Évaluation des protocoles de chauffage et chimiques pour inactiver le SRAS-CoV-2, selon une équipe française

« Le coronavirus peut survivre à une longue exposition à des températures élevées, une menace pour le personnel de laboratoire du monde entier, selon un article », source SCMP du 14 avril 2020.

Des scientifiques français ont dû porter la température à presque au point d'ébullition pour tuer le virus.

Les résultats ont des implications pour la sécurité des techniciens de laboratoire travaillant avec le virus.

Le nouveau coronavirus peut survivre à une longue exposition à des températures élevées, selon une expérience menée par une équipe de scientifiques français.

Le professeur Remi Charrel et ses collègues de l'Université d'Aix-Marseille dans le sud de la France ont chauffé le virus qui cause le Covid-19 à 60°C pendant une heure et a constaté que certaines souches étaient encore capables de se répliquer.

Les scientifiques ont dû porter la température à presque le point d'ébullition pour tuer complètement le virus, selon leur article non revu par les pairs publié sur bioRxiv.org samedi. Les résultats ont des implications pour la sécurité des techniciens de laboratoire travaillant avec le virus.

L'équipe en France a infecté des cellules rénales de singe vert d'Afrique, un matériau hôte standard pour les tests d'activité virale, avec une souche isolée d'un patient de Berlin, Allemagne. Les cellules ont été chargées dans des tubes représentant deux types d'environnements différents, l'un «propre» et l'autre «sale» avec des protéines animales pour simuler la contamination biologique dans des échantillons réels, tels qu'un écouvillon oral.

Après le chauffage, les souches virales dans un environnement propre ont été complètement désactivées. Cependant, certaines souches des échantillons sales ont survécu.

Résumé

Des échantillons cliniques prélevés chez les patients COVID-19 sont généralement manipulés dans les laboratoires Biosafety Level-2 à des fins de diagnostic. Nous avons utilisé la norme française NF-EN-14476 + A2 dérivée de la norme européenne EN-14885. Pour éviter le risque d'exposition des travailleurs de laboratoire, nous avons montré que le sodium-dodécyl-sulfate et le Triton-X100 doivent être ajoutés aux tampons de lyse au thiocyanate de guanidinium pour obtenir une réduction de 6 log du virus infectieux. Le protocole de chauffage composé de 92°C-15 minutes était plus efficace que 56°C-30 minutes et 60°C-60 minutes pour atteindre une réduction de 6 log.

Les auteurs notent,

Considérant qu'une faible virémie au SRAS-CoV-2 est observée chez les patients COVID-19 même au stade aigu de la maladie, les protocoles 56°C-30min et 60°C-60min couramment utilisés avantcolor: black; l'apparition d’une sérologie sont suffisants pour inactiver le SRAS-CoV-2 comme recommandé avant le test sérologique pour d'autres virus ARN enveloppés.

Les échantillons traités en conséquence pourront également être détectés de l'ARN viral. En revanche, lorsque le traitement d'échantillons respiratoires présentant généralement des charges virales beaucoup plus élevées, seul le protocole 92°C-15min a montré une inactivation totale; cependant, si ce protocole est plus efficace pour l'inactivation que les deux autres, la réduction drastique des copies d'ARN qui sont détectables par la suite empêche son utilisation pour une détection par RT-qPCR ultérieure du SARS-CoV-2.

Pour ces derniers, l'inactivation à l'aide de de tampons VXL, ATL ou un tampon de lyse similaire doit être préféré.

Étant donné que les échantillons cliniques prélevés sur les patients suspects de COVID-19 sont couramment manipulés dans des laboratoires BSL-2, les résultats présentés dans cette étude devraient permettre de choisir le protocole le mieux adapté pour l’inactivation afin d'éviter l'exposition du personnel de laboratoire en charge de la détection directe et indirecte du SRAS-CoV-2 à des fins de diagnostic.

Référence

Evaluation of heating and chemical protocols for inactivating SARS-CoV-2

Boris Pastorino, Franck Touret, Magali Gilles, Xavier de Lamballerie, Remi N Charrel

doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.11.036855

Cet article est une préimpression et n'a pas été certifié comme revu par des pairs.

