mardi 3 août 2021

Surveillance de l'environnement de transformation des aliments à faible teneur en eau. Recherchons-nous les bons micro-organismes ?

L’article 'Surveillance de l'environnement de transformation des aliments dans les installations de production alimentaire à faible teneur en eau. Recherchons-nous les bons micro-organismes ?' vient de paraître dans la revue International Journal of Food Microbiology; il est disponible en accès libre.

Faits saillants

  • L'analyse des produits finis est d'un intérêt limité en cas de faible prévalence de la contamination .
  • La prévalence des agents pathogènes préoccupants pour les aliments à faible teneur en eau est prise en compte dans le cadre d'enquêtes sur les éclosions d'origine alimentaire rapportées.
  • La surveillance de l'environnement de transformation par écouvillonnage de surface est une approche proactive d'intérêt pour anticiper la contamination des produits grâce à l'identification de niches d'hébergement.
  • Les prélèvements doivent tenir compte à la fois de la proximité et de la priorité du produit en fonction des conditions d'hygiène, du lieu dans le processus (avant ou après le traitement thermique).
  • La caractérisation génétique des isolats fournit des informations intéressantes pour comprendre la différence entre les souches résidentes et sporadiques dans un environnement de transformation.

Résumé

La surveillance de l'environnement de transformation prend de plus en plus d'importance dans le cadre des plans de management de la sécurité des aliments et des programmes HACCP, car les épidémies passées ont montré la pertinence de l'environnement comme voie de contamination, nécessitant donc d'assurer la sécurité des produits.

Cependant, il y a encore de nombreuses questions ouvertes et un manque de clarté sur la façon de mettre en place un programme significatif, qui fournirait des avertissements précoces d'une contamination potentielle des produits. Par conséquent, le présent document vise à résumer et à évaluer les informations scientifiques existantes sur les épidémies, les agents pathogènes pertinents dans les aliments à faible teneur en eau et les connaissances sur les indicateurs, y compris leur contribution à un environnement «propre» capable de limiter la propagation des agents pathogènes dans les environnements secsde production. Ce document décrit également les éléments essentiels d'un programme de surveillance de l'environnement de transformation, soutenant ainsi la conception et la mise en œuvre de meilleurs programmes axés sur des micro-organismes pertinents. Ce document est destiné à aider l'industrie et les services régementaires à se concentrer et à mettre en place des programmes de surveillance de l'environnement de transformation ciblés en fonction de leur objectif, et donc de fournir les éléments essentiels nécessaires pour améliorer la sécurité des aliments.

Conclusion

Les aliments à faible teneur en eau (aw < 0,85) ont attiré l'attention en raison de plusieurs épidémies causées par Salmonella, E. coli pathogène et, dans une moindre mesure, d'autres agents pathogènes préoccupants. Il est intéressant de noter que L. monocytogenes n'a pas été impliqué dans les épidémies liées aux aliments à faible teneur en eau, à moins que les conditions ne changent et n'autorisent sa prolifération avant consommation. Une approche analyse du produit fini est limitée lorsqu'il s'agit d'identifier une faible prévalence de contamination, ce qui est le plus souvent le cas pour les aliments à faible teneur en eau. En revanche, la surveillance de l'environnement de transformation est reconnue comme une approche proactive pour anticiper la contamination des produits finis. Les programmes de surveillance de l'environnement de traitement doivent être à la fois conçus pour identifier les points critiques à prélever régulièrement et rechercher des niches d’hébergement, ainsi que rechercher et détruire les agents pathogènes préoccupants pour les produits/productions respectifs.

La meilleure façon de surveiller les agents pathogènes est donc un point important, non seulement pour les fabricants, mais aussi pour les services réglementaires. Cela fait également référence à la question des micro-organismes indicateurs appropriés, à la fois pour le(s) agent(s) pathogène(s) et pour les indicateurs des conditions d'hygiène au sein de l’usine.

Alors que la surveillance de la contamination microbienne dans l'environnement de transformation s'avère plus proactive et efficace pour détecter une contamination de faible niveau par rapport aux analyses de produits finis, elle devrait être suivie d'une action corrective et de plans d'action préventifs, afin non seulement de rechercher et de détruire des niches d’hébergement. dans la zone de production, mais aussi assurer une application efficace des Bonnes Pratiques d’Hygiène, un zonage hygiénique approprié et une conception de l'équipement, avec des protocoles de nettoyage adéquats. Exigé par le règlement UE 2073/2005, il ne s'agit ‘que’ d'une action de suivi de la situation: cependant, il fournit une indication claire de l'efficacité de la mise en œuvre du système de management de la sécurité des aliments. Il doit constituer la base d'un plan global de lutte préventive. Comme HACCP, il doit être géré de manière dynamique et régulièrement mis à jour.

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Il paraît que les voyageurs américains à l'étranger sont plus sensibles à un germe résistant aux antibiotiques ...

«Un germe résistant aux antibiotiques a plus de punch chez les voyageurs américains», source Washington State University (WSU).

Un type de bactérie comme Salmonella est beaucoup plus susceptible de provoquer des maladies et de repousser les antibiotiques de première intention lorsqu'il est acquis en Europe, Asie et dans certaines parties de l'Afrique plutôt qu'aux États-Unis.

