Une nouvelle approche cible norovirus, principale cause mondiale d'infection d'origine alimentaire

Légende. Les cellules intestinales (noyaux représentés en bleu) sont infectées par une souche de rotavirus génétiquement modifiée pour porter un gène de norovirus (vert). Des chercheurs de la faculté de médecine de l'Université de Washington à Saint-Louis ont trouvé un moyen créatif de fabriquer un vaccin contre norovirus, la principale cause d'infections d'origine alimentaire, en s'appuyant sur le rotavirus, un virus non apparenté pour lequel il existe déjà plusieurs vaccins très efficaces.

«Une nouvelle approche cible norovirus, principale cause mondiale d'infection d'origine alimentaire », source communiqué de Washington University School of Medicine in St. Louis.

Le vaccin double comprenant deux virus causant la diarrhée génère des anticorps contre les deux.

Chaque année, norovirus provoque des centaines de millions de cas d'intoxication alimentaire - et la mort d'au moins 50 000 enfants, mais il n'existe aucun moyen réel de le maîtriser. Le virus s'est avéré exceptionnellement difficile à étudier en laboratoire, et les scientifiques ont eu du mal à développer des vaccins et des médicaments efficaces.

Une nouvelle étude de la Washington University School of Medicine à St. Louis décrit une manière créative de fabriquer un vaccin contre norovirus en s'appuyant sur les vaccins très efficaces contre rotavirus, un virus non apparenté qui provoque également la diarrhée.

Les chercheurs ont créé un vaccin expérimental combiné rotavirus-norovirus en ajoutant une protéine clé du norovirus à une souche inoffensive de rotavirus. Les souris qui ont reçu le vaccin expérimental ont produit des anticorps neutralisants contre le rotavirus et le norovirus. L'étude, disponible en ligne dans Proceedings of the National Academy of Sciences, décrit une approche innovante pour prévenir l'une des infections virales les plus courantes et les plus incurables.

«Presque tout le monde a eu un norovirus à un moment donné», a déclaré l'auteur principal Siyuan Ding, professeur adjoint de microbiologie moléculaire. «Vous sortez pour manger, et la prochaine chose que vous savez, c'est que vous vomissez et avez la diarrhée. Vous récupérerez, mais ça va être dur pendant trois jours environ. Cependant, pour les enfants des pays en développement qui n'ont pas accès à de l'eau potable, cela peut être mortel. Les vaccins contre rotavirus fonctionnent très bien, et il existe déjà des systèmes de distribution mondiaux mis en place pour eux, donc sur cette base, nous avons vu une opportunité de faire enfin des progrès contre norovirus.»

Avant le lancement des premiers vaccins contre rotavirus en 2006, un demi-million d'enfants dans le monde mouraient chaque année de diarrhée causée par une infection à rotavirus. Maintenant, le nombre est estimé à environ 200 000, c’est toujours élevé mais c’est une énorme amélioration. Quatre vaccins contre rotavirus sont utilisés dans le monde. Tous sont des vaccins à virus vivants, ce qui signifie qu'ils sont basés sur des formes affaiblies du rotavirus capables de déclencher une réponse immunitaire mais pas de rendre les gens malades.

Le norovirus humain, en revanche, a entravé la recherche scientifique pendant des décennies. Il n'infecte pas les souris ou les rats ou tout autre animal de laboratoire ordinaire, de sorte que les types d'expériences qui ont conduit au développement de vaccins contre le rotavirus ont été impossibles à reproduire avec le norovirus.

Ding et ses collègues, dont le premier auteur Takahiro Kawagishi, un scientifique du laboratoire de Ding, et l'auteur co-correspondant Harry B. Greenberg, professeur émérite de médecine à l'Université de Stanford, ont eu l'idée d'utiliser le rotavirus pour contourner les difficultés techniques de travailler avec le norovirus. Ils ont travaillé avec une souche de laboratoire de rotavirus en remplacement de l'un des vaccins antirotavirus approuvés, qui sont exclusifs.

Les chercheurs ont inséré le gène de la protéine qui forme la surface externe du norovirus humain dans le génome de la souche de laboratoire de rotavirus. Ensuite, ils ont administré le rotavirus modifié à des souris infantiles immunodéprimées par voie orale, de la même manière que les vaccins antirotavirus sont administrés aux enfants. Ils ont prélevé des échantillons de sang et de matières fécales quatre, six et huit semaines plus tard. Neuf semaines après la première immunisation, les chercheurs ont administré aux souris un rappel par injection et ont de nouveau prélevé des échantillons une semaine plus tard.

