers types d'ensembles de données longitudinales et des tests expérimentaux d'hypothèses pour caractériser un phénomène complexe qui émerge d'interactions au niveau génétique entre deux membres d'une communauté microbienne.

«Les méthodologies, les idées et les ressources générées par cette étude auront une large applicabilité à l'étude d'autres interactions interspécifiques et des phénomènes évolutifs», a dit le professeur, directeur et vice-président de l'ISB, le Dr Nitin Baliga, co-auteur de l'article. «L'une des questions fondamentales de la biologie est de savoir si nous pouvons prédire et moduler les interactions interspécifiques telles que celles entre les pathogènes et leur environnement hôte. Si nous comprenons quels sont les gènes qui entraînent l'interaction des pathogènes avec l'hôte, nous pouvons concevoir des thérapies pour modifier le micro-environnement de l'hôte et la permissibilité de l'infection, ou en modifiant directement la reconnaissance des pathogènes. Pour les applications industrielles, nous pouvons rapidement dépister les mutations les plus coopératives entre différents consortiums microbiens afin de faciliter la production de biens publics.»

Dans le kéfir, le travail d'équipe microbien fait fonctionner le rêve

La capacité des espèces microbiennes du kéfir à rester ensemble et à collaborer est ce qui fait leur succès - par exemple, en exploitant des ressources nutritionnelles qui ne seraient pas disponibles autrement. Crédit Rayne Zaayman-Gallant/EMBL.

«Dans le kéfir, le travail d'équipe microbien fait fonctionner le rêve», source EMBL.

Une nouvelle étude montre comment la coopération entre les espèces bactériennes leur permet de prospérer en tant que communauté.

Pour fabriquer du kéfir, il faut une équipe. Une équipe de microbes.

C'est le message de la nouvelle étude de l'EMBL (European Molecular Biology Laboratory) et du groupe Patil et de ses collaborateurs de l'Université de Cambridge, publiée dans Nature Microbiology. Les membres du groupe étudient le kéfir, l’un des produits alimentaires fermentés les plus anciens au monde et de plus en plus considéré comme un ‘super-aliment’ avec de nombreux bienfaits supposés pour la santé, notamment une meilleure digestion et une baisse de la tension artérielle et de la glycémie. Après avoir étudié 15 échantillons de kéfir, les chercheurs ont découvert à leur grande surprise que les espèces dominantes de bactéries Lactobacillus retrouvées dans les grains de kéfir ne peuvent survivre seules dans le lait, l'autre ingrédient clé du kéfir. Cependant, lorsque les espèces travaillent ensemble - se nourrissant des métabolites de l’autre dans la culture du kéfir - elles fournissent chacune quelque chose dont l’autre a besoin.

«La coopération leur permet de faire quelque chose qu’ils ne pourraient pas faire seuls», dit Kiran Patil, chef de groupe et auteur correspondant du document. «Il est particulièrement fascinant de voir comment L. kefiranofaciens, qui domine la communauté du kéfir, utilise les grains de kéfir pour lier tous les autres microbes dont il a besoin pour survivre - tout comme l'anneau dirigeant du Seigneur des Anneaux. Un grain pour les lier tous.»

Un modèle d'interactions microbiennes

La consommation de kéfir est à l'origine devenue populaire en Europe de l'Est, en Israël et dans les régions de Russie et des alentours. Il est composé de «grains» qui ressemblent à de petits morceaux de chou-fleur et ont fermenté dans du lait pour produire une boisson probiotique composée de bactéries et de levures.

«Les personnes stockaient le lait dans des peaux de mouton et ont remarqué que ces céréales qui en émergeaient empêchaient leur lait de se gâter, afin de pouvoir le conserver plus longtemps», explique Sonja Blasche, post-doc dans le groupe Patil et coauteur de l'article. «Parce que le lait se gâte assez facilement, trouver un moyen de le conserver plus longtemps était d'une grande valeur.»