Des chercheurs de l'Université de l'État de Washington ne savent pas encore pourquoi les isolats de Salmonella Kentucky de certaines parties du globe sont résistants aux antibiotiques alors que d'autres ne le sont pas, mais leurs découvertes sont une étape clé vers une meilleure compréhension et un meilleur traitement.

«Franchement, je pense que nous avons juste eu de la chance que ce type résistant aux médicaments n'ait pas encore fait son apparition aux États-Unis», a déclaré Rachel Soltys, étudiante diplômée et première auteure d'un article publié dans le Journal of Frontiers and Sustainable Food Systems.

L'étude a été menée dans le laboratoire de Devendra Shah, professeur en recherche sur les maladies infectieuses. Shah fait partie du grand effort de recherche sur les maladies à l'université et travaille au département de microbiologie et de pathologie vétérinaires de la WSU.

Les chercheurs du laboratoire Shah se sont penchés spécifiquement sur Salmonella Kentucky. Tout comme les autres types de Salmonella, les bactéries se développent dans le tractus gastro-intestinal des animaux destinés à l'alimentation tels que les poulets et les bovins, et sont connues pour provoquer des diarrhées, des douleurs abdominales et de la fièvre chez les humains.

Les chercheurs ont découvert que plus de 60% des Washingtoniens atteints d'une infection confirmée à Salmonella Kentucky alors qu'ils étaient à l'étranger de 2004 à 2014 étaient résistants aux fluoroquinolones, un groupe d'antibiotiques de première intention utilisés pour traiter l'infection à Salmonella.

Bien que le laboratoire ait également collecté des isolats de Salmonella Kentucky provenant d'animaux destinés à l'alimentation domestiques élevés aux États-Unis, tels que des poulets, aucun n'a montré de résistance à ce groupe d'antibiotiques.

Pour tracer l'origine de la résistance aux antibiotiques des souches, Soltys et Shah ont analysé 15 échantillons cliniques de Salmonella Kentucky résistants aux fluoroquinolones collectés par le Washington State Department of Health.

En collaboration avec le département de la santé de l'État, 11 de ces cas ont été directement attribués à des voyages internationaux au Moyen-Orient et dans des pays tels que la Tanzanie, Éthiopie, Côte d'Ivoire, Maroc, Égypte et Inde.

Pour étayer leurs conclusions, 140 autres échantillons de Salmonella Kentucky prélevés sur des poulets dans le nord-ouest des États-Unis et quelques-uns au laboratoire de Jean Guard, chercheur en agriculture à l’US National Poultry Research Center du ministère américain de l'agriculture, ont été comparés à plus plus de 400 séquences génomiques publiquement disponibles de Salmonella Kentucky provenant de diverses parties du monde.

«Lorsque nous avons comparé nos séquences de Salmonella Kentucky aux isolats internationaux, cela a corroboré ce que nous avions appris des données épidémiologiques du département de la Santé de l'État de Washington et a confirmé que les patients avaient contracté l'infection pendant leur voyage», a déclaré Soltys.

La recherche s'appuie sur des travaux de 2016, lorsque Carson Sakamoto, étudiant en deuxième année de médecine vétérinaire, a découvert que la plupart des souches de Salmonella Kentucky isolées de patients humains dans l'État de Washington étaient très résistantes aux antibiotiques de première intention.

Shah a déclaré que si Salmonella Kentucky est l'un des types de Salmonella les plus courants chez les volailles domestiques, la bactérie cause moins de 100 cas par an aux États-Unis. On pensait généralement que Salmonella Kentucky n'était pas une menace majeure pour la santé publique.

Cependant, Shah a déclaré que si Salmonella Kentucky résistant aux fluoroquinolones du monde entier devenait endémique aux États-Unis, les cas signalés augmenteraient probablement et ceux qui présentent des symptômes suffisamment graves pour justifier une visite chez le médecin se verraient probablement prescrire des médicaments qui ne fonctionneraient pas.

«Premièrement, vous n'allez probablement pas vous rétablir avec des antibiotiques. Deuxièmement, vous allez perturber vos bactéries normales dans votre corps et cela peut aggraver votre infection», a déclaré Shah.

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Une longue journée pour les microbes

Tapis microbien
violet dans le Middle Island Sinkhole (gouffre) du lac Huron, juin 2019. Des petites collines et des «doigts» comme celui-ci dans le tapis sont causés par du gaz comme le méthane et l'hydrogène sufureux qui bouillonnent sous eux. © Phil Hartmeyer, NOAA Sanctuaire marin national de Thunder Bay.

«Une longue journée pour les microbes», source Max Planck Institute for Marine Microbiology.

Un ralentissement de la rotation de la Terre aurait pu affecter la teneur en oxygène de l'atmosphère.

La vie sur Terre repose aujourd'hui sur la présence d'oxygène. Cependant, le processus derrière l'augmentation progressive des niveaux d'oxygène dans l'atmosphère, qui s'est déroulée sur près de deux milliards d'années, reste débattu. Une équipe internationale de scientifiques autour de Judith Klatt de l'Institut Max Planck de microbiologie marine à Brême, Allemagne, propose une explication intrigante, l'augmentation de la durée du jour, résultant du ralentissement de la rotation de la Terre, peut avoir permis aux microbes de libérer plus d'oxygène, créant ainsi l'air que nous respirons aujourd'hui.

