mercredi 2 février 2022

Consultation sur les burgers saignants au Royaume-Uni. Quid de la cuisson des steaks hachés en France?

«La FSA du Royaume-Uni sollicite les commentaires du public sur les conseils concernant les burgers saignants», source artile paru dans Food Safety News, complété par mes soins -aa.

La consultation concerne les burgers de bœuf moins bien cuits à cœur: lignes directrices pour les exploitants du secteur alimentaire et les agents des autorités locales.

Nous accueillons favorablement les points de vue des parties prenantes sur les modifications proposées à nos directives sur les burgers (ou steaks hachés) de bœuf moins que bien cuits à cœur.

La Food Standards Agency (FSA) du Royaume-Uni a ouvert une période de consultation publique sur les modifications apportées aux lignes directrices sur les burgers de bœuf moins que bien cuits à cœur.

L'agence demande également aux personnes leur avis sur la question de savoir si le terme «moins que bien cuit à cœur» doit être conservé ou remplacé par «saignant», «rose» ou «légèrement cuit».

Les lignes directrices, initialement publiées en 2016, sont destinées aux entreprises qui servent de tels burgers et aux autorités locales qui effectuent les contrôles officiels connexes. Elles comprennent des conseils sur les contrôles et les systèmes de sécurité sanitaire pour réduire les risques associés aux burgers de bœuf moins bien cuits à cœur.

Les changements comprennent la fourniture de plus d'informations sur la manière dont la conformité peut être atteinte et la mise en évidence des meilleures pratiques, des conseils sur l'achat de viande bovine hachée ou de burgers de bœuf provenant de sites agréés pour la fabrication de produits destinés à être moins bien cuits à cœur et et plus de détails sur les messages aux consommateurs.

La FSA a estimé le coût de familiarisation pour le monde des affaires à moins de 32 000 £ (38 350 euros). Ce calcul est basé sur le nombre d'entreprises servant des burgers moins que bien cuits à cœur et sur le temps nécessaire aux responsables pour lire les lignes directrices dans chaque entreprise.

Les burgers de boeuf sont bien cuits à cœur lorsqu'une température de 70°C pendant deux minutes ou l'équivalent a été atteinte. Le conseil de l'USDA est que les burgers doivent être cuits à une température interne minimale de 160 degrés F ou 74°C.

Équilibrer les risques et le choix du consommateur
Si les burgers ne sont pas entièrement cuits à cœur, il existe un risque que des bactéries dangereuses, telles que Salmonella et E. coli O157, survivent et provoquent une intoxication alimentaire. Lorsque la viande est hachée et que des burgers se forment, les bactéries normalement présentes à l'extérieur de la viande peuvent se propager dans de grandes quantités de viande hachée.

La demande des consommateurs pour des burgers légèrement cuits a augmenté ces dernières années et la FSA a reconnu que certaines personnes souhaitent les consommer. L'agence recommande aux enfants, aux femmes enceintes, aux personnes âgées et à toute personne dont le système immunitaire est affaibli de préparer leurs burgers bien cuits à cœur.

Les entreprises peuvent servir des burgers de bœuf saignant si elles démontrent qu'elles ont contrôlé les risques à des niveaux acceptables. Les entreprises doivent d'abord informer leur autorité locale et disposer d'un système de management de la sécurité des aliments (SMSA) qui prend en compte cette offre.

Le document couvre la méthode de saisie et d’enregistrement, la méthode de contrôle de la source et la méthode sous-vide pour les burgers de bœuf. Elle ne s'applique pas aux burgers à base d'autres viandes. Le conseil de la FSA est que ces burgers doivent être bien cuits à cœur.

Le message destiné aux consommateurs aide les gens à comprendre les risques potentiels liés à la consommation de burgers de bœuf saignants et vise à décourager les consommateurs de les consommer à la maison.
Les commentaires sur la consultation sont ouverts jusqu'au 27 avril.

Qu’en est-il en France ?
Plusieurs documents sont proposés, liste non exhaustive, sans doute une homgénéité des informations serait nécessaire, rien de bien neuf avant les élections présidentielles, c'est aussi hélas l'auberge espagnole ...
Notons que c'est l’Anses fournit le plus de documents.

