Phages et aliments : lutter contre les bactéries de la ferme à la fourchette

Les phages sont utilisés pour maîtriser les pathogènes bactériens à chaque étape de la production alimentaire, de la promotion de la santé du bétail et des cultures à la destruction des pathogènes sur les aliments prêts à consommer. Quels sont les avantages et les défis associés au déploiement des phages dans l'industrie alimentaire ?

«Phages et aliments : lutter contre les bactéries de la ferme à la fourchette», source ASM News du 1er juin 2023.

Qu'elles tuent du bétail et des cultures ou qu'elles contaminent des aliments prêts à consommer, les bactéries causent de gros problèmes à l'industrie alimentaire. Pour résoudre ces problèmes, des scientifiques pensent petit. De nombreuses études ont montré que les bactériophages (c'est-à-dire les phages ou les virus qui infectent les bactéries) peuvent anéantir les bactéries problématiques dans tout le système alimentaire, du contrôle des agents pathogènes des plantes à la destruction des bactéries sur les produits, la viande et d'autres produits alimentaires. Alors que divers produits commerciaux à base de phages sont sur le marché, l'exploration continue du potentiel bactéricide des phages dans la production alimentaire et l'optimisation de leur utilisation seront essentielles pour l'expansion des applications.

Les phages peuvent être utilisés pour contrôler les pathogènes bactériens du début à la fin du processus de production alimentaire. Source : Enderson L. et Coffrey A./Current Opinion in Food Science, 2020. Image sous licence CC BY 4.0.

Que sont les phages et comment sont-ils utilisés dans l'industrie alimentaire ?

Partout où il y a des bactéries, il y a des phages, c'est-à-dire que les phages sont à peu près partout. En fait, il y a environ 100 nonillions (10³¹) de phages sur la planète. Cette population gargantuesque est incroyablement diversifiée, car chaque phage individuel possède une gamme définie d'espèces et de souches bactériennes qu'il peut infecter. Néanmoins, tous les phages ont une chose en commun : ils attaquent les bactéries, et uniquement les bactéries. Les humains, les plantes, les animaux et autres microbes ne sont pas ciblés.

En tant que tels, les phages peuvent être utilisés pour réduire les pathogènes bactériens dans tous les secteurs de la société. Par exemple, la phagothérapie implique l'isolement et le déploiement de phages qui tuent spécifiquement les bactéries provoquant une infection. Dans l'industrie alimentaire, les phages ont été explorés et appliqués pour gérer les bactéries du début à la fin des procédés de transformation des aliments.

À la ferme et au champ : applications de phages avant la récolte

La perte d'animaux et de plantes à cause de maladies bactériennes avant abattage ou au stade de la pré-récolte a des coûts économiques importants (des milliards de dollars) et menace la stabilité du système alimentaire. Dans l'élevage, les antibiotiques sont depuis longtemps la méthode de choix pour réduire les infections et promouvoir la santé animale, bien que cette pratique ait exacerbé la propagation de la résistance aux antimicrobiens. Les phages peuvent offrir une solution. En effet, des chercheurs ont découvert que 3 phages isolés des eaux usées d'une ferme laitière étaient tout aussi efficaces que les antibiotiques pour soulager les symptômes de la mammite (une infection du pis entraînant une perte annuelle estimée à 2 milliards de dollars aux États-Unis) causée par Escherichia coli résistant aux antibiotiques chez les vaches. Des résultats positifs similaires ont été démontrés pour le contrôle de divers agents pathogènes, y compris ceux qui pourraient rendre des personnes malades, comme Salmonella, E. coli O157:H7 et Campylobacter jejuni, entre autres, et chez divers animaux (par exemple, volaille, poisson, etc.).

Les phages peuvent également être utilisés pour minimiser la perte de cultures due aux maladies bactériennes. L'application de phages sélectionnés sur les graines ou les feuilles de cultures peut réduire la charge pathogène et diminuer la gravité et l'incidence de la maladie pendant la phase de croissance. Il existe déjà des produits commerciaux  à base de phages enregistrés auprès de l'Agence américaine de protection de l'environnement (EPA) conçus pour tuer les agents pathogènes qui infectent les aliments comme les tomates, les agrumes, les pommes, les poires et plus encore.

Phages pour lutter contre les agents pathogènes d'origine alimentaire

En plus de prévenir et de traiter les maladies animales et végétales, les phages sont utiles pour détecter et entraver la croissance des agents pathogènes d'origine alimentaire pendant et après la transformation des aliments. Par exemple, des scientifiques ont conçu des phages rapporteurs qui ont permis la détection basée sur la bioluminescence de l'agent pathogène d'origine alimentaire, Listeria monocytogenes, dans le lait, la charcuterie et la laitue contaminés. Les aliments peuvent également être trempés ou pulvérisés avec des solutions de phages conçues pour tuer les agents pathogènes qui les contaminent couramment. Cette application du biocontrôle par des phages (c'est-à-dire l'utilisation de phages comme agents antimicrobiens pour réduire les concentrations d'agents pathogènes dans un environnement traité) dans l'industrie alimentaire a connu le plus grand succès commercial à ce jour, avec divers produits sur le marché conçus pour combattre Salmonella, E. coli, L. monocytogenes et d'autres bactéries. Les phages peuvent également être appliqués pour stériliser les surfaces dans les installations de transformation des aliments, telles que les tapis de cnvoyage et les supports de transport des aliments, qui peuvent servir de vecteurs de contamination bactérienne.

Quels sont les avantages du biocontrôle par les phages ?

