Nouvelle éclosion à Salmonella en Suède

Selon Folkhälsomyndigheten (Agence de la santé publique de Suède) du 7 octobre 2019, « Entre août et septembre, environ 70 personnes dans 11 comtés différents ont contracté des troubles gastro-intestinaux causés par Salmonella. Une investigation a montré que des petites tomates sont probablement la source de l’épidémie. »

Il s’agissait d’épidémie nationale de Salmonella Typhimurium monophasique liée à des tomates provenant d'un fournisseur européen.

La plupart des gens sont tombés malades au cours de la première quinzaine de septembre et plus de femmes que d'hommes ont été touchées. Une étude cas-témoins a indiqué que les tomates constituaient la source de l'infection, mais cela n'a pas pu être confirmé par des analyses microbiologiques. La souche de l’éclosion présentait le motif 3-12-11-N-211 en profil MLST.

Plus proche, voici que selon Food Safety News, « 25 personnes malades en Suède lors d'une épidémie à Salmonella ».

Les autorités suédoises enquêtent sur une épidémie nationale de salmonellose, 25 personnes étant tombées malades ces deux derniers mois.

Folkhälsomyndigheten a indiqué que la source des infections à Salmonella Newport est inconnue et qu'elle fait toujours l'objet d'une enquête, mais qu'il pourrait s'agir d'un produit alimentaire largement distribué. Le séquençage du génome entier a lié 25 personnes à l’épidémie. Les isolats provenant de cas domestiques de Salmonella ont été séquencés par WGS dans le cadre du programme national de surveillance microbienne.

Il y a des personnes infectées réparties dans 12 comtés. La date d'apparition des symptômes va du 16 août au 12 octobre. Les personnes âgées de un à 82 ans ont été touchées et un peu plus de femmes (14) que d'hommes (11) sont tombées malades. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a été informé, mais on ignore encore si d'autres pays ont également été touchés.

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Les unités locales de lutte contre les maladies, Livsmedelsverket (Agence alimentaire suédoise) et Folkhälsomyndigheten étudient actuellement la cause de l'infection. Dans ce cadre, les malades sont interrogés sur ce qu'ils ont mangé avant de tomber malade.

En Suède, on signale chaque année entre 2 000 et 3 000 cas de salmonelles, dont environ les trois quarts sont infectés à l'étranger. Entre 2012 et 2018, 95 cas domestiques à Salmonella Newport en Suède ont été enregistrés.

Yersinia : un nouvel outil génomique pour l’identification des souches

« Yersinia : un nouvel outil génomique pour l’identification des souches », source communiqué de l’Institut Pasteur du 15 octobre 2019.

Les bactéries du genre Yersinia sont très nombreuses et diffèrent notamment par leur capacité à provoquer une maladie (leur pouvoir pathogène) ou pas. Yersinia pestis est ainsi responsable de la peste, tandis que Yersinia enterocolitica et Yersinia pseudotuberculosis sont des bactéries responsables d’affections intestinales. Des chercheurs de l’Institut Pasteur ont développé une nouvelle méthode d’analyse génomique pour classer et identifier toutes les souches de Yersinia et estimer leur pouvoir pathogène.

Le genre Yersinia, qui appartient à la famille des entérobactéries, est actuellement composé de 19 espèces et comprend trois agents pathogènes qui touchent l’Homme :

• l’agent de la peste Yersinia pestis ;
• et les pathogènes alimentaires Yersinia enterocolitica et Yersinia pseudotuberculosis, qui sont responsables de yersiniose entérique, une maladie pouvant être transmise par les aliments.

Yersinia enterocolitica représente la troisième cause de diarrhée d’origine bactérienne dans les pays tempérés et froids, après Salmonella et Campylobacter. En France, les infections se manifestent le plus souvent sous forme de cas sporadiques ou de cas groupés en faible nombre.