Pour les protéger des pathogènes, la consommation de la viande hachée bien cuite à cœur est recommandée aux jeunes enfants, aux femmes enceintes et aux personnes immunodéprimées.

La cuisson «saignant» d’un steak haché n’est pas suffisante pour assurer une protection en cas de contamination par un pathogène. Il est fortement conseillé aux enfants de moins de cinq ans et aux personnes immunodéprimées de consommer le steak haché bien cuit à cœur. Les femmes enceintes et les personnes immunodéprimées doivent bien cuire tout type de viande.
Il est précisé en petits caractères,
L’atteinte d’une température de +70°C à cœur, mesurée à l’aide d’un thermomètre, est usuellement recommandée aux professionnels de la restauration collective. Un savoir-faire est nécessaire pour réaliser correctement une telle prise de température.

La note d’information interministérielle DGAL/ SDSSA/O2007-8001 du 13 février 2007 relative aux recommandations concernant la cuisson des steaks hachés dans le cadre de la prévention des infections par EHEC pour les professionnels de la restauration collective, recommande une cuisson avec une température à cœur de 65°C. Par ailleurs, une température à cœur plus élevée (70°C) est souvent recommandée afin de lutter non seulement contre les EHEC, mais aussi contre d’autres dangers microbiens.
Recomandation n°8: Haché bien cuit. Les jeunes enfants, les femmes enceintes et les personnes âgées et les personnes immunodéprimées doivent consommer la viande hachée cuite à cœur pour se protéger des agents pathogènes. L' image ci-contre est proposée.

Une cuisson des aliments à une température de 70°C à cœur permet d’éliminer la majorité des microorganismes pathogènes.
La consommation de la viande hachée est recommandée bien cuite à cœur pour les jeunes enfants, les femmes enceintes et les personnes âgées et immunodéprimées.

Au niveau du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation, on peut trouver au moins deux documents,

Les bactéries responsables du syndrome hémolytique et urémique sont présentes dans les intestins de nombreux animaux supportent bien le froid (survie de plusieurs jours dans un réfrigérateur), mais sont détruites par la cuisson. Les bactéries sont tuées par une chaleur de plus de 65°C.

Cuisson à coeur des viandes, notamment des steaks hachés (non rosé à coeur, T°>63°C).

À propos du syndrome hémolytique et urémique pédiatrique,
Les Escherichia coli producteurs de shigatoxines, bactéries responsables du syndrome hémolytique et urémique, supportent bien le froid (survie de plusieurs jours dans un réfrigérateur), en revanche elles sont détruites par la cuisson.
Il est également noté, «Cuire à cœur la viande, surtout la viande de bœuf hachée.»

Sur le syndrome hémolytique et urémique,
La cuisson des viandes, et surtout de la viande hachée de bœuf, doit être effectuée à cœur. Pour cela, il faut s’assurer que la viande est cuite au centre et qu’elle n’est plus rosée.

Que penser de tout cet ensemble, à mons sens, il vous faut voter pour le candidat qui recommandera le recours à un thermomètre alimentaire !

Last but not the least, on pourrait en France utilier les recommandations de l’OMS pour des aliments plus sûrs.
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Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.

mardi 1 février 2022

Bref comparatif de la gestion du loup entre la Suisse et la France

Article où l’on va voir qu’avec un sujet comme le loup, en France et en Suisse, on n’a pas vraiment la même approche, même si des agriculteurs des deux pays se plaignent des dégats occasionnés par ce prédateur. 

Selon une dépêche AFP via agri-mutuel, «Un agriculteur appelle à tuer des loups, une enquête est ouverte»

Une enquête a été ouverte après un appel à «tuer et faire disparaître les loups», une espèce protégée en France, lancé par un agriculteur président de la Coordination rurale de la Creuse, a indiqué dimanche la secrétaire d'Etat chargée de la biodiversité, Bérangère Abba.

L’enquête demandée est déjà curieuse mais qu’il existe un secrétaire d’État à la bioviversité, alors, là, je rigole …, particularisme, bien de chez nous, semble-t’il …

«Il faut le tuer, le faire disparaître et ne rien dire, ce sera la meilleure solution. Un agriculteur travaille pour nourrir l’être humain, ne travaille pas pour nourrir un prédateur tel que le loup».

