A propos de la résistance aux antibiotiques chez les animaux, selon l'Anses

Dans un document du 18 novembre 2021, sur la résistance aux antibiotiques chez les animaux : quelles sont les principales conclusions pour 2020 ?, l’Anses indique les faits suivants:

L’exposition globale des animaux aux antibiotiques a légèrement diminué par rapport à 2019, ce qui est dans la continuité de la tendance observée depuis le début du suivi. L’exposition à la colistine, un antibiotique utilisé fréquemment en médecine vétérinaire et réservé aux cas sévères en médecine humaine a diminué de 66% par rapport au niveau de référence de 2014-2015 pour les filières bovine, porcine et avicole.

Les tendances de l’évolution de l’antibiorésistance restent favorables, avec une diminution ou une stabilité de la résistance à la plupart des antibiotiques, notamment ceux d’importance critique pour l’Homme (céphalosporines et fluoroquinolones), pour lesquels la conservation de leur efficacité est essentielle en médecine humaine. Néanmoins, nous avons relevé un point de vigilance chez les chiens, les chats et les chevaux, avec une tendance inverse depuis deux ans vis-à-vis de certains antibiotiques.

Globalement, les tendances vont également vers une réduction de la résistance. Les salmonelles conservent leur sensibilité aux antibiotiques d’importance critique pour la santé humaine. De même, la sensibilité des campylobacters aux macrolides, qui sont des antibiotiques de premier choix dans le traitement des campylobactérioses chez l’Homme, est conservée. La proportion de souches E. coli (qui est une espèce indicatrice de la diffusion de l’antibiorésistance) sensibles à tous les antibiotiques testés est en augmentation dans toutes les populations animales surveillées, à l’exception du porc. Enfin, la prévalence des E. coli résistants aux céphalosporines est en diminution constante dans toutes les situations et les espèces animales surveillées.

Dans un autre document de l’Anses, mis à jour le 18 novembre 2021, La résistance aux antibiotiques, une problématique majeure pour les animaux et les humains, il est indiqué:

Les volumes de ventes d'antibiotiques ne traduisent pas exactement leur utilisation. En effet, les antibiotiques récents sont plus actifs et nécessitent des quantités plus faibles de produit. De plus, les populations animales peuvent fluctuer au cours du temps. Pour évaluer l'exposition des animaux aux antibiotiques, il est nécessaire de prendre en compte la posologie et la durée d'administration des médicaments, mais aussi l'évolution de la population de l’espèce considérée. Ces paramètres permettent de calculer l’ALEA (Animal Level of Exposure to Antimicrobials).

Entre 2011 et 2020, l’exposition globale des animaux aux antibiotiques a diminué de 45,4%. Les objectifs des plans EcoAntibio (2012-2016), qui visait une réduction de 25 % de l’usage des antibiotiques en 5 ans, puis du plan EcoAntibio 2 (2017-2021), qui avait pour objectif d’inscrire cette baisse dans la durée, ont été atteints. Le plan EcoAntibio 2 visait également la réduction de moitié de l’utilisation de la colistine, un antibiotique utilisé fréquemment en médecine vétérinaire et réservé aux cas sévères en médecine humaine. Cet objectif a également été atteint, puisque cette diminution était de 66% en 2020, par rapport au niveau de référence de 2014-201.

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Malgré des progrès, les contrôles officiels du bien-être animal durant l'abattage et les opérations annexes seraient insuffisants en France

Voici le résumé d’un Rapport final d'un audit de France du 25 janvier 2021 au 5 février 2021, afin d’évaluer les contrôles du bien-être animal durant l'abattage et les opérations annexes.

Ce rapport décrit le résultat d'un audit à distance de la France réalisé du 25 janvier au 5 février 2021.

L'objectif principal de l'audit était d'évaluer l'efficacité des contrôles officiels sur les opérateurs afin de s'assurer que les animaux sont épargnés de toute douleur, détresse ou souffrance évitable pendant leur abattage et les opérations annexes.

L'audit a également évalué les mesures prises en réponse aux recommandations formulées dans le précédent rapport d'audit DG(SANTE) 2015-7427.

Le rapport conclut que les autorités françaises ont pris un large éventail de mesures pour améliorer la mise en œuvre de contrôles officiels sur le bien-être des animaux pendant l'abattage et pour traiter la plupart des recommandations du rapport d'audit précédent. Dans l'ensemble, les autorités françaises ont augmenté l'efficacité de leurs contrôles officiels visant à épargner aux animaux toute douleur évitable, détresse ou souffrances au cours de leur mise à mort et des opérations anexes.

Les contrôles officiels se sont concentrés sur les autocontrôles des opérateurs, notamment en s'assurant qu'ils élaborent et mettent en œuvre des procédures opérationnelles normalisées et sur le renforcement du rôle d'un responsable désigné du bien-être animal et ses responsabilités particulières dans les établissements.

