mercredi 4 août 2021

Le test PCR d'un prélèvement de lavage par gargarisme est aussi efficace qu’un écouvillonnage nasopharyngés pour identifier l'infection par le SRAS-CoV-2

«La PCR d'un prélèvement de lavage par gargarisme est aussi efficace qu’un écouvillonnage nasopharyngés pour identifier l'infection par le SRAS-CoV-2», source ASM News.

Vingt-six sujets d'une cohorte de 80 ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 via un écouvillonnage nasopharyngé, et tous les 26 ont été testés positifs en utilisant un lavage par gargarisme (lavage de la bouche), selon une nouvelle étude publiée dans Microbiology Spectrum, le nouveau journal en libre accès de l'American Society for Microbiology. C'est une bonne nouvelle, car l'écouvillonnage nasopharyngé, actuellement la référence pour la collecte d'échantillons pour les tests COVID, a un faible taux d'acceptation en raison de l'inconfort d'avoir un passage nasal écouvillonné.

La méthode de détection pour tester les échantillons utilisée dans cette étude est la réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR) hautement sensible.

«Nos résultats montrent que dans tous les cas, où les personnes ont été testées positivement par le prélèvement nasal de référence, on pouvait également détecter le virus lors d'un lavage en gargarisme par la même méthode RT-PCR», a déclaré l'auteur correspondant Christof R. Hauck, professeur de biologie cellulaire, Faculté des sciences naturelles, Département de biologie, Université de Constance, Allemagne.

«Cette procédure d'échantillonnage peut être effectuée en toute sécurité dans le cabinet d'un médecin généraliste sans équipement de protection supplémentaire pour le personnel médical, car les patients eux-mêmes effectuent l'échantillonnage», a déclaré le Dr Hauck. «Nous envoyions généralement les patients avec la solution de gargarisme et le récipient d'échantillonnage à l'extérieur.» Là, ils se sont gargarisés devant une fenêtre, observés par un membre du personnel médical. Ainsi, «nous n'avons pas besoin d'exposer le personnel formé au danger de prélever des échantillons sur autant de personnes potentiellement infectées».

Les sujets de l'étude présentaient des symptômes respiratoires typiques ou un contact connu avec des personnes infectées. Chacun a reçu à la fois un écouvillon nasal administré par un professionnel de la santé, «ce qui était nécessaire pour la procédure de diagnostic régulière, et chacun a effectué lui-même un lavage par gargarisme», a déclaré le Dr Hauck. «Ces échantillons appariés ont ensuite été transférés au laboratoire de diagnostic central, où ils ont été analysés en parallèle, afin que les résultats puissent être directement comparés.»

«En plus d'effectuer des diagnostics sur des patients symptomatiques, nous participons à une surveillance régulière du SRAS-CoV-2 sur notre campus universitaire, où nous testons des personnes deux fois par semaine. Comme l'écouvillonnage nasal n'est pas très agréable, nous cherchions une alternative, et le lavage en gargarisme s'est avéré très bien accepté», a déclaré le Dr Hauck.

«En trouvant un accord complet des résultats obtenus avec des échantillons appariés d'une cohorte importante de patients, nos résultats soutiennent fortement l'idée que l'auto-collecte indolore du lavage par gargarisme fournit une source appropriée et simple pour une détection fiable du SRAS-CoV-2», a déclaré le Dr Hauck.


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Un métabolite pro-inflammatoire peut provoquer des symptômes gastro-intestinaux après une intoxication alimentaire à Campylobacter

«Un métabolite pro-inflammatoire peut provoquer des symptômes gastro-intestinaux après une intoxication alimentaire à Campylobacter», source UMC Utrecht. L’étude est parue dans PLOS Pathogens.

Des chercheurs de l'UMC Utrecht et de l'Université d'Utrecht ont découvert que l'ADP-heptose, un métabolite pro-inflammatoire sécrété par la bactérie Campylobacter jejuni, est responsable de l'inflammation intestinale après une intoxication alimentaire, entraînant une diarrhée. Cette découverte contribue à la pathogenèse des infections à C. jejuni et peut fournir des indices pour un traitement préventif des intoxications alimentaires.

