Bacillus cereus constitue un risque sous-estimé pour la sécurité des aliments en Afrique, selon une étude

« Une étude révèle que Bacillus cereus constitue un risque sous-estimé pour la sécurité des aliments en Afrique », source Food Safety Magazine.

Une nouvelle étude de synthèse, (Bacillus cereus in African food systems from 2000 to 2025 as an underrecognized foodborne pathogen and emerging public health challenge) publiée dans la revue Discover Public Health (Springer Nature), met en évidence la prévalence de Bacillus cereus au sein des systèmes alimentaires africains, notamment dans les produits de céréales, les produits laitiers et les aliments prêts à consommer vendus dans la rue, ainsi que des lacunes importantes dans la surveillance de ce pathogène d'origine alimentaire sur le continent.

Menée par des chercheurs de l'Institut national de santé publique du Mali et de deux universités béninoises (l'université de Parakou et l'université d'Abomey-Calavi), cette étude a synthétisé les données disponibles sur la contamination par B. cereus, la diversité des gènes toxinogènes et la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les systèmes alimentaires africains, pour la période allant de janvier 2000 à octobre 2025. Bien que couvrant un intervalle de 25 ans, seules dix études répondaient aux critères d'éligibilité fixés par les chercheurs, ce qui souligne la rareté des données à travers les 54 pays africains. Les travaux retenus concernaient dix pays, situés principalement en Afrique de l'Ouest et en Afrique de l'Est.

Des taux élevés de contamination par B. cereus dans les aliments en Afrique

Les études examinées font état de taux de contamination des aliments par B. cereus allant d'environ 15 % à plus de 70 %, selon le type d'aliment et la méthode de détection utilisée.

Certains des taux de contamination les plus élevés ont été observés dans des produits de céréales au Nigeria (71 %), des produits laitiers au Ghana (68 %), du lait fermenté en Tanzanie (55 %) et des aliments vendus dans la rue en Côte d'Ivoire (52 %). Au Burkina Faso, B. cereus a été détecté dans 42 % des céréales pour nourrissons analysées, ce qui soulève des inquiétudes quant à l'exposition des populations vulnérables.

Les chercheurs soulignent qu'un contrôle inadéquat des températures, des infrastructures de réfrigération limitées et un stockage inapproprié des aliments cuits sont des facteurs majeurs favorisant la prolifération de B. cereus. Par ailleurs, la capacité de ce pathogène à former des spores thermorésistantes lui permet de survivre à certains procédés de préparation des aliments.

Identification de gènes liés aux toxines et à la résistance aux antimicrobiens

L’étude a également mis en évidence une présence généralisée de gènes associés à des toxines (à savoir nhe, hbl et cytK) parmi les isolats de B. cereus ; ces gènes sont liés à des maladies diarrhéiques. Le groupe de gènes nhe a été détecté chez 70 à 100 % des isolats examinés. Par ailleurs, le groupe de gènes ces, associé à la production de la toxine émétisante céréulide, a été détecté moins fréquemment, mais était tout de même présent dans certains isolats.

De plus, une résistance aux antibiotiques de la famille des bêta-lactamines, notamment la pénicilline et l’ampicilline, a été régulièrement rapportée. Une multirésistance aux antibiotiques a été observée chez 8 à 22 % des isolats provenant du Ghana, de l’Éthiopie et de l’Afrique du Sud.

Les chercheurs appellent à un renforcement de la surveillance des pathogènes d’origine alimentaire

Les chercheurs ont souligné que la fragmentation des systèmes de surveillance, les capacités limitées des laboratoires et une coordination insuffisante entre les autorités chargées de la sécurité des aliments et celles de la santé publique contribuent probablement à une sous-estimation des maladies d’origine alimentaire causées par B. cereus en Afrique.

Pour combler ces lacunes, les auteurs recommandent de renforcer les capacités des laboratoires, notamment en matière de tests par réaction de polymération en chaîne (PCR) et de séquençage du génome entier (WGS), de normaliser les protocoles de surveillance, d’étendre les actions de sensibilisation à la sécurité des aliments auprès des vendeurs du secteur informel, et de mettre en place une surveillance systématique de la résistance aux antimicrobiens (RAM).

Les chercheurs préconisent également d’intégrer la surveillance de B. cereus aux réseaux existants de suivi des maladies d’origine alimentaire, et d’aligner ces efforts sur la Stratégie de sécurité des aliments 2022-2036 de l’Union africaine (Food Safety Strategy for Africa: 2022 - 2036) ainsi que sur les initiatives relevant de l’approche Une seule santé.