Grâce à des mesures de formation complètes et à des documents d'orientation complets, les inspecteurs sont bien en mesure d'évaluer les structures et les processus dans les abattoirs. En particulier, la mise en œuvre des autocontrôles par les opérateurs s'est considérablement améliorée.

Dans de nombreux cas, les autorités compétentes n'assurent toujours pas une correction en temps utile des non-conformités structurelles signalées aux opérateurs économiques. C'est notamment le cas pour la période de transition, au regard de certaines exigences relatives à la structure et à l'équipement, lorsque les autorités compétentes ont initié une action corrective qu'après son expiration à la fin de 2019.

Les autorités compétentes n'ont pas encore pleinement répondu à trois recommandations formulées dans le rapport d'audit DG(SANTE) 2015-7427:

Les autorités compétentes attendent toujours la publication d'un décret qui leur permettrait de poursuivre légalement les fabricants de matériel de contention et d'étourdissement qui refusent de rendre les instructions accessibles au public.

Les autorités n'ont pas encore finalisé l'instruction technique sur la façon d'utiliser les données collectées des
taux de mortalité quotidiens des poulets de chair dans les élevages, ce qui les empêche d'avoir des évaluations des taux de mortalité constants et élevés du bien-être animal dans les exploitations d'origine.

Les animaux gravement blessés sont encore systématiquement transportés vers les abattoirs.

Certains domaines doivent encore être mieux traités par les contrôles officiels et les mesures administratives dans le suivi des non-conformités identifiées dans les activités des opérateurs.

Le rapport formule deux recommandations aux autorités compétentes visant à améliorer leur
les contrôles.

1. S’assurer que les autorités compétentes appliquent des mesures d'exécution, en particulier pour les non-conformités persistantes dans les abattoirs, qui soient efficaces, dissuasives et proportionnées.

2. S’assurer que les abattoirs qui sont entrés en activité avant le 1er janvier 2013 se conforment aux exigences pertinentes (construction, aménagement, équipement) de l'annexe II du Règlement (CE) n°1099/2009.

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L'utilisation des antibiotiques chez les animaux en baisse dans l'UE, mais la situation est diverse

L'utilisation d'antibiotiques a diminué et elle est désormais plus faible chez les animaux producteurs d'aliments que chez les humains, indique le dernier rapport publié par l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), l'Agence européenne des médicaments (EMA) et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

La baisse significative de l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux producteurs d'aliments suggère que les mesures prises à l’échelle des États membres pour en réduire l'utilisation s'avèrent efficaces. L'utilisation d'une classe d'antibiotiques appelée polymyxines, qui comprend la colistine, a presque diminué de moitié entre 2016 et 2018 chez les animaux destinés à la consommation. Il s'agit d'une évolution positive car les polymyxines sont également utilisées en hôpital pour traiter des patients humains infectés par des bactéries multirésistantes.

La situation dans l'UE est diverse, elle varie considérablement selon les pays et les classes d'antibiotiques. Par exemple, les aminopénicillines, les céphalosporines de 3e et de 4e générations et les quinolones (fluoroquinolones et autres quinolones) sont davantage utilisées chez l'homme que chez les animaux producteurs d'aliments, tandis que les polymyxines (colistine) et les tétracyclines sont davantage utilisées chez les animaux producteurs d'aliments que chez l'homme. 

Lien entre utilisation d'antibiotiques et résistance bactérienne

Le rapport montre que l'utilisation chez l'homme des carbapénèmes, des céphalosporines de 3e et 4e générations et des quinolones est associée à une résistance à ces antibiotiques dans les infections à Escherichia coli chez l'homme. Des associations similaires ont été identifiées pour les animaux producteurs d'aliments.

Le rapport identifie également des liens entre la consommation d'antimicrobiens chez les animaux et la résistance aux antimicrobiens dans les bactéries provenant d'animaux producteurs d'aliments, qui est à son tour associée à une résistance dans des bactéries humaines. Un exemple de cette observation est illustré par les bactéries Campylobacter spp. qui se trouvent chez les animaux producteurs d'aliments et provoquent des infections d'origine alimentaire chez l’homme. Les experts ont trouvé une association entre la résistance de ces bactéries chez les animaux et la résistance de la même bactérie chez l'homme.

Combattre la RAM grâce à la coopération

La RAM (résistance aux antimicrobiens) est un problème de santé publique mondial important qui représente un lourd fardeau économique. L'approche «Un monde, une santé» mise en œuvre grâce à la coopération entre l'EFSA, l'EMA et l'ECDC et les résultats présentés dans ce rapport appellent à déployer des efforts continus pour lutter contre la RAM aux niveaux national, européen et mondial, dans tous les secteurs de la santé.

