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mercredi 21 juillet 2021

IAFP 2021: Améliorer la sécurité des aliments par les données et la recherche

N’étant pas présent à la réunion annuelle de l’IAFP, je m’en remets aux comptes-rendus de Food Safety News, avec tous mes remerciements. -aa.

«Laissez les données guider le processus de sécurité des aliments et partagez les connaissances avec l'industrie», souce article de Chris Koger paru le 20 juillet 2021 dans Food Safety News.

Avec la loi sur la modernisation de la sécurité des aliments (Food Safety Modernization Act) et d'autres réglementations de la FDA guidant la production et la transformation des produits frais, il est courant que les entreprises de la chaîne d'approvisionnement aient un état d'esprit axé sur la conformité.

Pour Drew McDonald, vice-président de la qualité et de la sécurité des aliments pour Taylor Farms, Salinas, Californie, l'attention portée aux scores d'audit et aux enregistrements de conformité associés peut être utile pour évaluer les performances au fil du temps. Mais pour lutter pour une véritable amélioration de la sécurité des aliments, les membres de l'industrie doivent se concentrer sur les données, a dit McDonald aux participants en personne et virtuels lors d'une session du 20 juillet lors de la réunion annuelle de l'International Association for Food Protection à Phoenix, Arizona.

McDonald a rejoint Trevor Suslow, spécialiste émérite de la recherche en vulgarisation de l'Université de Californie-Davis, et Yaguang «Sonny» Luo, scientifique à l’Agricultural Research Service de l’USDA, pour la présentation sur «No Silver Bullet in Sight: How to Achieve Continuous Improvement in Fresh Produce Safety with Existing Knowledge and Tools» ou Pas de solution miracle en vue : comment parvenir à une amélioration continue de la sécurité des produits frais avec les connaissances et les outils existants.

McDonald a dit qu'un collègue qualifie une approche de la sécurité des aliments basée sur les données de «cycle vertueux».

«Le vrai truc, c'est qu'au fur et à mesure que ces données sont générées, vous les examinez, vous les utilisez pour résoudre des problèmes et probablement plus important encore, vous les utilisez pour poser des questions», a-t-il dit. «L'une des expressions que nous avons chez Taylor Farms est que «Nous n'obtenons pas nécessairement les meilleures réponses, mais nous devenons vraiment doués pour poser des questions.»

De meilleures questions aident à affiner et à améliorer les normes et les pratiques, a dit McDonald, qui a présenté plusieurs études de cas sur la façon dont l'examen des données a aidé Taylor Farms à apprendre et à améliorer les pratiques de production de l'entreprise et celles des producteurs qui la fournissent.

Il a dit que Taylor Farms avait remarqué une légère augmentation des résultats positifs pour les agents pathogènes dans les produits cultivés près de Yuma, Arizona, en 2010, et que les premières enquêtes n'avaient pas identifié de cause. La cartographie des tests positifs le long des circuits d'irrigation, cependant, a transformé les résultats apparemment aléatoires en un problème clair avec l'irrigation. Après qu'un programme de traitement ait été établi, le problème a été éliminé.

«Le meilleur résultat n'est pas seulement que vous trouviez une cause ou une source potentielle, mais que vous puissiez réellement identifier quelque chose à faire à ce sujet», a dit McDonald. «C'est toujours un défi, surtout lorsqu'il s'agit d'une vaste région de culture extérieure.»

McDonald a suggéré que les producteurs-expéditeurs trouvent un moyen de nettoyer les données «désordonnées» de sécurité des aliments, qu'elles proviennent de systèmes existants avec des données limités, des documents papier, des informations redondantes ou des logiciels obsolètes. De nombreux programmes informatiques permettent la personnalisation et les entreprises technologiques proposent des services pour aider à nettoyer les données.

«Mais je vais mettre en garde les gens à ce sujet, car ils ne connaissent pas le contexte de vos données», a dit McDonald. «Ce qui est génial avec le processus de nettoyage et de fonctionnement, c'est que vous connaissez vos données mieux que quiconque, vous commencez donc vraiment à comprendre sur quoi vous êtes assis et ce que vous pouvez en faire.»

Amélioration continue

Suslow s'est dit préoccupé par le fait que l'industrie des fruits et légumes doit être plus proactive dans l'adoption des pratiques identifiées ces dernières années, car l'industrie, les services réglementaires et les universités ont entrepris des programmes de recherche pour résoudre les problèmes de sécurité des aliments dans la chaîne d'approvisionnement. Les meilleures pratiques continuent d'évoluer au fil de la recherche.

«Il existe plusieurs types d'expériences moins formelles, pratiques, à la ferme et sur le terrain qui découlent d'enquêtes qui ont façonné et continuent de façonner les contrôles préventifs et les mesures de réduction», a dit Suslow.

Il a présenté certaines de ces recherches, y compris une étude de cas sur la façon dont deux champs de cantaloup proches l'un de l'autre connaissaient des résultats de sécurité des aliments très différents, l'importance de la sensibilisation à l'activité de la faune dans les champs et l'efficacité des cultures de couverture pour aider à lutter contre les agents pathogènes dans les sols.

