La contamination croisée en laboratoire responsable d'un faux positif à Salmonella dans un produit fini

« La contamination croisée en laboratoire responsable d'un faux positif à Salmonella », source article de Joe Whitworth du  4 avril 2019 paru dans Food Safety News.

Selon une étude, « Whole genome sequencing used in an industrial context reveals a Salmonella laboratory cross-contamination »

la contamination croisée dans un laboratoire a été à l'origine de la découverte d'un produit fini positif pour Salmonella.

En 2013, lors d'une analyse de routine de prélèvements d'aliments, un produit fini au chocolat d'une usine européenne a donné un résultat positif à la recherche de Salmonella Hadar. Parallèlement, la surveillance de l'environnement dans le laboratoire a révélé la présence d'un prélèvement positif pour Salmonella dans le thermocouple d'un incubateur.

Huit mois plus tôt, le laboratoire, dont le nom n’avait pas été identifié, avait effectué un essai d’aptitude sur lequel un échantillon de Salmonella Hadar avait été enrichi. Ce même laboratoire a analysé l'échantillon d’aliments pour l'usine européenne. Le laboratoire a effectué des analyses régulières pour la recherche de Salmonella en 2013, mais il n’y a eu qu’un résultat positif au cours de l’année.

En raison de suspicions de contamination croisée en laboratoire entre l'isolat de Salmonella Hadar utilisé dans l‘essai d'aptitude et celui retrouvé sur le produit fini par le même laboratoire, le séquençage du génome entier (WGS) a été utilisé.

L'analyse a révélé un maximum de dix SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) entre les isolats provenant du laboratoire et le produit fini, confirmant ainsi la contamination croisée.

Les résultats, combinés à l'investigation complémentaire en usine, ont permis la libération des lots de produits finis et évité le gaspillage inutile d’aliments et des pertes économiques pour l'usine.

Dans le cadre des systèmes de management de la sécurité des aliments dans les installations de production, les usines disposent de programmes d’analyses de surveillance de l'environnement et  des produits permettant de détecter les problèmes survenant dans la zone de production et aux alentours. Les échantillons prélevés peuvent être envoyés aux laboratoires pour analyses afin de contrôler la qualité et la sécurité microbiologiques.

Lors des analyses microbiologiques de routine en 2013, un laboratoire a retrouvé Salmonella Hadar positif dans un échantillon de chocolat produit dans une usine européenne.

L'usine a conservé le lot de produits finis, a commencé le nettoyage et la désinfection, et augmenté le nombre de tests analytiques. Une investigation sur les causes profondes a été lancée en récupérant toutes les données de production et les données analytiques afin d'identifier la source possible de contamination.

Aucune des informations collectées n'a indiqué d'anomalies sur le site de production. Aucune Salmonella n'a été détecté dans les matières premières ou les échantillons environnementaux prélevés à l'usine.

En raison de l'échantillon environnemental positif au laboratoire et du test d’aptitude, l'hypothèse était qu'une contamination croisée dans le laboratoire aurait entraîné un résultat faussement positif du produit alimentaire. La participation à des essais d’aptitude démontre une compétence lors de la réalisation d’examens microbiologiques spécifiques.

La confirmation de la contamination croisée en laboratoire était nécessaire en utilisant une méthode plus discriminante que le sérotypage phénotypique classique de Salmonella par agglutination sur lame basée sur le schéma de Kauffmann-White-Le Minor.

L'analyse du sérotypage de Salmonella a mis en évidence un éventuel incident de contamination croisée en laboratoire qui a été confirmé par WGS dans une étude publiée dans International Journal of Food Microbiology.

Quatre isolats de Salmonella Hadar issus de la contamination croisée en laboratoire et 12 isolats séquencés publics échantillonnés en Europe ont été ajoutés à l'analyse.

Aucun des 12 isolats publics collectés jusqu'en 2014 n'était génétiquement similaire aux isolats de l'étude. L'analyse des SNP a montré que quatre isolats étaient génétiquement très similaires, avec un maximum de 11 SNP entre eux suggérant qu'ils partageaient un ancêtre commun.

Les chercheurs ont déclaré que le test d’aptitude avait probablement provoqué une contamination de l'environnement du laboratoire.

« La raison pour laquelle l'isolat est resté en dormance pendant plusieurs mois et n'a été détectée qu'en décembre reste incertaine. Normalement, le thermocouple n'est pas placé dans un milieu de croissance. Il est possible que cet événement ait permis à Salmonella de s'enrichir à un niveau élevé, ce qui augmente le risque de contamination des autres échantillons analysés. Après l’incident, les BPL ont été révisés et la surveillance de l’environnement a été renforcée dans le laboratoire. »

Précédents de contamination croisée

Ce n'est pas la première fois qu’une contamination croisée dans un laboratoire a lieu mettant en cause du chocolat et Salmonella.

En 2012, l'entrée de chocolat en provenance de Belgique vers les États-Unis a été empêchée car une souche de Salmonella Rissen a été isolée d'une des barres de chocolat par un laboratoire alimentaire belge.

Cependant, une étude rétrospective des isolats envoyés du laboratoire au laboratoire national belge de référence pour Salmonella a révélé que sept semaines auparavant, une souche de Salmonella Rissen avait été isolée de la farine de poisson dans le même laboratoire. C'était la première fois qu'une telle souche était isolée en laboratoire depuis septembre 2009.

La contamination croisée dans le laboratoire des produits alimentaires a conduit à un résultat faussement positif, entraînant de graves conséquences économiques pour le fabricant de barres de chocolat, car le conteneur contenant le lot de barres de chocolat présumées positives pour Salmonella a été détruit.

La cause de la contamination croisée n’a pas été découverte, mais il est possible que de la poussière de farine de poisson se soit répandue dans l’air, où elle a continué de circuler dans le laboratoire pendant des semaines ou des jours

ou que la souche isolée de la farine de poisson ait été stockée dans un tube qui a été mal manipulé par un employé.

A signaler aussi un autre cas en 2011, au Canada, que le blog a rapporté ici et ces informations de Campden et d’un fournisseur de consommables de laboratoire.