Les États-Unis sont à la traîne de l'Europe dans leurs efforts pour réduire les antibiotiques dans le bétail

«Les États-Unis sont à la traîne de l'Europe dans leurs efforts pour réduire les antibiotiques dans le bétail», source article de Chris Dall du 2 décembre 2022 dans CIDRAP News.

Un nouveau rapport indique que les États-Unis sont loin derrière l'Europe dans ses efforts pour réduire l'utilisation d'antibiotiques dans le bétail.

En utilisant les données sur les ventes d'antibiotiques vétérinaires de la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis et de l'Agence européenne des médicaments, la note d'information du Natural Resources Defense Council (NRDC) montre une baisse beaucoup plus importante des ventes brutes d'antibiotiques pour le bétail en Europe (42,9%) qu'aux États-Unis (27,3%) de 2011 à 2020. De plus, l'intensité de l'utilisation d'antibiotiques dans les élevages européens a chuté de manière plus spectaculaire, en baisse de 43,2%, contre 30,4% aux États-Unis.

L'auteur du rapport indique que les résultats mettent en évidence des mesures qui ont été prises par les responsables européens afin de promouvoir et légiférer une meilleure santé animale et une utilisation plus judicieuse des antibiotiques chez les animaux producteurs d'aliments et la nécessité d'une action similaire de la part des responsables américains.

Réductions d'une année sur l'autre en Europe

À l'échelle mondiale, on estime que 73% des antibiotiques importants sur le plan médical, c'est-à-dire ceux qui sont également utilisés en médecine humaine, sont vendus pour être utilisés chez les animaux producteurs d'aliments. Ils sont utilisés pour traiter les animaux malades, mais sont également largement utilisés dans les aliments pour animaux et l'eau pour prévenir les maladies et, dans certains cas, pour favoriser la croissance. L'utilisation généralisée d'antibiotiques dans le bétail est considérée comme un contributeur majeur, avec l'utilisation inappropriée d'antibiotiques chez les humains, à l'augmentation des taux de résistance aux antimicrobiens (RAM).

Le rapport montre que bien qu'il y ait eu des progrès aux États-Unis depuis 2015, lorsque 74,9% de tous les antibiotiques médicalement importants ont été vendus pour le bétail, les agriculteurs américains achètent toujours près de deux fois plus d'antibiotiques médicalement importants que ceux vendus pour être utilisés chez l'homme. En 2020, 6 millions de kg d'antibiotiques ont été vendus pour être utilisés dans le bétail américain, contre 3,3 millions de kg à usage humain en 2019 (les données de l'année dernière sur les ventes d'antibiotiques humains aux États-Unis étaient disponibles).

Mais selon l'auteur du rapport David Wallinga, officier supérieur de la santé au NRDC, la baisse des ventes brutes d'antibiotiques vétérinaires aux États-Unis s'est produite principalement de 2015 à 2017 et a été motivée par une politique de la FDA qui a éliminé l'utilisation d'antibiotiques comme facteur des croissance des animaux producteurs de denrées alimentaires (la FDA a annoncé son plan en 2013 et a officiellement mis en œuvre la politique en 2017). Depuis 2017, les ventes d'antibiotiques vétérinaires aux États-Unis ont recommencé à grimper.

En Europe, les ventes brutes d'antibiotiques pour le bétail sont passées d'environ 9 millions en 2011 à 5,16 millions de kg en 2020, même si le cheptel agrégé des 25 pays de l'Union européenne/Espace économique européen (UE/EEE) qui ont fourni des données depuis 2011 est 61% plus grand que la population de bétail des États-Unis.

Encore plus révélateur, dit Wallinga, est la baisse plus importante de l'intensité de l'utilisation d'antibiotiques vétérinaires en Europe. L'intensité d'utilisation, essentiellement un indicateur indirect de la consommation, est mesurée en ajustant les ventes d'antibiotiques bruts par la taille de la population animale susceptible d'avoir reçu ces antibiotiques. Il tient compte des variations d'une année à l'autre de la taille de la population animale.