Comme McDonald, Suslow a parlé de l'importance des traitements de l'eau d'irrigation, ainsi que de la nécessité de comprendre où se trouvent les problèmes spécifiques si des agents pathogènes sont introduits par l'utilisation de l'eau. Cela inclut l'intrusion possible de la faune et la proximité du bétail ou d'autres exploitations d'élevage dans la zone des champs et des canaux d'irrigation.

Suslow a dit que dans le cas des champs de melons, ils étaient irrigués avec de l'eau du même canal, mais que le champ présentant des problèmes de sécurité des aliments était arrosé à partir d'une ramification du canal qui passait à proximité d'une ferme laitière.

Il a également présenté les résultats de l'utilisation de cultures de couverture à court terme telles que le sarrasin pour éliminer les agents pathogènes dans les sols. Dans une étude, des tests sur un champ de 27 acres divisé en une grille ont montré que 90 pour cent des sections contenaient des échantillons positifs à E. coli producteurs de shigatoxines. Suslow a dit qu'une culture de couverture avait été plantée et coupée en disques. Après que le champ ait été inondé et laissé sécher, les tests positifs sont tombés à 8 pour cent de la grille.

«Nous essayons de comprendre à quoi nous pouvons nous attendre en termes de persistance et de survie (des agents pathogènes) et ce que l'on pourrait faire à ce sujet», a-t-il dit.

Les évaluations ponctuelles ne sont pas susceptibles d'éclairer la voie vers des contrôles préventifs efficaces, et le défi consiste à développer une vision à long terme des risques, a dit Suslow.

Importance des partenariats

Luo a dit qu'il y avait eu un changement de paradigme majeur de réactif à proactif dans la façon dont l'industrie des produits frais répond aux défis de la sécurité des aliments, à commencer par une épidémie à E. coli liée à des épinards frais en 2006. Cet événement a conduit à la création de California and Arizona Leafy Greens Marketing Agreements et l'industrie a fait don de millions de dollars pour la recherche par l'intermédiaire du Center for Produce Safety.

L'ARS de l’USDA a collaboré avec l'industrie, la FDA et le milieu universitaire pour élaborer des directives visant à prévenir la contamination croisée par des agents pathogènes lors du lavage des produits.

Luo a souligné un cas plus récent de collaboration en matière de sécurité des aliments, déclenché par un avertissement d'août 2019 de la FDA à l'industrie concernant des épidémies répétées à Salmonella attribuées à des papayes fraîches du Mexique. Faute de recherches disponibles sur les causes potentielles, l'industrie a sollicité le soutien de l'ARS, qui a effectué des tests sur des éponges et des microfibres utilisées pour laver les fruits importés et l'utilisation d'agents de nettoyage dans l'eau de lavage. Le National Institute of Food and Agriculture de l'USDA a également contribué à cet effort.

Des producteurs au Mexique, la FDA, l’United Fresh Produce Association, les agences de l'USDA et la Texas International Produce Association ont travaillé sur la question. La première édition du «Food Safety Best Practices Guide for the Growing & Handling of Mexican Papayas» ou Guide des meilleures pratiques de sécurité des aliments pour la culture et la manipulation des papayes mexicaines a été publiée en anglais et en espagnol au printemps 2020.

Il est important lors du développement de ce processus de sécurité des aliments d'imiter les conditions du monde réel, a-t-elle dit, et cela signifie l'accès aux champs, aux usines de conditionnement, aux usines de transformation de produits frais et à d'autres installations.

«Donc, votre aide de la recherche dans ce domaine aura un grand impact», a dit Luo.

vendredi 2 avril 2021

Le nombre de rappels en Australie a légèrement augmenté en 2020, mais hélas pas de comparaison possible avec la France

Ils ont bien de la chance nos amis australiens et on les envierait presque …

Rappelons qu'il y a eu en France en 2020, 997 rappels mais 373 rappels en ne comptabilisant pas les rappels liés aux graines de sésame versus 367 en 2019 et 332 en 2018, selon Oulah!

«Le nombre de rappels australiens en 2020 dépasse les trois chiffres», source Food Safety News du 2 avril 2021, adapté par mes soins. Et dire que les autorités s'en inquiètent ...

Le nombre de rappels d'aliments en Australie est remonté au-dessus de 100 en 2020 selon les données publiées par Food Standards Australia New Zealand (FSANZ).

Les chiffres montrent qu'il y a eu 109 rappels l'année dernière, contre 87 en 2019 et 100 en 2018.

Rappels de produits alimentaires de 2011 à 2020 en Autralie

Près de la moitié du total de 2020 était due à des allergènes non déclarés, 27 à cause d'une contamination microbienne et 11 à cause de la présence de corps étrangers.

La plupart des rappels d'allergènes non déclarés étaient dus à une plainte d'un client. D'autres raisons comprenaient des essais de routine par le gouvernement ou par l'entreprise.

La FSANZ a identifié cinq causes profondes des rappels liés aux allergènes. Il s'agit d'une contamination croisée accidentelle d'un ingrédient cru ou pendant le processus de production final, le manque de compétences et de connaissances pour satisfaire aux exigences d'étiquetage, des erreurs d'emballage et problèmes de vérification du fournisseur ou inconnus lorsque l'entreprise n'a pas pu trouver la cause du problème ou que la FSANZ n'a pas obtenu suffisamment d'informations.

