Selon une
étude,
«
Whole genome sequencing used in an industrial
context reveals a Salmonella laboratory
cross-contamination »
la contamination croisée dans un laboratoire a été à
l'origine de la découverte d'un produit fini positif pour Salmonella.
En 2013, lors d'une analyse de routine de prélèvements
d'aliments, un produit fini au chocolat d'une usine européenne a donné un
résultat positif à la recherche de Salmonella
Hadar. Parallèlement, la surveillance de l'environnement dans le laboratoire a
révélé la présence d'un prélèvement positif pour Salmonella dans le thermocouple d'un incubateur.
Huit mois plus tôt, le laboratoire, dont le nom n’avait pas
été identifié, avait effectué un essai d’aptitude sur lequel un échantillon de Salmonella Hadar avait été enrichi. Ce
même laboratoire a analysé l'échantillon d’aliments pour l'usine européenne. Le
laboratoire a effectué des analyses régulières pour la recherche de Salmonella en 2013, mais il n’y a eu
qu’un résultat positif au cours de l’année.
En raison de suspicions de contamination croisée en
laboratoire entre l'isolat de Salmonella
Hadar utilisé dans l‘essai d'aptitude et celui retrouvé sur le produit fini par
le même laboratoire, le séquençage du génome entier (WGS) a été utilisé.
L'analyse a révélé un maximum de dix
SNP
(
Single Nucleotide Polymorphisms) entre les
isolats provenant du laboratoire et le produit fini, confirmant ainsi la
contamination croisée.
Les résultats, combinés à l'investigation complémentaire en
usine, ont permis la libération des lots de produits finis et évité le
gaspillage inutile d’aliments et des pertes économiques pour l'usine.
Dans le cadre des systèmes de management de la sécurité des aliments
dans les installations de production, les usines disposent de programmes d’analyses
de surveillance de l'environnement et des
produits permettant de détecter les problèmes survenant dans la zone de production
et aux alentours. Les échantillons prélevés peuvent être envoyés aux
laboratoires pour analyses afin de contrôler la qualité et la sécurité
microbiologiques.
Lors des analyses microbiologiques de routine en 2013, un
laboratoire a retrouvé Salmonella Hadar positif dans un échantillon de chocolat
produit dans une usine européenne.
L'usine a conservé le lot de produits finis, a commencé le
nettoyage et la désinfection, et augmenté le nombre de tests analytiques. Une investigation
sur les causes profondes a été lancée en récupérant toutes les données de
production et les données analytiques afin d'identifier la source possible de
contamination.
Aucune des informations collectées n'a indiqué d'anomalies
sur le site de production. Aucune Salmonella
n'a été détecté dans les matières premières ou les échantillons
environnementaux prélevés à l'usine.
En raison de l'échantillon environnemental positif au
laboratoire et du test d’aptitude, l'hypothèse était qu'une contamination
croisée dans le laboratoire aurait entraîné un résultat faussement positif du
produit alimentaire. La participation à des essais d’aptitude démontre une
compétence lors de la réalisation d’examens microbiologiques spécifiques.
La confirmation de la contamination croisée en laboratoire
était nécessaire en utilisant une méthode plus discriminante que le sérotypage
phénotypique classique de Salmonella
par agglutination sur lame basée sur le schéma de Kauffmann-White-Le Minor.
L'analyse du sérotypage de
Salmonella a mis en évidence un éventuel incident de contamination
croisée en laboratoire qui a été confirmé par WGS dans une étude publiée dans
International
Journal of Food Microbiology.
Quatre isolats de Salmonella
Hadar issus de la contamination croisée en laboratoire et 12 isolats séquencés publics
échantillonnés en Europe ont été ajoutés à l'analyse.
Aucun des 12 isolats publics collectés jusqu'en 2014 n'était
génétiquement similaire aux isolats de l'étude. L'analyse des SNP a montré que
quatre isolats étaient génétiquement très similaires, avec un maximum de 11 SNP
entre eux suggérant qu'ils partageaient un ancêtre commun.
Les chercheurs ont déclaré que le test d’aptitude avait
probablement provoqué une contamination de l'environnement du laboratoire.
« La raison pour
laquelle l'isolat est resté en dormance pendant plusieurs mois et n'a été détectée
qu'en décembre reste incertaine. Normalement, le thermocouple n'est pas placé
dans un milieu de croissance. Il est possible que cet événement ait permis à
Salmonella de s'enrichir à un niveau élevé, ce qui augmente le risque de
contamination des autres échantillons analysés. Après l’incident, les BPL ont
été révisés et la surveillance de l’environnement a été renforcée dans le
laboratoire. »
Précédents de
contamination croisée
Ce n'est pas la première fois qu’une contamination croisée dans
un laboratoire a lieu mettant en cause du
chocolat et Salmonella.
Cependant, une étude rétrospective des isolats envoyés du
laboratoire au laboratoire national belge de référence pour Salmonella a révélé que sept semaines
auparavant, une souche de Salmonella
Rissen avait été isolée de la farine de poisson dans le même laboratoire.
C'était la première fois qu'une telle souche était isolée en laboratoire depuis
septembre 2009.
La contamination croisée dans le laboratoire des produits
alimentaires a conduit à un résultat faussement positif, entraînant de graves
conséquences économiques pour le fabricant de barres de chocolat, car le
conteneur contenant le lot de barres de chocolat présumées positives pour Salmonella a été détruit.
La cause de la contamination croisée n’a pas été découverte,
mais il est possible que de la poussière de farine de poisson se soit répandue
dans l’air, où elle a continué de circuler dans le laboratoire pendant des
semaines ou des jours
ou que la souche isolée de la farine de poisson ait été
stockée dans un tube qui a été mal manipulé par un employé.