L’article intégral est ici.

Ignorant la sécurité sanitaire, l'entreprise espagnole savait que ses produits de viande étaient contaminés par Listeria plusieurs mois avant l'épidémie

C’est toujours la même histoire, seuls les lieux sont différents dit Doug Powell du barfblog dans cet article, « Ignorant la sécurité sanitaire, l'entreprise espagnole savait que ses produits de viande étaient contaminés par Listeria plusieurs mois avant l'épidémie »

Cette sécurité sanitaire va finir par éclater. Nous ne nous ferons pas prendre. Personne n’est tombé malade hier, alors il n’y a pas plus de chances que personne ne tombe malade aujourd’hui.

Ces bases de la psyché humaine continuent de saper des tragédies de Bhopal à BP en passant par Challenger et la sécurité des aliments.

Mais avec tous les jouets et la technologie, vous serez découverts - alors agissez en conséquence, même si une humanité décente ne suffit pas contre la directive du profit.

Ce qui se passe en Espagne est étonnamment similaire à ce qui s’est passé en Nouvelle-Zélande en 2012. Plus d’informations à ce sujet plus tard.

En août 2019, une épidémie de listériose en Espagne a été détectée et signalée à l'Organisation mondiale de la santé (OMS) le 16 août 2019.

À ce jour, trois personnes sont décédées et plus de 200 personnes ont été victimes de la listériose. Des produits à base de viande de porc rôtie et réfrigérée fabriqués dans le sud de l'Espagne par la société Magrudis de Séville ont été vendus sous la marque La Mechá.

James Warren d'EuroWeekly rapporte que, selon des sources du conseil municipal de Séville et du ministère de la Santé, les Laboratorios Microal ont sonné l'alarme le 18 février 2019 après que des échantillons du produit de viande hachée leur aient été envoyés pour évaluation.

Mariano Barroso, responsable du contrôle de la qualité et de la recherche à Microal, a déclaré que sur les deux échantillons soumis, l'un d'entre eux était considéré comme positif.

Le laboratoire a demandé un autre test pour déterminer le niveau de contamination, mais le fabricant de produits alimentaires a refusé de les accepter.

Barrosco a ensuite précisé que la société n’avait pas informé les autorités car « il est courant dans leur travail de trouver des bactéries. Le fabricant a pour rôle de retirer le produit de ses lignes de production. »

Selon ce média espagnol, Microal a informé la société qu'il y avait de la Listeria, mais « pas de combien », car « pour cela il faut faire une autre analyse » et Magrudis ne l'a pas demandée, explique Barroso, qui précise également qu'ils n'étaient nullement obligés d'informer les autorités.

En juillet 2012, un transformateur de viande, son directeur et un employé ont admis avoir vendu de la viande contaminée par Listeria à l'hôpital de Hawke’s Bay en Nouvelle-Zélande et avoir omis de fournir des résultats d’analyses montrant que la viande avait été contrôlée positive.

Le conseil de santé du district de Hawke’s Bay a découvert que des viandes prêtes à consommer réfrigérées fournies par la société avaient été contaminées en juillet 2012, après que plusieurs cas à Listeria avaient été liés à la cuisine de l’hôpital.

L’épidémie a coûté la vie à Patricia Hutchinson, âgée de 68 ans, le 9 juin de cette année et a contribué au décès d’une femme âgée de 81 ans le 9 juillet. Deux autres personnes ont été infectées.

Lorsque le conseil de la santé découvrit un lien entre les infections et la cuisine de l'hôpital, il envoya 62 sachets en plastique non ouverts de produits carnés de Bay Cuisine à ESR pour qu'ils soient testés. On a trouvé que toutes les poches contenaient de la Listeria.

Un résumé des faits établi par le ministère des industries primaires a indiqué que la société est sous contrat d'approvisionnement de l'hôpital depuis 2002.

