Le Royaume-Uni fait face à des épidémies à E. coli et à Salmonella

«Le Royaume-Uni fait face à des épidémies à E. coli et à Salmonella», source article de Joe Whitworth paru le 27 septembre 2023 dans Food Safety News.

Le Royaume-Uni est confronté à une grave épidémie à E. coli et de plusieurs souches de Salmonella Enteritidis, selon la Food Standards Agency (FSA).

Un cas supplémentaire s'est ajouté à l'épidémie actuelle à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) O183, portant le total à 25 personnes malades depuis mai.

Une personne est décédée ; alors que la plupart des patients vivent en Angleterre, d’autres sont malades en Irlande du Nord, en Écosse et au Pays de Galles.

La FSA et l'UK Health Security Agency (UKHSA) tentent d'en trouver la source avec l'aide d'autres agences de santé publique. Plusieurs chaînes d’approvisionnement de produits ont été étudiées, mais aucun véhicule d’infection n’a encore été identifié.

Les symptômes signalés sont graves, avec six personnes hospitalisées. Les patients sont âgés de 0 à 74 ans, la plupart des cas étant âgés de 0 à 9 ans. Une personne a développé un syndrome hémolytique et urémique (SHU). Le SHU est une complication grave associée aux infections à E. coli qui provoque une insuffisance rénale.

E. coli O183 est un sérotype extrêmement rare, avec seulement 15 cas au Royaume-Uni depuis 2016.

La FSA enquête également sur des épidémies de souches distinctes de Salmonella Enteritidis liées aux œufs et aux produits de volaille polonais. 

Une épidémie est à l'origine de 47 cas confirmés, dont 25 étaient liés à un restaurant et 18 autres personnes malades avaient probablement été exposées à un restaurant.

Les autorités polonaises ont découvert Salmonella Enteriditis sur un site qui envoyait des œufs au Royaume-Uni. Des œufs provenant de cette source ont également été associés à un deuxième restaurant britannique lié à l'épidémie.

Un autre sérotype a été associé à 87 cas de maladie, dont 35 signalés en juin et juillet. La plupart des cas enregistrés cette année sont liés à des boulangeries de Cornouailles, et les enquêtes épidémiologiques suggèrent que les œufs utilisés dans les tartes à la crème sont la cause probable de l'épidémie. Des enquêtes sur la chaîne d'approvisionnement alimentaire ont révélé que les œufs provenaient probablement de Pologne, mais le travail avec le fabricant et le fournisseur est en cours.

Implication dans un incident de l'AHPA

Par ailleurs, l'Animal and Plant Health Agency (APHA) a révélé qu'aucune enquête sur les foyers de STEC n'avait été menée au deuxième trimestre 2023.

L'APHA a analysé sept foyers de cas à Cryptosporidium parvum d'avril à juin, dont cinq en Angleterre et deux au Pays de Galles.

L’un d’entre eux était un incident de cryptosporidiose attribué à un distributeur automatique de lait. Trois étaient liés à des fermes ouvertes, deux à des fermes commerciales et un à des locaux commerciaux avec des animaux sur place.

Pour l'enquête sur les distributeurs automatiques à la ferme, 32 échantillons de bovins ont été prélevés. L'ADN de Cryptosporidium parvum a été détecté dans quatre échantillons de veaux et deux échantillons de vaches. Les mêmes profils que ceux de la souche épidémique humaine ont été confirmés dans deux échantillons de veaux.

Lors d'un autre foyer avec échantillonnage dans une ferme ouverte, 30 échantillons de matières fécales ont été prélevés. Six échantillons d'agneaux étaient positifs par PCR, dont trois ont été confirmés comme étant Cryptosporidium parvum du même sous-type que les cas humains.

L'APHA a également aidé lors d'un incident impliquant un boucher tombé malade et hospitalisé pour une méningite bactérienne. L'infection à Streptococcus suis a été confirmée.

Les conseils visant à réduire le risque d’infection comprenaient un examen des pratiques d’hygiène et de travail. Les mesures préventives comprennent le port de gants lors de la transformation ou de l'abattage de la viande de porc et le lavage des mains après avoir manipulé de la viande de porc crue. Une bonne cuisson du porc est également essentielle. La FSA conseille que les produits de porc soient bien cuits car cela éliminera Streptococcus suis dans la viande.

Facteurs potentiellement contributifs à la contamination de melon cantaloup impliqué dans une épidémie à Salmonella Typhimurium

«Facteurs potentiellement contributifs à la contamination du melon cantaloup impliqué dans une épidémie à Salmonella Typhimurium au cours de l'été 2022 », source FDA du 27 avril 2023.