En utilisant des ventes ajustées au poids, mesurées en mg par kg (mg/kg) de bétail, l'analyse a révélé que le secteur américain de l'élevage a utilisé des antibiotiques à une intensité de 170,8 mg/kg en 2020. C'est une baisse de 30,2 % par rapport à 2011, mais le chiffre a légèrement augmenté depuis 2017, et c'est presque le double de l'intensité observée en Europe (91,6 mg/kg).

L'intensité de l'utilisation d'antibiotiques dans l'ensemble du bétail européen a diminué de 43,2% entre 2011 et 2020, mais la baisse a été encore plus importante dans les trois principaux pays européens producteurs de bétail : l'Allemagne (une baisse de 60,4%), l'Espagne (54,1%) et la France. (50,5%).

«Les données montrent assez clairement qu'il n'y a pas eu d'amélioration de l'intendance dans les élevages américains depuis 2017», a dit Wallinga à CIDRAP News. «Si vous regardez les données européennes, c'est tout le contraire : ils ont enregistré des améliorations constantes et d'année en année en matière de gestion à travers le continent.»

La baisse de l'intensité des antibiotiques vétérinaires dans le bétail américain, a constaté Wallinga, a été principalement due à la réduction de l'utilisation d'antibiotiques chez le poulet. De 2016 à 2020, l'intensité de l'utilisation d'antibiotiques chez les poulets aux États-Unis a chuté de 48,8%. Au cours de la même période, l'intensité de l'utilisation d'antibiotiques a augmenté chez les bovins (hausse de 5,3%), les porcs (12,1%) et les dindons (11,6%).

Un focus sur la prévention

Wallinga attribue le succès européen dans la réduction de l'utilisation d'antibiotiques dans le bétail à l'engagement régional de la Commission européenne en faveur d'une meilleure santé animale, qui a été défini dans sa stratégie de 2007 sur la santé animale. Cette stratégie était axée sur des mesures préventives et des environnements plus sains pour les animaux afin de réduire le risque de maladie et d'éviter la nécessité d'utiliser des antibiotiques.

«Ce qu'ils ont dit en Europe était 'mieux vaut prévenir que guérir'», a dit Wallinga. «Ce n'est pas la façon dont nous abordons les choses aux États-Unis.»

En outre, l'Europe a normalisé la collecte et la communication des données nationales sur les ventes et l'utilisation d'antibiotiques pour le bétail en 2009, qui a aidé les responsables européens à mesurer les progrès en matière d'utilisation d'antibiotiques dans le bétail des différents pays de l'UE. Wallinga a également noté que l'Europe a interdit l'utilisation d'antibiotiques pour la promotion de la croissance en 2006.

Et les responsables européens continuent de faire pression pour une meilleure gestion des antibiotiques dans la production d'animaux destinés à l'alimentation. En 2020, la Commission européenne a lancé sa stratégie de la ferme à la fourchette, qui vise à réduire de 50% les ventes d'antibiotiques chez les animaux d'élevage et l'aquaculture dans l'UE d'ici 2030 (en utilisant les données de vente de 2018 comme référence). Les pays de l'UE devront également commencer à suivre l'utilisation d'antibiotiques au niveau des exploitations dans les années à venir.

Une mesure qui pourrait aider les pays de l'UE à atteindre cet objectif de réduction de 50% a été adoptée en janvier, lorsque les responsables de l'UE ont adopté une législation révisée sur les produits médicaux vétérinaires qui interdit l'utilisation d'antibiotiques pour prévenir les maladies chez des groupes d'animaux sains et restreint l'utilisation d'antibiotiques pour contrôler la propagation de la maladie. La FDA, en revanche, continue d'autoriser l'utilisation d'antibiotiques à des fins préventives, une pratique que Wallinga et d'autres considèrent comme un moteur majeur de la surutilisation d'antibiotiques chez le bétail.

Pour que les États-Unis obtiennent des résultats similaires, Wallinga soutient que les décideurs politiques américains devraient tirer les leçons de l'expérience européenne.

«Nous n'avons pas à réinventer la roue», a-t-il dit. «Les États-Unis peuvent certainement faire un meilleur travail de gestion des antibiotiques dans leurs élevages, et ils ont déjà une feuille de route sur ce qu'il faut faire simplement en examinant l'ensemble très bien documenté de politiques et de changements de pratiques qui ont été mis en œuvre dans toute l'Europe.»

