Des preuves ‘parfaitement nulles’ que le COVID-19 provienne d'un laboratoire, selon des chercheurs

« Des preuves ‘parfaitement nulles’ que le COVID-19 provienne d'un laboratoire, selon des chercheurs », source CIDRAP News.

Depuis le début de la pandémie de COVID-19, Internet regorge de théories provocantes du complot selon lesquelles le nouveau coronavirus a été (1) créé dans un laboratoire de Wuhan, en Chine et déployé en tant qu'arme biologique ou (2) dérivé de chauves-souris, cultivé sur une culture tissulaire , transmis intentionnellement ou accidentellement à un chercheur, et libéré dans la communauté.

Le virus COVID-19 fortement agrandi, NIAID

Des politiciens ont vanté ces théories dans une tentative de critiquer la Chine pour la pandémie, et un scientifique américain discrédité a récemment publié un livre et une vidéo désormais interdite affirmant que les riches ont délibérément répandu COVID-19 pour augmenter les taux de vaccination. Et à la fin de la semaine dernière, un article non étayé de NBC News sur les données de localisation des téléphones portables a suggéré que le laboratoire de Wuhan avait temporairement fermé ses portes après un « événement dangereux » en octobre.

Même Kristian Andersen, professeur au Département d'immunologie et de microbiologie au Scripps Research Institute à La Jolla, Californie, et auteur principal d'une lettre publiée le 17 mars 2020 dans Nature Medicine sur les origines du virus, a d'abord pensé que COVID- 19 était tout aussi susceptible d'avoir été accidentellement libéré d'un laboratoire que de la nature.

Mais c'était avant qu'on en apprenne davantage sur le COVID-19 et les coronavirus apparentés, qui ont des caractéristiques déjà observées dans la nature. « Il y a beaucoup de données et de preuves, ainsi que des exemples précédents de cette nature », a-t-il déclaré. « Nous n'avons exactement aucune preuve ou donnée de lien avec un laboratoire. »

Et bien qu'Andersen, comme d'autres virologues éminents, affirme qu'il ne peut pas complètement exclure la possibilité que le virus provienne d'un laboratoire, les chances que cela se produise sont très faibles. Il dit que le nouveau coronavirus est clairement originaire de la nature, « cela ne fait aucun doute maintenant. »

Théorie du complot # 1: arme biologique chinoise

Le COVID-19 est suffisamment différent des autres virus pour en avoir été créé à partir d’eux, et faire un virus en laboratoire à partir de zéro serait « pratiquement impossible », a dit Stanley Perlman, MD, professeur de microbiologie et d'immunologie et des maladies infectieuses pédiatriques à l’Université de l'Iowa à Iowa City. « Je ne pense pas que nous en sachions suffisamment sur les coronavirus - ou sur n'importe quel virus - pour pouvoir délibérément créer un virus pour une diffusion », a-t-il dit.

James Le Duc, professeur de microbiologie et d'immunologie et directeur du Galveston National Laboratory à l’University of Texas Medical Branch à Galveston, a dit que l'ingénierie du COVID-19 « aurait demandé une quantité incroyable d'ingéniosité. L'imagination des gens se déchaîne. » 

Andersen a déclaré que le domaine de liaison au récepteur du virus, qui en fait un agent pathogène humain efficace, se retrouve également dans les coronavirus des pangolins, fourmiliers écailleux proposés comme hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les humains. « C'est quelque chose qui est entièrement naturel, donc ce n'est pas quelque chose qui se produit en culture de tissus », a-t-il dit.

Angela Rasmussen, chercheuse associée au Center for Infection and Immunity de la Columbia University à New York, a dit que la modélisation informatique suggère que le domaine de liaison aux récepteurs de la protéine de pointe dans le SRAS-CoV-2, le virus qui cause les COVID-19, n'est pas optimal, « ce qui signifie que quelqu'un qui conçoit une séquence de domaine de liaison aux récepteurs optimale ne ne réalisera probablement pas ‘l’ingéniérie’ de la séquence qui a évolué en SRAS-CoV-2 », a-t-elle dit.

« En outre, il n'y a aucune similitude génétique avec d'autres squelettes de virus utilisés dans l'un des systèmes connus de génétique inverse pour les bêtacoronavirus. Cela suggère que ce virus n'a pas été modifié. »

Une autre caractéristique du COVID-19, son site de clivage par la furine, qui permet au virus d'infecter les cellules humaines, diminue dans la culture tissulaire, a dit Andersen. « Je pense que cela pourrait probablement encore infecter des gens, je pense juste beaucoup moins efficacement », a-t-il ajouté.

De plus, il se demande pourquoi quiconque entreprendrait de créer un nouveau virus alors qu'il pourrait simplement prendre un pathogène virulent existant comme les coronavirus du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) ou MERS (syndrome respiratoire du Moyen-Orient) et les aggraver encore, comme jusqu'à présent, tous les programmes d'armes biologiques l'ont fait.