«Au delà de l’image surréaliste d’un représentant syndical prônant l’usage des armes et la dissimulation de preuves pour s’affranchir des règles de droit, tuer ou appeler à tuer une espèce protégée est illégal et constitue un délit. Une enquête est ouverte », a répondu Bérangère Abba, également sur Twitter.

«Le loup est une espèce protégée. le tuer est illégal. Les services du ministère se sont saisis du dossier» a ajouté dans la soirée Barbara Pompili, ministre de la Transition écologique, toujours sur Twitter.

Plusieurs moutons avaient été attaqués fin décembre sur la commune de Féniers en Creuse, département où une cellule de veille a été mise en place depuis 2020, composée des associations de protection de la nature, des services de l’Etat, collectivités locales et forestiers. Toute observation du loup doit être signalée au service départemental de l’Office français de la biodiversité (OFB).

En France, les agriculteurs, apparemment, ne sont pas représentés dans cette cellule de veille, étonnant, non ?

Et en Suisse me direz-vous, «Les loups doivent pouvoir être tirés préventivement». Inimaginable en France, n’est-il pas ?

La régulation des loups revient sur le devant de la scène. Un peu plus d'un an après le rejet de la loi sur la chasse, la commission de l'environnement du National approuve sans opposition une initiative de son homologue du Conseil des Etats, autorisant les tirs préventifs de ces prédateurs. Un projet de loi doit être élaboré.

La régulation préventive existe déjà pour les bouquetins, qui sont eux aussi protégés. La commission du Conseil des Etats veut élargir cette méthode aux loups. L'augmentation de leur population pose des problèmes, notamment dans les régions de montagnes, plaide-t-elle.

L'élimination de meutes ou d'individus doit être autorisée, là où l'agriculture est menacée. Il doit aussi être permis d'abattre les loups qui s'approchent de façon menaçante des zones habitées et des êtres humains, ou contre lesquels les mesures de protection des troupeaux sont inefficaces. Les cantons devront justifier les mesures de régulation, ainsi que leurs objectifs.

Le texte offre davantage de souplesse dans la gestion des loups, salue la commission de l'environnement du National dans un communiqué publié mardi. Grâce à une régulation proactive, les populations seront maintenues à un niveau tolérable pour les éleveurs sans être pour autant mises en péril.

Voilà deux situations à peu près identiques face au péril loup, mais deux actions diamétralement opposées, un symptôme de la gestion ubuesque, donc française du loup.

Pendant ce temps, La présence d'un loup observée dans la Somme.

Mise à jour du 19 février 2022. Constat à propos du Loup: un quart des alpages de la zone sud du Jura très vulnérables.
Dans le canton de Vaud, un quart des alpages de la zone sud du Jura sont très vulnérables face au loup. C'est ce qui ressort des premiers résultats de l'analyse de vulnérabilité des alpages vaudois commandée par le Département de l'environnement et de la sécurité. Berne autorise par ailleurs le canton à élargir le périmètre de tir de régulation de la meute du Marchairuz.

Mise à jour du 10 mars 2022Selon AGIR de Suisse, «Protection des troupeaux: les cantons alpins revoient les critères». Alors que la loi sur la chasse est en cours de révision à Berne, les cantons alpins veulent des critères clairs pour la protection des troupeaux face aux attaques de loup. Ils revoient ceux qui devraient être appliqués cet été en vue de l'obtention d'indemnités et de la délivrance des autorisations de tir.

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Une étude génomique aide à guider le développement du vaccin contre Shigella

Image du CDC.
«Une étude génomique aide à guider le développement du vaccin contre Shigella», source communiqué de l’Université de Liverpool.

Une nouvelle étude génomique menée par l'Université de Liverpool aidera à guider le développement et l'utilisation de vaccins contre une des principales causes mondiales de diarrhée sévère chez les enfants, Shigella.

Shigella est la principale cause bactérienne de diarrhée infantile sévère dans les pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI) et devient de plus en plus résistant aux antimicrobiens. Cependant, il n'existe pas de vaccin homologué largement disponible pour Shigella et l'un des principaux défis de son développement est la diversité génomique et phénotypique considérable de la bactérie.