Pour aider à rattraper l'Europe, le rapport demande à la FDA de fixer un objectif de réduction de 50% de l'utilisation d'antibiotiques pour le bétail d'ici 2025 (par rapport à une référence de 2010), de commencer à suivre l'utilisation d'antibiotiques au niveau de la ferme et de mettre fin à l'utilisation d'antibiotiques pour la prévention des maladies.

Gail Hansen, consultante en santé publique et vétérinaire, estime que la baisse de l'utilisation d'antibiotiques dans le bétail en Europe montre que des réductions peuvent être réalisées sans sacrifier la santé ou le bien-être des animaux. Elle dit que le rapport réitère la nécessité pour les décideurs américains de fixer des objectifs de réduction et d'intensifier les efforts de gestion des antibiotiques chez les animaux.

«Sans fixer des objectifs et être en mesure de mesurer si les objectifs sont atteints, il sera difficile de faire beaucoup de progrès sur la résistance aux antibiotiques due à l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux», a dit Hansen.

Les signalements de la présence de Salmonella chez les animaux britanniques augmentent en 2020

«Les signalements de la présence de Salmonella chez les animaux britanniques augmentent en 2020», source article de Joe Whitworth paru le 23 septembre 2021 dans Food Safety News.

Les résultats globaux de Salmonella dans le bétail au Royaume-Uni en 2020 ont augmenté, selon un rapport.

Les données couvrent les signalements de Salmonella provenant du bétail en Angleterre, au Pays de Galles et en Écosse collectés par l'Agence de la santé animale et végétale (APHA) en 2020. Les échantillons ont été prélevés dans des locaux comprenant des fermes, des couvoirs, des cabinets vétérinaires, des zoos et des abattoirs.

Cette augmentation est survenue malgré une réduction des soumissions de surveillance non statutaire et de diagnostic clinique chez de nombreuses espèces en raison de la pandémie de la COVID-19 et des mesures de confinement associées.

Le document a révélé que 5 263 rapports de laboratoire de Salmonella provenant d'humains ont été envoyés à Public Health England, Public Health Wales et Public Health Scotland en 2020. C'est 45% de moins que les 9 588 isolements en 2019 et 48% de moins que 10 143 en 2018.

Salmonella par animal et type

En 2020, le nombre global d'isolements de Salmonella provenant de bovins, d'ovins, de porcs et de volailles a augmenté de 7,6% par rapport à 2019 pour atteindre 3 279, contre 3 046 isolements, mais a diminué de 7,3% par rapport aux chiffres de 2018.

Par rapport à 2019, moins d'isolements de bovins, de moutons, de dindes et de canards ont été enregistrés, mais ceux de porcs et de poulets ont augmenté. La plupart des rapports à propos de Salmonella provenant de bovins, de moutons et de porcs sont dus à des animaux cliniquement malades, tandis que ceux des poulets et des dindes proviennent principalement de la surveillance.

Il y a eu 52 isolements de Salmonella Newport chez les poulets, soit plus de 10 fois le nombre de 2019. Beaucoup d'entre eux provenaient d'une enquête épidémique en cours dans le secteur des poules pondeuses. Un seul isolat de Salmonella Mikawasima, non lié à une souche épidémique humaine, a été isolé pour la première fois chez des poulets au Royaume-Uni. La présence d'une souche de Salmonella indique que d'autres peuvent être présentes.

Il y a eu deux fois et demie plus d'isolements de Salmonella Agona avec 103 en 2020 contre 40 en 2019, deux fois plus de Salmonella Bovismorbificans de 20 à 43 et presque trois fois plus d'isolements de Salmonella Newport à 66. Salmonella Kedougou a également augmenté. Les isolements de Salmonella Typhimurium sont passés de 124 en 2019 à 159.

Il y a eu moins d'isolements de Salmonella Derby de 183 à 39, Salmonella Indiana est tombé de 101 à 65 et Salmonella Mbandaka est passé de 451 à 326. Les rapports de Salmonella Enteritidis étaient de 34 en 2020 contre 50 en 2019.