Une forte réponse anticorps était évidente dans le sang de 9 sur 11 souris testées et dans les intestins des 11 souris. Mieux encore, certains des anticorps du sang et des intestins ont pu neutraliser les deux virus dans des cultures de «mini-intestin» humains in vitro. Ces cultures, également appelées organoïdes, sont cultivées à partir de cellules souches humaines et répliquent la surface de l'intestin humain.

«Traditionnellement, les études sur les vaccins se sont concentrées sur la réponse des anticorps dans le sang, car nous comprenons que cette partie de la réponse immunitaire est la meilleure», a dit Ding. «Mais norovirus et rotavirus sont des virus intestinaux, donc les anticorps dans le sang sont moins importants que ceux dans les intestins pour combattre ces virus. Le fait que nous ayons vu une forte réponse en anticorps dans les intestins est un bon signe.»

La prochaine étape consiste à montrer que les animaux immunisés avec le vaccin expérimental sont moins susceptibles de tomber malades ou de mourir de norovirus. Ding a de telles expériences en cours.

La puissance de cette étude est qu'elle décrit une nouvelle approche qui pourrait accélérer le développement de vaccins pour une variété d'organismes gênants qui causent la diarrhée, en particulier dans les pays aux ressources limitées où bon nombre de ces infections se produisent. 

«Il existe de nombreux agents pathogènes intestinaux pour lesquels nous n'avons pas de bons traitements ou vaccins», a dit Ding. «En principe, nous pourrions mettre un gène de n'importe quel organisme qui infecte le tractus intestinal dans le vaccin antirotavirus pour créer un vaccin bivalent. Il faudrait bien sûr trouver les bonnes cibles pour produire une bonne réponse immunitaire, mais le principe est simple.

«En tant que chercheur fondamental, nous avons rarement la chance de faire avancer quelque chose en clinique», a poursuivi Ding. «Nous étudions ce que fait le virus et comment l'hôte réagit à un niveau de base. Il s'agit d'une occasion rare pour notre travail d'affecter directement la santé humaine et d'améliorer la vie des gens.

Gastro-entérites aiguës en 2021-2022 : Niveau comparable aux saisons pré-COVID

«Gastro-entérites aiguës : bilan des saisons hivernales 2020-2021 et 2021-2022», source Santé publique France du 28 février 2023.

Chaque année, une augmentation des gastro-entérites aiguës (GEA) est observée causée principalement par la circulation des norovirus et des rotavirus. Les norovirus sont responsables de GEA chez les personnes de tous âges alors que les rotavirus touchent majoritairement les enfants de moins de 5 ans.

Pendant la saison hivernale, Santé publique France surveille, avec son réseau de partenaires, l’évolution épidémiologique des gastro-entérites aiguës et publie chaque semaine sur son site internet des bulletins épidémiologiques nationaux et régionaux. Ces données sont également mises à disposition en open data sur Géodes.

Santé publique France publie le bilan de surveillance hivernale qui recouvre les saisons 2020-2021 et 2021-2022 en France métropolitaine et rappelle les gestes simples à adopter pour limiter le risque de contamination.

2020-2021 : une saison marquée par un niveau d’activité historiquement bas

Le faible niveau d’activité observé à partir de mars 2020 (fin de saison 2019-2020), dans le contexte de la pandémie de COVID-19, s’est poursuivi au cours de la saison 2020-2021. En médecine de ville ou encore dans les services des urgences hospitaliers, l’activité est restée relativement stable et inférieure aux années antérieures à la pandémie de COVID-19 dans toutes les régions métropolitaines.

Un retour à une activité comparable aux saisons pré-COVID pendant l’hiver 2021-2022

Les niveaux d’activité enregistrés sur toute la saison 2021-2022 étaient de nouveau comparables à ceux observés lors des saisons pré-COVID. Aux urgences hospitalières, l’activité pour gastro-entérites aiguës est restée proche des maximums historiques, de décembre 2021 à avril 2022. Les consultations chez SOS Médecins étaient similaires aux données observées avant la pandémie de COVID-19.

Conclusion

Pendant la saison hivernale 2021-2022, l’activité pour la population tout âge était de nouveau comparable aux saisons pré-COVID. Pour la population des enfants des moins de cinq ans, l’activité était particulièrement marquée par une forte hausse à partir de mi-novembre 2021, atteignant des niveaux d’activité comparables aux maximums observés lors des saisons pré-COVID à la même période. Cette reprise importante de l’activité dans cette tranche d’âge pourrait s’expliquer par le manque d’immunisation acquise contre les virus les plus fréquemment isolés (rotavirus et norovirus) chez deux cohortes d'enfants nés en 2020 et 2021, augmentant ainsi le nombre d’enfants sensibles. En effet, les mesures barrières prises pour contrôler l’épidémie COVID-19 (confinements, fermeture des écoles maternelles...) ont pu limiter la circulation des virus entériques. Source Gastro-entérite aiguë. Bilan de la surveillance hivernale en métropole, saisons 2020-2021 et 2021-2022.