La bactérie Gram négatif, Campylobacter jejuni, est une cause majeure de maladie d'origine alimentaire chez l'homme. Après l'infection, C. jejuni colonise rapidement la couche de mucus de l'intestin grêle et du gros intestin et induit une puissante réponse pro-inflammatoire caractérisée par la production d'un large répertoire de cytokines, de chimiokines et de molécules effectrices innées, entraînant une diarrhée (sanglante). Cependant, les mécanismes de virulence moléculaire par lesquels C. jejuni provoque une entérite sont encore largement inconnus. Par conséquent, des chercheurs du Centre médical universitaire (UMC) d'Utrecht et de l'Université d'Utrecht ont lancé conjointement une étude in vitro sur les moteurs de la réponse inflammatoire dans le tractus gastro-intestinal due à une intoxication alimentaire causée par le pathogène bactérien C. Jejuni.

Réponse immunitaire après une infection à C. jejuni

Une fois ingéré, C. jejuni traverse la couche de mucus et colonise le fond des cryptes du côlon. On pense que cela est suivi d'une rupture de la couche épithéliale et du déclenchement de réponses immunitaires qui conduisent à un afflux massif de neutrophiles avec la formation d'abcès cryptiques, ce qui explique probablement une partie importante de la pathologie inflammatoire aiguë observée au cours de l'infection à C. jejuni. Une caractéristique clé de la pathogenèse semble donc être l'interaction avec les récepteurs immunitaires sur les cellules épithéliales et immunitaires innées et l'induction subséquente d'une puissante réponse immunitaire innée.

Moteur de l'inflammation

Dans cette étude, les chercheurs ont montré pour la première fois que C. jejuni libère un puissant composé pro-inflammatoire dans son environnement, qui active une réponse pro-inflammatoire comprenant l'induction de plusieurs cytokines et chimiokines. Cette réponse dépendait d'un récepteur intracellulaire fonctionnel de l'alpha kinase 1 (ALPK1). La caractérisation chimique, l'inactivation de la voie de biosynthèse de l'heptose par délétion de gènes et l'ingénierie in vitro ont identifié le facteur libéré comme étant l'ADP-heptose. Au cours de l'infection expérimentale par C. jejuni des cellules intestinales, le régulateur principal pro-inflammatoire des gènes immunitaires et inflammatoires NF-ĸB a été puissamment activé par la libération de métabolites de l'heptose.

Le chercheur principal Marcel de Zoete du Département de microbiologie médicale, UMC Utrecht, conclut: «Ces nouvelles découvertes classent l'ADP-heptose comme un facteur de virulence majeur de C. Jejuni qui peut jouer un rôle important lors de l'infection à Campylobacter chez l'homme. Cela contribue de manière significative à notre connaissance de la pathogenèse des infections à C. jejuni et fournit de nouveaux indices pour une thérapie préventive ciblée contre les intoxications alimentaires.»

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Évaluation des risques pour la santé liée aux résidus d'oxyde d'éthylène dans les graines de sésame par le BfR

«Évaluation des risques pour la santé liée aux résidus d'oxyde d'éthylène dans les graines de sésame», source avis du BfR actualisé n°024/2021, publié le 20 juillet 2021.

Les autorités régionales allemandes ont détecté des résidus de la substance oxyde d'éthylène dans des produits contenant des graines de sésame en provenance d'Inde.

Les produits concernés comprenaient diverses catégories telles que des barres, des collations ou des garnitures pour salades et ont été retirés du marché. Dans le même temps, le public a été informé au moyen du système d'alerte rapide de l'UE.

Dans l'UE, l'oxyde d'éthylène est interdit de toute utilisation dans les produits phytopharmaceutiques. Dans les produits biocides, l'oxyde d'éthylène peut être utilisé comme substance active pour la désinfection mais le contact alimentaire n'est pas autorisé. L'oxyde d'éthylène est mutagène et cancérigène. Par conséquent, la substance n'est pas soumise à une valeur indicative de sécurité sanitaire et les résidus dans les aliments sont généralement indésirables. Le BfR a donc déduit un «niveau d'ingestion de faible préoccupation» basé sur la méthode de «l'approche des grands facteurs d'évaluation» de l'EFSA. L'approche sert principalement d'outil de gestion des risques pour hiérarchiser les mesures de réduction des risques en fonction de leur portée et de leur urgence. L'approche calcule la quantité de substance pour laquelle, même en cas d'ingestion à vie, le risque supplémentaire de contracter un cancer est peu susceptible de dépasser 1:100 000. Pour l'oxyde d'éthylène, le BfR a calculé que cette «ingestion de faible préoccupation» était aussi faible que 0,037 microgramme par kilogramme de poids corporel/jour (μg/kg de poids corporel/jour). Il convient toutefois de noter qu'en accord avec l'EFSA, cette approche n'est pas utilisée pour décider si des substances actives ou des produits phytopharmaceutiques peuvent être autorisés, ni pour fixer des teneurs maximales en résidus. L'approche ne doit en aucun cas être utilisée pour déterminer la valeur marchande des denrées alimentaires contenant des résidus d'oxyde d'éthylène, ni conduire à un abandon général de l'exigence de minimisation des cancérogènes génotoxiques sans seuil.