« Cela n'a aucun sens de créer un nouveau virus dont vous ne savez pas qu'il peut provoquer des maladies chez l'homme et d'essayer d'en créer une arme biologique », a dit Andersen. « Ce serait une très mauvais candidat en matière d'armes biologiques. »

Théorie du complot # 2: un laboratoire libère un virus naturel

Pendant de nombreuses années à travers le monde, les scientifiques ont étudié les coronavirus des chauves-souris en capturant des chauves-souris dans les grottes et en isolant et en cultivant en culture tissulaire les coronavirus qu'ils transportent pour voir s'ils peuvent infecter les cellules humaines.

Appelées recherche sur le gain de fonction*, ces études améliorent la capacité d'un pathogène à provoquer une maladie afin que les chercheurs puissent caractériser ses interactions avec les humains, permettant d'évaluer son potentiel de provoquer une pandémie et d'informer la santé publique, la préparation et le développement de thérapies et de vaccins potentiels.

Shi Zhengli, directeur du Center for Emerging Infectious Diseases du Wuhan Institute of Virology, un laboratoire de niveau 4 en biosécurité en Chine relativement proche du marché des animaux vivants de Wuhan, à l'épicentre de l'épidémie en Chine, a publié de manière approfondie les séquences génétiques des isolats des coronavirus de chauve-souris qu'elle étudie.

Aucun d'entre eux ne correspond à celles du COVID-19, a dit Andersen, ce que Shi elle-même a confirmé dans une récente interview à Scientific American. « Si elle avait publié une séquence pour le virus et que cela apparaisse, alors nous aurions su que cela provenait du laboratoire », a dit Andersen. « Il n'y a aucune preuve pour cela, mais il y a beaucoup de preuves contre cela. »

Le Duc a ditque les travaux de Shi sur les coronavirus de chauve-souris ont montré que « ces virus existent dans la nature, et certains d'entre eux ont des caractéristiques qui leur permettraient d'être transmissibles chez l'homme. Le fait que nous le voyons aujourd'hui n'est pas une surprise pour les types qui ont travaillé dans ce domaine. »

Et bien que « certainement, des accidents se produisent dans les laboratoires », le niveau élevé de confinement biologique au laboratoire de Shi le rend peu probable, a-t-il dit. Les laboratoires de niveau 4 ont les protocoles de biosécurité les plus rigoureux, qui peuvent inclure des systèmes de circulation d'air, des conteneurs scellés, des équipements de protection individuelle (EPI) à pression positive, une formation approfondie et un accès hautement contrôlé au bâtiment.

Ayant assisté à des conférences au cours desquelles Shi a parlé de son travail, Le Duc a dit qu'elle était une scientifique très réputée. « Elle a toujours été extrêmement ouverte, transparente et collaborative, et je n'ai aucune raison de douter qu'elle dit la vérité », a-t-il dit.

De plus, Andersen a dit que la probabilité qu'un chercheur soit infecté sans le savoir par le coronavirus tout en portant un EPI complet et qu'il se rend ensuite au marché de Wuhan est « éphémère par rapport à l'hypothèse alternative, à savoir que nous, en tant qu'êtres humains, parce que nous vivons parmi des animaux porteurs de ces virus - des chauves-souris, mais aussi de nombreux autres hôtes intermédiaires - et, bien sûr, nous ne nous déplaçons pas avec des EPI, nous entrons naturellement en contact permanent avec ces virus. »

Pourtant, un virus à potentiel pandémique est extrêmement rare, a-t-il dit. « Si ces virus étaient vraiment fréquents, nous serions tous morts par des coronavirus à ce jour », a dit Andersen. « Nous aurions des pandémies de coronavirus tout le temps. Nous ne les avons pas, mais ils apparaissent en moyenne tous les 10 ans environ. »

Rasmussen a dit que le scénario le plus plausible est un «débordement zoonotique naturel», ajoutant que des études sérologiques ont montré que certaines personnes en Chine vivant près des grottes de chauves-souris ont des anticorps contre les coronavirus de type SRAS dans leur sang, « suggérant que ces personnes sont exposés à des virus au cours de leur vie quotidienne, il n’est donc pas invraisemblable que le SRAS-CoV-2 soit apparu chez l’homme lors d’une rencontre fortuite entre un humain et une chauve-souris sauvage ou un autre animal. »

Doutes sur l'origine jamais identifiés

Perlman a dit que les scientifiques pourraient ne jamais être en mesure de retrouver les origines du virus ou de son hôte intermédiaire. « Je pense que c'est vraiment un problème important, savoir d'où vient le virus, mais c'est juste une entreprise difficile à trouver », a-t-il dit.

C'est la nature humaine, a-t-il dit, de vouloir blâmer quelqu'un pour un événement naturel mais catastrophique comme la pandémie. « Quelque chose de grave se produit, et quelqu'un doit en être responsable », a-t-il dit.

Malgré cela, Perlman a décrié l'utilisation de théories d'origine non prouvées pour pousser les agendas. « Je pense que cela a été beaucoup trop utilisé comme une question politique », a-t-il déclaré. « Cette politisation est très regrettable. »

Mais Andersen a dit qu'il pense que les théories méritent d'être explorées, même si elles sont finalement réfutées. « Il est important que nous ne les renvoyions pas d'emblée », a-t-il dit. « Nous devons examiner les données et dire qu’est-ce que nous disent les données?’ Et les données dans ce cas sont très solides. »

*Le «gain de fonction» est un effet délétère dû à l’acquisition d’une nouvelle fonction qui est délétère pour la cellule. Il s’agit de la cause majoritaire des maladies dominantes.

