Baisse des infections à Yersinia et Shigella en Europe

«Baisse des infections à Yersinia et Shigella en Europe», source Food Safety News.

Le nombre d'infections à Yersinia et Shigella a diminué en Europe en 2020, selon des chiffres récemment publiés.

Au total, 28 pays ont signalé 5 744 cas confirmés de yersiniose en Europe et dans l'Espace économique européen (EEE) contre 7 054 en 2019. Source ECDC.

La déclaration de la présence de Yersinia est volontaire en Belgique, France, Grèce, Italie et Luxembourg et aucun système de surveillance n'existe aux Pays-Bas.

Comme les années précédentes, l'Allemagne comptait le plus de patients suivi de la France. Ces deux pays représentaient la moitié de tous les cas confirmés. Le Danemark avait le taux de cas le plus élevé pour 100 000 habitants, suivi de la Finlande.

Sur 1 293 cas avec information, 29% ont été hospitalisés. Deux hommes de plus de 85 ans sont décédés. Le taux de notification le plus élevé a été détecté chez les enfants âgés de 0 à 4 ans.

Un total de 98% des 5 193 cas avec des informations sur les espèces étaient Yersinia enterocolitica. Sept pays ont enregistré 94 cas de Yersinia pseudotuberculosis.

En 2020, 16 foyers de cas de yersiniose ont été signalés à l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA). Ils comprenanient 246 cas dans six pays. Le nombre de personnes malades était légèrement supérieur à celui de 2019. Une épidémie au Danemark a impliqué 200 personnes exposées à Yersinia enterocolitica après avoir mangé un plat à base de pâtes contaminé lors d'un pique-nique.

La tendance globale des cas signalés de yersiniose est restée stable de 2016 à 2019, mais a considérablement diminué en 2020, ce qui était très probablement un effet de la pandémie de la COVID-19 et les chiffres du Royaume-Uni ne sont plus inclus après que le Royaume-Uni ait quitté l'UE, a dit le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

Shigella, CDC

Statistiques de Shigella

Dans l'ensemble, 29 pays ont signalé 1 806 cas confirmés de shigellose, contre 8 448 en 2019. Source ECDC.

Cette forte baisse est probablement due à la pandémie et aux chiffres du Royaume-Uni non inclus, a déclaré l'ECDC.

«Il pourrait y avoir une véritable réduction de la transmission en raison de la réduction des déplacements en raison des restrictions de voyage, de la diminution des interactions sociales et du renforcement des mesures d'hygiène. D'autre part, il existe un risque potentiel de sous-diagnostic en raison d'un comportement de recherche de soins réduit pour des symptômes bénins ou d'une capacité réduite à diagnostiquer des maladies bénignes», selon le rapport.

La shigellose se contracte en avalant du matériel contaminé par des matières fécales humaines. L'infection peut également provenir d'aliments et d'eau contaminés. Des quantités microscopiques de matières fécales peuvent entraîner des cas de maladie.

La France et l'Italie ont une déclaration volontaire et la Belgique utilise un autre type de système de surveillance.

La France, les Pays-Bas et l'Allemagne représentaient la moitié des cas confirmés. La France à elle seule en représentait près d'un tiers. Le Luxembourg a signalé le taux de notification le plus élevé, suivi de la France et de la Slovaquie.

Le statut de voyage était disponible pour 1 028 cas et 290 d'entre eux étaient liés à des voyages à l'étranger. L'Égypte, l'Indonésie, l'Inde et Madagascar ont été les plus fréquemment mentionnés comme pays d'infection probables.

Parmi les cas confirmés, seuls 236 disposaient d'informations sur le mode de transmission suspecté. L'infection par les aliments était la plus fréquemment signalée, suivie de la transmission sexuelle et d'autres contacts de personne à personne.

Shigella sonnei était la principale espèce identifiée. Le taux de notification le plus élevé concernait les enfants de moins de 5 ans.

Cinq foyers d'origine alimentaire ont été signalés par le Danemark, la France, les Pays-Bas et la Slovaquie.

La Finlande en état d'alerte après des rapports sur des épidémies à Yersinia

«La Finlande en état d'alerte après des rapports sur des épidémies à Yersinia», source Food Safety News.

