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lundi 25 juillet 2022

Découverte de la cause probable d'une mystérieuse épidémie d'hépatite chez l'enfant

«Découverte de la cause probable d'une mystérieuse épidémie d'hépatite chez l'enfant», source BBC News.

Des experts britanniques pensent avoir identifié la cause de la récente vague de mystérieux problèmes de foie affectant des jeunes enfants du monde entier.

Les enquêtes suggèrent que deux virus courants ont fait leur retour après la fin des confinements pandémiques, et ont déclenché des cas d'hépatite rares mais très graves.

Plus de 1 000 enfants, dont beaucoup de moins de cinq ans, dans 35 pays auraient été touchés. Certains, dont 12 au Royaume-Uni, ont eu besoin d'une greffe de foie vitale.

Les deux équipes de chercheurs, de Londres et de Glasgow, disent que les nourrissons exposés plus tard que la normale, en raison des restrictions de la Covid, n’ont pas eu une certaine immunité précoce à :
- adénovirus, qui provoque normalement des rhumes et des maux d'estomac,
- le virus adéno-associé sérotype 2 (AAV2), qui ne provoque normalement aucune maladie et nécessite un virus «auxiliaire» co-infectant, tel que l'adénovirus, pour se répliquer.

Cela pourrait expliquer pourquoi certains ont développé des complications hépatiques inhabituelles et inquiétantes.

La plupart des enfants qui attrapent ces types de virus se rétablissent rapidement.

On ne sait pas pourquoi certains développent alors une inflammation du foie - mais la génétique pourrait jouer un rôle.

Les scientifiques ont exclu tout lien avec le coronavirus ou les vaccins contre la Covid.

L'un des chercheurs, la professeur Judith Breuer, expert en virologie, à l'University College London et au Great Ormond Street Hospital, a déclaré: «Pendant la période de confinement, lorsque les enfants ne se mélangeaient pas, ils ne se transmettaient pas de virus.»

«Ils ne développaient pas d'immunité contre les infections courantes qu'ils se rencontreraient normalement.»

«Lorsque les restrictions ont été levées, les enfants ont commencé à se mélanger, les virus ont commencé à circuler librement - et ils ont soudainement été exposés avec ce manque d'immunité préalable à toute une batterie de nouvelles infections.»

Les experts espèrent que les cas seront de moins en moins nombreux, mais ils sont toujours en alerte pour de nouveaux cas.

La professeur Emma Thomson, qui a dirigé les recherches à l'Université de Glasgow, a déclaré qu'il restait encore de nombreuses questions sans réponse. «Des études plus importantes sont nécessaires de toute urgence pour étudier le rôle de l'AAV2 dans les cas d'hépatite pédiatrique.

«Nous devons également en savoir plus sur la circulation saisonnière de l'AAV2, un virus qui n'est pas systématiquement surveillé - il se peut qu'un pic d'infection à adénovirus ait coïncidé avec un pic d'exposition à l'AAV2, conduisant à une manifestation inhabituelle d'hépatite chez les jeunes enfants sensibles.»

Merci à Joe Whiworth qui m’a transmis l’information.
La photo est issue de Wikipédia.

Mise à jour du 30 juillet 2022Dans d'autres développements, la Health Security Agency du Royaume-Uni a publié un nouveau briefing technique sur les cas d'hépatite aiguë, notant qu'une étude cas-témoin suggère un lien étroit entre l'adénovirus et le groupe de cas. Il a également fait référence à deux études publiées plus tôt cette semaine qui ont trouvé un lien entre l'adénovirus chez les patients et la présence du virus associé à l'adénovirus 2 (AAV2), qui est un «virus auxiliaire» qui ne peut pas provoquer de maladie par lui-même. Source CIDRAP News.

Aux lecteurs du blog
La revue PROCESS Alimentaire censure pour une triste question d’argent les 10 052 articles initialement publiés gracieusement par mes soins de 2009 à 2017 sur le blog de la revue, alors que la revue a bénéficié de la manne de la publicité faite lors de la diffusion de ces articles. La revue PROCESS Alimentaire a fermé le blog et refuse tout assouplissement. Derrière cette revue, il faut que vous le sachiez, il y a une direction aux éditions du Boisbaudry, pleine de mépris, et un rédacteur en chef complice !

mardi 5 janvier 2021

L'année 2020, année record des rappels de produits alimentaires, selon le site Oulah!