Dans un nouvel article publié dans Nature Microbiology, des chercheurs ont analysé les séquences du génome entier de 1 246 échantillons de Shigella collectés systématiquement dans sept PRFI pour caractériser cette diversité, qui est essentielle pour éclairer le développement et la mise en œuvre de vaccins, et d'autres aspects du contrôle des maladies.

La collection inégalée d'échantillons couvrait les quatre espèces de Shigella (S. sonnei, S. flexneri, S. boydii et S. dysenteriae) et a été collectée dans le cadre de l'étude mondiale multicentrique entérique (GEMS pour Global Enteric Multicenter Study) entre 2007 et 2011.

L'étude met en évidence les caractéristiques des pathogènes qui compliqueront les approches vaccinales actuelles, les différences régionales dans la diversité de Shigella, ainsi que les déterminants de la résistance aux antimicrobiens.

Parmi les résultats, citons que Shigella sonnei contribue au moins six fois plus à la maladie que les autres espèces de Shigella par rapport à sa diversité génomique, et que la diversité et la capacité d'adaptation existantes parmi S. flexneri peuvent générer des variants d'échappement au vaccin en moins de six mois.

La recherche révèle également l'évolution convergente de la résistance à la ciprofloxacine, l'antimicrobien actuellement recommandé par l'OMS pour le traitement de la shigellose.

La Dr Rebecca Bengtsson, qui a dirigé l'analyse des données, a déclaré: «La génomique des pathogènes est un outil puissant qui a un large éventail d'applications pour aider à combattre les maladies infectieuses. Grâce à des analyses génomiques d'un ensemble de données épidémiologiquement représentatif, nous avons révélé l'étendue de la diversité génomique de la population de Shigella ayant un impact sur les personnes les plus vulnérables à la shigellose, et les implications que cette diversité a sur les stratégies vaccinales actuelles.

De nombreuses approches vaccinales actuelles se concentrent sur le sérotype Shigella, mais il existe > 50 sérotypes parmi Shigella et ceux-ci peuvent changer rapidement pour générer des variants d'évasion immunitaire. Une alternative intéressante et/ou un complément à cette approche sont les vaccins à sous-unités spécifiques qui ciblent des protéines hautement conservées et peuvent offrir une large protection, mais le degré de variation antigénique de ces cibles est inconnu. Cette étude a exploré la quantité et le type de variation des antigènes et la vitesse à laquelle ils peuvent changer de sérotype. Dans l'ensemble, les résultats suggèrent que les antigènes à base de protéines fournissent des cibles vaccinales plus stables pour ce pathogène d'importance mondiale.

La Dr Kate Baker, qui a dirigé l'étude, a déclaré: «Le fardeau de la maladie et l'augmentation de la résistance aux antimicrobiens de Shigella appellent une révision des options de traitement et de gestion, et un élan important s'est créé pour relever ce défi. La diversité génomique de Shigella présente un obstacle majeur au contrôle de la maladie et nous avons démontré les pièges anticipés des approches de vaccination actuelles. Cela met en évidence la nécessité de prendre en compte la diversité génomique dans le développement de vaccins et les plans de traitement pour Shigella et d'autres pathogènes.

L'étude a été financée par le Medical Research Council et a été réalisée en partenariat avec l'Earlham Institute et l'Université du Maryland, Baltimore Center for Vaccine Development and Global Health.

Merci à Joe Whitworth de m’avoir signalé l’information.

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Choses lues sur l'Europe, l'Europe, l'Europe ...

Alors que d'aucuns s'extasient sur la présidence française du conseil de l'Union européenne, le philosophe Pierre Manent, nous ramène à quelques réalités souvent occultées ... et c'est simple, juste et efficace ...

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Janvier 2022 et les rappels de produits alimentaires, c'est toujours du très grand spectale !

Extrait des Tontons flingueurs mis à la sauce des rappels de produits alimentaires en France, 

«Si les rappels t'intéressent, laisse nous t'dire que tu t'prépares des nuits blanches... des migraines... des «nervous breakdown», comme on dit de nos jours.»

Le mois de janvier 2022 n’a pas été vraiment différents des autres mois de 2021, (2021, des rappels de produits alimentaires d'une étendue sans précédent en France), le changement dans la continuité, et cela ne fait pas un programme sur la sécurité des aliments, on bouche les trous comme on peut ...