Les responsables nationaux de la santé publique en Finlande surveillent la situation à la suite de rapports locaux d'une épidémie à Yersinia.

Deux foyers distincts à Yersinia enterocolitica de sérotype O:3 ont été signalés à l'Institut finlandais de la santé et du bien-être (THL) ces dernières semaines dans les régions de Savo Sud et d'Helsinki-Uusimaa.

Une autre épidémie suspectée a été enregistrée dans la région de Pirkanmaa mais les échantillons de patients n'ont pas été sérotypés. Les personnes sont tombées malades entre le début et la mi-février.

Au total, 39 cas ont été constatés dans toute la Finlande en février 2022, soit moins que les 55 infections de février 2021.

En février 2022, cinq cas à Yersinia enterocolitica au sud de Savo ont été signalés au registre des maladies infectieuses, qui est géré par THL, alors que de 2019 à 2021, il n'y a eu aucun cas de maladie dans le même temps.

Un oeil sur la situation

Le THL ne surveille pas systématiquement la survenue d'infections à Yersinia, et les souches isolées chez des patients ne sont pas systématiquement soumises au laboratoire de référence de l'agence pour typage.

Les autorités locales de sécurité alimentaire signalent des suspicions d'épidémies d'origine alimentaire au Registre national des épidémies d'origine alimentaire et hydrique, géré par l'Autorité alimentaire finlandaise (Ruokavirasto) et THL.

THL a demandé aux hôpitaux et aux agences régionales de surveiller la situation locale et de signaler les épidémies d'origine alimentaire suspectées.

L'agence a également demandé aux laboratoires cliniques de soumettre des isolats de patients liés à des épidémies afin qu'ils puissent être typés et d'inclure des informations sur le sérotype et le biotype de Yersinia enterocolitica, si elles sont disponibles.

Entre 1995 et 2018, 13 344 cas de Yersinia enterocolitica ont été signalés en Finlande avec une variation annuelle de 414 à 876 cas d’infection.

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Comment une famille unique de bactéries, Yersinia, se cache du système immunitaire, selon une étude

Yersinia pestis, Institut Pasteur.

«Comment une famille unique de bactéries, Yersinia, se cache du système immunitaire, selon une étude», source Université de Floride.

La famille de bactéries Yersinia, qui comprend la bactérie responsable de la peste bubonique, peut provoquer des infections difficiles à éliminer pour le système immunitaire humain et entraîner des complications telles que l'arthrite réactive.

Des chercheurs ont découvert comment ces bactéries interrompent la capacité des cellules à envoyer des signaux lipidiques qui alertent le système immunitaire d'une menace.

Ces résultats aident à expliquer pourquoi il est difficile pour le corps de se débarrasser de ces infections par lui-même. La recherche ouvre également des portes à des traitements thérapeutiques possibles pour ces infections.

Une nouvelle recherche de l'Université de Floride explique comment une famille de bactéries appelée Yersinia infecte le corps avec tant de succès.

La bactérie Yersinia, une famille qui comprend la bactérie responsable de la peste bubonique, peut passer inaperçue en interrompant la communication entre les cellules du système immunitaire et le site de l'infection, ont montré les chercheurs. Cette communication est normalement médiée par des lipides spécifiques.

«Nous avons montré comment Yersinia réduit la capacité d'une cellule infectée à produire un lipide appelé prostaglandine E2. Avec toute infection bactérienne, ce lipide indique au système immunitaire qu'il existe une menace, mais dans le cas de Yersinia, cette communication est manquante», a dit Mariola Edelmann, auteure principale de l'étude et professeur adjoint au département UF/IFAS de microbiologie et sciences cellulaires.

«Alors que les anti-inflammatoires non stéroïdiens tels que l'ibuprofène sont généralement utilisés pour bloquer la surstimulation de la production de prostaglandine E2, nous proposons que pour certaines infections, une production modérée de ce lipide soit utile pour l'élimination de l'infection», a ajouté Edelmann.

En effet, en bloquant la synthèse de la prostaglandine E2, Yersinia enlève la capacité des cellules infectées à appeler à l'aide, ont déclaré les chercheurs. Jusqu'à présent, les scientifiques ne savaient pas comment les bactéries étaient capables de le faire au niveau moléculaire.