Un total de 3 527 isolements de Salmonella provenant du bétail en 2020 ont été notés, soit une augmentation de près de 3% par rapport à 2019. Ils provenaient principalement de poulets, suivis des bovins, des canards, des dindes, des porcs, des moutons et des chevaux.

Deux isolements ont été retrouvés chez les oies contre aucun l'année précédente. Le chiffre est descendu pour les chevaux à 41. Il n'y en avait que quelques-uns pour les faisans et les perdrix et aucun pour les cailles, les pintades, les cerfs, les chèvres ou les lapins. Près de 180 isolements ont été effectués à partir d'espèces non statutaires telles que les chats, les chiens et les reptiles.

Résultats dans l’alimentation animale

Les données de surveillance pour 2020 montrent que seulement 23,1% des isolements de Salmonella signalés à l'APHA résultaient d'échantillons prélevés en raison d'une maladie clinique parmi le bétail. Ce chiffre est inférieur à celui de 2019 et 2018. Cela contraste avec les données sur Salmonella chez l'homme, où les rapports proviennent généralement de cas de maladie clinique.

Il y a eu 756 isolements de Salmonella à partir d'aliments pour animaux en 2020, y compris à partir d'aliments composés et d'ingrédients d'aliments pour animaux ou de produits associés à des tests dans le cadre de la réglementation sur les sous-produits animaux. Il s'agit d'une augmentation de 6% par rapport à 2019 et de 627 isolements en 2018.

Au total, 107 isolements de sérotypes de Salmonella réglementés ont été détectés dans des aliments pour animaux et des produits apparentés. C’est plus que les 88 en 2019 et 63 en 2018.

Il y a eu 273 isolements de Salmonella à partir d'aliments pour animaux de compagnie destinés à être nourris crus en 2020. C'est 11,4% de plus qu'en 2019 et 45,2% de plus qu'en 2018. Au total, 62 isolements concernaient des sérovars réglementés d'aliments pour animaux de compagnie crus, contre 38 en 2019 et 35 en 2018. Les aliments pour animaux de compagnie, en particulier les aliments crus, peuvent infecter les humains par contamination croisée des ustensiles et des surfaces, ainsi que par un lavage des mains inadéquat. Voir à ce sujet un récent communiqué de la Food Standards Agency concernant les propriétaires de reptiles.

Sur les plus de 4 200 isolats de Salmonella examinés en 2020, 68,3% étaient sensibles aux 16 composés antimicrobiens testés. Le pourcentage d'isolats résistants à la ciprofloxacine en 2020 était de 0,5%.

Avis aux lecteurs

Voici une liste des rappels du 22 septembre 2021: 17 rappels.

- oxyde d'éthylène: 14

- alcaloïde de l’ergot de seigle: 1, spaghetti à l’épautre biologique. Ce rappel a eu lieu en Allemagne les 16 et 20 septembre 2021, en Suisse le 16 septembre 2021. RappelConso très en retard sur ce rappel !

- Salmonella: 1, escalope de poulet mariné 1kg, source Auchan du 20 septembre 2021. Oubli de RappelConso, ce sera certainement pour le 23 septembre ...

- Listeria monocytogenes: 1, jambon supérieur de marque Reflet de France. A ce sujet, Carrefour rapporte ce rappel mais le 17 septembre 2021.

- STEC O103:H2: 1, Valençay AOP

Intempéries actuelles et sécurité des aliments, selon l'AFSCA de Belgique

L’été n’étant pas toujours sans souci, l’AFSCA de Belgique a fait le point sur les «Intempéries actuelles» et la sécurité des aliments.

Information générale

Outre les dommages matériels et humains directement identifiables, les inondations ont également d'autres conséquences importantes pour les entreprises affectées de la chaîne alimentaire. Les risques liés à la consommation de produits touchés par les inondations par l'homme ou les animaux doivent être évalués au cas par cas. Les divers types de contaminations chimiques et (micro-)biologiques associés aux inondations peuvent varier d'unendroit à l'autre. Les exploitants doivent examiner ces éventuels contaminants dans le cad re de leur autocontrôle et prendre les mesures éventuellement nécessaires.

