Résumé
Campylobacter jejuni (C. jejuni) est la cause la plus fréquente de gastro-entérite bactérienne humaine dans le monde. On pense que la campylobactériose d'origine alimentaire est souvent causée par la manipulation et la consommation de viande de poulet insuffisamment cuite, mais l'épidémiologie de cette maladie est complexe et reste mal caractérisée, en particulier dans les pays nordiques.
Ici, nous avons utilisé des méthodes de pointe en épidémiologie génétique combinées à des données sur les antécédents des patients et sur les associations temporelles pour retracer les infections humaines à C. jejuni (n = 50) acquises au pays jusqu'à de la viande de poulet, dans une ville nordique de taille moyenne en Finlande lors d'un pic saisonnier.
Bien que 59,2% des isolats humains partageaient une séquence type avec un lot de poulets abattus avant le début de la maladie, une analyse plus approfondie au niveau du génome entier ont retracé seulement neuf cas (18,4%) à de la viande de poulet réfrigérée. Les isolats humains partageaient également des génotypes avec des isolats collectés à partir de lots de poulets abattus après le début de la maladie humaine, mettant en évidence le rôle des voies de transmission alternatives des poulets aux humains en plus de la chaîne alimentaire, ou d'une troisième source partagée.
La haute résolution offerte par wgMLST, combinée à de simples métadonnées, offre un moyen plus précis de retracer les cas sporadiques jusqu'aux sources possibles et de révéler un regroupement d'épidémies disséminées dans le temps, confirmant l'importance de compléter les enquêtes épidémiologiques avec des données épidémiologiques moléculaires.
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