«Yersinia possède un ‘système de sécrétion’, qui ressemble à une minuscule aiguille que la bactérie utilise pour introduire un ensemble d'enzymes spécifiques dans une cellule, y compris celle qui empêche la cellule de fabriquer de la prostaglandine E2», a dit Austin Sheppe, premier auteur de l’étude et ancien étudiant diplômé du laboratoire d'Edelmann.

Une étude récente, rédigée par Sheppe et Edelmann, discutant du rôle des prostaglandines dans la réponse immunitaire est publiée dans la revue Infection and Immunity.

La modification de la production de prostaglandines pour échapper au système immunitaire est unique à la famille des Yersinia, qui comprend trois souches étroitement apparentées, Yersinia enterocolitica et Yersinia pseudotuberculosis, qui sont d'origine alimentaire et provoquent des maladies gastro-intestinales, et Yersinia pestis, qui cause la peste bubonique, la même maladie qui a tué des millions de personnes en Europe au Moyen Âge.

Pour des raisons de biosécurité et de rentabilité, les chercheurs n'ont mené leur expérience qu'avec Y. enterocolitica et Y. pseudotuberculosis. Cependant, les caractéristiques moléculaires qui permettent à ces souches de Yersinia d'interrompre la communication avec le système immunitaire se retrouvent également dans Y. Pestis.

«Des recherches antérieures ont montré que le système immunitaire humain a du mal à détecter et à éliminer les infections à Yersinia, mais le mécanisme précis était inconnu», a dit Edelmann. «Nos résultats suggèrent que la capacité des bactéries Yersinia à esquiver le système immunitaire en évitant la production de prostaglandine E2 peut être ce qui les rend si problématiques.»

Heureusement, contrairement aux personnes vivant au Moyen Âge, les gens d'aujourd'hui peuvent combattre la bactérie Yersinia avec des antibiotiques. Cependant, avec l'augmentation de la résistance aux antibiotiques et le fait que Y. enterocolitica provoque plus de 100 000 cas de maladies d'origine alimentaire par an, comprendre comment ces bactéries fonctionnent ouvre la porte à de nouveaux traitements, a dit Edelmann.

«Notre prochaine étape consiste à étudier des thérapies qui peuvent contrecarrer la manière dont Yersinia interrompt la production de prostaglandine E2. Nous sommes intéressés à étudier une version synthétique du lipide, des moyens d'inhiber l'enzyme utilisée par les bactéries ou de faire en sorte que le lipide produit dure plus longtemps», a dit Edelmann.

L’étude a été publié dans la revue Microbiology Spectrum.

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Norvège : La surveillance des aliments révèle de faibles niveaux de Salmonella

«Norvège : La surveillance des aliments révèle de faibles niveaux de Salmonella», source Food Safety News.

Les bovins, porcs et volailles norvégiens ne sont que rarement infectés par Salmonella, selon les résultats des programmes de surveillance en 2020.

La présence de Salmonella chez les animaux d'élevage et les produits d'origine animale norvégiens est très faible par rapport à la plupart des autres pays. La salmonellose a augmenté au cours des dernières décennies, mais la majorité des infections sont contractées à l'étranger.

La surveillance couvre les animaux vivants tels que les porcs, les volailles et les bovins, les œufs et la viande fraîche de porcs et de bovins. Toute souche de Salmonella isolée dans les programmes doit être notifiée à l'Autorité norvégienne de sécurité des aliments (Mattilsynet). L'Institut vétérinaire norvégien coordonne les programmes de surveillance, examine les échantillons fécaux et rend compte des résultats. Les laboratoires privés analysent les échantillons prélevés dans les abattoirs et les ateliers de découpe.

Les programmes sont approuvés par la Commission européenne, ce qui permet à la Norvège d'exiger des garanties supplémentaires sur Salmonella lors de l'importation d'animaux vivants et de produits alimentaires d'origine animale en provenance de l'Union européenne.

Résultats de la surveillance

Les objectifs de ce travail consistent à garantir que les animaux producteurs de denrées alimentaires et les produits d'origine animale norvégiens sont pratiquement indemnes de Salmonella et à prévenir une augmentation des infections à Salmonella dans le pays.