Les opérateurs doivent prendre en compte dans leur système d'autocontrôle l'impact possible des intempéries sur l'eau qu'ils utilisent pour leur production végétale ou leurs animaux. En effet, les inondations peuvent avoir un impact à long terme sur la qualité des sources d'eau utilisées pour leur propre production d'eau potable. Les puits peuvent, par exemple, être contaminés par des afflux exceptionnels de pathogènes ou de contaminants. Par conséquent, l'utilisation de l'eau des puits d'eau potable et des citernes d'eau de pluie n'est actuellement pas recommandée dans les régions inondées. Vous pouvez vérifier si l'eau peut être utilisée comme eau potable à l’aide d’analyses. La désinfection des canalisations internes peut être nécessaire.

En cas d'inondations de grande ampleur, l'approvisionnement en eau potable par les compagnies d'eaux est mis en péril dans certaines régions à cause de coupures de courant, de ruptures de canalisations ou de la contamination des zones de captage d'eau. Un impact dans les régions qui n'ont pas été inondées est également possible. La compagnie d'eau potable de votre région peut vous donner plus d'informations à ce sujet.

Info pour la production végétale

Étant donné que les produits végétaux peuvent entrer en contact avec de l'eau provenant de diverses sources lors d'une inondation (par ex. non seulement l'eau de pluie mais aussi les effluents d'eaux usées, l'eau contaminée par le débordement de cuves de mazout, l'eau de ruissellement provenant de zones urbaines ou industrielles), les recommandations générales suivantes s'appliquent :

Si peu de temps (jusqu'à 2 semaines) avant la récolte d’une culture il y a contact direct entre la partie comestible des fruits et légumes et les eaux de crue, il est recommandé de détruire les produits destinés à la consommation crus. Si la récolte a lieu plus tardivement et pour les produits végétaux qui ne sont pas prêts à consommer, il est recommandé d'effectuer un suivi complémentaire.

Ceux qui cultivent des terres agricoles inondées ainsi que les responsables des entreprises de transformation et de commerces de la chaîne alimentaire touchés par les inondations doivent être particulièrement attentifs aux bonnes pratiques de travail, telles que le respect des délais de récolte ou de remise en exploitation des terres agricoles, le contrôle de la qualité de l'eau pour l'irrigation, le suivi de la qualité et de l'hygiène des produits récoltés et livrés pour un traitement ultérieur,…

Information destinée aux éleveurs de bétail

Suite aux inondations catastrophiques de ces derniers jours, certains troupeaux de bovins, de moutons etc. se trouvent soit dans des prairies inondées, soit dans des étables sous eau.

Il est exceptionnellement autorisé, dans le respect des statuts sanitaires du troupeau «invité» et du troupeau «hôte» que :.

• un troupeau se trouvant en situation d’urgence justifiée par les conditions climatiques actuelles (prairie ou étable sous eau) peut être accueilli sans mélange de troupeau dans les établissements d’une autre exploitation agricole dont le statut sanitaire est identique ;
• l’éleveur, sur base d’une déclaration sur l’honneur, qui affirme être dans une situation d’urgence décrite ci-dessus, s’engage à respecter l’égalité des statuts sanitaires et à ne pas mélanger son troupeau avec celui de l’éleveur qui l’accueille.

Plus d’infos sur les risques en cas d’inondation via l'avis 25-2013 du comité scientifique.

Avis aux lecteurs du blog

L’ancien site Internet du blog qui était hébergé par la revue PROCESS Alimentaire est de nouveau opérationnel avec ce lien https://amgar.blog.processalimentaire.com/

Etats-Unis : Un projet de loi pour empêcher l'EPA de réglementer les émissions de méthane provenant du bétail

«Rare accord politique aux États-Unis», source article de Jim Romahn paru sur son blog Agri 007.

Dans un accord politique rare, un démocrate et un sénateur républicain ont présenté conjointement un projet de loi qui empêcherait l'Agence de protection de l'environnement ( Environmental Protection Agency ou EPA) de réglementer les émissions de méthane provenant du bétail.

Leur décision intervient après que des dizaines de groupes de protection de l'environnement ont demandé au gouvernement de fixer des limites sur le méthane provenant des grandes exploitations laitières et porcines.