Le résumé indique que le 9 juillet 2012, le DHB a demandé des copies de tous les résultats des tests effectués par Bay Cuisine pour Listeria. Le directeur de la production, Christopher Mackie, a répondu en informant le DHB qu'un lot de corned beef avait donné un résultat négatif pour la recherche de Listeria, alors qu'en réalité, le résultat était « présumé positif ».

Le lendemain, un agent du ministère chargé d'enquêter sur les cas à Listeria à l'hôpital a demandé les résultats des analyses. Mackie les a envoyées le 13 juillet, mais a de nouveau omis les rapports montrant que certains produits avaient été retrouvés « présumés positifs ».

Mais l'analyse des messages téléphonique des portables entre MacKie et le directeur de la société, Garth Wise, montre que le 12 juillet au soir, Wise avait envoyé un message à Mackie suggérant qu'il « bloque les résultats présumés positifs à Listeria, car ils ne sont que trois ou quatre. et nous envoyons juste les bons résultats. »

Une recherche ultérieure dans les locaux de Bay Cuisine par le ministère a permis de découvrir que la société n’avait pas fourni le fichier de calcul original correct au ministère. Cette feuille de calcul indiquait des résultats positifs à Listeria pour les produits à base de viande les 18 juin et 10 juillet.

En 2009, l'exploitant d'une chaîne de restaurants barbecue yakiniku, qui a été liée à quatre décès et 70 personnes malades causées par E. coli O111 présent dans du bœuf cru au Japon, a admis qu'il n'avait pas testé la viande crue servie pour la bactérie dans ses points de vente, comme l'exigeait le ministère de la santé.

« Nous n’avons jamais eu de résultat positif [à la suite d’un test bactériologique], pas une seule fois. Nous avons donc supposé que notre viande serait toujours exempte de bactéries. »

En France, selon cette note de service de la DGAL, s’agissant des autocontrôles, Il doit y avoir une « information immédiate de la DD(CS)PP pour le produit encore sous la responsabilité de l'exploitant ou le produit déjà mis sur le marché. »

Cette information est constituée, au vu de ce résultat d’autocontrôle défavorable, d'une analyse de risques conduite par l'exploitant et des mesures prévues et/ou déjà mises en oeuvre. Elle ne se limite pas à la transmission du résultat brut.

Cela concerne aussi l’environnement de production.

Cet aspect pourrait expliquer en partie l'augmentation sans précédent des avis de rappels par les distributeurs et/ou entreprises alimentaires en France ...

Lacunes dans les analyses chimiques suite à un audit des laboratoires britanniques

« Lacunes dans les analyses chimiques suite à un audit des laboratoires britanniques », source article de Joe Whitworth publié le 14 septembre 2019 dans Food Safety News.

Des lacunes dans la capacité d'effectuer certaines analyses chimiques ont été identifiées lors d'une revue (audit) effectuée dans des laboratoires officiels au Royaume-Uni.

L'examen a évalué la capacité, la capabilité et la gouvernance du système de laboratoires officiels du Royaume-Uni pour les denrées alimentaires et les aliments pour animaux et a formulé des recommandations visant à combler les lacunes et les faiblesses liées au maintien des normes de sécurité sanitaires lorsque le Royaume-Uni aura quitter l'Union européenne (UE), un processus connu sous le nom de Brexit.

Le nombre de laboratoires officiels d'analyse des denrées alimentaires et des aliments pour animaux a diminué ces dernières années, ce qui a amené les autorités à déterminer si les services seraient suffisants après la sortie de l'UE.

La première phase de la revue en deux parties a été réalisée par Fera Science Ltd, un joint venture entre le Department for Environment, Food and Rural Affairs (Defra) et Capita. Il a constaté que dans plusieurs régions le nombre de laboratoires chargés des contrôles officiels (OCLs) et/ou de laboratoires officiels (OLs) basés au Royaume-Uni et en mesure de faire respecter les lois régissant les contrôles des aliments pour animaux et des denrées alimentaires était insuffisant.

