Des spores microbiennes à codes barres peuvent retracer l'origine d'objets et des produits agricoles

« Des spores microbiennes à codes barres peuvent retracer l'origine d'objets et des produits agricoles », source communiqué de Harvard Medical School.

Chaque année, environ 48 millions d'Américains tombent malades à cause de maladies d'origine alimentaire, entraînant quelque 128 000 hospitalisations et 3 000 décès, selon les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis.

Ce problème de santé publique est aggravé par des milliards de dommages économiques liés aux rappels de produits, ce qui met en évidence la nécessité de déterminer rapidement et avec précision les sources de maladies d'origine alimentaire.

Avec la complexité croissante des chaînes d'approvisionnement mondiales pour la myriade d'aliments disponibles pour les consommateurs, cependant, la tâche de tracer l'origine exacte des articles contaminés peut être difficile.

Dans une nouvelle solution qui peut aider à déterminer l'origine des produits agricoles et d'autres biens, des scientifiques de la Harvard Medical School (HMS) ont développé un système microbien à code-barres qui peut être utilisé pour étiqueter des objets de manière peu coûteuse, évolutive et fiable.

Présentée dans Science le 4 juin, l'équipe de recherche décrit comment des spores microbiennes synthétiques peuvent être introduites en toute sécurité sur des objets et des surfaces à un point d'origine, comme un champ ou une usine de fabrication, et être détectées et identifiées des mois plus tard.

Les spores sont dérivées de la levure de boulangerie et d'une souche bactérienne commune utilisée dans une grande variété d'applications, telles que des compléments alimentaires probiotiques, et conçues pour être incapables de croître dans la nature pour éviter les effets écologiques négatifs.

«Les spores sont à bien des égards une solution à l'ancienne et ont été pulvérisées en toute sécurité sur des produits agricoles comme inoculants du sol ou des pesticides biologiques pendant des décennies. Nous venons d'ajouter une petite séquence d'ADN que nous pouvons amplifier et détecter», a dit l'auteur correspondant de l'étude, Michael Springer, professeur de biologie des systèmes à l'Institut Blavatnik de la HMS.

«Nous avons également travaillé dur pour nous assurer que ce système est sûr, en utilisant des souches microbiennes courantes et en intégrant plusieurs niveaux de contrôle», a ajouté Springer. «Nous espérons que ceal pourra être utilisé pour aider à résoudre des problèmes qui ont d'énormes implications pour la santé publique et l'économie.»

Ces dernières années, les scientifiques ont beaucoup appris sur les interactions entre les microbes et leur environnement. Des études montrent que les communautés microbiennes dans les maisons, sur les téléphones portables, sur le corps humain et plus ont des compositions uniques, similaires aux empreintes digitales. Cependant, les tentatives d'utilisation d'empreintes digitales microbiennes pour identifier la provenance peuvent prendre du temps et ne sont pas facilement évolutives.

L'utilisation de séquences d'ADN synthétisées sur mesure comme codes barres s'est avérée en principe efficace pour l'étiquetage des aliments et d'autres articles. Pour être largement utiles, les codes barres d'ADN doivent être produits à bas prix en gros volumes, persister sur des objets dans des environnements très variables, et pouvoir être décodés de manière fiable et rapide - des obstacles qui n'ont jusqu'à présent pas été surmontés car l'ADN est fragile.

Emballage robuste

Dans leur étude, Springer et ses collègues ont cherché à déterminer si les codes barres d'ADN emballés dans des spores microbiennes, qui peuvent être pulvérisés sur les cultures et identifiés des mois plus tard, pourraient aider à résoudre ces problèmes.

De nombreux micro-organismes, notamment des bactéries, des levures et des algues, forment des spores en réponse à des conditions environnementales difficiles. De façon analogue aux graines, les spores permettent aux micro-organismes de rester dormants pendant des périodes extraordinairement longues et de survivre à des conditions extrêmes telles que des températures élevées, la sécheresse et le rayonnement UV.

L'équipe de recherche a créé des séquences d'ADN sur mesure qu'elles ont intégrées dans les génomes des spores de deux micro-organismes, Saccharomyces cerevisiae, également connue sous le nom de levure de boulanger, et Bacillus subtilis, une bactérie commune et répandue qui a de nombreuses utilisations commerciales, y compris comme probiotique alimentaire, inoculant du sol et fermentant certains aliments. Ces spores peuvent être cultivées à bon marché en laboratoire en grand nombre.