Pratiquement tout l'oxygène sur Terre était et est produit par la photosynthèse, qui a été inventée par de minuscules organismes, les cyanobactéries, lorsque notre planète était encore un endroit plutôt inhabitable. Les cyanobactéries ont évolué il y a plus de 2,4 milliards d'années, mais la Terre ne s'est que lentement transformée en la planète riche en oxygène que nous connaissons aujourd'hui. «Nous ne comprenons pas parfaitement pourquoi cela a pris autant de temps et quels facteurs ont contrôlé l'oxygénation de la Terre», a déclaré la géomicrobiologiste Judith Klatt. «Mais en étudiant des tapis de cyanobactéries dans le gouffre de l'île Middle du lac Huron au Michigan, qui vivent dans des conditions ressemblant à la Terre primitive, j'ai eu une idée.»

Les cyanobactéries sont des lève-tard

Klatt a travaillé avec une équipe de chercheurs autour de Greg Dick de l'Université du Michigan. L'eau du gouffre de l'île Middle, où les eaux souterraines s'écoulent du fond du lac, est très pauvre en oxygène. «La vie au fond du lac est principalement microbienne et sert d'analogue aux conditions qui ont prévalu sur notre planète pendant des milliards d'années», explique Bopi Biddanda, un écologiste microbien collaborateur de la Grand Valley State University. Les microbes y sont principalement des cyanobactéries violettes productrices d'oxygène qui entrent en compétition avec des bactéries blanches oxydant le soufre. Les premières produisent de l'énergie avec la lumière du soleil, les secondes avec l'aide du soufre. Pour survivre, ces bactéries exécutent chaque jour une petite danse :

Du crépuscule à l'aube, les bactéries mangeuses de soufre se trouvent au-dessus des cyanobactéries, bloquant leur accès à la lumière du soleil. Lorsque le soleil se lève le matin, les mangeurs de soufre se déplacent vers le bas et les cyanobactéries remontent à la surface du tapis. «Maintenant, ils peuvent commencer à faire de la photosynthèse et à produire de l'oxygène», a expliqué Klatt. «Cependant, il faut quelques heures avant que cela ne démarre vraiment, il y a un long décalage le matin. Les cyanobactéries sont plutôt des lève-tard que des matinaux, semble-t-il. En conséquence, leur temps pour la photosynthèse est limité à seulement quelques heures par jour. Lorsque Brian Arbic, océanographe physique à l'Université du Michigan, a entendu parler de cette danse microbienne nycthémérale, il a soulevé une question intrigante: «Est-ce que cela pourrait signifier que la modification de la longueur du jour aurait eu un impact sur la photosynthèse au cours de l'histoire de la Terre ?»

La durée du jour sur Terre n'a pas toujours été de 24 heures. «Lorsque le système Terre-Lune s'est formé, les jours étaient beaucoup plus courts, peut-être même aussi courts que six heures», a expliqué Arbic. Ensuite, la rotation de notre planète a ralenti en raison de la force de la gravité de la lune et du frottement des marées, et les jours ont rallongé. Certains chercheurs suggèrent également que la décélération rotationnelle de la Terre a été interrompue pendant environ un milliard d'années, coïncidant avec une longue période de faibles niveaux d'oxygène dans le monde. Après cette interruption, lorsque la rotation de la Terre a recommencé à ralentir il y a environ 600 millions d'années, une autre transition majeure dans les concentrations mondiales d'oxygène s'est produite.

Après avoir noté l'étonnante similitude entre le modèle d'oxygénation de la Terre et le taux de rotation sur des échelles de temps géologiques, Klatt était fascinée par l'idée qu'il pourrait y avoir un lien entre les deux - un lien qui allait au-delà du décalage de photosynthèse des «lève-tard» observés dans le gouffre de de Middle Island. «J'ai réalisé que la durée du jour et la libération d'oxygène par les tapis microbiens sont liées par un concept très basique et fondamental: pendant les jours courts, il y a moins de temps pour que les gradients se développent et donc moins d'oxygène peut s'échapper des tapis», selon l'hypothèse de Klatt.

Des tapis bactériens à l'oxygène mondial

Klatt s'est associé à Arjun Chennu, qui travaillait alors également à l'Institut Max Planck de microbiologie marine et qui dirige maintenant son propre groupe au Centre Leibniz pour la recherche marine tropicale à Brême. Sur la base d'un logiciel open source développé par Chennu pour cette étude, ils ont étudié comment la dynamique de la lumière du soleil est liée à la libération d'oxygène par les tapis. «L'intuition suggère que deux journées de 12 heures devraient être similaires à une journée de 24 heures. La lumière du soleil monte et descend deux fois plus vite, et la production d'oxygène suit au même rythme. Mais la libération d'oxygène par les tapis bactériens ne le fait pas, car elle est limitée par la vitesse de diffusion moléculaire. Ce découplage subtil de la libération d'oxygène de la lumière du soleil est au cœur du mécanisme», a déclaré Chennu.

Pour comprendre comment les processus se produisant au cours d'une journée peuvent avoir un impact sur l'oxygénation à long terme, Klatt et ses collègues ont incorporé leurs résultats dans des modèles mondiaux de niveaux d'oxygène. L'analyse suggère que l'augmentation la libération d'oxygène due au changement de la durée du jour pourrait avoir augmenté les niveaux d'oxygène dans le monde. C'est un lien entre l'activité de minuscules organismes et les processus globaux. «Nous relions les lois de la physique opérant à des échelles très différentes, de la diffusion moléculaire à la mécanique planétaire. Nous montrons qu'il existe un lien fondamental entre la durée du jour et la quantité d'oxygène pouvant être libérée par les microbes du sol», a déclaré Chennu. «C'est assez excitant. De cette façon, nous relions la danse des molécules du tapis microbien à la danse de notre planète et de la Lune.»