Pour fabriquer du kéfir, vous avez besoin de grains de kéfir. Ceux-ci ne peuvent pas être fabriqués artificiellement, mais doivent provenir d'un autre lot de kéfir. Les grains sont ajoutés au lait pour fermenter et se cultiver. Environ 24 à 48 heures plus tard (ou, dans le cas de cette recherche, 90 heures plus tard), les grains de kéfir ont consommé les nutriments dont ils disposaient. Les grains croissent en taille et en nombre pendant ce temps et le processus du kéfir est terminé. Les grains sont retirés et ajoutés au lait frais pour recommencer le processus.

Pour les scientifiques, cependant, le kéfir fournit plus qu'une simple boisson saine: c'est une communauté microbienne modèle facile à cultiver pour étudier les interactions métaboliques. Et tandis que le kéfir est assez similaire au yogourt à bien des égards - les deux sont des produits laitiers fermentés ou cultivés avec pleins de «probiotiques», la communauté microbienne du kéfir est beaucoup plus grande que celle du yogourt, comprenant non seulement les cultures bactériennes, mais aussi des levures.

Apprendre du kéfir

Alors que les scientifiques savent que les micro-organismes vivent souvent dans des communautés et dépendent de leurs confrères pour survivre, les connaissances mécanistes de ce phénomène sont assez limitées. Les modèles de laboratoire ont toujours été limités à deux ou trois espèces microbiennes, de sorte que le kéfir offrait - comme le décrit Kiran, une ‘zone habitable’ (ou Goldilocks zone en anglais) de complexité qui n'est pas trop petite (environ 40 espèces), mais pas trop difficile à étudier en détail.

Sonja a commencé cette recherche en collectant des échantillons de kéfir à plusieurs endroits. Si la plupart des échantillons ont été obtenus en Allemagne, ils sont probablement originaires d’ailleurs, car les grains de kéfir ont été transmis au fil des siècles.

«Notre première étape a consisté à examiner la croissance des échantillons. Les communautés microbiennes de kéfir ont de nombreuses espèces membres avec des modèles de croissance individuels qui s'adaptent à leur environnement actuel. Cela signifie des espèces à croissance rapide et lente et certaines qui modifient leur vitesse en fonction de la disponibilité des nutriments», explique Sonja. «Ce n'est pas unique à la communauté du kéfir. Cependant, la communauté du kéfir avait beaucoup de temps pour que la co-évolution l'amène à la perfection, car ils sont restés ensemble depuis longtemps déjà.»

La coopération est la clé

Découvrir l'étendue et la nature de la coopération entre les microbes du kéfir était loin d'être simple. Pour ce faire, les chercheurs ont combiné une variété de méthodes de pointe telles que la métabolomique (étude des processus chimiques des métabolites), la transcriptomique (étude des transcriptions de l'ARN produit par le génome) et la modélisation mathématique. Cela a révélé non seulement des agents d'interaction moléculaire clés comme les acides aminés, mais également la dynamique des espèces contrastées entre les grains et la partie laitière du kéfir.

«Le grain de kéfir sert de camp de base pour la communauté de kéfir, à partir de laquelle les membres de la communauté colonisent le lait d'une manière complexe mais organisée et coopérative», explique Kiran. «Nous voyons ce phénomène dans le kéfir, puis nous voyons qu’il n’est pas limité au kéfir. Si vous regardez le monde entier des microbiomes, la coopération est également une clé de leur structure et de leur fonction.»

En fait, dans un autre article du groupe de Kiran en collaboration avec le groupe de Bork de l'EMBL, dans Nature Ecology and Evolution, les scientifiques ont combiné les données de milliers de communautés microbiennes à travers le monde, du sol à l'intestin humain, pour comprendre des relations de coopération similaires. Dans ce deuxième article, les chercheurs ont utilisé une modélisation métabolique avancée pour montrer que les groupes coexistants de bactéries, groupes que l'on trouve fréquemment ensemble dans différents habitats, sont soit hautement compétitifs, soit hautement coopératifs. Cette polarisation brutale n’a jamais été observée auparavant et jette un éclairage sur les processus évolutifs qui façonnent les écosystèmes microbiens. Bien que les communautés compétitives et coopératives prévalent, les coopérateurs semblent mieux réussir en termes d'abondance plus élevée et d'occupation de divers habitats. Plus forts ensemble.