En août 2022, la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis, le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) et des partenaires des États ont mené une investigation dans plusieurs États sur une épidémie à Salmonella Typhimurium liée à du melon cantaloup.

Nombre total de cas : 88

Hospitalisations : 32

Décès : 0

Début de la dernier cas de maladie : 11 septembre 2022

États avec des cas : Georgie (1), Illinois (5), Indiana (17), Iowa (39), Kentucky (3), Michigan (3), Minnesota (4), Montana (2), Ohio (3), Caroline du Sud (1), Wisconsin (10)

L'investigation sur la riposte à l'épidémie a révélé :

1. En août 2022, le CDC a informé la FDA d'un d’un cluster dans plusieurs Etats de cas à Salmonella Typhimurium avec un signal potentiel d'exposition au melon. Les cas étaient répartis géographiquement dans le haut Midwest américain.

2. Les isolats de ce cluster de cas de maladie se situaient dans les 7 allèles / 11 polymorphismes d’un seul nucléotidie (SNPs) (SNPs) de deux échantillons de d'écouvillons de sol de la FDA collectés lors d'une investigation lors d’une épidémie de 2020 dans l'Indiana. Dans le cadre de l'investigation de 2022, la FDA et les partenaires de l'État ont collecté plusieurs échantillons, mais aucun des isolats résultants ne correspondait définitivement à la souche épidémique de 2022.

3. L'enquête de traçabilité de la FDA en 2022 a identifié 11 points de service, dont 8 remontent à une usine de conditionnement commune. Bien qu'une station de conditionnement commune ait été identifiée, il n'y avait pas de convergence vers une seule expédition de produits, et par conséquent, trois exploitations agricoles qui approvisionnaient la station dde conditionnement commune ont été identifiées comme des sources potentielles de melon cantaloup.

À la suite de la traçabilité, la FDA a mené des investigations dans l'Indiana dans les trois exploitations agricoles, leur usine de conditionnement commune et les terres publiques voisines. Des échantillons environnementaux positifs à Salmonella ont été retrouvés à chaque endroit, mais aucun des isolats de Salmonella résultants ne correspondait de manière concluante à la souche épidémieque par séquençage du génome entier (WGS). Aucun melon cantaloup n'a été rappelé et aucun avertissement public n'a été émis en raison du fait que les produits en cause n'étaient plus sur le marché.

Rapport complet.

Des huîtres contaminées à l'origine de plusieurs foyers récents d’intoxication alimentaire

«Des huîtres contaminées à l'origine de plusieurs foyers récents d’intoxication alimentaire», source article de Joe Whitworth paru le 26 janvier 2023 dans Food Safety News, complété par mes soins.

Des huîtres de différentes origines ont été liées à des cas de maladie dans plusieurs pays ces dernières semaines.

France

Il y a eu plusieurs retraits et rappels de produits ainsi que la fermeture de zones de production en France en raison de la détection de norovirus.

Lors de l'annonce de la fermeture des zones de récolte, les autorités françaises ont signalé des cas de maladie mais n'ont pas précisé leur nombre et Santé publique France n'a pas encore fourni d'informations sur les cas à Food Safety News.

Selon le dernier décompte du ministère de l’Agriculture, qui a promis d’indemniser les professionnels, 23 bassins conchylicoles, producteurs d’huîtres, mais aussi de moules ou de praires, sont fermés, de la Normandie à la Charente-Maritime, une conséquence de la pollution de la mer par des eaux usées. Sont également concernés des sites de production dans l’Hérault. -aa.

Belgique et Luxembourg

Des avis de rappel d'huîtres de France pour cause de norovirus et un avis de rappel de moules d'Espagne en raison de la présence de E. coli  ont été publiés par l’agence sanitaire du Luxembourg.

Un rappel de coquillages en Belgique.

Situation danoise

Deux foyers au Danemark ont été causés par des coquillages. Le premier avec 19 personnes malades concerne des huîtres de France mais originaires d'Irlande. Le second avec 73 cas a été lié à des huîtres de Norvège.

Nikolas Kühn Hove, responsable de la gestion des crises à l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise, a déclaré que c’était encore tôt dans l'enquête.

« La majorité des cas sont tombés malades un à quatre jours après la consommation le 31 décembre. Les informations sur la tranche d'âge et le sexe sont toujours en attente. Sur la base des enquêtes préliminaires, norovirus est suspecté d'être l'agent des deux épidémies, mais la confirmation est en attente», a-t-il déclaré.