Pour la volaille, 8 882 échantillons de matières fécales, y compris des écouvillons de bottes provenant de 1 342 exploitations différentes ont été examinés. Un troupeau de poulets de chair était positif pour Salmonella Typhimurium.

Au total, 1 496 échantillons de matières fécales provenant de 78 troupeaux reproducteurs de porcs ont été examinés et Salmonella n'a pas été détectée. Au total, 3 245 échantillons de ganglions lymphatiques provenant de porcs ont été analysés. L'un des porcs d'abattage était positif pour Salmonella Typhimurium.

Près de 3 000 échantillons de ganglions lymphatiques provenant de bovins ont été examinés et trois étaient positifs pour Salmonella Typhimurium, Salmonella Hessarek et Salmonella Diarizonae 61:k:1,5,(7). Tous les troupeaux ont été suivis en testant les excréments de différentes espèces animales, des aliments pour animaux et de l'environnement, et les échantillons étaient négatifs.

Un total de 5 905 échantillons sur écouvillon provenant de carcasses de bovins et de porcs ont été examinés et un était positif pour Salmonella Diarizonae 61:k:1,5,(7). Au total, 2 785 échantillons de viande hachée provenant d'usines de découpe ont été examinés et deux étaient positifs pour Salmonella diarizonae 61:k:1,5, 7) et un pour le variant monophasique de Salmonella Typhimurium.

Le nombre d'échantillons d'écouvillons et de ganglions lymphatiques examinés chez les porcs et les bovins doit être d'au moins 3 000 par an. Cet objectif n'a pas été atteint pour tous les types en 2020 en raison de la pandémie de COVID-19, mais le programme a toujours montré une très faible prévalence de Salmonella, selon le rapport.

Yersinia chez le porc

Pendant ce temps, l'Institut vétérinaire norvégien a également analysé les produits du porc pour Yersinia enterocolitica.

Plus de 150 échantillons de viande hachée de porc ont été collectés dans les supermarchés en 2019 et analysés en 2019 et 2020 à la demande de Mattilsynet. Yersinia enterocolitica pathogène a été isolé à partir de neuf échantillons.

En 2020, 82cas d'infection à Yersinia enterocolitica ont été signalées. Il y a eu entre 50 et 100 cas par an depuis 2010, sauf en 2014 où il y a eu une épidémie avec 133 cas. On pense que les porcs sont le principal réservoir de Yersinia enterocolitica, et le porc est considéré comme une source majeure d'infection.

Un total de 26 échantillons étaient positifs pour le gène ail avec Yersinia enterocolitica pathogène dans neuf d'entre eux. Huit des neuf échantillons étaient de sérotype O:3.

Les résultats montrent qu'il y a une faible incidence de Yersinia enterocolitica pathogène dans les produits de porc norvégiens. Les experts ont mis en garde contre le faible nombre d'échantillons analysés, mais ont déclaré que les résultats pourraient aider l'industrie et les autorités à avoir un aperçu de la situation et à suivre les tendances, car ils fournissent des données mises à jour de la dernière étude en 1997 et 1998.

L'épidémie à Yersinia en Suède semble liée à l'importation de laitue iceberg

Il s'agit de la suite d'un article précédent et l'on apprend que l'«Épidémie à Yersinia était liée à l'importation de laitue iceberg», source article de Joe Whitworth paru le 20 mars 2021 dans Food Safety News.

Une épidémie à Yersinia en Suède a pris fin; de la laitue iceberg a été identifiée comme source présumée de l'infection.

De janvier à début février de cette année, deux fois plus de personnes ont contracté une infection à Yersinia qu'au cours de la même période au cours d'une année normale.

Sur 53 casà Yersinia enterocolitica, 33 vivaient à Stockholm, Västra Götaland et Halland. Les isolats de 24 de ces cas ont été typés par séquençage du génome entier et 16 patients épidémiques avec des isolats groupés de séquence type 18 ont pu être identifiés.

Sur ces 16, onze étaient des femmes et cinq étaient des hommes âgés de 7 à 34 ans. Tous sont tombés malades entre le 4 et le 18 janvier.

Gestion des ressources

Rikard Dryselius, microbiologiste à Folkhälsomyndigheten (Agence de santé publique de Suède), a déclaré que la collecte et le typage des isolats de Yersinia ne sont pas effectués systématiquement dans le pays.

