Phages et aliments : lutter contre les bactéries de la ferme à la fourchette

Les phages sont utilisés pour maîtriser les pathogènes bactériens à chaque étape de la production alimentaire, de la promotion de la santé du bétail et des cultures à la destruction des pathogènes sur les aliments prêts à consommer. Quels sont les avantages et les défis associés au déploiement des phages dans l'industrie alimentaire ?

«Phages et aliments : lutter contre les bactéries de la ferme à la fourchette», source ASM News du 1er juin 2023.

Qu'elles tuent du bétail et des cultures ou qu'elles contaminent des aliments prêts à consommer, les bactéries causent de gros problèmes à l'industrie alimentaire. Pour résoudre ces problèmes, des scientifiques pensent petit. De nombreuses études ont montré que les bactériophages (c'est-à-dire les phages ou les virus qui infectent les bactéries) peuvent anéantir les bactéries problématiques dans tout le système alimentaire, du contrôle des agents pathogènes des plantes à la destruction des bactéries sur les produits, la viande et d'autres produits alimentaires. Alors que divers produits commerciaux à base de phages sont sur le marché, l'exploration continue du potentiel bactéricide des phages dans la production alimentaire et l'optimisation de leur utilisation seront essentielles pour l'expansion des applications.

Les phages peuvent être utilisés pour contrôler les pathogènes bactériens du début à la fin du processus de production alimentaire. Source : Enderson L. et Coffrey A./Current Opinion in Food Science, 2020. Image sous licence CC BY 4.0.

Que sont les phages et comment sont-ils utilisés dans l'industrie alimentaire ?

Partout où il y a des bactéries, il y a des phages, c'est-à-dire que les phages sont à peu près partout. En fait, il y a environ 100 nonillions (10³¹) de phages sur la planète. Cette population gargantuesque est incroyablement diversifiée, car chaque phage individuel possède une gamme définie d'espèces et de souches bactériennes qu'il peut infecter. Néanmoins, tous les phages ont une chose en commun : ils attaquent les bactéries, et uniquement les bactéries. Les humains, les plantes, les animaux et autres microbes ne sont pas ciblés.

En tant que tels, les phages peuvent être utilisés pour réduire les pathogènes bactériens dans tous les secteurs de la société. Par exemple, la phagothérapie implique l'isolement et le déploiement de phages qui tuent spécifiquement les bactéries provoquant une infection. Dans l'industrie alimentaire, les phages ont été explorés et appliqués pour gérer les bactéries du début à la fin des procédés de transformation des aliments.

À la ferme et au champ : applications de phages avant la récolte

La perte d'animaux et de plantes à cause de maladies bactériennes avant abattage ou au stade de la pré-récolte a des coûts économiques importants (des milliards de dollars) et menace la stabilité du système alimentaire. Dans l'élevage, les antibiotiques sont depuis longtemps la méthode de choix pour réduire les infections et promouvoir la santé animale, bien que cette pratique ait exacerbé la propagation de la résistance aux antimicrobiens. Les phages peuvent offrir une solution. En effet, des chercheurs ont découvert que 3 phages isolés des eaux usées d'une ferme laitière étaient tout aussi efficaces que les antibiotiques pour soulager les symptômes de la mammite (une infection du pis entraînant une perte annuelle estimée à 2 milliards de dollars aux États-Unis) causée par Escherichia coli résistant aux antibiotiques chez les vaches. Des résultats positifs similaires ont été démontrés pour le contrôle de divers agents pathogènes, y compris ceux qui pourraient rendre des personnes malades, comme Salmonella, E. coli O157:H7 et Campylobacter jejuni, entre autres, et chez divers animaux (par exemple, volaille, poisson, etc.).

Les phages peuvent également être utilisés pour minimiser la perte de cultures due aux maladies bactériennes. L'application de phages sélectionnés sur les graines ou les feuilles de cultures peut réduire la charge pathogène et diminuer la gravité et l'incidence de la maladie pendant la phase de croissance. Il existe déjà des produits commerciaux  à base de phages enregistrés auprès de l'Agence américaine de protection de l'environnement (EPA) conçus pour tuer les agents pathogènes qui infectent les aliments comme les tomates, les agrumes, les pommes, les poires et plus encore.

Phages pour lutter contre les agents pathogènes d'origine alimentaire

En plus de prévenir et de traiter les maladies animales et végétales, les phages sont utiles pour détecter et entraver la croissance des agents pathogènes d'origine alimentaire pendant et après la transformation des aliments. Par exemple, des scientifiques ont conçu des phages rapporteurs qui ont permis la détection basée sur la bioluminescence de l'agent pathogène d'origine alimentaire, Listeria monocytogenes, dans le lait, la charcuterie et la laitue contaminés. Les aliments peuvent également être trempés ou pulvérisés avec des solutions de phages conçues pour tuer les agents pathogènes qui les contaminent couramment. Cette application du biocontrôle par des phages (c'est-à-dire l'utilisation de phages comme agents antimicrobiens pour réduire les concentrations d'agents pathogènes dans un environnement traité) dans l'industrie alimentaire a connu le plus grand succès commercial à ce jour, avec divers produits sur le marché conçus pour combattre Salmonella, E. coli, L. monocytogenes et d'autres bactéries. Les phages peuvent également être appliqués pour stériliser les surfaces dans les installations de transformation des aliments, telles que les tapis de cnvoyage et les supports de transport des aliments, qui peuvent servir de vecteurs de contamination bactérienne.

Quels sont les avantages du biocontrôle par les phages ?

De nombreuses caractéristiques des phages les rendent utiles à des fins de lutte biologique. Thomas Denes, professeur de microbiologie alimentaire moléculaire à l'Université du Tennessee qui étudie les applications basées sur les phages pour la sécurité des aliments, a souligné la gamme d'hôtes définie des phages comme un avantage clé. Il a noté que les phages peuvent être dirigés vers des agents pathogènes tout en laissant intactes d'autres bactéries associées à un aliment (par exemple, des bactéries bénéfiques dans des aliments comme le yogourt, le kimchi et le fromage).