Fraude à la viande bovine: les produits contrefaits sont la plus grande menace de la chaîne alimentaire, selon une étude

« Fraude à la viande bovine: les produits contrefaits constituent la plus grande menace pour la chaîne d'approvisionnement », source Global Meat News.

Le scandale HorseMeat de 2013, ou ‘Horsegate’, est l'un des exemples les plus connus de fraude alimentaire.

Dans une analyse de 20 ans de fraudes alimentaires rapportées dans la chaîne d'approvisionnement en viande bovine, des chercheurs ont constaté que la contrefaçon était le type de fraude le plus courant.

« En comprenant mieux la fraude en cours, nous pouvons cibler la prévention, la détection et la réduction de la fraude », a dit Kelsey Robson de l'Université Queen's de Belfast à FoodNavigator.

La fraude alimentaire dans la chaîne d'approvisionnement en viande bovine a fait la une des journaux mondiaux en 2013, lorsque de la viande de cheval a été identifiée dans des produits surgelés et carnés qui contiendraient du bœuf.

Le scandale de la viande de cheval, ou ‘Horsegate’, a révélé des vulnérabilités dans la chaîne d'approvisionnement européenne de la viande bovine et a provoqué des effets d'entraînement importants pour ceux du secteur. Il s'agissait notamment de rappels de produits de masse, d'un ralentissement des ventes de bœuf et de pertes économiques pour de nombreuses personnes sans rapport avec le scandale.

Les chercheurs de l'Université Queen’s de Belfast estiment que les vulnérabilités de la chaîne d'approvisionnement du bœuf pourraient et devraient être mieux comprises. Pour ce faire, ils ont analysé les fraudes alimentaires signalées dans la chaîne d'approvisionnement du bœuf sur une période de 20 ans, entre 1997 et 2017.

« J'espérais que cette étude aiderait à mieux comprendre quels types de fraude alimentaire se produisent réellement dans la chaîne d'approvisionnement du bœuf et quels types de fraude sont en augmentation », a dit Kelsey Robson, de l'Institute for Global Food Security de l'université à FoodNavigator.

« En comprenant mieux la fraude en cours, nous pouvons cibler la prévention, la détection et l'atténuation de la fraude et, par conséquent, mieux protéger l'approvisionnement alimentaire. »

La

Plus de 400 signalements de fraude au bœuf retrouvés

L'étude a examiné les dossiers historiques de fraude alimentaire à l'aide du système d'alerte rapide (RASFF) et HorizonScan. Les chercheurs ont ensuite extrait et analysé les données pertinentes pour déterminer leur profil global.

« J'ai retrouvé 413 cas de fraude alimentaire dans la chaîne d'approvisionnement en viande bovine entre 1997 et 2017 », a déclaré Robson.

Les résultats ont révélé que le transformation primaire est la zone la plus vulnérable, représentant 35,8% des déclarations. « La transformation primaire se réfère au point de la chaîne d'approvisionnement de la viande bovine où l'animal est abattu et le cinquième quartier retiré », a expliqué le chercheur.

Et la contrefaçon s'est avérée être le type de fraude le plus courant dans l'industrie du bœuf, représentant 42,9% des fraudes identifiées.

« La contrefaçon se réfère à des produits qui ont été fabriqués illégalement dans l'intention d'imiter ou de copier son homologue légitime », a expliqué Robson.

« Cela comprend les produits provenant de locaux non agréés, fabriqués sans inspection ou dont la documentation est frauduleuse ou manquante, comme les certificats d'entrée ou les certificats sanitaires (documents falsifiés ou autrement frauduleux), ce qui suggère que la production illégale a représenté la majorité des fraudes identifiées dans ce la revue. »

La fraude alimentaire est-elle en augmentation?

En analysant les résultats, les chercheurs ont observé que la plus grande proportion de rapports de fraude pour une année donnée avait eu lieu en 2013 - la même année que le scandale de la viande de cheval.

Cependant, plus de fraudes ont été signalées avant la crise de la viande de 2013 qu'après. « Cela est probablement dû au fait qu'il y a eu moins d'années incluses dans l'étude après 2013 qu'auparavant, et non en raison d'une diminution de la fraude », a souligné Robson.

En ce qui concerne les zones géographiques, les chercheurs n'ont pas été en mesure d'identifier une zone dans le monde qui est plus susceptible d'avoir un nombre accru de rapports de fraude que d'autres, en raison du grand nombre de facteurs qui affectent la fraude.

« Par exemple, de nombreux pays déclarent eux-mêmes plus de fraudes que d'autres, et il peut donc sembler que davantage de fraudes se produisent dans ces pays. Cependant, il est plus probable que ces pays testent davantage et appliquent plus de réglementations que les autres pays », a expliqué Robson.

FoodNavigator a demandé à l'auteur de l'étude si elle avait observé une tendance à la hausse de la fraude alimentaire au cours de la période 1997-2017, et si elle s'attend à ce que cela se poursuive. Pourtant, Robson a déclaré qu’il est «difficile de dire» si la fraude est en augmentation - en grande partie en raison du manque d’informations disponibles sur la quantité de fraude alimentaire qui se produit actuellement et sur la quantité qui s’est produite dans le passé.

