France : Les toxi-infections alimentaires collectives 2021, nouvelle saison, nouvelle hausse du nombre de cas

Santé publique France nous informent le 2 juin 2023 de la publication de deux documents relatifs aux toxi-infections alimentaires collectives : Toxi-infections alimentaires collectives en France : les chiffres 2021 (4 pages) et Surveillance des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC). Données de la déclaration obligatoire, 2021 (15 pages). Ce dernier document est daté de février 2023.

La petite histoire retiendra que nous avons eu la même année, 2020, les données des TIACs de 2019 mais aussi celles de 2020. Du jamais vu selon un article du blog du 21 décembre 2020.

Il aura donc fallu attendre un certain temps pour avoir les données 2021 des TIACs, j'y vois pour ma part un manque réel de ressources la part de Santé publique France, voire une certaine lassitude à répéter que Salmonella est le pathogène le plus souvent confirmé, et «Malgré les nombreuses mesures de contrôle prises dans les différentes filières, le nombre annuel de souches remontant au CNR reste stable, aux alentours de 10 000 par an.» Source SpF.

Notons que nos amis belges ont diffusé leurs résultats en juin 2022.

Enfin, notons encore que les données diffusées par Santé publique France ne sont pas tout à fait les mêmes que celles diffusées par l’ECDC et l’EFSA dans Toxi-infections alimentaires collectives en France et au sein de l'UE en 2021.

Chiffres clés 2021

En 2021, 1 309 toxi-infections alimentaires collectives ont été déclarées en France (versus 1 010 en 2020) affectant 11 056 personnes (versus 6 814 en 2020 soit +62%), dont 512 (5%) se sont présentées à l’hôpital (hospitalisation ou passage aux urgences) et 16 (0,14%) sont décédées.

Le nombre de TIAC notifiées est en augmentation par rapport à 2020, année fortement impactée par la pandémie de COVID-19, mais qui reste en dessous des données de 2018 et 2019.

Comme les années précédentes, l’agent pathogène le plus fréquemment confirmé sur le plan microbiologique était Salmonella pour 44% des TIAC à agent confirmé (43% en 2020). Les agents pathogènes les plus couramment suspectés sur la base des informations épidémiologiques et cliniques, mais sans avoir été confirmés sur le plan microbiologique, étaient les agents toxiniques Bacillus cereus, Staphylococcus aureus et Clostridium perfringens, correspondant à 67% des TIAC pour lesquelles un agent a été suspecté (74% en 2020). Pour 19% des TIAC déclarées, aucun agent n'a pu être mis en évidence ni suspecté sur la base des informations épidémiologiques et cliniques (18% en 2020).

394 TIAC sont survenues en restaurations collectives ou commerciales.

Lieux de survenue des TIAC déclarées en 2021

Entre 2020 et 2021, la part des TIAC faisant suite à des repas familiaux a diminué, passant de 37% à 33%, et celle des TIAC déclarées suite à des repas dans des restaurants commerciaux est passée de 37% à 35%.

La part des TIAC dans les instituts médicaux-sociaux (IMS) est passée de 11% à 12%. La part des TIAC dans les autres lieux collectifs (entreprises, milieux scolaires, autres collectivités) a augmenté, passant de 15% à 20%.

En 2021, les TIAC ont concerné 1 738 malades en milieu familial (16%), 1 662 en restauration commerciale (15%) et 7 296 en restauration collective (66%). Pour 17 TIAC correspondant à 360 malades (3%), le lieu de repas n’est pas connu.

Entre 2006 et 2019, le nombre des TIAC a régulièrement augmenté chaque année pour atteindre 727 TIAC en 2019. En 2020, année fortement impacté par la crise de Covid-19 et les mesures de distanciation sociale, 369 TIAC en restauration commerciale ont été notifiées (-49% par rapport à 2019). En 2021, le nombre de TIAC en restauration commerciale a de nouveau augmenté (+26% par rapport à 2020), mais reste à un niveau plus faible que celui observé avant la crise sanitaire liée à la Covid-19.

Le nombre de TIAC familiales a également augmenté sur la période 2006 (262 TIAC) et 2019 (569 TIAC). En 2021, ce nombre était de 425 TIAC notifiées.

Le nombre de TIAC survenues en collectivités (restauration d’entreprise, cantines scolaires, instituts médico-sociaux et autres collectivités) a varié entre 330 et 500 TIAC déclarées chaque année depuis 2012. En 2020, 261 TIAC en collectivités ont été déclarées (-45% par rapport à 2019). En 2021, on observe un rebond avec 403 TIAC déclarées en collectivités.

On se référera au rapport pour suivre les non-conformités relevées (TIAC pour lesquelles au moins un type de non-conformité a été identifié) pour chacun des trois lieux de survenues des TIAC. A noter le nombre élevé de non-conformités en restauration commerciale et collective. La nouvelle police sanitaire va avoir du travail ...

Le cas de norovirus

La part annuelle des TIAC virales est très variable depuis 2006 et oscille entre 5% et 19%. En 2021, la part de ces TIAC a atteint 13% de l’ensemble des TIAC déclarées.

Comme indiqué dans un précédent article, norovirus n’intervient que pour très peu dans le nombre de foyers de TIAC en France, ainsi il n’y a eu que 19 foyers de TIAC à norovirus, cela a sans doute fait augmenter la rubrique gastro-entérites aiguês …

Des décès en augmentation ?