De plus, les phages ne sont pas limités par la concentration du eur application, ils se répliquent. «Dans l'environnement de la transformation des aliments, il existe souvent des niches ou des structures complexes qui rendent difficile l’accès à un antimicrobien», a dit Denes. «Ainsi, avoir un antimicrobien qui se réplique lorsqu'il entre en contact avec son hôte signifie que le traitement sera amplifié là où cela est nécessaire, alors que les désinfectants conventionnels peuvent avoir du mal à atteindre les zones où les agents pathogènes survivent ou se reproduisent réellement», comme les coins et les recoins de l'équipement de transformation des aliments (ou l’aliment lui-même).

Amit Vikram, chercheur principal chez Intralytix, Inc., une société de biotechnologie qui fabrique des produits à base de phages pour éliminer les agents pathogènes d'origine alimentaire, a souligné la sécurité sanitaire des phages comme un autre avantage. Par rapport aux produits chimiques dangereux qui peuvent nuire aux salariés et doivent être éliminés correctement, les phages ne présentent aucun risque pour les personnes qui travaillent avec ou qui consomment les aliments. De plus, «[les phages] ont une grande efficacité sans affecter les aliments, la texture, les propriétés et les goûts», a expliqué Vikram, ce qui les rend même attrayants pour les producteurs d'aliments soucieux d'éliminer les contaminants microbiens tout en maintenant l'intégrité et l'essence d'un aliment.

Quels sont les défis associés au biocontrôle par des phages ?

Pourtant, les phages ne sont pas parfaits. D'une part, la gamme d'hôtes définie qui rend les phages formidables peut également être une chute. «Dans des contextes de sécurité des aliments, un producteur alimentaire achèterait un produit à base de phages pour gérer le risque d'un agent pathogène cible», a dit Denes. Cependant, les phages contenus dans ce produit peuvent ne pas être efficaces contre toutes les souches d'une bactérie qui pourraient être présentes, dont il pourrait y en avoir plusieurs. Vikram a noté que l'utilisation de mélanges de phages avec différentes gammes d'hôtes peut être une façon de faire face à cette limitation, bien que de tels mélanges puissent toujours ne pas couvrir toutes les souches d'un agent pathogène qui pourraient constituer une menace.

Les phages ne se déplacent pas non plus à la recherche de leurs hôtes. Pour cette raison, il est essentiel de recouvrir adéquatement les aliments de phages pour s'assurer qu'ils rencontrent leurs agents pathogènes cibles. C'est plus facile à dire qu'à faire. «Différents aliments ont différents types de surfaces», a expliqué Vikram. «Les produits de volaille crus ont une surface plus rugueuse par rapport à une saucisse, qui a une surface plus lisse. Les légumes verts à feuilles ont une surface vraiment grande, très rugueuse et très ondulée», ce qui rend l'application du biocontrôle par des phages «extrêmement difficile», et c’est quelque chose qui nécessite une optimisation supplémentaire.

La résistance bactérienne aux phages peut également poser un problème. Denes a déclaré que le risque de résistance peut dépendre de la manière dont les phages sont utilisés : sont-ils appliqués aux aliments prêts à consommer à la fin de la production, ou les aliments sont-ils traités au début de la transformation ? Dans ce dernier cas, il peut y avoir plus de possibilités pour les phages de sélectionner la résistance. Dans cet esprit, le laboratoire de Denes a découvert que des expériences de co-évolution in vitro avec des phages et L. monocytogenes permettaient d'isoler des phages développés en laboratoire qui pourraient infecter des souches résistantes de l'agent pathogène. Les résultats suggèrent que de telles expériences pourraient aider à améliorer la gamme d'hôtes et l'efficacité du biocontrôle par des phages. L'utilisation de mélanges de phages avec différentes stratégies d'infection est également utile dans ce contexte, car ils peuvent réduire la fréquence d'émergence de mutants bactériens résistants aux phages. Dans le cas où un mutant résistant émergerait, Vikram a souligné qu'il est possible d'isoler des phages ayant une activité contre ce mutant à partir de sources naturelles.

Les bactéries peuvent résister aux phages de plusieurs manières, notamment en empêchant la liaison des phages et en interférant avec l'assemblage des particules de phage. Source : Seed D.K./PLOS Pathogens, 2015. Image sous licence CC BY 4.0.

Quelles sont les prochaines étapes?

Jusqu'à présent, les phages sont principalement utilisés pour des applications après-récolte, en particulier pour maîtriser la croissance de Salmonella dans la viande de volaille, bien que leur potentiel dans d'autres facettes du système alimentaire (par exemple, les cultures, le bétail, les produits) soit de plus en plus apprécié. Vikram a souligné que l'éducation sera essentielle pour élargir l'utilisation des phages dans l'industrie alimentaire. «Il y a encore beaucoup d'entreprises qui ne comprennent pas vraiment la technologie des phages en elle-même», a-t-il dit, décrivant le nombre d'entreprises confondant les phages avec des produits chimiques ou craignant de mettre des virus sur les aliments (rappelez-vous, ce sont des virus qui infectent uniquement bactéries). Vikram pense également que l'éducation des agences de réglementation, y compris la FDA des États-Unis, sur le fonctionnement des phages peut aider à faciliter une approbation plus rationalisée des produits à base de phages.

Pour Denes, l'avenir passe par la recherche. «Je pense que nous sommes maintenant à un stade dans le domaine de la recherche appliquée sur les phages où nous identifions des voies pour surmonter certains des défis [associés au biocontrôle par des phages], tels que l'émergence de la résistance aux phages, la diversité des conditions environnementales dont nous avons besoin. pour fonctionner et la diversité des agents pathogènes que nous devons pouvoir cibler», a-t-il dit. «Je pense que nous y arrivons en comprenant les mécanismes des interactions [phage-hôte] et en identifiant des outils, tels que évolution [ou] ingénierie du phage.

Cela étant dit, les phages ne sont pas la solution ultime pour maîtriser les pathogènes bactériens dans le système alimentaire. Ils ne sont qu'un outil de plus qui, lorsqu'il est associé à la manipulation, au stockage et à d'autres méthodes de maîtrise des aliments, aide à combattre les agents pathogènes et à assurer la sécurité des aliments, de la ferme à la fourchette.

Orage de pathogènes : Vibrio, algues et débris plastiques marins

«Orage de ‘pathogènes’ : La bactérie Vibrio, Sargassum et les débris plastiques marins», source Florida Atlantic University. 