Des analyses récentes des autorités régionales montrent que dans les échantillons de sésame étudiés, l'oxyde d'éthylène était presque entièrement converti en 2-chloroéthanol. Actuellement, l'UE évalue conjointement les deux substances, à savoir l'oxyde d'éthylène et son métabolite 2-chloroéthanol. Le niveau de résidus maximal autorisé par l'UE de 0,05 milligramme d'oxyde d'éthylène par kilogramme de sésame est basé sur la limite de détection analytique respective et se rapporte à la somme de l'oxyde d'éthylène et du 2-chloroéthanol. Les valeurs subsumées sont rapportées en oxyde d'éthylène. Le BfR soutient cette approche compte tenu des indications d'activité mutagène du 2-chloroéthanol dans les études animales. Actuellement, il n'y a pas suffisamment de données pour exclure avec suffisamment de certitude la possibilité que le 2-choréthanol n'ait pas d'effet cancérigène. Cependant, rien n'indique que le produit de dégradation 2-chloroéthanol puisse produire des effets mutagènes ou cancérigènes plus forts que l'oxyde d'éthylène. Dans l'attente d'un avis complémentaire, il est donc recommandé d'évaluer la génotoxicité et la cancérogénicité du métabolite 2-chloroéthanol en lien avec celle de l'oxyde d'éthylène. 

Commentaire. La phrase, le public a été informé au moyen du système d'alerte rapide de l'UE, est curieuse dans le mesure où, en France notamment, le consommateur ne sait pas ce qu'est le RASFF, et encore moins, ce qu'est le RASFF consommateur.


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La COVID-19 n'est pas un danger de sécurité des aliments, selon la FAO

«La COVID-19 n'est pas un danger de sécurité des aliments, selon la FAO», source article de Joe Whitworth paru le 4 août 2021 dans Food Safety News.

Le virus qui cause le COVID-19 n'est pas un problème direct de sécurité des aliments, selon les lignes directrices mises à jour de l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), le 2 août 2021.

Le document sur les lignes directrices remplace celles provisoires de la FAO et de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) sur le coronavirus et la sécurité des aliments pour les entreprises alimentaires, initialement publiées en avril 2020.

Les lignes directrices antérieures ont été critiquées par Roger Cook, alors président de l'International Association for Food Protection (IAFP) et d'autres pour avoir suggéré que le SRAS-CoV-2 était un problème de sécurité des aliments.

Aucune confirmation de lien avec l’aliment ou l'emballage

Les données actuelles indiquent que ni les aliments, ni les emballages alimentaires ne sont une voie de propagation de virus tels que le SRAS-CoV-2. Les coronavirus ne peuvent pas se multiplier dans les aliments ou sur les surfaces mais le peuvent chez les humains et certains animaux. Une fois dans l'environnement, les virus se dégradent et deviennent moins infectieux, selon le document.

«Il est important de noter que, bien que la détection de virus ou de restes d'acide ribonucléique (ARN) viral sur les aliments et les emballages alimentaires fournisse la preuve d'une contamination antérieure et ne soit pas contestée, il n'y a aucune confirmation du SRAS-CoV-2, ou de tout autre virus causant des maladies respiratoires, transmis par les aliments ou les emballages alimentaires et provoquant des maladies chez les personnes qui touchent les produits alimentaires ou les emballages contaminés.»

Des études publiées dans des revues dont China CDC Weekly ont lié les cas de maladie à l'emballage de produits de la chaîne du froid contaminés par le virus.

Les lignes directrices visent à garantir que l'intégrité de la chaîne alimentaire est maintenue et que des approvisionnements alimentaires adéquats et sûrs sont disponibles pour les consommateurs en ne restreignant pas les chaînes d'approvisionnement par des mesures inefficaces.

Des épidémies de la COVID-19 ont été liées aux employés d’exploitations agricoles et des installations de transformation de viande, de volaille, de poisson, des fruits et légumes et des aliments pour animaux de compagnie.

