Royaume-Uni: Le séquençage du génome entier révèle une grande diversité de Vibrio spp dans les crevettes vendues au détail

Food Safety News propose un article de chercheurs qui découvrent que des types Vibrio sont présents dans des crevettes commercialisées au Royaume-Uni. Elles présentent un faible risque pour l'homme.

Des scientifiques ont découvert que la moitié des crevettes prélevées étaient contaminées par Vibrio au Royaume-Uni, mais les souches bactériennes identifiées ne provoquent pas de maladie grave chez l'homme.

Des chercheurs du Quadram Institute ont étudié Vibrio dans des crevettes au Royaume-Uni pour comprendre la contribution de la bactérie aux maladies humaines et sa résistance aux antibiotiques. Les vibrions non cholériques ne sont pas un agent pathogène à déclaration obligatoire au Royaume-Uni et les programmes de surveillance ne le testent pas et ne l'analysent pas activement.

Un total de 211 échantillons de crevettes fraîches et congelées ont été collectés dans plus de 200 magasins entre mai 2018 et avril 2019 et cultivés pour les espèces de Vibrio. Une contamination a été détectée dans 46% des échantillons, et plusieurs isolats divers de Vibrio dont été obtenus à partir de 34% des échantillons positifs, selon l'étude publiée dans la revue Microbial Genomics.

Aucun lien majeur entre les cas humains à Vibrio et les crevettes

Le séquençage du génome entier et une analyse plus approfondie ont montré des différences entre les cas de génomes de Vibrio dérivés de crevettes et ceux d'origine humaine, suggérant que les crevettes ne sont pas une source majeure de cas de vibriose au Royaume-Uni. Les gènes associés à la maladie n'ont pas été retrouvés chez Vibrio parahaemolyticus dans l'étude, ce qui indique que les crevettes ne sont pas porteuses de souches pathogènes.

Les chercheurs ont appelé à une meilleure surveillance future pour protéger le public contre un risque accru de contamination induit par le changement climatique, qui pourrait introduire des types plus dangereux de Vibrio au Royaume-Uni, car la grande majorité des crevettes sont importées. À l'échelle mondiale, les infections à Vibrio sont en augmentation et elles suivent un schéma saisonnier attribué à une augmentation des températures de la mer.

Les bactéries Vibrio sont courantes dans les environnements estuariens ou marins. La plupart des espèces sont inoffensives, mais certaines peuvent causer des maladies si elles sont consommées.

La grande diversité de Vibrio au sein d'un seul échantillon a des implications pour l'attribution de la source et l'enquête sur les épidémies, car si un seul isolat est testé par échantillon, il est possible que les véritables événements de transmission ne soient pas identifiés, selon l'étude.

L’étude a été soutenue par la Food Standards Agency et le Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC).

Impact de la méthode de transformation

La proportion d'échantillons testés positifs pour Vibrio était la plus élevée dans les crevettes crues entières, suivies par les crevettes crues sans tête et décortiquées crues sans tête. Sur 62 échantillons de crevettes cuites, seulement cinq contenaient Vibrio.

Vibrio parahaemolyticus représentait 83 des 130 de tous les Vibrio identifiés et a été isolé de 66 des 211 échantillons de crevettes testés. Les crevettes crues étaient plus susceptibles d'être positives pour Vibrio que les crevettes cuites et les crevettes crues entières étaient plus susceptibles d'être positives que les crevettes crues décortiquées.

Pour lutter contre les maladies virales et bactériennes dans les stocks de production, les antimicrobiens sont couramment utilisés dans l'élevage de crevettes pour le traitement et la prévention.

Des gènes de résistance aux antimicrobiens ont été retrouvés dans 77% des isolats, et 12% portaient des gènes conférant une résistance à trois classes d’antibiotiques ou plus. Les gènes de résistance ont été retrouvés principalement chez Vibrio parahaemolyticus, bien que de multiples gènes de résistance aient également été identifiés chez Vibrio cholerae et Vibrio vulnificus.