Je vous recommande l’article de Franck Valayer, fondateur du site Oulah!, 2020, une année record !
Et comme disent les sportifs, les records, c'est fait pour être battus!

A l’heure du bilan pour l’année 2020, le constat est sans appel : à année exceptionnelle, nombre de rappels de produits exceptionnel. Malgré une baisse générale observée chez les différentes catégories de produits, seule l’alimentation fait la course en tête et vient conforter sa place de leader et explose le nombre de rappels en France.

Quelques observations en ce qui concerne cet article très documenté,

Tous produits confondus, en 2020, «1 563 produits ont été rappelés selon le décompte de Oulah!, soit 56,3% d’augmentation par rapport à 2019.»

Comme à son habitude, les catégories les plus rappelées en France sont : Alimentation, 1 105 rappels Enfants, 122 rappels et Automobiles, 97 rappels.

Selon mon décompte, j’en étais à 997 rappels pour les produits alimentaires (vs 1 105), chiffre moins élevé qui a du sans doute ne pas assez prendre en compte en détail le rappel des produits alimentaires des produits contaminés par l'oxyde d'éthylène

Multipliez le nombre de produits par les numéros de lots et dates de durabilité minimale différentes et vous obtiendrez rapidement des milliers de références comme l’indique la liste de la DGCCRF (Direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes). Une liste qui, bien qu’imbuvable, reflète l’ampleur du désastre qui touche le consommateur.

Au 31 décembre 2020, la liste, un tableau insipide sur excel, indique 2762 rappels et déjà au 4 janvier 2021, nous en sommes à 2782. C’est un peu comme le Covid, on ne se demande quand cela finira !

Le seul point positif, si l’on veut, c’est que la France n’est pas la seule à être touchée et que c’est bien l’Europe toute entière qui doit faire face à cette contamination. Par contre la question du contrôle de la chaîne d’approvisionnement se pose à tous les niveaux, fabricants et autorités sanitaires. Comment une matière première contaminée peut traverser aussi facilement les frontières de l’Union Européenne sans que personne ne s’en aperçoive ?

Certes, «la France n’est pas la seule à être touchée», mais c’est le pays en Europe qui est le plus touché !

A la bonne question, « Comment une matière première contaminée peut traverser aussi facilement les frontières de l’Union Européenne sans que personne ne s’en aperçoive ? », pas de réponse de l’UE mais désormais un contrôle sera institué sur la recherche de pesticides selon le règlement d’exécution (UE) 2020/1540 de la Commission du 22 octobre 2020 modifiant le règlement d’exécution (UE) 2019/1793 en ce qui concerne les graines de sésame originaires de l’Inde.

Pas d’évaluation des risques au niveau européen excepté aux Pays Bas, dont on nous dit que le problème devait exister depuis un certain temps, et en dans une moindre mesure en Belgique, pays qui a lancé l'alerte le 9 septembre 2020.

Et que dire de ces nombreux produits dits Bio, touchés eux-aussi par ce pesticide ? C’est la douche froide pour les consommateurs. De nombreux commentaires sur les réseaux sociaux font part de la déception de celles et ceux qui sont adeptes du Bio et qui se sentent trahis.

Au final les industriels du Bio ne sont pas plus vigilants que les autres et c’est bien ça le drame dans nos assiettes !

Comme dirait Le Canard Enchaîné, Pan sur le bec pour les produits bio, lire à ce sujet, Il paraît qu'il y a des produits bio rappelés pour cause de présence de pesticides, Ouh là là …, ce qui montre bien que les produits bio, c’est du vrai marketing et de fausses promesses, expression tirée du titre du livre de Gil Rivière-Wekstein.

Au podium des causes de rappels, sans surprise, la présence d’oxyde d’éthylène représente la cause de 69,05% des rappels, suivi de Listeria monocytogenes avec 7,51% et Salmonella avec 4,62%. Viennent ensuite, les allergènes et norovirus. 

