« Le séquençage du génome entier dans le domaine de la sécurité des aliments : obstacles non techniques et opportunités », source article de Martin Wiedmann paru le 19 octobre dans Food Safety Magazine.
Je relaie cet article en Français en précisant qu’il ne contient que l’introduction et le volet sur les principaux avantages du séquençage du génome entier pour l'industrie, qui sont, à mon sens, les éléments les plus importants.
Points essentiels à retenir
- Le séquençage du génome entier (en anglais, WGS, pour Whole Genome Sequencing) est désormais un outil éprouvé et largement utilisé pour caractériser les agents pathogènes d’origine alimentaire, enquêter sur les épidémies, tracer la source d’une contamination et assurer une surveillance réglementaire.
- Les entreprises alimentaires peuvent exploiter le séquençage du génome entier pour renforcer l’analyse des causes profondes, identifier des souches persistantes, détecter des contaminations croisées en laboratoire et mieux délimiter le périmètre des rappels de produits.
- L’incertitude juridique et réglementaire demeure un frein majeur à son adoption par l’industrie, notamment en ce qui concerne le partage des données, les conséquences liées à l’application des réglementations et la responsabilité juridique potentielle.
- Les attentes des autorités réglementaires évoluent ; l’Union européenne impose désormais aux entreprises alimentaire et de l’alimentation animale de fournir, sur demande, des isolats de pathogènes ainsi que les données de séquençage du génome entier correspondantes dans le cadre d’investigations sur des épidémies.
- Les entreprises alimentaires devraient évaluer stratégiquement les risques et les avantages liés à l’utilisation, ou à la non-utilisation, du séquençage du génome entier, en sollicitant l’avis d’experts en sécurité sanitaire des aliments, en droit, en bio-informatique et en gestion des risques d’entreprise.
Le séquençage du génome entier, qui permet de lire le code génétique complet d’un micro-organisme, est devenu un outil incontournable de la sécurité des aliments moderne. En décodant les quelque 3 à 10 millions de ‘lettres’ (nucléotides) qui constituent le génome de différentes bactéries, le séquençage du génome entier génère une empreinte génétique extrêmement précise. Celle-ci permet de déterminer si deux isolats bactériens (comme Listeria monocytogenes ou Salmonella) sont si étroitement apparentés qu’ils proviennent probablement de la même source et/ou témoignent d’une chaîne de contamination récente.
Si le séquençage du génome entier offre un pouvoir discriminant élevé, ses données ne suffisent pas, à elles seules, à établir un lien de causalité. Toutefois, lorsqu’elles sont combinées à d’autres éléments (données épidémiologiques et résultats d’investigations, par exemple), elles fournissent des informations précieuses pour identifier les sources probables d’agents pathogènes ou leurs voies de transmission. Ces éléments permettent ensuite d’identifier, de maîtriser et, potentiellement, d’éliminer les sources de contamination (par exemple, des ingrédients contaminés).
Depuis que le CDC des États-Unis ont, pour la première fois en 2013, utilisé le séquençage du génome entier dans le cadre d’une épidémie d’origine alimentaire, cette technologie a transformé les pratiques de santé publique. Elle constitue désormais la norme de référence pour la caractérisation des isolats cliniques des principaux agents pathogènes d’origine alimentaire, aux États-Unis, au Canada et dans une grande partie de l’Europe. La base de données Pathogen Detection du National Center for Biotechnology Information contient des données de séquençage du génome entier relatives à plus d’un million d’isolats d’agents pathogènes provenant d’êtres humains, de denrées alimentaires et de divers environnements à travers le monde. Outre la détection des épidémies, les organismes publics utilisent de plus en plus les données du séquençage du génome entier pour établir un lien entre des épisodes de contamination et des sources spécifiques, et pour orienter les mesures d’application de la réglementation.