Les séquences d'ADN synthétique sont courtes et ne codent pour aucun produit protéique, et sont donc biologiquement inertes. Insérées dans le génome en tandem, les séquences sont conçues pour que des milliards de codes barres uniques puissent être créés.

L'équipe a également veillé à ce que les spores à code barres ADN ne puissent pas se multiplier, croître et se propager dans la nature. Ils l'ont fait en utilisant des souches microbiennes qui nécessitent une supplémentation nutritionnelle spécifique et en supprimant les gènes nécessaires à la germination et à la croissance des spores. Des expériences impliquant des centaines de millions à plus d'un billion de spores modifiées ont confirmé qu'elles étaient incapables de former des colonies.

Pour lire les codes-barres d'ADN, les chercheurs ont utilisé un outil CRISPR peu coûteux qui peut détecter la présence d'une cible génétique rapidement et avec une sensibilité élevée. La technologie, appelée SHERLOCK, a été développée au Broad Institute du MIT et Harvard, dans le cadre d'une collaboration dirigée par les membres de l'institut James Collins et Feng Zhang.

«Les spores peuvent survivre dans la nature pendant une très longue période et sont un excellent moyen pour nous d'incorporer des codes-barres d'ADN», a déclaré le co-premier auteur de l'étude, Jason Qian, un étudiant diplômé en biologie des systèmes au HMS. «L'identification des codes barres est simple, en utilisant une source de lumière bleue, un filtre en plastique orange et un appareil photo de téléphone portable. Nous n'envisageons aucun défi pour la déployabilité sur le terrain.»

Le monde réel

L'équipe a examiné l'efficacité de leur système de spores microbiennes à code s barres à travers une variété d'expériences.

Ils ont fait pousser des plantes en laboratoire et ont pulvérisé sur chaque plante différentes spores à code barres. Une semaine après l'inoculation, une feuille et un échantillon de sol de chaque pot ont été récoltés. Les spores ont été facilement détectées, et même lorsque les feuilles ont été mélangées, l'équipe a pu identifier de quel pot provenait chaque feuille.

Lorsqu'elles ont été pulvérisées sur l'herbe à l'extérieur et exposées aux intempéries pendant plusieurs mois, les spores sont restées détectables, avec une propagation minimale en dehors de la région inoculée. Sur des environnements tels que le sable, le sol, les tapis et le bois, les spores ont survécu pendant des mois sans perte au fil du temps, et elles ont été identifiées après des perturbations telles que l'aspiration, le balayage et la simulation du vent et de la pluie.

Les spores sont très susceptibles de persister à travers les conditions d'une chaîne d'approvisionnement réelle, selon les chercheurs. À titre de preuve de principe, ils ont testé des dizaines d'articles de produits achetés en magasin pour la présence de spores de Bacillus thuringiensis (Bt), une espèce bactérienne largement utilisée comme pesticide. Ils ont correctement identifié toutes les plantes Bt positives et Bt négatives.

Dans d'autres expériences, l'équipe a construit un bac à sable de 100 mètres carrés et a constaté que la propagation des spores était minime après des mois de vent simulé, de pluie et de perturbations physiques.

Ils ont également confirmé que les spores peuvent être transférées sur des objets de l'environnement. Des spores ont été facilement identifiées sur les chaussures des personnes qui ont traversé le bac à sable, même après avoir marché pendant plusieurs heures sur des surfaces qui n'ont jamais été exposées aux spores. Cependant, les spores n'ont pas pu être détectées sur ces surfaces, ce qui suggère que les objets retiennent les spores sans propagation significative.

Cette caractéristique, a noté l'équipe, pourrait permettre aux spores d'être utilisées pour déterminer si un objet a traversé une zone inoculée. Ils l'ont testé en divisant le bac à sable en grilles, chacune étiquetée avec jusqu'à quatre spores à codes barres différentes. Des individus et une voiture télécommandée ont ensuite navigué dans le bac à sable.

Ils ont découvert qu'ils pouvaient identifier les grilles spécifiques que les objets traversaient avec un minimum de faux positifs ou négatifs, suggérant une application possible comme outil complémentaire pour la médecine légale ou l'application de la loi.

L'équipe a également examiné les implications potentielles pour la vie privée, notant que les technologies existantes telles que les colorants UV, le suivi des téléphones portables et la reconnaissance faciale sont déjà largement utilisées mais restent controversées.

«En tant que scientifiques, notre charge est de résoudre les défis scientifiques, mais en même temps, nous voulons nous assurer que nous reconnaissons les implications sociétales plus larges», a dit Springer. «Nous pensons que les spores à code barres sont les mieux adaptées aux applications agricoles et industrielles et seraient inefficaces pour la surveillance humaine.» Quoi qu'il en soit, l'utilisation et l'adoption de cette technologie devraient se faire en tenant compte des problèmes d'éthique et de confidentialité, ont déclaré les auteurs de l'étude.

Les chercheurs étudient actuellement les moyens d'améliorer le système, y compris la mise au point de mécanismes potentiellement destructeurs dans les spores, la recherche de moyens de limiter la propagation et l'examen de la possibilité d'utiliser les spores pour fournir des informations temporelles sur l'historique de localisation.

«Les épidémies d'agents pathogènes d'origine alimentaire tels que Listeria, Salmonella et E. coli se produisent naturellement et fréquemment», a dit Springer. «Des outils de biologie synthétique simples et sûrs et une connaissance de la biologie de base nous permettent de créer des choses qui ont beaucoup de potentiel pour résoudre des problèmes de sécurité réels.»

Complément. On lira l'article paru dans AAAS.org sur BarcodedMicrobes Could Track Sources of Food Contamination, dont j'ai extrait l'image en titre.

Irlande: Lavez-vous les mains mais jamais le poulet cru !

Ne jamais laver de poulet cru

« L'agence irlandaise de sécuirté des aliments réitère son message de ne pas laver un poulet cru », source Food Safety News, adapté par mes soins.

La Food Safety Authority of Ireland (FSAI) a utilisé la toile de fond de la Journée mondiale de la sécurité alimentaire pour rappeler aux consommateurs de ne jamais laver un poulet cru.

La FSAI et safefood, un groupe qui promeut la sensibilisation et la connaissance de la sécurité des aliments et de la nutrition en Irlande, ont dit que le lavage du poulet cru peut propager des bactéries responsables d'intoxication alimentaire jusqu'à une longueur d'un bras au-delà de l'évier, ce qui pourrait vous rendre malade, ainsi que d'autres personnes.

• 32% des adultes cuisinent davantage à partir de zéro en raison des restrictions liées au Covid-19,
• 49% déclarent cuisiner plus qu'auparavant,
• 40% des 18-34 ans recherchent régulièrement des recettes en ligne.

Avec plus de personnes qui cuisinent maintenant à la maison que jamais auparavant, safefood rappelle aux personnes de ne jamais laver le poulet cru lors de sa préparation.

Campylobacter est une bactérie présente dans le poulet cru. C'est la cause la plus fréquente d'intoxication alimentaire bactérienne en Irlande. En 2018, il y a eu plus de 3 000 cas notifiés en République d'Irlande, soit une augmentation de plus de 8% par rapport à 2017.

La deuxième Journée mondiale de la sécurité sanitaire des aliments, le 7 juin, est dirigée par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO).

Une étude récente a révélé que les conseils d'experts ne sont pas pleinement adoptés par le public, tandis que les recommandations des autorités sur la surveillance de la cuisson du poulet et les pratiques des consommateurs ne garantissent pas la réduction des agents pathogènes à des niveaux sûrs.

Le ministre de la santé, Simon Harris, a dit qu'il était essentiel d'avoir l'hygiène à l'esprit lors de la préparation des aliments à la maison.

«Nous sommes beaucoup plus nombreux à cuisiner à la maison et certains d'entre nous le font peut-être pour la première fois. C'est donc le bon moment pour maintenir de bons comportements en matière d'hygiène personnelle comme le lavage des mains, pour de nombreuses raisons essentielles de sécurité - et bien sûr, la sécurité des aliments est importante.»

Ray Dolan, directeur général de safefood, a dit que les personnes préparant du poulet ne devraient jamais le laver.