Evolution hebdomadaire de la proportion de passages aux urgences hospitalières pour GEA en métropole, tout âge, données Oscour, saisons hivernales 2018-2022

Prévention: comment diminuer le risque de gastro-entérite aiguë ?

- Se laver fréquemment les mains (privilégier l’eau et le savon, sinon un produit hydro-alcoolique) est une des meilleures façons de limiter la transmission des virus entériques
- Nettoyer soigneusement et régulièrement les surfaces à risque élevé de transmission (dans les services de pédiatrie, les crèches, institutions accueillant les personnes âgées), certains virus (rotavirus et norovirus) étant très résistants dans l’environnement
- Se réhydrater précocement à l'aide des solutés de réhydratation orale (SRO), en particulier chez le nourrisson, afin de prévenir les complications de la diarrhée aiguë
- La vaccination contre les rotavirus est désormais recommandée en France pour tous les nourrissons.
Les deux vaccins disponibles ont montré en vie réelle leur très grande efficacité sur la réduction des gastroentérites et des hospitalisations associées au rotavirus dans les pays industrialisés les utilisant depuis de nombreuses années. Leur administration par voie orale facilite leur administration. La vaccination nécessite deux ou trois doses selon le vaccin. Elle doit être débutée à deux mois et être achevée à six ou huit mois au plus tard selon le vaccin.

Commentaire

Le terme ‘coquillages’ ou ‘huîtres’ n’apparaît dans les documents proposés, un oubli sans doute …

Des scientifiques du NIH découvrent que norovirus et d'autres «virus de l'estomac» peuvent se propager par la salive

Une vue microscopique des cellules épithéliales acineuses des glandes salivaires (rose) infectées par des rotavirus (vert), un type de virus entérique, chez une souris, Nihal Altan-Bonnet (NIH/NHLBI).

«Des scientifiques du NIH découvrent que norovirus et d'autres «virus de l'estomac» peuvent se propager par la salive», source National Institutes of Health.

Une classe de virus connus pour provoquer de graves maladies diarrhéiques, dont celles connues pour ses épidémies généralisées sur les navires de croisière, peut se développer dans les glandes salivaires des souris et se propager par leur salive, ont découvert des scientifiques des National Institutes of Health. Les résultats montrent qu'il existe une nouvelle voie de transmission pour ces virus courants, qui affligent des milliards de personnes chaque année dans le monde et qui peuvent être mortels.

La transmission de ces soi-disant virus entériques par la salive suggère que tousser, parler, éternuer, partager de la nourriture et des ustensiles, et même s'embrasser ont tous le potentiel de propager les virus. Les nouvelles découvertes doivent encore être confirmées par des études humaines.

Les résultats, qui paraissent dans la revue Nature, pourraient conduire à de meilleures façons de prévenir, de diagnostiquer et de traiter les maladies causées par ces virus, ce qui pourrait sauver des vies. L'étude a été menée par le National Heart, Lung, and Blood Institute (NHLBI), qui fait partie du NIH.

Les chercheurs savent depuis un certain temps que les virus entériques, tels que les norovirus et les rotavirus, peuvent se propager en mangeant des aliments ou en buvant des liquides contaminés par des matières fécales contenant ces virus. On pensait que les virus entériques contournaient la glande salivaire et ciblaient les intestins, sortant plus tard par les matières fécales. Bien que certains scientifiques aient soupçonné qu'il pourrait y avoir une autre voie de transmission, cette théorie est restée largement non testée jusqu'à présent.

Les chercheurs devront maintenant confirmer que la transmission salivaire des virus entériques est possible chez l'homme. S'ils découvrent que c'est le cas, ont déclaré les chercheurs, ils pourraient également découvrir que cette voie de transmission est encore plus courante que la voie conventionnelle. Une telle découverte pourrait aider à expliquer, ont-ils dit, pourquoi le nombre élevé d'infections par des virus entériques chaque année dans le monde ne tient pas suffisamment compte de la contamination fécale comme seule voie de transmission.