« J'espère que la sensibilisation et la détection de la fraude alimentaire augmenteront, nous disposerons de meilleures données pour évaluer les types de fraude qui ont lieu. »

« À l'avenir, je pense que nous verrons davantage de fraudes alimentaires, pas spécifiquement dans l'approvisionnement en viande bovine, mais dans tous les produits alimentaires, mais cela ne signifie pas qu'elle se produira plus, mais que l'industrie, le gouvernement et les universitaires sont plus conscients de la fraude alimentaire et mieux en mesure de le détecter. »

« Deuxièmement, avec la situation liée au COVID actuelle, l'approvisionnement alimentaire a été affecté, et la fraude augmentera en raison de moins de contrôles et d'audits pendant la pandémie. »

Référence

‘A 20-year analysis of reported food fraud in the global beef supply chain’.Food Control Publié le 24 avril 2020DOI: https://doi.org/10.1016/j.foodcont.2020.107310

Authors: Kelsey Robson, Moira Dean, Stephanie Brooks, Simon Haughey, Christopher Elliot

Dans la conclusion du résumé, il est indiqué :

La contrefaçon était le type de fraude le plus courant dans l'industrie du bœuf; elle représentait 42,9% de tous les articles documentés. Lorsque les déclarations ont été classées par zone de la chaîne d'approvisionnement dans les articles, 36,4% de tous les cas ont été attribués à la transformation primaire, dont 95,5% étaient des cas de contrefaçon. La contrefaçon comprenait des produits fabriqués/conditionnés dans des locaux non agréés ou sans inspection ou documentation appropriée, ainsi que des produits délivrés avec des certificats sanitaires frauduleux.

Nous concluons donc que le produit contrefait s'est avéré être la plus grande menace pour la chaîne d'approvisionnement du bœuf en ce qui concerne le type de fraude.

L'ochratoxine A dans les aliments: une nouvelle évaluation des risques pour la santé publique par l'EFSA

« L'ochratoxine A dans les aliments: évaluation des risques pour la santé publique », source EFSA du 13 mai 2019.

L'EFSA a publié un avis scientifique sur les risques sanitaires liés à la présence d'ochratoxine A (OTA) dans les aliments – une mycotoxine naturellement produite par certaines moisissures et qui peut être présente dans des denrées alimentaires variées, notamment des céréales, des viandes en conserve, des fruits frais et secs ou des fromages.

De nouvelles données rendues disponibles depuis la dernière évaluation de 2006 suggèrent que l'OTA peut être génotoxique en endommageant directement l'ADN. Les experts ont confirmé qu'elle pouvait également être cancérigène pour le rein. Par conséquent, les experts ont calculé une marge d'exposition (ME). La marge d’exposition est un outil utilisé par les évaluateurs du risque pour analyser les problèmes potentiels de sécurité liés à la présence dans l’alimentation humaine et animale de substances qui sont à la fois génotoxiques et cancérigènes.

Dans son avis précédent, l'EFSA avait établi une dose hebdomadaire tolérable (DHT) sur la base de la toxicité et de la cancérogénicité pour le rein.

Les experts ont cette fois utilisé une approche plus prudente grâce au calcul de la ME et ils ont conclu qu'il pouvait exister un problème de santé pour la majorité des groupes de consommateurs. L’avis scientifique de l'EFSA contribuera à informer la Commission européenne dans les discussions en cours sur les niveaux maximaux d'OTA autorisés dans les denrées alimentaires.

L'EFSA a consulté les parties prenantes ainsi que d'autres intervenants lors de la préparation de son projet d'avis et les commentaires reçus ont été pris en compte lors de la finalisation du document.

Voir le rapport complet: Risk assessment of ochratoxin A in food. 

Dans le résumé de l’évaluation des risques, il est indiqué :

La Commission européenne a demandé à l'EFSA de mettre à jour son avis de 2006 sur l'ochratoxine A (OTA) dans les aliments.

L'OTA est produit par des champignons du genre Aspergillus et Penicillium et se trouve comme contaminant dans divers aliments.

L'OTA provoque une toxicité rénale chez différentes espèces animales et des tumeurs rénales chez les rongeurs. L'OTA est génotoxique in vitro et in vivo; cependant, les mécanismes de génotoxicité ne sont pas clairs.

Les modes d'action génotoxiques et non génotoxiques directs et indirects pourraient chacun contribuer à la formation de tumeurs. Étant donné que des études récentes ont soulevé une incertitude concernant le mode d'action pour la cancérogénicité rénale, il n'est pas approprié d'établir une valeur guide basée sur la santé (HBGV pour health-based guidance value) et une approche de la marge d'exposition (ME) a été appliquée.

Pour la caractérisation des effets non néoplasiques, une BMDL₁₀ de 4,73 μg/k de poids corporel (pc) par jour a été calculée à partir des lésions rénales observées chez le porc. Pour caractériser les effets néoplasiques, une BMDL₁₀ de 14,5 μg/kg pc par jour a été calculée à partir des tumeurs rénales observées chez le rat. (Voir les définitions en fin d'article -aa).