«Il reste essentiel que l'industrie alimentaire et les autorités réglementant l'industrie alimentaire protègent tous les employés contre la propagation de personne à personne de ces virus en fournissant un environnement de travail sûr, en promouvant les mesures d'hygiène personnelle et en dispensant une formation sur les principes d'hygiène alimentaire», a déclaré Markus. Lipp, responsable principal de la sécurité des aliments.

Questions commerciales et rôle des tests

Un salarie infecté peut infecter des collègues, contaminer les environnements de production et de transformation des aliments, ainsi que des aliments ou des matières alimentaires pouvant entraîner des restrictions commerciales, même s'il n'y a aucun danger pour la sécurité des aliments.

Un certain nombre d'interdictions d'importation et d'exportation ont été mises en place à différents moments de la pandémie et la Chine a testé les importations d'aliments et d'emballages pour le SRAS-CoV-2 à l'entrée dans le pays.

Les prélèvements environnementaux microbiologiques ont un rôle dans la vérification des protocoles de désinfection, mais le test du SRAS-CoV-2 dans les installations de transformation ou sur les emballages alimentaires est coûteux, prend du temps et n'aide pas à la prise de décision fondée sur les risques pour la protection des consommateurs et n'est pas recommandé, a dit le document.

Le virus est sensible aux désinfectants les plus couramment utilisés dans l'environnement de transformation des aliments. L'OMS recommande des désinfectants contenant plus de 70 pour cent d'alcool avec un temps de contact suffisant pour la décontamination. Les désinfectants courants avec des ingrédients actifs à base de composés d'ammonium quaternaire et de chlore ont également des propriétés virucides.

Les principes généraux de protection des salariés et les conseils pour les personnes travaillant dans la production primaire, la transformation des aliments, les transports et au niveau de la vente au détail tels que les magasins, les restaurants et autres points de vente d'aliments sont également couverts dans ces lignes directrices.

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mardi 3 août 2021

Surveillance de l'environnement de transformation des aliments à faible teneur en eau. Recherchons-nous les bons micro-organismes ?

L’article 'Surveillance de l'environnement de transformation des aliments dans les installations de production alimentaire à faible teneur en eau. Recherchons-nous les bons micro-organismes ?' vient de paraître dans la revue International Journal of Food Microbiology; il est disponible en accès libre.

Faits saillants

  • L'analyse des produits finis est d'un intérêt limité en cas de faible prévalence de la contamination .
  • La prévalence des agents pathogènes préoccupants pour les aliments à faible teneur en eau est prise en compte dans le cadre d'enquêtes sur les éclosions d'origine alimentaire rapportées.
  • La surveillance de l'environnement de transformation par écouvillonnage de surface est une approche proactive d'intérêt pour anticiper la contamination des produits grâce à l'identification de niches d'hébergement.
  • Les prélèvements doivent tenir compte à la fois de la proximité et de la priorité du produit en fonction des conditions d'hygiène, du lieu dans le processus (avant ou après le traitement thermique).
  • La caractérisation génétique des isolats fournit des informations intéressantes pour comprendre la différence entre les souches résidentes et sporadiques dans un environnement de transformation.

Résumé

La surveillance de l'environnement de transformation prend de plus en plus d'importance dans le cadre des plans de management de la sécurité des aliments et des programmes HACCP, car les épidémies passées ont montré la pertinence de l'environnement comme voie de contamination, nécessitant donc d'assurer la sécurité des produits.

Cependant, il y a encore de nombreuses questions ouvertes et un manque de clarté sur la façon de mettre en place un programme significatif, qui fournirait des avertissements précoces d'une contamination potentielle des produits. Par conséquent, le présent document vise à résumer et à évaluer les informations scientifiques existantes sur les épidémies, les agents pathogènes pertinents dans les aliments à faible teneur en eau et les connaissances sur les indicateurs, y compris leur contribution à un environnement «propre» capable de limiter la propagation des agents pathogènes dans les environnements secsde production. Ce document décrit également les éléments essentiels d'un programme de surveillance de l'environnement de transformation, soutenant ainsi la conception et la mise en œuvre de meilleurs programmes axés sur des micro-organismes pertinents. Ce document est destiné à aider l'industrie et les services régementaires à se concentrer et à mettre en place des programmes de surveillance de l'environnement de transformation ciblés en fonction de leur objectif, et donc de fournir les éléments essentiels nécessaires pour améliorer la sécurité des aliments.