Les corps étrangers n’ont pas fait l’objet d’un classement, c’est dommage, car ils doivent représenter une part importante des rappels.

Merci qui, merci Oulah! et Franck Valayer.

jeudi 25 juin 2020

Recherche cause de rappels de produits alimentaires en raison de la présence de corps étrangers. Le blog vous demande de l'aide


Récemment, il y a trois produits alimentaires qui ont été rappelés en raison de la présence de corps étrangers … essayons d’y voir plus clair …

Le premier rappel concerne 6 tonnes de viande à cause, selon la communication de l’entreprise, Elivia, quelques barquettes qui contiendraient un petit fragment de filament métallique de l’épaisseur d’un cheveu dans quelques barquettes.

Le blog avait rappelé que pareil incident était intervenu il y a cinq et l’entreprise avait du s’y reprendre à quatre fois afin de rappeler ses produits, en l’occurrence des merguez …

L’effet papillon se voit ici à nouveau démontrer et l’origine du problème est toujours à rechercher dans la maintenance préventive, semble-t-il … d’où une révision asap du plan HACCP serait la bienvenue …

Le second rappel concerne des flageolets extra fins 720 ml dans des conserves en verre de marque Carrefour car « Malgré nos précautions, un risque possible de corps étranger verre, a été identifié sur le lot et produit ».

Classique me direz-vous, la cause semble ici plus évidente, le contenant de verre avait à l’intérieur des ‘corps étrangers verre’ en raison sans doute de la casse de conserves lors de l’opération de remplissage ou de fermeture des conserves … la procédure en place n’a pas permis d’éviter le rappel … d’où une révision asap du plan HACCP serait la bienvenue …

Le troisième rappel reste pour moi une énigme, d'où mon appel aux lecteurs du blog, voilà ce que je sais …

La Conserverie Chanterelle nous narre son savoir-faire et il est important et très ancien … à propos de la sardine … et de la conserve …

Tentons donc de comprendre comment des boîtes de sardines de la marque LE CONNETABLE au piment de Cayenne 135 g de la Conserverie Chanterelle ont été rappelées le 24 juin 2020 pour cause de « suspicion de présence d’un morceau de verre dans un produit » par Carrefour et Auchan.

Voici le mode opératoire proposé par l’entreprise …
Dès réception à la conserverie, les sardines sont triées et sélectionnées afin de ne conserver que les plus beaux poissons.
Préparées manuellement, elles sont placées une à une sur des grilles compartimentées, puis lavées et séchées avant d’être frites - deux à trois minutes seulement - et égouttées pendant quelques heures.
Le lendemain, s’effectue la mise en boîte à la main. Les femmes aux gestes sûrs coupent, aux ciseaux, le collet et la queue de chaque poisson. Puis, les sardines sont délicatement rangées dans leur boîte «au blanc», si leur ventre brillant et argenté est tourné vers l’ouverture, ou «au bleu» si leur dos et leurs stries sont visibles une fois le couvercle enlevé.
Dernière étape avant la fermeture de la boîte : le «jutage». L’opération consiste à couvrir le poisson soit d’huile, soit d’une marinade. Des sertisseuses automatisées viennent ensuite fermer les boîtes qui sont enfin lavées et stérilisées dans des autoclaves. 
Mise en boîte validée par une norme AFNOR (avril 1999)* cette préparation à l’ancienne se fait, depuis 1997, sous HACCP (système d’analyse des points critiques et de mise en place des dispositions techniques pour éviter les risques) : bon sens, rigueur et expérience rythment donc les journées des ouvrières.
A réception comme après mise en conserve, les poissons sont contrôlés tous les jours afin de garantir une qualité optimale.
Des avis, des idées, car, bien entendu, le problème est survenu avant la fermeture de la boîte : est-ce avant, pendant ou après l'opération de 'jutage', car je pense que l'on peut écarter le sertissage ? Est-ce un problème lié à l'environnement de fabrication ?