L'estimation de l'exposition alimentaire chronique a abouti à des niveaux moyens et au 95e centile variant de 0,6 à 17,8 et de 2,4 à 51,7 ng/kg pc par jour, respectivement. Les expositions médianes à l'OTA chez les nourrissons allaités allaient de 1,7 à 2,6 ng/kg pc par jour, les expositions au 95e percentile de 5,6 à 8,5 ng/kg pc par jour chez les nourrissons à consommation moyenne/élevée de lait maternel, respectivement. La comparaison des expositions avec le BMDL₁₀ sur la base du critère d'effet non néoplasique a abouti à des ME de plus de 200 dans la plupart des groupes de consommateurs, indiquant un faible problème de santé à l'exception des ME pour les gros consommateurs dans les groupes d'âge plus jeunes, indiquant un possible problème de santé.

Par rapport à la BMDL₁₀ basée sur le critère d'effet néoplasique, les ME étaient inférieures à 10 000 pour presque tous les scénarios d'exposition, y compris les nourrissons allaités. Cela indiquerait un problème de santé possible si la génotoxicité est directe. L'incertitude dans cette évaluation est élevée et le risque peut être surestimé.

* La benchmark dose (BMD) se définit comme une dose (ou la limite inférieure de son intervalle de confiance à 95 %: BMDL correspondant à un niveau de réponse en excès par rapport à un groupe témoin. Source Utilisation de la benchmark dose pour l’évaluation des risques sanitaires de Nathalie BONVALLOT, Anses, 2010.

A propos du COVID-19, qu’est-ce que le nombre R ?

Selon Wikipédia, En épidémiologie, le nombre de reproduction de base ou R0 d'une infection peut être considéré comme le nombre attendu de cas directement générés par un cas dans une population où tous les individus sont sensibles à l'infection.

« Le R0 est le nombre moyen de personnes qu’une personne contagieuse peut infecter. Ce taux s’applique, et se calcule à partir d’une population qui est entièrement susceptible d’être infectée, c’est-à-dire qui n’a pas encore été vaccinée ni immunisée contre un agent infectieux. »

« A propos du COVID-19, qu’est-ce que le nombre R ? », source BMJ.

Cela a conduit les décisions politiques depuis que COVID-19 a émergé fin 2019, mais quel est le nombre R, et est-ce important, se demande Elisabeth Mahase.

Qu’est-ce que le nombre R ?

Le nombre R pourrait faire référence soit au nombre de reproduction de base, connu sous le nom de R zéro (R0), soit au nombre de reproduction effectif (Re).

R0 décrit combien de personnes chaque personne infectée infectera en moyenne, en supposant qu'il n'y a pas d'immunité préexistante dans la communauté.

Il est souvent estimée à l'aide de trois facteurs: la durée de la contagiosité après l'infection d'une personne, la probabilité d'infection à chaque contact entre une personne sensible et une personne ou un vecteur infectieux, et la fréquence des contacts.

Il s'agit du nombre de personnes qui peuvent être infectées par un individu à un moment donné, et il change à mesure que la population est de plus en plus immunisée, soit par le biais de personnes acquérant l'immunité après avoir été infectées, soit par la vaccination, et également lorsque des personnes décèdent.

Re peut également être affecté par le comportement des personnes, comme la distance sociale. R0 et Re sont souvent confondus ou simplement appelés le R.1

Quels sont les R0 et Re pour SARS-CoV-2?

Le SARS-CoV-2, le coronavirus qui a provoqué la pandémie de COVID-19, a un R0 estimé à environ 2,63, a déclaré la COVID-19 Evidence Service de l’Université d’Oxford.

Cependant, les estimations varient entre 0,4 et 4,6. Ce n'est pas inhabituel, car les estimations R0 varient souvent, avec différents modèles et données utilisés pour le calculer. La rougeole, par exemple, a eu des valeurs R0 comprises entre 3,7 et 203,03.

Le Re variera également d'un pays à l'autre et d'une région à l'autre. Le Premier ministre britannique, Boris Johnson, a déclaré le 10 mai que le Re en Angleterre était actuellement «entre 0,5 et 0,9, mais potentiellement juste en dessous de 1».

En Écosse, le premier ministre Nicola Sturgeon a déclaré qu'il se situait entre 0,7 et 1.

En Allemagne, le Robert Koch Institute a rapporté le 9 mai que le Re était passé à 1,1 juste seulement après que le pays eut commencé à assouplir les mesures de confinement.

Le même effet a également été observé au Danemark lors de la réouverture des écoles primaires en avril: le Re est passé de 0,6 à 0,9.

Le Re est-il important?

De nombreux politiciens ont souligné le Re comme une mesure importante pour déterminer dans quelle mesure leur pays réagit à la pandémie et ce qui peut se passer ensuite.

La chancelière allemande Angela Merkel est apparue à la télévision pour expliquer le raisonnement derrière la stratégie de son gouvernement, se référant au nombre de reproduction.

Pendant ce temps, Boris Johnson a déclaré à la population le 10 mai que l'assouplissement du confinement en Angleterre dépendrait de la possibilité de limiter le nombre de reproduction.