De nombreuses caractéristiques des phages les rendent utiles à des fins de lutte biologique. Thomas Denes, professeur de microbiologie alimentaire moléculaire à l'Université du Tennessee qui étudie les applications basées sur les phages pour la sécurité des aliments, a souligné la gamme d'hôtes définie des phages comme un avantage clé. Il a noté que les phages peuvent être dirigés vers des agents pathogènes tout en laissant intactes d'autres bactéries associées à un aliment (par exemple, des bactéries bénéfiques dans des aliments comme le yogourt, le kimchi et le fromage).

De plus, les phages ne sont pas limités par la concentration du eur application, ils se répliquent. «Dans l'environnement de la transformation des aliments, il existe souvent des niches ou des structures complexes qui rendent difficile l’accès à un antimicrobien», a dit Denes. «Ainsi, avoir un antimicrobien qui se réplique lorsqu'il entre en contact avec son hôte signifie que le traitement sera amplifié là où cela est nécessaire, alors que les désinfectants conventionnels peuvent avoir du mal à atteindre les zones où les agents pathogènes survivent ou se reproduisent réellement», comme les coins et les recoins de l'équipement de transformation des aliments (ou l’aliment lui-même).

Amit Vikram, chercheur principal chez Intralytix, Inc., une société de biotechnologie qui fabrique des produits à base de phages pour éliminer les agents pathogènes d'origine alimentaire, a souligné la sécurité sanitaire des phages comme un autre avantage. Par rapport aux produits chimiques dangereux qui peuvent nuire aux salariés et doivent être éliminés correctement, les phages ne présentent aucun risque pour les personnes qui travaillent avec ou qui consomment les aliments. De plus, «[les phages] ont une grande efficacité sans affecter les aliments, la texture, les propriétés et les goûts», a expliqué Vikram, ce qui les rend même attrayants pour les producteurs d'aliments soucieux d'éliminer les contaminants microbiens tout en maintenant l'intégrité et l'essence d'un aliment.

Quels sont les défis associés au biocontrôle par des phages ?

Pourtant, les phages ne sont pas parfaits. D'une part, la gamme d'hôtes définie qui rend les phages formidables peut également être une chute. «Dans des contextes de sécurité des aliments, un producteur alimentaire achèterait un produit à base de phages pour gérer le risque d'un agent pathogène cible», a dit Denes. Cependant, les phages contenus dans ce produit peuvent ne pas être efficaces contre toutes les souches d'une bactérie qui pourraient être présentes, dont il pourrait y en avoir plusieurs. Vikram a noté que l'utilisation de mélanges de phages avec différentes gammes d'hôtes peut être une façon de faire face à cette limitation, bien que de tels mélanges puissent toujours ne pas couvrir toutes les souches d'un agent pathogène qui pourraient constituer une menace.

Les phages ne se déplacent pas non plus à la recherche de leurs hôtes. Pour cette raison, il est essentiel de recouvrir adéquatement les aliments de phages pour s'assurer qu'ils rencontrent leurs agents pathogènes cibles. C'est plus facile à dire qu'à faire. «Différents aliments ont différents types de surfaces», a expliqué Vikram. «Les produits de volaille crus ont une surface plus rugueuse par rapport à une saucisse, qui a une surface plus lisse. Les légumes verts à feuilles ont une surface vraiment grande, très rugueuse et très ondulée», ce qui rend l'application du biocontrôle par des phages «extrêmement difficile», et c’est quelque chose qui nécessite une optimisation supplémentaire.

La résistance bactérienne aux phages peut également poser un problème. Denes a déclaré que le risque de résistance peut dépendre de la manière dont les phages sont utilisés : sont-ils appliqués aux aliments prêts à consommer à la fin de la production, ou les aliments sont-ils traités au début de la transformation ? Dans ce dernier cas, il peut y avoir plus de possibilités pour les phages de sélectionner la résistance. Dans cet esprit, le laboratoire de Denes a découvert que des expériences de co-évolution in vitro avec des phages et L. monocytogenes permettaient d'isoler des phages développés en laboratoire qui pourraient infecter des souches résistantes de l'agent pathogène. Les résultats suggèrent que de telles expériences pourraient aider à améliorer la gamme d'hôtes et l'efficacité du biocontrôle par des phages. L'utilisation de mélanges de phages avec différentes stratégies d'infection est également utile dans ce contexte, car ils peuvent réduire la fréquence d'émergence de mutants bactériens résistants aux phages. Dans le cas où un mutant résistant émergerait, Vikram a souligné qu'il est possible d'isoler des phages ayant une activité contre ce mutant à partir de sources naturelles.

Les bactéries peuvent résister aux phages de plusieurs manières, notamment en empêchant la liaison des phages et en interférant avec l'assemblage des particules de phage. Source : Seed D.K./PLOS Pathogens, 2015. Image sous licence CC BY 4.0.

Quelles sont les prochaines étapes?

Jusqu'à présent, les phages sont principalement utilisés pour des applications après-récolte, en particulier pour maîtriser la croissance de Salmonella dans la viande de volaille, bien que leur potentiel dans d'autres facettes du système alimentaire (par exemple, les cultures, le bétail, les produits) soit de plus en plus apprécié. Vikram a souligné que l'éducation sera essentielle pour élargir l'utilisation des phages dans l'industrie alimentaire. «Il y a encore beaucoup d'entreprises qui ne comprennent pas vraiment la technologie des phages en elle-même», a-t-il dit, décrivant le nombre d'entreprises confondant les phages avec des produits chimiques ou craignant de mettre des virus sur les aliments (rappelez-vous, ce sont des virus qui infectent uniquement bactéries). Vikram pense également que l'éducation des agences de réglementation, y compris la FDA des États-Unis, sur le fonctionnement des phages peut aider à faciliter une approbation plus rationalisée des produits à base de phages.