J’écarte d’emblée « les gestes sûrs des femmes qui coupent, aux ciseaux, le collet et la queue de chaque poisson » et j’attends avec impatience vos réponses et pourquoi pas aussi une réponse de l’entreprise, mais une révision du plan HACCP asap serait la bienvenue …

* Cette norme a été annulée le 4 avril 2015.

Mise à jour du 26 juin 2020. On lira Sardines en boîte et communication en moins sur le site Oulah!

lundi 16 mars 2020

Les causes des avis de rappels des produits alimentaires en 2019 : Listeria, allergènes et STEC forment le trio de tête


Dans un article récent, j'indiquais que selon Oulah!, la référence en matière de rappels des produits alimentaires en France, le total des estimations des avis de rappels de l'année 2019 était de 367 versus 332 en 2018 et 189 en 2017.

J'indiquais aussi à l'instar que ce rapportait la revue PROCESS Alimentaire, il semble qu'il y ait eu pratiquement deux fois plus de rappels de produits alimentaires entre 2017 et 2019, en fait il s'agit de +94% puis+75% entre 2017 et 2018 et +10,5% entre en 2018 et 2019.

La différence essentielle avec la revue PROCESS Alimentaire résidait dans le nombre beaucoup plus élevé d'avis de rappel chez Oulah! que dans la revue agro-alimentaire, vous lirez cela dans le tableau comparatif ci-dessous :


2017
2018
2019
Oulah!
189
332 (+75%)
367 (+10,5%)
PROCESS Alimentaire
126
203 (+61%)
251 (+24%)

De cet écart très important dans le nombre des avis de rappels entre les deux entités, la revue PROCESS Alimentaire en tire une conclusion, à mon sens erronée, « Les allergènes en tête des rappels produits » (article réservé aux abonnés) :
En 2019, les allergènes arrivent en tête des motifs de rappels (27 %), suivis de près par Listeria qui représente 24 % des alertes.

Pour le site Oulah!, ce trio de tête n’est pas le bon … comme on peut le voir ci-dessous :


Dans le détail, cela donne mois par mois, les résultats suivants :
Cause des rappels de produits alimentaires en France en 2019 selon le site Oulah!
Cliquez sur l'image pour l'agrandir
Une autre façon de voir les causes de rappels des produits alimentaires est proposée ci-dessous :
Cause des rappels de produits alimentaires en France en 2019 selon le site Oulah! 
Cliquez sur l'image pour l'agrandir

Certes, le site Oulah! Indique que « La mauvaise surprise des résultats de l’année 2019 est pour tous ceux qui souffrent d’allergies alimentaires. »
En effet si la présence d’allergènes non indiqués sur les étiquettes ne représentaient que 6,63 % des rappels de produits alimentaires en 2018 (et c’est déjà beaucoup trop), 2019 voit ce problème se hisser à la seconde place des facteurs de rappels. De l’asthme à l’urticaire en passant par des chocs anaphylactiques, les allergies alimentaires touchent de plus en plus de français, surtout les enfants. Selon certaines sources « On considère que 8 % des enfants de moins de 6 ans ont une ou plusieurs allergies alimentaires ».

Mais alors que dire de Listeria dont la maladie infectieuse d’origine alimentaire est la listériose. Santé publique de France nous dit que c’est deuxième cause de mortalité d’origine alimentaire en France.

Enfin, dernière précision, le pathogène Escherichia coli dont il est fait état par Oulah! est  en fait Escherichia coli producteurs de shigatoxines ou STEC.

Selon l'EFSALa bactérie E. coli productrice de shigatoxines (STEC) est devenue la troisième cause de zoonose d'origine alimentaire au niveau européen, on voit aussi que c'est désormais le cas en France ...

Cet article souligne le besoin d'y voir plus clair en ayant un site unique de rappel  des produits alimentaires, permettant ainsi d'analyser et de comprendre les causes des rappels. Oui mais quand ?

Complément du 29 mars 2020. En Suisse, selon 24 heures.ch (article résérvé aux abonnés) « Des fromages aux vélos, les rappels de produits se multiplient ».