À noter une évolution en apparence un peu surprenante, celui du taux de décès, qui semble avoir progressivement augmenté, passant de 0,01% en 2018 à 0,08 % en 2019 et finalement 0,14% en 2021. Santé publique France ne donne pas d’explication sur cette évolution. Source Le Généraliste.

Déclaration obligatoire (DO) ?

Les incidences régionales sont très différentes d’une région à l’autre et ne reflètent pas uniquement le risque de TIAC mais aussi l’exhaustivité de la déclaration et de la transmission des DO.

Limites des données des TIAC

… les TIAC ne sont que la partie la plus visible d’un problème plus vaste. Le fardeau des infections d’origine alimentaire, dont la majorité des cas surviennent de façon sporadique sans lien apparent entre eux, est important et était estimé à entre 1,28 à 2,23 millions de personnes affectées chaque année sur la période 2008-2013. La déclaration et l’investigation des TIAC est un dispositif opérationnel et efficace qui complète utilement les autres dispositifs de surveillance des infections d’origine alimentaires, afin d’améliorer la sécurité sanitaire des aliments.

NB : L’image de l’article provient de Santé publique France. Apparemment, la restauration collective pour enfants est mise à l’honneur, pourtant les données recueillies ne sont pas bonnes ...

Curiosité

Manifestement, le compte twitter de Santé publique France a oublié de parler des Toxi-infections alimentaires collectives 2021, comme c'est ballot ...

Au final, voir ci-dessous, ce n'est que le 7 juin que Santé publique France a diffusé l'information sur twitter.

Complément du 5 juin 2023

Dans le document sur les Toxi-infections alimentaires collectives en France : les chiffres 2021, de Santé publique France, on trouve des recommandations pour les jeunes enfants, les femmes enceintes et les personnes immunodéprimées :

- cuire à cœur la viande hachée pour les protéger des pathogènes;

- la consommation de viande ou de poisson cru (en tartare ou carpaccio) et de produits laitiers au lait cru (à l’exception des fromages à pâte cuite pressée comme le gruyère ou le comté) leur est fortement déconseillée.

Deux observations à ces recommandations,

i) la notion de jeunes enfants est bien présente mais celle de jeunes enfants de moins de 5 ans a disparu, voir ce lien du ministère de l’Agriculture. Ne pas consommer de lait cru, ni de fromages au lait cru pour les jeunes enfants, et particulièrement ceux de moins de 5 ans.

ii) la cuisson a cœur de la viande hachée aurait méritée le recours à un thermomètre alimentaire afin de s’assurer de la cuisson effective et efficace. Ce sera peut-être pour l’année prochaine ...

🔎 Avec 1 309 toxi-infections alimentaires collectives déclarées en 2021, le nombre de TIAC est en augmentation par rapport à 2020, année fortement impactée par la pandémie de #COVID19
➡️ Ce nombre reste en dessous des données de 2018 et 2019 👇https://t.co/nRVmA4PPcB

— SantépubliqueFrance (@SantePubliqueFr) June 7, 2023

Mise à jour du 16 juin 2023

On lira l’article de Joe Whitworth paru dans Food Safety News, La France connaît une augmentation des toxi-infections alimentaires collectives en 2021. 

Pesticides dans les aliments au sein de l’UE : 96,1% dans les limites autorisées par la loi

«Pesticides dans les aliments : dernières données publiées», source communiqué de l’EFSA du 26 avril 2023.

Au total, 87 863 échantillons alimentaires ont été prélevés dans l'Union européenne en 2021. L'analyse des résultats montre que 96,1% des échantillons se situent dans les limites autorisées par la loi. Pour le sous-ensemble de 13 845 échantillons analysés dans le cadre du programme de contrôle coordonné par l'UE (EU MACP), 97,9% se situaient dans les limites légales.

Le MACP de l'UE analyse des échantillons prélevés au hasard sur 12 produits alimentaires. Pour 2021, il s'agissait d'aubergines, de bananes, de brocolis, de champignons cultivés, de pamplemousses, de melons, de poivrons, de raisins de table, d’huile d'olive vierge, de blé, de graisse bovine et d’œufs de poulet.

Parmi les échantillons analysés dans le programme coordonné :

- 58,1% (8043 échantillons) se sont révélés exempts de niveaux quantifiables de résidus.
- 39,8% (5507 échantillons) contenaient un ou plusieurs résidus à des concentrations inférieures ou égales aux niveaux autorisés (connus sous le nom de «limites maximales de résidus» ou LMR).
- 2,1% (295 échantillons) contenaient des résidus dépassant les niveaux autorisés.

La même sélection de produits est échantillonnée tous les trois ans, ce qui permet d'identifier des tendances à la hausse ou à la baisse.

Le taux global de résidus de pesticides dépassant les LMR est passé de 1,4% en 2018 à 2,1% en 2021. À l'exclusion des pamplemousses, le taux moyen de dépassement des LMR était de 1,4% en 2021, comme en 2018. En 2021, les États membres ont attiré l'attention sur la présence accrue de résidus de pesticides dans les pamplemousses importés de l'extérieur de l'UE et, la même année, la Commission européenne a renforcé les contrôles aux frontières.