Dans cet article, vous aurez tout d’abord le bilan de la quatrième semaine de janvier 2022, puis, un bilan du mois de janvier 2022.

Quatrième semaine de janvier 2022
Rappels du 24 janvier 2022: 23
oxyde d’éthylène: 21
Listeria monocytogenes: 2
Coulisses des rappels
A noter un rappel de choucroute de la mer au Luxembourg le 24 janvier 2022 pour cause de présence de Listeria monocytogenes, mais pas de notification au RASFF de l’UE.
Rappels du 25 janvier 2022: 8
oxyde d’éthylène: 3
Salmonella: 2
corps étrangers: 2
rupture de la chaîne du froid:1
Coulisses des rappels
Salmonella et ravioles: 11e rappel de ravioles depuis le 12 janvier 2022. Arrêtez le massacre !
Rappels du 26 janvier 2022: 4
Listeria monocytogenes: 2
erreur de DLC: 1
Salmonella: 1
Coulisses des rappels
Deuxième rappel en deux jours de choucroute de la mer pour cause de présence de Listeria monocytogenes.
Neuvième rappel de jambon depuis le 14 janvier 2022, du jamais vu !
Rappels du 27 janvier 2022: 50
oxyde d’éthylène: 47
Listeria monocytogenes: 2
aflatoxines: 1
Coulisses des rappels
Nouveau rappel de camembert en Allemagne pour cause de STEC, il s’agit du second rappel en six jours pour la même cause. Pas de rappel en France (?). Notification au RASFF de l’UE le 27 janvier 2022 par l’Allemagne. Il y avait déjà eu une notification le 20 janvier 2022 par l’Allemagne, même produit, même cause.
Oubli de RappelConso du rappel de riz rouge bio suite à la suspicion de présence d'aflatoxines. Rappel chez Carrefour le 27 janvier 2022.
Rappels du 28 janvier 2022: 7
Listeria monocytogenes: 2
Salmonella: 2
oxyde d’éthylène: 2
allergènes: 1
Rappels du 31 janvier 2022: 3
Listeria monocytogenes: 1
corps étrangers métalliques: 1
oxyde d’éthylène: 1
aflatoxines: 1 (rappel décompté, voir explications plus bas)
Coulisses des rappels
RappelConso signale enfin le 31 janvier 2022 le rappel de riz rouge bio soit quatre jours après Carrefour … Ce rappel ayant été compté le 27 janvier, il ne sera pas pris en compte pour les rappels du 31 janvier 2022.

Le bilan de la quatrième semaine de janvier 2022 s’élève à 95 rappels, dont le décompte est le suivant, avec, notons-le, le retour des rappels d’oxyde d’éthylène ...
- oxyde d’éthylène: 74
- Listeria monocytogenes: 9
- Salmonella: 5
- corps étrangers: 3
- rupture de la chaîne du froid:1
- erreur de DLC: 1
- aflatoxines: 1
- allergènes: 1

Bilan des rappels du mois de janvier 2022
Première semaine, 57 rappels, deuxième semaine, 88 rappels, troisième semaine, 212 rappels, et enfin cette dernière et quatrième semaine de janvier 2022, 95 rappels, que d’évènements et un total pharaonique de 452 rappels ... dont, certes, une majorité sont dus à la présence d'oxyde d'éthylème, mais les autres causes de rappels font frémir ...

Notifications au RASFF de l'UE liées aux produits contaminés par l’oxyde d’éthylène
Pour ceux que cela intéresse, ils pourront lire ce document de l’AFSCA d’octobre 2021Approche affinée de l’oxyde d'éthylène (ETO)puisqu’il n’y a pas de document explicatif, ni de communication de la part de nos autorités sanitaires.