«Grâce à cette enquête, nous avons découvert que les crevettes achetées au détail au Royaume-Uni hébergeaient une diversité d'espèces Vibrio et de gènes de résistance aux antibiotiques. L'enquête n'a pas seulement fourni des éclaircissements sur le niveau actuel de contamination par Vibrio dans les produits à base de crevettes au Royaume-Uni, elle a également créé un cadre pour orienter les efforts supplémentaires vers la protection de la sécurité des aliments à mesure que nous avançons dans l'avenir», a déclaré le Dr Nicol Janecko du Quadram Institute.

Aux lecteurs du blog

Grâce à la revue PROCESS Alimentaire, vous n'avez plus accès aux 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le lien suivant, http://amgar.blog.processalimentaire.com/. Triste histoire de sous ...

Un point positif dans la pandémie: le séquençage du génome entier et la sécurité des aliments, selon la FAO

«Un point positif dans la pandémie: le séquençage du génome entier et la sécurité des aliments», source FAO du 1^er juillet 2021.

Le séquençage du génome entier (WGS) a été utilisé efficacement dans le domaine de la sécurité sanitaire des aliments, et pourtant, c'est toujours un défi pour les pays à faible revenu et à revenu intermédiaire (PRFI) d'en tirer pleinement parti. Parmi les questions clés, il est essentiel que les décideurs politiques soient conscients de l'utilité de cette technologie.

En juin 2021, la FAO a rédigé un article technique intitulé «Un point positif de la pandémie : le séquençage du génome entier et la sécurité des aliments - Les avantages du séquençage du génome entier sont très variés» («A Silver Lining of the Pandemic: Whole-Genome Sequencing and Food Safety – The benefits of whole-genome sequencing are far ranging») dans un magazine sur la sécurité des aliments.

L'article souligne l'utilité du WGS dans les investigations sur les épidémies et discute en profondeur de l'importance d'avoir des options d'investissement à long terme et stratégiques au niveau mondial, pour que chacun puisse bénéficier de la technologie et niveler les inégalités entre les nations.

La pandémie de COVID-19 a fait prendre conscience au monde du rôle essentiel du WGS en microbiologie. Cet élan peut être capté pour promouvoir l'intégration de cet outil puissant dans le domaine de la sécurité sanitaire des aliments, en particulier compte tenu des options technologiques plus abordables qui deviennent disponibles. Le partage mondial ouvert de données sur les séquences d'agents pathogènes d'origine alimentaire est extrêmement bénéfique en raison de la mondialisation du commerce alimentaire. Par conséquent, les problèmes pertinents de confidentialité, de propriété et de droits de propriété intellectuelle doivent être résolus au niveau mondial.

L'inclusion de la bioinformatique dans les programmes d'enseignement supérieur des PRFI aiderait à développer l'expertise nécessaire pour mener à bien les activités liées au WGS à long terme. Maintenant que des personnes sont à l'aise avec les plateformes d'apprentissage virtuelles, les pays expérimentés et les groupes d'experts peuvent aider les scientifiques des PRFI à en savoir plus sur les applications du WGS dans la sécurité des aliments. La FAO poursuit ses efforts pour faciliter le transfert de connaissances et le développement des capacités pertinentes dans l'application des WGS pour le management de la sécurité sanitaire des aliments.

Lire l'article, A Silver Lining of the Pandemic: Whole-Genome Sequencing and Food Safety – The benefits of whole-genome sequencing are far ranging.

Des chercheurs évaluent l'utilisation du séquençage du génome entier pour les agents pathogènes d'origine alimentaire

«Des chercheurs évaluent l'utilisation du séquençage du génome entier pour les agents pathogènes d'origine alimentaire», source Food Safety News.

Le séquençage du génome entier (WGS pour whole genome sequencing) fournit un niveau d'informations supplémentaires qui compense largement les coûts supplémentaires s'il est utilisé efficacement, selon une étude récente.

Les chercheurs ont évalué les coûts et les avantages du WGS de routine à travers des études de cas dans huit laboratoires en Europe et aux Amériques, dont cinq qui travaillent avec des agents pathogènes d'origine alimentaire. Tous les laboratoires ont signalé des avantages liés à l'utilisation du WGS pour l'identification et la surveillance des agents pathogènes.

