De l'utilisation des données de séquençage du génome entier pour la surveillance des infections à Campylobacter au Danemark

Un article paru dans Eurosurveillance fait la part belle aux données de séquençage du génome entier qui sont utilisées pour la surveillance des infections à Campylobacter, avec dans cette étude, la détection d'une importante épidémie continue au Danemark en 2019.

La campylobactériose humaine est la zoonose la plus fréquemment signalée en Europe, avec 246 571 cas signalés dans l'Union européenne (UE) en 2018. Les infections à Campylobacter sont principalement d'origine alimentaire, la volaille étant la principale source.

Cependant, d'autres voies de transmission sont connues, telles que la baignade, la consommation d'eau contaminée ou le contact direct avec les animaux. Dans les échantillons d'aliments, la plus forte occurrence de Campylobacter a été détectée dans la viande de poulet réfrigérée (37,5 % des échantillons testés). Au Danemark, nous avons eu 5 389 cas humains enregistrés en 2019 (incidence : 93/100 000 habitants) et 33% des échantillons de viande de poulet conventionnels étaient positifs pour Campylobacter à l'abattage. Il est à noter qu'un tiers des infections humaines diagnostiquées au Danemark sont estimées être liées aux voyages.

Les efforts pour identifier la source spécifique de l'infection à Campylobacter chez l'homme sont rarement faits au Danemark ou dans d'autres pays. Par conséquent, il n'existe souvent pas d'informations pertinentes pour des actions de santé publique ciblées visant à prévenir les infections à Campylobacter. Pendant des décennies, la surveillance d'autres agents pathogènes d'origine alimentaire, en particulier Salmonella et Listeria, avec des méthodes de typage hautement discriminatoires s'est avérée être un outil puissant pour la détection et les enquêtes sur les épidémies ainsi que pour suivre les tendances et l'émergence de souches épidémiques. Une surveillance similaire basée sur le typage pour Campylobacter n'a pas été largement utilisée et n'a généralement pas été très utile pour le processus de prise de décision sur les efforts de réduction par les autorités de santé publique et de sécurité des aliments.

La grande diversité des isolats de Campylobacter et l'hypothèse générale selon laquelle la plupart des infections à Campylobacter sont sporadiques sont des explications plausibles.

Nous avions déjà montré que, sur la base des données de séquençage du génome entier des isolats de Campylobacter en 2015-17, nous pouvions identifier de nombreux petits clusters ressemblant à des épidémies et, dans de nombreux cas, les lier génétiquement à des isolats animaux et alimentaires concurrents. Une grande partie des 774 isolats cliniques (27 %) pourrait être génétiquement liée à du poulet de chair ou à de la viande de poulet, alors que seuls quelques isolats cliniques (2 %) pourraient être génétiquement liés à des isolats de bovins. Une étude danoise cas-témoins menée au cours de la même période a mis en évidence plusieurs sources alimentaires de campylobactériose chez des enfants et des jeunes adultes, notamment la consommation de viande de poulet, de viande hachée bovine et de fraises fraîches.

Par conséquent, en plus de l'échantillonnage de la viande de poulet, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise a lancé des prélèvements et l'analyse de Campylobacter dans plusieurs autres sources alimentaires qui ont été identifiées par l'étude cas-témoins pour obtenir des connaissances sur l'impact de ces sources.

Dans notre étude 2015-2017, une comparaison des isolats humains avec les isolats alimentaires et animaux a été effectuée rétrospectivement et, par conséquent, aucune mesure de santé publique spécifique n'a été prise. Pour évaluer la valeur d'un système de surveillance prospective et continue basé sur le séquençage du génome entier pour Campylobacter au Danemark, nous avons lancé le séquençage du génome entier d'isolats provenant de cas humains et d'échantillons d'aliments vendus au détail ainsi que l'analyse simultanée de ces données intersectorielles. Ici, nous rapportons la première année de surveillance (2019) et montrons que la surveillance intégrée basée sur le séquençage du génome entier de Campylobacter chez l'homme et les sources alimentaires peut identifier des corrélations entre l'apparition de souches spécifiques dans la viande de poulet et les infections humaines. La surveillance a également permis de détecter des épidémies prolongées ou réapparues, ce qui permet des interventions spécifiques pour contrôler Campylobacter dans la chaîne de production alimentaire et ainsi prévenir les infections humaines.

Dans la conclusion, il est rapporté,

La surveillance basée sur le séquençage du génome entier des cas cliniques et des échantillons de poulet a amélioré notre compréhension de l'occurrence et de la dynamique des souches de Campylobacter dans la viande de poulet et de la corrélation avec des cas groupés humains. En règle générale, certaines souches n'étaient présentes dans la viande de poulet et/ou les cas humains que sur des périodes de quelques semaines ou mois, tandis que l'occurrence d'autres souches fluctuait dans le temps d'une manière qui pourrait être liée aux cycles de production dans chaque élevage de poulets. L'exemple le plus remarquable est la souche ST122#1 qui était présente chez des cas humains et dans la viande de poulet ainsi qu'à l'abattoir pendant au moins un an. La surveillance actuelle n'a pas été conçue pour élucider d'autres sources majeures d'infections et, bien que l'accent ait été mis sur la détection d’importantes épidémies, seules les épidémies liées au poulet ont été résolues car le suivi épidémiologique traditionnel s'est avéré avoir une valeur limitée. L'un des principaux impacts de la surveillance de 2019 est que l'association claire d'une proportion substantielle des cas humains à Campylobacter à la production de poulet danoise a accru la sensibilisation de l'industrie avicole. Bien que l'industrie de la volaille lutte contre Campylobacter depuis des années, cette étude, et en particulier l’importante épidémie, a conduit à de vastes initiatives et investissements ciblant Campylobacter tout au long de la chaîne de production. Ces interventions ont commencé peu de temps après l'apparition de l'épidémie et sont toujours en cours, ce qui est essentiel pour obtenir une diminution prononcée de la présence de Campylobacter dans la viande de poulet.

De plus, les enquêtes de suivi ont conduit à de nouvelles connaissances et ont soulevé plusieurs questions concernant l'épidémiologie de Campylobacter ainsi que sur les caractéristiques de la souche épidémique spécifique, qui devraient être abordées dans de futures études. Espérons que cette connaissance et cette sensibilisation conduiront à une diminution des cas humains danois de campylobactériose associés au poulet dans les années à venir.