Pour les responsables de la sécurité des aliments (par exemple, les vice-présidents, les directeurs qualité et les cadres chargés du management des risques en entreprise), les implications liées à une utilisation accrue du séquençage du génome entier et à la disponibilité de cette technologie sont considérables. Le séquençage du génome entier n’est plus une simple technologie de recherche en cours d’évaluation pour un usage futur potentiel ; il s’agit désormais d’un outil largement déployé par les agences de santé publique et les autorités réglementaires dans un nombre croissant de pays. Il fournit des données qui augmentent la probabilité d’identifier un produit, un fournisseur et/ou une installation de transformation spécifique comme étant à l’origine d’une épidémie. Par conséquent, prendre des décisions stratégiques, réfléchies et éclairées concernant l’utilisation du séquençage du génome entier (ou d’autres méthodes de sous-typage) devient rapidement un enjeu majeur pour les responsables de la sécurité des aliments.
Cet article dresse un état des lieux de l’adoption du séquençage du génome entier, examine les risques et les avantages liés à son utilisation par le secteur, identifie les obstacles non techniques qui freinent encore son déploiement, et propose des recommandations pour aider les professionnels de la sécurité des aliments et leurs organisations à appréhender ce paysage en constante évolution. Notre thèse centrale est que le séquençage du génome entier est une technologie mature et fiable, capable d’apporter une valeur ajoutée significative à l’industrie alimentaire. Les questions essentielles à aborder dès maintenant sont les suivantes : comment évaluer correctement les risques et les avantages des différentes applications et modalités de déploiement du séquençage du génome entier, afin de décider stratégiquement de son utilisation (ou de sa non-utilisation) ? Comment, par ailleurs, minimiser les risques tout en maximisant les bénéfices liés à son emploi ? Un défi majeur pour l’ensemble de la communauté œuvrant dans le domaine de la sécurité des aliments consiste à élaborer et à mettre en œuvre des stratégies garantissant que le cadre juridique et réglementaire permette une adoption plus large du séquençage du génome entier.
Les lecteurs souhaitant approfondir le sujet peuvent également consulter un article plus détaillé, soumis à un comité de lecture et publié dans la revue Food Protection Trends en début de l’année 2026 ; l’élaboration de cet article a bénéficié du soutien de l’organisation SSAFE, ce qui souligne, s’il en était besoin, l’importance capitale de cette thématique.
Principaux avantages du séquençage du génome entier pour l'industrie
Détection des épidémies et enquête plus rapide. L'utilisation du séquençage du génome entier en santé publique pour détecter les épidémies de maladies d'origine alimentaire est l'application la plus connue, et ses avantages profitent directement à l'industrie. Le séquençage du génome entier permet aux agences de santé publique de détecter des épidémies de plus petite ampleur et s'étalant sur des périodes plus longues qu'auparavant. Une détection plus précoce signifie moins de cas humains et peut se traduire par des rappels de produits potentiellement plus restreints, ainsi que par une réduction des risques juridiques, financiers et d'atteinte à la réputation pour l'entreprise concernée.
Rapidité et précision du traçage des sources. La caractérisation par séquençage du génome entier d'isolats provenant de multiples maillons de la chaîne d'approvisionnement (ingrédients de différents fournisseurs, zones environnementales d'usines de transformation et produits finis) permet d'établir ou d'exclure rapidement les liens de contamination, ce qui nécessiterait autrement des semaines d'investigation traditionnelle. Par exemple, une étude a démontré que le séquençage du génome entier surpasse largement le sous-typage traditionnel pour distinguer les souches persistantes des souches transitoires de Listeria monocytogenes .
Des travaux ultérieurs sur des isolats provenant d'usines de conditionnement de produits frais ont illustré plus en détail comment les données séquençage du génome entier, en particulier si elles sont partagées entre les installations, peuvent faciliter la différenciation entre la persistance et la réintroduction de la bactérie.