Sargassum est un genre d'algues brunes marines communément appelées les sargasses. 

Une nouvelle étude révèle comment l'interaction entre Sargassum spp., les débris plastiques marins et les bactéries Vibrio crée la parfaite tempête de ‘pathogènes qui a des implications à la fois pour la vie marine et la santé publique. Les bactéries Vibrio se trouvent dans les eaux du monde entier et sont la principale cause de décès chez l'homme dans le milieu marin. Par exemple, Vibrio vulnificus, parfois appelée bactérie mangeuse de chair, peut provoquer des maladies d'origine alimentaire mortelles dues à la consommation de fruits de mer, ainsi que des maladies et la mort dues à des infections de plaies ouvertes.

Depuis 2011, Sargassum, des populations libres de macroalgues brunes, se sont rapidement développées dans la mer des Sargasses et dans d'autres parties de l'océan ouvert telles que la grande ceinture de Sargassum du Grand Atlantique, y compris des événements fréquents et sans précédent d'accumulation d'algues sur les plages. Les débris plastiques marins, trouvés pour la première fois dans les eaux de surface de la mer des Sargasses, sont devenus une préoccupation mondiale et sont connus pour persister des décennies de plus que les substrats naturels dans l'environnement marin.

Actuellement, on sait peu de choses sur la relation écologique des vibrions avec Sargassum. De plus, les preuves génomiques et métagénomiques manquent quant à savoir si les vibrions colonisant les débris plastiques marins et Sargassum pourraient potentiellement infecter les humains. Alors que l'été passe à la vitesse supérieure et que des efforts sont en cours pour trouver des solutions innovantes pour réutiliser Sargassum, ces substrats pourraient-ils constituer une triple menace pour la santé publique ?

Des chercheurs de la Florida Atlantic University (FAU) et des collaborateurs ont entièrement séquencé les génomes de 16 cultivars de vibrion isolés à partir de larves d'anguilles, de débris plastiques marins, de Sargassum et de prélèvements d'eau de mer effectués dans les mers des Caraïbes et des Sargasses de l'océan Atlantique Nord. Ce qu'ils ont découvert, c'est que les agents pathogènes Vibrio ont la capacité unique de «coller» aux microplastiques et que ces microbes pourraient simplement s'adapter au plastique.

«Le plastique est un nouvel élément qui a été introduit dans les environnements marins et qui n'existe que depuis environ 50 ans», a dit Tracy Mincer, auteur principal correspondant et professeur de biologie au Harbor Branch Oceanographic Institute  de la FAU et au Harriet L. Wilkes Honors College. «Notre travail en laboratoire a montré que ces Vibrio sont extrêmement agressifs et peuvent rechercher et coller au plastique en quelques minutes. Nous avons également découvert qu'il existe des facteurs d'attachement que les microbes utilisent pour adhérer aux plastiques, et c'est le même type de mécanisme que les agents pathogènes utilisent.»

L'étude, publiée dans la revue Water Research, illustre que les vibrions en haute mer représentent un groupe de microbes jusqu'à présent non décrit, certains représentant de nouvelles espèces potentielles, possédant un mélange de gènes pathogènes et d'acquisition de faibles nutriments, reflétant leur habitat pélagique et les substrats et hôtes qu'ils colonisent. Utilisant le génome assemblé par métagénome, cette étude représente le premier  génome de Vibrio spp. assemblé à partir de débris de plastique.

L'étude a mis en évidence des gènes pathogènes de vertébrés étroitement liés aux souches bactériennes cholériques et non cholériques. Les tests phénotypiques des cultivars ont confirmé la formation rapide de biofilms, les activités hémolytiques et lipophospholytiques, compatibles avec le potentiel pathogène.

Les chercheurs ont également découvert que la toxine zot (ou zonula occludens) ou le gène «zot», décrits pour la première fois chez Vibrio cholerae, qui est une toxine sécrétée qui augmente la perméabilité intestinale, étaient parmi les gènes les plus retenus et les plus sélectionnés dans les vibrions qu'ils ont trouvés. Ces vibrions semblent entrer par l'intestin, s’y fixer et les infecter de cette façon.

«Une autre chose intéressante que nous avons découverte est un ensemble de gènes appelés gènes ‘zot’, qui provoque le syndrome de l'intestin qui fuit» a dit Mincer. «Par exemple, si un poisson mange un morceau de plastique et est infecté par ce vibrion, ce qui entraîne alors une fuite intestinale et une diarrhée, il va libérer des déchets nutritifs tels que l'azote et le phosphate qui pourraient stimuler la croissance de Sargassum et d'autres organismes environnants.»

Les résultats montrent que certains Vibrio spp. dans cet environnement ont un mode de vie ‘omnivore’ ciblant à la fois les hôtes végétaux et animaux en combinaison avec une capacité à persister dans des conditions oligotrophes. Avec l'augmentation des interactions humains-Sargassum-débris plastiques marins, la flore microbienne associée à ces substrats pourrait héberger de puissants agents pathogènes opportunistes. Il est important de noter que certaines données basées sur la culture montrent que Sargassum échouées semblent héberger de grandes quantités de bactéries Vibrio.

«Je ne pense pas qu'à ce stade, quiconque ait vraiment considéré ces microbes et leur capacité à provoquer des infections», a dit Mincer. «Nous voulons vraiment sensibiliser le public à ces risques associés. En particulier, il convient de faire preuve de prudence en ce qui concerne la récolte et le traitement de la biomasse de Sargassum jusqu'à ce que les risques soient explorés de manière plus approfondie.»

NB : Comme le rapporte Joe Whitworth qui a transmis cette information, les microplastiques entraînent des macro problèmes ...

La Norvège enregistre une augmentation des foyers et des cas d'intoxication alimentaire en 2022

«La Norvège enregistre une augmentation des foyers et des cas d'intoxications alimentaire en 2022», source article de Joe Whitworth paru le 11 mai 2023 dans Food Safety News.

Le nombre des foyers d’intoxication alimentaire et de personnes malades en 2022 a augmenté par rapport à l'année précédente, sur la base de nouvelles données en provenance de Norvège.

Au total, 34 foyers d'origine alimentaire ont été signalées en 2022, ce qui est en hausse par rapport aux 23 et 25 foyers en 2020 et 2021, mais inférieur aux 46 foyers en 2019.