• Third joint inter-agency report on integrated analysis of consumption of antimicrobial agents and occurrence of antimicrobial resistance in bacteria from humans and food-producing animals in the EU/EEA - JIACRA III 2016-2018

France: Audit de l'UE afin d'évaluer le bien-être des animaux pendant le transport par navire bétailler vers des pays hors UE

Navire bétailler transportant des moutons d'Australie vers Oman, source Wikipédia

Voici le résumé du rapport final d'un audit de la France réalisé du 26 octobre 2020 au 9 novembre 2020 afin d'évaluer le bien-être des animaux pendant le transport par navire bétailler vers des pays hors UE.

Cet audit à distance de la France a eu lieu pendant la période du 26 octobre au 9 novembre 2020 pour évaluer l'adéquation et l'efficacité des mesures en place pour éviter que les animaux ne soient transportés d'une manière susceptible de causer des blessures ou des souffrances indues lors du transport par mer vers des pays non membres de l'UE. Il n'impliquait pas d'évaluations sur place.

Le rapport conclut que les contrôles effectués sur les navires de chargement en France et lors de la procédure française d'agrément des navires bétaillers sont insuffisants pour minimiser les risques pour le bien-être animal liés à la plupart des équipements techniques spécifiques à bord. L'absence de système d'autorisation des transporteurs maritimes basés en France augmente encore le risque pour les animaux transportés dans des navires sous leur responsabilité. Les procédures documentées sont généralement inadéquates pour aider les inspecteurs des ports à vérifier le respect des exigences techniques spécifiques du règlement lors des contrôles officiels des navires bétaillers. Ceci, combiné à l’absence de personnel qualifié pour aider les inspecteurs du port à évaluer les exigences techniques spécifiques, se traduit par une mauvaise évaluation de la conformité du navire aux exigences de l’UE lors des inspections d’homologation et de pré-chargement. L'efficacité des contrôles des navires bétaillers dépend donc de l'expérience des inspecteurs portuaires. Pour certaines des exigences, les inspecteurs du port vont au-delà de ce qu'indiquent les procédures. 

Néanmoins, les contrôles officiels ne garantissent pas de manière adéquate le respect de toutes les exigences. Les années précédentes, les inspecteurs portuaires ne contrôlaient pas tous les navires bétaillers avant le chargement des animaux. Les autorités ont pris des mesures pour corriger cela et le pourcentage de navires inspectés en 2019 était proche de 100%. La demande faite aux organisateurs de notifier bien à l'avance le chargement prévu d'un navire permet aux inspecteurs du port de mieux organiser leurs ressources et leur laisse suffisamment de temps pour vérifier, entre autres, que le navire dispose de la documentation nécessaire pour transporter les animaux évitant ainsi le risque de retards inutiles au port lors du chargement. 

Cependant, rien ne garantit que les organisateurs planifient les voyages de manière à ce que les véhicules arrivent progressivement au port et n'aient pas à attendre inutilement avant de décharger les animaux. Les installations disponibles dans le port permettraient aux autorités - en cas de retards dans le chargement des navires ou de longs délais d’attente dus à une mauvaise programmation de l’arrivée des véhicules au port - d’accueillir les animaux, évitant ainsi les risques pour le bien-être dans ces situations. Les inspecteurs du port sont conscients des contrôles qu'ils doivent effectuer lorsque les véhicules arrivent au port. 

L'absence de registres sur certains de ces contrôles réduit cependant l'assurance que les inspecteurs portuaires les effectuent régulièrement. Il n'y a pas non plus de garanties suffisantes que tous les animaux embarqués sur les navires bétaillers en France soient aptes à supporter le voyage maritime. 

Le rapport fait des recommandations à l'autorité compétente pour remédier aux lacunes identifiées.

Norvège : La surveillance des aliments révèle de faibles niveaux de Salmonella

«Norvège : La surveillance des aliments révèle de faibles niveaux de Salmonella», source Food Safety News.

Les bovins, porcs et volailles norvégiens ne sont que rarement infectés par Salmonella, selon les résultats des programmes de surveillance en 2020.

La présence de Salmonella chez les animaux d'élevage et les produits d'origine animale norvégiens est très faible par rapport à la plupart des autres pays. La salmonellose a augmenté au cours des dernières décennies, mais la majorité des infections sont contractées à l'étranger.

La surveillance couvre les animaux vivants tels que les porcs, les volailles et les bovins, les œufs et la viande fraîche de porcs et de bovins. Toute souche de Salmonella isolée dans les programmes doit être notifiée à l'Autorité norvégienne de sécurité des aliments (Mattilsynet). L'Institut vétérinaire norvégien coordonne les programmes de surveillance, examine les échantillons fécaux et rend compte des résultats. Les laboratoires privés analysent les échantillons prélevés dans les abattoirs et les ateliers de découpe.