«Les personnes achetaient des huîtres soit dans des chaînes de magasins, soit dans une boutique en ligne. Il est trop tôt pour désigner un exploitant du secteur alimentaire impliqué en dehors du Danemark. Des huîtres liées à un foyer ont été rappelées du marché danois. Nous n'avons pas encore d'informations sur les actions dans d'autres pays directement liées à l'affaire danoise.

Personnes malades à Hong Kong

Les facteurs de risque d'incidents liés à norovirus associés aux coquillages comprennent le temps froid entraînant de basses températures de l'eau, une forte prévalence de norovirus dans la communauté et de fortes précipitations provoquant des débordements du système des eaux usées.

Les huîtres d'Irlande ont causé au moins 16 as de maladie à Hong Kong. Huit hommes et huit femmes, âgés de 25 à 36 ans, ont développé des douleurs abdominales, de la diarrhée, des étourdissements, de la fièvre, une faiblesse générale, des nausées et des vomissements environ 21 à 44 heures après avoir assisté à un déjeuner dans un restaurant fin décembre. L'importation d'huîtres crues récoltées à Carlingford Lough en Irlande a été suspendue.

Le Centre for Food Safety (CFS) du Département de l'hygiène alimentaire et environnementale a également demandé à l'industrie de cesser d'importer des huîtres crues récoltées dans une région de France.

Comme les huîtres se nourrissent en filtrant un grand volume d'eau de mer, les agents pathogènes peuvent s'accumuler s'ils sont cultivés ou récoltés dans de l'eau contaminée. Les groupes sensibles, tels que les femmes enceintes, les jeunes enfants, les personnes âgées et les personnes dont le système immunitaire est affaibli ou les maladies du foie, devraient éviter de manger des huîtres crues, ont déclaré les responsables de la santé.

Agents pathogènes dans des mollusques en Pologne

Pendant ce temps, des chercheurs ont évalué la contamination microbiologique des mollusques bivalves crus sur le marché polonais.

Un total de 1 000 mollusques bivalves crus ont été collectés de 2009 à 2018, y compris des palourdes, des moules, des huîtres et des pétoncles, et les résultats ont été publiés dans la revue Foods.

Salmonella a été détectée dans 31 échantillons et la moitié des isolats bactériens étaient Salmonella Typhimurium. Listeria monocytogenes a été isolée de 18 mollusques bivalves et plus de 15 % des mollusques bivalves étaient contaminés par Staphylococcus aureus.

Les mollusques bivalves contaminés par Salmonella provenaient principalement des Pays-Bas. La plupart des échantillons contaminés par Listeria provenaient des Pays-Bas et de France.

Vibrio parahaemolyticus a été identifié dans 261 ou 242 prélèvements selon la méthode utilisée. La plupart des échantillons provenaient des Pays-Bas.

Au total, 60 mollusques bivalves ont été contaminés simultanément par plus d'un agent pathogène. Les bactéries étaient plus susceptibles d'être identifiées pendant la période la plus chaude que les échantillons analysés pendant les mois les plus froids.

Le microbiome au secours des investigations sur les scènes de crime

Ce nouvel article paru dans Applied and Environmental Microbiology explore comment intégrer des analyses basées sur le microbiome dans les cadres médico-légaux existants pour fournir des sources de preuves alternatives et améliorer la qualité des investigations sur les scènes de crime.

Les avancées récentes dans les technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) associées à l'apprentissage automatique ont démontré le potentiel des analyses basées sur le microbiome dans des domaines appliqués tels que les diagnostics cliniques et les sciences médico-légales. En particulier en médecine légale, les marqueurs microbiens dans les taches biologiques laissées sur une scène de crime peuvent fournir des informations précieuses pour la reconstruction des cas de scène de crime, car ils contiennent des informations sur l'origine corporelle, le temps écoulé depuis le dépôt et le ou les donneurs de la tache. Il est important de noter que les analyses basées sur le microbiome fournissent une approche complémentaire ou alternative aux méthodes actuelles lorsque celles-ci sont limitées ou non réalisables. Malgré les résultats prometteurs de recherches récentes, les analyses de taches basées sur le microbiome ne sont pas encore utilisées dans les cas de routine. Dans cette revue, nous soulignons les deux principales lacunes qui doivent être comblées avant de pouvoir intégrer avec succès les analyses basées sur le microbiome dans les domaines appliqués avec un accent particulier sur les cas médico-légaux : l'une est une évaluation complète des forces et des limites de la méthode, et l'autre est l'établissement d'un mode opératoire standard. Pour ce dernier, nous fournissons une feuille de route mettant en évidence les étapes de décision clés et proposant des recommandations de laboratoire et de flux de travail bioinformatique, tout en délimitant les aspects qui nécessitent des tests supplémentaires. Notre objectif est de faciliter la rationalisation des analyses basées sur le microbiome dans le cadre médico-légal existant afin de fournir d'autres sources de preuves, améliorant ainsi la qualité des investigations.