Au total, 628 personnes ont été malades l'année dernière, le plus grand incident touchant 100 personnes, selon un rapport publié par l'Institut norvégien de santé publique (FHI). Dans les 25 foyers en 2021, 327 patients ont été enregistrés.

Huit foyers à norovirus ont rendu malades 135 personnes en 2022. Cinq foyers avec 148 cas ont été causées par Salmonella. Cryptosporidium et Yersinia étaient derrière trois chacun avec respectivement 14 et 51 patients,.

Dix personnes ont été malades lors de deux foyers à Listeria. Un foyer à Campylobacter a touché six patients et un événement à E. coli a touché sept personnes. L'agent était inconnu pour 11 foyers avec 257 cas.

La plupart des foyers d'origine alimentaire ont été signalées dans des restaurants, des cafés et d'autres établissements de restauration commerciale.

Six foyers étaient liées à des produits à base de légumes et d'herbes et cinq étaient causées par des coquillages tels que des crustacés ou des mollusques. Un foyer liée à des produits de porc a touché 37 personnes et un autre lié aux fruits et aux baies a touché 21 patients. Pour 14 foyers, cette information n'était pas connue.

Exemples de foyers de cas à Listeria et Salmonella

Cinq patients ont été inclus dans une éclosion à Listeria, tous étaient des femmes âgées de 60 à 68 ans et vivant dans deux comtés de Norvège. Ils sont tombés malades vers Noël et le Nouvel An, soit de 2020 à 2021, soit de 2021 à 2022. Les entretiens ont indiqué que la source d'infection pourrait être un produit saisonnier, mais aucun producteur n'a pu être identifié, de sorte que l'incident n'a pas été résolu.

Cinq personnes ont également été malades dans une éclosion distincte à Listeria. Les échantillons sont venus de février à octobre 2022. Trois cas étaient des hommes et l'âge médian de tous les patients était de 72 ans. Quatre cas avaient mangé du saumon fumé avant de tomber malade, trois mentionnant le même producteur, Troll Salmon.

La souche de l'éclosion a été détectée dans du saumon fumé de l'entreprise. Certains échantillons environnementaux étaient également positifs pour Listeria monocytogenes. Cela a provoqué un rappel de produit et l'entreprise a intensifié les mesures pour prévenir la contamination.

Dans une autre épidémie, 22 cas à Salmonella Blockley ont été détectés dans sept comtés. Les personnes sont tombées malades de novembre 2021 à février 2022. Il s'agissait de neuf hommes et 13 femmes âgés de 1 à 80 ans avec une moyenne de 38 ans. Quatorze personnes ont été hospitalisées. Les entretiens avec les patients n'ont pas indiqué de source spécifique de l'infection. Des légumes et des salades ont été suspectés et les chaînes d'approvisionnement ont été investiguées sans que les responsables ne puissent tirer de conclusions.

Une épidémie à Salmonella Typhimurium n'a pas non plus pu être résolue. Neuf personnes sont tombées malades en novembre et décembre 2021. Les patients étaient cinq hommes et quatre femmes âgés de 13 à 82 ans avec un âge médian de 30 ans. Quatre personnes ont été hospitalisées.

Une autre éclosion à Salmonella Typhimurium avec 21 cas était liée à de la pastèque. La plupart des échantillons ont été prélevés en juillet. Les cas étaient âgés de 1 à 87 ans avec une moyennee de 54 ans et 60% étaient des hommes. Huit personnes ont été hospitalisées. Quinze des 16 cas interrogés avaient mangé de la pastèque dans les jours précédant la maladie. Cependant, aucun fournisseur ou lot commun de pastèques n'a pu être trouvé.

Au total, 89 personnes sont tombées malades lors d'une épidémie à Salmonella Agona en novembre. Ils étaient âgés de 1 à 91 ans avec une moyenne de 37 ans, et 50 étaient des femmes. Trente et une personnes ont été hospitalisées. La Suède et les Pays-Bas ont également signalé des cas au cours de la même période. Certains lots de concombres d'un fournisseur espagnol ont été suspectés comme étant la source probable de l'infection.

Résultats de l'épidémie à Yersinia

Une éclosion à Yersinia enterocolitica a été liée à des aliments servis dans une école. Sur 37 cas de l'épidémie, 33 étaient liés à l'école et ils sont tombés malades fin janvier 2022. Deux repas servis dans un restaurant lié au site se sont démarqués comme sources possibles d'infection. Des échantillons de porc, provenant du même lot servi dans l'un des repas, étaient positifs pour la souche épidémique.

Une autre épidémie à Yersinia a touché neuf personnes au cours des trois premières semaines de juin. Les cas étaient âgés de 12 à 57 ans et six étaient des hommes. Deux personnes ont été hospitalisées. La source probable était un type de salade, mais cela n'a pas été confirmé.

Enfin, des personnes sont tombées malades fin novembre à la suite d'une conférence de deux jours tenue à Stavanger, où la nourriture de deux entreprises de restauration a été servie. D'après les réponses au questionnaire, 48 personnes, qui ont assisté au premier jour de l'événement, sont tombées malades.

Beaucoup avaient mangé des salades au buffet du déjeuner ou dans des plateaux de fruits servis pendant une pause mais aucun aliment ne restait pour être analysé. Dans des échantillons de selles de trois participants, Salmonella et deux types différents de E. coli entérotoxinogène (ETEC) ont été détectés. Les responsables ont dit qu'il n'était pas possible de savoir si l'infection provenait d'aliments contaminés ou d'employés ou d'invités malades.

Défis et opportunités mis en lumière à l'IAFP EU à Aberdeen, Ecosse

Nous avons la chance avec Joe Whitworth de Food Safety News d’avoir un journaliste qui couvre des événements importants dont celui qui se passe en ce moment en Écosse à Aberdeen.

Voici «Défis et opportunités mis en lumière à l'IAFP EU ou IAFP UE», source article de Joe Whitworth paru le le 5 mai 2023 dans Food Safety News.

IAFP EU est le symposium annuel 2023 en Europe de l’International Association of Food Protection, du 3 au 5 mai 2023, à Aberdeen, Écosse.