Les programmes sont approuvés par la Commission européenne, ce qui permet à la Norvège d'exiger des garanties supplémentaires sur Salmonella lors de l'importation d'animaux vivants et de produits alimentaires d'origine animale en provenance de l'Union européenne.

Résultats de la surveillance

Les objectifs de ce travail consistent à garantir que les animaux producteurs de denrées alimentaires et les produits d'origine animale norvégiens sont pratiquement indemnes de Salmonella et à prévenir une augmentation des infections à Salmonella dans le pays.

Pour la volaille, 8 882 échantillons de matières fécales, y compris des écouvillons de bottes provenant de 1 342 exploitations différentes ont été examinés. Un troupeau de poulets de chair était positif pour Salmonella Typhimurium.

Au total, 1 496 échantillons de matières fécales provenant de 78 troupeaux reproducteurs de porcs ont été examinés et Salmonella n'a pas été détectée. Au total, 3 245 échantillons de ganglions lymphatiques provenant de porcs ont été analysés. L'un des porcs d'abattage était positif pour Salmonella Typhimurium.

Près de 3 000 échantillons de ganglions lymphatiques provenant de bovins ont été examinés et trois étaient positifs pour Salmonella Typhimurium, Salmonella Hessarek et Salmonella Diarizonae 61:k:1,5,(7). Tous les troupeaux ont été suivis en testant les excréments de différentes espèces animales, des aliments pour animaux et de l'environnement, et les échantillons étaient négatifs.

Un total de 5 905 échantillons sur écouvillon provenant de carcasses de bovins et de porcs ont été examinés et un était positif pour Salmonella Diarizonae 61:k:1,5,(7). Au total, 2 785 échantillons de viande hachée provenant d'usines de découpe ont été examinés et deux étaient positifs pour Salmonella diarizonae 61:k:1,5, 7) et un pour le variant monophasique de Salmonella Typhimurium.

Le nombre d'échantillons d'écouvillons et de ganglions lymphatiques examinés chez les porcs et les bovins doit être d'au moins 3 000 par an. Cet objectif n'a pas été atteint pour tous les types en 2020 en raison de la pandémie de COVID-19, mais le programme a toujours montré une très faible prévalence de Salmonella, selon le rapport.

Yersinia chez le porc

Pendant ce temps, l'Institut vétérinaire norvégien a également analysé les produits du porc pour Yersinia enterocolitica.

Plus de 150 échantillons de viande hachée de porc ont été collectés dans les supermarchés en 2019 et analysés en 2019 et 2020 à la demande de Mattilsynet. Yersinia enterocolitica pathogène a été isolé à partir de neuf échantillons.

En 2020, 82cas d'infection à Yersinia enterocolitica ont été signalées. Il y a eu entre 50 et 100 cas par an depuis 2010, sauf en 2014 où il y a eu une épidémie avec 133 cas. On pense que les porcs sont le principal réservoir de Yersinia enterocolitica, et le porc est considéré comme une source majeure d'infection.

Un total de 26 échantillons étaient positifs pour le gène ail avec Yersinia enterocolitica pathogène dans neuf d'entre eux. Huit des neuf échantillons étaient de sérotype O:3.

Les résultats montrent qu'il y a une faible incidence de Yersinia enterocolitica pathogène dans les produits de porc norvégiens. Les experts ont mis en garde contre le faible nombre d'échantillons analysés, mais ont déclaré que les résultats pourraient aider l'industrie et les autorités à avoir un aperçu de la situation et à suivre les tendances, car ils fournissent des données mises à jour de la dernière étude en 1997 et 1998.

Bonne nouvelle, l’exposition aux antibiotiques, toutes espèces confondues, a diminué de 45,3% depuis 2011, selon l'Anses

«Surveiller et mieux connaître la diffusion de l’antibiorésistance chez les animaux : ce qu’il faut retenir des derniers rapports de l’Anses», communication de l'Anses du 18 novembre 2020.

L’Anses, au travers de l’Agence nationale du médicament vétérinaire (Anses/ANMV) suit la vente des antibiotiques à usage vétérinaire et l’exposition des animaux à ces derniers. Elle s’appuie pour cela sur les ventes de médicaments vétérinaires déclarées par les titulaires des autorisations de mise sur le marché. La quantité d’antibiotiques vendus est en diminution constante, avec 422 tonnes d’antibiotiques vendus en 2019, soit 10,5% de moins qu’en 2018.

En tenant compte des recommandations d’emploi des médicaments étudiés et de l’estimation de la masse des populations animales, l’Agence a déterminé le niveau d’exposition des animaux aux antibiotiques.

Principaux résultats :

• Le niveau d’exposition est le plus bas depuis le début du suivi en 1999. Par rapport à 2011, année de référence du premier plan Ecoantibio, qui visait une réduction de l’usage des antibiotiques de 25 % en 5 ans, l’exposition aux antibiotiques toutes espèces animales confondues a diminué de 45,3 %.