Comment Salmonella coopère avec le système immunitaire de l'hôte pour se cacher

«Comment Salmonella coopère avec le système immunitaire de l'hôte pour se cacher», source Institute of systems Biology (ISB).

Alors que les scientifiques étudient depuis longtemps les infections bactériennes, moins d'attention a été accordée à la façon dont la réponse immunitaire de l'hôte affecte l'expression des gènes bactériens dans le corps.

Dans un article récemment publié dans PNAS, des chercheurs de l'ISB ont détaillé comment la bactérie Salmonella se dissimule au système immunitaire dans un type de cellule hôte appelé macrophage.

Les macrophages sont les premiers à répondre à l'infection à Salmonella, mais ce sont aussi ces cellules que Salmonella utilise pour se propager dans tout le corps et éventuellement détournées pour sa propre survie. Ils ont découvert un système complexe dans lequel la présence de flagelline, un élément clé de la façon dont Salmonella et d'autres agents pathogènes se déplacent, est identifiée par une protéine hôte (NLRC4), qui déclenche une réponse immunitaire qui provoque la mort des cellules infectées. C'est une façon pour le système immunitaire d'éliminer naturellement les agents pathogènes.

Cependant - et étonnamment - les chercheurs ont découvert qu'au fur et à mesure que l'infection à Salmonella progressait, deux choses se produisaient pour aider le pathogène à se cacher du système immunitaire: l'hôte produit un interféron de type 1 qui réduit les quantités de NLRC4. Dans le même temps, l'interféron de type 1 diminue également le pool d'un type de lipide hôte qui soutient l'expression de la flagelline. Cela aboutit finalement à une diminution de la mort des cellules infectées et à une réduction des quantités de flagellines chez Salmonella, ce qui lui permet d'éviter la reconnaissance par NLRC4 et de se développer à l'intérieur des cellules hôtes.

«Ces découvertes mettent en lumière les adaptations complexes de Salmonella à son hôte qui dictent les subtilités des interactions hôte-pathogène», a déclaré le Dr Ajay Suresh Akhade, chercheur à l'ISB au laboratoire du Dr Naeha Subramanian et auteur principal de l'article.

Course évolutive et constante aux armements

Ce travail met en évidence l'impact des facteurs hôtes sur l'expression des molécules bactériennes et façonne la diaphonie hôte-pathogène. Il souligne également la nécessité de bien comprendre comment les agents pathogènes bactériens ont évolué pour s'adapter et bénéficier de certains aspects de la réponse immunitaire de l'hôte (par exemple, les interférons de type 1).

«Les agents pathogènes sont engagés dans une course aux armements évolutive constante avec leurs hôtes», a déclaré le Dr Naeha Subramanian, professeur adjoint à l'ISB. «Nos résultats montrent comment Salmonella bénéficie par inadvertance d'une réponse naturelle de l'hôte dépendante de l'interféron en désactivant l'expression de sa flagelline.»

Les travaux futurs dans ce domaine seront utiles pour développer des immunothérapies dirigées contre l'hôte qui peuvent ouvrir la voie à la lutte contre la résistance aux antimicrobiens dans le contexte des infections bactériennes. Et comme la production d'interférons de type 1 est une réponse de bonne foi aux infections virales, la réponse dépendante de l'interféron que Salmonella coopère pour réduire sa flagelline et éviter la reconnaissance par le système immunitaire peut expliquer pourquoi les gens sont plus sujets aux infections bactéries secondaires, après avoir subi une infection virale primaire.