« Jusqu’à présent, l’identification des souches était réalisée grâce à des méthodes biochimiques qui peuvent manquer de résolution. Elles reposent en effet sur des réactions métaboliques qui, en cas de réaction atypique, aboutiront à une mauvaise identification » déclare Cyril Savin, responsable-adjoint du Centre national de référence (CNR) de la peste et autres yersinioses, hébergé à l’Institut Pasteur.

« Nous avons mis au point une méthode d’analyse de la séquence du génome qui permet d’en faire une traduction rapide et compréhensible », explique Sylvain Brisse, responsable de l’unité Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries Pathogènes. « En scannant pour chaque souche la séquence de nombreux gènes du génome de Yersinia, on se rend compte que chaque bactérie possède un profil génétique unique. La méthode consiste à transformer ce profil génétique en une sorte de ‘code-barre’ standardisé. »

En utilisant cette méthode sur le genre Yersinia, plus de 3000 code-barre ont été recensés, dont certains mettant au jour de nouvelles espèces. « Nous avons abouti à un langage standardisé pour que chaque laboratoire puisse maintenant reconnaître ces codes », poursuit Sylvain Brisse. Pour diffuser la méthode, une base de données de « code-barres » (profils génomiques) et l’identification correspondante a été rendue accessible publiquement, permettant aux laboratoires du monde entier d’identifier les souches de Yersinia à l’aide de leurs propres séquences génomiques.

Grâce à un algorithme de classification automatisé, chaque profil génomique est associé à son espèce et à sa lignée génétique. « La comparaison des profils génétiques des souches de Yersinia a révélé une biodiversité inattendue, révélant plusieurs espèces nouvelles et inconnues jusqu’alors. Grâce au profil génomique des souches, leur identification est désormais extrêmement fiable », souligne Alexis Criscuolo, bioinformaticien au département de Biologie computationnelle. « Cette méthode nous permet également de mieux définir le pouvoir pathogène des souches que nous recevons au CNR. Environ 33% d’entre elles ne sont pas pathogènes ! », souligne Cyril Savin. Le pouvoir pathogène étant différent d’une souche de Yersinia à une autre, l’identification précise des souches est en effet essentielle : « Elle permet à la fois un meilleur suivi des patients et oriente le déploiement de mesures de santé publique », explique Javier Pizarro-Cerdá, responsable de l’unité de recherche Yersinia à l’Institut Pasteur.

L'étude est parue dans la revue Microbial Genomics.

Le Canada publie le 20e rappel de produits de bœuf et de veau crus en raison du risque de contamination par E. coli O157:H7

« Le Canada publie le 20^e rappel de produits de bœuf et de veau crus en raison du risque de contamination par E. coli O157:H7 », source Food Safety News.

Les responsables canadiens de la santé et de la sécurité des aliments mettent en garde la population et les opérateurs de la restauration commerciale contre une autre liste de produits de bœuf rappelés dans le cadre d'une investigation sur E. coli.

Cette fois, l'avis de rappel de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) concerne deux marques de bœuf et de veau, The Sweet Patato et Artisan Farms.

Il s'agit du 20e rappel depuis le 3 octobre lorsque St. Ann’s Foods Inc./Ryding-Regency Meat Packers Ltd. a rappelé des produits de bœuf et de veau crus à la suite d'une investigation de l'ACIA. Le gouvernement a publié une alerte à propos de la situation sur son site Internet Canadiens en santé.

Comme dans le cas des rappels précédents, les rappels du 28 octobre signalent que « Ce rappel découle d'activités d'inspection menées par l'ACIA. » Le gouvernement n’a pas signalé quel le déclencheur spécifique de l’inspection.

Depuis le premier rappel, un certain nombre d'entités différentes, y compris certaines identifiées par des responsables canadiens simplement comme une « industrie », ont publié des rappels dans le cadre de l'investigation. Aucune maladie n'a été confirmée au moment de l'affichage du rappel le plus récent, mais l'investigation est en cours.

Aux États-Unis, le Food Safety and Inspection Service (FSIS) du ministère de l’Agriculture des États-Unis a émis une alerte de santé publique concernant les produits de bœuf crus non intacts dérivés de bœuf importé d’Ontario (Canada) et rappelés par Ryding-Regency. Cette alerte reste en vigueur.

