La petite tomate cerise de Sicile et Salmonella en europe, ça dure depuis trois ans !

L’alerte des tomates cerises continue de se propager au-delà des frontières siciliennes, tandis qu’à Piana di Gela (plaine de Gela en Sicile), les contrôles s’intensifient pour identifier la source possible de la contamination à la salmonelle d’un lot de tomates cerises produites par une entreprise locale et retirées du marché à la demande du ministère de la Santé. Source.

Depuis le début de l'affaire il y a un mois, elle a pris une dimension nationale. En Émilie-Romagne , le président de la région a signé un arrêté interdisant la consommation de tomates datterini et de tomates cerises crues dans les cantines scolaires et les hôpitaux . Cette précaution est également motivée par des cas de salmonellose liés à la consommation de tomates recensés dans cette région ces deux dernières années. Parallèlement, dans la région de Gela, les investigations se poursuivent sur plusieurs fronts afin de reconstituer la chaîne de contamination et de vérifier l'état de l'environnement des zones touchées.

Une épidémie récurrente à Salmonella Strathcona, liée à des tomates, se poursuit en Europe avec plus de 160 cas signalés en 2026. Source.

Au 9 octobre 2026, dix pays de l'UE/EEE avaient rapporté plus de 160 nouveaux cas liés à cette épidémie à Salmonella Strathcona ST2559 en 2026. Les pays concernés sont l'Autriche, le Danemark, la France, l'Allemagne, l'Irlande, l'Italie, le Luxembourg, les Pays-Bas, la Norvège et la Suède. Pour la plupart des cas, l'apparition des symptômes ou le prélèvement des échantillons ont eu lieu entre juillet et septembre 2026. Environ 100 cas supplémentaires étaient en attente de séquençage afin de déterminer s'ils appartenaient bien à ce foyer épidémique.

L'ampleur du phénomène dépasse le cadre d'une seule saison : l'épidémie de Salmonella Strathcona s'étend désormais sur trois ans. Environ 670 cas confirmés ayant été recensés entre 2023 et 2025, il s'agit d'une épidémie prolongée touchant plusieurs pays. Les enquêteurs ont identifié des petites tomates siciliennes comme source probable. L'Allemagne a signalé huit cas et le Luxembourg trois ; dans ces deux pays, toutes les personnes interrogées ayant contracté l'infection avaient consommé des tomates cerises.

Ce problème n'est pas nouveau. La souche a été associée pour la première fois à une importante épidémie au Danemark en 2011, impliquant des tomates de type datterino originaires de Sicile ; elle a resurgi à maintes reprises depuis. Une évaluation conjointe, menée en 2025 par l‘ECDC et l'EFSA, avait recensé des cas dans plus d'une douzaine de pays, l'Italie, l'Allemagne, l'Autriche, le Royaume-Uni et la France figurant parmi les plus touchés. Ce rapport préconisait également des investigations pour déterminer comment la bactérie pénètre dans la chaîne d'approvisionnement, notamment par des contrôles de l'eau d'irrigation et de l'environnement de culture.

Cette question relève autant de l'agriculture que de la santé publique. Les produits frais transitent rapidement des producteurs siciliens vers les grossistes, puis vers les supermarchés et les cuisines professionnelles à travers tout le continent. Un lot contaminé peut atteindre plusieurs pays en quelques jours ; au moment où les premiers cas sont identifiés, le produit a souvent déjà été consommé. L'épidémie à Salmonella Strathcona met donc à l'épreuve les systèmes de traçabilité qui relient les exploitations agricoles aux assiettes des consommateurs.

Pour les producteurs, les enjeux sont à la fois sanitaires et liés à leur réputation. Des producteurs respectant les bonnes pratiques peuvent se retrouver impliqués dans une alerte liée à une épidémie à Salmonella Strathcona ; par le passé, le secteur de la tomate a d’ailleurs remis en question ce lien. Disposer de preuves claires quant au point d’entrée de la contamination permettrait de protéger les producteurs consciencieux et de cibler les contrôles réglementaires là où ils sont réellement nécessaires.

Plusieurs outils sont disponibles. Les États membres peuvent intensifier l’échantillonnage des tomates et de l’eau d’irrigation, partager les données de séquençage du génome entier via le système européen, et exiger des contrôles d’hygiène plus rigoureux sur les sites de conditionnement. La Commission peut, quant à elle, coordonner les alertes rapides afin que les distributeurs retirent promptement les lots concernés.

Rien de tout cela n’est nouveau, mais les chiffres montrent que la réponse actuelle n’a pas permis de mettre fin à l’épidémie à Salmonella Strathcona. Tant que les enquêteurs n’auront pas identifié l’origine de la contamination, cette épidémie restera un test grandeur nature de l’efficacité des contrôles tout au long de la chaîne alimentaire européenne.

L'ECDC a fait état de plus de 800 cas confirmés associés à cette épidémie récurrente entre janvier 2023 et septembre 2026. Des isolats génétiquement très proches ont été identifiés dans le cadre d’épidémies européennes depuis 2011. Des enquêtes antérieures ont, à plusieurs reprises, mis en cause des tomates de petit calibre en provenance de Sicile (Italie).