Les travaux se sont concentrés sur le dossier d'investissement pour la mise en œuvre du WGS par rapport aux méthodes conventionnelles, sur la base des coûts et des avantages à différentes périodes entre avril 2016 et avril 2019. Pour les cinq laboratoires qui surveillent les agents pathogènes d'origine alimentaire, la période de référence était généralement d'un an.

Ces institutions, Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell'Emilia-Romagna (IZSLER, Italie), Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud (INEI-ANLIS, Argentine), Maryland Department of Health (MDH), Public Health Agency of Canada ( PHAC) et Public Health England (PHE), utilisent le WGS pour la caractérisation des isolats bactériens dans la surveillance des agents pathogènes, principalement Salmonella, Listeria, E. coli et Shigella.

Au cours de la période de 12 mois, IZSLER a effectué 175 échantillons de surveillance de routine, INEI-ANLIS en a effectué 320, MDH en a effectué 1 767, le PHAC en a effectué 8 630 et PHE en a effectué 15 791, selon l'étude publiée dans la revue Eurosurveillance.

Coûts plus élevés versus plus d'informations

Les coûts pris en compte comprenaient l'équipement, les consommables, le personnel et d'autres dépenses directement encourues par les institutions. Le coût de l'équipement pour le flux de travail du WGS au cours de l'année d'achat variait de 75 000 euros à 3,2 millions d'euros pour plusieurs séquenceurs et une infrastructure bioinformatique personnalisée.

L'évaluation économique a comparé les coûts d'utilisation du WGS au traitement du même nombre d'échantillons avec les meilleures méthodes conventionnelles d'identification et de caractérisation des agents pathogènes.

Les coûts globaux par échantillon du WGS dépassaient le prix des méthodes conventionnelles pour tous les laboratoires analysés. L'utilisation du WGS était entre 1,2 et 4,3 fois plus chère. Le coût moyen pour les cinq laboratoires de référence qui ont utilisé le WGS pour la surveillance de routine des agents pathogènes d'origine alimentaire était de 209 euros par échantillon.

Les laboratoires d'origine alimentaire s'appuyaient souvent sur des équipements moins coûteux pour les méthodes conventionnelles que les autres sites et avaient une plus grande différence entre les coûts d'équipement pour le WGS et pour les méthodes conventionnelles.

IZLER a signalé que l'introduction du WGS avait changé la façon dont les responsables de la sécurité sanitaire des aliments effectuent des prélèvements, en passant de l'examen des produits aux prélèvements de l’environnement.

Pour les agents pathogènes d'origine alimentaire, l'analyse du WGS a fourni des informations sur la façon dont les souches bactériennes se diversifient au fil du temps, permettant d'identifier les souches comme étant liées alors qu'elles auraient été considérées comme non liées selon les méthodes précédentes, selon PHE.

Impact de la détection des épidémies

Les laboratoires qui ont utilisé le WGS dans la surveillance de routine des agents pathogènes d'origine alimentaire ont déclaré qu'il y avait une simplification des flux de travail et un nombre réduit d'étapes pratiques pour l'analyse. Le délai d'exécution habituel était de 5 à 10 jours pour l'analyse du WGS. Le délai d'analyse complète d'un agent pathogène d'origine alimentaire à l'aide de méthodes conventionnelles était généralement de 4 à 15 jours, selon l'agent pathogène et l'analyse requise.

Le WGS a affecté le nombre et la taille des clusters détectés et peut réduire les cas de maladie, si les systèmes de santé publique sont équipés et financés de manière adéquate pour prendre des mesures efficaces. Les clusters identifiés avec des méthodes conventionnelles ont été confirmés ou divisés à l'aide de données de séquence, et un plus grand nombre de foyers plus petits a été trouvé.

PHAC a signalé que le nombre d'éclosions à Listeria détectées avait diminué au cours de la première année de mise en œuvre du WGS, car la PGFE avait détecté celles qui n'existaient pas et avait conduit à une utilisation inefficace des ressources enquêtant sur des éclosions inexistantes.

Le WGS a permis à PHAC d'identifier 17 éclosions distinctes d'infections à Salmonella Enteritidis associées à des produits de poulet panés crus et surgelés, qui n'avaient pas été détectées par les méthodes conventionnelles.