Les résultats détaillés des programmes de contrôle sont disponibles sur le site Internet de l'EFSA sous forme de tableaux et de graphiques, de façon à rendre les données plus accessibles à des non-spécialistes.

Référence 

Rapport 2021 de l'EFSA sur les résidus de pesticides dans les aliments (en anglais).

Complément du 29 avril 2023

C’est faux les ventes de pesticides baissent, sauf ceux pour le bio qui montent.:) https://t.co/phQZsriVS9 pic.twitter.com/7XjctX20f8

— François Momboisse (@fmomboisse) April 28, 2023

L'Italie voit le total annuel le plus élevé de cas de SHU depuis des décennies

«L'Italie voit le total annuel le plus élevé de cas de SHU depuis des décennies», source article de Joe Whitworth paru le 1er mars 2023 dans Food Safety News.

L'Italie a signalé le total annuel le plus élevé de cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU) depuis le début des enregistrements.

De janvier à décembre 2022, 91 cas ont été enregistrés. C'est le plus haut taux observé en une seule année depuis le début de la surveillance en 1988. Le SHU est une complication grave associée à une infection à E. coli entérohémorragique qui provoque une insuffisance rénale et peut entraîner des problèmes de santé graves tout au long de la vie et la mort.

Le nombre de SHU est toujours inférieur à celui de la France, qui a enregistré 128 cas de SHU en 2021. Il s'agit du chiffre le plus faible depuis 2017 et il était en baisse par rapport à 167 cas en 2020. Les données pour 2022 ne sont pas encore disponibles mais une augmentation est attendue en raison d'une épidémie liée à des pizzas surgelées de la marque Fraîch'Up de chez Buitoni Nestlé .

Le registre italien du syndrome hémolytique et urémique est géré par la Société italienne de néphrologie pédiatrique et l'Institut national italien de la santé (ISS).

La hausse a été particulièrement marquée en été de juin à août au cours de laquelle plus de la moitié des cas de SHU ont été signalés. Il y a eu un pic en juin avec 16 signalements. Un groupe de cas associés à une infection à STEC O26 en Émilie-Romagne entre juin et juillet a contribué à cette augmentation.

Détails sur les personnes touchées et le type de E. coli

Au total, 89 patients avaient moins de 15 ans. L'âge médian des cas en 2022 était de 42 mois.

Les taux d'incidence variaient selon les régions mais la majorité des cas ont été enregistrés en Émilie-Romagne avec 12 cas et en Campanie avec 11.

Les patients venaient de 16 régions. Dans trois cas, la maladie était liée à un voyage à l'étranger tandis que dans un cas, le SHU a été enregistré chez un citoyen étranger séjournant en Italie.

Les régions dans lesquelles le taux de déclaration des cas de SHU était supérieur à la moyenne nationale comprenaient les Abruzzes, la Campanie, l'Émilie-Romagne, la Ligurie, les Marches, le Piémont, les Pouilles et la Toscane.

Dans 72 cas avec des échantillons analysés, une infection à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) a été retrouvée. Dans 64 cas, il a été possible d'identifier des informations sur le sérogroupe.

Les sérogroupes dits du top 5, O26, O157, O111, O145 et O103, ont dominé les résultats. Un total de 38 prélèvement étaient O26. E. coli O157 était le deuxième sérogroupe le plus élevé. Le taux élevé de O26 dans les cas de SHU reflète une tendance à plus long terme et est conforme avec d'autres pays européens, ont dit des responsables de la santé italiens.

En 2021 en Europe, 365 cas de SHU ont été signalés et quatre enfants sont décédés. La majorité appartenait aux groupes d'âge les plus jeunes de 0 à 4 ans et de 5 à 14 ans. Le sérogroupe O26 était le plus courant suivi du O157.

Légende de l’image. Cas de SHU enregistrés sur les 12 mois de 2021 comparés au dix années précédentes.

France : Hépatite A en 2021

Deux documents à consulter, «Hépatite A en France : les chiffres et résultats clés 2021» et «Hépatite A en France : les chiffres clés 2021», source Santé publique France du 13 janvier 2023.

Santé publique France publie les données annuelles de surveillance du virus de l’hépatite A en France. Publiées également en open data sur Géodes, les données indiquent, un niveau bas du nombre des déclarations en France, pour la seconde année consécutive,probablement dû aux effets de la pandémie de Covid-19.

Maintien à un niveau bas du nombre de cas des déclarations, marqué par les effets de la pandémie de COVID-19

En 2021, le nombre de cas déclarés d’hépatites aiguës A s’est maintenu à un niveau bas après une année 2020 déjà marquée par les effets de la pandémie de COVID-19.  En effet, 423 cas d’hépatite aiguë A ont été notifiés (contre 411 en 2020 et 1 379 en 2019) avec un taux de déclaration inchangé par rapport à 2020 de 0,6 pour 100 000 habitants.

Ce faible niveau d’incidence était, comme en 2020, lié notamment à :
- une proportion plus faible de cas en lien avec un voyage à l’étranger par rapport aux années précédant la pandémie (28 % en 2021, 21 % en 2020 et 39 % entre 2006 et 2019) et ce malgré les moindres restrictions de déplacement internationaux lors de l’année 2021.
- Une meilleure hygiène des mains et les mesures de distanciation sociale promues dans le cadre de la lutte contre la pandémie de Covid-19, qui pourraient avoir contribué à une plus faible circulation du virus de l’hépatite A.