Il est souvent présenté en termes simples: si le Re est supérieur à 1, l'épidémie devrait se poursuivre, mais si il peut être réduit à moins de 1, l'épidémie prendra fin. En effet, si chaque personne infectée infecte à son tour moins d'une personne, l'épidémie diminuera; un Re de 0,5 signifierait que 10 personnes infectées en infecteraient cinq autres, qui en infecteraient alors 2,5 autres.

En revanche, un Re supérieur à 1 signifierait que l'épidémie augmenterait de façon exponentielle.

Cependant, les experts ont averti que sans données actualisées et complètes, le numéro de reproduction est un «outil de surveillance diffus.

Azra Ghani, professeur d'épidémiologie des maladies infectieuses à l'Imperial College de Londres, a dit: « À l'heure actuelle, nous estimons à la fois R et le taux d'infection à partir de données sur les hospitalisations. Ceux-ci ne représentent qu'une petite fraction de toutes les infections et représentent une estimation de la transmission qui s'est produite 1 à 2 semaines plus tôt - et sont donc un outil de surveillance diffus. »

«Les modèles ou les estimations basées sur des modèles (tels que R) peuvent être utiles pour interpréter les tendances des données, mais ne doivent jamais être considérés comme un substitut de bonnes données. Ce n'est qu'avec une surveillance approfondie et des tests rapides des cas suspects dans la communauté au sens large, dans les hôpitaux, les maisons de soins et d’autres endroits à haut risque, que nous pouvons être vraiment convaincus que l'épidémie est en déclin et qu'il est sûr de relâcher les mesures. »

Référence

COVID-19: What is the R number?

BMJ 2020; 369 doi:https://doi.org/10.1136/bmj.m1891 (Published 12 May 2020)

Déchets dans les études scientifiques sur le COVID-19

« Déchets dans les études scientifiques sur le COVID-19 », source BMJ.

Un déluge d’étude de mauvaise qualité sabote une réponse efficace fondée sur des preuves.

Le monde de la recherche médicale a réagi à la pandémie de COVID-19 à une vitesse vertigineuse. Il y a eu un tourbillon de recherche mondiale, avec des conséquences mitigées.

Parmi les points positifs, mentionnons la fourniture accrue d'un accès libre aux études sur le COVID-19, une collaboration accrue, une gouvernance accélérée et des approbations éthiques des nouvelles études cliniques et une utilisation plus large des prépublications.

Mais de nombreux problèmes sont devenus évidents. Avant la pandémie, on estimait que jusqu'à 85% de la recherche était gaspillée en raison de questions médiocres, de la mauvaise conception de l'étude, de l'inefficacité de la réglementation et de la conduite et de la communication non ou médiocre des résultats.

Beaucoup de ces problèmes se sont amplifiés avec la recherche sur le COVID-19, avec des contraintes de temps et une infrastructure de recherche inadéquate.

Essais

Un nombre extraordinaire d'essais sur le COVID-19 ont été enregistrés depuis le début de la pandémie. Le registre ClinicalTrials.gov de la National Library of Medicine répertorie 1 087 études sur le COVID-19, et bien que certaines fournissent des informations utiles, beaucoup sont trop petites et mal conçues pour être utiles, ne faisant qu'ajouter au bruit sur le COVID-19.

Par exemple, sur les 145 essais enregistrés sur l’hydroxychloroquine, 32 ont un échantillon prévu ≤ 100, 10 n'ont pas de groupe témoin et 12 sont comparatifs mais non randomisés.

Les mesures des résultats varient considérablement et seulement 50 semblent être multicentriques.

Étonnamment, une seule étude fournit un protocole, et même des détails de registre limités révèlent un changement de résultat injustifié.

Le déséquilibre dans les thèmes des essais est préoccupant, en particulier la rareté des essais sur les interventions non médicamenteuses. Bien que les interventions non médicamenteuses soient le pilier de l'atténuation actuelle, nous n'avons pu trouver que deux essais sur les masques sur ClinicalTrials.gov et aucun n'examinant la distanciation sociale, l'effet de quarantaine ou l'observance, l'hygiène des mains ou d'autres interventions non médicamenteuses.

Le financement de la recherche sur le COVID-19 reflète ce déséquilibre désolant. Une recherche sur COVID-19 Research Project Tracker, une base de données en direct des projets sur le COVID-19 financés, n'a trouvé presque aucune recherche primaire sur les effets des interventions non médicamenteuses sur la transmissibilité, par rapport à des centaines de projets d'intervention médicamenteuse d'une valeur d'au moins 67 millions d’euros.

Pré-impressions

Les préimpressions ont fourni un accès précoce et précieux aux résultats de l'étude.

Les publications dans MedRxiv ont augmenté de plus de 400% (de 586 pour les 15 dernières semaines de 2019 à 2 572 pour les 15 premières semaines de 2020), tandis que les vues et les téléchargements ont été multipliés par 100.

De nombreuses préimpressions sont cependant mal rapportées. En examinant systématiquement la proportion de cas asymptomatiques de COVID-19, nous avons constaté que les bases de la plupart des études n'étaient pas claires, les cas manquants n'étaient pas documentés et le terme «asymptomatique» n'était pas défini.

Nous avons également identifié des désaccords entre le texte et les tableaux.