Le pic des notifications semble derrière nous, mais des notifications continuent à être rapportées, après plus d’un an de notifications en septembre 2020. Mon petit doigt me dit que cela va redémarrer à partir de janvier 2022. Il n’y a que la Commission européenne qui soit capable de réaliser un tel ‘incident’. Dans le détail, cela donne:
- 9 septembre 2020: 1 notification (notification initiale)
- ...
- décembre 2021: 26 notifications
- janvier 2022 : 24 notifications

Notifications des produits alimentaires au RASFF de l'UE
Les notifications au RASFF de l'UE en 2022 retrouvent le rythme d'avant la pandémie de 2020. Pour mémoire, pratiquement toutes les notifications des mois de 2021 sont donc très supérieures à celles de l'année 2020. 
L'année 2022 commence donc en fanfare avec ce résultat du nombre de notifications,
- 334 notifications en janvier 2022 versus 326 en janvier 2021

Feuilleton oxyde d’éthylène en France
Cela dure depuis septembre 2020, mais le décompte en France a débuté le 20 octobre 2020. Selon la DGCCRF, au 28 janvier 2022, 15 938 produits rappelés (références et lot),  versus 15 893 produits au 21 janvier 2022, versus 15 730 au 14 janvier, versus 15 446 au 7 janvier 2022, et versus 15 328 au 17 décembre 2021. Jusqu’à quand ? Nul le le sait, pas même la DGCCRF !

RASFF de l’UE et la France
En janvier 2022, 24 notifications pour les produits d’origine France dont 14 pour cause d’oxyde d’éthylène. Sept notifications sur 24 sont faites par d’autres Etats membres.
Au cours de ce mois de janvier 2022, la France a à l’origine de 31 notifications. 
Au niveau de la distribution des produits alimentaires, la France a été concernée par 50 notifications.

Mise à jour du 12 janvier 2022. On lira dans 60 millions de consommateurs,
Oxyde d’éthylène dans les bûches: l’alerte arrive trop tardDix jours après Noël, 21 références de bûches glacées ont été rappelées en raison de la présence de ce pesticide dans l’un de leurs ingrédients.

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Articles les plus lus par les lecteurs du blog en janvier 2022

Je vous présente les 10 articles les plus lus au mois janvier 2022 par les lecteurs du blog.

Merci aux lecteurs qui sont venus encore nombreux sur le blog en janvier. Il y a eu ce mois-ci, un cas particulier, l'article cité en première position a été publié en juillet 2021, mais il a été très lu en janvier 2022. Mystère ...

Toujours une grande fierté de savoir que Laval (Mayenne) est la ville dans le monde où le blog est le plus lu, mille mercis !

3. Les échecs du 100% bio, l'exemple du Sikkim
5. Une épidémie mortelle à E. coli O157 rend 13 personnes malades au Danemark
7. France: Il paraît que les pathogènes alimentaires seront sous surveillance en 2022
8. Pourquoi la viande fabriquée in vitro est une fausse viande ?

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Dévoiler les secrets des biofilms grâce à une source lumineuse

Lorsque les bactéries s'unissent pour former des communautés, elles peuvent construire des structures complexes. La photo montre des biofilms de Bacillus subtilis de type sauvage. ©Liraz Chai/HUJI
«Dévoiler les secrets des biofilms avec la source lumineuse BESSY II», source Helmholtz-Zentrum Berlin (HZB).

La plupa rt des bactéries ont la capacité de former des communautés. Ils forment des biofilms q ui adhèrent à une grande variété de surfaces et sont difficiles à enlever. Cela peut entraîner des problèmes majeurs, par exemple dans les hôpitaux ou dans l'industrie alimentaire. Une équipe internationale dirigée par l'Université hébraïque de Jérusalem et l'Université technique de Dresde a étudié un système modèle pour les biofilms avec la source de rayonnement synchrotron BESSY II au HZB et à l'European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) de Grenoble et a découvert quel rôle les structures à l'intérieur du biofilm dans la distribution des nutriments et de l'eau.

Les biofilms bactériens peuvent se développer sur presque tous les types de surfaces : on les trouve sur les pierres et les plantes, sur les dents et les muqueuses, mais aussi sur les lentilles de contact, les implants médicaux ou les cathéters, dans les tuyaux de l'industrie laitière ou les conduites d'eau potable, où ils menacer gravement la vie humaine peut représenter la santé. Certains biofilms sont également utiles, par exemple, certains biofilms sont responsables non seulement des nombreux petits trous dans la production de fromages, mais aussi du goût fort.

