Des scientifiques continuent de débattre des origines du SARS-CoV-2 après la publication d'une nouvelle étude dans Nature

«Avec une nouvelle étude publiée dans Nature, des scientifiques continuent de débattre des origines du SARS-CoV-2 », source article de Mary Van Beusekom paru le 5 avril 2023 dans CIDRAP News.

Des chercheurs chinois qui ont isolé trois virus SARS-CoV-2 vivants et de l'ADN viral à partir d'échantillons environnementaux au marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan, Chine, disent que les résultats ne montrent pas définitivement que la pandémie s'est propagée aux humains à partir d'animaux, selon une étude publié dans Nature.

L'étude est initialement apparue sur un serveur de prépublication en février 2022. Cependant, avant la publication dans Nature, des séquences précédemment non divulguées sont récemment apparues dans la base de données de l'Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID pour Global Initiative in Sharing Avian Influenza Data), qui a attiré l'attention de chercheurs internationaux qui ont signalé leur conclusions à l'Organisation mondiale de la santé.

Sur le serveur de préimpression Zenodo, le groupe a publié sa propre analyse des séquences, qui, selon lui, soutiennent, mais ne prouvent pas définitivement, que le virus est probablement passé des animaux (par exemple, le chien viverrin) aux personnes du marché.

Tout en reconnaissant que les données n'étaient pas définitives, le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus a ensuite appelé la Chine à partager immédiatement toutes ces informations avec la communauté scientifique internationale. «Ces données auraient pu - et auraient dû - être partagées il y a 3 ans», a-t-il déclaré.

Le marché peut avoir amplifié l'épidémie établie

Dans l'étude de Nature, les chercheurs ont analysé 923 échantillons environnementaux obtenus dans et autour du marché fermé à partir du 1er janvier 2020, et 457 échantillons prélevés sur 18 espèces animales (dans des réfrigérateurs et des congélateurs, écouvillons d'animaux errants et leurs excréments, et le contenu d'un aquarium) à partir du 18 janvier 2020. Le marché a été fermé après avoir été lié à des clusters de cas humains de COVID-19.

La RT-PCR a révélé des preuves de SARS-CoV-2, dont trois virus vivants, dans 73 échantillons environnementaux (7,9%) qui correspondaient au virus de type sauvage isolé chez l'homme avec une précision supérieure à 99,99%.

La plupart des 64 échantillons positifs (87,5%) ont été prélevés dans la zone ouest du marché, dont une partie était soupçonnée d'impliquer des ventes d'animaux sauvages, et dans les égouts et les collecteurs d’eaux usées.

Des preuves du variant SARS-CoV-2 Alpha ont également été retrouvées dans un échantillon environnemental. Le séquençage de l'ARN des échantillons environnementaux positifs et négatifs a montré la présence «d'une abondance» d'animaux différents. Aucune preuve du virus n'a été détectée dans les échantillons d'animaux.

Les chercheurs ont dit que si les preuves génétiques suggèrent que des chauves-souris, des chiens viverrins et des furets, des espèces hôtes potentielles du SRAS-CoV-2, étaient présents sur le marché, les preuves ont été collectées principalement dans des échantillons environnementaux négatifs.

«L'origine du virus ne peut pas être déterminée à partir de toutes les analyses disponibles jusqu'à présent», ont-ils écrit. «Il reste possible que le marché ait [agi] comme un amplificateur de transmission en raison du nombre élevé de visiteurs chaque jour, provoquant de nombreux clusters d'infection initialement identifiés aux premiers stades de l'épidémie.»

Une scientifique qualifie l'étude de «profondément erronée»

Sur Twitter, Angela Rasmussen, virologue à l'Université de la Saskatchewan au Canada et co-auteur de l'analyse parue sur Zenodo, a qualifié l'étude de Nature de «profondément défectueuse», indiquant que les auteurs avaient utilisé une base de données de référence pour le séquençage qui excluait le génome du chien viverrin. «Et pourtant, malgré le fait qu'ils reconnaissent que cela pourrait être résolu en utilisant une base de données de référence différente (une solution facile), ils ont choisi de ne pas le faire», a-t-elle écrit.

Mais, ont dit les chercheurs dans Nature, «même si les animaux étaient infectés, notre étude n'exclut pas qu'une transmission interhumaine se soit produite, étant donné que le moment de l'échantillonnage était postérieur à l'infection humaine sur le marché, comme indiqué rétrospectivement. Ainsi, la possibilité l'introduction potentielle du virus sur le marché par l'intermédiaire d'humains infectés ou de produits de la chaîne du froid ne peut pas encore être exclue.»

«Même si les animaux étaient infectés, notre étude n'exclut pas la possibilité d'une transmission d'homme à animal.»

Ils ont appelé à une recherche coordonnée au niveau international pour enquêter sur l'origine potentielle du SRAS-CoV-2. «La surveillance des animaux sauvages devrait être renforcée pour explorer les hôtes naturels et intermédiaires potentiels du SRAS-CoV-2, le cas échéant, ce qui aiderait à prévenir de futures pandémies causées par des virus d'origine animale», ont-ils conclu.