La moitié des 43 rapports de rappel d'allergène en 2020 étaient dus à des erreurs de conditonnement.

Les mesures correctives signalées pour les rappels liés aux allergènes non déclarés entre mi-2016 et 2020 étaient principalement la modification de l'étiquette du produit, la formation du personnel, la modification des procédures de traitement ou de manipulation et une meilleure communication.

Il existe deux niveaux de rappel d'aliments. Un rappel commercial a lieu lorsque les aliments ne sont pas disponibles à l'achat direct par le public, tels que les aliments vendus par des grossistes et des traiteurs. Un rappel au niveau du consommateur a lieu lorsque l'aliment est disponible pour la vente au détail.

Les tendances des rappels de 2011 à 2020

D'après une analyse des statistiques de rappels annuels des 10 dernières années, la plupart des rappels d'aliments étaient dus à des allergènes non déclarés et à une contamination microbienne.

Les rappels d'allergènes, de substances microbiologiques et chimiques ou de contaminants affichent une tendance à la hausse tandis que ceux concernant les corps étrangers sont à la baisse.

Les micro-organsimes les plus courants étaient Listeria monocytogenes, Salmonella et E. coli. Les rappels liés à Salmonella ont augmenté en 2020 en raison de multiples événements associés aux produits de laitue.

Les produits de viande, les produits laitiers et les aliments mélangés et/ou transformés ont été les principaux groupes rappelés en raison de la contamination par Listeria. Les œufs et les fruits, les légumes et les herbes étaient les principales catégories rappelées à cause de Salmonella et les produits laitiers sont plus fréquemment rappelés en raison de préoccupations liées à l'hygiène des procédés, indiquée par des essais sur E. coli.

Les allergènes non déclarés les plus courants étaient le lait, les allergènes multiples et les arachides. Le principal type d'aliment associé aux rappels en raison de la présence d'allergènes était les aliments mélangés et/ou transformés. Cela comprend les collations, les poudres de crème pâtissière et les plats surgelés. La deuxième lsorte de produits la plus courante était la confiserie, suivie des pains et des produits de boulangerie.

D'autres rappels au cours de cette période concernaient les biotoxines, qui comprennent les toxines paralysantes (PSP), l'acide cyanhydrique, l'histamine, les aflatoxines et la ciguatera et des contaminants chimiques et autres comme des agents de nettoyage ou de désinfection et des métaux lourds.

mercredi 24 mars 2021

Le nombre de TIAC déclarées en France augmente, l'Anses découvre l'eau chaude !

Le nombre de TIAC déclarées monte, monte ...

Le blog n'est pas sur les réseaux sociaux et pourtant il est possible d'avoir accès aux tweets ici et là … en voici quelques uns de la part de l'Anses sur la résistible ascension du nombre de toxi-infections alimentaires collectives déclarées, après la publication par Santé publique de France des données relatives aux toxi-infections alimentaires collectives déclarées en France en 2019.

Le blog en avait parlé dans Les toxi-infections alimentaires collective en France ne sont que la partie la plus visible d’un problème plus vaste. C'est la conclusion des données 2019 selon Santé publique de France.

Tout d'abord, pour l'Anses, il s'agit de rappeler l'hygiène en cuisine, ce qui est bien, mais que se passe-t-il donc en restauration commerciale dont les chiffres du nombre de TIAC sont plus élevés que ceux des repas familiaux ?

Puis, l'Anses a retweeté une information de Santé publique de France,

Comme souvent avec la com de Santé publique de France, les chiffres les plus faibles sont mis enexergue et les chiffres les plus élevés en caractères plus petit !

+ 9% en 2019 versus 2018, mais + 24% en 2018 versus 2017, tout augmente, et l'Anses ne se pose même pas la question de savoir pourquoi on en est là (la faute au consommateur ?) et diffuse son infographie anti-TIAC sans doute pour conjurer le mauvais sort !

Bien étrange comportement d'une agence de sécurité des aliments qui n'a pas diffusé à ce jour une évaluation des risques sur la présence d'oxyde d'éthylène dans des graines de sésame, et qui voit les contrôles en sécurité des aliments se réduire année après année, sans une seule observation publique.

Le bilan du dispositif Alim'confiance serait à faire, a-t-il permis une évolution des données des TIAC en restauration commerciale et collective ? Non !

Dans les données des TIAC de 2016, Santé publique de France indiquait,

Depuis avril 2017, les consommateurs ont accès aux résultats des contrôles sanitaires réalisés depuis le 1er mars 2017 dans tous les établissements de la chaîne alimentaire (restaurants, cantines, abattoirs, etc.) sur le site www.alim-confiance.gouv.fr. Cette mesure a été prévue par la loi d’Avenir pour l’agriculture, l’alimentation et la forêt, du 13 octobre 2014. L’impact de cette mesure incitative à l'amélioration continue des établissements agroalimentaires pourra être évalué dans les années à venir.

Depuis, silence radio … la situation s'aggrave et le fiasco d'Alim'confiance se voit comme une évidence ...

Je ne parlerais même pas des avis de rappels qui augment très sensiblement, où après des années, on va peut enfin avoir un site d'information pour les consommateurs. Notons dans ce contexte, la création, prochaînement du site RappelConso, qui se veut le soit disant site officiel des rappels.