Conclusion

Les aliments à faible teneur en eau (aw < 0,85) ont attiré l'attention en raison de plusieurs épidémies causées par Salmonella, E. coli pathogène et, dans une moindre mesure, d'autres agents pathogènes préoccupants. Il est intéressant de noter que L. monocytogenes n'a pas été impliqué dans les épidémies liées aux aliments à faible teneur en eau, à moins que les conditions ne changent et n'autorisent sa prolifération avant consommation. Une approche analyse du produit fini est limitée lorsqu'il s'agit d'identifier une faible prévalence de contamination, ce qui est le plus souvent le cas pour les aliments à faible teneur en eau. En revanche, la surveillance de l'environnement de transformation est reconnue comme une approche proactive pour anticiper la contamination des produits finis. Les programmes de surveillance de l'environnement de traitement doivent être à la fois conçus pour identifier les points critiques à prélever régulièrement et rechercher des niches d’hébergement, ainsi que rechercher et détruire les agents pathogènes préoccupants pour les produits/productions respectifs.

La meilleure façon de surveiller les agents pathogènes est donc un point important, non seulement pour les fabricants, mais aussi pour les services réglementaires. Cela fait également référence à la question des micro-organismes indicateurs appropriés, à la fois pour le(s) agent(s) pathogène(s) et pour les indicateurs des conditions d'hygiène au sein de l’usine.

Alors que la surveillance de la contamination microbienne dans l'environnement de transformation s'avère plus proactive et efficace pour détecter une contamination de faible niveau par rapport aux analyses de produits finis, elle devrait être suivie d'une action corrective et de plans d'action préventifs, afin non seulement de rechercher et de détruire des niches d’hébergement. dans la zone de production, mais aussi assurer une application efficace des Bonnes Pratiques d’Hygiène, un zonage hygiénique approprié et une conception de l'équipement, avec des protocoles de nettoyage adéquats. Exigé par le règlement UE 2073/2005, il ne s'agit ‘que’ d'une action de suivi de la situation: cependant, il fournit une indication claire de l'efficacité de la mise en œuvre du système de management de la sécurité des aliments. Il doit constituer la base d'un plan global de lutte préventive. Comme HACCP, il doit être géré de manière dynamique et régulièrement mis à jour.

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Il paraît que les voyageurs américains à l'étranger sont plus sensibles à un germe résistant aux antibiotiques ...

«Un germe résistant aux antibiotiques a plus de punch chez les voyageurs américains», source Washington State University (WSU).

Un type de bactérie comme Salmonella est beaucoup plus susceptible de provoquer des maladies et de repousser les antibiotiques de première intention lorsqu'il est acquis en Europe, Asie et dans certaines parties de l'Afrique plutôt qu'aux États-Unis.

Des chercheurs de l'Université de l'État de Washington ne savent pas encore pourquoi les isolats de Salmonella Kentucky de certaines parties du globe sont résistants aux antibiotiques alors que d'autres ne le sont pas, mais leurs découvertes sont une étape clé vers une meilleure compréhension et un meilleur traitement.

«Franchement, je pense que nous avons juste eu de la chance que ce type résistant aux médicaments n'ait pas encore fait son apparition aux États-Unis», a déclaré Rachel Soltys, étudiante diplômée et première auteure d'un article publié dans le Journal of Frontiers and Sustainable Food Systems.

L'étude a été menée dans le laboratoire de Devendra Shah, professeur en recherche sur les maladies infectieuses. Shah fait partie du grand effort de recherche sur les maladies à l'université et travaille au département de microbiologie et de pathologie vétérinaires de la WSU.

Les chercheurs du laboratoire Shah se sont penchés spécifiquement sur Salmonella Kentucky. Tout comme les autres types de Salmonella, les bactéries se développent dans le tractus gastro-intestinal des animaux destinés à l'alimentation tels que les poulets et les bovins, et sont connues pour provoquer des diarrhées, des douleurs abdominales et de la fièvre chez les humains.

Les chercheurs ont découvert que plus de 60% des Washingtoniens atteints d'une infection confirmée à Salmonella Kentucky alors qu'ils étaient à l'étranger de 2004 à 2014 étaient résistants aux fluoroquinolones, un groupe d'antibiotiques de première intention utilisés pour traiter l'infection à Salmonella.

Bien que le laboratoire ait également collecté des isolats de Salmonella Kentucky provenant d'animaux destinés à l'alimentation domestiques élevés aux États-Unis, tels que des poulets, aucun n'a montré de résistance à ce groupe d'antibiotiques.

Pour tracer l'origine de la résistance aux antibiotiques des souches, Soltys et Shah ont analysé 15 échantillons cliniques de Salmonella Kentucky résistants aux fluoroquinolones collectés par le Washington State Department of Health.