Les OCLs assistent la FSS (Food Standards Scotland), la Food Standards Agency (FSA) et les autorités locales en analysant la sécurité sanitaire et les normes applicables aux denrées alimentaires et aux aliments pour animaux. En Angleterre, au Pays de Galles et en Irlande du Nord, la FSA est responsable des contrôles officiels de l'application des lois sur les aliments pour animaux et des denrées alimentaires, et en Écosse, il s'agit de ka FSS.

Problème pour les analyses chimiques

Les domaines dans lesquels il existait une capacité limitée ou inexistante comprenaient la détermination des concentrations de toutes les toxines végétales réglementées dans des échantillons d'aliments pour animaux et les denrées alimentaires; des analyses nécessaires pour démontrer la conformité à la réglementations sur les matériaux et objets en contact avec les aliments, les concentrations de polluants organiques persistants (POPs) halogénés dans les aliments pour animaux et les denrées alimentaires, les esters gras de glycidyle, certains additifs alimentaires, des analyses d'authenticité et des analyses OGM.

« Le coût de la mise en place d'analyses pour les domaines de capacités limitées/inexistantes dans un laboratoire est prohibitif à moins de pouvoir garantir un grand nombre d'échantillons avec une stratégie d'échantillonnage et un budget. Compte tenu du nombre d'échantillons officiels prélevés dans ces zones ces dernières années, il n'est peut-être pas étonnant que cette capacité n'ait pas été développée/maintenue à ce niveau », a déclaré la revue.

Il a été constaté que tous les laboratoires participant aux contrôles officiels des aliments pour animaux et des denrées alimentaires disposaient de l'instrumentation et des ressources qualifiées pour être en mesure de mettre en œuvre de nouvelles méthodes dans leurs laboratoires avec un financement approprié.

Bien que les laboratoires ne soient pas prêts tout de suite après le Brexit car il faut du temps pour se développer, valider et obtenir une accréditation interne, avec une formation appropriée, la plupart des analyses requises pour appuyer la mise en application pourraient être couverts par le réseau des OCLs et des OLs. Ces laboratoires ont également accès à un réseau de laboratoires partenaires à l’étranger, de laboratoires nationaux de référence (LNR) et d’autres laboratoires d’essai par sous-traitance.

L’examen a révélé que les laboratoires avaient la capacité de procéder à des analyses officielles d’échantillons pour la contamination microbiologique des échantillons à travers le Royaume-Uni, un certain nombre de Food Examiner et d’analystes publics de laboratoire capables de réaliser les analyses requises.

La deuxième partie de la revue

Ernst & Young a effectué la deuxième phase de l'examen. Il a procédé à une évaluation des risques de la situation « en l'état » afin de définir des mesures d'atténuation susceptibles de réduire les risques.

Les risques élevés identifiés dans le système d’application des lois sur les denrées alimentaires et les aliments pour animaux au Royaume-Uni comprenait une évaluation insuffisante des risques, car celui-ci dépend de ce qui est actuellement créé par l’UE : incapacité à planifier pour la capacité et la capabilité requise, utilisation limitée des laboratoires privés en raison des conflits d'intérêts potentiels et une augmentation réelle ou perçue d'incidents liés à la sécurité des aliments ayant des incidences sur les consommateurs, le tourisme et le commerce.

Les risques du système actuel signifient que le Royaume-Uni ne peut plus continuer tel quel, aussi Ernst & Young a-t-il créé un modèle « à être » (to- be). Un modèle cible opérationnel (TOM pour Target Operating Model) a été développé pour fournir un système de laboratoires adapté aux besoins futurs.

Ils ont identifié six domaines dans lesquels des améliorations pourraient être apportées pour réduire les risques dans le système actuel. Il s’agissait de la stratégie et de la responsabilité, du financement, de l’organisation des laboratoires, de la nomination d’analystes publics, de leur qualification et de l’échantillonnage des produits alimentaires.

Le modèle comprend une agence centrale responsable coordonnant la création et la fourniture d'une évaluation nationale des risques reposant sur le renseignement qui pourrait être dirigée par la FSA ou la FSS et une agence centrale de mise en service chargée de mettre en œuvre la stratégie définie par l'ancienne agence.