Détection et gestion des souches persistantes. La surveillance environnementale basée sur le séquençage du génome entier (séquençage du génome entier) permet d'identifier la récurrence d'un même sous-type de pathogène au fil du temps dans une installation, un schéma caractéristique de la persistance du pathogène. L'enquête menée en 2024 auprès de 18 entreprises alimentaires, mentionnée précédemment, a confirmé que 62 % des entreprises ayant répondu utilisent désormais le séquençage du génome entier pour distinguer les souches persistantes des souches transitoires, une pratique ayant des implications opérationnelles directes. Une fois la persistance identifiée et localisée à des équipements ou des zones environnementales spécifiques, les entreprises peuvent cibler précisément leurs investissements et leurs améliorations en matière de nettoyage-désinfection, plutôt que d'appliquer des interventions générales et moins rentables à l'ensemble de l'installation.
Détection des contaminations croisées en laboratoire. Les faux positifs aux essais de dépistage d'agents pathogènes, dus à des contaminations croisées en laboratoire, peuvent entraîner des rappels de produits, des mesures réglementaires et des ruptures de la chaîne d'approvisionnement, avec des conséquences financières majeures. Le séquençage du génome entier permet d'identifier ces faux positifs en démontrant qu'un isolat provenant d'un échantillon positif est génétiquement identique à une souche de contrôle du laboratoire, et non le résultat d'une véritable contamination environnementale ou du produit. Au moins un important rappel de produits en Amérique du Nord a été annulé après que le séquençage du génome entier a démontré de manière concluante que l'erreur de laboratoire, et non une contamination du produit, était à l'origine de la mesure initiale. Le coût financier et réputationnel d'un rappel injustifié justifie à lui seul l'investissement dans le séquençage du génome entier .
Caractérisation rapide et complète des isolats. Le séquençage du génome entier permet d'obtenir simultanément, en une seule analyse, le sérotype, le profil de résistance aux antimicrobiens, le contenu en gènes de virulence et les données de sous-type, remplaçant ainsi plusieurs méthodes traditionnelles réalisées séquentiellement. Cette richesse d'informations favorise une prise de décision plus éclairée, fondée sur l'analyse des risques. Par exemple, la caractérisation par séquençage du génome entier peut révéler si un pathogène détecté appartient à une lignée associée à un risque accru ou réduit de maladie chez l'humain, permettant ainsi une réponse réglementaire et commerciale plus ciblée, plutôt qu'une action préventive systématique et automatique.
Confirmation des résultats de détection ambigus. Le séquençage du génome entier permet de résoudre les identifications ambiguës et, par exemple, de distinguer les véritables agents pathogènes des organismes non pathogènes apparentés susceptibles de générer des faux positifs avec les tests de détection classiques et rapides. Une confirmation plus rapide et définitive peut réduire la période d'incertitude durant laquelle des mises en quarantaine préventives coûteuses sont nécessaires et peut parfois permettre d'éviter les rappels ou la destruction de produits.
Analyse des causes profondes . Le séquençage du génome entier peut s'avérer un outil efficace pour l'analyse des causes profondes. Par exemple, lorsqu'un pathogène est détecté dans un établissement (par exemple, dans un prélèvement environnemental, un ingrédient ou un produit fini), le séquençage du génome entier de l'isolat permet de déterminer rapidement s'il correspond à des isolats antérieurs provenant du même établissement, d'une zone environnementale spécifique ou d'un fournisseur. Cette information oriente l'enquête et guide les mesures correctives, réduisant ainsi le temps et le coût d'identification des sources de contamination. De plus, le séquençage du génome entier peut contribuer à écarter certaines hypothèses de contamination, par exemple en établissant qu'un résultat positif sur un produit fini ne correspond pas aux isolats environnementaux.
Ciblage plus précis des rappels. Dans certains cas, les données séquençage du génome entier peuvent aider l'industrie à mieux définir et justifier le périmètre d'un rappel. Une analyse détaillée de ces données, combinée à d'autres informations telles que les registres de production, les données épidémiologiques et le calendrier des interventions sanitaires, permet de déterminer quels lots, lignes ou dates de production sont susceptibles d'être concernés. Plus précisément, les organismes chargés de la réglementation pourraient exiger de plus en plus de données séquençage du génome entier (ou d'autres techniques de sous-typage) pour démontrer que deux résultats positifs à un pathogène (par exemple, obtenus à partir d'échantillons environnementaux prélevés dans une installation, avec plusieurs mois d'intervalle entre les deux résultats) représentent vraisemblablement des événements indépendants plutôt qu'une persistance. L'incapacité à exclure une persistance peut souvent entraîner des rappels plus importants et plus coûteux.