Les avertissements de sécurité publiés ont atteint un nombre record en 2019. Il y en a cinq fois plus qu’il y a dix ans.

vendredi 7 février 2020

Séroprévalence du virus de l'hépatite E chez les donneurs de sang en Corse


Voici une étude sur la séroprévalence du virus de l'hépatite E chez les donneurs de sang en Corse

Référence
Capai Lisandru, Hozé Nathanaël, Chiaroni Jacques, Gross Sylvie, Djoudi Rachid, Charrel Rémi, Izopet Jacques, Bosseur Frédéric, Priet Stéphane, Cauchemez Simon, de Lamballerie Xavier, Falchi Alessandra, Gallian Pierre. Seroprevalence of hepatitis E virus among blood donors on Corsica, France, 2017Euro Surveill. 2020;25(5):pii=1900336. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.5.1900336

Contexte
Avec une population de 338000 habitants en 2018, la Corse est une grande île française (8680 km2) située en mer Méditerranée dans le sud-est de la France métropolitaine. Le but de l'étude était d'étudier la séroprévalence du virus de l'hépatite E (VHE) chez des donneurs de sang volontaires de Corse, une zone considérée comme une zone de forte prévalence et d'évaluer le niveau d'immunité de la population ainsi qu'une analyse fine de la prévalence dans les districts corses.

Discussion
En 2011 et 2012, une enquête nationale (utilisant le test Wantai) a identifié une hétérogénéité géographique dans la distribution du statut sérologique des IgG anti-VHE chez les donneurs de sang volontaires en France métropolitaine, et la Corse faisait partie des zones où la séroprévalence était la plus élevée enregistrée (62 %).

Figatelli
Le ficatellu, une saucisse locale de foie de porc, a été officiellement identifié comme une source de contamination d'origine alimentaire par le VHE, mais l'impact réel de la consommation de ficatellu sur l'épidémiologie du VHE est inconnu et d'autres sources potentielles de contamination restent à explorer. Ici, nous avons terminé l'étude susmentionnée en effectuant une analyse spécifique d'un nouvel échantillon plus important de donneurs de sang corse.

Entre septembre 2017 et janvier 2018 (période sans activité touristique importante), nous avons recruté 2 705 donneurs de sang résidant en Corse dont 1 518 (56,1%) testés positifs pour les IgG anti-VHE. Cela a confirmé la forte endémicité du VHE en Corse.

D'autres zones à forte prévalence ont été identifiées en Europe à l'aide du même test IgG anti-VHE, à savoir le centre de l'Italie (région des Abruzzes, 49%) [46] et le sud-ouest de la France (région Midi-Pyrénées, 52,5%).

L'analyse des données brutes indique que la séroprévalence du VHE est plus élevée chez l'homme, constat qui a été précédemment décrit dans l'analyse univariée mais non multivariée, et également plus élevé chez les individus nés en Corse. Il a été précédemment proposé que ces différences puissent s'expliquer par des facteurs sociologiques (profession spécifique, chasse, etc.), mais il n'existe à ce jour aucune explication factuelle qui tienne compte de la forte prévalence générale chez les hommes et les femmes et également de la différence entre les sexes.

L'association entre l'antigène des leucocytes humains (HLA) ou les antigènes des groupes sanguins et les maladies infectieuses a été documentée dans la littérature mais, à notre connaissance, n'a jamais été étudiée pour l'infection par le VHE. Ici, nous n'avons pas identifié un tel lien entre les groupes sanguins ABO, Rhésus et Kell et la présence d'anticorps anti-HEV.

Les titres d'anticorps sont généralement faibles, avec 77,2%, 81,6% et 85,9% des donneurs ayant des titres d'IgG anti-VHE inférieurs à 5, 7 et 10 UI/mL, respectivement. La séroprévalence augmente avec l'âge, sauf chez les personnes de plus de 60 ans environ. Dans nos modèles, ce dernier peut s'expliquer soit par une force infectieuse variable avec l'âge (mais cela n'est pas étayé à ce jour par des informations épidémiologiques ou sociologiques) ou par une perte d'anticorps spécifiques dans le temps. Des études antérieures ont montré que les taux d'anticorps diminuent avec le temps et chez certains sujets, les IgG anti-VHE peuvent disparaître après un suivi variant entre 1 et 22 ans. Une étude récente auprès de donneurs de sang du centre de l'Italie utilisant le test Wantai a rapporté un taux de séroconversion VHE de 2,1 pour 100 personnes-années, du même ordre de grandeur (1,3-4,6/100 personnes-années) que ceux estimés avec nos modèles.