«C'est un territoire complètement nouveau car on pensait que ces virus ne se développaient que dans les intestins», a dit l'auteur principal Nihal Altan-Bonnet, chef du Laboratory of Host-Pathogen Dynamics au NHLBI. «La transmission salivaire des virus entériques est une autre couche de transmission que nous ignorions. C'est une toute nouvelle façon de penser à la façon dont ces virus peuvent se transmettre, comment ils peuvent être diagnostiqués et, surtout, comment leur propagation pourrait être réduite.»

Altan-Bonnet, qui a étudié les virus entériques pendant des années, a dit que la découverte était complètement fortuite. Son équipe avait mené des expériences avec des virus entériques chez des souris infantiles, qui sont les modèles animaux de choix pour étudier ces infections car leurs systèmes digestif et immunitaire immatures les rendent sensibles aux infections.

Pour la présente étude, les chercheurs ont nourri un groupe de souris nouveau-nées âgées de moins de 10 jours avec du norovirus ou du rotavirus. Les souriceaux ont ensuite été remis dans des cages et autorisés à allaiter leurs mères, qui étaient initialement exemptes de virus. Après seulement une journée, l'un des membres de l'équipe d'Altan-Bonnet, chercheur au NHLBI et co-auteur de l'étude, Sourish Ghosh, a remarqué quelque chose d'inhabituel. Les souriceaux ont montré une augmentation des anticorps IgA, d'importants composants de lutte contre la maladie, dans leurs intestins. C'était surprenant étant donné que les systèmes immunitaires des souriceaux étaient immatures et qu'on ne s'attendait pas à ce qu'ils fabriquent leurs propres anticorps à ce stade.

Ghosh a également remarqué d'autres choses inhabituelles: les virus se reproduisaient dans le tissu mammaire de la mère (cellules des canaux galactophores) à des niveaux élevés. Lorsque Ghosh a recueilli du lait des seins des mères souris, il a constaté que le moment et les niveaux de la poussée d'IgA dans le lait des mères reflétaient le moment et les niveaux de la poussée d'IgA dans les intestins de leurs petits. Il semble que l'infection dans les seins des mères ait stimulé la production d'anticorps IgA anti-virus dans leur lait maternel, ce qui a finalement aidé à éliminer l'infection chez leurs petits, ont déclaré les chercheurs.

Désireux de savoir comment les virus sont entrés dans le tissu mammaire des mères en premier lieu, les chercheurs ont mené des expériences supplémentaires et ont découvert que les souriceaux n'avaient pas transmis les virus à leurs mères par la voie conventionnelle, en laissant des excréments contaminés dans un logement partagé pour que leurs mères puissent ingérer. C'est à ce moment-là que les chercheurs ont décidé de voir si les virus présents dans le tissu mammaire des mères pouvaient provenir de la salive des chiots infectés et se propager d'une manière ou d'une autre pendant l'allaitement.

Pour tester la théorie, Ghosh a collecté des échantillons de salive et des glandes salivaires des souriceaux et a découvert que les glandes salivaires reproduisaient ces virus à des niveaux très élevés et éliminaient les virus dans la salive en grande quantité. Des expériences supplémentaires ont rapidement confirmé la théorie salivaire: la tétée avait causé une transmission virale de la mère au souriceau et du souriceau à la mère.

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Après sa saison ratée en 2019-2020, il paraît que norovirus a fait son retour en 2020-2021

Selon Santé publique de France, il y a eu en 2019-2020, une baisse historique des gastro-entrite aiguës jamais observée sur les 10 dernières années.

Mais qu'en sera-t-il en 2020-2021 ?

Apparemment d’après cet article paru dans Emerging Infectious Diseases, ce ne sera pas trop le cas en 2020-2021; voici donc «Retour de l'activité de norovirus et de rotavirus lors de l'hiver 2020-2021 à Hong Kong avec une stratégie de contrôle stricte de la COVID-19».

Résumé

Une diminution rapide de la gastro-entérite virale au cours de l'hiver 2019-2020 et un retour de l'activité de norovirus et de rotavirus au cours de l'hiver 2020-21 ont été observés alors que de multiples interventions non pharmaceutiques contre la maladie à coronavirus étaient en vigueur à Hong Kong. Le bénéfice collatéral initial des contre-mesures contre la maladie à coronavirus qui ont réduit le fardeau de la gastro-entérite virale n'a pas été pas durable.