Pour les cinq laboratoires qui effectuent la surveillance de Salmonella, les chercheurs ont calculé le nombre et la proportion de cas signalés de salmonellose qui devraient être évités pour utiliser le WGS à coût neutre. Le nombre annuel d'équilibre sur les coûts variait d'un dans la zone de compétence de l'INEI-ANLIS en Argentine à 82 dans la zone du PHAC au Canada.

L'analyse du seuil de rentabilité indique que pour la surveillance de Salmonella, seul un pourcentage modeste des cas de salmonellose signalés devrait être évité chaque année grâce à l'utilisation du WGS pour rendre l'adoption de la technologie neutre du point de vue de la santé publique, selon les chercheurs.

L’étude a eu lieu dans le cadre du projet COMPARE EU financé par Horizon 2020 qui a commencé en 2014 et s'est terminé en 2019.

De l'utilisation des données de séquençage du génome entier pour la surveillance des infections à Campylobacter au Danemark

Un article paru dans Eurosurveillance fait la part belle aux données de séquençage du génome entier qui sont utilisées pour la surveillance des infections à Campylobacter, avec dans cette étude, la détection d'une importante épidémie continue au Danemark en 2019.

La campylobactériose humaine est la zoonose la plus fréquemment signalée en Europe, avec 246 571 cas signalés dans l'Union européenne (UE) en 2018. Les infections à Campylobacter sont principalement d'origine alimentaire, la volaille étant la principale source.

Cependant, d'autres voies de transmission sont connues, telles que la baignade, la consommation d'eau contaminée ou le contact direct avec les animaux. Dans les échantillons d'aliments, la plus forte occurrence de Campylobacter a été détectée dans la viande de poulet réfrigérée (37,5 % des échantillons testés). Au Danemark, nous avons eu 5 389 cas humains enregistrés en 2019 (incidence : 93/100 000 habitants) et 33% des échantillons de viande de poulet conventionnels étaient positifs pour Campylobacter à l'abattage. Il est à noter qu'un tiers des infections humaines diagnostiquées au Danemark sont estimées être liées aux voyages.

Les efforts pour identifier la source spécifique de l'infection à Campylobacter chez l'homme sont rarement faits au Danemark ou dans d'autres pays. Par conséquent, il n'existe souvent pas d'informations pertinentes pour des actions de santé publique ciblées visant à prévenir les infections à Campylobacter. Pendant des décennies, la surveillance d'autres agents pathogènes d'origine alimentaire, en particulier Salmonella et Listeria, avec des méthodes de typage hautement discriminatoires s'est avérée être un outil puissant pour la détection et les enquêtes sur les épidémies ainsi que pour suivre les tendances et l'émergence de souches épidémiques. Une surveillance similaire basée sur le typage pour Campylobacter n'a pas été largement utilisée et n'a généralement pas été très utile pour le processus de prise de décision sur les efforts de réduction par les autorités de santé publique et de sécurité des aliments.

La grande diversité des isolats de Campylobacter et l'hypothèse générale selon laquelle la plupart des infections à Campylobacter sont sporadiques sont des explications plausibles.

Nous avions déjà montré que, sur la base des données de séquençage du génome entier des isolats de Campylobacter en 2015-17, nous pouvions identifier de nombreux petits clusters ressemblant à des épidémies et, dans de nombreux cas, les lier génétiquement à des isolats animaux et alimentaires concurrents. Une grande partie des 774 isolats cliniques (27 %) pourrait être génétiquement liée à du poulet de chair ou à de la viande de poulet, alors que seuls quelques isolats cliniques (2 %) pourraient être génétiquement liés à des isolats de bovins. Une étude danoise cas-témoins menée au cours de la même période a mis en évidence plusieurs sources alimentaires de campylobactériose chez des enfants et des jeunes adultes, notamment la consommation de viande de poulet, de viande hachée bovine et de fraises fraîches.

Par conséquent, en plus de l'échantillonnage de la viande de poulet, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise a lancé des prélèvements et l'analyse de Campylobacter dans plusieurs autres sources alimentaires qui ont été identifiées par l'étude cas-témoins pour obtenir des connaissances sur l'impact de ces sources.