Notamment, la séroprévalence dans le groupe le plus jeune des donneurs de sang (18-27 ans) était plus de 10% plus élevée chez les personnes nées en Corse (environ 51%) que chez celles nées à l'extérieur (environ 39%). Cela se traduit par une force d'infection de 4,3% (IC 95% : 3,5–5,6) par an chez les natifs contre 2,8% (IC 95% : 2,5–3,2) par an chez les non-natifs dans le 'modèle de séroréversion'. Cependant, en l'absence de données épidémiologiques détaillées pour les individus de moins de 18 ans, la forme exacte de la courbe de séroconversion chez l'enfant et l'adolescent reste à établir. De toute évidence, l'identification des déterminants de l'exposition dans la population corse de moins de 18 ans est essentielle pour comprendre l'épidémiologie du VHE localement. Une comparaison de la séroprévalence du VHE mesurée ici (56,1%) avec les sérums archivés de donneurs de sang collectés en 2000 dans les deux départements de la Corse (53,3%; n = 90) (données non présentées) suggère que l'exposition au VHE a été stable en la population corse depuis au moins deux décennies. De plus, nous n'avons pas identifié de variation significative de la prévalence selon le district administratif de résidence. Dans l'ensemble, les informations épidémiologiques semblent converger vers une exposition potentielle commune et omniprésente à l'infection par le VHE pour les personnes vivant en Corse.

Le réservoir animal (principalement des porcs et des verrats) est consensuellement considéré comme une source majeure d'infection par le VHE chez l'homme [53,54]. Cependant, l'importance relative des voies de contamination directes (c'est-à-dire liées à la consommation de viande de porc et de sanglier) ou indirectes n'est pas claire. La contamination indirecte peut être liée à la transmission du virus par les mains ou des vecteurs passifs de transmission d'une maladie (fomites) mais également à l'eau potable contaminée. Des informations antérieures issues de l'étude nationale française ont identifié l'eau potable en bouteille comme facteur de protection contre l'infection, et dans la région rurale d'Auvergne (France métropolitaine centrale), l'eau du réseau public a été identifiée comme la source commune d'infection pour un groupe de sept cas humains, avec de l'ARN HEV détecté dans un puits privé qui a accidentellement contaminé le réseau public d'eau.

De plus, une étude récente en Suède a détecté des souches de génotype 3 du VHE dans l'eau du robinet et dans l'eau brute avant traitement. Par conséquent, à mesure que de nouvelles recherches sont mises en œuvre pour identifier les sources omniprésentes d'exposition au VHE en Corse, le rôle potentiel de l'eau potable dans la propagation de l'infection par le VHE devrait être étudié.

Conclusion
Notre étude confirme que la Corse est une zone d'endémie élevée pour l'infection par le VHE, avec une exposition homogène dans les différents quartiers géographiques. La séroprévalence augmente avec l'âge jusqu'à 60 ans et est plus élevée chez l'homme que chez la femme. Notre étude a identifié trois domaines prioritaires pour des investigations complémentaires sur la Corse.

Premièrement, l'épidémiologie dans le groupe d'âge plus jeune (moins de 18 ans) est essentiellement inconnue en l'absence de données biologiques et devrait être explorée plus avant.
Deuxièmement, les sources courantes de contamination, en particulier l'eau potable, méritent des études complémentaires car le VHE peut être trouvé dans les fèces et les eaux usées et la Corse est une région où l'infection des porcs et des verrats est fréquente. Le réservoir d'animaux, les eaux usées et la contamination potentielle du réseau public d'eau peuvent être étudiés.
Troisièmement, la forte proportion de donneurs ayant un faible titre d'anticorps anti-VHE soulève des questions sur la protection offerte par les anticorps IgG et sur la sensibilité à une infection secondaire par le VHE.

dimanche 25 août 2019

L'adaptation chez les bovins peut être en train de conduire E. coli à développer des propriétés dangereuses


Image en micrographie électronique de E. coli isolés de bovin. (Crédit: Atsushi Iguchi, Université de Miyazaki)
« L'adaptation chez les bovins peut être en train de conduire E. coli à développer des propriétés dangereuses », source Phys.org à partir de données de la Kyushu University.

