Dans l'étude la plus vaste et la plus complète à ce jour sur le
fardeau mondial de la résistance aux antimicrobiens (RAM), une
équipe internationale de chercheurs estime que plus de 1,2 millions
de personnes sont décédées d'infections résistantes aux
antibiotiques en 2019.
En utilisant les données de 204 pays et territoires sur 23
pathogènes bactériens et 88 combinaisons médicament-agent
pathogène, le rapport Global Research on Antimicrobial Resistance
(GRAM) a estimé que 1,27 million de décès en 2019 étaient
directement attribuables à une infection résistante
aux antibiotiques, sur 4,95 millions de décès qui étaient
associés à la RAM. Cela rend la résistance aux antimicrobiens plus
mortelle que les principales menaces de maladies infectieuses telles
que le paludisme et le VIH/SIDA. Seuls les cardiopathies ischémiques
et les accidents vasculaires cérébraux représentaient plus de
décès cette année-là.
Les résultats ont été publiés cette semaine
dans The
Lancet.
La plupart des décès ont été causés par six pathogènes
bactériens, selon le rapport du GRAM, et le fardeau de la mortalité
due à la RAM était le plus élevé dans les pays à revenu faible
et intermédiaire, l'Afrique subsaharienne et l'Asie du Sud ayant les
taux de mortalité attribuables aux pathogènes résistants les plus
élevés. Environ 1 décès sur 5 lié à la résistance concernait
des enfants de moins de 5 ans.
Alors que des études antérieures ont examiné les décès
attribuables à la RAM et associés dans certaines régions et pour
certaines combinaisons médicament-pathogène, il s'agit de la
première à fournir une image globale de l'impact d'un large
éventail de pathogènes résistants aux antibiotiques.
«Nos résultats montrent clairement que la
résistance aux antibiotiques de chacun de ces principaux agents
pathogènes est une menace majeure pour la santé mondiale qui mérite
plus d'attention, de financement, de renforcement des capacités, de
recherche et développement et d'établissement de priorités
spécifiques aux pathogènes de la part de la communauté mondiale de
la santé au sens large», ont écrit les
auteurs.
Estimation du fardeau de la RAM
L'étude, dirigée par des chercheurs du Big Data
Institute de l'Université d'Oxford et de l'Institute for Health
Metrics and Evaluation (IHME) de l'Université de Washington, a
utilisé des données provenant de diverses sources, y compris des
études publiées précédemment, des hôpitaux, des laboratoires de
diagnostic, des systèmes de surveillance nationaux, des centres de
recherche et des essais
cliniques.
Dans l'ensemble, les chercheurs ont obtenu 471
millions de dossiers individuels pour estimer, grâce à la
modélisation statistique, la charge de morbidité associée et
attribuable à la RAM pour 12 syndromes infectieux majeurs pour
toutes les régions du monde, y compris des
pays sans données.
Mohsen Naghavi, professeur de sciences de la
métrique de la santé à l'IHME et l'un des principaux auteurs de
l'étude, déclare qu'ils ont travaillé sur le projet GRAM,
qui s'appuie sur les estimations de décès et d'incidence
développées pour l'étude de l’IHME
Global Burden of Disease, depuis plusieurs années.
«Nous avions une bonne base et des données sur
la mortalité par cause, mais il y a 4 ans, nous avons décidé de
calculer les pathogènes et l'effet de la résistance aux
antimicrobiens sur le fardeau de la maladie», a-t-il déclaré.
Naghavi et ses collègues ont estimé le fardeau
de la RAM à l'aide de deux scénarios contrefactuels. Pour estimer
les décès directement attribuables à un pathogène résistant,
ils ont envisagé un scénario dans lequel ces infections étaient
remplacées par des infections sensibles. Pour les décès associés,
ils ont envisagé un scénario alternatif dans lequel toutes les
infections résistantes aux antibiotiques étaient remplacées par
aucune infection.
«La question est de savoir ce qui se passe si
vous supprimez toutes les bactéries résistantes ? Toutes ces
infections disparaissent-elles ou sont-elles remplacées par des
infections sensibles ? a expliqué le co-auteur de l'étude, Kevin
Ikuta, clinicien
à l'IHME.