Beaucoup de ces problèmes pourraient être corrigés avant la publication complète (ce qui ne suit pas toujours), mais de mauvaises études compliquent l'évaluation et la synthèse de la recherche déjà en cours.

L'accès aux prépublications a également conduit à une dissémination irresponsable car les études erronées sont reprises par les médias. La préimpression de la première étude rapportée de l'hydroxychloroquine le 20 mars 2020 - une étude non randomisée de 46 patients avec des analyses inappropriées6 - a été citée 520 fois, tandis qu'un essai randomisé de plus grande envergure sur l'hydroxychloroquine publié sur MedRxiv le 14 avril ne montrant aucun avantage n'a reçu beaucoup moins d'attention.

L'attention déséquilibrée des médias envers la première étude a déclenché une vague de recherches probablement inutiles ou mal orientées: 135 études sur l'hydroxychloroquine ont été enregistrées sur ClinicalTrials.gov depuis le 20 mars.

Déchets, duplication

Une certaine reproduction des études est importante, mais une duplication inutile des études est un gaspillage.

Le grand nombre d'essais enregistrés évaluant l'hydroxychloroquine en est une illustration, mais des déchets se produisent également dans d'autres types de recherche. Au moins cinq revues systématiques des masques faciaux pour des personnes en ville ont eu lieu en parallèle.

L'infrastructure de recherche existante pour permettre la collaboration et la communication est extrêmement limitée, les fissures du système étant rendues plus apparentes par le rythme et le volume de la recherche sur le COVID-19.

Les registres n'existent pas pour la plupart des types d'études. Lorsqu'il y a une ruée mondiale vers la recherche d'une maladie, un portail centralisé et accessible (hébergé par l'Organisation mondiale de la santé par exemple) de toutes les recherches et synthèses en cours serait inestimable.

Plusieurs collaborations de recherche importantes sont engagées dans la recherche sur le COVID-19. Peut-être plus particulièrement, la Coalition for Epidemic Preparedness Innovations (CEPI), qui disposait déjà de mécanismes de financement et de coordination pour les vaccins, développe et teste huit candidats vaccins en parallèle. De même, l’infrastructure d’essais multicentriques du Royaume-Uni a permis l’essai RECOVERY de quatre traitements sur le COVID-19; il a recruté plus de 9 000 patients dans 173 centres en moins de deux mois.

Mais il y a peu d'exemples de ce type et la coordination de nombreux domaines importants de recherche sur les pandémies a fait défaut. Étant donné e risque qu'un vaccin soit inefficace, partiellement efficace ou retardé, il existe un besoin urgent d'un organisme similaire au CEPI qui pourrait coordonner et soutenir la recherche négligée sur les interventions non médicamenteuses telles que la distanciation, l'hygiène des mains, les masques, le traçage et les modifications de l'environnement, qui ont jusqu'à présent été le seul moyen de contrôle efficace.

Le gaspillage massif dans la recherche qui existe n'est pas nouveau mais a été exacerbé par la ruée vers la recherche inspirée par la pandémie. Bien que la piètre qualité de la recherche sur le COVID-19 doive être examinée immédiatement, d'autres problèmes doivent être résolus à long terme, et certainement avant la prochaine pandémie.

Référence

Waste in COVID-19 research.

BMJ 2020; 369 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.m1847 (Published 12 May 2020)

La propagation silencieuse du COVID-19: des chercheurs de Princeton explorent comment la transmission sans symptômes aide les agents pathogènes à prospérer

« La propagation silencieuse du COVID-19: des chercheurs de Princeton explorent comment la transmission sans symptômes aide les agents pathogènes à prospérer », source communiqué du 12 mai de Princeton University.

La propagation rapide de COVID-19 dans le monde a été alimentée en partie par la capacité du virus à être transmis par des personnes qui ne présentent pas de symptômes d'infection.

Désormais, une étude menée par des chercheurs de Princeton a révélé que cette phase silencieuse de transmission peut être une stratégie évolutive réussie pour des agents pathogènes tels que des virus comme celui qui cause le COVID-19. L'étude a été publiée le 8 mai dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences, «Dynamics in a simple evolutionary-epidemiological model for the evolution of an initial asymptomatic infection stage».

L’étude a examiné les avantages et les inconvénients d’une transmission silencieuse sur la survie à long terme du pathogène. La transmission sans symptômes permet-elle à l'agent pathogène d'infecter un plus grand nombre de personnes? Ou l’absence de symptômes finit-elle par réduire la transmission et réduire la survie à long terme du pathogène?

La réponse pourrait éclairer la façon dont les experts en santé publique planifient les mesures de contrôle telles que les quarantaines, les tests et le traçage des contacts.

« Une étape asymptomatique pour diverses raisons pourrait apporter certains avantages au pathogène », ont dit Bryan Grenfell, Kathryn Briger de Princeton et Sarah Fenton professeur d’Ecology and Evolutionary Biology et affaires publiques à la Woodrow Wilson School. « Avec la crise du COVID-19, l'importance de cette phase asymptomatique est devenue extrêmement pertinente. »

Comme les organismes plus complexes, les virus peuvent évoluer par sélection naturelle. De nouveaux variants sont générées par mutation et si ces changements favorisent la transmission des agents pathogènes, alors cette souche du virus se propagera.