Le sénateur républicain du Dakota du Sud, John Thune, et le démocrate de l'Arizona, le sénateur Kyrsten Sinema, ont rédigé un projet de loi qui interdirait à l'EPA de délivrer des permis pour les émissions de dioxyde de carbone, d'oxyde d'azote, de vapeur d'eau ou de méthane provenant de la production animale.

«Les éleveurs s'efforcent d'améliorer l'efficacité et de réduire les émissions de leurs opérations», a déclaré Thune dans un communiqué de presse. «Ils ne devraient pas être soumis à des réglementations onéreuses et à des frais de permis coûteux pour les émissions de leurs animaux.»

Thune a présenté le projet de loi pour la première fois en 2009 avec le démocrate de New York, Chuck Schumer, qui est désormais le chef des démocrates au Sénat, et la restriction a été incluse dans la législation sur les crédits annuels depuis, selon son bureau.

L'agriculture dans son ensemble représentait 10% des émissions de gaz à effet de serre aux États-Unis en 2019, en raison de sources telles que les sols agricoles et la production de riz ainsi que le bétail, selon l'EPA.

Attention aux parcours d’endurance dans la boue: Le risque E. coli existe

« Attention aux parcours d’endurance dans la boue: il y a le risque E. coli », source Doug Powell du barfblog.

Pour en savoir plus sur ces parcours d’endurance dans la boue ou Tough Mudder, voir ici.

Voici le résumé d’une étude sur une épidémie à Escherichia coli producteurs de shigatoxines O157:H7 liée à une course d'obstacles dans la boue en Angleterre, août 2018.

En août 2018, Public Health England (PHE) a été informé de cinq cas probables à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) O157:H7 parmi les personnes ayant déclaré avoir participé à une course d'obstacles dans la boue. Quatre autres cas, identifiés par le séquençage systématique du génome entier, ont ensuite été liés au même événement. Deux des neuf cas étaient dus à une transmission secondaire dans le foyer domestique.

Malgré un accord entre les organisateurs de l'événement et les autorités locales, afin de s'assurer que tout le bétail a été retiré du site 28 jours avant l'événement, des moutons ont été observés en train de brouter sur certains des itinéraires empruntés par les coureurs deux jours avant la course. Un examen rétrospectif des incidents signalés à PHE entre 2015 et 2018 a identifié 41 cas de gastro-entérite associés à des événements de parcours d’obstacles dans la boue. Parmi ceux-ci, 25 cas étaient dus à une infection par STEC O157:H7, dont tous sauf un étaient associés à des éclosions.

En raison de l'environnement dans lequel de tels événements se produisent, il est impossible d'éliminer entièrement le risque d'exposition à des zoonoses potentiellement pathogènes. Cependant, les organisateurs de la course doivent s'assurer que le bétail est retiré du parcours 28 jours avant l'événement. Ils devraient également veiller à ce que les participants soient sensibilisés au risque de contracter une maladie gastro-intestinale de l'environnement et à souligner l'importance de l'hygiène des mains après l'événement et le risque de transmission secondaire, en particulier pour les enfants qui risquent de développer un syndrome hémolytique et urémique.

Un rapport britannique souligne la forte utilisation d'antibiotiques dans le bétail américain et les préoccupations commerciales

« Un rapport britannique souligne la forte utilisation d'antibiotiques dans le bétail américain et les préoccupations commerciales », source CIDRAP News.

Un nouveau rapport montre que l'utilisation d'antibiotiques chez les animaux destinés à l'alimentation est beaucoup plus élevée aux États-Unis qu'au Royaume-Uni et avertit qu'un éventuel accord commercial américain avec la Grande-Bretagne risque d'inverser les progrès réalisés par les agriculteurs britanniques dans la réduction de l'utilisation d'antibiotiques dans le bétail.