Quel était le profil des cas déclarés d’hépatite A en France en 2021 ?

En 2021, les taux de déclaration étaient comparables chez les femmes et les hommes (0,6/100 000 habitants).

La moyenne d’âge des cas rapportés était de 37 ans (de 1 à 95 ans). Les taux d’incidence par classe d’âge étaient plus élevés chez les 6 à 15 ans (1,1 pour 100 000 habitants) et les 0 à 6 ans (1 pour 100 000 habitants) comme observé habituellement (à l’exception de l’année 20171).

Cas d’hépatite A : les principales expositions à risque

En 2021, les principales expositions à risque rapportées dans les 2 à 6 semaines avant le début des signes étaient, dans l’ordre : 

- un séjour à l’étranger (sans qu’il soit possible d’affirmer le caractère importé de l’infection) (28% des cas) ;

- la consommation de fruits de mer (28 %) ;

- un contact avec un cas dans l’entourage (22 %) ;

- le fait de vivre dans le foyer d’un enfant de moins de 3 ans (20 % des cas).

Quelles sont les mesures pour prévenir l’hépatite A ?

Afin de limiter toute reprise épidémique de l’hépatite aigüe A, l’application des recommandations vaccinales reste de vigueur, préconisant un renforcement de la vaccination des HSH (hommes qui ont des rapports sexuels avec d'autres hommes) suite à l’épidémie de 2017, mais également dans l’entourage familial d’un cas confirmé, et lors d’un séjour dans une zone de moyenne ou haute endémie.

Le respect de l’hygiène personnelle et collective, en particulier le lavage fréquent des mains à l’eau et au savon, reste également primordial pour limiter le risque de transmission de l’hépatite A.

France : Les infections à Campylobacter sont en augmentation en 2021

«Les infections à Campylobacter : données épidémiologiques 2021», source Santé publique France du 28 décembre 2022.

L’infection à Campylobacter est l’une des causes les plus fréquentes de gastro-entérites bactériennes dans les pays développés. Santé publique France publie les données de surveillance des infections à Campylobacter en France en 2021, dont les tendances observées ces dernières années se confirment.

Chaque année, Santé publique France publie sur son site internet un bilan complet des données de surveillance des infections à Campylobacter. Cette surveillance repose sur le Centre national de référence (CNR) des Campylobacter et Hélicobacter et la déclaration obligatoire des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC).

Campylobacter : chiffres clés 2021

- une prédominance de l’espèce C. jejuni ;

- un nombre de cas et une incidence plus élevés chez les enfants avec une incidence maximale chez les 0-9 ans (27 cas/100 000 habitants) versus 25 cas/100 000 habitants en 2020,

- une prédominance des infections chez les hommes 15 cas pour 100 000 habitants versus 11 cas pour 100 000 concernant les femmes (tendance moins marquée chez les personnes âgées de 20 à 39 ans) versus 7 cas/100 000 habitants en 2020.

- un pic saisonnier pendant la période estivale ;

- une résistance élevée aux fluoroquinolones et aux tétracyclines, restée stable ces dernières années ;

- pas d’augmentation notable des taux de résistances des six antibiotiques testés en routine ;

- une consommation de produits de volaille en tant que premier aliment (incriminé ou suspecté) identifié comme source de contamination dans les épisodes de toxi-infections alimentaires collectives.

Notons que selon les donnée du rapport européenn sur les zoonoses 2021 de l’EFSA et de l’ECDC, la France a déclaré 8 875 cas (données basées sur des cas). Enfin, ces données ne sont basées que sur une surveillance sentinelle, le taux de notification est calculé avec une couverture estimée à 20 %.

Associé à ce document sur les données figure le Bilan de la surveillance des infections à Campylobacter en France en 2021.

Ce bilan cite en référence une étude de 2018,

En France, le nombre annuel moyen de cas symptomatiques d’infections à Campylobacter a été estimé à 493 000 (intervalle de crédibilité (IC) 90% : 273 000-1 080 000), dont 392 000 cas auraient été infectés par transmission alimentaire. Campylobacter serait responsable de 26% du nombre total estimé des infections d’origine alimentaire et de 31% des hospitalisations associées à ces infections.  

Le CNR a répertorié 10 223 souches de Campylobacter et bactéries apparentées isolées en 2021 (Figure 1).

On peut donc bien dire que les maladies infectieuses à Campylobacter augmentent en France .

Une recrudescence saisonnière des isolements était observée pendant la période estivale de 2021 (pic en août), cette saisonnalité estivale était aussi observée les années précédentes (Figure 2).

Surveillance des toxi-infections alimentaires collectives dues à Campylobacter spp

En 2021, 52 foyers de TIAC dues à Campylobacter (avec confirmation biologique) ont été déclarés, comptabilisant un total de 178 malades versus 244 en 2020. Le nombre de foyers confirmés et de malades associés est resté similaire en 2020 et 2021. Pour la moitié des foyers, la consommation de volaille était la source de contamination incriminée ou suspectée (25 foyers versus 35 foters en 2020).