Au Canada, des responsables continuent d'inciter le public et les opérateurs de restauration, dont les écoles, les restaurants, les hôtels, les hôpitaux, les maisons de retraite et autres cuisines institutionnelles, à ne pas utiliser les produits de bœuf et de veau crus rappelés.

Pour obtenir une liste de tous les produits de bœuf et de veau rappelés, cliquez ici.

Mise à jour du 30 octobre 2019. Les autorités canadiennes restent muettes sur les détails de l'investigation des produits de boeuf après le 21ème rappel, selon un article de Coral Beach dans Food Safety News.

Je ne sais pas pourquoi mais ce genre de mutisme me fait penser à d'autres autorités sanitaires, mais dans quel pays ?

L'Australie signale un nombre record de rappels

Un peu à l’image de la France, mais en nombre beaucoup moins élevé, voici que « L'Australie signale un nombre record de rappels », source article de Joe Whitworth paru le 29 octobre 2019 dans Food Safety News.

Un nombre record d'incidents et de rappels d'aliments ont été enregistrés en Australie, selon le rapport annuel 2018-2019 de la Food Standards Australia New Zealand (FSANZ).

L'équipe de la sécurité des aliments de la FSANZ a coordonné 106 incidents et rappels de juillet 2018 à juin 2019, ce qui représente le nombre le plus élevé de rappels en 12 mois. Cela se compare à 81 rappels au cours de la même période de 2017 à 2018 et à 61 de 2016 à 2017.

La plupart des rappels dus à des allergènes non déclarés

Un total de 37% était dû à des allergènes non déclarés, 34% à une contamination microbienne et 14% à des corps étrangers. L'incident de la contamination des fraises par des aiguilles en septembre 2018 a été l'un des événements les plus importants de l'année. Cela impliquait de mettre des aiguilles dans des fraises australiennes.

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La FSANZ a identifié quatre causes principales des rappels liés aux allergènes, notamment le manque de compétences et de connaissances des exigences en matière d'étiquetage, la vérification du fournisseur, des erreurs de conditionnement et la contamination croisée accidentelle.

Les plaintes des clients sont la méthode la plus courante pour détecter la nécessité de rappeler des aliments en raison d’allergènes, suivies d’essais de routine par la société, puis des analyses de routine du gouvernement. Les erreurs de conditionnement sont la principale cause des rappels non déclarés d’allergènes.

La FSANZ coordonne le réseau binational de sécurité des aliments pour renforcer la coordination nationale, le partage précoce d'informations et la communication en cas d'incident concernant des denrées alimentaires entre agences gouvernementales. Cela comprend tous les organismes de contrôle des denrées alimentaires des États et territoires australiens, le ministère de la Santé, le ministère de l'Agriculture et le ministère des industries primaires de la Nouvelle-Zélande.

En 2018-2019, 14 rappels ont fait référence au réseau, dont la présence de Listeria dans des légumes surgelés de Belgique, Salmonella Enteritidis dans des œufs et la contamination volontaire de fraises.

La FSANZ a signalé au réseau international des autorités de sécurité des aliments (INFOSAN) trois événements liés à la présence de Listeria dans des légumes mentionnés plus haut et des fromages de France.

La FSANZ a également signalé 14 incidents dans des États et des territoires à la suite des notifications du système d'alerte rapide pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux (RASFF). Ils incluaient des rejets de frontières et des substances non autorisées, des détections d'allergènes non déclarées et des contaminations par des biotoxines, chimiques et microbiennes.

Rapports sur l'altération de fraises

La FSANZ a publié un rapport sur l'incident lié à l’altération de fraises en février 2019. Un suivi a été publié en juin à la suite d'une réunion de compte-rendu tenue en mai.

Au départ, on pensait qu’il s’agissait d’un événement isolé dans le Queensland, mais il a rapidement été transféré dans d’autres États et territoires, impliquant de multiples altérations de fraises et d’autres fruits. Les autorités ont estimé que seuls quelques cas étaient associés à l'original, la plupart d'entre eux étant soupçonnés d'être des canulars ou des ‘imitations’.