Petit détail, qui a sans doute son importance, le site RappelConso est publié sous l'égide du ministère de l'agriculture, de la DGCCRF et du ministère de la transition écologique. Exit donc le ministère de la santé ... étonnant, non ?

Merci à l'Anses de s'autosaisir de ces sujets, les consommateurs le valent bien ...

Mise à jour du 7 avril 2021. On lira l'article de Food Safety NewsFrance sees increase in foodborne outbreaks.

Dans un tweet, Joe Whitworth de Food Safety News pense que The real problem is the winter peak in #norovirus after shellfish consumption (Le vrai problème est le pic hivernal de TIAC à norovirus après la consommation de coquillages). Je serai tenté de lui répondre pas seulement Joe, pas seulement ...

jeudi 18 mars 2021

Les toxi-infections alimentaires collective en France ne sont que la partie la plus visible d’un problème plus vaste. C'est la conclusion des données 2019 selon Santé publique de France

Le blog vous avait partiellement entretenu des données des TIAC en France à partir du bilan 2019 sur les zoonoses dans l'UE, voir 2019, Annus horribilis pour les toxi-infections alimentaires collectives en France.

Santé publique de France publie mise à jour des données le 18 mars 2021 sur les toxi-infections alimentaires collectives en France.

Le dispositif de surveillance des toxi-infections alimentaires collective, basé sur les déclarations obligatoires permet de suivre l’évolution de ce type d’infections.

Les données relatives aux toxi-infections alimentaires collectives déclarées en France en 2019 font apparaître +9% de toxi-infections alimentaires collectives par rapport à 2018.

En 2019, 
1 783 toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) ont été déclarées en France, affectant 15 641 personnes, dont 609 (4%) se sont présentées à l’hôpital (hospitalisation ou passage aux urgences) et 12 (0,08%) sont décédées..

Par rapport à 2018, le nombre de TIAC notifiées est en augmentation (+9%) : 1 630 TIAC avaient été déclarées en 2018 affectant 14 742 personnes.

Comme les années précédentes, l’agent pathogène le plus fréquemment confirmé était Salmonella pour 36% des TIAC pour lesquelles un agent a été confirmé (35% en 2018). Les agents pathogènes les plus couramment suspectés, sur la base des informations épidémiologiques et cliniques, mais sans pouvoir être confirmés sur le plan microbiologique, étaient les agents toxiniques Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens et Bacillus cereus correspondant à 69% des TIAC pour lesquelles un agent a été suspecté (70% en 2018). Aucun agent n'a pu être mis en évidence ni suspecté sur la base des informations épidémiologiques et cliniques dans 16% des TIAC déclarées (16% également en 2018).

L’hiver 2019 a été marqué par un nombre exceptionnellement élevé de TIAC liées à la consommation d’huîtres en décembre 2019 avec 134 TIAC notifiées sur le seul mois de décembre 2019 versus entre 4 et 30 sur les moisde décembre et janvier des hivers précédents.

L’augmentation du nombre de TIAC déclarées entre 2018 et 2019 est principalement observée pour les TIAC familiales (+21%) et les TIAC en restauration commerciale (+14%). Les TIAC en restauration collective ont légèrement diminué (-5%).

Les données complètes relatives aux toxi-infections alimentaires collectives déclarées en France en 2019 sont ici.

Dans le détail, cela donne,

Le nombre de malades liés à ces TIAC a également augmenté du fait de l’augmentation du nombre de TIAC déclarées : 15 641 en 2019 versus 14 742 en 2018 et 13 010 en 2017. Le nombre de cas médian par TIAC en 2019 est de 4 (3 en 2017 et 2018) : 3 pour les TIAC familiales (Interquartile IQR : 2-5), 3 en restauration commerciale (IQR : 2-4) et 12 en restauration collective (IQR : 6-24).

IQR : interquartile range ou cart interquartile est une mesure de dispersion qui s'obtient en faisant la différence entre le troisième et le premier quartile.

Lieux de survenue des TIAC déclarées en 2019

Parmi les 1 783 TIAC déclarées en 2019, 569 (32%) sont survenues dans le cadre de repas familiaux, 727 (41%) en restauration commerciale et 476 (27%) en restauration collective (entreprises, cantines scolaires, banquets, instituts médico-sociaux (IMS)). Cette répartition est très similaire à celle de 2018 où ont été notifiées 29% de TIAC familiales, 39% de TIAC en restauration commerciale et 31% en restauration collective. Les TIAC ont généré 2 438 malades en milieu familial, 2 931 en restauration commerciale et 10 196 en restauration collective. Pour 11 TIAC correspondant à 76 malades, le lieu de repas n’est pas connu.

Les TIAC interviennement majoritairement en restauration qu'elle soit collective avec 27% mais surtout, le chiffre est à retenir, c'est que 41% des TIAC ont lieu en restauration commerciale.

En restauration commerciale, le nombre et la proportion des TIAC ont augmenté de manière continue depuis 2006 passant de 251 TIAC (28% de l’ensemble des TIAC) en 2006 à 727 TIAC (41%) en 2019.