Une série de défis et d'opportunités en matière de sécurité des aliments ont été abordés par le conseiller scientifique en chef de Food Standards Scotland (FSS) lors d'une grande conférence qui s'est tenue cette semaine.

S'exprimant lors du symposium européen de l'IAFP, le professeur David Gally a dit que des problèmes financiers, sociaux et politiques ont un impact sur la chaîne alimentaire.

«La pandémie de la COVID-19 et la crise du coût de la vie ont créé des pressions à la maison. Des personnes prennent des décisions sur les aliments qu'ils achètent par rapport au carburant qu'ils achètent. Les entreprises et les consommateurs sont également plus susceptibles de prendre des risques et de faire des économies, ce qui constitue une menace pour la sécurité des aliments», a-t-il déclaré.

La conférence a donné des exemples de la façon dont les choses changent, telles que les nouveaux systèmes agricoles, les nouvelles technologies d'élevage, les aliments pour animaux réduisant le méthane et les protéines alternatives.

«Ces changements peuvent introduire des risques supplémentaires, mais nous ne voulons pas arrêter l'innovation. Des personnes poussent pour la production alimentaire locale, mais quels sont les aspects de sécurité sanitaire ?» s’est demandé Gally.

«Nous avons une pression sur le niveau de nouveaux talents qui arrivent dans les emplois de l a santé environnementale. Il y a également une pression accrue sur les autorités locales suite à la sortie de l'UE et à la COVID-19 et nous travaillons à développer de nouveaux systèmes de conformité et de reporting. Nous devons promouvoir le partage de données pour analyser les mégadonnées, y compris l'intelligence artificielle et la blockchain, et soutenir les scientifiques.»

Problèmes liés aux agents pathogènes

Gally a dit que l'Écosse avait toujours un problème avec les agents pathogènes d'origine alimentaire. Campylobacter est en tête, causant le plus de cas de maladie, suivi de Salmonella, E. coli et Listeria.

«Au cours de la pandémie, norovirus, qui peut se propager de personne à personne, a connu des réductions spectaculaires. Il y a eu des réductions raisonnables pour Salmonella, peut-être liées aux déplacements de personne à personne et à la réduction des voyages. Les taux de Campylobacter et de E. coli O157 sont restés stables, il ne s'agissait pas de propagation de personne à personne ou de lavage des mains, il s'agissait d'acquisition initiale», a-t-il déclaré.

«L'Écosse a un problème avec les E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) depuis une épidémie en 1996. En général, le taux de O157 est plus élevé qu'en Angleterre et au Pays de Galles. Les incidents ont un impact énorme.

L'Écosse a une forte proportion d'un type O157 spécifique qui contient certaines shigatoxines qui peuvent provoquer des infections graves, notamment le syndrome hémolytique et urémique (SHU).

Gally a également mentionné un incident mortel à Listeria lié à une usine de transformation de saumon fumé en Écosse.

L'épidémie a touché 15 personnes depuis octobre 2020 en Angleterre, Écosse et Pays de Galles. Neuf patients étaient malades depuis janvier 2022. Trois personnes de plus de 65 ans sont décédées en décembre 2020, novembre 2021 et mars 2022. L'Écosse a enregistré trois cas et deux de ces décès. Les produits ont été testés positifs pour Listeria mais se situaient dans la limite maximale autorisée fixée par la législation. Cependant, un rappel a été publié fin 2022.

«L'utilisation des données provenant de Public Health Scotland et la garantie d'un échange d'informations peuvent nous aider à comprendre les maladies et à développer des sciences sociales pour comprendre le comportement des consommateurs. Grâce à ces informations, nous pouvons cibler de manière appropriée les populations les plus sensibles, sensibiliser ces groupes et modifier les orientations», a dit Gally.

La FSS a récemment mis à jour des outils d'évaluation des risques microbiologiques en ligne pour les entreprises vendant des produits réfrigérés et du poisson fumé afin d'évaluer leurs pratiques.

Ara Chobanova, conseillère scientifique à la FSS, a également présenté un projet qui a caractérisé plus de 500 souches de Salmonella isolées entre 1988 et 2017 à partir de cas cliniques écossais, d'isolats d'animaux domestiques destinés à l'alimentation, ainsi que de sources alimentaires et environnementales.

Les isolats séquencés comprenaient 60 sérotypes différents et 57 clusters ont été identifiées. Les travaux ont démontré la persistance de clones particuliers chez les animaux, les aliments et les humains tout au long de la période. Les résultats ont amélioré la compréhension et la capacité d'enquêter sur les sources de salmonellose d'origine alimentaire en Écosse.

NB : La photo représente David Gally parlant à l’IAFP EU.

Allemagne : des analyses trouvent Listeria et E. coli dans du lait cru provenant de distributeurs automatiques

«Allemagne : des analyses trouvent Listeria et E. coli dans du lait cru provenant de distributeurs automatiques», source Food Safety News.

Listeria et E. coli ont été retrouvés lors d’analyses sur du lait cru (non pasteurisé) provenant dexploitations laitières en Allemagne.

De 2020 à 2022, le Bureau d'enquête chimique et vétérinaire (CVUA) de Stuttgart a testé 54 échantillons de lait cru provenant de distributeurs automatiques pour une série de micro-organismes.

Les paramètres examinés comprenaient le nombre de cellules somatiques, le nombre total de germes, les organismes de d’altération, les germes indicateurs d'hygiène tels que les entérobactéries et E. coli, et des agents pathogènes tels que Salmonella, Listeria, Campylobacter et E. coli producteurs de shigatoxines (STEC).

La vente de lait cru est majoritairement interdite mais il peut être vendu directement à la ferme via des distributeurs automatiques en libre service. Les producteurs devraient afficher des avis indiquant aux consommateurs de faire bouillir le lait cru avant consommation.

Certains résultats étaient positifs puisque 30 échantillons étaient conformes, mais 24 présentaient des problèmes. Les résultats soulignent l'importance d'un nettoyage régulier des machines à traire, des tuyaux et des réservoirs dans les exploitations laitières, ont dit les scientifiques. Un refroidissement insuffisant peut également entraîner une contamination du lait cru.