Un tissu avec des structures spéciales
«Les biofilms ne sont pas seulement une collection de très nombreuses bactéries, mais des tissus avec des structures spéciales», explique le professeur Liraz Chai de l'Université hébraïque de Jérusalem. Ensemble, les bactéries forment une couche protectrice de glucides et de protéines, la soi-disant matrice extracellulaire. Cette matrice protège les bactéries des désinfectants, des rayons UV ou de la dessiccation et garantit que les biofilms sont vraiment difficiles à éliminer mécaniquement ou à éradiquer chimiquement. Cependant, la matrice n'est pas une boue homogène: «C'est un peu comme dans une feuille de plantes, il y a des structures spécialisées, par exemple des canaux d'eau qui résident dans de minuscules rides», explique Chai. Mais le rôle joué par ces structures et ce qui se passe au niveau moléculaire dans un biofilm n'était pas connu jusqu'à présent. En collaboration avec le professeur Yael Politi, TU Dresde, experte en caractérisation de matériaux biologiques, Chai a donc demandé le temps de mesure à la source du rayonnement synchrotron BESSY II à HZB.

La bonne chose à propos de BESSY II est que nous pouvons cartographier des zones assez vastes. En combinant la diffraction des rayons X avec la fluorescence, non seulement nous pouvons analyser très précisément les structures moléculaires à travers le biofilm, mais nous pouvons également suivre simultanément l'accumulation de certains ions métalliques qui sont transportés dans le biofilm et découvrir certains de leurs rôles biologiques», précise Yael Politi.

Système modèle pour de nombreux biofilms
Comme échantillons, les scientifiques ont utilisé des biofilms de Bacillus subtilis, une bactérie inoffensive qui se développe sur les racines des plantes et forme une symbiose utile avec elles: elle stocke l'eau afin que la plante puisse éventuellement absorber l'humidité du biofilm pendant la sécheresse et protège également les racines des agents pathogènes. En retour, les cellules du biofilm se nourrissent des exsudats racinaires. Néanmoins, les bactéries Bacillus subtilis peuvent servir de système modèle pour de nombreux autres biofilms bactériens.

Avec la lumière MySpot de BESSY II, ils ont examiné une grande surface (mm2) de ces échantillons de biofilm. Ils ont pu résoudre spatialement les structures du biofilm et bien distinguer les composants de la matrice, les cellules bactériennes, les spores et l'eau. «La spectroscopie de fluorescence X est une méthode qui nous permet d'identifier des ions métalliques importants tels que le calcium, le zinc, le manganèse et le fer», même lorsqu'ils sont présents à l'état de traces, explique le Dr Ivo Zizak, physicien au HZB et responsable du MySpot. Cela a permis de corréler entre la morphologie du biofilm et la distribution des ions métalliques.

Formation de spores à des endroits inattendus
L'évaluation montre que les ions calcium s'accumulent préférentiellement dans la matrice, tandis que les ions zinc, manganèse et fer s'accumulent le long des rides, où ils peuvent éventuellement déclencher la formation de spores, importantes pour la dispersion des bactéries.

«Nous ne nous attendions pas à cela, car normalement les spores se forment sous l'effet du stress, par exemple la déshydratation. Mais ici, elles sont liées aux canaux d'eau, probablement en raison de l'accumulation d'ions métalliques», explique Chai.

Les résultats montrent que les structures de la matrice jouent non seulement un rôle important dans la distribution des nutriments et de l'eau, mais influencent également activement la capacité des bactéries à se comporter comme un organisme multicellulaire. «Cela pourrait nous aider à mieux gérer les biofilms dans leur ensemble, les plus bénéfiques comme les plus dangereux», explique Liraz Chai.

Référence
Multiscale X-ray study of Bacillus subtilis biofilms reveals interlinked structural hierarchy and elemental heterogeneity
David N. Azulay, Oliver Spaeker, Mnar Ghrayeb, Michaela Wilsch-Bräuninger, Ernesto Scoppola, Manfred Burghammer, Ivo Zizak, Luca Bertinetti, Yael Politi and Liraz Chai

Aux lecteurs du blog
Comme le montre cette notice de la BNF, le blog Albert Amgar a été indexé sur le site de la revue PROCESS Alimentaire. 10 052 articles initialement publiés par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue sont aujourd’hui inacessibles. Disons le franchement, la revue ne veut pas payer 500 euros pour remettre le site à flots, alors qu’elle a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles.