Une nouvelle technologie révèle des salmonelles cachées

«Une nouvelle technologie révèle des salmonelles cachées», source communiqué de l'Université de Géorgie.

À l'aide de nouveaux outils, un chercheur découvre la diversité bactérienne dans de l'eau douce.

La surveillance des salmonelles dans l'environnement est essentielle car l'eau douce contaminée utilisée pour irriguer les cultures peut transférer des bactéries pathogènes aux produits frais, provoquant des maladies et même la mort. Mais Nikki Shariat, chercheuse à l'Université de Géorgie (UGA), pense que les méthodes traditionnelles de surveillance des salmonelles n'ont pas donné une vue d'ensemble.

Des colonies de Salmonella sur boîte
avec un indicateur rouge

Shariat, professeur adjoint de santé des populations au Collège de médecine vétérinaire de l'UGA, a découvert que les populations de salmonelles en eau douce sont plus diversifiées qu'on ne le pensait auparavant. Et que cette diversité masque les populations cachées de salmonelles qui sont cliniquement importantes.

Dans une étude récente publiée dans Applied and Environmental Microbiology, Shariat a détaillé non seulement l'évolution des populations de salmonelles dans le bassin de la rivière Susquehanna au fil du temps, mais a également découvert des populations cachées qui, jusqu'à présent, n'étaient pas détectées.

À l'aide d'un outil développé dans son laboratoire, CRISPR-SeroSeq (serotyping by sequencing of the CRISPR loci) Shariat et son équipe d'étudiants ont utilisé le séquençage de nouvelle génération pour plonger en profondeur et révéler des populations entières de salmonelles dans un échantillon. Dans 78% des échantillons du bassin de la rivière Susquehanna contenant des salmonelles, l’équipe a découvert huit des 10 principaux sérotypes responsables de maladies humaines du CDC. Il convient de noter que six de ces sérotypes étaient souvent complètement cachés par des types de salmonelles plus abondants et moins cliniquement pertinents. Dans une enquête traditionnelle, ces sérotypes auraient été entièrement manqués.

La rivière Susquehanna fournit 70% de l'eau douce à la baie de Chesapeake, et de grandes étendues de celle-ci et de ses affluents traversent les zones agricoles. Au printemps, la région reçoit des quantités accrues de pluie qui produisent un ruissellement qui alimente en fin de compte les rivières et les ruisseaux qui remplissent la Susquehanna.

C'est ce ruissellement qui, selon les chercheurs, favorise l'augmentation de la quantité de salmonelles retrouvée dans les échantillons prélevés au printemps. Des échantillons uniques contenaient jusqu'à 10 sérotypes de salmonelles, dont beaucoup sont associés à l'élevage.

«Chez les animaux destinés à l'alimentation, nous savons que lorsque Salmonella se développe, de nombreux sérotypes survivent. Et dans mon travail avec la volaille et d'autres animaux destinés à l'alimentation ici à l'UGA, nous avons vu plusieurs sérotypes présents dans un seul échantillon», a déclaré Shariat. «Mais Salmonella est adapté pour se développer dans l'intestin des animaux, pas dans l'eau douce. Nous voulions voir quelle diversité pouvait être retrouvée dans l'eau.»

En règle générale, lorsqu'un environnement est étudié pour Salmonella, des échantillons sont collectés, cultivés pour être enrichis, puis étalés sur des boîtes de milieu gélosé indicatrices et sélectives. «Sur ces boîtes, Salmonella se développent généralement sous forme de colonies noires distinctes», a dit Shariat, «et les colonies individuelles sont prélevées sur la boîte et caractérisées par leur sérotype.»

Un chercheur sélectionne une ou deux colonies sur la boîte à caractériser, ce qui signifie que seuls les sérotypes les plus abondants sont identifiés. Mais, comme les recherches de Shariat l’ont continuellement constaté, cette méthode ne fait qu’effleurer la surface d’une population large et diversifiée de salmonelles.

«En utilisant la méthode sur boîte, vous devrez peut-être choisir des centaines de colonies distinctes pour trouver une trace de ces sérotypes de fond», a dit Shariat. «Ce serait impossible sur le plan logistique et très coûteux.» À l'aide de CRISPR-SeroSeq, l'équipe peut classer et caractériser tous les sérotypes identifiables dans un seul échantillon. «Ce qui était impressionnant dans notre travail sur la Susquehanna, c'est que plus de 80% des échantillons contenant des salmonelles comprenaient en fait plus d'un type de salmonelles.»

Dans de futures études, l'équipe espère approfondir la question de la longévité des salmonelles en eau douce et de la distance qu'elle peut parcourir dans un bassin versant.

Mise à jour du 13 juillet 2021. On lira cet article de Food Safety News, Study finds that traditional sampling methods miss harmful salmonella.