Un vrai bilan sur le dispositif Alim'confiance serait à faire après de tels résultats, par exemple à quoi a-t-il servi, si les TIAC en restauration commerciale notamment ne cesse d'augmenter ?

Agents pathogènes, confirmés ou suspectés, impliqués dans les TIAC déclarées en 2019

En 2019, un agent pathogène a pu être confirmé sur le plan microbiologique dans l’aliment incriminé ou chez au moins une personne malade dans 390 TIAC (22% de l’ensemble des TIAC déclarées). Un agent pathogène a été suspecté sans confirmation microbiologique dans 1 102 TIAC (62%). Pour 291 TIAC (16%), aucun agent n’a pu être ni confirmé, ni suspecté.

L’agent pathogène le plus fréquemment confirmé était Salmonella avec 139 TIAC (36% des TIAC à agent confirmé) dont 25% de S. Enteridis (30% en 2018), 32% de S. Typhimurium (19% en 2018) et 2% de variant monophasique de Typhimurium (11% en 2018). Pour 37% des TIAC confirmées à Salmonella, le sérotype n’était pas connu (31% en 2018). Les TIAC confirmées à Salmonella ont été responsables de 807 malades et 161 hospitalisations.

Douze décès ont été déclarés en 2019, dont 10 chez des résidents dans quatre EHPAD. Un décès fait suite à l'ingestion de Datura.

Aliments suspectés, TIAC déclarées en 2019

Dans 43% des TIAC où un agent pathogène a été confirmé ou suspecté (30% en 2018), les aliments suspectés étaient multiples, composés de divers ingrédients ou étaient des plats cuisinés (exemples : salades composées, pizzas, sandwichs, buffet…) ne permettant pas de suspecter une catégorie d’aliments particulière. La consommation de coquillages a été suspectée être à l’origine de 13% des TIAC, suivie par la viande (9%), les volailles (7%), les poissons (7%), les œufs et produits à base d’œufs (6%), les produits de charcuterie (5%), les produits laitiers (3%), et les crustacés (2%). Aucun aliment n’a pu être suspecté dans 5% des TIAC.

Pour 30% des TIAC à Salmonella, la consommation d’œufs ou de produits à base d’œufs a été suspectée comme source d’infection et celle de volaille dans 10% de ces TIAC. Les fromages et produits laitiers ont été suspectés dans 5% des TIAC à Salmonella.

Non-conformités relevées liées aux TIAC déclarées en 2019

Des non-conformités de produits, de matériel, de pratiques de stockage ou de préparation ont été identifiées dans 638 TIAC (36% des TIAC déclarées, 36% en 2018).

Dans les trois lieux de repas (milieu familial, restauration commerciale ou restauration collective), les non-conformités les plus fréquemment relevées étaient liées à un équipement défectueux ou inadapté (48% des TIAC où des non-conformités ont été relevées), suivi par un non-respect des règles d’hygiène ou une manipulation inappropriée des aliments par un membre de la famille ou du personnel (45%). Une contamination des matières premières, intermédiaires ou produit fini a été identifiée dans 32% des TIAC où des non-conformités ont été relevées. Des problèmes de fonctionnement (défaut de la chaîne du froid/chaud, erreurs de préparation, délais trop long entre la préparation et le service) ont été relevés dans 4% des TIAC où des nonconformités ont été observées. Ces chiffres sont similaires à ceux de 2018.

Mesures correctrices liées aux TIAC déclarées en 2019

On peut relever que «Plus de la moitié des actions correctives réalisées dans les restaurants commerciaux étaient un nettoyage et une désinfection de l’établissement (54%).»

Une fermeture des établissements a été ordonnée pour 32 restaurants commerciaux (9% des TIAC en restauration commerciale où des mesures correctives ont été prises) et 4 établissements de restauration collective où des mesures ont été ordonnées (2%). Au total, des saisies de denrées et/ou des retraits/rappels de produits ont été effectués suite à 22 TIAC survenues en restauration commerciale ou collective et suite à 15 TIAC survenues après des repas familiaux.

Dans la conclusion, il est noté quelques changements par rapport aux bilans précédents

Depuis sa mise en place en 1987, la surveillance des TIAC par la déclaration obligatoire a permis de déclencher des investigations pour en identifier les causes et mettre en place rapidement des mesures correctives au sein des établissements afin d’améliorer la sécurité des aliments.

Jusque là, le texte ci-dessus était traditionnel voire classique, mais ce qui suit n'existait auparavant,

Toutefois, les TIAC ne sont que la partie la plus visible d’un problème plus vaste. Le fardeau des infections d’origine alimentaire reste important avec entre 1,28 à 2,23 millions de personnes affectées chaque année, dont la majorité des cas surviennent de façon sporadique sans lien apparent entre eux. La déclaration et l’investigation des TIAC sont un dispositif opérationnel et efficace qui complète utilement les autres dispositifs de surveillance des infections d’origine alimentaires, afin d’améliorer la sécurité sanitaire des aliments.

Alors que propose-t-on pour améliorer les choses ? Toujours moins de contrôles !!! 

Complément. Un espoir. Peut-être pourra-t-on espérer une baisse des TIAC en 2020 liée à la pandémie COVID-19, mais ce n'est même pas sûr ...