• Cette diminution se poursuit en 2019, avec une réduction globale de 10,9 % par rapport à l’année précédente.

• Cette tendance est variable selon les espèces : l’exposition a diminué chez les bovins, les porcs et les volailles, qui enregistrent une baisse respective de 9,9%, 16,4% et 12,8 % en un an, mais on observe pour l’année 2019 un léger rebond pour les lapins et les carnivores domestiques que sont le chien et le chat : + 1,5 % pour les lapins et +2,1 % pour les carnivores. Cette remontée ne doit pas faire oublier la tendance à la diminution enregistrée depuis 2011.

• Depuis 2013, l’exposition des animaux aux antibiotiques d’importance critique a diminué fortement et s’est stabilisée ces trois dernières années : entre 2013 et 2019, elle a diminué de 86 % pour les fluoroquinolones et de 94,1 % pour les céphalosporines de dernières générations.

• La colistine, pour laquelle des mécanismes de résistance transférables ont été décrits, a vu son taux d’exposition diminuer de 64,2 % par rapport au niveau moyen de référence entre 2014 et 2015. L’objectif de diminution de 50 % en cinq ans fixé en 2017 par le second plan Ecoantibio a été atteint pour les filières porcine, avicole et bovine.

En conclusion, la dynamique pour une utilisation prudente et responsable des antibiotiques menée ces dernières années est un succès, qui doit être maintenu par les efforts continus de chacun des acteurs.

Une nouvelle méthode est développée pour extraire les résidus d'antibiotiques dans les aliments à partir de sources animales

« Une nouvelle méthode est développée pour extraire les résidus d'antibiotiques dans les aliments à partir de sources animales », source Phys.org.

La coccidiose est une sorte de maladie intestinale qui affecte différents groupes d'animaux. Elle inhibe l'absorption des nutriments et la croissance de sorte que, parfois, l'animal meurt, entraînant ainsi des pertes financières dans l'industrie de l'élevage. Afin de lutter contre cette maladie, des antibiotiques comme les coccidiostatiques sont prescrits, qui sont des médicaments efficaces pour traiter la maladie mais qui peuvent également provoquer des maladies cardiovasculaires chez l'homme lorsque les concentrations sont élevées dans les produits alimentaires d'origine animale.

Le groupe de recherche sur la Supramolecular Analytical Chemistry de l'Université de Cordoue a développé une nouvelle méthode qui permet d'extraire et de déterminer ces substances dans les aliments à partir de sources animales. Selon la chercheuse principale de l'étude, Soledad González, la procédure est capable d'extraire simultanément tout le groupe d'antibiotiques ionophores (comme ceux d'une source naturelle) de tous les aliments d'origine animale qui sont légiférés dans l'Union européenne, quelque chose « est fait pour la première fois dans ce projet de recherche. »

Plus précisément, le procédé utilise des solvants supramoléculaires non toxiques connus sous le nom de SUPRAS, qui ont une grande capacité à améliorer la sélectivité et les performances des extractions, réduisant ainsi les coûts de production. Comme l'a souligné la chercheuse Soledad González, ces types de solvants permettent d'extraire simultanément les résidus d'antibiotiques et de nettoyer l'échantillon en une seule étape. De plus, « il s'agit d'une méthode peu coûteuse et respectueuse de l'environnement, car elle utilise un volume de solvant organique plus faible que d'autres techniques largement et couramment utilisées dans les laboratoires », ajoute-t-elle.

Après application de la nouvelle méthodologie sur différents produits tels que les œufs, le lait et la viande (foie, rein, muscle et graisse), les limites de détection atteintes ont été vérifiées comme étant bien inférieures à la limite légale, prouvant que cette procédure pourrait être applicable dans laboratoires de contrôle de la qualité des aliments. La nouvelle méthode a été validée suite à la décision européenne 2002/657/CE, réglementant la présence de résidus dans les produits d'origine animale, afin qu'elle puisse être intégrée dans les contrôles de routine des laboratoires. Les chercheurs Ana María Ballesteros, Soledad Rubio et Diego García-Gómez ont également participé à cette étude, García-Gómez étant de l'Université de Salamanque.

Référence

S. González-Rubio et al, A new sample treatment strategy based on simultaneous supramolecular solvent and dispersive solid-phase extraction for the determination of ionophore coccidiostats in all legislated foodstuffs, Food Chemistry (2020). DOI: 10.1016/j.foodchem.2020.126987

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

Le SRAS-CoV-2 est bien adapté aux humains. Qu'est-ce que cela signifie pour la réémergence?

« Le SRAS-CoV-2 est bien adapté aux humains. Qu'est-ce que cela signifie pour la réémergence? », source plate-forme biorxiv.

