A propos du séquençage du génome complet de Listeria monocytogenes au sein de l'UE

« Problèmes rencontrés dans quatre laboratoires au cours d'essais d'intercomparaison relatifs à la Listeria », source Food Safety News du 24 mai 2019

Selon un rapport du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), quatre laboratoires ont rencontré des problèmes lors d'un essai d'intercomparaison pour l'assemblage du génome complet de Listeria monocytogenes.

L’objectif était d’aider les laboratoires nationaux de référence de santé publique à effectuer un typage basé sur le séquençage du génome complet à générer des assemblages génomiques de bonne qualité et comparables pour Listeria monocytogenes.

Les assemblages peuvent être utilisés pour des analyses comprenant des données de typage de séquence multilocus de génome complet et de base ou core genome (wg/cgMLST). Des assemblages de bonne qualité sont nécessaires pour produire des données wg/cgMLST comparables entre laboratoires. Les laboratoires déclarants doivent s'assurer que leur processus d'assemblage est concordant afin d'éviter les problèmes de comparabilité et pouvant potentiellement affecter la détection et la vérification des épidémies, selon le rapport de l'ECDC.

L'ECDC est favorable à l'intégration des données de séquençage du génome complet (WGS pour whole genome sequencing) dans la surveillance et les investigations épidémiologiques dans plusieurs pays de maladies d'origine alimentaire, notamment la listériose.

Dix des 14 participants à l'essai de 2018 avaient au moins un pipeline (ensemble d’outils d’analyse, d’algorithmes et d’étapes de calcul. ) concordant et les quatre autres ont bénéficié d'une assistance après l'essai d'intercomparaison afin d'identifier la cause première du problème et améliorer les résultats. Les laboratoires ne disposant pas d'un pipeline d'assemblage concordant devraient envisager de le mettre à jour pour éviter les problèmes de détection d'épidémie et, dans l'intervalle, partager les lectures brutes avec l'ECDC.

Les quatre laboratoires qui ont eu des problèmes ont été informés des causes possibles. Deux d'entre eux ont depuis mis à jour leur pipeline et généré des résultats concordants. Pour le troisième laboratoire, la cause dépend d'une mise à niveau logicielle, ce qui pourrait être le cas pour le quatrième laboratoire.

Les 14 participants ont soumis des génomes assemblés pour 15 séries de lectures de séquences brutes. Plus d'un pipeline d'assemblage a été autorisé par participant et les résultats par pipeline ont été comparés à l'assemblage de référence généré par l'ECDC sur plusieurs métriques de qualité.

Seize organisations, dont 14 laboratoires nationaux de référence de santé publique, l'Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa) et l'Anses en tant que laboratoire de référence de l'Union européenne (EURL) pour Listeria monocytogenes, ont founi des résultats pour 29 pipelines d'assemblage.

Pour les lectures avec Illumina, les assemblages de référence ont été jugés appropriés. Pour les lectures avec Ion Torrent, il n’a pas été possible d’établir une concordance.

Pour la surveillance européenne de la listériose, l'ECDC n'acceptera que des assemblages de laboratoires générés par un pipeline concordant tel que vérifié selon la méthodologie exposée dans le rapport.

Faire avancer le séquençage du génome complet

Dans le même temps, un rapport de l'ECDC du mois dernier a proposé de donner la priorité à la mise en œuvre du WGS en fonction de la maladie et des applications de santé publique.

Il a présenté les options de mise en œuvre pour l'intégration à moyen terme des informations sur le typage moléculaire/génomique dans la surveillance au niveau de l'UE et les investigations sur les épidémies dans plusieurs pays.

Le rythme d'absorption du WGS varie entre les agents pathogènes, les maladies et les pays de l'Union européenne. L'ECDC aide les pays à utiliser progressivement le typage séquentiel afin de pouvoir participer à des opérations conjointes de réponse et de surveillance avec les États membres.

Le typage basé sur le WGS pour la surveillance de routine d'au moins un agent pathogène humain est passé de aucun pays en 2013 à 20 en 2017. Les résultats de l'enquête indiquent qu'à la fin de cette année, 29 États membres ont l'intention d'utiliser le typage basé sur le WGS pour la surveillance de la santé publique. au moins un agent pathogène dont la mise en œuvre est commune à Listeria monocytogenes.

De novembre 2015 à juin 2018, l'ECDC a aidé à investiguer sur 41 épidémies présumées d'origine alimentaire dans plusieurs pays causées par Salmonella enterica, Listeria monocytogenes ou E. coli producteurs de shigatoxines (STEC). Dans le cadre de ce travail, plus de 2 000 génomes bactériens ont été séquencés. Les investigations ont confirmé 31 épidémies touchant plusieurs pays et identifié la source alimentaire pour 12 épidémies.

Le cadre proposé révise la liste des agents pathogènes et des maladies prioritaires à intégrer à moyen terme de 2019 à 2021. Pendant cette période, l'ECDC prévoit de préparer et/ou de mettre en œuvre un soutien aux investigations épidémiques dans plusieurs pays, une surveillance continue et une surveillance sentinelle au sein de l'UE.

Campylobacter spp., le virus de l'hépatite A, Legionella spp., Listeria monocytogenes, Salmonella enterica et STEC sont listés dans l'aide aux investigations épidémiques menées dans plusieurs pays par le biais d'une catégorie de typage par séquençage.

Listeria monocytogenes, Salmonella enterica et STEC font également partie de la catégorie de la surveillance continue basée sur le séquençage à l'échelle de l'UE.