Des scientifiques présentent un travail sur des investigations liées à des épidémies passées

Un précédent article du blog traitait aussi de ce sujet il y a quelques jours, voici donc un complément. «Des scientifiques présentent un travail sur des investigations liées à des épidémies passées», source Food Safety News.

Les investigations sur plusieurs épidémies passées ont été discutées lors d'un événement récent sur les maladies infectieuses.

Des présentations à la Conférence scientifique européenne sur l'épidémiologie des maladies infectieuses appliquées (ESCAIDE pour European Scientific Conference on Applied Infectious Disease Epidemiology) ont couvert des épidémies à Salmonella, Listeria, Clostridium perfringens et liées au botulisme.

ESCAIDE a eu lieu en novembre à Stockholm, Suède, et à distance. Il a été organisé par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

En octobre 2021, l'agence de santé publique de Suède (Folkhälsomyndigheten) a détecté une épidémie nationale de personnes infectées par des souches identiques de Salmonella Typhimurium.

Quarante personnes malades début octobre ont été signalées dans huit régions avec une tranche d'âge de 5 à 70 ans. Plus de femmes que d'hommes étaient malades. Une région a signalé un groupe de neuf cas liés à une école maternelle.

Dans une étude de cas, les chercheurs ont comparé les expositions de 24 patients d'épidémie à 47 autres patients atteints de salmonellose, signalés à la mi-septembre-novembre 2019 à 2021. Par rapport à d'autres cas, les patients d'épidémie étaient plus susceptibles de signaler une épicerie dans un supermarché et la consommation de tomates et de viande hachée bovine.

Les petites tomates fraîches d'une chaîne de supermarchés étaient la source la plus probable. Ils étaient le seul article trouvé dans les cinq recettes des patients de ce distributeur. Presque tous les cas de l'épidémie ont dit avoir mangé des tomates. Les reçus du magasin de l’école comprenaient des tomates mais pas de viande hachée bovine bœuf. L'épidémie s'est arrêtée avant que des mesures de contrôle ne soient prises, soutenant la théorie selon laquelle le véhicule de l'infection avait une courte durée de conservation. Traceback de l'Agence alimentaire suédoise (Livsmedsverket) a identifié des fournisseurs de petites tomates fraîches en Italie et en Espagne, mais les échantillons n'étaient pas disponibles pour analyse.

Épidémie à Listeria en Allemagne

Une autre présentation a couvert une épidémie à Listeria monocytogenes causée par des légumes râpés à Hesse, Allemagne, de 2021 à 2022.

En novembre 2021, deux cas de listériose ont été signalés avec des séjours à l'hôpital pendant leurs périodes d'exposition suspectées. Quatre patients appartenaient au cluster d'octobre 2021 à janvier 2022. L'âge médian était de 76 ans et demi.

En février 2022, la souche épidémique a été isolée d'un échantillon de salade conservé dans un hôpital. Traceback a identifié un fabricant qui a traité des légumes pour une consommation crue et a fourni plusieurs hôpitaux à Hesse. Les infections chez trois patients pourraient être liées épidémiologiquement à leur séjour dans deux hôpitaux fournis par l'entreprise.

Le site de fabrication avait des lacunes d'hygiène et la souche épidémique a été détectée dans des légumes tranchés tels que du chou chinois, des oignons, du persil, du concombre et du poireau, et des échantillons environnementaux comme les ustensiles de cuisine et au sol.

Les scientifiques ont recommandé d'éliminer les légumes prédécoupés industriels pour la consommation crus du menu des personnes vulnérables telles que les patients hospitalisés et plus d'inspections dans la chaîne d'approvisionnement. Voir aussi cet article du blog. -aa.

Deux incidents en Angleterre

Une affiche (ou poster) a détaillé une épidémie à Clostridium perfringens associée à du rôti de bœuf dans un restaurant du sud de l'Angleterre en janvier de cette année.

Les coordonnées des clients étaient disponibles pour 40 des 85 participants; 31 a fourni des informations sur la consommation alimentaire et les symptômes, et 15 ont été définis comme des cas. L'âge médian était de 47 ans et plus d'hommes que les femmes étaient malades.

La période d'incubation pour tous les cas variait entre 14 et 26 heures. La durée des symptômes variait de moins de 6 heures à 4 jours, la plupart ont été malades pendant 3 jours.