Mise à jour du 7 avril 2021. On lira l'article de Food Safety NewsFrance sees increase in foodborne outbreaks.

Dans un tweet, Joe Whitworth de Food Safety News pense que The real problem is the winter peak in #norovirus after shellfish consumption (Le vrai problème est le pic hivernal de TIAC à norovirus après la consommation de coquillages). Je serai tenté de lui répondre pas seulement Joe, pas seulement ...

samedi 30 janvier 2021

Estimation des coûts des maladies infectieuses d'origine alimentaire aux Etats-Unis

«Estimation des coûts des maladies infectieuses d'origine alimentaire aux Etats-Unis», source Economic Research Service (ERS) de l'USDA du 29 janvier 2021.

Les données de l'estimation du coût des maladies infectieuses d'origine alimentaire fournit des données détaillées sur les coûts des principales maladies d'origine alimentaire aux États-Unis, mettant à jour et étendant les recherches antérieures de l'ERS. Cet ensemble de données comprend les éléments suivants:

  • Identification détaillée des résultats des maladies spécifiques pour les infections d'origine alimentaire causées par 15 agents pathogènes majeurs aux États-Unis
  • Dépenses ambulatoires et hospitalières associées en soins médicaux
  • Perte de salaire associée
  • Estimation de la volonté des individus de payer pour réduire la mortalité résultant de ces maladies infectieuses d'origine alimentaire contractées aux États-Unis.

Les résultats sur ces maladies comprennent à la fois les maladies aiguës et les maladies chroniques qui suivent parfois ces maladies aiguës. Ces 15 agents pathogènes représentent plus de 95% des maladies et des décès dus à des maladies infectieuses d'origine alimentaire contractées aux États-Unis pour lesquelles le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis peut identifier une cause liée à un pathogène. Ces estimations s'appuient sur les estimations du CDC de l'incidence des maladies infectieuses d'origine alimentaire, synthèse des données revue par des pairs sur les coûts médicaux et la littérature économique, médicale et épidémiologique, et des données publiques sur les salaires.

Ces données fournissent aux agences fédérales telles que le Food Safety and Inspection Service (FSIS) de l'USDA un ensemble d'estimations cohérentes et examinées par des pairs des coûts des maladies infectieuses d'origine alimentaire qui peuvent être utilisées pour analyser l'impact de la réglementation fédérale. Elles fournissent également aux autres parties prenantes et au grand public un moyen de comprendre l'impact relatif des différentes infections d'origine alimentaire aux États-Unis. Les estimations des coûts des maladies infectieuses d'origine alimentaire ont été utilisées dans le passé pour aider à éclairer les discussions sur la politique de sécurité sanitaire des aliments, et ces estimations des coûts mises à jour fourniront une base pour l'analyse économique de la politique de sécurité sanitaire des aliments.

Ce produit se compose de 15 fichiers Excel détaillant les résultats de la maladie pour chaque pathogène, ainsi que les coûts associés, les notes techniques et la documentation, ainsi que des liens vers des projets de recherche et des publications associés.

Fichier des pathogènes concernés

Cost of foodborne illness estimates for Campylobacter (all species)

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Clostridium perfringens

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Cryptosporidium parvum

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Cyclospora cayetanensis

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Escherichia coli O157

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Listeria monocytogenes

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Norovirus

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Salmonella (non-typhoidal)

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Shigella (all species)

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Toxoplasma gondii

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Vibrio parahaemolyticus

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Vibrio vulnificus

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Vibrio (all other non-cholera species)

1/29/2021


Cost of foodborne illness estimates for Yersinia enterocolitica

1/29/2021


dimanche 20 décembre 2020

Les maladies d'origine hydrique causent 6 600 décès par an aux États-Unis, selon le CDC

Dessin satirique de 1828 relatif à l'eau de la Tamise intitulé Soupe de monstres communément appelée l'eau de la Tamise (Monster Soup commonly called Thames Water). Source Wikipédia.

« Le CDC rapporte que les maladies d'origine hydrique causent 6 600 décès par an aux États-Unis », source CIDRAP News.

Les infections causées par 17 agents pathogènes d'origine hydrique causent environ 7,15 millions de cas de maladie et 6 630 décès (0,9% de mortalité par cas) à travers les États-Unis chaque année, rapportent les chercheurs du CDC dans Emerging Infectious Diseases. Les maladies les plus courantes étaient l'otite externe (65,3% des cas), les infections à norovirus (18,6%), la giardiase (5,8%) et la cryptosporidiose (4,5%).

Les chercheurs ont exclu les maladies causées par des agents pathogènes adjacents à l'eau comme le paludisme, les toxines des algues et les expositions chimiques. D'autres maladies d'origine hydrique pour lesquelles les données sont insuffisantes, telles que les sapovirus et les rotavirus, n'ont pas non plus été incluses.

En utilisant des données de 2000 à 2015 et la population américaine de 2014, une modélisation statistique et un jugement d'expert structuré, les chercheurs ont constaté que l'otite externe était à l'origine de 94,3% des visites aux urgences pour les maladies transmises par l'eau. L'infection à mycobactéries non tuberculeuses (MNT), l'otite externe et la pneumonie à Pseudomonas ont provoqué respectivement 43,6%, 19,7% et 13,1% des hospitalisations pour maladies d'origine hydrique.