Résumé

Dans une comparaison côte à côte de la dynamique évolutive entre le SARSCoV-2 2019/2020 et le SARS-CoV 2003, nous avons été surpris de constater que le SARS-CoV-2 ressemble au SARSCoV à la phase finale de l'épidémie de 2003 après le SRAS- CoV ait développé plusieurs adaptations avantageuses pour la transmission humaine.

Nos observations suggèrent qu'au moment où le SRAS-CoV-2 a été détecté pour la première fois fin 2019, il était déjà pré-adapté à la transmission humaine dans une mesure similaire à celle du SARS-CoV épidémique tardif. Cependant, aucun précurseur ou branche d'évolution provenant d'un virus de type SARS-CoV-2 moins adapté à l'homme n'a été détecté.

L'apparition soudaine d'un SARS-CoV-2 hautement infectieux présente un motif de préoccupation majeur qui devrait motiver les efforts internationaux plus intenses pour identifier la source et prévenir une réémergence dans un proche avenir. Tout pool existant de progéniteurs du SRAS-CoV-2 serait particulièrement dangereux s'il était également bien adapté à la transmission humaine.

Pour rechercher des indices concernant les hôtes intermédiaires, nous analysons les principales conclusions récentes concernant la façon dont le SRAS-CoV-2 aurait pu évoluer et s'adapter à la transmission humaine, et examiner les échantillons environnementaux du marché des fruits de mer de Huanan à Wuhan. Il est important de noter que les échantillons du marché sont génétiquement identiques aux isolats humains du SRAS-CoV-2 et étaient donc très probablement d'origine humaine. Nous concluons en décrivant et en préconisant des approches mesurées et efficaces mises en œuvre dans les épidémies de SRAS de 2002-2004 pour identifier les populations persistantes de virus progéniteurs.

Dans la conclusion, les auteurs notent,

L'absence de preuves définitives pour vérifier ou exclure l'adaptation chez une espèce hôte intermédiaire, l'homme ou un laboratoire, signifie que nous devons prendre des précautions contre chaque scénario pour éviter une réémergence. Nous aimerions plaider en faveur d'approches mesurées et efficaces pour identifier toute population persistante du virus progéniteur du SRAS-CoV-2, en particulier si celles-ci sont également aptes à la transmission humaine. La réponse à la première épidémie de SRAS-CoV a déployé les stratégies suivantes qui étaient essentielles pour détecter l'adaptation du SRAS-CoV à l'homme et la transmission entre espèces, et pourraient être réappliquées dans l'épidémie d'aujourd'hui pour éliminer rapidement les pools de progéniteurs: (i) prélèvements d'animaux des marchés, des fermes et des populations sauvages pour les virus de type SARS-CoV-2. (ii) Vérification des prélèvements humains stockés des mois avant la fin de 2019 pour détecter les virus de type SARS-CoV-2 ou les anticorps réactifs au SARS-CoV-2 pour détecter les précurseurs circulant chez l'homme. De plus, le séquençage d'un plus grand nombre d'isolats du SRAS-CoV-2 de Wuhan, en particulier les premiers isolats s'ils existent encore, pourrait identifier les branches provenant d'un progéniteur moins adapté à l'homme, comme cela a été observé lors de l'épidémie de SRAS-CoV en 2003. Il serait curieux de ne découvrir aucun précurseur ou branche de l'évolution du SRAS-CoV-2 chez l'homme ou l'animal. (iii) Évaluer la surreprésentation ou la sous-représentation des manipulateurs d'aliments et des commerçants d'animaux parmi les cas index (ou patient zéro) pour déterminer si les précurseurs du SRAS-CoV-2 ont pu circuler dans la communauté du commerce des animaux. Bien que ces enquêtes soient menées, il serait plus sûr de limiter plus largement l'activité humaine qui conduit à des contacts fréquents ou prolongés avec les animaux sauvages et leurs habitats.

Résidus de médicaments vétérinaires chez les animaux et dans les aliments : le respect des niveaux de sécurité reste élevé

« Résidus de médicaments vétérinaires chez les animaux et dans les aliments : le respect des niveaux de sécurité reste élevé », communiqué de l’EFSA du 31 mars 2020.

Les données collectées sur la présence de résidus de médicaments vétérinaires et de contaminants chez les animaux et dans les aliments d'origine animale révèlent des taux élevés de conformité avec les niveaux de sécurité recommandés dans l’Union européenne, selon le dernier rapport de l'EFSA. Le rapport synthétise les données de surveillance recueillies en 2018.Le pourcentage d'échantillons dépassant les limites maximales était de 0,3%. Ce chiffre se situe dans l’intervalle compris entre 0,25% et 0,37% observé au cours de ces dix dernières années.