Pour Denes, l'avenir passe par la recherche. «Je pense que nous sommes maintenant à un stade dans le domaine de la recherche appliquée sur les phages où nous identifions des voies pour surmonter certains des défis [associés au biocontrôle par des phages], tels que l'émergence de la résistance aux phages, la diversité des conditions environnementales dont nous avons besoin. pour fonctionner et la diversité des agents pathogènes que nous devons pouvoir cibler», a-t-il dit. «Je pense que nous y arrivons en comprenant les mécanismes des interactions [phage-hôte] et en identifiant des outils, tels que évolution [ou] ingénierie du phage.

Cela étant dit, les phages ne sont pas la solution ultime pour maîtriser les pathogènes bactériens dans le système alimentaire. Ils ne sont qu'un outil de plus qui, lorsqu'il est associé à la manipulation, au stockage et à d'autres méthodes de maîtrise des aliments, aide à combattre les agents pathogènes et à assurer la sécurité des aliments, de la ferme à la fourchette.

«Biodiversité : de la science au sociétal» par Marcel Kuntz

«Biodiversité : de la science au sociétal», source article de Marcel Kuntz paru le jeudi 1er juin 2023 dans Factuel.

Le terme « biodiversity » semble avoir été utilisé pour la première fois par Raymond F. Dasmann, un biologiste de la conservation, dans son livre A different kind of country paru en 1968. Il s’agit d’une contraction de diversité biologique. La vraie mise en avant de ce néologisme est due au botaniste Walter G. Rosen qui organisa un congrès sur ce thème, qui eut lieu en 1986 à Washington.

Le culte de la «biodiversité» se pratique même pour les plantes les plus communes (c’est-à-dire des espèces qui prolifèrent !) et dans les endroits les plus improbables, comme ici aux abords de la rocade sud de Grenoble. Il est significatif que le terme quasi religieux de «respect» soit utilisé, et non «protection» qui ferait davantage apparaitre ici l’inanité de la démarche.

Le terme fut propagé largement les années suivantes pour servir de slogan scientifique, à la fois pour sensibiliser à la perte de cette diversité biologique et pour … obtenir des financements pour la biologie de la conservation.

Quand un terme scientifique devient un concept sociétal et un enjeu politique

Le Sommet de la Terre de Rio en 1992 inaugura le succès planétaire du néologisme « biodiversité » et lui permis de faire une entrée fulgurante dans la sphère politique : il devint l’un des thèmes de la bataille culturelle menée par l’écologie politique, qui l’éleva au rang de concept sociétal. Pour le professeur de Droit David Takacs, certains y ont vu l'occasion de changer notre « carte mentale » par rapport à la nature en en faisant un « instrument pour une défense zélée d'une construction sociale particulière de la nature ».

Son vrai sens scientifique (diversité dans la nature, à différents niveaux, voir ci-dessous) est oublié dans l’utilisation médiatique du terme, devenu synonyme de Nature et un élément incontournable du culte panthéiste qui lui est rendu en notre ère postmoderne.

Parler de « la » biodiversité » n’a souvent aucun sens

Scientifiquement, l'important dans biodiversité, c'est la diversité ! La diversité des écosystèmes, donc de paysages. Dans les écosystèmes, la diversité d'espèces et de leurs interactions. Et à l'intérieur des espèces, la diversité du patrimoine génétique. Sans oublier « les services rendus » par la biodiversité (pollinisation, fixation de l’azote atmosphérique, du gaz carbonique, épuration des eaux, etc.) : en 1997, Robert Costanza et collègues (Université du Maryland) dans une publication dans Nature l’évaluait à 33 000 milliards de dollars par an.

Pour identifier si le terme « biodiversité » est utilisé dans un sens scientifique (ou pas…), un petit test est facile à réaliser : relire les phrases contenant le terme en omettant « bio », pour ne conserver que « diversité ». Si la phrase a encore du sens, il est raisonnablement utilisé dans son sens scientifique ; dans le cas contraire il s’agit de son sens sociétal.

Vouloir « restaurer la biodiversité » n’a aucun sens

Quelle serait la référence ? Il y a 10 ans, 100 ans, 1000 ans ? C’est tout simplement une construction idéologique (une vision fixiste de la nature, de type Jardin d’Eden). En revanche, on peut tenter d’éviter de nouvelles pertes, ce qui est important, que l’on considère la valeur écologique, patrimoniale, esthétique, ou économique de la nature.

Cependant, il faudra toujours faire des compromis entre les intérêts des humains et la biodiversité. Nous serions ainsi bien inspirés de ne pas dicter notre vision du monde aux pays pauvres, qui aspirent légitimement à l’être moins…

On peut en penser ce que l’on veut, mais il faut reconnaitre que c’est également un choix idéologique que de donner, chez nous, la priorité absolue aux « abeilles » par rapport à la production agricole. Notamment de betteraves sucrières, dont les champs menacent en réalité peu les pollinisateurs, même si le risque d’effet secondaire n’est jamais nul lorsque l’on cherche à protéger les récoltes contre les maladies ou les ravageurs, c’est-à-dire des effets nuisibles de la biodiversité...

La diversité des utilisations politiques de la « biodiversité ».

Mettre en avant « la biodiversité » vous situe confortablement dans le Camp du Bien. Ce qui n’incite pas à faire preuve de nuances. Quels que soient les progrès réalisés, notamment en Europe, la biodiversité ne peut être que « menacée », « effondrée », etc., dans la narration dominante. De même, le terme « écosystème » est généralement associé à « fragile » ou « sensible ». L’autoflagellation est aussi une caractéristique de notre ère postmoderne… Sont rarement mentionnés les progrès réalisés : les nombreuses espèces réintroduites, les milieux désormais protégés, la multiplication des normes environnementales (quelquefois idéologiques), etc.

Pour certains scientifiques aussi (nous aurons l’occasion d’y revenir…), les interprétations catastrophistes de leurs études leur fournissent des arguments pour revendiquer de nouveaux financements pour leurs recherches.