La septicémie à Pseudomonas avait le coût le plus élevé pour les séjours à l'hôpital (38 200 dollars), suivie de la maladie des légionnaires (37 300 dollars). Les coûts les plus cumulatifs ont été dus à l'infection à MNT (1,53 milliards de dollars), l'otite externe (564 millions de dollars) et la pneumonie à Pseudomonas (453 millions de dollars).

Les chercheurs ont également classé les maladies d'origine hydrique de l'étude en maladies principalement respiratoires et entériques, constatant que 5 530 (83,4%) des décès étaient dus à des maladies respiratoires, contre 131 (2,0%) à des maladies entériques. Par rapport à une étude de 2011 parue dans Emerging Infectieous Diseases les maladies d'origine hydrique pesaient moins lourdement sur le système entérique que les maladies d'origine alimentaire, peut-être parce que le traitement de l'eau est fait pour prévenir les maladies entériques.

Dans l'ensemble, les maladies d'origine hydrique causaient plus de maladies que les maladies d'origine alimentaire si les agents non spécifiés étaient exclus.

«Cette analyse met en évidence le rôle croissant des agents pathogènes environnementaux (par exemple, mycobactéries, Pseudomonas, Legionella) qui peuvent se développer dans les réseaux de distribution d'eau potable, la tuyauterie dans les hôpitaux, les maisons et les autres bâtiments, les installations de loisirs aquatiques et les systèmes d'eau industriels (par exemple, les tours de refroidissement)», écrivent les chercheurs du CDC.

vendredi 9 octobre 2020

Des experts évaluent l'utilisation du séquençage du génome entier dans les épidémies dans plusieurs pays de l'UE

« Des experts évaluent l'utilisation du séquençage du génome entier dans les épidémies dans plusieurs pays », source article de Joe Whitworth paru le 9 octobre 2020 dans Food Safety News.

Des experts ont discuté des principaux obstacles à l'adoption du séquençage du génome entier ou du génome complet (WGS pour whole genome sequencing) pour la surveillance et le suivi des maladies d'origine alimentaire en Europe.

L'événement «Séquençage de nouvelle génération pour lutter contre les maladies d'origine alimentaire dans l'UE» était initialement prévu en mars à l'Istituto Superiore di Sanità en Italie, mais a été déplacé en ligne à fin septembre en raison de la pandémie de coronavirus.

Une enquête avec 100 réponses au cours de la conférence a révélé l'absence de cadre juridique, des problèmes de confidentialité et de propriété des données, une absence d'expertise en bioinformatique et le manque de fonds enguise de quelques-unes des pierres d'achoppement.

Parmi les orateurs figuraient Martial Plantady de la Commission européenne, Saara Kotila du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et Valentina Rizzi de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA).

Presque toutes les personnes interrogées ont convenu que la surveillance et le suivi basés sur le WGS au niveau de l'UE seraient bénéfiques. Les fonctionnalités les plus utiles incluaient la profondeur des analyses, il peut remplacer la plupart, sinon la totalité, des autres méthodologies, il est automatisé et sa sensibilité.

Plantady a déclaré qu'il était trop tôt pour que les règles rendent obligatoire le WGS dans le cadre des contrôles officiels.

« Je suis convaincu que dans les années à venir, que davantage d'États membres réaliseront le WGS et partageront des données. À ce stade, nous réfléchirons en interne avec eux sur l'imposition de l'utilisation de l'outil dans certaines circonstances, mais il est maintenant trop tôt. Nous encourageons et mettons en place le réseau des laboratoires de référence de l'Union européenne (EURL) pour renforcer les capacités des laboratoires nationaux de référence (LNR) et des laboratoires privés effectuant des contrôles officiels. Le WGS n'est pas suffisamment standardisé pour faire partie des contrôles officiels, c'est donc un cercle vicieux », a-t-il déclaré.

Les résultats du WGS nécessitent des données épidémiologiques
Saara Kotila de l'ECDC a déclaré que les méthodes basées sur le WGS sont rapidement devenues la norme dans les enquêtes sur les épidémies d'origine alimentaire et hydrique.

« Le pouvoir discriminant élevé de la méthode vous permet de confirmer un lien entre les cas et les isolats, ce qui n'était pas possible avec les méthodes plus anciennes, mais pour clarifier la nature du lien, d'autres données sont nécessaires, telles que des données épidémiologiques et séquentielles provenant d'isolats non-humains d'origines diverses telles que les aliments, les animaux et l'environnement pour suivre d'éventuelles sources et véhicules d'origine alimentaire », a-t-elle déclaré.

« Il existe différentes manières d'analyser les données WGS disponibles et utilisées dans différents pays et laboratoires. Il est important que ceux-ci puissent tirer les mêmes conclusions à partir des mêmes données brutes et que l'ensemble de données soit analysé - c'est pourquoi le partage des données de séquence entre les instituts est nécessaire. »

Les données épidémiologiques pourraient inclure l'âge, le sexe, la région du pays, les informations de voyage et les données de consommation et d'exposition des patients.

L'ECDC coordonne la surveillance améliorée de la listériose par WGS depuis mars 2019.