«Au lieu de cela, les comtés individuels peuvent demander de l'aide pour typer Yersinia lorsqu'ils en voient un besoin. Alternativement, nous pouvons demander aux laboratoires d'envoyer des isolats si nous constatons une augmentation des cas à l'échelle nationale qui devraient faire l'objet d'une enquête», a-t-il dit.

«En raison de la situation tendue des unités de contrôle des infections et des laboratoires cliniques pendant la pandémie, nous avons choisi de demander des entretiens/réponses au questionnaire et la collecte d'isolats uniquement dans les comtés où l'augmentation était la plus élevée. Il est donc très probable qu'il y ait eu plus de 16 cas ans l'épidémie, mais le manque d'isolats supplémentaires à séquencer signifie que nous ne pouvons pas le confirmer.

Folkhälsomyndigheten, des unités de contrôle des infections dans les régions de Stockholm, Västra Götaland et Halland et Livsmedelsverket (Agence suédoise de l'alimentation) ont enquêté sur l'incident.

Les responsables de la santé ont interrogé des personnes malades et compilé des réponses au questionnaire sur quoi et où ils mangeaient avant le début de la maladie.

Une étude de cas où les réponses au questionnaire des cas d'épidémie ont été comparées aux réponses de personnes infectées par Yersinia qui n'appartenaient pas à l'épidémie a été réalisée.

Lien entre un restaurant et la laitue iceberg

Les enquêteurs ont découvert que les cas liés à l'épidémie avaient, dans une plus grande mesure, visité une certaine chaîne de restaurants. Des entretiens de suivi sur ce qu'ils avaient mangé ont conduit à suspecter la laitue iceberg d'être la source de l'infection.

Selon le questionnaire envoyé aux cas liés à l'épidémie, sept sur 12 ont mentionné avoir visité la chaîne de restaurants avant de tomber malade, tandis que sept des 72 cas de yersiniose qui ont répondu au même questionnaire en 2019 ont indiqué qu'ils l'avaient fait.

La suspicion d'un lot contaminé de laitue iceberg distribuée dans une chaîne de restaurants a été renforcée par le calendrier de l'épidémie, qui suggérait qu'un produit avec une large diffusion géographique et une durée de conservation limitée en était la cause sous-jacente.

La Suède n'a pas de production significative de laitue iceberg à cette période de l'année et des tentatives sont en cours pour retrouver le pays d'origine.

Pendant ce temps, des enquêtes sont en cours pour trouver la source d'une épidémie de Salmonella Enteritidis dans le pays. Cela n'est pas lié à l'épidémie à Salmonella en Norvège liée à de la viande en provenance d'Allemagne.

La première personne est tombée malade fin décembre 2020. Il y a 25 patients confirmés dans 14 régions du sud et du centre de la Suède.

Près des trois quarts des patients sont des enfants de moins de 10 ans et quatre ont plus de 70 ans.

Après le Danemark et la Norvège, la Suède enquête sur l'augmentation des cas d'infection à Yersinia

Après le Danemark et la Norvège, «La Suède enquête sur l'augmentation des cas d'infection à Yersinia», source Food Safety News, adapté par mes soins -aa.

Les responsables suédois de la santé publique ont signalé une augmentation des cas d'infection à Yersinia ces dernières semaines.

Depuis la deuxième semaine de janvier, plus de deux fois plus de personnes sont tombées malades de la yersiniose par rapport à la même période ces dernières années.

Un nombre accru de patients a été observé dans les régions de Stockholm, Västra Götaland et Halland, qui représentent 33 des 48 cas signalés depuis le 11 janvier.

La plupart des malades ont entre 11 et 40 ans et sont des femmes. Cinq filles et un garçon âgés de 0 à 10 ans ont également été infectés.

Folkhälsomyndigheten, l'Agence suédoise de la santé publique et les unités locales de lutte contre les infections dans les régions touchées tentent d'identifier la source de l'infection en interrogeant les patients.

L'agence recueille également des échantillons et a détecté des isolats de Yersinia provenant de patients dans ces régions. Les isolats seront soumis à un séquençage du génome entier pour clarifier si les personnes ont été affectées par une source commune d'infection.