La biodiversité n’a cependant pas le même sens lorsqu’elle est vue par les pays riches ou par les pays pauvres. Pour ces derniers, elle est souvent source de maladies et de pertes de récoltes. Pour les premiers, il existe une « crise de la biodiversité », intimement associée dans le récit médiatique à la « crise climatique ». Il faudrait donc s’engager dans une trajectoire soutenable, ce qui n’est pas faux. Cependant, la démarche porte en elle les causes de son échec si elle n’est conçue que comme une nouvelle façon de remettre en cause le « capitalisme », ou dans une version moins radicale « le modèle économique fondé sur la croissance », qui de plus ne serait pas assez vertueux, égalitaire, etc. La première menace pour la biodiversité ne niche-t-elle pas dans les utopies politiques ?

Marcel Kuntz est biologiste, directeur de recherche au CNRS, enseignant à l’Université Grenoble-Alpes, et  Médaille d’Or 2017 de l’Académie d’Agriculture de France. Son dernier ouvrage :  De la déconstruction au wokisme. La science menacée (VA Editions).  première menace pour la biodiversité ne niche-t-elle pas dans les utopies politiques ?

C’est une histoire d’un rappel très tardif d’une plante que l’on ne peut pas manger mais qu’on ne peut pas non plus garder chez soi

Tout nous incite à consommer végan, car voici que dans la rubrique ‘Alimentation’ de RappelConso, il y a un rappel d'une plante, un ficus !

En ce moment, rien n’est trop beau ou trop fort pour senser protéger la planète des risques environnementaux.

Après le ministre de l’économie qui faisait de la pub pour la fausse viande, après la Cour des comptes qui peut réduire le cheptel bovin afin de nous faire consommer moins de viande, voici RappelConso, l’application de la start-up nation de tous les rappels, qui nous signale le 23 mai 2023 dans la rubrique ‘Alimentation’ un risque environmental lié à la vente d’un ficus.

- IKEA rappelle le 17 mai 2023 le Ficus Microcarpa Ginseng en raison d’un potentiel risque de présence d’un nématode (ver)

- Risques encourus par le consommateur : Risque environnemental

- Description complémentaire du risque : Meloidogyne enterolobii ne présente aucun risque pour la sécurité ou la santé des consommateurs mais est nuisible pour les plantes. Il n’existe actuellement aucun traitement possible.

Cela étant, cette dernière assertion n’est pas totalement exacte selon Wikipédia.

- Informations complémentaires publiques : Les plantes doivent être retournées en magasin placées dans des doubles sacs en plastique. Si un rempotage a été réalisé dans un autre pot, veiller à désinfecter à l'eau de javel le pot d'origine et les outils utilisés. 

Notons aussi qu'en France, les «Ficus plante en pot, bonsaï/coloris assortis, 14 cm et Ficus plante en pot, bonsaï/coloris assortis, 22 cm ont été vendus depuis le 1er janvier 2023.»

En fait, il y a plus soucis dans ce rappel,

1. En premier lieu, la présence d’une plante non alimentaire dans la rubrique Alimentation,
2. Le second lieu, il y a un gros problème de calendrier, jugez plutôt …
- Des ficus sont en vente depuis le 1er janvier 2023,
- Ikea France rappelle le 17 mai 2023,

- Auchan France rappelle le 17 mai 2023,

- RappelConso informe du rappel le 23 mai 2023, soit 6 jours après Ikea,
- Ikea Belgique rappelle le 12 avril 2023,
- L’AFSCA de Belgique informe du rappel le 13 avril 2023,
- En Belgique, il est rapporté que les clients qui ont acheté les produits entre le 1er janvier et le 31 mars 2023 doivent de contacter IKEA pour obtenir un remboursement complet.

Conclusion

Nos amis belges ont bien de la chance d'avoir été informés plus d’un mois avant nous et sutout l'absence de concertation entre les Etats membres de l’UE est à noter, alors qu'elle est tant vantée par la Commission européenne. Merci qui ?

L'édition génomique, NGT ou NBT, en danger de moratoire à la COP15

Indifféremment appelées NGT (new genomic techniques), ou NBT (new breeding techniques pour «nouvelles techniques de sélection»), une kyrielle de nouveaux outils d'édition génomique (Crispr-Cas9, Talen, etc.) modifiant le matériel génétique d'êtres vivants ont émergé ces dernières années et ciblent en priorité les insectes et les plantes.

A la différence des OGM dits «transgéniques» qui introduisent un gène extérieur dans une plante ou un animal, ces nouvelles techniques permettent de modifier le génome d'un être vivant, sans ajout extérieur.

Leurs détracteurs parlent d'«OGM cachés» ou de «nouveaux OGM» et craignent des effets néfastes sur la biodiversité. Mais leurs partisans les voient comme des solutions pour la santé humaine, l'agriculture ou la conservation des espèces.

L'un des projets-phares est développé par la Fondation Bill & Melinda Gates pour rendre les moustiques femelles stériles au moyen de la technique du «forçage génétique» qui consiste à insérer une modification génétique sur les deux allèles d'un chromosome pour s'assurer que la modification soit transmise à l'ensemble des descendants. L'objectif est d'éradiquer le paludisme, dont les moustiques sont le vecteur, en Afrique.

Les NGT permettent également le «silençage génétique» qui inhibe certaines expressions génétiques chez les animaux ou les plantes. Les principaux poids lourds de l'agro-industrie, Bayer-Monsanto ou Syngenta, travaillent à l'élaboration de pesticides en spray d'ARN dit «interférent» qui iront neutraliser l'expression de certains gènes d'insectes. Cela permettrait de lutter contre des ravageurs de cultures tels que le doryphore qui décime les cultures de pommes de terre ou la drosophile asiatique qui s'attaque aux arbres fruitiers.