En collaboration avec le département de la santé de l'État, 11 de ces cas ont été directement attribués à des voyages internationaux au Moyen-Orient et dans des pays tels que la Tanzanie, Éthiopie, Côte d'Ivoire, Maroc, Égypte et Inde.

Pour étayer leurs conclusions, 140 autres échantillons de Salmonella Kentucky prélevés sur des poulets dans le nord-ouest des États-Unis et quelques-uns au laboratoire de Jean Guard, chercheur en agriculture à l’US National Poultry Research Center du ministère américain de l'agriculture, ont été comparés à plus plus de 400 séquences génomiques publiquement disponibles de Salmonella Kentucky provenant de diverses parties du monde.

«Lorsque nous avons comparé nos séquences de Salmonella Kentucky aux isolats internationaux, cela a corroboré ce que nous avions appris des données épidémiologiques du département de la Santé de l'État de Washington et a confirmé que les patients avaient contracté l'infection pendant leur voyage», a déclaré Soltys.

La recherche s'appuie sur des travaux de 2016, lorsque Carson Sakamoto, étudiant en deuxième année de médecine vétérinaire, a découvert que la plupart des souches de Salmonella Kentucky isolées de patients humains dans l'État de Washington étaient très résistantes aux antibiotiques de première intention.

Shah a déclaré que si Salmonella Kentucky est l'un des types de Salmonella les plus courants chez les volailles domestiques, la bactérie cause moins de 100 cas par an aux États-Unis. On pensait généralement que Salmonella Kentucky n'était pas une menace majeure pour la santé publique.

Cependant, Shah a déclaré que si Salmonella Kentucky résistant aux fluoroquinolones du monde entier devenait endémique aux États-Unis, les cas signalés augmenteraient probablement et ceux qui présentent des symptômes suffisamment graves pour justifier une visite chez le médecin se verraient probablement prescrire des médicaments qui ne fonctionneraient pas.

«Premièrement, vous n'allez probablement pas vous rétablir avec des antibiotiques. Deuxièmement, vous allez perturber vos bactéries normales dans votre corps et cela peut aggraver votre infection», a déclaré Shah.

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Une longue journée pour les microbes

Tapis microbien
violet dans le Middle Island Sinkhole (gouffre) du lac Huron, juin 2019. Des petites collines et des «doigts» comme celui-ci dans le tapis sont causés par du gaz comme le méthane et l'hydrogène sufureux qui bouillonnent sous eux. © Phil Hartmeyer, NOAA Sanctuaire marin national de Thunder Bay.

«Une longue journée pour les microbes», source Max Planck Institute for Marine Microbiology.

Un ralentissement de la rotation de la Terre aurait pu affecter la teneur en oxygène de l'atmosphère.

La vie sur Terre repose aujourd'hui sur la présence d'oxygène. Cependant, le processus derrière l'augmentation progressive des niveaux d'oxygène dans l'atmosphère, qui s'est déroulée sur près de deux milliards d'années, reste débattu. Une équipe internationale de scientifiques autour de Judith Klatt de l'Institut Max Planck de microbiologie marine à Brême, Allemagne, propose une explication intrigante, l'augmentation de la durée du jour, résultant du ralentissement de la rotation de la Terre, peut avoir permis aux microbes de libérer plus d'oxygène, créant ainsi l'air que nous respirons aujourd'hui.

Pratiquement tout l'oxygène sur Terre était et est produit par la photosynthèse, qui a été inventée par de minuscules organismes, les cyanobactéries, lorsque notre planète était encore un endroit plutôt inhabitable. Les cyanobactéries ont évolué il y a plus de 2,4 milliards d'années, mais la Terre ne s'est que lentement transformée en la planète riche en oxygène que nous connaissons aujourd'hui. «Nous ne comprenons pas parfaitement pourquoi cela a pris autant de temps et quels facteurs ont contrôlé l'oxygénation de la Terre», a déclaré la géomicrobiologiste Judith Klatt. «Mais en étudiant des tapis de cyanobactéries dans le gouffre de l'île Middle du lac Huron au Michigan, qui vivent dans des conditions ressemblant à la Terre primitive, j'ai eu une idée.»

