Royaume-Uni: Le séquençage du génome entier révèle une grande diversité de Vibrio spp dans les crevettes vendues au détail

Food Safety News propose un article de chercheurs qui découvrent que des types Vibrio sont présents dans des crevettes commercialisées au Royaume-Uni. Elles présentent un faible risque pour l'homme.

Des scientifiques ont découvert que la moitié des crevettes prélevées étaient contaminées par Vibrio au Royaume-Uni, mais les souches bactériennes identifiées ne provoquent pas de maladie grave chez l'homme.

Des chercheurs du Quadram Institute ont étudié Vibrio dans des crevettes au Royaume-Uni pour comprendre la contribution de la bactérie aux maladies humaines et sa résistance aux antibiotiques. Les vibrions non cholériques ne sont pas un agent pathogène à déclaration obligatoire au Royaume-Uni et les programmes de surveillance ne le testent pas et ne l'analysent pas activement.

Un total de 211 échantillons de crevettes fraîches et congelées ont été collectés dans plus de 200 magasins entre mai 2018 et avril 2019 et cultivés pour les espèces de Vibrio. Une contamination a été détectée dans 46% des échantillons, et plusieurs isolats divers de Vibrio dont été obtenus à partir de 34% des échantillons positifs, selon l'étude publiée dans la revue Microbial Genomics.

Aucun lien majeur entre les cas humains à Vibrio et les crevettes

Le séquençage du génome entier et une analyse plus approfondie ont montré des différences entre les cas de génomes de Vibrio dérivés de crevettes et ceux d'origine humaine, suggérant que les crevettes ne sont pas une source majeure de cas de vibriose au Royaume-Uni. Les gènes associés à la maladie n'ont pas été retrouvés chez Vibrio parahaemolyticus dans l'étude, ce qui indique que les crevettes ne sont pas porteuses de souches pathogènes.

Les chercheurs ont appelé à une meilleure surveillance future pour protéger le public contre un risque accru de contamination induit par le changement climatique, qui pourrait introduire des types plus dangereux de Vibrio au Royaume-Uni, car la grande majorité des crevettes sont importées. À l'échelle mondiale, les infections à Vibrio sont en augmentation et elles suivent un schéma saisonnier attribué à une augmentation des températures de la mer.

Les bactéries Vibrio sont courantes dans les environnements estuariens ou marins. La plupart des espèces sont inoffensives, mais certaines peuvent causer des maladies si elles sont consommées.

La grande diversité de Vibrio au sein d'un seul échantillon a des implications pour l'attribution de la source et l'enquête sur les épidémies, car si un seul isolat est testé par échantillon, il est possible que les véritables événements de transmission ne soient pas identifiés, selon l'étude.

L’étude a été soutenue par la Food Standards Agency et le Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC).

Impact de la méthode de transformation

La proportion d'échantillons testés positifs pour Vibrio était la plus élevée dans les crevettes crues entières, suivies par les crevettes crues sans tête et décortiquées crues sans tête. Sur 62 échantillons de crevettes cuites, seulement cinq contenaient Vibrio.

Vibrio parahaemolyticus représentait 83 des 130 de tous les Vibrio identifiés et a été isolé de 66 des 211 échantillons de crevettes testés. Les crevettes crues étaient plus susceptibles d'être positives pour Vibrio que les crevettes cuites et les crevettes crues entières étaient plus susceptibles d'être positives que les crevettes crues décortiquées.

Pour lutter contre les maladies virales et bactériennes dans les stocks de production, les antimicrobiens sont couramment utilisés dans l'élevage de crevettes pour le traitement et la prévention.

Des gènes de résistance aux antimicrobiens ont été retrouvés dans 77% des isolats, et 12% portaient des gènes conférant une résistance à trois classes d’antibiotiques ou plus. Les gènes de résistance ont été retrouvés principalement chez Vibrio parahaemolyticus, bien que de multiples gènes de résistance aient également été identifiés chez Vibrio cholerae et Vibrio vulnificus.

«Grâce à cette enquête, nous avons découvert que les crevettes achetées au détail au Royaume-Uni hébergeaient une diversité d'espèces Vibrio et de gènes de résistance aux antibiotiques. L'enquête n'a pas seulement fourni des éclaircissements sur le niveau actuel de contamination par Vibrio dans les produits à base de crevettes au Royaume-Uni, elle a également créé un cadre pour orienter les efforts supplémentaires vers la protection de la sécurité des aliments à mesure que nous avançons dans l'avenir», a déclaré le Dr Nicol Janecko du Quadram Institute.

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