Conclusion de la surveillance 2021

Rappelons que le contexte sanitaire lié à la pandémie de COVID-19 en 2020 ne semble pas avoir eu d’impact sur les données de surveillance

Le nombre de souches de Campylobacter répertoriées par le CNR est en augmentation depuis 2013, année de la mise en place de la saisie des données en ligne par les laboratoires du réseau. (…) Cette augmentation observée en France pourrait être un reflet d’une réelle augmentation des infections à Campylobacter. Toutefois, plusieurs facteurs, comme le regroupement des laboratoires en plateformes techniques et l’utilisation de plus en plus systématique des PCR multiplexes (tests diagnostiques qui permettent de tester en même temps la présence de plusieurs agents pathogènes ciblés à partir d’un même prélèvement), facilitant la détection de Campylobacter sp, pourraient avoir contribué à l’augmentation du nombre d’isolements de souches et donc de la notification par les laboratoires du réseau au cours du temps.

Prévention des infections à Campylobacter

Au niveau du consommateur, les principaux facteurs de risque de l’infection sont la manipulation de viande fraîche (volaille, porc, bœuf), la contamination croisée d’aliments par des surfaces contaminées en cuisine, et la consommation de viande insuffisamment cuite. La prévention individuelle des infections à Campylobacter repose donc sur les bonnes pratiques d’hygiène en cuisine (lavage des mains, nettoyage des surfaces et ustensiles de cuisine après la manipulation de volaille ou viande crue) afin d’éviter la transmission croisée, et la cuisson suffisante de viande de volaille, de bœuf et de porc (cuit à cœur).

Je signale ce que rapporte l’Anses qui me semble plus complet que ce qui est noté ci-dessus.

Les risques de campylobactériose peuvent être largement limités par l’adoption de bonnes pratiques d’hygiène à la maison. Il est ainsi essentiel de :
- se laver les mains après la manipulation de viandes crues ;
- utiliser une planche à découper (bois ou plastique) pour les viandes et poissons crus, et une autre pour les autres aliments ;
- nettoyer rigoureusement la planche, le plat et les ustensiles ayant servi à l’assaisonnement et à la préparation de la viande crue avant réutilisation ;
- s’assurer d’une cuisson suffisante (> 65°C à cœur) des viandes de volailles et de boucherie, notamment la cuisson au barbecue : la jointure cuisse/haut de cuisse du poulet ne doit pas être rosée ou présenter de traces de sang ;
- manipuler ces viandes dans de bonnes conditions d’hygiène lors de la préparation et de la consommation de ce type de denrées ;
- ne pas consommer de viande de volaille crue (de type « carpaccio »).

J’aurai bien ajouter que «Le lavage de volaille crue sous le robinet de la cuisine est à prohiber en raison du risque d’éclaboussures.»

A noter que les deux premières références de ce bilan sont erronées.

Les STEC dans l'UE en 2021, selon l'EFSA et l'ECDC

Les données ci-après sont issues du rapport 2021 sur les zoonoses de l'EFSA et de l'ECDC.

Pour la France, le rapport indique 297 cas à Escherichia coli producteurs de shigatoxines, STEC.

La France assure la surveillance du «syndrome hémolytique et urémique (SHU) secondaire à une infection à Escherichia coli producteurs de shigatoxines touche principalement le jeune enfant. Cette complication, rare mais grave, affecte essentiellement le rein et survient dans 5 à 8% des cas.» Les données sur le nombre de cas de SHU pédiatrique, selon Santé publique France, en 2021 est de 128 cas, soit une incidence annuelle de 1,62 pour 100 000 personnes.

Faits marquants

- En 2021, le nombre de cas confirmés d'infection humaine à STEC était de 6 084. Cela a rendu l'infection à STEC la quatrième infection gastro-intestinale d'origine alimentaire la plus fréquemment signalée chez l'homme dans l'UE.

- Le taux de notification de l'UE en 2021 était de 2,1 pour 100 000 habitants, ce qui représente une augmentation de 36,9% par rapport au taux de 2020 (1,5 pour 100 000 habitants).

• Par rapport au taux avant la pandémie de la COVID-19 (moyenne annuelle 2017-2019), le taux de notification dans l'UE a augmenté de 9,9% et de 14,2% respectivement avec et sans les données du Royaume-Uni.

- En 2020, les cas à STEC signalés à l'ECDC ont affiché le taux le plus bas depuis 2007, lorsque la surveillance de la maladie a commencé. Le reporting a très probablement été impacté par la COVID-19 pandémie et le retrait du Royaume-Uni de l'UE.

- La tendance générale des infections à STEC n'a montré aucune augmentation ou baisse en 2017-2021.

- En 2021, 22 États membres ont signalé la présence de STEC dans 3,6% des 17 516 échantillons alimentaires prélevés selon une stratégie «d’échantillonnage objectif», contre respectivement 2,4% et 2,8% en 2020 et 2019,.

- Les «graines germées» ont été testées par 10 États membres dans le cadre du règlement (CE) n°2073/2005 et un lot était positif aux STEC sur 617 unités de prélèvement.

- Dans l'ensemble, les STEC se trouvaient le plus souvent dans de la ‘viande fraîche provenant de différentes espèces animales’ (7% de STEC positifs), suivis des produits de boulangerie (6,3%) et du lait et des produits laitiers ‘non prêt à consommer’ (2%), alors que ‘fruits et légumes’ était la catégorie la moins contaminée (0,5%).