Une étude à grande échelle des différences et des similitudes génétiques entre les bactéries E. coli provenant de bovins et d’êtres humains indique que des caractéristiques provoquant une intoxication alimentaire chez l’homme pourraient continuellement apparaître chez les bactéries provenant de bovins afin de mieux s’adapter à leur environnement.

Si la bactérie E. coli est l'une des causes les plus connues d'intoxication alimentaire, il existe une grande variété de souches de E. coli, dont beaucoup sont des résidentes permanentes et inoffensives de notre intestin. Cependant, l'ingestion de souches dangereuses de E. coli dans des aliments contaminés peut entraîner une maladie grave, des vomissements et une diarrhée.

« Pour mettre au point des mesures préventives les plus efficaces, nous avons besoin d'une connaissance approfondie de la source et des conditions de vie de la bactérie », a dit Yoshitoshi Ogura, professeur associé au département de bactériologie de l'université de Kyushu, qui a dirigé la recherche.

« Bien que l'on pense depuis longtemps que les bovins sont l'une des principales sources de E. coli qui causent une intoxication alimentaire, les raisons pour lesquelles des formes dangereuses continueraient à apparaître chez les bovins n'ont pas été élucidées. »

Le groupe d’Ogura, en collaboration avec des chercheurs du Japon, de France, de Belgique et des États-Unis, a tenté de répondre à cette question en explorant la génétique des bactéries E. coli provenant de bovins et des humains dans 21 pays répartis sur six continents.

« À ce jour, les séquences du génome de E. coli provenant de bovins n'ont été signalées que de manière limitée. Nous avons donc dû combler cette lacune », commente Yoko Arimizu, premier auteur de l’étude parue dans Genome Research et annonçant de nouveaux résultats.

Alors que le plus grand nombre d'échantillons provenait du Japon, les souches d'autres régions présentaient des caractéristiques bien réparties parmi celles du Japon, indiquant une bonne diversité des ensembles d'échantillons.

En se basant sur les caractéristiques génétiques de la bactérie, les chercheurs pouvaient généralement séparer les différentes souches de E. coli en deux groupes, l’un composé principalement de bactéries prélevées chez l’homme et l’autre groupe provenant de bovins.

Appliquant la même analyse à des E. coli obtenus cliniquement et connus pour causer des maladies, les chercheurs ont découvert que la plupart des souches causant des problèmes intestinaux appartenaient au groupe associé aux bovins.

En outre, de nombreux échantillons issus de bovins présentaient des caractéristiques similaires à celles provoquant une intoxication alimentaire, telles que la production de shigatoxines. Bien que ces caractéristiques ne semblent généralement pas causer de maladies chez les bovins, leur prévalence dans les échantillons analysés suggère que ces caractéristiques sont bénéfiques pour la vie dans l'intestin des bovins.

« Tant qu'il y aura une pression pour maintenir ou renforcer ces caractéristiques productrices de maladies afin de mieux s'adapter à la vie dans l'intestin des bovins, de nouveaux variants de E. coli causant des intoxications alimentaires continueront probablement à apparaître », dit Ogura.

Les chercheurs spéculent que ces caractéristiques pourraient aider E. coli à se protéger contre les organismes mangeurs de bactéries présents dans les intestins des bovins, mais des travaux supplémentaires sont nécessaires pour identifier la raison exacte.

Référence.
Large-scale genome analysis of bovine commensal Escherichia coli revealed that bovine-adapted E. coli lineages are serving as evolutionary sources of the emergence of human intestinal pathogenic strains, Genome Research (2019). DOI: 10.1101/gr.249268.119