Dans l'étude la plus vaste et la plus complète à ce jour sur le fardeau mondial de la résistance aux antimicrobiens (RAM), une équipe internationale de chercheurs estime que plus de 1,2 millions de personnes sont décédées d'infections résistantes aux antibiotiques en 2019.
En utilisant les données de 204 pays et territoires sur 23 pathogènes bactériens et 88 combinaisons médicament-agent pathogène, le rapport Global Research on Antimicrobial Resistance (GRAM) a estimé que 1,27 million de décès en 2019 étaient directement attribuables à une infection résistante aux antibiotiques, sur 4,95 millions de décès qui étaient associés à la RAM. Cela rend la résistance aux antimicrobiens plus mortelle que les principales menaces de maladies infectieuses telles que le paludisme et le VIH/SIDA. Seuls les cardiopathies ischémiques et les accidents vasculaires cérébraux représentaient plus de décès cette année-là.
Les résultats ont été publiés cette semaine dans The Lancet.
La plupart des décès ont été causés par six pathogènes bactériens, selon le rapport du GRAM, et le fardeau de la mortalité due à la RAM était le plus élevé dans les pays à revenu faible et intermédiaire, l'Afrique subsaharienne et l'Asie du Sud ayant les taux de mortalité attribuables aux pathogènes résistants les plus élevés. Environ 1 décès sur 5 lié à la résistance concernait des enfants de moins de 5 ans.
Alors que des études antérieures ont examiné les décès attribuables à la RAM et associés dans certaines régions et pour certaines combinaisons médicament-pathogène, il s'agit de la première à fournir une image globale de l'impact d'un large éventail de pathogènes résistants aux antibiotiques.
«Nos résultats montrent clairement que la résistance aux antibiotiques de chacun de ces principaux agents pathogènes est une menace majeure pour la santé mondiale qui mérite plus d'attention, de financement, de renforcement des capacités, de recherche et développement et d'établissement de priorités spécifiques aux pathogènes de la part de la communauté mondiale de la santé au sens large», ont écrit les auteurs.
Dans l'ensemble, les chercheurs ont obtenu 471 millions de dossiers individuels pour estimer, grâce à la modélisation statistique, la charge de morbidité associée et attribuable à la RAM pour 12 syndromes infectieux majeurs pour toutes les régions du monde, y compris des pays sans données.
Mohsen Naghavi, professeur de sciences de la métrique de la santé à l'IHME et l'un des principaux auteurs de l'étude, déclare qu'ils ont travaillé sur le projet GRAM, qui s'appuie sur les estimations de décès et d'incidence développées pour l'étude de l’IHME Global Burden of Disease, depuis plusieurs années.
«Nous avions une bonne base et des données sur la mortalité par cause, mais il y a 4 ans, nous avons décidé de calculer les pathogènes et l'effet de la résistance aux antimicrobiens sur le fardeau de la maladie», a-t-il déclaré.
Naghavi et ses collègues ont estimé le fardeau de la RAM à l'aide de deux scénarios contrefactuels. Pour estimer les décès directement attribuables à un pathogène résistant, ils ont envisagé un scénario dans lequel ces infections étaient remplacées par des infections sensibles. Pour les décès associés, ils ont envisagé un scénario alternatif dans lequel toutes les infections résistantes aux antibiotiques étaient remplacées par aucune infection.
«La question est de savoir ce qui se passe si vous supprimez toutes les bactéries résistantes ? Toutes ces infections disparaissent-elles ou sont-elles remplacées par des infections sensibles ? a expliqué le co-auteur de l'étude, Kevin Ikuta, clinicien à l'IHME.
«Les sept microbes que nous identifions correspondent assez étroitement à la liste des pathogènes prioritaires de l'OMS», a dit Ikuta. Cette liste a été élaborée par l'OMS en 2017 pour guider le développement de nouveaux antibiotiques.
Les syndromes infectieux qui ont principalement causé ces décès attribuables et associés étaient les infections des voies respiratoires inférieures et du thorax, les infections du sang et les infections intra-abdominales. Les trois combinés représentaient 78,8% des décès attribuables en 2019, les infections des voies respiratoires inférieures représentant à elles seules plus de 400 000 décès attribuables et 1,5 millions de décès associés. Les bactériémies résistantes ont provoqué 370 000 décès attribuables et étaient liés à 1,5 millions de décès associés.
Parmi les pathogènes, la résistance aux antibiotiques de la famille des fluoroquinolones et aux antibiotiques bêta-lactamines, qui sont souvent les traitements de première intention des infections bactériennes, a représenté plus de 70 % des décès attribuables à la RAM.
En comparaison, les régions à revenu élevé avaient un taux de mortalité attribuable à la RAM de 13/100 000 et un taux de mortalité associé à la RAM de 55,7/100 000. Le fardeau régional de la RAM le plus bas était en Australasie (6,5/100 000 décès attribuables et 28,0/100 000 décès associés).