Une récente épidémie à Yersinia enterocolitica O3 en Norvège qui a touché 10 personnes et a été attribuée à de la salade.

Entre 200 et 300 infections à Yersinia sont signalées chaque année en Suède. À la mi-2019, plus de 20 personnes sont tombées malades dans le pays lors d'une épidémie à Yersinia. Quelques mois plus tôt, une autre épidémie, qui a également touché le Danemark, a rendu 37 personnes malades et était liée à des épinards frais importés d'Italie ou d'Espagne.

NB : On lira aussi Yersiniose. Rapport épidémiologique annuel pour 2019, selon l'ECDC.

Mise à jour du 18 mars 2021. Suède: l'épidémie à Yersinia enterocolitica est terminée. La laitue iceberg est la source suspectée, selon Outbreak News Today.

Surveillance 2019 des pathogènes en Ecosse: les cas d'hépatite A et d’hépatite E augmentent ; les cas à Listeria et à norovirus diminuent

« Les cas d'hépatite A et d’hépatite E augmentent mais les cas à Listeria et à norovirus baissent en Écosse », source Food Safety News.

Health Protection Scotland a publié des rapports de surveillance 2019 pour Listeria, l’hépatite A et l’hépatite E, norovirus, Shigella et Yersinia.

Les données montrent une baisse des cas à Listeria, Shigella, Yersinia et norovirus tandis que les infections aux hépatites A et E ont augmenté au cours de la dernière année.

En 2019, six cas à Listeria monocytogenes ont été signalés à Health Protection Scotland (HPS), le nombre le plus bas observé ces dernières années. Il y a eu 12 cas signalés en 2018 et 17 cas d’infection en 2017.

La surveillance de Listeria en Écosse repose sur les rapports de tous les laboratoires du pays. Ceux-ci sont signalés à HPS via l’Electronic Communication of Surveillance in Scotland (ECOSS).

Hausse des hépatites A et E

En 2019, 50 cas d'hépatite A ont été signalés à la HPS. Ce chiffre était supérieur aux 34 rapports de 2018. En 2017, il y avait 153 cas, mais 91 d'entre eux étaient associés à une épidémie d'origine alimentaire d'hépatite A dans le Lanarkshire.

L'hépatite A est une infection du foie causée par le virus de l'hépatite A. Des éclosions d'origine alimentaire ont été associées à la contamination d’aliments prêts à consommer par des manipulateurs d'aliments infectés. Des épidémies ont également été liées à une contamination plus en amont du processus de production alimentaire, y compris des crustacés et les baies fraîches et congelées.

Les rapports d'infection par le virus de l'hépatite E (VHE) en Écosse et ailleurs au Royaume-Uni ont augmenté ces dernières années. Les rapports de laboratoire sur le VHE en Écosse sont passés de 13 en 2011 à 226 en 2016. Il est probable que davantage de reconnaissance et de tests cliniques de l'hépatite E ont contribué à l'augmentation depuis 2011, selon HPS.

En 2019, la HPS a reçu 158 signalements de VHE, soit une augmentation de 41% par rapport aux 112 signalements en 2018 mais toujours moins que les 171 en 2017.

La HPS travaille avec Food Standards Scotland, le gouvernement écossais, les conseils du NHS et Public Health England pour améliorer la compréhension de l'épidémiologie du VHE, y compris les facteurs de risque et les expositions qui éclaireront la gestion et le contrôle de la santé publique.

L'hépatite E est une maladie du foie causée par le virus de l'hépatite E, qui peut infecter les animaux et les humains. L'infection par le VHE produit généralement une maladie bénigne. Cependant, les symptômes peuvent varier de l'absence de symptômes clairs à une insuffisance hépatique.

Déclin de norovirus, Shigella et Yersinia

En 2019, la HPS a reçu 890 rapports de laboratoire sur norovirus. Il s'agit d'une diminution d'environ 40% par rapport aux 1 491 rapports de laboratoire en 2018 et il s'agit du nombre le plus faible de ces dernières années. Norovirus est une cause fréquente de gastro-entérite infectieuse qui entraîne diarrhées et vomissements. Il se transmet très facilement d'une personne à l'autre et à travers les aliments.