Au total, 52 échantillons ont été analysés pour Pseudomonas et 16 avaient une teneur en germes supérieure à 10⁴ unités formant colonie par millilitre (UFC/mL). Les entérobactéries ont été examinées dans 53 échantillons et dans 13, c’était supérieure à 10³ UFC/mL. La découverte de Pseudomonas et d'enterobacteries peut indiquer que le distributeur de lait ou l'équipement n'a pas été correctement nettoyé, ont dit les scientifiques.

Au total, 53 échantillons ont été examinés pour l'indicateur E. coli et cinq étaient au-dessus de 10² UFC/mL.

Salmonella et Campylobacter n'ont pas été retrouvés dans les analyses. Des STEC ont été détectés dans sept échantillons. Trois étaient positifs pour Listeria monocytogenes. Deux d'entre eux étaient inférieurs à 10 UFC/g, mais l'autre positif était à des niveaux plus élevés.

La détection d'agents pathogènes peut indiquer des lacunes en matière d'hygiène lors de la collecte et de la manipulation du lait cru. Cela montre également la nécessité de vérifier l'efficacité des mesures préventives et d'initier des moyens d'améliorer l'hygiène dans les élevages laitiers, ont dit les scientifiques.

Ils ont ajouté que les résultats positifs pour Listeria et STEC montrent clairement qu'il est nécessaire d'avoir un avis de faire bouillir le lait apposé sur les distributeurs automatiques de lait cru pour le libre-service. Il est conseillé aux groupes à risque, tels que les jeunes enfants, les femmes enceintes, les personnes âgées et les personnes malades, de ne pas boire de lait cru sans le faire bouillir au préalable.

Etude plus large en 2022

Dans une analyse différente dans le cadre de travaux en 2022, les quatre CVUA du Land de Bade-Wurtemberg ont détecté des STEC dans quatre des 44 échantillons de lait cru.

Après avoir bu du lait cru dans une ferme, un enfant atteint du syndrome hémolytique et urémique (SHU) a dû être soigné en soins intensifs. Les analyses de laboratoire ont isolé des STEC de l'échantillon global de lait cru du troupeau de vaches laitières, mais ils n'ont pas pu être appariés avec l'isolat du patient fourni par l'hôpital.

Les échantillons envoyés à un laboratoire de Stuttgart dans le Bade-Wurtemberg en raison d'investigations sur les maladies d'origine alimentaire ont augmenté par rapport à 2021. En 2022, 765 échantillons liés à 297 incidents ont été traités en lien avec des suspicions de maladies d'origine alimentaire. Le nombre d'échantillons est plus élevé qu'en 2021 et 2020 mais inférieur aux niveaux de 2019.

Dans les échantillons alimentaires testés dans les quatre laboratoires, une gamme de types de Salmonella a été trouvée, notamment Agona, Amsterdam, Bardo, Chester, Coeln, Derby, Enteritidis, Havana, Infantis, Kintambo, Kottbus, Mbandaka, Newport, Orion, Paratyphi, Senftenberg, Typhimurium , et Virchow.

Dans un incident, des cas d’infection à Salmonella sont survenues chez plusieurs jeunes femmes au cours de la dernière année. Salmonella Mbandaka et Salmonella Chester ont été identifiées et des enquêtes épidémiologiques ont conduit à un restaurant asiatique comme lieu présumé de la maladie. L'analyse en laboratoire a détecté Salmonella Chester et Salmonella Mbandaka dans des oignons nouveaux de printemps et un type de champignon.

Une épidémie mondiale à Salmonella a été révélée fin 2021 liée à des produits de sésame tels que la halva et le tahini de Syrie. Dans le cadre d'un programme spécial en 2022, les autorités allemandes ont examiné 69 échantillons de halva et 60 de tahini. Au total, 11 échantillons de tahini et cinq échantillons de halva étaient positifs pour Salmonella. Salmonella Amsterdam, Senftenberg, Havana, Kintambo et Orion ont été identifiés.

Un cas d'intoxication à Bacillus cereus a été attribué à un restaurant qui a admis avoir préparé des champignons puis les avoir gardés au chaud jusqu'à leur utilisation. Deux personnes sont tombées malades à cause de Staphylococcus aureus après avoir mangé du fromage de chèvre d'un marché local. Du thon qui n'avait pas été correctement réfrigéré était également à l'origine de plusieurs cas d'histamine dans un restaurant.

Une souche mutante de Salmonella ‘plus grave’ dans des analyses chez la volaille

«Une souche mutante de Salmonella ‘plus grave’ dans des analyses chez la volaille», source article de Chris Scott paru le 12 avril 2023 dans Meatingplace.

De nouvelles recherches visant à déterminer comment les bactéries pathogènes colonisent les intestins des poulets indiquent que des souches mutantes de Salmonella enterica ont causé plus d'infections que les bactéries apparentées retrouvées dans la nature.

Des chercheurs brésiliens ont supprimé deux gènes de la bactérie Salmonella et ont découvert précédemment, lors de tests sur des souris, que la mutation permettait à Salmonella de survivre dans un environnement sans oxygène. Cette capacité a favorisé la colonisation intestinale et la dissémination dans les intestins des poulets lorsqu'ils sont exposés à un environnement de production, selon l'étude. «Lorsque ces deux gènes ont été supprimés, (la bactérie Salmonella) a trouvé d'autres mécanismes de survie et est devenue encore plus pathogène chez les oiseaux», a déclaré l'un des auteurs de l'étude, qui a été publiée dans la revue Scientific Reports et diffusée via Nature en ligne.

Les chercheurs de l'École des sciences agricoles et vétérinaires de l'Université d'État de São Paulo (FCAV-UNESP) ont exprimé leur surprise que la souche mutée de Salmonella ait provoqué des infections plus graves chez les poulets que les bactéries retrouvées dans la nature. Les résultats renforcent la nécessité de lancer des mesures de santé animale dès que les poussins sont éclos pendant la période quand les poulets sont abattus, ont noté les chercheurs. Étant donné que les très jeunes poussins n'ont pas de système immunitaire complètement formé, il est essentiel de bloquer les voies potentielles d'introduction de ces bactéries dans les élevages de volailles, ont ajouté les chercheurs.

Voulez-vous maîtriser les pathogènes dans l’environnement de vos fabrication ? Suivez le guide !

Voulez-vous maîtriser les pathogènes dans l’environnement de vos fabrication ?