Coopération pour développer et déployer le vaccin contre le COVID-19, selon un article paru dans Science

« Nous devons coopérer pour développer et déployer le vaccin contre le COVID-19, selon des experts », source article de Mary Van Beusekom paru le 12 mai 2020 dans CIDRAP News.

Le développement de vaccins contre le COVID-19 repose sur une coopération «sans précédent» et transparente entre l'industrie, le gouvernement et le monde universitaire, selon un commentaire d'Anthony Fauci et Francis Collins du National Institutes of Health (NIH) et deux autres experts américains en vaccins publiés le 11 mai 2020 dans Science.

NIAID / NIH

Notant que toutes les plates-formes vaccinales ont des avantages et des inconvénients et soulignant le besoin de rapidité et de flexibilité de fabrication, de sécurité sanitaire, d'efficacité à long terme, d'échelle, de prix abordable, de stabilité du vaccin et d'une chaîne d'approvisionnement à température contrôlée, ils ont déclaré qu’«aucun vaccin ou plate-forme vaccinale à elle seule est susceptible de répondre aux besoins mondiaux, et donc une approche stratégique de l'effort à plusieurs volets est absolument critique.»

Partenariat public-privé et autres étapes

En particulier, les auteurs soulignent le partenariat privé-public ACTIV (Accelerating COVID-19 Therapeutic Interventions and Vaccines) du NIH qui vise à mener des études harmonisées, randomisées et contrôlées sur plusieurs vaccins candidats en parallèle pour accélérer le développement, la fabrication et la distribution de vaccins.

Pour atteindre les principaux critères de développement d'anticorps protecteurs contre les futures infections à COVID-19 et prévenir les maladies graves nécessitant une hospitalisation, les essais de vaccins doivent être menés dans un large éventail de grands milieux épidémiologiques et médicaux chez les jeunes, les personnes âgées et les populations minoritaires mal desservies. et comprennent un suivi à long terme, ont-ils déclaré.

Les études humaines contrôlées dans lesquelles des jeunes volontaires sont vaccinés puis exposés au COVID-19 sont risquées, peuvent avoir une utilité limitée et ne prédiraient pas une efficacité similaire chez les personnes âgées atteintes de maladies sous-jacentes ou prouveraient une réduction de la propagation aux populations vulnérables, ont-ils déclaré.

Les auteurs ont également appelé à un financement immédiat de l'infrastructure mondiale de fabrication de vaccins pour répondre à la demande prévue de centaines de millions à des milliards de doses de vaccin.

Étant donné que les mutations virales majeures n'ont pas été étendues jusqu'à présent, les auteurs ont exprimé « un optimisme prudent que les vaccins conçus maintenant seront efficaces contre les souches en circulation de 6 à 12 mois à l'avenir. »

Derniers développements vaccinaux

Plusieurs vaccins sont à différents stades de développement. Le 12 mai 2020, Moderna a annoncé avoir reçu la désignation de la Fast Track de la Food and Drug Administration des États-Unis pour l'examen de son vaccin COVID-19 à base d'ARNm. Fast Track facilite le développement et accélère l'examen des thérapies et des vaccins contre les maladies graves qui répondent à un besoin médical.

Moderna a déclaré qu'un essai de phase 2 du vaccin devrait commencer bientôt et qu'il est en train de finaliser un protocole pour un essai de phase 3 qui devrait commencer au début de l'été.

Novavax a annoncé le 11 mai 2020 avoir reçu jusqu'à 384 millions de dollars supplémentaires en financement CEPI (Coalition for Epidemic Preparedness Innovations) pour son vaccin adjuvant COVID-19, en plus des 4 millions de dollars reçus en mars.

La société a déclaré que cet argent ferait progresser le développement clinique du vaccin, soutiendrait la mise à l'échelle rapide et la fabrication à grande échelle de l'antigène du vaccin (substance produisant des anticorps) et de l'adjuvant, qui stimule la réponse immunitaire du corps.