Les cyanobactéries sont des lève-tard

Klatt a travaillé avec une équipe de chercheurs autour de Greg Dick de l'Université du Michigan. L'eau du gouffre de l'île Middle, où les eaux souterraines s'écoulent du fond du lac, est très pauvre en oxygène. «La vie au fond du lac est principalement microbienne et sert d'analogue aux conditions qui ont prévalu sur notre planète pendant des milliards d'années», explique Bopi Biddanda, un écologiste microbien collaborateur de la Grand Valley State University. Les microbes y sont principalement des cyanobactéries violettes productrices d'oxygène qui entrent en compétition avec des bactéries blanches oxydant le soufre. Les premières produisent de l'énergie avec la lumière du soleil, les secondes avec l'aide du soufre. Pour survivre, ces bactéries exécutent chaque jour une petite danse :

Du crépuscule à l'aube, les bactéries mangeuses de soufre se trouvent au-dessus des cyanobactéries, bloquant leur accès à la lumière du soleil. Lorsque le soleil se lève le matin, les mangeurs de soufre se déplacent vers le bas et les cyanobactéries remontent à la surface du tapis. «Maintenant, ils peuvent commencer à faire de la photosynthèse et à produire de l'oxygène», a expliqué Klatt. «Cependant, il faut quelques heures avant que cela ne démarre vraiment, il y a un long décalage le matin. Les cyanobactéries sont plutôt des lève-tard que des matinaux, semble-t-il. En conséquence, leur temps pour la photosynthèse est limité à seulement quelques heures par jour. Lorsque Brian Arbic, océanographe physique à l'Université du Michigan, a entendu parler de cette danse microbienne nycthémérale, il a soulevé une question intrigante: «Est-ce que cela pourrait signifier que la modification de la longueur du jour aurait eu un impact sur la photosynthèse au cours de l'histoire de la Terre ?»

La durée du jour sur Terre n'a pas toujours été de 24 heures. «Lorsque le système Terre-Lune s'est formé, les jours étaient beaucoup plus courts, peut-être même aussi courts que six heures», a expliqué Arbic. Ensuite, la rotation de notre planète a ralenti en raison de la force de la gravité de la lune et du frottement des marées, et les jours ont rallongé. Certains chercheurs suggèrent également que la décélération rotationnelle de la Terre a été interrompue pendant environ un milliard d'années, coïncidant avec une longue période de faibles niveaux d'oxygène dans le monde. Après cette interruption, lorsque la rotation de la Terre a recommencé à ralentir il y a environ 600 millions d'années, une autre transition majeure dans les concentrations mondiales d'oxygène s'est produite.

Après avoir noté l'étonnante similitude entre le modèle d'oxygénation de la Terre et le taux de rotation sur des échelles de temps géologiques, Klatt était fascinée par l'idée qu'il pourrait y avoir un lien entre les deux - un lien qui allait au-delà du décalage de photosynthèse des «lève-tard» observés dans le gouffre de de Middle Island. «J'ai réalisé que la durée du jour et la libération d'oxygène par les tapis microbiens sont liées par un concept très basique et fondamental: pendant les jours courts, il y a moins de temps pour que les gradients se développent et donc moins d'oxygène peut s'échapper des tapis», selon l'hypothèse de Klatt.

Des tapis bactériens à l'oxygène mondial

Klatt s'est associé à Arjun Chennu, qui travaillait alors également à l'Institut Max Planck de microbiologie marine et qui dirige maintenant son propre groupe au Centre Leibniz pour la recherche marine tropicale à Brême. Sur la base d'un logiciel open source développé par Chennu pour cette étude, ils ont étudié comment la dynamique de la lumière du soleil est liée à la libération d'oxygène par les tapis. «L'intuition suggère que deux journées de 12 heures devraient être similaires à une journée de 24 heures. La lumière du soleil monte et descend deux fois plus vite, et la production d'oxygène suit au même rythme. Mais la libération d'oxygène par les tapis bactériens ne le fait pas, car elle est limitée par la vitesse de diffusion moléculaire. Ce découplage subtil de la libération d'oxygène de la lumière du soleil est au cœur du mécanisme», a déclaré Chennu.

Pour comprendre comment les processus se produisant au cours d'une journée peuvent avoir un impact sur l'oxygénation à long terme, Klatt et ses collègues ont incorporé leurs résultats dans des modèles mondiaux de niveaux d'oxygène. L'analyse suggère que l'augmentation la libération d'oxygène due au changement de la durée du jour pourrait avoir augmenté les niveaux d'oxygène dans le monde. C'est un lien entre l'activité de minuscules organismes et les processus globaux. «Nous relions les lois de la physique opérant à des échelles très différentes, de la diffusion moléculaire à la mécanique planétaire. Nous montrons qu'il existe un lien fondamental entre la durée du jour et la quantité d'oxygène pouvant être libérée par les microbes du sol», a déclaré Chennu. «C'est assez excitant. De cette façon, nous relions la danse des molécules du tapis microbien à la danse de notre planète et de la Lune.»