Dans l'ensemble, les deux principaux événements d'oxygénation (sauts de la concentration en oxygène) de l'histoire de la Terre - le grand événement de l'oxydation, il y a plus de deux milliards d'années et l'événement de l'oxygénation néoprotérozoïque ultérieur - pourraient être liés à l'augmentation de la durée du jour. Par conséquent, l'augmentation de la durée du jour aurait pu augmenter suffisamment la productivité du filet benthique pour avoir un impact sur les niveaux d'oxygène atmosphérique. «Jongler avec ce large éventail d'échelles temporelles et spatiales était ahurissant - et très amusant», conclut Klatt.

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De l'eau et du CO2 pour augmenter la croissance de cultures

«La marijuana se cultive sur du carbone capturé», source article de Jim Romahn paru Le 3 août 2023 dans son blog Agri 007.

La légalisation de la marijuana au Canada en 2018 a marqué le début du deuxième acte pour CO2 Gro Inc., rapporte le Toronto Globe and Mail dans les profils de cinq entreprises canadiennes impliquées dans la capture du carbone.

Le pompage du CO2 dans les serres est connu depuis longtemps pour augmenter la croissance des plantes jusqu'à 30%, mais le processus est inefficace, et pendant les mois chauds, le gaz est évacué dans l'atmosphère, selon l’article.

La technologie de CO2 Gro Inc. consiste à infuser de l'eau avec du CO2 et à la vaporiser sur les plantes en courtes rafales, améliorant ainsi l'efficacité du processus.

L'industrie de la marijuana est rapidement devenue un marché de premier plan, et maintenant CO2 Gro Inc. a vendu ses systèmes de brumisation à huit exploitations de cannabis sous licence. Elle se concentre également sur d'autres cultures cultivées dans des structures protégées, notamment les poivrons et les baies qui ont de grandes feuilles pour la pulvérisation.

«L'utilisation du carbone dans la plupart des cas n'a pas été une chose très précise. Des personnes brûlent du carburant pour fabriquer du carbone, elles font toutes sortes de choses pour obtenir du CO2 pour le carbone, et dans la plupart des cas, il est perdu», a déclaré John Archibald, PDG de CO2 Gro.

Pour pomper le gaz dans une serre de 100 000 pieds carrés, un opérateur peut avoir à injecter jusqu'à un million de pieds cubes de CO2, mais dans de nombreux cas, jusqu'à 90% de celui-ci s'échappe dans l'atmosphère.

«Ce que nous faisons, c'est mettre du CO2 dans de l'eau à un taux de solution spécifique et le mettre sur les feuilles dans un brouillard afin que les feuilles absorbent pratiquement tout le carbone que nous leur donnons. Nous utilisons donc environ cinq pour cent du carbone que quelqu'un utiliserait s'il gazait», a-t-il déclaré.

Le brouillard a également été efficace pour réduire E. coli, les moisissures et l'oïdium car il est légèrement acide.

«Donc, beaucoup de gens se tournent vers nous comme pesticide naturel qui devient partie intégrante de l'utilisation de l'eau légèrement acide chargée de molécules saturées de CO2», a déclaré Sam Kanes, vice-président des études de marché de l'entreprise.

CO2 Gro compte 10 employés et utilise un réseau mondial de représentants commerciaux indépendants pour commercialiser ses systèmes de livraison. Son principal actionnaire est la société de capital-investissement basée aux États-Unis Ospraie Ag Science LLC.

Au cours de la dernière année, CO2 Gro a signé plusieurs accords avec des entreprises du monde entier pour déterminer la viabilité commerciale de la technologie dans leurs opérations. Ils cultivent des cultures telles que la laitue, les fraises et les poivrons, ainsi que des orchidées et des roses.

«Nous constatons une augmentation moyenne des récoltes de 30%, et pour générer ces augmentations de récolte, nous n'ajoutons qu'environ 5% de CO2 dans l'atmosphère», a déclaré M. Archibald.

«Dans un monde qui subit des stress alimentaires pour nourrir les populations, en particulier dans les économies émergentes, c'est un gain important. Nous ne pouvons pas travailler avec du blé et nous ne pouvons pas travailler avec du riz, mais nous pouvons apporter une contribution significative à la marge», a-t-il déclaré.

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Quand la vaccination était obligatoire

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La sécurité des aliments en France en juillet 2021, vue par le prisme du blog

En juillet 2021, 1 061 produits rappelés selon le dispositif RappleConso, complétés de quelques ‘oublis’., dont près de 60 rappels pour des pathogènes.

En juillet 2021, la DGCCRF nous a informé du rappel de 2 411 produits rappelés (références et lots).

En juillet 2021, le réseau d’alerte rapide la Commission européenne, RASFF, a comptabilisé 58 notifications liées à la présence d’oxyde d’éthylène dans des produits alimentaires. Avec ce chiffre, nous voilà revenu d'un coup au niveau de janvier 2021 … et ce n'est pas près de se terminer ...

Tous ces chiffres donnent le vertige et l’on ne peut pas s'empêcher d’évoquer cet énorme gaspillage alimentaire ...

Le 2 août 2021, déjà plus de 100 rappels (107) en un seul jour !

Voici un extrait de la foire aux questions de l’AFSCA de Belgique à propos des rappels de produits avec une teneur trop élevée en oxyde d'éthylène. Je montre cet extrait parce que nul part en France, il y a une information pédagogique sur ce sujet, et pourtant, ce n’est pas compliqué, jugez plutôt ...

Des mesures sont-elles prises pour éviter que des produits non conformes soient mis sur le marché ?

Tant la Belgique que l’Europe et les autres Etats Membres ont pris des mesures pour que seuls les produits qui répondent aux normes européennes soient mises sur le marché.

Tout d'abord, la Commission européenne a décidé que les graines de sésame importées d'Inde depuis le 26 octobre 2020 doivent être accompagnées d'un certificat officiel et d’un rapport d’analyse qui garantissent leur conformité aux normes européennes. En plus de cette certification obligatoire, tous les États membres de l'Union européenne ont augmenté la fréquence des contrôles aux postes de contrôles frontaliers.

Deuxièmement, nous avons recommandé aux entreprises qui travaillent fréquemment avec des produits provenant de pays où l'utilisation de l'oxyde d'éthylène est autorisée, d'effectuer des analyses sur cette substance. Les entreprises sont les premières responsables de la mise sur le marché de produits sûrs et il est dans leur intérêt de procéder à ces analyses.

Effectivement, les industriels alimentaires sont confrontés à un gros souci analytique, désormais, c'est un contrôle à 100% des ingrédients qui doit être fait, avant qu'ils ne puissent être utilisés dans la production.

Last but not the least, selon Alim’confiance,  dispositif sensé vous permettre «de consulter les résultats des contrôles officiels réalisés en matière de sécurité sanitaire des aliments», les inspections des restaurants en juillet 2021 sont au niveau le plus bas de l’année 2021, voir ci-dessous.

A suivre ...

Mise à jour du 12 août 2021. Les résultats des inspections font apparaître désormais le chiffre de 816 inspections en juillet 2021, c'est mieux que le résultat présenté ci-dessus, mais c'est toujours moins que juin 2021 avec 1 065 inspections.

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lundi 2 août 2021

Salmonelles: la flore intestinale à l’origine du développement asymptomatique de la maladie

«Salmonelles: la flore intestinale à l’origine du développement asymptomatique de la maladie», source Eawag (Institut Fédéral Suisse des Sciences et Technologies de l’Eau).

Les infections par des salmonelles peuvent donner lieu à un large éventail d’évolutions pathologiques. Selon les dernières découvertes scientifiques, la flore intestinale expliquerait pourquoi certains cas sont bénins alors que d’autres sont extrêmement graves.

Une infection par des salmonelles peut entraîner des conséquences très diverses. Tandis que certaines personnes infectées ne sont aucunement gênées par l’infection bactérienne – on parle alors d'une évolution asymptomatique – d’autres en revanche souffrent de gastro-entérite sévère. Dans de très rares cas, une salmonellose peut même entraîner la mort. La raison pour laquelle la gravité de la maladie varie était jusqu’à présent largement inconnue.

Aujourd'hui, la microbiologiste Alyson Hockenberry, postdoctorante au département de recherche de microbiologie de l’environnement du professeur Martin Ackermann à l’Eawag a découvert une possible cause: la flore intestinale naturelle de la personne infectée et ses produits métaboliques. Avec d’autres chercheurs de l'institut de recherche sur l’eau Eawag et de l’EPF Zurich, elle a découvert que les acides gras à chaîne courte, qui sont produits par les bactéries présentes dans l’intestin peuvent exercer une influence décisive sur l’évolution de la maladie.

Les astuces des salmonelles

Le plus souvent, les salmonelles pénètrent généralement dans l’appareil digestif par le biais d'aliments contaminés. Afin de se substituer le plus rapidement possible à la flore intestinale naturelle et de coloniser l’intestin, les agents pathogènes ont des astuces bien à eux. «L’une de ces astuces est de produire différents types de cellules au sein d’une population de bactéries génétiquement identiques», explique Alyson Hockenberry. «Chaque type de cellule est spécialisé pour une fonction précise. Cela présente des avantages car la coopération de différents types de cellules augmente la capacité des salmonelles à déclencher une maladie.»

Un type de cellule peut être spécialisé par exemple pour déclencher des inflammations dans la muqueuse intestinale. Les inflammations augmentent d’une part la disponibilité des nutriments pour les salmonelles, et d’autre part, provoquent la mort de la flore intestinale naturelle. Cela ouvre des niches pour la colonisation des agents pathogènes envahisseurs. Un second type de cellule est spécialisé pour croître rapidement et occuper ainsi aussi vite que possible les niches qui se libèrent. L'interaction de ces deux types de cellules offre un avantage considérable aux salmonelles. C’est ainsi qu’en quelques heures, elles peuvent se substituer aux bactéries de la flore intestinale naturelle et occuper l’espace.

La flore intestinale riposte

Néanmoins, la flore intestinale n’est pas sans défense. À l’aide d’expérimentations et de simulations stochastiques, l’équipe de chercheurs qui travaillent avec Alyson Hockenberry a pu démontrer que les acides gras à chaîne courte, c’est-à-dire les produits métaboliques de la flore intestinale naturelle, ralentissent la croissance du type de cellule inflammatoire. Plus la concentration en acides gras est élevée, plus leur croissance est freinée. «Nos résultats indiquent que les produits métaboliques influencent la coopération coordonnée des types de cellules et affaiblissent ainsi la propagation des salmonelles», déclare Alyson Hockenberry.

Explication possible des maladies asymptomatiques

Cela peut expliquer pourquoi les gens réagissent différemment à une infection par des salmonelles. Chaque personne abrite dans son intestin une composition individuelle de bactéries. Cela s’explique en particulier par les habitudes alimentaires de chacun. Tandis que la flore intestinale de l’un peut complètement bloquer la propagation des salmonelles, la flore intestinale d’un autre est peu ou pas en capacité de se défendre contre les agents pathogènes. La maladie suit son cours individuel, influencée par la flore intestinale.

«Nous espérons que les derniers résultats de nos recherches pourront contribuer à mieux comprendre comment se déclarent les infections asymptomatiques de manière générale», mentionne Alyson Hockenberry. «En effet, comme nous pouvons l’observer avec l’actuelle pandémie de corona, les infections sans symptômes jouent un rôle crucial dans la transmission des maladies.»

Une vidéo accompagne le communiqué.

Publication originale

Microbiota-derived metabolites inhibit Salmonella virulent subpopulation development by acting on single-cell behaviors; Alyson M. Hockenberry, Gabriele Micali, Gabriella Takács, Jessica Weng, Wolf-Dietrich Hardt, Martin Ackermann; Proceedings of the National Academy of Sciences Aug 2021, 118 (31) e2103027118; DOI: 10.1073/pnas.2103027118 : https://doi.org/10.1073/pnas.2103027118

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La croisade à un milliard de dollars pour éradiquer la polio est-elle terminée ?

«La croisade à un milliard de dollars pour éradiquer la polio est-elle terminée ?», source BMJ.

Le rouleau compresseur de la polio, qui a dépassé la date limite d'éradication après la date limite, semble enfin être à court de carburant, rapporte Robert Fortner.

Alors que le COVID-19 envahissait le monde, les capacités étendues de surveillance et de réponse du programme d'éradication de la poliomyélite se sont tournées vers cette nouvelle menace. Maintenant, avec un changement surprise de l'Organisation mondiale de la santé, la réorientation semble permanente, mettant peut-être fin à des décennies de croisade de plusieurs milliards de dollars conçue par certains des acteurs les plus puissants de la santé mondiale. La réorganisation des priorités de l'OMS peut également indiquer une réaffirmation de sa primauté dans la définition et l'administration de la politique mondiale de santé publique.

Depuis le début de l'effort en 1988, l'Initiative mondiale pour l'éradication de la poliomyélite (ou Global Polio Eradication Initiative ou GPEI) a poussé la vaccination contre la polio à sa quasi-annihilation, faisant reculer les cas à 99,99 %. Peut-être que des dizaines de millions de personnes qui marchent aujourd'hui peuvent remercier le GPEI. Deux des trois sérotypes de poliovirus sauvage ont été déclarés éradiqués dans le monde, ne laissant que le type 1, qui a été acculé dans seulement deux pays, l'Afghanistan et le Pakistan, qui avaient un total de 140 cas l'année dernière.

Cependant, le vaccin oral vivant utilisé pour accomplir ces exploits est à double tranchant: les souches vaccinales atténuées peuvent redevenir virulentes, circuler et paralyser. L'Afghanistan et le Pakistan signalent désormais plus de cas de paralysie dus à la poliomyélite dérivée du vaccin que du virus sauvage, et une épidémie massive d'infections dérivées du vaccin engloutit une grande partie de l'Afrique, avec plus de 1 000 enfants paralysés l'année dernière.

Le rouleau compresseur de la polio a dépassé son échéance d'éradication de l’année 2000, le premier d'une série de ces cycles. Le GPEI s’est perché, de manière épuisante et coûteuse, au bord du succès depuis des années. En 2017, par exemple, Bill Gates a prédit que «l'humanité connaîtra son dernier cas de polio cette année.» Au lieu de cela, les cas ont augmenté.

Décision de l'OMS

Avec l'éradication encore une fois devancée et le COVID-19 omniprésent faisant pression, l'OMS a décidé en décembre de l'année dernière d'accélérer la transition de l'infrastructure du programme de lutte contre la poliomyélite. Au lieu de fermer le GPEI et de transférer son personnel et ses actifs à d'autres programmes après l'éradication, l'OMS a programmé la transition avant l'éradication, à partir de janvier 2022.

À ce stade, l'initiative d'éradication «mondiale» ne fonctionnerait pleinement qu'en Afghanistan et au Pakistan. D'autres fonctions et responsabilités seraient réparties dans les programmes existants tels que la vaccination de routine, certaines atterrissant au sein de l'OMS, d'autres absorbées et gérées par les pays membres. La décision, qui aurait été prise par la directrice générale adjointe de l'OMS, Zsuzsanna Jakab, a effectivement mis fin au GPEI en tant qu'entité monolithique dotée de tous les moyens nécessaires pour parvenir à l'éradication. (L'OMS n'a pas répondu à la demande du BMJ d'interviewer Jakab.)