Commentaires : Pour vous faire partager mes réflexions sur la situation de la sécurité sanitaire des aliments en France, dont on sait qu’elle fait l’objet d’une « mission des inspections générales de leurs ministères (Solidarités et Santé, Économie et Finances, Intérieur, Agriculture) pour améliorer l'organisation du contrôle de la sécurité sanitaire des aliments. », voir aussi De la nécessite d'une police unifiée de l'alimentation ?, il me semble que l’Anses serait à même de répondre aux nouveaux enjeux de la sécurité des aliments … après une période de transition, afin d’exercer pleinement ses missions … à suivre ...

A propos du séquençage du génome complet de Listeria monocytogenes au sein de l'UE

« Problèmes rencontrés dans quatre laboratoires au cours d'essais d'intercomparaison relatifs à la Listeria », source Food Safety News du 24 mai 2019

Selon un rapport du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), quatre laboratoires ont rencontré des problèmes lors d'un essai d'intercomparaison pour l'assemblage du génome complet de Listeria monocytogenes.

L’objectif était d’aider les laboratoires nationaux de référence de santé publique à effectuer un typage basé sur le séquençage du génome complet à générer des assemblages génomiques de bonne qualité et comparables pour Listeria monocytogenes.

Les assemblages peuvent être utilisés pour des analyses comprenant des données de typage de séquence multilocus de génome complet et de base ou core genome (wg/cgMLST). Des assemblages de bonne qualité sont nécessaires pour produire des données wg/cgMLST comparables entre laboratoires. Les laboratoires déclarants doivent s'assurer que leur processus d'assemblage est concordant afin d'éviter les problèmes de comparabilité et pouvant potentiellement affecter la détection et la vérification des épidémies, selon le rapport de l'ECDC.

L'ECDC est favorable à l'intégration des données de séquençage du génome complet (WGS pour whole genome sequencing) dans la surveillance et les investigations épidémiologiques dans plusieurs pays de maladies d'origine alimentaire, notamment la listériose.

Dix des 14 participants à l'essai de 2018 avaient au moins un pipeline (ensemble d’outils d’analyse, d’algorithmes et d’étapes de calcul. ) concordant et les quatre autres ont bénéficié d'une assistance après l'essai d'intercomparaison afin d'identifier la cause première du problème et améliorer les résultats. Les laboratoires ne disposant pas d'un pipeline d'assemblage concordant devraient envisager de le mettre à jour pour éviter les problèmes de détection d'épidémie et, dans l'intervalle, partager les lectures brutes avec l'ECDC.

Les quatre laboratoires qui ont eu des problèmes ont été informés des causes possibles. Deux d'entre eux ont depuis mis à jour leur pipeline et généré des résultats concordants. Pour le troisième laboratoire, la cause dépend d'une mise à niveau logicielle, ce qui pourrait être le cas pour le quatrième laboratoire.

Les 14 participants ont soumis des génomes assemblés pour 15 séries de lectures de séquences brutes. Plus d'un pipeline d'assemblage a été autorisé par participant et les résultats par pipeline ont été comparés à l'assemblage de référence généré par l'ECDC sur plusieurs métriques de qualité.

Seize organisations, dont 14 laboratoires nationaux de référence de santé publique, l'Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa) et l'Anses en tant que laboratoire de référence de l'Union européenne (EURL) pour Listeria monocytogenes, ont founi des résultats pour 29 pipelines d'assemblage.

Pour les lectures avec Illumina, les assemblages de référence ont été jugés appropriés. Pour les lectures avec Ion Torrent, il n’a pas été possible d’établir une concordance.

Pour la surveillance européenne de la listériose, l'ECDC n'acceptera que des assemblages de laboratoires générés par un pipeline concordant tel que vérifié selon la méthodologie exposée dans le rapport.

Faire avancer le séquençage du génome complet

Dans le même temps, un rapport de l'ECDC du mois dernier a proposé de donner la priorité à la mise en œuvre du WGS en fonction de la maladie et des applications de santé publique.

Il a présenté les options de mise en œuvre pour l'intégration à moyen terme des informations sur le typage moléculaire/génomique dans la surveillance au niveau de l'UE et les investigations sur les épidémies dans plusieurs pays.