« Dix-huit des 30 groupes contenant des isolats de patients microbiologiquement étroitement liés détectés depuis le début de la surveillance contenaient moins de cinq isolats, ce qui au niveau de l'UE est petit. Nous avons un projet de critères pour déterminer à quel point un cluster doit être soumis », a déclaré Kotila.

La processus de remontée peut signifier que davantage de pays s'impliquent, mais tous les clusters sont communiqués aux pays touchés. Le niveau de remontée dépend du nombre de cas et de pays concernés.

« Nous voulons avoir six isolats ou plus des 12 derniers mois provenant de deux pays ou plus. Chaque fois qu'une enquête urgente est lancée (généralement effectuée par des instituts nationaux de santé mais peut également l'être par l'ECDC), il est volontaire pour les pays d'y répondre. Cela signifie travailler pour eux, et c'est encore plus gourmand en ressources de commencer des enquêtes supplémentaires en collaboration avec les autorités de sécurité sanitaire des aliments », a déclaré Kotila.

« Si trop d'enquêtes et d'enquêtes urgentes étaient lancées, les autorités nationales auraient du mal à trouver des ressources et cesseraient peut-être de contribuer. Il est toujours nécessaire de trouver un équilibre entre les ressources et la valeur de la santé publique pour prioriser les enquêtes. »

L'EFSA va collecter des données WGS à partir d'isolats non humains
Valentina Rizzi, de l'EFSA, a déclaré que la collecte centralisée de données WGS est nécessaire pour soutenir une enquête rapide sur les épidémies d'origine alimentaire dans plusieurs pays.

« Lorsqu'il est nécessaire de collecter des séquences auprès de pays dans le cadre d'une enquête sur une épidémie dans plusieurs pays, l'EFSA est soutenue par les laboratoires de référence de l'Union européenne pour les agents pathogènes d'origine alimentaire et leur réseau de laboratoires nationaux de référence », a-t-elle déclaré.

« À partir de la fin de l'année prochaine, l'EFSA sera en mesure de collecter auprès des pays des données WGS à partir d'isolats non-humains de Listeria monocytogenes, Salmonella et E. coli soumis sur une base volontaire via le système One Health WGS. Les utilisateurs de données prévus du nouveau système seront les autorités compétentes et les laboratoires des États membres de l'UE et d'autres pays déclarants qui signeront un accord bilatéral avec l'EFSA. »

Le système One Health WGS sera composé de deux systèmes interopérables, l'un au sein de l'EFSA et l'autre à l'ECDC, collecte et stockage des données. L'objectif est de collecter des informations de typage de base pour détecter des clusters de maladies d'origine alimentaire et de générer des hypothèses sur les vecteurs alimentaires possibles impliqués.

Dilemme des données
Les répondants à l'enquête ont dit que les principaux inconvénients de la publication de données dans le domaine public comprennent la divulgation d'informations sensibles susceptibles d'affecter la vie privée des personnes, leur utilisation par d'autres scientifiques et le manque d'harmonisation et de normalisation des processus méthodologiques.

Kotila a déclaré que les entreprises pourraient craindre que les cas soient liés à leurs produits, nuisent à leur réputation et aient un impact économique sur les ventes.

« Mais ils pourraient bénéficier de ces enquêtes, car les épidémies pourraient être détectées plus tôt et contrôlées avant une éventuelle escalade, par ex. se retrouvant sous une intense attention de la presse et/ou des affaires judiciaires. D'un autre côté, les données de séquençage peuvent également montrer qu'une entreprise n'est pas liée à une épidémie spécifique », a-t-elle déclaré.

« Certains s'inquiètent du fait que quelqu'un retire les données disponibles et publie des publications scientifiques sans mentionner la source/propriétaire des données, qui peut vouloir faire ses propres publications avec les mêmes données. J'espère que lorsque de plus en plus d'instituts et/ou de personnes partageront des données de séquence, d'autres suivront car ils verront qu'il n'y a rien à craindre. »

Rizzi a déclaré que la soumission de données contribuera à la sécurité des aliments à la protection des consommateurs au sein de l'UE.

« La soumission de données à notre système devrait apporter une valeur ajoutée aux fournisseurs. Il est essentiel de souligner que la propriété appartient aux producteurs des données. Dans le système de l'EFSA, le propriétaire des données sera l'organisation fournisseur qui aura la responsabilité d'obtenir le consentement pour le partage des données du producteur de données d'origine », a-t-elle déclaré.

« Les données de l'industrie devraient être collectées au niveau national et leur partage au niveau de l'UE est sous la responsabilité du fournisseur de données officiellement désigné dans le pays. La confidentialité est assurée par le partage des données dans un réseau sécurisé et une gestion des données réglementée par des accords. »

Un exemple de services de l'EFSA est de rendre aux fournisseurs de données les résultats liés à leurs données et leur relation avec d'autres isolats de la base de données.

George Haringhuizen et Eelco Franz tous deux de l'Institut néerlandais pour la santé publique et l'environnement, Annemarie Kaesbohrer, de l'Institut fédéral allemand pour l'évaluation des risques, (BfR) et Patrick McDermott, directeur du système national de surveillance de la résistance aux antimicrobiens, également présents lors de l'événement organisé par l'EURL working group sur le NGS (séquençage nouvelle génération) et Med-Vet-Net Association.