Les espèces dont les stratégies contribuent à leur succès survivront, tandis que les espèces dont les stratégies ne favorisent pas la transmission - comme tuer l'hôte avant que le virus ne puisse transmettre à de nouveaux individus sensibles - finiront par disparaître.

« L'évolution virale implique un compromis entre l'augmentation du taux de transmission et le maintien de l'hôte comme base de transmission », a déclaré Simon Levin, professeur émérite en écologie et biologie évolutive à l'Université S. James McDonnell de Princeton. « Les espèces qui maîtrisent ce compromis plus efficacement que d'autres vont supplanter ces autres dans la population. »

Levin a déclaré qu'il est utile de penser à la maladie du point de vue d'un jeu entre l'agent pathogène et l'hôte. « Ce sont des interactions hôte-parasite », a dit Levin, « et y penser dans une perspective évolutive est quelque chose qui nous intéresse, avec de nombreux autres scientifiques, depuis longtemps. »

Comme le montre la pandémie de COVID-19, une infection silencieuse présente certains avantages à court terme. Cela rend les stratégies de contrôle - telles que l'identification, la quarantaine et le suivi des contacts - difficiles à mettre en œuvre. Les personnes infectieuses qui ne présentent pas de symptômes ont tendance à vivre leur vie, en contact avec de nombreuses personnes sensibles. En revanche, une personne qui développe de la fièvre et de la toux peut être plus susceptible de s'auto-isoler, par exemple en restant à la maison.

Cependant, il y a aussi des inconvénients: les personnes asymptomatiques peuvent générer moins de particules infectieuses et donc moins échapperont à la personne infectée, par exemple lors d’un éternuement violent ou une toux violente. La transmission globale pourrait être réduite au fil du temps.

Les chercheurs ont utilisé la modélisation des maladies pour explorer les compromis entre ces scénarios.

Ils ont entrepris l'étude bien avant l'éclatement du nouveau coronavirus. En fait, l'étudiant diplômé Chadi Saad-Roy a commencé l'étude en mai 2019, initialement pour examiner la grippe, qui présente également une infection asymptomatique importante.

« Je me suis demandé pourquoi la grippe asymptomatique se produirait dans l'évolution », a dit Saad-Roy, « et donc en tant qu'équipe, nous avons formulé un modèle simple pour essayer de comprendre pourquoi l'évolution favoriserait un tel comportement. »

Pour mener la recherche, Saad-Roy a travaillé avec Grenfell, Levin et Ned Wingreen, professeur en sciences de la vie et professeur de biologie moléculaire et le Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics.

Les agents pathogènes peuvent présenter une variété de comportements qui contribuent à leur propagation.

Certains virus, comme le VIH, se propagent avant que les symptômes ne soient identifiés. D'autres virus se transmettent au moment où les symptômes apparaissent.

Par exemple, le virus désormais éradiqué qui a causé la variole avait tendance à générer des symptômes importants au moment où la transmission a commencé.

La plupart des agents pathogènes utilisent probablement une combinaison de stratégies silencieuses et symptomatiques.

Pour étudier l'effet de la transmission sans symptômes, l'équipe a apporté des modifications à un modèle mathématique standard de la façon dont une maladie se propage à travers une population. Le modèle décompose la population en compartiments représentant des individus sensibles, infectés et rétablis.

Dans la version du modèle de l'équipe, les chercheurs ont en outre divisé le compartiment «infecté» en deux stades. Au premier stade infecté, les chercheurs pourraient faire varier le niveau des symptômes afin que certaines personnes ne présentent aucun symptôme, d'autres présentent certains symptômes et d'autres présentent des symptômes importants. Au deuxième stade infecté, les individus sont pleinement symptomatiques. L'équipe s'est concentrée non pas seulement sur l'effet de la variation des symptômes sur la propagation de la maladie, mais aussi sur les conséquences évolutives de la manifestation de niveaux variables de symptômes au premier stade.

L'équipe a découvert que des stratégies efficaces ont émergé lorsque le premier stade de l'infection était complètement asymptomatique, pleinement symptomatique et quelque part entre les deux. Ils ont également constaté que la gamme des symptômes, de l'absence de symptômes aux symptômes maximaux, pouvait être modifiée par de petits changements dans les stratégies de contrôle de la maladie.

L'implication de cette dernière partie de l'analyse est que les stratégies de contrôle des maladies pourraient, sur de longues périodes, influencer la stratégie déployée par un pathogène, et ainsi avoir des impacts sur le cours d'une épidémie.

Saad-Roy a également constaté que le modèle permet d'expliquer de nombreux modèles épidémiologiques utilisés pour comprendre les maladies. « C’est un cadre général pour expliquer un plus large éventail de modèles épidémiologiques », a-t-il dit.

Il a dit qu'il n'était pas surpris que le virus qui cause COVID-19 utilise une propagation asymptomatique. « Sur la base de notre modèle », a-t-il dit, « c'est un point final évolutif naturel pour certaines maladies. »

La recherche a été financée en partie par la Fondation Bill et Melinda Gates, le Department of Homeland Security, le National Institutes of Health, la James S. McDonnell Foundation, le Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada et la National Science Foundation.