Tableau 1. Principales applications du séquençage du génome entier et leurs avantages pour les acteurs de l'industrie alimentaire ( Crédit : Adapté de Wiedmann et Neumann)
Suivi de la source |
La caractérisation séquençage du génome entier des isolats provenant de plusieurs maillons de la chaîne d'approvisionnement (ingrédients, environnements de transformation, produits finis) peut aider à identifier ou à exclure les sources de contamination. |
Une identification plus rapide et précise des sources de contamination permet une action corrective ciblée. Bénéficiaires : l’industrie alimentaire. |
Détection de persistance |
Le séquençage du génome entier (séquençage du génome entier) d'isolats environnementaux suivis au fil du temps identifie des souches récurrentes compatibles avec la persistance d'agents pathogènes dans une installation de traitement. |
Permet des investissements ciblés et des améliorations en matière d'assainissement sur les sites de contamination persistante, plutôt que des interventions générales à l'échelle de l'établissement. Bénéficiaires : l'industrie alimentaire. |
Détection de la contamination croisée en laboratoire |
Le séquençage du génome entier (séquençage du génome entier) permet de distinguer les véritables positifs aux agents pathogènes des faux positifs causés par une contamination croisée en laboratoire lors du traitement des échantillons. |
Permet d'éviter les rappels de produits et les mesures réglementaires coûteux et injustifiés. Bénéficiaires : industrie alimentaire, laboratoires d'analyse. |
Caractérisation complète de l'isolat |
Le séquençage du génome entier fournit simultanément, en une seule analyse, le sérotype, le profil de résistance aux antimicrobiens, le contenu en gènes de virulence et les données de sous-type. |
Une caractérisation plus rapide et plus complète peut faciliter la prise de décision fondée sur les risques. Bénéficiaires : industrie alimentaire, agences de santé publique. |
Confirmation des résultats de détection |
Le séquençage du génome entier peut résoudre les résultats de détection ambigus et permettre de différencier les véritables agents pathogènes des organismes non pathogènes étroitement apparentés qui peuvent déclencher des faux positifs avec les essais de pathogènes pathogènes. classiques et moléculaires. |
Un règlement plus rapide réduit la durée des mesures préventives coûteuses. Bénéficiaires : industrie alimentaire, organismes de réglementation, laboratoires d’analyse. |
Analyse des causes profondes |
Les données séquençage du génome entier provenant d'isolats environnementaux, d'ingrédients et de produits peuvent cibler les enquêtes sur la contamination et aider à confirmer ou à infirmer les hypothèses de contamination. |
Réduit les délais et les coûts d'enquête ; prévient les rappels de produits inutiles en établissant ou en excluant les liens de contamination. Bénéficiaires : industrie alimentaire. |
Obstacles non techniques à l’adoption par l’industrie, aux États-Unis et dans le monde
Incertitude juridique. L’obstacle à l’adoption le plus souvent cité, et le plus marquant, est le risque juridique. Dans l’enquête de 2024, 81 % des répondants ont indiqué que les implications réglementaires influeraient sur leurs pratiques en matière de séquençage du génome entier ; l’incertitude juridique constitue également un frein majeur au partage de données avec les organismes chargés de la réglementation. Une préoccupation concerne le fait que les données du séquençage du génome entier déposées dans des bases de données publiques, telles que la base de données Pathogen Detection du NCBI, demeurent accessibles en permanence aux autorités réglementaires, aux avocats des parties plaignantes, aux concurrents, aux clients et aux médias, sans aucune prescription. Il existe également une crainte que les données générées par une entreprise pour ses besoins internes ne soient utilisées dans le cadre de procédures judiciaires, d’une manière non prévue ni autorisée par l’entreprise à l’origine de ces données. Enfin, les principes de responsabilité du fait des produits et de responsabilité objective (ou de responsabilité sans faute), en vigueur tant aux États-Unis qu’au sein de l’Union européenne, font peser un risque réel : les preuves issues du séquençage du génome entier, attestant d’une contamination persistante par des agents pathogènes, pourraient accroître considérablement l’exposition juridique d’une entreprise en cas d’épidémie.