À l'aide de données de la Food and Drug Administration des États-Unis, de la Veterinary Medicines Directorate, et de l’European Medicines Authority du Royaume-Uni et de l'Autorité européenne des médicaments, l'Alliance to Save Our Antibiotics, basée au Royaume-Uni, et Farm Antibiotic au Royaume-Uni, il a été comparé l'utilisation d'antibiotiques aux États-Unis et au Royaume-Uni par les espèces d'animaux d’élevage et a constaté que l'utilisation totale d'antibiotiques chez les animaux dans les élevages américains sont plus de cinq fois plus élevés que les animaux d’élevage britanniques, les bovins américains recevant huit à neuf fois plus d'antibiotiques que les bovins britanniques. La comparaison prend en compte la taille des différentes populations d'animaux d'élevage.

La comparaison a été effectuée pour souligner comment la sortie imminente du Royaume-Uni de l'Union européenne pourrait menacer les normes de sécurité des aliments et de bien-être animal. Le gouvernement envisageant de réduire les droits de douane sur l'importation de viande en provenance de pays avec lesquels il n'a pas actuellement d'accord de libre-échange, cela pourrait signifier une augmentation significative des importations de viande et de produits laitiers en provenance des États-Unis, qui ont des politiques moins restrictives sur l'utilisation des antibiotiques et des promoteurs de croissance chez les animaux que le Royaume-Uni ou l'UE. La plupart des viandes importées en Grande-Bretagne proviennent actuellement de l'UE.

« Les agriculteurs américains continuent de sur-utiliser massivement les antibiotiques malgré les avertissements croissants concernant la menace que cela représente pour la santé humaine », a dit le conseiller scientifique de l'Alliance, Cóilín Nunan, dans un communiqué de presse. « Les consommateurs britanniques devraient s'inquiéter si un accord commercial entre le Royaume-Uni et les États-Unis entraîne une augmentation des importations de viande et de produits laitiers américains produits de cette manière, car nous savons que les bactéries résistantes aux antibiotiques peuvent passer à l'homme par la chaîne alimentaire. »

Selon le rapport, les représentants et les lobbyistes de l'industrie américaine du bétail ont insisté sur le fait que dans tout accord commercial, les agriculteurs britanniques devraient adopter les normes américaines. Parmi les nombreuses préoccupations exprimées, le gouvernement américain s'oppose à l'interdiction de l'utilisation d'antibiotiques pour prévenir les maladies du bétail, comme l'a recommandé l'OMS. Une interdiction de l'UE sur le traitement antibiotique préventif entrera en vigueur en 2022.

Le rapport note que les agriculteurs britanniques ont réduit leur utilisation d'antibiotiques de 50% de 2014 à 2018, tandis que l'utilisation d'antibiotiques dans les élevages américains a augmenté de 9% en 2018 après plusieurs années de déclin.

Des chercheurs étudient le rôle de l'élevage intensif dans l'évolution de Campylobacter

Campylobacter sp. source Université de Bath.

« L'élevage intensif augmenterait le risque d'épidémies, avertissent des scientifiques », source communiqué du 4 mai de l’Université de Bath.

La surutilisation d'antibiotiques, le nombre élevé d'animaux et la faible diversité génétique de l'élevage intensif augmentent le risque de transfert d'agents pathogènes animaux à l'homme.

Une équipe internationale de chercheurs dirigée par les universités de Bath et Sheffield, a étudié l'évolution de Campylobacter jejuni, une bactérie hébergée par le bétail qui est la principale cause de gastro-entérite dans les pays à revenu élevé.

Faits sur Campylobacter:

• Provoque une diarrhée sanglante chez l'homme.
• Transféré aux humains après avoir consommé de la viande et de la volaille contaminées.
• Bien qu'il ne soit pas aussi dangereux que la typhoïde, le choléra ou E. coli, il provoque des maladies graves chez les patients ayant des problèmes de santé sous-jacents et peut causer des dommages durables.
• Environ 1 personne sur 7 souffre d'une infection à un moment de sa vie.
• Cause trois fois plus de cas que E. coli, Salmonella et Listeria réunis.
• Présents dans les fientes ou lisier de poulets, porcs, bovins et animaux sauvages.
• Campylobacter serait présent dans les fèces de 20% des bovins dans le monde.
• Le microbe est très résistant aux antibiotiques en raison de leur utilisation en élevage.

Les chercheurs, publiant dans la prestigieuse revue Proceedings of the National Academy of Sciences, ont étudié l'évolution génétique du pathogène et ont découvert que des souches spécifiques de bovins de la bactérie sont apparues en même temps qu'une augmentation spectaculaire du nombre de bovins au 20e siècle.