La nouvelle pandémie de maladie à coronavirus (COVID-19) en cours est une crise de santé publique sans précédent dans l'histoire moderne de l'humanité. Une conséquence collatérale de cette pandémie est la diminution rapide concomitante de l'incidence des gastro-entérites virales au cours de la première année de la pandémie, comme on l'observe dans de nombreux pays, comme la Chine (1), les États-Unis (2), l'Angleterre (3), Allemagne (4), Japon (5) et Australie (6). Les explications les plus probables étaient une capacité réduite d’analyses qui a conduit à une sous-déclaration et à une large mise en œuvre d'interventions non pharmaceutiques non spécifiques pour la COVID-19, telles que le lavage fréquent des mains et la distanciation physique, qui ont réduit la transmission interhumaine des différents virus.

Conclusion

Une diminution brutale des activités de plusieurs virus diarrhéiques, en particulier norovirus et rotavirus, et le raccourcissement de leurs saisons ont été observés peu après la propagation mondiale initiale de la COVID-19 au début de 2020. Hong Kong a adopté une stratégie d'élimination à plusieurs volets pour contenir la COVID-19 depuis le premier cas importé fin janvier 2020 et a maintenu l'un des taux d'infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère les plus bas au monde à ce jour (<0,2 % de la population locale). Si l'on considère que la gastro-entérite virale a été principalement transmise par contact de personne à personne, les interventions non pharmaceutiques pour la COVID-19, telles que la distanciation sociale, pourraient avoir arrêté par inadvertance la propagation des pathogènes non respiratoires.

Le port universel du masque pourrait également avoir réduit le risque de transmission de norovirus, qui peut se propager par voie aérienne et par vomissements. La réduction spectaculaire des taux de virus positifs à des niveaux à peine détectables à l'hiver 2019-2020 n'est probablement pas un artefact de sous-déclaration, car le nombre correspondant d'échantillons de selles analysés n'a été que modérément réduit. Bien que le retour de la gastro-entérite virale soit anticipé dans les pays mettant en œuvre une stratégie de réduction accompagnée d'un assouplissement des mesures de contrôle des infections, les activités saisonnières de norovirus et de rotavirus observées à l'hiver 2020-21 à Hong Kong étaient dans une certaine mesure inattendues car d'importantes interventions non pharmaceutiques étaient toujours en vigueur. pendant cette période, comme à l'hiver 2019-20. Il est peu probable que ce résultat s'explique par la fatigue pandémique, car l'activité grippale saisonnière locale est restée à un niveau pratiquement nul sans précédent au cours de l'hiver 2020-2021. D'autres facteurs, tels que le déclin de l'immunité et donc l'accumulation d'une population sensible, pourraient jouer un rôle.

Cette étude est limitée par le manque de caractérisation du virus pour déterminer si l'augmentation de la gastro-entérite virale était le résultat de l'émergence de nouvelles souches, en particulier pour norovirus, dans lesquelles de nouvelles souches échappées au système immunitaire apparaissaient périodiquement. Il n'y a eu aucun rapport de variants nouveaux de norovirus et à propagation rapide détectés pendant la pandémie de la COVID-19. Une analyse supplémentaire sur la voie de transmission des cas serait utile car les interventions de santé publique pour la COVID-19 pourraient être moins efficaces pour les virus diarrhéiques qui peuvent se propager par les voies alimentaires ou hydriques.

En conclusion, les mesures de contrôle de la COVID-19 ont peut-être réduit par inadvertance les activités de plusieurs virus diarrhéiques à des niveaux à peine détectables au cours de l'hiver 2019-2020. Cependant, l'activité de norovirus et de rotavirus est revenue à l'hiver 2020-2021 à des niveaux similaires à ceux de la période pré-COVID-19. Le bénéfice collatéral initial des interventions non pharmaceutiques pour la COVID-19 qui ont réduit le fardeau de la gastro-entérite virale n'est pas durable, même dans une ville avec une distanciation sociale stricte et une stratégie continue de contrôle zéro COVID-19.

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A propos des mécanismes d'inactivation par l'acide peracétique du rotavirus et du virus de la tulane dans des conditions pertinentes pour l'hygiène des légumes

Voici un article paru récemment dans Applied ans Environmental Microbiology qui traite de « Les mécanismes d'inactivation par l'acide peracétique du rotavirus et du virus de la tulane dans des conditions pertinentes pour l'hygiène des légumes ».