Ambiguïté réglementaire. Il existe actuellement peu de directives transparentes et publiées, émanant des autorités réglementaires, précisant la manière dont les données du séquençage du génome entier seront utilisées et/ou prises en compte dans les décisions d’application de la réglementation. L’interprétation des mesures de similarité issues du séquençage du génome entier (par exemple, ce qui constitue une ‘correspondance’), y compris la manière dont sont interprétées les différences au niveau des polymorphismes nucléotidiques simples (ou SNP pour single nucleotide polymorphism) ou des allèles entre différents isolats, dépend étroitement du contexte. Parmi les facteurs pertinents, on peut citer le temps de génération de l'organisme, l'environnement dans lequel les isolats ont été prélevés, ainsi que la qualité des données épidémiologiques et autres métadonnées associées. Bien qu'il existe un consensus clair sur l'impossibilité d'établir des seuils rigides pour interpréter les différences au niveau des SNP et des allèles, il est nécessaire de disposer de directives d'interprétation précises et d'études de cas illustrant la manière dont le séquençage du génome entier et d'autres données sont combinés pour tirer des conclusions sur les liens de causalité. En l'absence de telles informations, les entreprises ne peuvent évaluer avec certitude la valeur probante de leurs propres données du séquençage du génome entier, dans l'éventualité où celles-ci seraient consultées par une autorité chatgée de la réglementation ou une partie adverse.
Les risques et les avantages varient selon la juridiction. Le cadre juridique et réglementaire régissant l'utilisation du séquençage du génome entier diffère considérablement d'un pays à l'autre, voire entre différentes autorités réglementaires au sein d'un même pays (par exemple, l'USDA et la FDA aux États-Unis). Les lois sur la protection des données applicables aux données du séquençage du génome entier, les obligations de déclaration, le degré d'ouverture des bases de données nationales sur le séquençage du génome entier, ainsi que les principes de responsabilité du fait des produits, varient d'une juridiction à l'autre. Une entreprise alimentaire opérant à l'échelle mondiale doit naviguer dans ce paysage fragmenté, en l'absence de directives unifiées. Ce défi est particulièrement marqué pour les petites et moyennes entreprises, qui disposent de ressources juridiques et techniques limitées.
Lacunes en matière de personnel et d'organisation. L'interprétation des données du séquençage du génome entier exige une expertise spécialisée en bio-informatique, une compétence rare dans la plupart des entreprises alimentaires. Dans l'enquête de 2024, 31 % des répondants ont indiqué ignorer quelles plateformes bio-informatiques étaient utilisées par leur organisation, ce qui suggère que l'analyse par séquençage du génome entier est souvent isolée des processus décisionnels courants en matière de sécurité sanitaire des aliments. Même lorsque l'expertise technique est présente, elle n'est pas toujours intégrée aux cadres de management des risques de l'entreprise ; les décisions liées au séquençage du génome entier (y compris celles concernant sa mise en œuvre) se retrouvent alors dépourvues du contexte opérationnel nécessaire aux décideurs de haut niveau, qui doivent pourtant évaluer l'ensemble des risques et des avantages en jeu.
Coût. Bien que le coût du séquençage ait diminué au fil des ans, le séquençage du génome entier demeure onéreux par rapport à d'autres outils de sous-typage. L'investissement supplémentaire peut se justifier au regard des avantages qu'offre le séquençage du génome entier par rapport à d'autres méthodes. Toutefois, certaines entreprises estiment que le ’coût d'opportunité‘, c'est-à-dire la valeur des autres investissements en matière de sécurité des aliments qui pourraient être réalisés avec les mêmes ressources, demeure trop élevé. Ces arbitrages sont souvent évalués dans le cadre du management des risques à l’échelle de l’entreprise et peuvent influencer les budgets ainsi que les priorités en matière d’essais.