Dans notre étude 2015-2017, une comparaison des isolats humains avec les isolats alimentaires et animaux a été effectuée rétrospectivement et, par conséquent, aucune mesure de santé publique spécifique n'a été prise. Pour évaluer la valeur d'un système de surveillance prospective et continue basé sur le séquençage du génome entier pour Campylobacter au Danemark, nous avons lancé le séquençage du génome entier d'isolats provenant de cas humains et d'échantillons d'aliments vendus au détail ainsi que l'analyse simultanée de ces données intersectorielles. Ici, nous rapportons la première année de surveillance (2019) et montrons que la surveillance intégrée basée sur le séquençage du génome entier de Campylobacter chez l'homme et les sources alimentaires peut identifier des corrélations entre l'apparition de souches spécifiques dans la viande de poulet et les infections humaines. La surveillance a également permis de détecter des épidémies prolongées ou réapparues, ce qui permet des interventions spécifiques pour contrôler Campylobacter dans la chaîne de production alimentaire et ainsi prévenir les infections humaines.

Dans la conclusion, il est rapporté,

La surveillance basée sur le séquençage du génome entier des cas cliniques et des échantillons de poulet a amélioré notre compréhension de l'occurrence et de la dynamique des souches de Campylobacter dans la viande de poulet et de la corrélation avec des cas groupés humains. En règle générale, certaines souches n'étaient présentes dans la viande de poulet et/ou les cas humains que sur des périodes de quelques semaines ou mois, tandis que l'occurrence d'autres souches fluctuait dans le temps d'une manière qui pourrait être liée aux cycles de production dans chaque élevage de poulets. L'exemple le plus remarquable est la souche ST122#1 qui était présente chez des cas humains et dans la viande de poulet ainsi qu'à l'abattoir pendant au moins un an. La surveillance actuelle n'a pas été conçue pour élucider d'autres sources majeures d'infections et, bien que l'accent ait été mis sur la détection d’importantes épidémies, seules les épidémies liées au poulet ont été résolues car le suivi épidémiologique traditionnel s'est avéré avoir une valeur limitée. L'un des principaux impacts de la surveillance de 2019 est que l'association claire d'une proportion substantielle des cas humains à Campylobacter à la production de poulet danoise a accru la sensibilisation de l'industrie avicole. Bien que l'industrie de la volaille lutte contre Campylobacter depuis des années, cette étude, et en particulier l’importante épidémie, a conduit à de vastes initiatives et investissements ciblant Campylobacter tout au long de la chaîne de production. Ces interventions ont commencé peu de temps après l'apparition de l'épidémie et sont toujours en cours, ce qui est essentiel pour obtenir une diminution prononcée de la présence de Campylobacter dans la viande de poulet.

De plus, les enquêtes de suivi ont conduit à de nouvelles connaissances et ont soulevé plusieurs questions concernant l'épidémiologie de Campylobacter ainsi que sur les caractéristiques de la souche épidémique spécifique, qui devraient être abordées dans de futures études. Espérons que cette connaissance et cette sensibilisation conduiront à une diminution des cas humains danois de campylobactériose associés au poulet dans les années à venir.

Utilité du séquençage du génome entier lors d'une enquête sur plusieurs éclosions d'origine alimentaire à Shigella sonnei

«Utilité du séquençage du génome entier lors d'une enquête sur plusieurs éclosions d'origine alimentaire à Shigella sonnei», source article paru dans Epidemiology and Infection. L'article est disponible en intégralité.

Résumé

En avril 2018, Public Health England a été informé de cas à Shigella sonnei qui avaient consommé des aliments dans trois points différents de restauration en Angleterre. Les épidémies ont été initialement étudiées comme des événements séparés, mais le séquençage du génome entier (WGS) a montré qu'elles ont été causées par la même souche. L'enquête comprenait des analyses de données épidémiologiques, de la chaîne alimentaire et un examen microbiologique d'échantillons d'aliments. Le WGS a été utilisé pour déterminer la relation phylogénétique et le profil de résistance aux antimicrobiens de la souche épidémique. En fin de compte, 33 cas ont été liés à cette épidémie, la majorité avait consommé des aliments dans sept points de vente spécialisés dans la cuisine indienne ou moyen-orientale.