Du labo au champ

En ce qui concerne les plantes, l'utilisation des NBT permettrait d'«améliorer les plantes» en «les rendant résistantes à des virus, aux herbicides, ou de réduire leur stress hydrique», explique Christophe Robaglia, professeur en biologie à l'université Aix-Marseille et expert OGM auprès de l'Autorité européenne de sécurité des aliments.

Les défenseurs de ces NBT réclament l'autorisation de sortir ces technologies des laboratoires et de mener des essais en plein champ, notamment en Europe où ils tombent sous le coup de la règlementation des OGM dits transgéniques.

Dans l'Union européenne, le maïs MON810 de Monsanto résistant aux insectes est le seul OGM autorisé à la culture. Les produits issus des biotechnologies bénéficient d'un cadre beaucoup plus souple aux Etats-Unis, au Canada, en Argentine, au Brésil, au Japon et en Inde, notamment.

«La question n'est pas d'être pour ou contre, ce sont de simples techniques. Ce qui compte c'est l'application que l'on peut en faire et qu'il faut encadrer», ajoute M. Robaglia qui dénonce des règlements européens «obsolètes» sur les OGM et les NBT.

Moratoire

Pourtant certains à l’initiative de l'ONG française Pollinis et présentée à Montréal vendredi, les scientifiques (écologues, biologistes moléculaires, généticiens etc.) demandent le «respect du principe de précaution» à l'échelle mondiale «tant que les preuves n'auront pas été réunies établissant l'innocuité des effets directs et indirects d'une application de ces nouvelles biotechnologies génétiques, et de leurs produits, organismes et composants».

«Ces biotechnologies pourraient nuire aux populations d'insectes pollinisateurs et précipiter leur déclin» alors même qu'ils sont «essentiels à la biodiversité, aux fonctions écosystémiques, et augmentent le rendement des cultures», argumentent-ils.

C'est l'utilisation de ces techniques sur les insectes qui est la plus controversée.Les scientifiques signataires de l'appel craignent la propagation et en particulier des "transferts horizontaux de gènes" vers des espèces non-cibles, déséquilibrant les interactions entre espèces et donc l'ensemble de la biodiversité.

Les négociations de la COP15, qui dureront jusqu'au 19 décembre, portent notamment sur un éventuel moratoire. Leur issue pourrait mener soit vers une plus grande régulation soit au contraire vers une facilitation de leur usage.

Source AGIR.

Critères d'évaluation des risques liés aux plantes produites par mutagénèse dirigée, cisgénèse et intragénèse, selon l'EFSA

«Critères d'évaluation des risques liés aux plantes produites par mutagénèse dirigée, cisgénèse et intragénèse», questions les plus fréquentes par l’EFSA du 18 octobre 2022.

Dans une déclaration publiée le 18 octobre, les scientifiques de l'EFSA ont proposé six critères pour l'évaluation des risques associés à des plantes produites à l'aide des techniques génomiques de mutagenèse dirigée, cisgenèse et intragenèse. La Commission européenne a sollicité cet avis scientifique pour étayer son initiative politique en cours sur les nouvelles techniques génomiques.

La mutagénèse dirigée, la cisgénèse et l'intragénèse, c’est quoi ?

Ce sont des techniques de génie génétique, c’est-à-dire des processus qui modifient la structure génétique d'un organisme en modifiant, en supprimant ou en introduisant de l'ADN.

- La mutagénèse dirigée est un terme générique utilisé pour décrire des techniques qui induisent une ou des mutations spécifiques dans des emplacements ciblés du génome. Les changements se produisent sans insertion de matériel génétique.

- La cisgénèse fait référence à la modification du matériel génétique d'un organisme avec une séquence d’ADN de la même espèce ou d'une espèce étroitement apparentée. La nouvelle séquence contient une copie exacte de la séquence déjà présente dans la réserve génétique des phytotechniciens ; ce réservoir constitue l'ensemble de toutes les informations génétiques pour une espèce donnée disponible pour une utilisation par les sélectionneurs.

- L’intragénèse fait référence à la modification du matériel génétique d'un organisme à l’aide d’une combinaison de différentes séquences de la même espèce ou d'une espèce étroitement apparentée. La nouvelle séquence contient un copie réorganisée de séquences déjà présentes dans le réservoir génétique des sélectionneurs.

Vous trouverez des réponses (en principe) aux questions suivantes,

- En quoi les plantes produites grâce à ces nouvelles techniques génomiques sont-elles différentes des plantes produites par les techniques de génie génétique établies ou par les techniques de sélection traditionnelle ?

- Quels critères les experts proposent-ils d'utiliser pour évaluer les risques liés à des plantes produites par mutagénèse dirigée, cisgénèse ou intragénèse ?

- Qu’entend-on par «historique d'utilisation» et comment peut-il être évalué ?

- La déclaration aborde-t-elle la question des effets non ciblés ?

- Pourquoi la Commission européenne a-t-elle demandé cet avis scientifique à l’EFSA ?

- Quel est le rôle de l’EFSA dans le domaine des nouvelles techniques génomiques ?

- Les citoyens de l'UE sont-ils conscients ou préoccupés par l'utilisation de nouvelles techniques génomiques dans la production alimentaire ?

- Comment puis-je en savoir plus sur les travaux de l'EFSA en matière de nouvelles techniques génomiques ?

Il est dit que «Les travaux de l'EFSA étayeront l'initiative politique en cours de la Commission européenne dans le domaine des nouvelles techniques génomiques. Voir le site internet de la Commission (uniquement en anglais) pour en savoir plus.»

Méfiance donc, non pas sur les nouvelles techniques génomiques, mais sur ce que compte en faire la Commission européenne ...