Recommandations pour l'avenir
Mettre en place des mécanismes de protection pour les données de séquençage du génome entier partagées volontairement. Un changement de politique potentiellement important consisterait à créer des mécanismes de protection protégeant les entreprises de toute action juridique ou réglementaire défavorable lorsqu'elles génèrent et partagent volontairement et de bonne foi des données du séquençage du génome entier. Un modèle convaincant existe dans le domaine de la sécurité aérienne : le système de signalement de la sécurité aérienne (ASRS) de la Federal Aviation Administration américaine garantit que les données de sécurité signalées volontairement ne seront pas utilisées contre les déclarants lors de procédures d'application de la loi, sous réserve de conditions définies et raisonnables. Un mécanisme de protection comparable en matière de sécurité des aliments, avec des protections raisonnables mais non illimitées, pourrait fondamentalement modifier l'évaluation des risques et des avantages liés à l'adoption du séquençage du génome entier par l'industrie, sans compromettre l'autorité réglementaire légitime dans les situations d'application de la loi.
Favoriser des discussions approfondies sur les risques et les avantages au sein de l'industrie. Les entreprises alimentaires devraient mener des analyses structurées avec leurs conseillers juridiques, des experts en bio-informatique et les responsables de la sécurité des aliments afin d'évaluer les risques et les avantages des différents niveaux et types de mise en œuvre du séquençage du génome entier, par exemple, son utilisation uniquement sur les résultats positifs des produits finis, ou sur les résultats positifs des produits finis et de l'environnement. Les questions clés abordées pourraient inclure :
- Comment les résultats du séquençage du génome entier seront-ils stockés, protégés et communiqués en interne ?
- Dans quelles circonstances les résultats pourraient-ils être accessibles à des tiers ?
- Quelles sont les obligations de déclaration applicables dans chaque juridiction ?
Il est essentiel que ces discussions évaluent rigoureusement les avantages de l'utilisation du séquençage du génome entier (avec le tableau 1 fournissant un point de départ à cet effet), ainsi que les risques liés à sa non-utilisation. Parmi les risques associés à la non-utilisation du séquençage du génome entier, on peut citer des mesures correctives moins ciblées ou moins efficaces, ou l'incapacité de démontrer que des détections de pathogènes espacées dans le temps représentent des événements indépendants plutôt qu'une persistance.
Renforcer l'utilisation internationale sans compromettre les capacités fondamentales. Une harmonisation internationale continue des normes de données, des pratiques de déclaration et des règles d'accès aux bases de données de séquençage du génome entier réduirait l'incertitude pour les entreprises opérant à l'échelle mondiale et améliorerait la valeur des données partagées pour la santé publique. Toutefois, cette expansion ne doit pas se faire au détriment des infrastructures fondamentales de la santé publique et de la sécurité des aliments. Le séquençage du génome entier exige des données épidémiologiques et de surveillance rigoureuses, ainsi que des métadonnées ; investir dans le séquençage du génome entier sans investir proportionnellement dans la santé publique et la sécurité des aliments pourrait s’avérer contre-productif. Même dans les pays dotés de programmes de séquençage du génome entier performants, le maintien de capacités épidémiologiques adéquates demeure une priorité.
Assurer la transparence réglementaire quant à l’interprétation des données. Les organismes chargés de la réglementation et de la santé publique devraient publier des directives claires et accessibles sur la manière dont les données de séquençage du génome entier sont utilisées et interprétées dans le cadre des décisions d’application de la réglementation. Ces directives devraient inclure des études de cas illustrant comment les SNP ou d’autres mesures de différences génétiques, les données épidémiologiques et d’autres informations sont intégrés pour tirer des conclusions sur l’attribution des épidémies ou la persistance des pathogènes. Cette transparence est essentielle pour permettre à l’industrie de prendre des décisions éclairées quant à l’adoption de ces technologies et de contester les interprétations réglementaires lorsque cela est justifié.