Résumé

Nous avons déterminé l'efficacité de la désinfection et les mécanismes d'inactivation du désinfectant à base d'acide peracétique (APA) en utilisant des valeurs de pH pertinentes pour la désinfection des légumes contre le rotavirus (RV) et le virus Tulane (VT est un substitut du norovirus humain). Le VT était significativement plus résistant à la désinfection par l’APA que le RV: pour une réduction de 2 log10 du titre viral, RV nécessitait 1 mg/litre d’APA pendant 3,5 minutes d'exposition, tandis que le VT exigeait 10 mg/litre d’APA pendant 30 minutes. La résistance plus élevée du VT peut s'expliquer, en partie, par une plus grande agrégation du VT dans les solutions d’APA. Les mécanismes de l'inactivation du virus par l’APA ont été explorés en quantifiant (i) l'intégrité et la réplication du génome viral à l'aide de la RT-qPCR et, (ii) des interactions virus-récepteur hôte en utilisant un test de liaison sans cellule avec de la mucine gastrique porcine conjuguée avec des billes magnétiques (PGM-MBs). Nous avons observé que l’APA induisait des dommages aux génomes de RV et VT et diminuait également les interactions virus-récepteur, ce dernier suggérant que l’APA endommage des protéines virales importantes pour la liaison de ses récepteurs aux cellules hôtes. Il est important de noter que les niveaux de dommages génome-protéines induits par l’APA étaient différents pour chaque virus. L'inactivation de l’APA était en corrélation avec des niveaux plus élevés de dommages au génome de RV que des interactions RV-récepteur. Pour le VT traité par l’APA, des tendances opposées ont été observées. Ainsi, l’APA inactive chacun de ces virus via différents mécanismes moléculaires. Les résultats présentés ici contribuent potentiellement à la conception d'une stratégie de désinfection robuste pour les RV et VT en utilisant de l'APA pour prévenir les maladies d'origine alimentaire.

Importance

Dans cette étude, nous avons examiné les mécanismes d'inactivation de l'acide peracétique (APA), un désinfectant couramment utilisé pour le lavage des légumes après récolte, pour deux virus entériques: le virus Tulane (VT) comme substitut du norovirus humain et le rotavirus (RV). Les mécanismes de désinfection de l’APA pour le RV étaient principalement dus à des dommages au génome. En revanche, la désinfection par l’APA du VT était due à des dommages des protéines importantes pour la liaison à son récepteur hôte. Nous avons également observé que l’APA a déclenché l'agrégation de VT dans une bien plus grande mesure que RV. Ces études démontrent que différents virus sont inactivés via différents mécanismes de l’APA. Ces informations sont importantes pour concevoir une pratique de désinfection optimale pour le lavage des légumes après récolte afin de minimiser les maladies virales d'origine alimentaire.

Les rotavirus des troupeaux de volailles peuvent échanger des gènes avec les rotavirus de mammifères, mais le risque d'infection pour l'homme est faible

« Les rotavirus des troupeaux de volailles peuvent échanger des gènes avec les rotavirus de mammifères, mais le risque d'infection pour l'homme est faible », source BfR, Résumé du rapport de recherche sur le projet du BfR, « Characterisation of the zoonotic potential of rotaviruses in poultry » du 17 août 2020.

Les rotavirus aviaires sont répandus dans les troupeaux de volailles destinées à l'alimentation. Cependant, ils ne sont que lointainement liés aux rotavirus qui se produisent chez les mammifères et les humains et qui peuvent conduire à des cas de maladie en. Dans le projet de recherche du BfR «Caractérisation du potentiel zoonotique des rotavirus chez les volailles», financé par la Fondation allemande pour la recherche (DFG), le professeur Reimar Johne et son groupe de recherche ont montré que les rotavirus des oiseaux peuvent échanger du matériel génétique contenant des rotavirus de mammifères, ce qui peut conduire au développement de nouveaux types de rotavirus. Les scientifiques considèrent, cependant, que le risque de développer de tels types de virus, connus comme des «virus réassortis», dans la nature comme étant faible. En effet, les nouveaux virus capables de se répliquer n'apparaissent que dans quelques cas dans des conditions de laboratoire. De plus, il était difficile pour eux de se reproduire efficacement. Le risque d'infection pour l'homme est donc estimé à relativement faible. Néanmoins, des études sur la diversité des rotavirus chez l'homme devraient à l'avenir également inclure des rotavirus éloignés tels que ceux des oiseaux afin de pouvoir déterminer l’apparition de nouveaux types à un stade précoce.

Contrairement aux rotavirus des mammifères, les rotavirus des oiseaux n'ont été que peu étudiés jusqu'à maintenant. L'objectif du BfR était d'analyser la diversité génétique des rotavirus, en particulier chez les oiseaux, et de déterminer leur potentiel de transmission et d'adaptation aux mammifères et aux humains. Une question importante était de savoir si les rotavirus des oiseaux échangeaient du matériel génétique avec ceux des mammifères, ce qui pourrait éventuellement entraîner de nouveaux types de rotavirus. Le projet a identifié une grande variété d'espèces de rotavirus connues et inconnues auparavant et des types chez les oiseaux et les mammifères. Le génome de ces virus était généralement entièrement séquencé à l'aide de méthodes nouvellement développées, ce qui permettait de caractériser précisément leurs propriétés et leur relation avec les rotavirus connus.