Suisse: vers une autorisation des nouvelles techniques de sélection des plantes

Heureusement, la Suisse n’est pas dans l’UE, et de plus, à ma connaissance, il n’y a pas non plus d’imbéciles du nom de ‘faucheurs volontaires’. Voici donc que «le Conseil fédéral est chargé d'autoriser les nouvelles techniques de sélection des plantes», source Agence Télégraphique Suisse (ATS) du 8 mars 2022.

Le moratoire sur les OGM dans l'agriculture doit être assoupli. Le Conseil des Etats a tacitement chargé mardi le Conseil fédéral de présenter un cadre légal pour autoriser les plantes et semences obtenues au moyen des nouvelles techniques de sélection.

Les sénateurs ont tacitement suivi la décision prise la semaine dernière par le National. Le Conseil fédéral doit présenter d'ici la fin du premier semestre 2024 un projet d'acte visant à instaurer un régime d'homologation pour les organismes auxquels aucun matériel génétique étranger n'a été ajouté.

Cela concerne notamment les techniques Crispr/Cas, surnommé «ciseaux moléculaires». Depuis l'introduction du moratoire, la recherche a avancé, a indiqué Hannes Germann (UDC/SH) pour la commission. «Ces nouvelles méthodes permettront de réagir aux défis climatiques». La recherche demande depuis longtemps cette avancée.

Solution pragmatique

La commission du Conseil des Etats s'est montrée satisfaite de cette proposition qui ouvre une voie pragmatique, a-t-il ajouté. Cela permettra d'examiner si ce régime d'homologation doit faire partie ou non de la loi sur le génie génétique.

«Il est grand temps de donner une chance aux nouvelles méthodes de sélection», a renchéri Andrea Gmür (Centre/LU). Pour elle, il faut vraiment que la prolongation du moratoire soit la dernière.

Jakob Stark (UDC/TG), qui avait voté en décembre contre une introduction trop rapide de ces OGM, est désormais satisfait. Le Conseil fédéral pourra décider sur la base de résultat concret de la recherche en faveur de l'agriculture, selon lui.

Travaux déjà en route

En décembre dernier, le Conseil des Etats aurait voulu directement introduire dans la loi sur le génie génétique une exception pour ces organismes génétiquement modifiés. Mais le National a freiné ces ardeurs et voté pour ce compromis.

Il revient désormais au gouvernement de proposer un régime d'homologation. La gauche a échoué à mieux encadrer cette ouverture. Elle aurait notamment voulu des garanties sur les questions de responsabilité, sur les coûts liés à une coexistence des cultures OGM et conventionnelles et sur la liberté de choix des consommateurs.

Le Conseil fédéral a déjà entamé les travaux sur les nouvelles techniques de sélection en réponse à trois postulats tandis que l'UE élabore une nouvelle réglementation. Saisi du mandat du Parlement, il devra en plus légiférer. La conseillère fédérale Simonetta Sommaruga a indiqué qu'elle pouvait vivre avec ce compromis.

Actuellement, la culture d'OGM n'est autorisée en Suisse qu'à des fins de recherche. Le moratoire sur l'utilisation de ces organismes dans l'agriculture est en vigueur depuis l'acceptation d'une initiative populaire en 2005. D'une durée de quatre ans, il a été déjà prolongé trois fois. L'an dernier, les deux Chambres ont donné leur accord à une quatrième prolongation jusqu'en 2025.

Aux lecteurs du blog

Pour une triste question d’argent, 500 euros, la revue PROCESS Alimentaire prive les lecteurs de 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles, étant donné le nombre important de lecteurs. Le départ du blog de la revue a été uniquement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog.

Des souches bactériennes modifiées par l'édition génomique pourraient fertiliser les cultures et réduire la pollution des cours d'eau

«Des souches bactériennes modifiées pourraient fertiliser les cultures et réduire la pollution des cours d'eau», source ASM News.

Des chercheurs de l'Université de l'État de Washington ont conçu des souches de la bactérie du sol omniprésente et fixatrice d'azote Azotobacter vinelandii pour produire de l'ammoniac et l'excréter à des concentrations élevées, en le transférant dans des plantes cultivées au lieu d'engrais chimiques conventionnels.

«Nous avons présenté des preuves concluantes que l'ammoniac libéré est transféré aux plants de riz», a dit Florence Mus de l'Institut de chimie biologique de l'Université de l'État de Washington. «Notre approche unique vise à fournir de nouvelles solutions au défi de remplacer les engrais industriels par des bactéries sur mesure.»

En d'autres termes, cette approche pourrait réduire une source majeure de pollution environnementale. L’étude est publiée dans Applied and Environmental Microbiology, une revue de l'American Society for Microbiology.

Les chercheurs ont utilisé des techniques d'édition génomique pour concevoir A. vinlandii afin de produire de l'ammoniac à un niveau constant, quelles que soient les conditions environnementales entourant la bactérie, et de l'excréter à des concentrations suffisamment élevées pour fertiliser efficacement les cultures.

L'utilisation de techniques d'édition génomique au lieu d'insérer des transgènes dans le génome de A. vinlandii a permis d'éviter les exigences réglementaires qui auraient rendu le processus de développement plus lent, plus difficile et plus coûteux.

La motivation scientifique de la recherche était un intérêt à mieux comprendre la fixation de l'azote, c'est-à-dire les processus chimiques par lesquels l'azote atmosphérique est assimilé en composés organiques dans le cadre du cycle de l'azote. «Notre travail aide à fournir une compréhension plus complète et fondamentale des facteurs qui sous-tendent l'expression des gènes dans un micro-organisme modèle fixateur d'azote et définit la biochimie qui entraîne l'excrétion d'ammoniac chez A. vinelandii», a dit Mus.