Par rapport à 2017, la non-conformité a légèrement augmenté pour les agents antithyroïdiens et les stéroïdes. De légères baisses ont été constatées pour les antibactériens, certains autres médicaments vétérinaires tels que les anti-inflammatoires non stéroïdiens, ainsi que certaines substances et contaminants environnementaux (tels que des éléments chimiques ou des mycotoxines).Au total, 657 818 échantillons ont été contrôlés par 28 États membres de l'UE.Ces données sont disponibles sur la plateforme Knowledge Junction de l'EFSA, le référentiel ouvert conçu pour optimiser la transparence, la reproductibilité et la réutilisation des preuves dans les évaluations des risques liés à la sécurité de l’alimentation humaine et animale.

Contexte

Les animaux producteurs d'aliments peuvent être traités avec des médicaments vétérinaires pour prévenir ou guérir certaines maladies et ces substances peuvent laisser des résidus dans les aliments dérivés d'animaux traités.Les aliments peuvent également contenir des résidus de pesticides et de contaminants auxquels les animaux ont été exposés. C'est pourquoi les pays de l'UE doivent mettre en place des programmes de surveillance afin de détecter l'utilisation illégale ou l’utilisation à mauvais escient de médicaments vétérinaires chez les animaux producteurs d'aliments et enquêter sur les raisons des infractions en matière de résidus.

• Report for 2018 on the results from the monitoring of veterinary medicinal product residues and other substances in live animals and animal products

Italie : Evaluation du système de contrôles officiels des importations d'animaux et des marchandises, selon un audit de l'UE

Voici le résumé du rapport final d'un audit réalisé en Italie du 26 novembre au 6 décembre 2019 afin d'évaluer le système de contrôles officiels des importations d'animaux et des marchandises.

Résumé

Le rapport décrit les résultats globaux d'un audit réalisé en Italie du 26 novembre au 6 décembre 2019 dans le cadre du programme de travail prévu de la Direction générale de la santé et de la sécurité alimentaire de la Commission européenne.

L'audit avait pour objectif d'évaluer la mise en œuvre des contrôles officiels à l'importation des envois commerciaux d'animaux vivants et des produits d'origine animale et non animale (marchandises), et de déterminer si le système en place satisfait aux exigences fixées dans les documents européens d’intérêt de l'Union (UE) et est capable de garantir que seuls des envois conformes peuvent être introduits sur le territoire de l'UE.

En outre, l'audit a évalué la conformité des installations et l'équipement de six postes d'inspection frontaliers (PIF) visités, y compris les installations d'un nouveau centre d'inspection proposé au PIF de l'aéroport de Rome-Fiumicino et de deux points d'entrée désignés visités.

Les autorités italiennes ont établi un cadre complet pour les contrôles officiels des animaux et des biens importés, étayé par des documents d'orientation et des systèmes informatiques. La communication et la coopération entre les autorités aux postes de contrôle aux frontières sont, à l'exception des autorités portuaires du port de Civitavecchia, largement efficaces et soutiennent la mise en œuvre de contrôles à l'importation.

La mise en œuvre des contrôles officiels sur les animaux et produits d'origine animale importés ainsi que les contrôles sur les envois personnels sont généralement conformes aux exigences significatives de l'UE. Cependant, des faiblesses dans le système de contrôle ont été identifiées en ce qui concerne a) les contrôles documentaires des denrées alimentaires d'origine non animale soumises à des conditions d'importation spéciales, car l'autorité compétente accepte des copies des documents d’intérêt et n'est pas en mesure de vérifier leur authenticité; et b) l'hygiène et l'adéquation des points d'entrée et d'importation désignés.

En ce qui concerne les PIF visités, toutes les installations, sauf une, ne respectaient pas les normes d'hygiène opérationnelles attendues. Bien que certaines installations soient en cours de reconstruction pour se conformer aux règlements (UE) 2017/625 et (UE) 2019/1014, il n'est toutefois pas prévu de mettre à niveau les installations et équipements de qualité inférieure du PIF du port de Civitavecchia.

Le rapport fait des recommandations aux autorités compétentes italiennes, visant à remédier aux lacunes identifiées et à améliorer la mise en œuvre des mesures de contrôle en place.

L'Europe enregistre une baisse des ventes d'antibiotiques vétérinaires

« L'Europe enregistre une baisse des ventes d'antibiotiques vétérinaires », source CIDRAP News.

Un rapport publié le 15 octobre 2019 par l'Agence européenne des médicaments (EMA) montre que les ventes d'antibiotiques à usage vétérinaire continuent à diminuer en Europe.

Les données du dernier rapport de l'EMA sur la surveillance européenne de la consommation d'antimicrobiens vétérinaires (ESVAC pour European Surveillance of Veterinary Antimicrobial Consumption) font apparaître une baisse de 32,5% des ventes d'antibiotiques pour les animaux producteurs de denrées alimentaires de 2011 à 2017, avec des ventes de deux classes d'antibiotiques considérées comme essentielles en médecine humaine, les polymyxines et les céphalosporines de quatrième génération, en forte baisse.