La déclaration à couper le souffle a attiré relativement peu d'attention, jusqu'à ce que le bureau régional de l'OMS pour l'Afrique (AFRO) agisse en licenciant quelque 500 membres du personnel du programme de lutte contre la poliomyélite. L'OMS doit fournir un préavis de neuf mois au personnel en cas de licenciement. Dans les délais, à partir de mars, neuf mois avant la transition de janvier 2022, le directeur général de l'OMS AFRO, Matshidiso Moeti, a mis le feu aux poudres du personnel du programme de lutte contre la polio, surprenant les groupes partenaires du GPEI et les pays donateurs.

Dans un communiqué, un porte-parole du gouvernement canadien a déclaré qu'il était conscient de la nécessité d'accélérer le plan de transition de l'OMS, mais que «nous n'étions pas au courant de toutes les mesures prises avant la mise en œuvre, y compris le licenciement du personnel du GPEI dans la région AFRO». Le Canada, dans la période critique de décembre 2020, a appelé à l'intégration, à une responsabilisation accrue pour le GPEI et à une représentation accrue des donateurs. Le Canada a été rejoint par l'Allemagne et l'Australie, le Foreign, Commonwealth & Development Office du Royaume-Uni et l'Agence américaine pour le développement international (USAID).

La Fondation Bill & Melinda Gates, premier bailleur de fonds des initiatives contre la polio et derrière le gouvernement américain en tant que principal bailleur de fonds de l'OMS, n'aurait apparemment aucune idée de l'imminence des licenciements et a rapidement pris des mesures de contrôle des dégâts, envoyant un envoyé dans les bureaux de l'OMS AFRO à Brazzaville, capitale de la République du Congo. La fondation n'a pas répondu à la demande d'interview du BMJ. L'OMS AFRO a refusé une demande d'interview de Moeti.

«Je pense que le point du Dr Moeti est que les soins primaires sont la chose de l'avenir ou devraient être la chose du présent, avec la vaccination de routine et d'autres services tous intégrés aux soins primaires», commente Liam Donaldson, président du conseil indépendant qui surveille les progrès. vers un monde sans polio.

«La direction du chemin est très claire», explique Aidan O'Leary, qui a commencé à travailler en tant que nouveau directeur du GPEI après la décision de transition de décembre. «Ce que nous cherchons, c'est vraiment de nous assurer que [la polio] fait partie des systèmes de santé publique intégrés … S'appuyer sur cet élan est essentiellement ce qu'AFRO a fait.»

L'élan s'est accru avec la publication en juin d'un nouveau plan stratégique qui met fortement l'accent sur l'intégration de la lutte contre la polio à la vaccination de routine et aux soins de santé primaires. O'Leary dit que le programme de lutte contre la poliomyélite est en train de «faire partie de l'espace de vaccination plus courant», mais cela représente un revirement massif, le programme embrassant ce qui avait été considéré pendant des décennies comme un anathème. Et l'intégration, autrefois considérée comme une menace existentielle, promet désormais d'être le moyen même de parvenir à l'éradication. Le monde se serait «débarrassé de ce bougre il y a longtemps», explique Zulfiqar Bhutta, pédiatre à l'Université Aga Khan de Karachi, au Pakistan. Mais pour réussir «vous devez renforcer tout le reste», explique Bhutta, et, jusqu'à présent, «aucun dans le programme ne voulait le faire».

Le GPEI a explicitement séparé la poliomyélite de la vaccination de routine car l'éradication nécessite des taux de couverture très élevés : 90 % ou plus. Le Nigeria, par exemple, a une vaccination de routine extrêmement faible, avec une couverture de (peut-être) 60 %, bien en deçà des niveaux atteints par les seules campagnes de polio qui ont réussi à débarrasser le pays du virus sauvage.

Un effort coûteux

Cependant, alors que l'argent est dépensé pour la polio, des millions d'enfants, pas seulement au Nigéria, sont devenus vulnérables à une multitude de maladies souvent mortelles et évitables par la vaccination. Ce préjudice non intentionnel était une «leçon apprise au début des années 2000», explique Oliver Razum, épidémiologiste à l'Université de Bielefeld, en Allemagne. Razum rappelle qu’en Inde, où le «nombre de doses [poliomyélitiques] qui devaient être distribuées», deux fois par an, ne laissait littéralement aucune place dans les réfrigérateurs pour d'autres vaccins contre des maladies telles que la rougeole. Razum se demande, «Y aurait-il eu d'autres façons de dépenser cet argent qui auraient sauvé encore plus d'enfants de maladies vraiment désagréables ?»

Les fonds de lutte contre la poliomyélite provenant de l'étranger ont également entraîné une fuite des cerveaux au niveau local, vers l'éradication et s'éloignant des priorités sanitaires locales et financées localement. «Soyons très honnêtes», déclare O'Leary, «les États membres exigent [une approche intégrée] depuis un certain temps.»

Certains défenseurs de l'éradication expriment en privé une deuxième justification manifestement néocoloniale pour que le programme de lutte contre la poliomyélite suive sa propre voie: les ressortissants étrangers, comme beaucoup de ceux licenciés par Moeti, sont essentiels au bon fonctionnement des programmes contre la polio uniquement, tandis que les pays et le personnel local sont un obstacle. O'Leary dit que les «revues fonctionnelles» pourraient voir certains membres du personnel libérés en Afrique décrocher de nouveaux rôles. Mais le pouvoir a basculé. «Que ce soit exactement les mêmes personnes dans tous les cas, cela dépendra des équipes régionales et nationales», a dit O'Leary.