Sur les 1,27 millions
de décès (intervalle d'incertitude à 95% [II],
0,911 million à 1,71 millions)
directement attribuables à la RAM, l'étude a estimé que 929 000
(73%) étaient causés par six pathogènes: Escherichia
coli, Staphylococcus
aureus, Klebsiella
pneumoniae, Streptococcus
pneumoniae,
Acinetobacter baumannii et Pseudomonas
aeruginosa. Ces mêmes six pathogènes
étaient responsables de 3,57 millions (72%) des 4,95 millions de
décès (95% II,
3,62 millions à 6,57 millions) associés à la RAM.
Les sept
principales combinaisons pathogène-médicament pour les décès
attribuables et associés étaient Staphylococcus
aureus résistant à la méthicilline,
la tuberculose multirésistante, E. coli
résistant aux céphalosporines de
troisième génération, A. baumanii
résistant aux carbapénèmes, E. coli
résistant aux fluoroquinolones, K.
pneumoniae résistant aux carbapénèmes
et résistant aux carbapénèmes et K.
pneumoniae résistant aux
céphalosporines de troisième génération.
«Les sept microbes
que nous identifions correspondent assez étroitement à la liste des
pathogènes prioritaires de l'OMS», a dit
Ikuta. Cette liste
a été élaborée par l'OMS en 2017 pour guider le développement de
nouveaux antibiotiques.
Les syndromes infectieux qui ont principalement
causé ces décès attribuables et associés étaient les infections
des voies respiratoires inférieures et du thorax, les infections du
sang et les infections intra-abdominales. Les trois combinés
représentaient 78,8% des décès attribuables en 2019, les
infections des voies respiratoires inférieures représentant à
elles seules plus de 400 000 décès attribuables et 1,5 millions
de décès associés. Les bactériémies résistantes ont provoqué
370 000 décès attribuables et étaient liés à 1,5 millions
de décès associés.
Parmi les pathogènes, la résistance aux
antibiotiques de la famille des
fluoroquinolones et aux antibiotiques
bêta-lactamines, qui sont souvent les traitements de première
intention des infections bactériennes, a représenté plus de 70 %
des décès attribuables à la RAM.
Impact sur les régions à revenu faible et
intermédiaire
L'analyse a également révélé que la charge de
mortalité la plus élevée due aux pathogènes résistants aux
antibiotiques en 2019 se situait dans les régions à revenu faible
et intermédiaire. L'Afrique subsaharienne avait le fardeau le plus
élevé (27,3 décès pour 100 000 attribuables à la RAM et 98,9
pour 100 000 associés à la RAM), suivie de l'Asie du Sud (21,5/100
000 décès attribuables et 76,8/100 000 décès associés).
En comparaison, les régions à revenu élevé
avaient un taux de mortalité attribuable à la RAM de 13/100 000 et
un taux de mortalité associé à la RAM de 55,7/100 000. Le fardeau
régional de la RAM le plus bas était en Australasie (6,5/100 000
décès attribuables et 28,0/100 000 décès associés).
L'étude note que la mortalité élevée due à la
RAM constatée dans ces régions pourrait surprendre certains, car la
consommation d'antibiotiques est plus élevée dans les pays les plus
riches, et on pourrait donc s'attendre à ce que la RAM ait plus
d'impact dans ces régions. Mais le fardeau de la résistance aux
antimicrobiens dans les régions les plus pauvres du monde reflète
un certain nombre de facteurs au-delà de la prévalence des
pathogènes résistants, tels qu'une fréquence plus élevée
d'infections critiques, un assainissement et une hygiène médiocres
et un accès insuffisant aux antibiotiques de deuxième et de
troisième intention qui sont nécessaires pour traiter les
infections résistantes.
Naghavi et Ikuta disent que cela signifie que la
réponse à la RAM dans ces pays doit être multifactorielle.
«Le problème n'est pas seulement l'utilisation
d'antibiotiques», a dit
Naghavi, ajoutant qu'une meilleure qualité des soins dans les
hôpitaux, une meilleure hygiène, une utilisation plus prudente des
antibiotiques dans la production alimentaire et de meilleurs
diagnostics peuvent tous jouer un rôle dans la réduction de la
mortalité due à la RAM dans ces régions.
Les vaccins pourraient également faire une
différence, ont-ils noté. Sur les six principaux pathogènes, un
seul, S. pneumoniae,
a fait l'objet d'un important programme de vaccination.