Dans l'ensemble, les analyses indiquent qu'il faut s'attendre à un large répertoire de souches de rotavirus divergentes dans le règne animal, qui pourrait éventuellement être transmis directement à l'homme ou, par échange de segments de génome, et cela pourrait conduire à la formation de nouveaux rotavirus. Pour les rotavirus des oiseaux, cependant, cela semble être très rare.

Les rotavirus sont parmi les agents pathogènes les plus courants à l'origine de maladies gastro-intestinales chez les humains et dans de nombreuses espèces animales. Il existe de nombreux types de rotavirus qui évoluent constamment à travers les mutations et l'échange de segments de génome. Les maladies humaines sont principalement causées par des rotavirus humains. Mais il est également connu que certains rotavirus peuvent être transmis de l'animal à l'homme et vice versa. Des vaccins contre les maladies à rotavirus chez homme existent depuis 2006 et sont généralement très efficaces. Cependant, si de nouveaux rotavirus contenant du matériel génétique d'animaux se développent, l'immunité acquise par la vaccination contre de telles infections pourrait devenir inefficace.

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

Les virus d'origine alimentaire vus par le BfR

L'Anses a mis en évidence Salmonella dans le cadre de deuxième journée mondiale de la sécurité sanitaire des aliments. Le blog en a parlé ici et ici.

Le BfR, quant à lui, a souhaité mettre l'accent sur différents virus avec ce communiqué, « Gardez la diarrhée et la jaunisse à distance »; source BfR 20/2020 du 5 juin 2020.

Journée internationale de la sécurité sanitaire des aliments : comment se protéger des virus.

En ce qui concerne les «virus», la plupart des personnes pensent à «coronavirus» de nos jours. Mais la transmission de ce nouveau coronavirus dans les aliments est peu probable et n'a pas été prouvée. Dans les aliments, cependant, d'autres virus sont à craindre comme cause de maladie. Il y a quatre principaux coupables: les norovirus et les rotavirus et les agents pathogènes responsables des hépatites A et E. À l'occasion de la «Journée mondiale de la sécurité sanitaire des aliments» le 7 juin 2020, l'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques (BfR) souligne comment les consommateurs peuvent se protéger contre ces agents pathogènes. «Si vous suivez des règles simples d'hygiène en cuisine, vous pouvez réduire considérablement le risque d'infection», explique le président du BfR, le professeur Andreas Hensel.

Les «profils» des quatre virus les plus courants dans les aliments sont présentés ici:

Norovirus: Ils déclenchent des maladies gastro-intestinales chez l'homme, qui peuvent être associées à des diarrhées et des vomissements. En plus des infections humaines directes ou des surfaces contaminées, l'agent pathogène est souvent transmis à d'autres personnes par le biais d'aliments crus tels que la laitue, les fruits et les fruits de mer. Les baies congelées peuvent également contenir des norovirus viables, car ils ne sont pas affectés par le froid. Le nombre total de cas enregistrés en Allemagne à l'Institut Robert Koch (RKI) en 2019 (y compris la transmission alimentaire) est de 78 679.

Rotavirus: Les rotavirus provoquent également des maladies gastro-intestinales chez l'homme, qui entraînent des diarrhées, des vomissements et des douleurs abdominales. Les petits enfants sont particulièrement à risque. Dans de rares cas, le virus peut également être transmis à d'autres personnes via les aliments. Le nombre total de cas enregistrés au RKI en 2019: 36 876.

Virus de l'hépatite A: Le virus peut provoquer une inflammation aiguë du foie (jaunisse infectieuse) chez l'homme. L'infection survient le plus souvent via la consommation d'aliments contaminés ou d'eau potable lors de voyages à l'étranger, mais dans certains cas également via des aliments importés. Le nombre total de cas enregistrés au RKI en 2019: 873.

Virus de l'hépatite E: La maladie est similaire à l'inflammation du foie causée par le virus de l'hépatite A. L'agent pathogène est souvent transmis par des aliments insuffisamment chauffés provenant de porcs domestiques et de sangliers. Les animaux peuvent être infectés sans montrer de signes de maladie. Dans ce cas, le virus se trouve généralement déjà dans l'aliment et non sur celle-ci. Le nombre total de cas enregistrés au RKI en 2019: 3 725.