Dans l'ensemble, les deux principaux événements d'oxygénation (sauts de la concentration en oxygène) de l'histoire de la Terre - le grand événement de l'oxydation, il y a plus de deux milliards d'années et l'événement de l'oxygénation néoprotérozoïque ultérieur - pourraient être liés à l'augmentation de la durée du jour. Par conséquent, l'augmentation de la durée du jour aurait pu augmenter suffisamment la productivité du filet benthique pour avoir un impact sur les niveaux d'oxygène atmosphérique. «Jongler avec ce large éventail d'échelles temporelles et spatiales était ahurissant - et très amusant», conclut Klatt.

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De l'eau et du CO2 pour augmenter la croissance de cultures

«La marijuana se cultive sur du carbone capturé», source article de Jim Romahn paru Le 3 août 2023 dans son blog Agri 007.

La légalisation de la marijuana au Canada en 2018 a marqué le début du deuxième acte pour CO2 Gro Inc., rapporte le Toronto Globe and Mail dans les profils de cinq entreprises canadiennes impliquées dans la capture du carbone.

Le pompage du CO2 dans les serres est connu depuis longtemps pour augmenter la croissance des plantes jusqu'à 30%, mais le processus est inefficace, et pendant les mois chauds, le gaz est évacué dans l'atmosphère, selon l’article.

La technologie de CO2 Gro Inc. consiste à infuser de l'eau avec du CO2 et à la vaporiser sur les plantes en courtes rafales, améliorant ainsi l'efficacité du processus.

L'industrie de la marijuana est rapidement devenue un marché de premier plan, et maintenant CO2 Gro Inc. a vendu ses systèmes de brumisation à huit exploitations de cannabis sous licence. Elle se concentre également sur d'autres cultures cultivées dans des structures protégées, notamment les poivrons et les baies qui ont de grandes feuilles pour la pulvérisation.

«L'utilisation du carbone dans la plupart des cas n'a pas été une chose très précise. Des personnes brûlent du carburant pour fabriquer du carbone, elles font toutes sortes de choses pour obtenir du CO2 pour le carbone, et dans la plupart des cas, il est perdu», a déclaré John Archibald, PDG de CO2 Gro.

Pour pomper le gaz dans une serre de 100 000 pieds carrés, un opérateur peut avoir à injecter jusqu'à un million de pieds cubes de CO2, mais dans de nombreux cas, jusqu'à 90% de celui-ci s'échappe dans l'atmosphère.

«Ce que nous faisons, c'est mettre du CO2 dans de l'eau à un taux de solution spécifique et le mettre sur les feuilles dans un brouillard afin que les feuilles absorbent pratiquement tout le carbone que nous leur donnons. Nous utilisons donc environ cinq pour cent du carbone que quelqu'un utiliserait s'il gazait», a-t-il déclaré.

Le brouillard a également été efficace pour réduire E. coli, les moisissures et l'oïdium car il est légèrement acide.

«Donc, beaucoup de gens se tournent vers nous comme pesticide naturel qui devient partie intégrante de l'utilisation de l'eau légèrement acide chargée de molécules saturées de CO2», a déclaré Sam Kanes, vice-président des études de marché de l'entreprise.

CO2 Gro compte 10 employés et utilise un réseau mondial de représentants commerciaux indépendants pour commercialiser ses systèmes de livraison. Son principal actionnaire est la société de capital-investissement basée aux États-Unis Ospraie Ag Science LLC.

Au cours de la dernière année, CO2 Gro a signé plusieurs accords avec des entreprises du monde entier pour déterminer la viabilité commerciale de la technologie dans leurs opérations. Ils cultivent des cultures telles que la laitue, les fraises et les poivrons, ainsi que des orchidées et des roses.

«Nous constatons une augmentation moyenne des récoltes de 30%, et pour générer ces augmentations de récolte, nous n'ajoutons qu'environ 5% de CO2 dans l'atmosphère», a déclaré M. Archibald.

«Dans un monde qui subit des stress alimentaires pour nourrir les populations, en particulier dans les économies émergentes, c'est un gain important. Nous ne pouvons pas travailler avec du blé et nous ne pouvons pas travailler avec du riz, mais nous pouvons apporter une contribution significative à la marge», a-t-il déclaré.

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