C’est désormais possible grâce à l’initative de la Fevia, la fédération belge des entreprises alimentaires !

Inutile de chercher un document identique auprès de l’ANIA, l’association des entreprise salimetaires en Franvce, vous perdriez votre temps …

Ailleurs, en France, je ne sais pas si cela existe, retiré des affaires depuis pas mal de temps, je n’ai pas vu d’information et/ou de formation à ce sujet avec un tel niveau d,e détails, si cela existe, n'hésitez pas à m'en informer ...

Voici donc «Maîtrise des agents pathogènes environnementaux : comment s'y prendre en tant qu'entreprise ?», source Fevia.

Fevia et ses fédérations sectorielles, en collaboration avec l'Université de Gand, ont élaboré un nouveau chapitre sur la maîtrise des agents pathogènes environnementaux au sein d'une entreprise. Une étape supplémentaire dans le contrôle préventif de la sécurité alimentaire. Les entreprises alimentaires peuvent l'utiliser pour détecter et éliminer les agents pathogènes environnementaux sur leur site de production : commencez dès aujourd'hui !

Un besoin de contrôle préventif des pathogènes environnementaux

Ces dernières années, de plus en plus d'entreprises alimentaires ont été confrontées à des problèmes de sécurité alimentaire dus à la présence de pathogènes environnementaux sur le site de production. Des incidents récents montrent que certaines souches persistantes, également appelées « souches résidentes », sont très difficiles à garder sous contrôle. L'AFSCA constate également que trop souvent, les entreprises ne mettent pas en œuvre leur système d'autocontrôle, et appelle à une vigilance accrue.

L'avènement de techniques analytiques modernes telles que le whole genome sequencing (SGE) constitue un défi supplémentaire. Il s'agit là d'une révolution qui permettra aux épidémies liées à l’alimentation d'être détectées plus rapidement. Leur utilisation lors des récents incidents montre aujourd'hui leur impact considérable sur notre industrie.

Alors que l'accent a été mis jusqu'à présent sur le respect des critères microbiologiques dans le produit final, il est désormais devenu nécessaire d'accorder une attention particulière à ce qu'il n'y ait pas de souches résidentes dans l'environnement de production. Pour répondre à ce problème émergent, nous nous tournons à présent vers ce chapitre pour traiter de manière proactive les agents pathogènes environnementaux dans une entreprise.

Ce chapitre constitue un document complémentaire aux guides d'autocontrôle existants. L'AFSCA l'a validé et publié sur son site web. Il a été élaboré grâce à la collaboration de Fevia et de ses fédérations sectorielles, de la professeure Liesbeth Jacxsens (département de technologie alimentaire, de sécurité et de santé, faculté de bio-ingénierie, UGent) et du docteur Koen De Reu (ILVO).

Il s’agit du Module GM4 Maîtrise des agents pathogènes environnementaux dans l'industrie alimentaire - Module complémentaire aux guides d’autocontrôle - Fevia - UGent 2023, 65 pages.

Que couvre-t-il ?

Ce chapitre vise à informer les entreprises sur le contrôle environnemental des agents pathogènes et à prévenir la contamination croisée entre les aliments et les agents pathogènes.

En termes de contenu, nous nous concentrons sur deux piliers dans le chapitre :

1. Mesures préventives grâce à de bonnes pratiques d'hygiène et de production : quelles mesures pouvez-vous prendre en tant qu'entreprise pour prévenir la contamination microbiologique de votre environnement de production ?

2. Surveillance environnementale efficace : vérification de l'efficacité des mesures préventives et prise d'actions correctives en cas de découverte d'un échantillon environnemental positif.

Période de transition

Compte tenu de la technicité du module, il est essentiel que les entreprises disposent de suffisamment de temps pour transposer cela au niveau de l'entreprise. Une période de transition de deux ans à compter de la date de publication est prévue pour permettre aux entreprises de mettre en œuvre le module dans leurs activités. Pendant cette période, le chapitre ne sera pas encore utilisé lors des audits d'autocontrôle.

Norvège : Des études mettent en évidence le risque lié au lait cru

Ce n’est pas nouveau le barfblog en parlait déjà en 2017 dans «Shiga toxin producing E coli in raw milk products in Norway».

«Norvège : Des études mettent en évidence le risque lié au lait cru», source article de Joe Whitworth paru le 8 avril 2023 dans Food Safety News.

Selon une étude, il existe un risque important associé à la consommation de lait cru de vaches norvégiennes.

Lene Idland, de la faculté de médecine vétérinaire de l'Université norvégienne des sciences de la vie, a fourni des chiffres actualisés sur la prévalence de certains agents pathogènes pouvant être présents dans le lait cru dans trois études publiées.

Idland a collecté des échantillons de lait et d'environnement dans 18 exploitations laitières de l'est de la Norvège. Les sites ont été visités six fois d'août 2019 à juillet 2020.

Des agents pathogènes retrouvés dans les exploitations

Listeria monocytogenes, Campylobacter et E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) ont été retrouvés dans des échantillons environnementaux et de filtres à lait provenant d’exploitations laitières. Environ 3% des échantillons de lait des tanks et de trayons étaient contaminés par Campylobacter et un type de STEC a été isolé du lait de tank.

Au total, 7% des filtres à lait étaient contaminés par des STEC, 13% par Listeria monocytogenes et 4% par Campylobacter. Quatre isolats de STEC étaient positifs pour eae, qui est un gène associé à la capacité de provoquer une maladie humaine grave.

Les trois agents pathogènes se trouvent couramment dans les exploitations laitières norvégiennes et il est difficile d'éviter la transmission au lait cru. Une bonne hygiène dans l’exploitation laitière peut réduire le risque de contamination du lait, mais elle ne l'élimine pas, a dit Idland.

La deuxième étude a montré qu'un même clone de Listeria peut persister dans un troupeau bovin au fil du temps, et que les clones détectés dans l'environnement de l’exploitation laitière peuvent contaminer les filtres à lait et le lait du tank à lait.

Les isolats provenant d'environnements agricoles et de lait cru ont été comparés à ceux d'autres habitats environnementaux et de patients atteints de listériose. Les résultats ont révélé que les clusters d'isolats sans association probable étaient impossibles à distinguer en utilisant différents types d'analyse. Cela indique la nécessité d'améliorer les systèmes de surveillance et de ne pas se fier uniquement aux analyses d'ADN, a constaté l'étude.