Cinq points de vente étaient liés à deux cas ou plus, qui utilisaient toutes de la coriandre fraîche bien qu'un fournisseur commun n'ait pas été identifié. Une enquête sur l'un des sites a révélé que 86% des cas ont déclaré avoir consommé des plats contenant de la coriandre comme ingrédient ou garniture. Quatre cas ont été admis à l'hôpital et un avait des preuves d'échec du traitement par ciprofloxacine.

L'analyse phylogénétique a montré que la souche épidémique faisait partie d'un clade multirésistant plus large associé au voyage au Pakistan. De mauvaises pratiques d'hygiène lors de la culture, de la distribution ou de la préparation de produits frais sont probablement des facteurs contributifs.

Dans la conclusion, les auteurs notent,

Les épidémies à S. sonnei d'origine alimentaire sont rares au Royaume-Uni. La majorité des éclosions décrites dans la littérature ont été associées à des produits frais contaminés, y compris des légumes pour la salade et des herbes, qui sont connus pour favoriser la croissance et le maintien de Shigella spp., en particulier aux températures de réfrigération. Ces éclosions incluent une épidémie à l'échelle de l'UE due à de la laitue iceberg contaminée par des eaux usées pendant la récolte en Espagne et du petit maïs contaminé dans un hangar de conditionnement en Thaïlande qui a entraîné des cas au Danemark et en Australie. Des herbes fraîches importées telles que le persil, le basilic et la coriandre ont également été impliquées dans de multiples éclosions à S. sonnei, généralement en association avec des repas au restaurant où des herbes non cuites étaient utilisées comme garniture. Des feuilles de coriandre fraîches d'Asie du Sud-Est ont été impliquées dans une épidémie de S. sonnei en Suède en 2015. Cette épidémie avait plusieurs caractéristiques en commun avec l'épidémie décrite ici, en particulier le fait que les cas s'étaient rendus dans plusieurs restaurants dans deux régions de Suède et n'étaient liés qu'à la suite du WGS de leurs isolats. Des feuilles de coriandre fraîches ont été impliquées dans des épidémies à S. sonnei aux États-Unis. La contamination des produits frais par Shigella spp. en Asie du Sud-Est a été aussi mise en évidence; une étude sur la contamination bactérienne gastro-intestinale dans les aliments de rue en Inde a révélé que 6% des sauces à la coriandre testées étaient contaminées par Shigella spp.

Nous avons envisagé trois scénarios qui pourraient expliquer le rôle de la coriandre fraîche comme vecteur de l'infection pour cette épidémie.Il s'agit (i) la coriandre a été contaminée au point de production, (ii) de la contamination s'est produite lors de la distribution en gros de la coriandre et, (iii) les manipulateurs d'aliments infectés ont contaminé la coriandre dans les restaurants.

L'équipe de lutte contre les épidémies a conclu que les premier et deuxième scénarios fournissaient les explications les plus plausibles de cette épidémie. Les approvisionnements en vrac de coriandre entrant sur le marché de gros (quelle qu'en soit la source) sont répartis en lots plus petits dans plusieurs endroits. Ceci est effectué à la main, offrant une possibilité de contamination par un manipulateur d'aliments infectés. Bien que soumis à la législation alimentaire générale, les grossistes de fruits et légumes ne sont généralement pas considérés comme présentant un risque élevé en termes de sécurité des aliments Il est donc peu probable que leurs systèmes et procédures de sécurité sanitaire des aliments soient aussi sophistiqués que ceux des entreprises à haut risque.

La troisième explication est moins plausible car il n'y avait aucune preuve que les manipulateurs d'aliments avaient des liens avec plus d'un point de vente et aucun n'avait signalé de symptômes d'infection gastro-intestinale. Nous n'avons pas été en mesure de confirmer si l'un des manutentionnaires avait récemment voyagé en dehors du Royaume-Uni.