Les prélèvements de selles et du rôti de bœuf contenaient Clostridium perfringens. Cependant, un seul échantillon de selles était positif pour Clostridium perfringens entéotoxigène, qui est capable de provoquer une maladie gastro-intestinale. Des échantillons de selles ont été prélevés entre 4 et 9 jours après le début des symptômes, ce qui réduit les chances de résultats positifs. Un échantillon avait de faibles niveaux de norovirus. La consommation du rôti de bœuf a pu expliquer les trois quarts des cas.

Les résultats ont été utilisés pour donner des recommandations de sécurité des aliments au restaurant, principalement sur le contrôle de la température lors de la cuisson, du refroidissement et du stockage de la viande.

En octobre 2021, des chercheurs ont enquêté sur une épidémie à Salmonella Poona dans le nord de l'Angleterre. L'épidémie avait 13 cas entre 2016 et 2021 et a été découverte par le séquençage de génome entier (WGS) de la surveillance de de routine de Salmonella.

Onze personnes malades avaient moins de 3 ans et deux étaient des adultes. Le premier patient en 2016 était dans une crèche tandis que les 10 autres cas d'enfants de décembre 2018 à septembre 2021 avaient été dans une autre crèche au moment de l'infection. Aucune autre exposition commune n'a été identifiée. Six des 12 enfants ont été hospitalisés.

Les prélèvements du personnel à la deuxième crèche ont identifié un membre du personnel asymptomatique qui était employé depuis 2018 et qui a été testé positif pour la souche épidémique. Cette personne avait également travaillé à la première crèche en 2016 lorsque le premier cas a été signalé.

«Cette épidémie met en évidence la possibilité de portage persistant et de l’excrétion de Salmonella Poona et les implications de cela lorsque des individus travaillent avec des groupes vulnérables, nécessitant une prise en compte de mesures de gestion des risques plus améliorées telles que l'exclusion de l'individu ou la modification de ses fonctions jusqu'à ce que l'autorisation soit obtenue», ont dit les chercheurs.

Enfin, neuf personnes ont été hospitalisées dans une épidémie de botulisme au Tadjikistan en 2020. En 2019, il y a eu 19 cas et trois décès dans le pays. Le botulisme est une condition rare mais potentiellement mortelle causée par les toxines produites par les bactéries Clostridium botulinum.

L'âge des patients dans l'épidémie 2020 variait de 6 à 44 ans et six étaient des hommes.

Les entretiens ont révélé que les patients venaient du même village de la région de Dangara et tous ont déclaré avoir mangé une salade en conserve maison au dîner. Les enquêteurs ont récupéré la salade et l'ont détruite. La consommation d'aliments mal conservés était la source de l'épidémie, a déclaré les enquêteurs.

Complément

Sur le site l’ESCAIDE, vous pourrez retrouver les principales interventions liées à la sécurité des aliments :

Page 71 – An Easter Surprise: Salmonella Typhimurium outbreak linked to chocolate products in the United Kingdom, 2022; a case control study

Page 72  – International outbreak of Salmonella Typhimurium linked to a chocolate factory in 2022: Belgian findings

Page 73 – Whole Genome Sequencing identified a prolonged Salmonella Poona nursery outbreak (2016-2021) in North West England, UK

Page 74 – Climate Warming and increasing Vibrio vulnificus infections in North America

Page 106 – Timely and reliable outbreak investigation using a non-probabilistic online panel as a source of controls – two parallel case-control studies investigating a Salmonella Braenderup outbreak in Germany

Page 107 – An outbreak of Escherichia coli-associated haemolytic uremic syndrome linked to consumption of an unexpected food vehicle, France 2022

Page 110 – Norovirus GII.3[P12] outbreak associated with the drinking-water supply in a rural area in Galicia, Spain, 2021

Page 111 – Impact of COVID-19 restrictions on the epidemiology of Cryptosporidium spp. in England and Wales

Page 149 – Monophasic Salmonella Typhimurium outbreak linked to chocolate products, Ireland, 2022

Page 151 – Successful containment of a Listeria monocytogenes outbreak caused by shredded vegetables, Hesse/Germany, 2021-2022

Page 152 – Outbreak of monophasic Salmonella Typhimurium linked to fresh small tomatoes, Sweden, 2021

Page 195 – Botulism outbreak and response in Dangara District Tajikistan, October 2020

Page 196 – Outbreak of suspected Clostridium perfringens associated with consumption of roast beef in a restaurant, January 2022 South West England

Page 198 – Doughnuts for weight loss? A norovirus outbreak in the Australian Capital Territory, November 2021