Boire du lait qui n'a pas été pasteurisé gagne en popularité. En Norvège, il est obligatoire de pasteuriser le lait vendu dans le commerce mais cela ne s'applique pas à la vente aléatoire de lait cru provenant directement des exploitations laitières.

En Norvège, les épidémies associées au lait cru sont relativement rares mais 17 enfants ont été infectés par Campylobacter après avoir bu du lait cru ou Cryptosporidium après contact avec des animaux lors d'une visite dans une ferme en 2021.

Impact de l'évolution des pratiques

La production de bovins laitiers dans le pays est en transition d'une stabulation entravée avec des systèmes de traite conventionnels par tuyauterie à des systèmes modernes de stabulation libre avec une traite robotisée. La présence des trois agents pathogènes était plus élevée dans les échantillons prélevés dans les exploitations en stabulation libre que dans celles en stabulation entravée.

«Les nouvelles technologies agricoles peuvent créer de nouvelles niches permettant aux microbes de survivre ou de se développer, ce qui peut poser des problèmes de sécurité alimentaire. De bonnes mesures d'hygiène semblent réduire le risque d'entrée d'agents pathogènes zoonotiques dans la chaîne de production laitière», a conclu l'étude.

La troisième étude a mis en évidence l'importance de conserver le lait cru à basse température entre la traite et la consommation, y compris pendant le transport.

Une expérience a montré que le stockage à des températures abusives peut entraîner une propagation rapide des STEC, ce qui augmente le risque d'infection.

Les personnes qui ont une préférence pour boire du lait cru ou en donner à leurs enfants doivent être sensibilisées aux risques liés à la consommation, en particulier pour les jeunes enfants, les personnes âgées et les personnes immunodéprimées.

Les principaux agents pathogènes augmentent en Irlande en 2022

Alors qu’en France, on est toujours dans l’attente des données des toxi-infections alimentaires collectives 2021, sans doute en raison du manque de ressources, voici qu’«En Irlande, les principaux agents pathogènes augmentent en 2022», source article de Food Safety News du 5 avril 2023.

Les infections à Campylobacter, Salmonella, E. coli et Listeria ont toutes augmenté en Irlande en 2022, selon les dernières données.

Les données du Health Protection Surveillance Center (HPSC), qui fait partie du Health Service Executive (HSE), montrent que le nombre de signalements pour les quatre agents pathogènes a augmenté par rapport à 2021.

Les notifications de salmonellose ont doublé et le nombre d'infections à E. coli a dépassé le millier.

Aucun rapport complet sur ces quatre agents pathogènes et sur les éclosions n'a été publié depuis 2018 en raison de l'impact de la réponse à la pandémie de COVID-19 et de la capacité limitée du HPSC.

Les infections à Campylobacter sont passées de 3 147 en 2021 à 3 619 en 2022. Plus de 2 000 cas concernaient des hommes et 1 590 des femmes. Les moins de 1 à 4 ans et les plus de 65 ans sont les plus touchés.

Les cas à Salmonella ont doublé, passant de 173 en 2021 à 342 en 2022, mais cela est similaire aux niveaux de 2018 et 2019.

Parmi les personnes touchées, 168 étaient des hommes et 174 étaient des femmes. Le groupe d'âge des moins de 1 à 4 ans comptait le plus de cas, mais les niveaux étaient également élevés chez les 25 à 34 ans et les 45 à 54 ans.

E. coli et Listeria

Plus de 1 000 déclarations de E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) ont été notées versus 962 en 2021.

Lorsque le sexe était connu, 480 étaient des hommes et 517 étaient des femmes. La tranche d'âge des moins de 1 à 4 ans était de loin la plus touchée avec plus de 330 cas alors que 206 cas concernaient la tranche d'âge des 65 ans et plus.

Au total, 18 cas de listériose ont été enregistrés, contre 15 en 2021. Quatorze étaient des hommes et quatre des femmes. Quinze cas appartenaient au groupe d'âge des plus de 65 ans tandis que deux avaient moins de 1 à 4 ans.

Les données montrent également trois cas d'infection ou d'intoxication d'origine alimentaire par Bacillus cereus, contre aucun en 2021.

Les données publiées, qui couvrent 2018 à 2022, révèlent deux cas de botulisme, bien qu'il ne soit pas clair si l’aliment en était la cause. Il y a également eu un rapport de brucellose en 2022. Toutes les autres années, aucune notification de ces maladies n'a été signalée.

Il y a eu 17 cas de yersiniose en 2022 contre 18 en 2021. La cryptosporidiose est passée de 845 en 2021 à 566 en 2022.

La shigellose est passée de 70 en 2021 à 157 en 2022. Norovirus est également passé de 439 en 2021 à 990 en 2022.

Besoins de recherche par la FSAI

Pendant ce temps, la Food Safety Authority of Ireland (FSAI) a publié 37 besoins de recherche pour 2023.

La FSAI répertorie chaque année les domaines de recherche prioritaires pour guider les organismes publics qui financent ces travaux et pour les scientifiques des instituts de recherche. Des études sur les sujets abordés dans le document contribueraient à faire progresser les travaux d'évaluation et de gestion des risques de la FSAI et à soutenir la protection de la santé publique.

L'agence a dit que la recherche sur la sécurité des aliments est essentielle pour combler toute lacune dans les connaissances, pour soutenir les réglementations et pour identifier les problèmes émergents et les menaces pour le système alimentaire irlandais.

Les domaines couverts comprennent les systèmes automatisés pour identifier les risques émergents, les impacts du changement climatique et la durabilité, les risques de sécurité des aliments avec les nouvelles méthodes de production, la culture de la sécurité des aliments, la traçabilité des produits frais, la sécurité des alternatives végétales ressemblant à de la viande et à des produits laitiers, la réduction de E. coli en Irelande et Campylobacter dans le poulet et d'autres sources.

Les priorités actuelles pour les évaluations de la vulnérabilité comprennent les chaînes d'approvisionnement de viande bovine, de l'agneau, du porc, de la volaille et du poisson blanc, selon le document, qui mentionne également le développement de méthodes pour détecter les problèmes d'authenticité des aliments comme un domaine clé.