Les rapports de laboratoire sur norovirus montrent une tendance saisonnière, la plupart durant les mois d'hiver. Surtout les personnes âgées et les jeunes ont été touchés avec 437 des 890 déclarations de personnes âgées de 65 ans et plus et 238 de celles de moins de cinq ans. Cela reflète probablement ceux dont les échantillons sont les plus susceptibles d'être prélevés, selon HPS.

En 2019, 101 cas à Shigella ont été signalés en Écosse, ce qui représente une légère baisse par rapport aux 115 cas de 2018. Sur les 98 isolats plus spécifiés, Shigella sonnei était le type plus fréquent avec 68 cas contre 77 en 2018.

Il y a eu 25 cas à Shigella flexneri en 2019, soit une légère baisse par rapport aux 32 cas signalés en 2018. Quatre cas à Shigella boydii et un cas à Shigella dysenteriae ont également été signalés en 2019.

Les infections à Yersinia ne sont pas courantes en Écosse. En 2019, cinq cas de Yersinia enterocolitica ont été signalés. Il s'agit d'une baisse par rapport aux 12 cas en 2018 et 2017 et aux neuf cas en 2016.

NB : Tous les liens sont de mon fait. -aa

Des chercheurs améliorent les connaissances sur l'impact de la température sur Yersinia

Christian Twittenhoff (à droite) et Franz Narberhaus ont créé un modèle qui montre comment le thermomètre à ARN se dissout. © RUB, Kramer.

« Des chercheurs améliorent les connaissances sur l'impact de la température sur Yersinia », source Food Safety News.

Des chercheurs ont analysé ce qui se passe lorsque Yersinia passe en mode d'attaque.

Yersinia pseudotuberculosis est transmis par des aliments contaminés. Lorsqu'il arrive dans l'intestin de l'hôte à sang chaud, il sécrète un facteur cytotoxique nécrosant (CnfY), qui déclenche des réactions inflammatoires aiguës et augmente l'effet d'autres substances pathogènes.

Des chercheurs de la Ruhr-Universität Bochum (RUB) en Allemagne ont examiné des thermomètres à ARN, qui signalent aux bactéries si elles se trouvent dans l'hôte. Avec des collègues de l'Institut Helmholtz pour la recherche sur les infections à Braunschweig, ils ont montré que les bactéries avec des thermomètres à ARN désactivés ne pouvaient plus déclencher une infection. Les résultats ont été publiés dans la revue Plos Pathogens.

Les thermomètres à ARN sont responsables de la mesure de la température. Ce sont des sections d'ARN messager de nombreux gènes qui contiennent le plan des protéines causant des maladies.

« Nous savions par des études antérieures que Yersinia est très sensible aux changements de température et reconnaît qu'il est chez sont un hôte sur la base de la température corporelle », a déclaré le professeur Franz Narberhaus, responsable de la chaire de biologie microbienne à la RUB.

Étape vers l'arrêt de l'infection

À basses températures, donc à l'extérieur de l'hôte, les thermomètres à ARN empêchent l'ARN d'être lu et traduit en protéines. Après l'infection de l'hôte à sang chaud, donc à une température d'environ 37°C, les structures d'ARN se dissolvent. Ils peuvent ensuite être écrits dans des protéines qui ont un effet dangereux sur l'hôte.

Il pourrait être possible d'arrêter l'infection bactérienne en empêchant la fusion des structures d'ARN. Cependant, les scientifiques ne connaissent pas encore de substances qui gèlent les thermomètres à ARN dans un état fermé.

Christian Twittenhoff a utilisé des composants cellulaires isolés du pathogène pour montrer quelle structure le thermomètre à ARN pour la toxine CnfY se trouve et où il se dissout. Le biologiste a créé un modèle qui documente l'ouverture du thermomètre. Il montre également comment le ribosome - le composant cellulaire sur lequel l'ARN messager est traduit en protéines - s'arrête à l'ARN messager.

Les chercheurs ont démontré le rôle du thermomètre à ARN dans le processus de la maladie. Ils ont infecté des souris avec Yersinia qui avaient soit un ARN fonctionnel, soit des thermomètres à ARN inactivés qui ne pouvaient pas se dissoudre à 37°C Les souches bactériennes avec des thermomètres à ARN modifiés n'ont pas pu rendre les souris malades.