- Seize États membres ont testé 7 444 échantillons d'aliments prêts à consommer pour les STEC avec 112 (1,5%) positifs, dont 20 (1,6%) à partir d'«échantillons de viande et de produits à base de viande », 39 (1,7 %) à partir d’échantillons ‘lait et de produits laitiers’, 1 (0,3%) de la catégorie ‘épices et herbes’ et 10 échantillons positifs à STEC de la catégorie ‘fruits, légumes et jus’ (0,5%).

- Parmi les isolats alimentaires, 27,4% ont eu des informations sur le sérogroupe et bon nombre ceux-ci appartenaient aux 20 principaux sérogroupes STEC signalés dans les infections humaines à l'ECDC en 2021.

- La plupart des virulotypes d'isolats de STEC provenant d'aliments et d'animaux ont également été identifiés dans des infections à STEC chez l'homme. Seulement 32,5% (N = 284) des STEC isolés des aliments en 2021 ont été rapportés avec des informations sur le typage des gènes de virulence (stx1 ou stx2 et eae) et 9% (N = 79) ont reçu les sous-types du gène stx.

- Les tests à partir d’échantillons d'animaux ont augmenté par rapport aux années précédentes, mais n'étaient toujours pas largement réalisées dans l'UE. En fait, 3 746 échantillons d'animaux ont été déclarés par sept États membres en 2021 avec 6,1% de positifs. La plupart des unités d'échantillonnage (88,5%) provenaient d'une seule espèce animale, le bétail.

Les auteurs du rapport indiquent dans la discussion,

En 2020, il y a eu une baisse des taux de notification des infections à STEC, probablement en raison de la pandémie de covid19. En 2021, le nombre de cas signalés était comparable à ceux signalés durant la période pré-pandémique (2017-2019).

En 2021, plus de la moitié des cas humains confirmés signalés par les États membres de l'UE disposaient d'informations sur la sérogroupe avec le plus souvent O157, suivi de O26, bien que les proportions ne divergeaient que de 0,4%.

NB : La photo est issue de ce site. 

Mise à jour du 16 décembre 2022

On lira l’article de Joe Whitworth de Food Safety News, «Salmonella is often behind EU outbreaks, but most deaths are caused by Listeria» (Salmonella est souvent à l'origine d'épidémies dans l'UE, mais la plupart des décès sont causés par Listeria).

Listeria en France et dans l'UE en 2021, selon l'EFSA et l'ECDC

Les données ci-après sont issues du rapport 2021 sur les zoonoses de l'EFSA et de l'ECDC.

Santé publique France indique encore en ce moment sur la page Internet de la Listériose, 300 à 400 cas de listériose invasive sont déclarés chaque année en France.

Désormais pour 2021, il faudra dire 435 cas de listériose, soit 0,64 cas pour 100 000 habitants. La France a aussi rapporté le nombre de cas le plus élevé de décès (75).

Faits marquants

- En 2021, 27 États membres ont signalé 2 183 cas humains invasifs confirmés d’infection à Listeria monocytogenes à l'ECDC. Ces cas ont entraîné 923 hospitalisations et 196 décès dans l'UE.

La listériose a été la cinquième zoonose la plus fréquemment signalée chez l'homme dans l'UE et est l'une des maladies d'origine alimentaire les plus graves sous surveillance de l'UE.

- Le taux de notification de l'UE était de 0,49 pour 100 000 habitants, soit 14,0% de plus que le taux de 2020 (0,43 pour 100 000 habitants). Le rapport de 2020, qui a montré le plus faible nombre de cas humains (taux le plus faible) depuis le début de la surveillance de la listériose en 2007, a été impacté par la pandémie de la COVID-19 et la sortie du Royaume-Uni de l'UE.

- Par rapport au taux avant la pandémie de la COVID-19 (moyenne annuelle 2017-2019), le taux de notification de l'UE a augmenté de 4,3% et diminué de 2,0 % respectivement avec et sans les données du Royaume-Uni,.

- La tendance globale de l'UE pour la listériose au cours de la période 2017-2021 n'a pas montré d’augmentation ou diminution importante.

- Le taux global de létalité dans l'UE était élevé (13,7%), similaire à celui de 2020 et légèrement inférieur respectivement à 2019 (13,0% et 17,6%,).

- Les infections à L. monocytogenes ont été le plus souvent signalées dans le groupe d'âge «plus de 64 ans» et particulièrement dans la tranche d'âge «plus de 84 ans».

- Les 24 États membres ont déclaré un total de 244 357 échantillons de différentes catégories d'aliments «prêts à consommer», lors des étapes de distribution ou de fabrication.

 - L’occurrence de L. monocytogenes donne une indication de l'incidence raisonnablement prévisible du taux de contamination dans ces catégories d'aliments «prêts à consommer». Les résultats variaient selon le «prêt à consommer», la phase d'échantillonnage, le nombre d'échantillons testés et le nombre de pays déclarants. Dans le cadre d'un échantillonnage objectif, tous les échantillonneurs et unités d'échantillonnage incluses, les occurrences sont restées généralement rares (< 0,1%) à faibles (> 1% à 10%) dans ces catégories. Les valeurs les plus élevées (de 2% à 5%) ont été observées pour le poisson et les produits de la pêche, les produits de viande bovine ou porcine, les fruits et légumes et les fromages au lait de brebis.