Le rythme d'absorption du WGS varie entre les agents pathogènes, les maladies et les pays de l'Union européenne. L'ECDC aide les pays à utiliser progressivement le typage séquentiel afin de pouvoir participer à des opérations conjointes de réponse et de surveillance avec les États membres.

Le typage basé sur le WGS pour la surveillance de routine d'au moins un agent pathogène humain est passé de aucun pays en 2013 à 20 en 2017. Les résultats de l'enquête indiquent qu'à la fin de cette année, 29 États membres ont l'intention d'utiliser le typage basé sur le WGS pour la surveillance de la santé publique. au moins un agent pathogène dont la mise en œuvre est commune à Listeria monocytogenes.

De novembre 2015 à juin 2018, l'ECDC a aidé à investiguer sur 41 épidémies présumées d'origine alimentaire dans plusieurs pays causées par Salmonella enterica, Listeria monocytogenes ou E. coli producteurs de shigatoxines (STEC). Dans le cadre de ce travail, plus de 2 000 génomes bactériens ont été séquencés. Les investigations ont confirmé 31 épidémies touchant plusieurs pays et identifié la source alimentaire pour 12 épidémies.

Le cadre proposé révise la liste des agents pathogènes et des maladies prioritaires à intégrer à moyen terme de 2019 à 2021. Pendant cette période, l'ECDC prévoit de préparer et/ou de mettre en œuvre un soutien aux investigations épidémiques dans plusieurs pays, une surveillance continue et une surveillance sentinelle au sein de l'UE.

Campylobacter spp., le virus de l'hépatite A, Legionella spp., Listeria monocytogenes, Salmonella enterica et STEC sont listés dans l'aide aux investigations épidémiques menées dans plusieurs pays par le biais d'une catégorie de typage par séquençage.

Listeria monocytogenes, Salmonella enterica et STEC font également partie de la catégorie de la surveillance continue basée sur le séquençage à l'échelle de l'UE.

La contamination croisée en laboratoire responsable d'un faux positif à Salmonella dans un produit fini

« La contamination croisée en laboratoire responsable d'un faux positif à Salmonella », source article de Joe Whitworth du  4 avril 2019 paru dans Food Safety News.

Selon une étude, « Whole genome sequencing used in an industrial context reveals a Salmonella laboratory cross-contamination »

la contamination croisée dans un laboratoire a été à l'origine de la découverte d'un produit fini positif pour Salmonella.

En 2013, lors d'une analyse de routine de prélèvements d'aliments, un produit fini au chocolat d'une usine européenne a donné un résultat positif à la recherche de Salmonella Hadar. Parallèlement, la surveillance de l'environnement dans le laboratoire a révélé la présence d'un prélèvement positif pour Salmonella dans le thermocouple d'un incubateur.

Huit mois plus tôt, le laboratoire, dont le nom n’avait pas été identifié, avait effectué un essai d’aptitude sur lequel un échantillon de Salmonella Hadar avait été enrichi. Ce même laboratoire a analysé l'échantillon d’aliments pour l'usine européenne. Le laboratoire a effectué des analyses régulières pour la recherche de Salmonella en 2013, mais il n’y a eu qu’un résultat positif au cours de l’année.

En raison de suspicions de contamination croisée en laboratoire entre l'isolat de Salmonella Hadar utilisé dans l‘essai d'aptitude et celui retrouvé sur le produit fini par le même laboratoire, le séquençage du génome entier (WGS) a été utilisé.

L'analyse a révélé un maximum de dix SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) entre les isolats provenant du laboratoire et le produit fini, confirmant ainsi la contamination croisée.

Les résultats, combinés à l'investigation complémentaire en usine, ont permis la libération des lots de produits finis et évité le gaspillage inutile d’aliments et des pertes économiques pour l'usine.

Dans le cadre des systèmes de management de la sécurité des aliments dans les installations de production, les usines disposent de programmes d’analyses de surveillance de l'environnement et  des produits permettant de détecter les problèmes survenant dans la zone de production et aux alentours. Les échantillons prélevés peuvent être envoyés aux laboratoires pour analyses afin de contrôler la qualité et la sécurité microbiologiques.