Les preuves microbiologiques incluent la détection de la souche épidémique dans l’eau d’irrigation sur un site de production de tomates en Sicile, confirmée par la suite par séquençage sur des tomates cerises expédiées d’Italie vers l’Autriche. Les investigations concernant les cas survenus en 2026 sont toujours en cours. Tous les patients interrogés en Allemagne et au Luxembourg, respectivement huit et trois personnes, ont déclaré avoir consommé des tomates cerises ; une consommation de tomates a également été rapportée parmi les cas identifiés en Italie.

L’enquête menée en Allemagne pour la période 2025-2026 a recensé 116 cas, dont 100 confirmés et 16 probables, avec une apparition des symptômes entre juin 2025 et mars 2026. Ces cas ont été signalés dans 13 Länder, principalement entre août et décembre 2025, avec un pic observé entre le 20 et le 26 octobre 2025. L’âge médian des personnes touchées était de 39 ans, avec une fourchette allant de moins d’un an à 87 ans. Sur les 91 patients pour lesquels des informations sur une éventuelle hospitalisation étaient disponibles, 24 (soit 26 %) ont été hospitalisés en raison de salmonellose. Parmi les cas recensés en Allemagne au cours de cette saison, des informations sur le pays d’exposition étaient disponibles pour 80 patients. Sur ce nombre, 48 ont été exposés en Allemagne et 32 à l’étranger, dont 27 en Italie. Par ailleurs, l’Institut Robert Koch (RKI) a fait état de 39 cas associés à la résurgence de l’épidémie depuis juin 2026, au 16 septembre 2026.

Analyse épidémiologique et impact sur la santé publique

La grande proximité génétique des isolats observés au fil des saisons, associée à la détection de la souche épidémique dans des tomates et dans l’eau d’irrigation, suggère l’existence d’une source de contamination persistante ou récurrente liée à l’environnement de production. Ces résultats désignent l’eau d’irrigation comme une voie de contamination possible, bien que la source initiale et les mécanismes à l’origine de cette récurrence ne soient pas encore totalement élucidés.

La survenue de cas liés à des voyages, ainsi que de cas sans antécédent de voyage, concorde avec une exposition tant en Italie que par le biais de produits contaminés distribués dans d'autres pays. Des investigations épidémiologiques et des travaux de traçabilité supplémentaires sont nécessaires pour déterminer si les petites tomates sont à l'origine des nouvelles infections signalées dans tous les pays touchés et si d'autres denrées alimentaires sont impliquées.

Les résultats concernant la consommation alimentaire étayent l'enquête, mais doivent être interprétés à la lumière des preuves microbiologiques et des données de traçabilité. Dans le cadre de l'investigation menée en Allemagne pour la période 2025-2026, seuls 30 des 116 patients ont été interrogés sur leur consommation alimentaire. Le taux de participation limité, le risque de biais de mémorisation et la fréquence élevée de la consommation de tomates au sein de la population générale restreignent la portée des conclusions fondées uniquement sur ces entretiens.

Les hospitalisations signalées en lien avec la salmonellose témoignent de la sévérité clinique de la maladie chez les patients touchés. Le taux d'hospitalisation concerne les cas allemands pour lesquels des informations étaient disponibles durant la saison 2025-2026 ; il ne saurait être généralisé à l'ensemble de l’épidémie dans plusieurs pays, ni aux cas survenus en 2026.

Analyse comparative et perspectives

Le précédent rapport BEACON, daté du 7 septembre 2026, décrivait l’épidémie dans plusieurs pays en cours et son lien avec des petites tomates provenant de Sicile (Italie). Des investigations ultérieures ont renforcé ce lien grâce à la détection de la souche responsable de l’épidémie dans des tomates cerises expédiées d'Italie vers l'Autriche. Les cas signalés en 2026 confirment la persistance de cette maladie liée à la flambée sur une nouvelle saison.

Le caractère saisonnier récurrent suggère une exposition qui varie au fil de l'année, bien que les données disponibles ne permettent pas de préciser la part respective de la récolte, des volumes d'exportation, de la consommation ou des températures. Le pic observé plus tardivement en Allemagne, en octobre 2025, ainsi que les cas sporadiques survenus début 2026, indiquent par ailleurs que la transmission ne se limite pas à la période estivale.

L'ECDC estime que de nouvelles infections restent possibles tant que des produits contaminés continuent d'être distribués, et que de futures éclosions saisonnières sont probables tant que la source de contamination n'aura pas été identifiée et que des mesures de maîtrise n'auront pas été mises en œuvre. Le partage coordonné d'informations épidémiologiques et de données de séquençage du génome entier via la plateforme EpiPulse, complété par des enquêtes sur les denrées alimentaires et l'environnement, ainsi que par des notifications transmises par le biais du RASFF, demeure essentiel pour identifier les cas liés entre eux et orienter les mesures de maîtrise.