En raison du décalage entre l'identification locale des épidémies, la confirmation par WGS et l'identification des feuilles de coriandre comme vecteur potentiel de l'infection, les feuilles de coriandre n'ont pas été échantillonnées pour des analyses dans le cadre des enquêtes initiales sur les épidémies. Par la suite, il a été décidé de ne pas échantillonner la coriandre dans le cadre de l'enquête nationale car trop de temps s'était écoulé après l'exposition du cas, aucun nouveau cas n'a été détecté au cours de l'enquête et le produit en cause n'était probablement plus en circulation en raison de sa courte durée de conservation.

Shigella spp. n'ont pas été isolés des autres produits frais échantillonnés dans le cadre des enquêtes locales. Cependant, les analyses microbiologiques sont basées sur la culture et non sur des essais moléculaires, qui peuvent manquer de sensibilité pour détecter une contamination de faible niveau dans les aliments. De plus, des échantillons d'aliments ont été collectés respectivement 6 et 9 jours après l'exposition des cas, ce qui rend improbable que les produits testés soient du même lot que les produits que les cas avaient consommés avant le début de leur maladie.

Les données sur la résistance aux antimicrobiens dérivées du profil WGS ont rapidement déterminé le profil de résistance à plusieurs antibiotiques de la souche épidémique, mettant en évidence le risque d'échecs thérapeutiques potentiels dus à la sensibilité réduite à la ciprofloxacine, un agent de première ligne couramment utilisé au Royaume-Uni pour la shigellose sévère.

Bien que les céphalosporines de troisième génération ne soient pas recommandées comme médicaments de première intention pour le traitement de la shigellose au Royaume-Uni, la présence de bla_CTX-M-15 codé sur un élément génétique mobile est associée à un risque de portage et de transmission de résistance, à d'autres bactéries dans le tractus gastro-intestinal de l'hôte. Les patients compliqués et immunodéprimés sont susceptibles d'avoir une morbidité plus élevée comme le démontre au moins un cas qui a dû être traité par un carbapénème. S. sonnei hébergeant bla_CTX-M-15 a été associé à des épidémies de symptômes gastro-intestinaux chez les hommes qui ont des relations sexuelles avec des hommes, mais n'a pas été précédemment décrit dans des épidémies d'origine alimentaire au Royaume-Uni.

Cette épidémie met en évidence le potentiel de transmission d'une souche multirésistante de S. sonnei via un véhicule alimentaire distribué sur une vaste zone géographique. Les produits frais, tels que les salades et les herbes fraîches, ont une courte durée de conservation et le lot contaminé n'est souvent pas disponible pour les tests microbiologiques dans le temps, un véhicule probable a été identifié. Bien que la traçabilité des aliments soit difficile pour identifier des véhicules furtifs, définis comme des composants mineurs d'un repas que les cas peuvent ne pas se rappeler avoir consommé comme cause potentielle de maladie d'origine alimentaire, elle est essentielle pour les enquêtes sur les épidémies. La collecte systématique et prospective de questionnaires de surveillance renforcée de tous les cas à S. sonnei en Angleterre pourrait aider à quantifier le rôle des aliments en tant que facteur de risque de shigellose en Angleterre. Combinées au WGS, ces informations faciliteraient la détection rapide des éclosions d'origine alimentaire, amélioreraient les enquêtes de traçabilité et augmenteraient la probabilité que les véhicules d'infection soient correctement identifiés.

Identification d'isolats de Listeria monocytogenes étroitement apparentés sans preuve apparente d'une source ou d'une localisation commune

Voici un article particulièrement intéressant paru dans Journal of Food Protection, Identification d'isolats de Listeria monocytogenes étroitement apparentés sans preuve apparente d'une source ou d'un emplacement commun: une analyse rétrospective par séquençage du génome entier (WGS).

Les agences de santé publique et de réglementation du monde entier séquencent tous les isolats de Listeria monocytogenes (Lm) obtenus dans le cadre de la surveillance de routine et des investigations sur les éclosions. Beaucoup de ces entités soumettent les séquences à la base de données NCBI Pathogen Detection (NCBI PD), qui regroupe les isolats de Lm en clusters SNP (les marqueurs SNP, Single Nucleotide Polymorphisme, qui correspondent à des différences d’une seule base.) sur la base d'un seuil de différence SNP par paires de 50 SNPs.