- Au stade de la distribution, les proportions de résultats positifs pour les essais de dénombrement à échantillon unique pour L. monocytogenes effectués par les Autorités Compétentes dans le cadre de la vérification des critères de sécurité des aliments pour L. monocytogenes dénombrés selon le règlement (CE) n°2073/2005 sont restés très faibles à faibles (<1,0%) dans 9 des 11 catégories d'aliments prêts à consommer. Les proportions les plus élevées au stade de la distribution ont été observés dans les catégories «produit carné, charcuterie fermentée» (3,1%) et «poisson» (1,5%).

- Lors de la fabrication, les proportions d'échantillons uniques positifs pour L. monocytogenes sur la base d’essais de détection étaient systématiquement plus élevés par rapport à ceux au niveau de la distribution, pour toutes les catégories d'aliments «prêts à consommer». Les proportions les plus élevées en fabrication ont été observées pour les produits de la pêche (3,1%), les produits d'origine carnée autres que la charcuterie fermentée (2,5%) et le poisson (1,8%).

- En production primaire, le pourcentage d'unités positives est très faible chez les bovins (1,1%), qui est l'espèce animale la plus échantillonnée dans l'UE. Le faible nombre de données communiquées par les États membres reflète l'absence d'exigences légales minimales pour un échantillonnage et un rapport harmonisés au primaire production.

Dans la discussion, les auteurs du rapport notent,

En 2021, le nombre de cas confirmés de listériose humaine était de 2 183, ce qui correspond à un taux de notification dans l'UE de 0,49 pour 100 000 habitants et a entraîné une augmentation de 14% du taux de notification par rapport au taux de 2020.

Moins de cas ont été signalés en 2020, ce qui pourrait s'expliquer en partie par l'impact de la pandémie de COVID-19 sur les systèmes de santé nationaux et le retrait du Royaume-Uni de l'UE. La listériose reste l'une des maladies d'origine alimentaire les plus graves sous surveillance de l'UE en raison du taux élevé d'hospitalisations et de la morbidité et de la mortalité élevées, en particulier chez les personnes âgées.

La tendance générale de la listériose en 2017-2021 n'a montré aucune augmentation ou diminution statistiquement significative, à l'exception de la Roumanie avec une diminution statistiquement significative. La listériose a eu un taux de notification assez stable même pendant la pandémie de COVID-19, par rapport à d'autres maladies d'origine alimentaire.

Mise à jour du 16 décembre 2022

On lira l’article de Joe Whitworth de Food Safety News, «Salmonella is often behind EU outbreaks, but most deaths are caused by Listeria» (Salmonella est souvent à l'origine d'épidémies dans l'UE, mais la plupart des décès sont causés par Listeria).

Aperçu des toxi-infections alimentaires collectives en France et au sein de l'UE en 2021, selon l'EFSA et l'ECDC

Que signifient ces chiffrent mis en exergue par le blog ci-dessus ? 

Ces chiffres de la série de gauche sont ceux fournis par Santé publique France, à savoir les toxi-infections alimentaires collectives (tiac) ont augmenté en 2019 de +9% par rapport à 2018 et elles ont baissé en 2020 de +43% par rapport à l’année 2019.

La série de chiffres de droite représente une baisse des tiac de –27,9% par rapport à 2019, mais +21,5% par rapport à 2020.

Ces données sont issues du rapport 2021 sur les zoonoses et les toxi-infections alimentaires de l’EFSA et de l’ECDC. Nous aurons, je pense, prochainement les chiffres officiels de la part de Santé publique France.

Pour la France, en 2021, il y a eu 1 286 toxi-infections alimentaires collectives (dont 93 avec des preuves évidentes) ont été déclarées en France, affectant 10 836 personnes (6 814 personnes en 2020), dont 561 (396 en 2020) personnes hospitalisées et 17 (9 en 2020) sont décédées. A noter que les tiac semblent une spécialité française puisqu’elles représentent 54,8% de l’ensembles des tiac rapportées au sein de l’UE.

Comme le rappelle Santé publique France, «… les TIAC ne sont que la partie la plus visible d’un problème plus vaste. Le fardeau des infections d’origine alimentaire reste important avec entre 1,28 à 2,23 millions de personnes affectées chaque année, dont la majorité des cas surviennent de façon sporadique sans lien apparent entre eux.»

Voici ci-après les données globales fournies par l'EFSA.

Faits marquants

- En 2021, 27 États membres de l'UE et le Royaume-Uni (Irlande du Nord) ont signalé 4 005 toxi-infections alimentaires collectives affectant 32 543 cas de maladie, 2 495 hospitalisations et 31 décès. Dans le même temps, 83 épidémies, 1 270 cas de maladie, 65 hospitalisations et 2 décès ont été signalés par sept non États membres.