Lors des analyses microbiologiques de routine en 2013, un laboratoire a retrouvé Salmonella Hadar positif dans un échantillon de chocolat produit dans une usine européenne.

L'usine a conservé le lot de produits finis, a commencé le nettoyage et la désinfection, et augmenté le nombre de tests analytiques. Une investigation sur les causes profondes a été lancée en récupérant toutes les données de production et les données analytiques afin d'identifier la source possible de contamination.

Aucune des informations collectées n'a indiqué d'anomalies sur le site de production. Aucune Salmonella n'a été détecté dans les matières premières ou les échantillons environnementaux prélevés à l'usine.

En raison de l'échantillon environnemental positif au laboratoire et du test d’aptitude, l'hypothèse était qu'une contamination croisée dans le laboratoire aurait entraîné un résultat faussement positif du produit alimentaire. La participation à des essais d’aptitude démontre une compétence lors de la réalisation d’examens microbiologiques spécifiques.

La confirmation de la contamination croisée en laboratoire était nécessaire en utilisant une méthode plus discriminante que le sérotypage phénotypique classique de Salmonella par agglutination sur lame basée sur le schéma de Kauffmann-White-Le Minor.

L'analyse du sérotypage de Salmonella a mis en évidence un éventuel incident de contamination croisée en laboratoire qui a été confirmé par WGS dans une étude publiée dans International Journal of Food Microbiology.

Quatre isolats de Salmonella Hadar issus de la contamination croisée en laboratoire et 12 isolats séquencés publics échantillonnés en Europe ont été ajoutés à l'analyse.

Aucun des 12 isolats publics collectés jusqu'en 2014 n'était génétiquement similaire aux isolats de l'étude. L'analyse des SNP a montré que quatre isolats étaient génétiquement très similaires, avec un maximum de 11 SNP entre eux suggérant qu'ils partageaient un ancêtre commun.

Les chercheurs ont déclaré que le test d’aptitude avait probablement provoqué une contamination de l'environnement du laboratoire.

« La raison pour laquelle l'isolat est resté en dormance pendant plusieurs mois et n'a été détectée qu'en décembre reste incertaine. Normalement, le thermocouple n'est pas placé dans un milieu de croissance. Il est possible que cet événement ait permis à Salmonella de s'enrichir à un niveau élevé, ce qui augmente le risque de contamination des autres échantillons analysés. Après l’incident, les BPL ont été révisés et la surveillance de l’environnement a été renforcée dans le laboratoire. »

Précédents de contamination croisée

Ce n'est pas la première fois qu’une contamination croisée dans un laboratoire a lieu mettant en cause du chocolat et Salmonella.

En 2012, l'entrée de chocolat en provenance de Belgique vers les États-Unis a été empêchée car une souche de Salmonella Rissen a été isolée d'une des barres de chocolat par un laboratoire alimentaire belge.

Cependant, une étude rétrospective des isolats envoyés du laboratoire au laboratoire national belge de référence pour Salmonella a révélé que sept semaines auparavant, une souche de Salmonella Rissen avait été isolée de la farine de poisson dans le même laboratoire. C'était la première fois qu'une telle souche était isolée en laboratoire depuis septembre 2009.

La contamination croisée dans le laboratoire des produits alimentaires a conduit à un résultat faussement positif, entraînant de graves conséquences économiques pour le fabricant de barres de chocolat, car le conteneur contenant le lot de barres de chocolat présumées positives pour Salmonella a été détruit.

La cause de la contamination croisée n’a pas été découverte, mais il est possible que de la poussière de farine de poisson se soit répandue dans l’air, où elle a continué de circuler dans le laboratoire pendant des semaines ou des jours

ou que la souche isolée de la farine de poisson ait été stockée dans un tube qui a été mal manipulé par un employé.

A signaler aussi un autre cas en 2011, au Canada, que le blog a rapporté ici et ces informations de Campden et d’un fournisseur de consommables de laboratoire.