Notre objectif était d'évaluer si les isolats avec des métadonnées suggérant des sources ou des emplacements différents pouvaient montrer des preuves d'une parenté génétique étroite indiquant un ancêtre commun récent et une possible source commune inconnue.

Nous avons ici comparé les données du WGS chez des isolats de 249 souches de Lm séquencés, qui ont détaillé des métadonnées, avec des données WGS d'isolats non cliniques sur NCBI PD.

Les isolats de 249 Lm provenaient de milieux naturels (n = 91) ainsi que d'entreprises de poissons fumés (n = 62), de produits laitiers (n = 56) et de charcuterie (n = 40) aux États-Unis.

En utilisant une combinaison de sous-typage par cgMLST (le core genome MLST repose sur un ensemble de gènes conservés au sein d’une espèce ou d’espèces proches) et hqSNP (polymorphismes mononucléotidiques de haute qualité phylodynamique bactérienne), nous avons observé 5 clusters SNP où les isolats d'étude et les isolats de clusters SNP semblaient être étroitement liés et (i) partagent la même géolocalisation, mais montrent des types de sources différents (1 cluster SNP); (ii) partagent le même type de source, mais présentent des géolocalisations différentes (2 clusters SNP); ou (iii) ne partageait ni le type de source, ni la géolocalisation (2 clusters SNP). Pour l'un des deux clusters sous (iii), il n'y avait cependant pas de support d'amarce solide pour un ancêtre commun partagé entre les isolats de l'étude et les isolats du cluster SNP, indiquant la valeur des analyses évolutives approfondies lorsque les données WGS sont utilisées pour les enquêtes de traçabilité et d'épidémiologie.

Dans l'ensemble, nos résultats démontrent que certains sous-types de Lm peuvent être associés à des lieux ou des produits spécifiques; ces associations peuvent aider dans les enquêtes impliquant des aliments à ingrédients multiples tels que les sandwichs. Cependant, au moins certains sous-types de Lm peuvent être répandus géographiquement et être associés à différentes sources, ce qui peut présenter un défi pour les enquêtes de traçabilité impliquant ces sous-types.

A propos des cas de campylobactériose humaine attribuables à de la viande de poulet en Finlande

Voici un article scientifique paru dans MDPI (article en accès libre) sur des cas de campylobactériose humaine attribuables à de la viande de poulet: Preuve d'épidémies disséminées en Finlande.

Résumé

Campylobacter jejuni (C. jejuni) est la cause la plus fréquente de gastro-entérite bactérienne humaine dans le monde. On pense que la campylobactériose d'origine alimentaire est souvent causée par la manipulation et la consommation de viande de poulet insuffisamment cuite, mais l'épidémiologie de cette maladie est complexe et reste mal caractérisée, en particulier dans les pays nordiques.

Ici, nous avons utilisé des méthodes de pointe en épidémiologie génétique combinées à des données sur les antécédents des patients et sur les associations temporelles pour retracer les infections humaines à C. jejuni (n = 50) acquises au pays jusqu'à de la viande de poulet, dans une ville nordique de taille moyenne en Finlande lors d'un pic saisonnier.

Bien que 59,2% des isolats humains partageaient une séquence type avec un lot de poulets abattus avant le début de la maladie, une analyse plus approfondie au niveau du génome entier ont retracé seulement neuf cas (18,4%) à de la viande de poulet réfrigérée. Les isolats humains partageaient également des génotypes avec des isolats collectés à partir de lots de poulets abattus après le début de la maladie humaine, mettant en évidence le rôle des voies de transmission alternatives des poulets aux humains en plus de la chaîne alimentaire, ou d'une troisième source partagée.

La haute résolution offerte par wgMLST, combinée à de simples métadonnées, offre un moyen plus précis de retracer les cas sporadiques jusqu'aux sources possibles et de révéler un regroupement d'épidémies disséminées dans le temps, confirmant l'importance de compléter les enquêtes épidémiologiques avec des données épidémiologiques moléculaires.