Les auteurs de l'étude suggèrent que des changements dans l'alimentation, l'anatomie et la physiologie des bovins ont déclenché un transfert de gènes entre des souches générales et spécifiques de bovins avec un gain et une perte de gènes importants. Cela a aidé la bactérie à franchir la barrière des espèces et à infecter les humains, déclenchant un problème de santé publique majeur.

Combiner cela avec le mouvement accru des animaux dans le monde, les pratiques d'élevage intensif ont fourni l'environnement parfait dans lequel se propager à l'échelle mondiale à travers les réseaux commerciaux.

Le professeur Sam Sheppard, directeur de la bioinformatique du Milner Center for Evolution de l'Université de Bath, a dit : « Il y a environ 1,5 milliard de bovins sur Terre, chacun produisant environ 30 kg de fumier par jour; si environ 20% d'entre eux sont porteurs de Campylobacter, cela représente un énorme risque potentiel pour la santé publique. »

« Au cours des dernières décennies, plusieurs virus et bactéries pathogènes ont transformé des espèces d'animaux sauvages en humains: le VIH a commencé chez les singes; H5N1 provenait des oiseaux; désormais, le Covid-19 est soupçonné d'être issu de chauves-souris. »

« Notre travail montre que les changements environnementaux et les contacts accrus avec les animaux de ferme ont également provoqué la propagation d'infections bactériennes aux humains. »

« Je pense que c'est un signal d'alarme pour être plus responsable des méthodes d'élevage, afin que nous puissions réduire le risque d’épidméies liées aux pathogènes problématiques à l'avenir. »

Le professeur Dave Kelly du Département de biologie moléculaire et de biotechnologie de l'Université de Sheffield a dit : « Les agents pathogènes humains hébergés par les animaux représentent une menace croissante et nos résultats soulignent comment leur adaptabilité peut leur permettre de changer d'hôtes et d'exploiter des pratiques d’élevage intensifs. »

Les chercheurs espèrent que leur étude pourra aider les scientifiques à prévoir les problèmes potentiels à l'avenir afin qu'ils puissent être évités avant qu'ils ne se transforment en une autre épidémie.

Une vidéo du premier auteur, Evangelos Mourkas, est disponible.

Le soulèvement des machines: Des techniques d'apprentissage automatique pour savoir si Salmonella va frapper votre bétail!

« Le soulèvement des machines: Des outils pour savoir si Salmonella va frapper votre bétail », source Doug Powell du barfblog.

Le terme ‘Le soulèvement des machines’ est emprunté à ‘The rise of machines’ que l’on a pu voir dans ‘Terminator 3 : Le soulèvement des machines’.

Nous voilà donc en pleine science fiction, et en plus, il est question de microbiologie, waouh!

De plus en plus, la surveillance et le suivi systématiques des agents pathogènes d'origine alimentaire au moyen du séquençage du génome entier offrent des possibilités d'étudier l'épidémiologie des maladies d'origine alimentaire au-delà des investigations de routine sur les foyers de cas et des études cas-témoins.

En utilisant une phylogénie globale de Salmonella enterica sérotype Typhimurium, nous avons découvert que les principales sources de l’agent pathogène chez les animaux d’élevage aux États-Unis peuvent être prédites à partir des données de séquençage du génome entier. Des taux relativement constants de divergence de séquence dans les lignées de bétail ont permis de déduire leurs origines récentes.

L'accumulation élevée de pseudogènes spécifiques de la lignée après divergence par rapport aux populations généralistes et une éventuelle acclimatation métabolique chez un isolat de porc représentatif indique une possible émergence de l'adaptation de l'hôte.

Nous avons développé et appliqué rétrospectivement un apprentissage automatique Random Forest classifier ou forêts d'arbres décisionnels pour la prévision de la source génomique de Salmonella Typhimurium, qui a correctement attribué 7 des 8 foyers de zoonoses aux États-Unis entre 1998 et 2013. Nous avons en outre identifié 50 caractéristiques génétiques clés suffisantes pour une prédiction robuste des sources de bétail.