L'étude note que la mortalité élevée due à la RAM constatée dans ces régions pourrait surprendre certains, car la consommation d'antibiotiques est plus élevée dans les pays les plus riches, et on pourrait donc s'attendre à ce que la RAM ait plus d'impact dans ces régions. Mais le fardeau de la résistance aux antimicrobiens dans les régions les plus pauvres du monde reflète un certain nombre de facteurs au-delà de la prévalence des pathogènes résistants, tels qu'une fréquence plus élevée d'infections critiques, un assainissement et une hygiène médiocres et un accès insuffisant aux antibiotiques de deuxième et de troisième intention qui sont nécessaires pour traiter les infections résistantes.
Naghavi et Ikuta disent que cela signifie que la réponse à la RAM dans ces pays doit être multifactorielle.
«Le problème n'est pas seulement l'utilisation d'antibiotiques», a dit Naghavi, ajoutant qu'une meilleure qualité des soins dans les hôpitaux, une meilleure hygiène, une utilisation plus prudente des antibiotiques dans la production alimentaire et de meilleurs diagnostics peuvent tous jouer un rôle dans la réduction de la mortalité due à la RAM dans ces régions.
Les vaccins pourraient également faire une différence, ont-ils noté. Sur les six principaux pathogènes, un seul, S. pneumoniae, a fait l'objet d'un important programme de vaccination.
Mais pour toutes les régions du monde, les résultats affirment que la RAM n'est pas seulement une menace abstraite qui se profile dans l'ombre, dit Ikuna.
«C'est une cause majeure de perte de santé maintenant, avec au moins 1,2 millions de décès en 2019», a-t-il dit. «C'est un signal d'avertissement indiquant que cela exerce une pression supplémentaire sur les prestataires de santé et les établissements.»
«Il s'agit d'un moment crucial pour la résistance aux antimicrobiens et pour pousser encore plus loin l'agenda politique», a déclaré Francesca Chiara, directrice du Center for Infectious Disease Research and Policy's Antimicrobial Stewardship Project (CIDRAP-ASP) de l'Université du Minnesota. «Espérons que les décideurs et les gouvernements giflés par ces chiffres accepteront enfin de prendre des mesures plus décisives.»
Avant cette étude, l'estimation la plus largement acceptée des décès dus à la RAM dans le monde provenait d'une revue de 2014 sur la résistance aux antimicrobiens de Lord Jim O'Neill, qui utilisait les données disponibles sur six pathogènes pour estimer que la RAM était responsable d'au moins 700 000 décès par an. Ce rapport concluait que la RAM pourrait tuer jusqu'à 10 millions de personnes par an d'ici 2050 si aucune mesure n'était prise.
Helen Boucher, doyenne par intérim de la faculté de médecine de l'Université Tufts, affirme que de nombreuses personnes dans le domaine craignent depuis longtemps que l'impact mondial de la RAM, tant en termes de décès que de maladie, soit plus important. Elle dit que les résultats mettent en évidence la nécessité d'une action urgente et accélérée sur la gestion des antimicrobiens, la surveillance, la prévention et le contrôle des infections, et de nouveaux antibiotiques et diagnostics.
«Le fait est que la RAM vous affecte, vous et moi, aujourd'hui et demain», a-t-elle dit. «Le besoin d'action n'a jamais été aussi grand.»
Henry Skinner, PDG de l'AMR Action Fund, un partenariat public-privé travaillant à stimuler le pipeline de nouveaux antibiotiques, était d'accord.
«Ces chiffres ne sont malheureusement pas surprenants mais sont des plus troublants», a dit Skinner dans un communiqué. «Les experts tirent la sonnette d'alarme sur la résistance aux antimicrobiens depuis des années, et des millions de patients sont morts et continueront de mourir d'infections pour lesquelles nous n'avons pas de traitement efficace.»
Dans un commentaire accompagnant l'étude du Lancet, Ramanan Laxminarayan, directeur du Center for Disease Dynamics, Economics & Policy, déclare que si l'étude aide à fournir une image plus claire de l'impact mondial des infections résistantes aux antibiotiques, le vrai fardeau peut être encore plus lourde.
«La médecine moderne, y compris la chirurgie, la chimiothérapie, les transplantations d'organes et d'autres procédures invasives, nécessite des antibiotiques efficaces», a-t-il écrit. «Les infections non traitables réduisent la valeur de ces procédures et diminuent ainsi leur valeur pour les patients, mais ce fardeau supplémentaire est difficile à mesurer et n'est pas traité.»
Laxminarayan a ajouté que les dépenses mondiales sur la résistance aux antimicrobiens doit correspondre à l'ampleur du problème et viser en premier lieu à prévenir les infections, à s'assurer que les antibiotiques existants sont utilisés de manière appropriée et à mettre de nouveaux antibiotiques sur le marché.
«Les responsables politiques et de la santé aux niveaux local, national et international doivent prendre au sérieux l'importance de lutter contre la résistance aux antimicrobiens et le défi d'un accès limité à des antibiotiques abordables et efficaces», a-t-il écrit.
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