La motivation pratique de la recherche était de réduire les principaux problèmes de pollution de l'eau qui surviennent lorsque l'excès d'engrais azoté est emporté dans les cours d'eau. Cela provoque des proliférations d'algues qui appauvrissent l'oxygène et tuent les poissons et autres formes de vie aquatique, créant des «zones mortes» dans les lacs, les rivières et les étendues océaniques. La zone morte dans le nord du golfe du Mexique couvre près de 6 400 milles carrés.

À cette fin, les chercheurs conçoivent des bactéries pour produire de l'ammoniac à un rythme régulier. Mais ils s'attendent à pouvoir concevoir différents groupes de A. vinlandii pour produire de l'ammoniac à des taux différents pour répondre aux besoins des différentes espèces de plantes cultivées. Cela permettrait à tout l'ammoniac produit d'être utilisé par les plantes, plutôt que d'être emporté dans les cours d'eau.

«L'adoption généralisée réussie de ces biofertilisants pour l'agriculture réduirait la pollution, fournirait des moyens durables de gérer le cycle de l'azote dans le sol, réduirait les coûts de production et augmenterait les marges bénéficiaires des agriculteurs et améliorerait la production alimentaire durable en améliorant la fertilité des sols», a dit Mus.

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Pour une triste question d’argent, 500 euros, la revue PROCESS Alimentaire prive les lecteurs de 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles, étant donné le nombre important de lecteurs. Le départ du blog de la revue a été uniquement motivé par un manque de réactivité dans la maintenance du blog. 

Le gouvernement britannique ouvre la voie à l'édition génomique. Et elle est où l'UE ?

Le gouvernement britannique a mis en ligne un document sur «Plans pour libérer le pouvoir de l'édition génomique (gene editing) dévoilés»

L'utilisation de technologies d'édition génomique doit être activée pour aider à mieux protéger l'environnement.

De nouveaux plans pour libérer le pouvoir de l'édition génomique pour aider nos agriculteurs à cultiver des cultures plus résistantes, plus nutritives et plus productives ont été publiés dans le cadre de la réponse du gouvernement à la consultation sur l'édition génomique, annoncée aujourd'hui (29 septembre) par le secrétaire à l'Environnement George Eustice.

La réponse explique comment nous prévoyons d'ouvrir la voie à l'utilisation de technologies de l'édition génomique, qui peuvent aider à mieux protéger l'environnement.

L'édition génomique est un outil qui rend la sélection végétale plus précise et efficace afin que nous puissions produire des cultures plus nutritives, résistantes aux ravageurs et aux maladies, plus productives et plus bénéfiques pour l'environnement, aidant les agriculteurs et réduisant les impacts sur l'environnement.

La recherche pourrait conduire à des variétés de betterave sucrière résistantes aux virus qui peuvent entraîner de graves pertes de rendement et des coûts pour les agriculteurs à moins que des pesticides ne soient utilisés. Ces nouvelles variétés contribueraient à rendre nos agriculteurs plus productifs et, surtout, réduiraient également le besoin de pesticides chimiques, protégeant ainsi nos abeilles et autres insectes pollinisateurs.

L’édition génomique est différente de la modification génétique, car elle n'entraîne pas l'introduction d'ADN d'autres espèces et crée de nouvelles variétés similaires à celles qui pourraient être produites plus lentement par des processus de sélection naturels - mais actuellement, elles sont réglementées de la même manière que organismes génétiquement. Modifiés.

La sortie de l'UE permet au Royaume-Uni d'établir ses propres règles, ouvrant la possibilité d'adopter une approche plus scientifique et proportionnée de la réglementation des technologies génétiques. Dans un premier temps, le gouvernement modifiera les règles relatives à l'édition génomique pour réduire les formalités administratives et faciliter la recherche et le développement.

L'accent sera mis sur les plantes produites par des technologies génétiques, où des changements génétiques pourraient avoir eu lieu naturellement ou pourraient avoir été le résultat de méthodes de sélection traditionnelles.

Le secrétaire à l'Environnement George Eustice a déclaré :

«L'édition génomique a la capacité d'exploiter les ressources génétiques que la nature a fournies. C'est un outil qui pourrait nous aider à relever certains des plus grands défis auxquels nous sommes confrontés, autour de la sécurité des aliments, du changement climatique et de la perte de biodiversité.

En dehors de l'UE, nous sommes en mesure de favoriser l'innovation pour aider à cultiver des plantes plus fortes et plus résistantes au changement climatique.

Nous travaillerons en étroite collaboration avec des groupes agricoles et environnementaux pour nous assurer que les bonnes règles sont en place.

Le conseiller scientifique en chef du Defra (ministère d el’agriculture -aa), Gideon Henderson, a déclaré:

«Les technologies d'édition génomique offrent un moyen plus précis d'introduire des changements génétiques ciblés - en apportant les mêmes types de changements aux plantes et aux animaux qui se produisent plus lentement naturellement ou par le biais de la sélection traditionnelle.

Ces outils nous permettent d'exploiter la richesse de la variation naturelle pour construire de meilleures récoltes, accélérant un processus que les humains ont suivi par le biais de la sélection depuis des centaines d'années.

Il existe des opportunités intéressantes pour améliorer l'environnement, et nous pouvons également produire de nouvelles variétés plus saines à manger et plus résistantes au changement climatique.

Les scientifiques continueront d'être tenus d'informer le Defra de tout essai de recherche. Les changements prévus allégeront le fardeau de la recherche et du développement impliquant des plantes, en utilisant des technologies telles que l'édition génomique, pour les aligner sur les plantes développées à l'aide de méthodes de sélection traditionnelles.

La prochaine étape consistera à revoir les définitions réglementaires d'un organisme génétiquement modifié, afin d'exclure les organismes produits par édition génomique et d'autres technologies génétiques s'ils auraient pu être développés par sélection traditionnelle. La réglementation sur les OGM continuerait de s'appliquer lorsque l'édition génomique introduit de l'ADN d'autres espèces dans un organisme.