Twittenhoff a comparé le gène de la toxine CnfY avec les gènes de toxine d'autres pathogènes en utilisant la bioinformatique. Les résultats suggèrent que d'autres gènes de toxines pourraient également être régulés par des thermomètres à ARN.

Yersinia : un nouvel outil génomique pour l’identification des souches

« Yersinia : un nouvel outil génomique pour l’identification des souches », source communiqué de l’Institut Pasteur du 15 octobre 2019.

Les bactéries du genre Yersinia sont très nombreuses et diffèrent notamment par leur capacité à provoquer une maladie (leur pouvoir pathogène) ou pas. Yersinia pestis est ainsi responsable de la peste, tandis que Yersinia enterocolitica et Yersinia pseudotuberculosis sont des bactéries responsables d’affections intestinales. Des chercheurs de l’Institut Pasteur ont développé une nouvelle méthode d’analyse génomique pour classer et identifier toutes les souches de Yersinia et estimer leur pouvoir pathogène.

Le genre Yersinia, qui appartient à la famille des entérobactéries, est actuellement composé de 19 espèces et comprend trois agents pathogènes qui touchent l’Homme :

• l’agent de la peste Yersinia pestis ;
• et les pathogènes alimentaires Yersinia enterocolitica et Yersinia pseudotuberculosis, qui sont responsables de yersiniose entérique, une maladie pouvant être transmise par les aliments.

Yersinia enterocolitica représente la troisième cause de diarrhée d’origine bactérienne dans les pays tempérés et froids, après Salmonella et Campylobacter. En France, les infections se manifestent le plus souvent sous forme de cas sporadiques ou de cas groupés en faible nombre.

« Jusqu’à présent, l’identification des souches était réalisée grâce à des méthodes biochimiques qui peuvent manquer de résolution. Elles reposent en effet sur des réactions métaboliques qui, en cas de réaction atypique, aboutiront à une mauvaise identification » déclare Cyril Savin, responsable-adjoint du Centre national de référence (CNR) de la peste et autres yersinioses, hébergé à l’Institut Pasteur.

« Nous avons mis au point une méthode d’analyse de la séquence du génome qui permet d’en faire une traduction rapide et compréhensible », explique Sylvain Brisse, responsable de l’unité Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries Pathogènes. « En scannant pour chaque souche la séquence de nombreux gènes du génome de Yersinia, on se rend compte que chaque bactérie possède un profil génétique unique. La méthode consiste à transformer ce profil génétique en une sorte de ‘code-barre’ standardisé. »

En utilisant cette méthode sur le genre Yersinia, plus de 3000 code-barre ont été recensés, dont certains mettant au jour de nouvelles espèces. « Nous avons abouti à un langage standardisé pour que chaque laboratoire puisse maintenant reconnaître ces codes », poursuit Sylvain Brisse. Pour diffuser la méthode, une base de données de « code-barres » (profils génomiques) et l’identification correspondante a été rendue accessible publiquement, permettant aux laboratoires du monde entier d’identifier les souches de Yersinia à l’aide de leurs propres séquences génomiques.

Grâce à un algorithme de classification automatisé, chaque profil génomique est associé à son espèce et à sa lignée génétique. « La comparaison des profils génétiques des souches de Yersinia a révélé une biodiversité inattendue, révélant plusieurs espèces nouvelles et inconnues jusqu’alors. Grâce au profil génomique des souches, leur identification est désormais extrêmement fiable », souligne Alexis Criscuolo, bioinformaticien au département de Biologie computationnelle. « Cette méthode nous permet également de mieux définir le pouvoir pathogène des souches que nous recevons au CNR. Environ 33% d’entre elles ne sont pas pathogènes ! », souligne Cyril Savin. Le pouvoir pathogène étant différent d’une souche de Yersinia à une autre, l’identification précise des souches est en effet essentielle : « Elle permet à la fois un meilleur suivi des patients et oriente le déploiement de mesures de santé publique », explique Javier Pizarro-Cerdá, responsable de l’unité de recherche Yersinia à l’Institut Pasteur.

L'étude est parue dans la revue Microbial Genomics.