Tous les sous-types de STEC peuvent provoquer une maladie grave, selon l'EFSA

« Tous les sous-types de STEC peuvent provoquer une maladie grave, selon l'EFSA », source article de Joe Whitworth paru le 31 janvier 2020 dans Food Safety News.

Selon un avis scientifique de l'EFSA, toutes les souches de E. coli producteurs de shigatoxines sont pathogènes et potentiellement associées à une maladie grave.

Bien que le sérotype soit important dans le suivi épidémiologique, y compris l'incidence, l'émergence de nouveaux clones et la détection et l'investigation des épidémies, il n'est pas possible d'exclure la pathogénicité ou la possibilité d'une maladie grave sur la base de ces informations, selon l'agence européenne.

L'avis a révélé que tous les sous-types de STEC peuvent être associés à des maladies graves telles que le syndrome hémolytique et urémique (SHU), la diarrhée sanglante et l'hospitalisation. Bien que stx2a ait enregistré les taux les plus élevés, tous les autres sous-types de shigatoxines (stx), pour lesquels les données étaient suffisantes, étaient associés à au moins un de ces résultats de maladie grave. Il existe quatre sous-types stx1 et 12 stx2.

La présence d'intimine (gène eae) était un facteur aggravant, mais ce marqueur de virulence n'était pas toujours indispensable en cas de maladie grave. La combinaison minimale de gènes requise pour provoquer une maladie grave est inconnue.

Sérogroupes et sources d'épidémies

Un avis de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) sur la pathogénicité des STEC en 2013 préconisait une approche moléculaire dans laquelle la présence de eae ou aaic et aggR était associée à un risque « élevé » pour les sérogroupes O157, O26, O103, O145, O111 et O104 ou un risque inconnu de maladie grave.

De 2012 à 2017, 330 éclosions à STEC ont été rapportées dans 18 pays d'Europe, impliquant 2 841 cas, 463 hospitalisations et cinq décès. Le véhicule alimentaire a été identifié dans 164 foyers.

L'analyse de l'attribution de la source, basée sur des données épidémiologiques de « preuves solides » au cours de cette période, suggère que « la viande bovine et ses produits, le lait et les produits laitiers, l'eau du robinet, y compris l'eau de puits et les légumes, les fruits et leurs produits sont les principales sources d'infections aux STEC mais un classement n'a pas pu être fait en raison de données insuffisantes. D'autres aliments sont également potentiellement associés aux infections à STEC, mais se classent plus bas. »

Dans au moins six des 14 foyers liés au lait et aux produits laitiers, la source réelle était le lait cru. La plupart des éclosions liées à l’eau du robinet, y compris d’eau de puits, se sont produites dans un pays.

Dans l'UE, les cinq principaux sérogroupes d'infections humaines aux STEC de 2012 à 2017 étaient O157, O26, O103, O91 et O145. Les sérogroupes les plus fréquemment associés aux infections sévères (SHU, hospitalisation ou BD) étaient O157 et O26. Les sérogroupes O111, O80 et O145 étaient parmi les cinq les plus fréquemment rapportés dans les cas de SHU, O145, O103 et O111 dans les cas hospitalisés et O103, O145 et O91 dans les cas de diarrhée sanglante. Au total, 49, 88 et 95 différents sérogroupes O ont été signalés respectivement dans les cas de SHU, d'hospitalisation et de diarrhée sanglante.

Aux États-Unis, les sérogroupes de STEC associés à la maladie humaine sont O157, O26, O45, O103, O111, O121 et O145, selon le CDC.

Surveillance, détection et notification

L'ISO/TS 13136:2012 est en cours de révision. La norme révisée sera divisée en deux parties, l'une sur la détection et l'isolement des STEC des denrées alimentaires et des aliments pour animaux, tandis que la deuxième partie contiendra des spécifications pour la caractérisation des souches isolées de STEC.

La plupart des méthodes d'enrichissement actuelles ont été développées pour STEC O157 et peuvent inhiber d'autres STEC.

Les méthodes moléculaires pour le ciblage, la détection, la confirmation et/ou la caractérisation des STEC comprennent la réaction en chaîne par polymérase (PCR), la PCR en temps réel, d'autres méthodes génétiques basées sur la PCR et le séquençage métagénomique, mais toutes ont des limites, notamment un manque de sensibilité et de sélectivité et de fiabilité qui pourraient être surmontées en utilisant le séquençage du génome entier.

Les systèmes de surveillance des infections à STEC ont une couverture nationale dans tous les pays sauf la France, Italie et Espagne. L'avis stipule que la surveillance des STEC devrait garantir que tous les États membres collectent des données sur toutes les infections aux STEC et pas seulement sur les cas de SHU.

Les experts ont déclaré qu'une refonte majeure des tests et des rapports actuels sur les STEC pour les isolats d'animaux, de denrées alimentaires, d'aliments pour animaux et humains est nécessaire dans l'UE.

« Un critère microbiologique a été défini pour les germes uniquement, tandis que la déclaration de la présence de STEC dans les denrées alimentaires restantes ainsi que dans les échantillons d'animaux n'est décrite de manière générique que dans la directive 2003/99/CE, une situation qui devrait changer pour faciliter une meilleure compréhension des sources, de la pathogénicité et de l'émergence de nouvelles souches. »

« Le cadre des analyses de STEC au sein de l'UE devrait être harmonisé, y compris les stratégies d'échantillonnage, les méthodes d'échantillonnage et les rapports. Cela nécessitera que tous les États membres utilisent les mêmes systèmes de définition de cas et d'enquête sur les éclosions. En outre, il devrait être obligatoire de déclarer toutes les données (animaux, aliments pour animaux, denrées alimentaires et cas humains) à l'EFSA/ECDC et cela devrait être appliqué par tous les États membres. »

La limite réglementaire pour les graines germées est STEC O157, O26, O111, O103, O145 et O104:H4 qui doit être « absent dans 25 grammes » pour les graines germées mis sur le marché pendant leur durée de conservation.

NB : La photo est issue du Helmholtz Centre for Infection Research. © HZI/Manfred Rohde.