Le rapport de février indiquait que la réponse du gouvernement était opportune mais identifiait sept domaines à améliorer.

Le rapport de suivi couvrait la vulnérabilité et la traçabilité de la chaîne logistique, la communication, les médias sociaux et les protocoles d'intervention d'urgence.

Les aiguilles dans les fraises étaient considérées comme un incident de falsification du ‘meilleur scénario’, car il était évident et le produit était conditionné. L’événement a mis en évidence le potentiel d’incidences graves et diverses si l’usage chimique, biologique ou d’autres formes de manipulation moins évidentes était utilisé.

Six autres recommandations ont été formulées, telles que l’élaboration de directives pour la gestion des médias lors d’un incident de falsification, la réalisation d’un exercice fictif d’interférence/falsification et l’amélioration des protocoles de gestion d’intervention formelle entre les autorités de contrôle des denrées alimentaires, les autorités de police et l’industrie.

Le risque de ne pas donner suite aux recommandations comprend le risque continu pour le public d’atteintes à la falsification d’aliments et le marché d’exportation de produits horticoles du pays.

Sur le sujet, on lira:

• Nouvel An, nouvelle frayeur ? Des aiguilles retrouvées dans du raisin en Australie
• Australie : Retour sur les conclusions d'un rapport suite à la contamination de fraises par des aiguilles
• Australie : Des recommandations sont proposées dans le rapport sur le sabotage de fraises

77e cas de polio au Pakistan

Un agent de santé vaccine un nouveau-né contre la polio à Rawalpindi © NEOC / PAK2017 / Waseem Niaz

Le 24 octobre 2019, une déclaration de l’OMS rapporte,

« Dans une annonce historique faite à l’occasion de la Journée mondiale contre la poliomyélite, une commission indépendante d’experts a conclu que le poliovirus sauvage de type 3 (PVS3) avait été éradiqué dans le monde. Après l’éradication de la variole et du poliovirus sauvage de type 2, cette nouvelle représente un accomplissement historique pour l’humanité. »

« L’éradication de la poliomyélite sera un jalon important pour la santé mondiale. L’engagement des partenaires et des pays conjugué à l’innovation a conduit à ceci: il ne reste plus qu’un des trois sérotypes de poliovirus sauvages », a déclaré le Dr Tedros Adhanom Ghebreyesusus, Directeur général de l’Organisation mondiale de la Santé et Président du Conseil de surveillance de la poliomyélite de l’Initiative mondiale pour l’éradication de la poliomyélite (IMEP). « Nous sommes fermement déterminés à faire en sorte que toutes les ressources nécessaires soient mobilisées pour éliminer toutes les souches de poliovirus. Nous exhortons tous les autres partenaires et parties prenantes à maintenir le cap jusqu’à atteindre le succès final », a-t-il ajouté.

Très optimistes ces déclarations et j’aimerais bien plutôt que les saluer de savoir comment ils vont s’y prendre … au Pakistan et en Afghanistan.

Selon CIDRAP News du 28 octobre 2019,

Selon le journal pakistanais Dawn, un garçon de 9 mois de Khyber Pakhtunkhwa a été diagnostiqué comme souffrant de polio et est devenu le 77e cas enregistré au Pakistan cette année, contre un total de 12 cas en 2018 et 8 cas en 2017.

« Les parents du garçon n'ont pas vacciné leur enfant », a précisé le journal, « car ils pensent que le vaccin contre la polio est soit haram (interdit par l’Islam), soit il rend leurs enfants impuissants. »

Les cas de poliomyélite dans le monde ont été réduits de plus de 99% depuis 1988, mais la poliomyélite de type 1 est toujours endémique au Pakistan et en Afghanistan.

Selon une nouvelle étude paru dans Clinical Infectious Diseases, trois grands réservoirs géographiques au Pakistan, Karachi, Peshawar et Quetta Block, supportent plus des trois quarts du fardeau des infections à poliovirus.