Le gouvernement examinera les mesures appropriées nécessaires pour permettre aux produits issus de l’édition génomique d'être mis sur le marché de manière sûre et responsable. À plus long terme, cela sera suivi d'un examen plus large de l'approche de l'Angleterre en matière de réglementation des OGM.

Nous nous engageons à respecter les normes les plus élevées en matière de sécurité environnementale et alimentaire au Royaume-Uni. Il n'y aura pas d'affaiblissement de nos normes strictes de sécurité des aliments. Les aliments modifiés génétiquement ne seront autorisés à être commercialisés que s'ils sont jugés ne pas présenter de risque pour la santé, ne pas induire les consommateurs en erreur et ne pas avoir une valeur nutritionnelle inférieure à celle de leurs homologues non génétiquement modifiés.

Le gouvernement continuera de travailler avec des groupes agricoles et environnementaux pour élaborer les bonnes règles et s'assurer que des contrôles solides sont en place pour maintenir les normes les plus élevées en matière de sécurité des aliments et de protection de l'environnement, tout en soutenant la production d'aliments plus sains.

Le professeur Robin May, conseiller scientifique en chef de la Food Standards Agency, a déclaré :

«Il y a d'importants avantages à changer la façon dont nous réglementons les technologies génétiques, pour nous assurer que le système est aussi à jour que possible et qu'il prend bien en compte les nouvelles technologies et les découvertes scientifiques.

«Nous soutenons le choix des consommateurs et reconnaissons les avantages potentiels que les plantes et les animaux issus de l’édition génomique peuvent apporter au système alimentaire.

«Nous travaillons en étroite collaboration avec le Defra et une série d'autres partenaires pour garantir que les modifications potentielles de la réglementation des technologies génétiques maintiendront les normes alimentaires élevées dont bénéficient actuellement les consommateurs britanniques.

Samantha Brooke, directrice générale de la British Society of Plant Breeders, a déclaré: :

«Changer la façon dont les nouvelles technologies de sélection agricole sont réglementées, en sortant l'édition génomique du champ d'application des règles sur les OGM, encouragera la recherche et l'innovation pour développer des aliments plus sains et plus nutritifs, et pour rendre les systèmes agricoles plus durables et résilients face au changement climatique.

«L'édition génomique consiste à apporter les modifications souhaitées à une plante ou à un animal qui auraient pu se produire naturellement ou par sélection conventionnelle, mais plus rapidement et avec une plus grande précision. Le développement d'une variété de culture améliorée en utilisant la sélection conventionnelle, par exemple pour améliorer sa qualité nutritionnelle ou sa résistance aux maladies, peut prendre jusqu'à 15 ans, mais l'édition génomique peut aider à réduire considérablement ce délai.

«Sans la contribution de la sélection végétale au cours des 20 dernières années, les agriculteurs auraient produit 20% de nourriture en moins dans ce pays, ce qui signifie qu'il aurait fallu 1,8 million d'hectares de terres supplémentaires pour répondre à nos besoins alimentaires. Cette expansion aurait eu un impact sur les écosystèmes vulnérables et aurait généré 300 millions de tonnes supplémentaires d'émissions de gaz à effet de serre.

«Les réglementations actuelles sur la sélection végétale et les semences favorisent une production alimentaire plus sûre et plus durable, et ce système de réglementation peut également englober de nouvelles variétés de cultures produites à l'aide de techniques d'édition de gènes, qui reproduisent ce que font déjà les sélectionneurs de plantes, mais d'une manière beaucoup plus rapide et plus ciblée.

«Nous nous félicitons vivement du plan du gouvernement visant à rendre les contrôles de l'édition génomique plus fondés sur la science. Cela envoie un signal clair que le Royaume-Uni est engagé sur une trajectoire plus favorable à l'innovation en dehors de l'UE. Cela stimulera certainement les perspectives des entreprises de sélection végétale, grandes et petites, ainsi que des scientifiques du secteur public, de continuer à améliorer nos cultures vivrières au profit de la société et de l'environnement.

La professeur Helen Sang OBE, chef de la division de la génétique fonctionnelle et du développement, The Roslin Institute a déclaré :

«L'édition génomique offre des opportunités majeures pour relever les défis combinés de l'augmentation rapide de la demande mondiale d'aliments sains et nutritifs avec l'objectif de zéro émission nette de carbone.

«Je salue l'annonce d'aujourd'hui comme une première étape vers la réduction des obstacles réglementaires inutiles et non scientifiques à l'utilisation de techniques de sélection avancées qui sont précises et ciblées, nous permettant d'apporter des modifications génétiques spécifiques.

«L'adoption d'une approche plus proportionnée et plus habilitante de la réglementation ouvrira des opportunités accrues pour la collaboration internationale en matière de recherche, les investissements étrangers et les exportations basées sur la technologie, ce qui donnera un élan majeur à la science britannique.

Mise à jour du 30 septembre 2021. On lira la réponse de la Food Standards Agency aux propositions du gouvernement britannique.

Avis aux lecteurs

Voici une liste des rappels du 28 septembre 2021: 13 produits

- oxyde d’éthylène: 6

- corps étrangers: 4, quatre avis de rappel: deux avis de rappel pour tartes, tartelettes et quiches (fragments de métaux), un avis de rappel pour des escargots au raisins (morceaux de plastique souple blanc) et un avis de rappel pour des pains aux raisins beurre (morceaux de plastique souple blanc) de marque Bridor, source Auchan. Ce dernier rappel est-il un oubli de RappelConso ?

- Listeria monocytogenes: 2, salade de lentilles vertes au tofu, saumon fumé

- allergène: 1, pignon de pin (allergène pistache), source Carrefour. Oubli de RappelConso ?