La plupart des agents pathogènes alimentaires sont sensibles à la chaleur. Par conséquent, les aliments doivent être chauffés à 70°C ou plus pendant au moins deux minutes. Il est également conseillé de chauffer suffisamment les baies congelées avant consommation. Les aliments consommés crus, comme la salade et les fruits, doivent être soigneusement lavés. Évitez tout contact entre les aliments crus et prêts à consommer (par exemple entre la viande crue et la laitue) car les agents pathogènes peuvent être transférés aux aliments prêts à consommer (contamination croisée).

Un nouveau Laboratoire national de référence pour les virus d'origine alimentaire a été mis en place au BfR fin 2019. Il mène des recherches sur ce groupe d'agents pathogènes et sur leur détection (souvent difficile) dans les aliments et conseille les autorités de contrôle des aliments du gouvernement fédéral allemand («Länder»).

Investigation d’une épidémie de gastro-entérites aiguës d’origine hydrique en mars 2016 en Isère

Je reproduis ci-après la conclusion de la remarquable et passionnante investigation qui relate un certain nombre d’actions correctives à la suite d’une importante épidémie localisée de gastro-entérites aiguës virales d’origine hydrique. C'est à lire ... et bravo l'InVS!

Cette épidémie dont l’alerte à l’ARS a été tardive a fortement marqué les habitants des deux communes du fait de son ampleur, de sa sévérité et de la situation de crise qu’elle a générée.

Cet événement pourra permettre d’appuyer les actions de sensibilisation des parties prenantes (exploitants, professionnels de santé, gestionnaires de collectivité) au signalement telles que préconisées dans le guide d’investigation des épidémies liées à l’ingestion d’eau de distribution. 

Les résultats des enquêtes épidémiologiques, microbiologiques et environnementales viennent confirmer l’origine hydrique de l’épidémie de gastro-entérites aiguës survenue en mars 2016 à Vif et Le Gua. L’étude épidémiologique complétée par l'enquête auprès des données de l'assurance maladie a permis d’apprécier son ampleur et son impact sanitaire sur la population de Vif et Le Gua. 

Au total, il est estimé que 26% de la population de Vif et Le Gua ont été touchés soit environ 2600 cas de GEA dont 35% d’enfants. 

L'épidémie d'ampleur de mars 2016 a donc été causée par l'ingestion d'une eau non désinfectée contenant des virus entériques pathogènes d'origine humaine. L’enquête a montré un défaut de surveillance des installations de traitement et de la teneur en désinfectant dans l'eau distribuée associés à une ressource en eau très vulnérable et dont le bassin d’alimentation était insuffisamment connu. En particulier, le rejet de la station d’épuration des eaux usées d’un hameau participait à alimenter la ressource en eau. Ce point de rejet a été depuis déplacé. 

Une inspection menée par l’ARS a montré que depuis l'épisode épidémique, l'exploitant des installations a considérablement amélioré son système de surveillance et de gestion des installations de production et de distribution d'eau, permettant de garantir la distribution d'une eau de qualité microbiologique conforme. 

Compte-tenu de la vulnérabilité importante des captages de l’Echaillon et de la forte attente de la population, la communauté d’agglomération de Grenoble a décidé de rechercher une autre ressource en eau malgré les coûts importants associés. Un forage a été créé dans la nappe alluviale du Drac au niveau de la réserve naturelle régionale des Îsles sur la commune de Vif. Sa mise en service progressive en 2018 a permis de remplacer totalement les captages de l’Echaillon qui sont toutefois conservés comme ressource de secours. 

Concernant les virus entériques, il est noté

Le typage des virus effectué après séquençage par le CNR a montré que les souches de rotavirus étaient de type G1P(8) et celles de norovirus étaient de type GII-17. Les souches étaient par ailleurs toutes identiques, confirmant une source d'exposition commune.

Ces analyses ont montré pour un certain nombre de patients une co-contamination par deux virus entériques (rotavirus, norovirus) voire une contamination par 3 virus pour une coproculture (rotavirus, norovirus et sapovirus). 

Le réservoir de ces souches de norovirus et de rotavirus est strictement humain excluant l’hypothèse d’une contamination d’origine animale.

Référence.

Yvon JM, Vincent N, Bourrin S. Investigation d’une épidémie de gastro-entérites aiguës d’origine hydrique à Vif-Le Gua, Isère, mars 2016. Saint-Maurice : Santé publique France, 2019. 59 p.

NB : La photo est issu de ce site d'information.