Considérer l’ensemble des outils de sous-typage. Le séquençage du génome entier n’est pas la seule approche de sous-typage moléculaire. Les entreprises évoluant dans des environnements à haut risque juridique doivent savoir que d'autres méthodes de sous-typage (telles que l'électrophorèse en champ pulsé ou PFGE) peuvent fournir des informations utiles dans certains contextes, à moindre coût, avec des délais d'exécution plus courts et probablement avec un risque juridique et réglementaire plus faible. Bien qu'aucune des alternatives disponibles n'égale le séquençage du génome entier en termes de pouvoir discriminant, d'étendue des informations ou de valeur analytique pour les enquêtes complexes sur la contamination, elles peuvent s'avérer utiles pour certaines applications et être combinées à un recours ciblé au séquençage du génome entier.
Conclusion
- Comment évaluer stratégiquement les risques et les avantages du séquençage du génome entier dans le contexte juridique et réglementaire actuel ?
- Comment utiliser le SGE compte tenu des risques actuels?
Les obstacles à une adoption plus large par l'industrie sont réels, mais pas insurmontables. L'incertitude juridique, l'ambiguïté réglementaire et les pénuries de main-d'œuvre sont des problèmes surmontables, moyennant une volonté politique, une transparence réglementaire et des investissements soutenus. Les outils et les cadres permettant de surmonter ces obstacles existent en grande partie ; ce qui fait défaut, c’est une réelle volonté de les mettre en œuvre, idéalement par le biais d’une véritable collaboration public-privé, un modèle qui a permis d’améliorer la sécurité dans d’autres secteurs complexes et réglementés, comme celui de l’aviation. Il est crucial de comprendre qu’un risque nul en matière de sécurité des aliments est inatteignable, voire indésirable ; l’objectif devrait être d’utiliser le séquençage du génome entier pour favoriser une amélioration continue.
Les exigences réglementaires concernant l’utilisation du séquençage du génome entier par les entreprises alimentaires se renforcent. Le règlement (UE) 2025/179 constitue la première obligation légale contraignante imposant la transmission de données issues du séquençage du génome entier dans des situations bien définies, tandis que les recommandations de la FDA encouragent de plus en plus le recours au séquençage du génome entier en cas de détection d’agents pathogènes. Dans plusieurs pays, le séquençage du génome entier est désormais solidement intégré aux infrastructures de réglementation et de surveillance auxquelles les entreprises agroalimentaires sont soumises. À mesure que le séquençage du génome entier occupe une place croissante dans les pratiques réglementaires, les entreprises doivent évaluer avec plus de rigueur les risques et les avantages liés à son utilisation, ou à celle d’autres méthodes de sous-typage. Négliger cette évaluation pourrait entraîner des préjudices croissants sur le plan opérationnel, juridique et en termes d’image.
À notre avis, l’industrie alimentaire devrait également prendre très au sérieux une nouvelle problématique en matière de responsabilité : la possibilité que, dans le cadre de futures procédures judiciaires ou réglementaires, le fait de ne pas utiliser les meilleurs outils de sous-typage moléculaire disponibles soit considéré, en soi, comme une forme de négligence. À mesure que le séquençage du génome entier s’impose comme la référence absolue pour la caractérisation et l’identification des agents pathogènes, l’argument selon lequel une entreprise « n’a pas utilisé les meilleurs outils disponibles » pour identifier, caractériser et gérer des risques de contamination connus pourrait peser de plus en plus lourd, tant dans les procédures réglementaires que dans les litiges civils. Il est donc essentiel, dès aujourd’hui, de définir une approche du séquençage du génome entier et du sous-typage qui soit juridiquement solide et bien encadrée, avant que les exigences réglementaires ou les contentieux n’en imposent, de fait, les modalités d’utilisation.
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