Mais pour toutes les régions du monde, les
résultats affirment que la RAM n'est pas seulement une menace
abstraite qui se profile dans l'ombre, dit Ikuna.
«C'est une cause
majeure de perte de santé maintenant, avec au moins 1,2 millions
de décès en 2019», a-t-il dit.
«C'est un signal d'avertissement indiquant que cela exerce une
pression supplémentaire sur les prestataires de santé et les
établissements.»
Un ‘moment crucial’ pour l'AMR
Les experts en maladies infectieuses et les
défenseurs de la gestion des antibiotiques affirment que l'étude,
qui a été financée par la Fondation Bill & Melinda Gates,
Wellcome Trust et le Fleming Fund du ministère britannique de la
Santé et des Affaires sociales, devrait être un signal d'alarme
pour le public et les décideurs.
«Il s'agit d'un moment crucial pour la résistance
aux antimicrobiens et pour pousser encore plus loin l'agenda
politique», a déclaré Francesca Chiara, directrice du
Center for Infectious Disease Research and
Policy's Antimicrobial Stewardship Project (CIDRAP-ASP) de
l'Université du Minnesota. «Espérons que les décideurs et les
gouvernements giflés par ces chiffres accepteront enfin de prendre
des mesures plus décisives.»
Avant cette étude, l'estimation la plus largement
acceptée des décès dus à la RAM dans le monde provenait d'une
revue
de 2014 sur la résistance aux antimicrobiens
de Lord Jim O'Neill, qui utilisait les données disponibles sur six
pathogènes pour estimer que la RAM était responsable d'au moins 700
000 décès par
an. Ce rapport concluait que la RAM pourrait tuer jusqu'à 10
millions de personnes par an d'ici 2050 si aucune mesure n'était
prise.
Helen Boucher, doyenne par intérim de la faculté
de médecine de l'Université Tufts, affirme que de nombreuses
personnes dans le domaine craignent depuis longtemps que l'impact
mondial de la RAM, tant en termes de décès que de maladie, soit
plus important. Elle dit que les résultats mettent en évidence la
nécessité d'une action urgente et accélérée sur la gestion des
antimicrobiens, la surveillance, la prévention et le contrôle des
infections, et de nouveaux antibiotiques et diagnostics.
«Le fait est que la RAM vous affecte, vous et
moi, aujourd'hui et demain», a-t-elle dit.
«Le besoin d'action n'a jamais été aussi grand.»
Henry Skinner, PDG de l'AMR Action Fund, un
partenariat public-privé travaillant à stimuler le pipeline de
nouveaux antibiotiques, était d'accord.
«Ces chiffres ne sont malheureusement pas
surprenants mais sont des plus troublants», a dit
Skinner dans un communiqué.
«Les experts tirent la sonnette d'alarme sur la résistance aux
antimicrobiens depuis des années, et des millions de patients sont
morts et continueront de mourir d'infections pour lesquelles nous
n'avons pas de traitement efficace.»
Dans un commentaire
accompagnant l'étude du Lancet,
Ramanan Laxminarayan, directeur du Center for Disease Dynamics,
Economics & Policy, déclare que si l'étude aide à fournir une
image plus claire de l'impact mondial des infections résistantes aux
antibiotiques, le vrai fardeau peut
être encore plus lourde.
«La médecine moderne, y compris la
chirurgie, la chimiothérapie, les transplantations d'organes et
d'autres procédures invasives, nécessite des antibiotiques
efficaces», a-t-il écrit. «Les infections non traitables réduisent
la valeur de ces procédures et diminuent ainsi leur valeur pour les
patients, mais ce fardeau supplémentaire est difficile à mesurer et
n'est pas traité.»
Laxminarayan a ajouté que les dépenses mondiales
sur la résistance aux antimicrobiens doit correspondre à l'ampleur
du problème et viser en premier lieu à prévenir les infections, à
s'assurer que les antibiotiques existants sont utilisés de manière
appropriée et à mettre de nouveaux antibiotiques sur le marché.
«Les responsables politiques et de la santé aux
niveaux local, national et international doivent prendre au sérieux
l'importance de lutter contre la résistance aux antimicrobiens et le
défi d'un accès limité à des antibiotiques abordables et
efficaces», a-t-il écrit.
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