Les faucons de l'éradication sont inquiets voire exaspérés par la transition accélérée et le nouveau plan stratégique. Les appels à l'intégration, aux soins de santé primaires et à une optique d'équité entre les sexes sont, aux yeux de certains, au mieux des distractions pour parvenir à l'éradication.

Donaldson observe qu'«il a toujours été dit que le chariot de transition viendrait après le dossier polio», la transition suivant, et non précédant, l'éradication. De manière significative, Donaldson préside également le Conseil de surveillance indépendant de la transition du GPEI, qui a mis en garde l'OMS contre les aspects de la transition accélérée dans son dernier rapport. Bien que la pandémie soit invoquée pour justifier la transition maintenant, Donaldson déclare: «L'équipe d'urgence de l'OMS est dominée par le COVID-19 et n'aurait pas le temps de faire face aux épidémies de polio. Et l'équipe de vaccination essentielle, en dehors de tous ses autres vaccins, livre le vaccin COVID-19. Donc, il n'a pas non plus d'espace pour le faire. La pandémie a suspendu les efforts de lutte contre la polio pendant plusieurs mois en 2020. Plus de 31 000 agents de lutte contre la polio dans plus de 30 pays se sont concentrés sur COVID-19.

Le GPEI semble aller de l'avant. «Si vous regardez le rapport de Sir Liam [Donaldson], il a appelé à une prise de décision audacieuse de la part de l'OMS quant à la manière de faire avancer ce programme particulier», déclare O'Leary, qui soutient que le covid a créé une opportunité de transition.

Les initiés suggèrent une division marquée entre les six principaux partenaires du GPEI, l'OMS et l'Unicef conduisant à une transition accélérée. Holger Knaack, président d'un autre partenaire, le Rotary International, s'exprimant avant de quitter ses fonctions le mois dernier, a déclaré que la leçon la plus importante de la COVID-19 est que «nous ne pouvons pas poursuivre indéfiniment les efforts pour éradiquer la polio – nous sommes dans la «dernière ligne droite» depuis plusieurs ans maintenant. Le Rotary, le partenaire qui a sans doute lancé la croisade pour l'éradication, n'a pas répondu à la demande du BMJ d'interviewer Knaack.

Les Centers for Disease Control des États-Unis ont refusé une demande d'interview. Un porte-parole de l'alliance pour le vaccin Gavi, le plus récent partenaire du GPEI, a déclaré que les vacances du personnel empêchaient de répondre aux questions envoyées par courrier électronique.

O'Leary décrit l'engagement des partenaires du GPEI en faveur de l'éradication comme «plutôt sans équivoque». Mais le ton autrefois indomptable semble désormais sourd, O’Leary ajoutant une mise en garde supplémentaire: «Ce n'est pas seulement l'éradication de la polio. C’est l’engagement plus large envers ce que j’appellerais des initiatives de santé mondiale.»

Les problèmes d'argent à eux seuls suffisent à couler l'éradication. Comme Gates l'a déclaré lors du lancement du nouveau plan stratégique, «Pour être franc, nous sommes également plus près que jamais de perdre les gains pour lesquels nous nous sommes battus si durement [si] le GPEI n'identifie pas bientôt de nouvelles ressources substantielles.» Le Royaume-Uni a réduit de 95% sa promesse de 100 millions de livres sterling. Historiquement, le Royaume-Uni est le troisième plus grand bailleur de fonds des initiatives de lutte contre la polio, ce qui rend le coup démoralisant ainsi que financièrement débilitant. La réduction du financement laisse un trou d'au moins 15% dans le budget du GPEI. Jusqu'à présent, aucun grand donateur n'a répondu à l'appel de Gates.

Les pays n'ont pas non plus d'argent pour payer les éléments en transition du programme de lutte contre la poliomyélite. «Fondamentalement, il n'y a vraiment aucun pays équipé pour prendre en charge le financement dans le sens de la transition», explique Donaldson. «L'Afrique, où se trouvent la plupart des ressources et du personnel de lutte contre la poliomyélite, n'était pas en mesure de le faire.» Dans ce que O'Leary décrit comme une approche «ajustée en fonction des risques», la transition pourrait être moins radicale qu'initialement envisagée, avec 10 pays à haut risque en Afrique restant sous l'égide et le financementEI.

Les deux pays endémiques restants, l'Afghanistan et le Pakistan, ont de grands points d'interrogation à côté d'eux. Le retrait de l'OTAN d'Afghanistan accroît encore l'imprévisibilité. Les talibans ont rendu de larges pans de la population inaccessibles aux vaccinateurs mais disent qu'ils ne sont pas anti-vaccination. Leur interdiction des campagnes de lutte contre la polio porte-à-porte est née d'inquiétudes quant à la manière dont la tenue de registres sur les habitants et les vaccinateurs laissant des marques de craie suspectes sur les bâtiments aurait pu contribuer aux frappes mortelles de drones. Un contrôle accru des talibans pourrait augmenter la portée des campagnes contre la poliomyélite. Les pays donateurs, cependant, peuvent être plus susceptibles d'imposer des sanctions que de financer des projets qui font progresser la santé dans un Afghanistan contrôlé par les talibans.

La Global Polio Eradication Initiative ou GPEI comprend :

  • OMS
  • Unicef
  • Fondation Bill & Melinda Gates
  • Rotary International
  • Centers for Disease Control and Prevention des Etats-Unis
  • Gavi vaccine alliance

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