- En 2021, les toxi-infections alimentaires collectives dans l'UE ont augmenté de 29,8% par rapport à l'année précédente (3 086 en 2020). Les cas humains et les hospitalisations ont également augmenté, de 62,6% (20 017 cas en 2020) et 49,0% (1 675 hospitalisations en 2020), respectivement. Cependant, le nombre total des épidémies, les cas et les hospitalisations signalés en 2021 étaient en moyenne plus faibles que dans la plupart des dernières années prépandémiques (2017-2019), entraînant une diminution relative de 28,5% des foyers de cas (5 601 éclosions en 2017-2019, en moyenne), 34,2% pour les cas (49 444 cas rapportées en 2017-2019, en moyenne) et 44,3% pour les hospitalisations (4 482 hospitalisations en 2017-2019, en moyenne). Le nombre de décès signalés a diminué par rapport à 2020 et la période 2017-2019, respectivement de 8,8% (34 décès en 2020) et 30,1% (44 décès/an en 2017-2019, en moyenne).

- En 2021, le taux de notification des toxi-infections alimentaires collectives dans l'UE était de 0,89% pour 100 000 habitants. Cela représente une augmentation de 29,0% par rapport à 2020 (0,69 pour 100 000 habitants) et une diminution de 18,3% par rapport aux années prépandémiques (1,09 pour 100 000 habitants en 2017-2019).

- Ces résultats suggèrent que l'impact de la pandémie de la COVID-19 était encore considérable en 2021 dans l'UE, en ce qui concerne à la fois l'apparition de toxi-infections alimentaires collectives et leur détection, enquête et rapport. Cependant, l'augmentation du nombre de toxi-infections alimentaires collectives par rapport à 2020, pourrait indiquer un retour progressif de la surveillance des toxi-infections alimentaires collectives à une stabilité pré-pandémique pour la plupart des États membres, bien qu'une exposition plus élevée des consommateurs à des produits contaminés aliments pourraient avoir contribué à cette hausse en 2021.

- La baisse des toxi-infections alimentaires collectives au cours de la deuxième année de la pandémie de la COVID-19 par rapport aux niveaux prépandémiques, affectait pas tous les agents responsables de la même manière. Par exemple, le nombre d'épidémies causées par Listeria monocytogenes était la plus élevée depuis que l'EFSA a commencé à collecter des données.

- Salmonella a été identifié comme agent causal dans la plupart des épidémies d'origine alimentaire dans l'UE (N = 773), représentant 19,3% du total des éclosions. Ce pathogène était également associé au plus grand nombre de cas (20,8% des cas associés à une éclosion) et d'hospitalisations (45,0% des hospitalisations associées à une flambée). S. Enteritidis était le sérovar prédominant (N = 350 ; 79,7% de toutes les éclosions de Salmonella).

- Un total de 31 décès parmi les cas d'éclosion ont été notifiés à l'EFSA par six États membres et le Royaume-Uni (Irlande du Nord). L. monocytogenes était associé à 12 de ces décès (36,4% de tous les décès), tandis que Campylobacter était associé à six décès (18,2% de tous les décès).

- Un total de 355 toxi-infections alimentaires collectives à preuves solides ont été signalées en 2021 (8,9% de toutes les éclosions). Parmi celles-ci, les véhicules alimentaires d'origine animale (c'est-à-dire «viande et produits de viande», «poisson et produits de la pêche», «œufs et ovoproduits» et «lait et produits laitiers») ont été impliqués dans la plupart des toxi-infections alimentaires collectives (56,9%). Salmonella était l'agent le plus fréquemment associé à divers aliments (par exemple, des œufs et ovoproduits, des aliments composés, des légumes et jus), en termes de nombre de foyers de cas humains et d’hospitalisations.

- Les «aliments composés ou aliments à ingrédients multiples» ont causé le plus grand nombre de cas de toxi-infections alimentaires collectives avec des preuves solides (39,3% de tous les cas), les «aliments mélangés» étant la cause la plus fréquemment signalée. Les éclosions mettant en cause ces aliments étaient associées à un large éventail d’agent causal.

- Les toxi-infections alimentaires collectives associées à la consommation de «légumes et jus et autres produits dérivés» a considérablement augmenté par rapport à 2020 et aux années pré-pandémiques. Cette denrée alimentaire était juste derrière les «aliments mélangés» dans le nombre total de cas signalés parmi les toxi-infections alimentaires collectives en 2021.

- Comme ces dernières années, la plupart des foyers identifiés en 2021 ont eu lieu dans des locaux domestiques (121 les toxi-infections alimentaires collectives ; 34,1%. de toutes les éclosions à preuves solides). «Restaurant ou café ou pub ou bar ou hôtel ou service de restauration» étaient les lieux d'exposition les plus fréquemment signalés pour les épidémies survenues dans les autres types de milieux (77 foyers ; 21,7%). «L'école ou le jardin d'enfants» était le lieu d'exposition associé au plus grand nombre de cas de toxi-infections alimentaires collectives (2 104 cas, 30,0% de tous les cas à forte preuve
d’éclosion). 

Ces résultats soulignent l'importance d'une bonne mise en œuvre de HACCP dans la restauration publique ainsi que la nécessité d'améliorer la sensibilisation à la fois les consommateurs et les opérateurs commerciaux alimentaires sur les procédures correctes de manipulation et de consommation des aliments.

Mise à jour du 16 décembre 2022
On lira l’article de Joe Whitworth de Food Safety News, «Salmonella is often behind EU outbreaks, but most deaths are caused by Listeria» (Salmonella est souvent à l'origine d'épidémies dans l'UE, mais la plupart des décès sont causés par Listeria).