Au total, 30 pays de l'Union européenne/Espace Economique Européen (UE/EEE) et la Suisse ont fourni des données au rapport, qui est publié chaque année et couvre toutes les espèces productrices d'aliments et les animaux de compagnie. Les données de l'an dernier indiquaient une baisse de 20% des ventes d'antibiotiques vétérinaires de 2011 à 2016.

« Les résultats du rapport confirment la tendance à la baisse observée ces dernières années et montrent que les orientations et les campagnes nationales de l'UE en faveur d'une utilisation prudente des antibiotiques chez les animaux pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens ont un effet positif », a déclaré l'EMA dans un communiqué de presse.

Des déclins non unilatéraux

Parmi les 25 pays de l'UE/EEE qui fournissent des données pour le rapport depuis 2011, les ventes totales d'antibiotiques vétérinaires destinés à des animaux producteurs de denrées alimentaires sont passées de 162,0 milligrammes par population correction unit* (mg/PCU) en 2011 à 109,3 mg / PCU en 2017.

La PCU est utilisée comme indicateur indirect de la taille de la population animale risquant d’être traitée aux antibiotiques dans chaque pays et est utilisée pour harmoniser les données entre les pays. Cela n'inclut pas les animaux de compagnie, qui ne représentent que 1% des ventes d'antibiotiques vétérinaires (en tonnes de principe actif).

Sur ces 25 pays, 19 ont enregistré une réduction de plus de 5% des ventes d'antibiotiques destinés aux animaux producteurs d'aliments. L'Allemagne (58%), les Pays-Bas (51%) et la France (41%) ont enregistré une baisse significative. Le rapport indique que les réductions possibles incluent des campagnes d'utilisation responsable, des restrictions d'utilisation, des objectifs de réduction et une sensibilisation accrue à la menace de la résistance aux antimicrobiens.

Toutefois, les ventes d'antibiotiques à usage vétérinaire n'ont pas diminué dans tous les pays de l'UE/EEE. La Bulgarie, la Pologne et la Slovaquie ont vu leurs ventes d’antibiotiques vétérinaires augmenter de plus de 5% de 2011 à 2017. En outre, un écart important a été observé entre les pays ayant les ventes les plus élevées (Chypre, 432,1 mg/PCUen 2017) et les moins élevées, 3,1 mg/PCU en 2017) d'antibiotiques vétérinaires.

L'EMA note que ces variations reflètent en partie les différences en termes d'apparition de maladies, de composition de la population animale et de systèmes de production dans ces pays, et que les données sur les ventes ne représentent pas l'utilisation des antibiotiques dans les exploitations européennes. L'agence affirme cependant que les différences soulignent le fait que certains pays limitent mieux les antibiotiques vétérinaires que d'autres.

« La baisse substantielle des ventes d'antimicrobiens pour les espèces productrices d'aliments observée dans certains pays indique qu'il existe un fort potentiel de réduction de l'utilisation d'antimicrobiens dans d'autres, en particulier chez ceux qui consomment beaucoup », a déclaré l'EMA.

Baisse des antibiotiques critiques

Les réductions significatives des médicaments classés par l’Organisation mondiale de la Santé parmi les antimicrobiens d’une importance primordiale ont contribué à la baisse globale des ventes. Dans les 25 pays pour lesquels des données sont disponibles depuis 2011, les ventes de polymyxines, de céphalosporines de troisième et de quatrième génération et de fluoroquinolones ont diminué respectivement de 66,4%, 20,9% et 10,3%.

Les ventes des classes d'antibiotiques qui représentaient près des deux tiers des antibiotiques vétérinaires vendus en 2017, tétracyclines, pénicillines et sulfamides, ont également diminué de 2011 à 2017. Les ventes de tétracyclines et de sulfamides ont respectivement chuté de 44% et 46%, tandis que les ventes de pénicillines a diminué de 18%.

Le nombre de pays ayant fourni des données au rapport ESVAC a plus que triplé depuis le début du projet, passant de 9 en 2010 à 31 en 2019. Cette augmentation montre que les pays européens sont résolus à promouvoir l'utilisation responsable des antibiotiques chez les animaux.

* selon l’ESVAC (European Surveillance of Veterinary Antimicrobial Consumption), PCU (Population Correction Unit) est obtenu en multipliant le nombre d’animaux par catégorie d’espèce par un poids fixé qui correspondrait au poids au moment du traitement (425 kg pour les vaches et les bovins mâles, 200 kg pour les génisses, 140 kg pour les veaux, 65 kg pour les porcs, 240 kg pour les truies, 1 kg pour les poulets, 6.5 kg pour les dindes…). Source Anses.