«Bien que vous puissiez penser que vous le nettoyez, vous propagez en fait des bactéries nocives jusqu'à 80 centimètres de votre évier. C'est une cuisson minutieuse du poulet qui détruit en toute sécurité toutes les bactéries responsables d'intoxication alimentaire qui s'y trouvent», a-t-il dit

«Lavez-vous les mains avant et après avoir manipulé du poulet cru et lavez tous les ustensiles ou surfaces de travail qui entrent en contact avec lui pour éviter la contamination croisée dans votre cuisine. Les personnes les plus à risque de tomber malades à cause d'une intoxication alimentaire sont les très jeunes, les personnes âgées, les personnes ayant un problème de santé et les femmes enceintes.»

Rôle de l'industrie

Michael Creed, ministre de l'agriculture, de l'alimentation et de la marine, a dit qu'il était important de ne pas perdre de vue le travail accompli pour maintenir le haut niveau de sécurité des aliments, de traçabilité et d'authenticité des produits irlandais.

«Compte tenu du thème de la campagne de cette année, il est juste de reconnaître en particulier le travail du Poultry Stakeholder Group, sous la présidence du professeur Patrick Wall, qui continue de développer et d'affiner une approche globale de la ferme à la fourchette en matière de sécurité sanitaire des aliments dans ce domaine. en étroite collaboration avec mon département.»

Pamela Byrne, directrice générale de la FSAI, a dit que les entreprises alimentaires doivent être en état d'alerte élevé pour arrêter la propagation des bactéries lors de la préparation du poulet.

«La maîtrise des bactéries, telles que Campylobacter, doit être géré tout au long de la chaîne alimentaire, de la ferme à l'assiette. Les traiteurs et les distributeurs qui utilisent du poulet cru dans leurs plats doivent supposer qu'il contient des bactéries dangereuses. Aucune étape du traitement du poulet ne peut garantir l'élimination des bactéries, sauf la cuisson à des températures correctes», a-t-elle dit.

«Nous rappelons aux traiteurs et aux distributeurs leur obligation légale de suivre à tout moment les meilleures pratiques d'hygiène pour éviter la contamination croisée entre la volaille crue et les aliments prêts à consommer. Conservez toujours le poulet cru correctement et, en fin de compte, la dernière ligne de défense consiste à vous assurer que le poulet soit bien cuit. »

NB : Peut-être qu'un thermomètre peut aider ...

Il était une fois des œufs durs écalés et la secrétaire d'Etats à l'environnement ...

Mais quelle mouche a donc piquée la secrétaire d'Etat à l'environnement ou comment se faire un peu de pub en ces temps difficiles ... avec ce tweet ci-dessous, 

Sinon, pour protéger un œuf, la nature a inventé un emballage ingénieux qui s’appelle la coquille !
Bravo @Leclerc_MEL pour cette fantastique innovation 👏🏽😓
Heureusement, la #LoiAntiGaspillage va permettre la suppression de ces aberrations.#WorldEnvironmentDay2020 pic.twitter.com/WZaXuGB7m5

— Brune Poirson (@brunepoirson) June 5, 2020

La Voix du Nord nous explique cette 'sortie' de la secrétaire d'Etat,

Alors que sa loi contre le gaspillage et pour une économie circulaire a été promulguée le 11 février dernier, Brune Poirson a épinglé ce 5 juin un magasin Leclerc de Concarneau, dans le Finistère, pour un emballage en plastique d’œufs durs proposés à la vente. « Il y a deux éléments que l’on voit dans cette photo, explique-t-on au cabinet de Brune Poirson auprès du Figaro. D’abord le socle noir très certainement en polystyrène expansé comme les boîtes de kebab, et qui sera interdit dès le 1er janvier 2021. Ensuite le film étirable, qui est techniquement recyclable, mais pas forcément partout dans les faits puisque la filière de recyclage n’est pas encore déployée sur tout le territoire. »

Vous voyez comme c'est clair … et un petit tour aux rayons viande et volaille d'un supermarché lui aurait montré que les barquettes en polystyrène expansé et film étirable sont légions … mais à quoi bon ...

«La loi anti-gaspillage permettra à l’État de mettre en place des systèmes de bonus-malus en fonction de critères environnementaux des différents matériaux utilisés dans les emballages. Cela pourra faire varier les coûts de production de plus ou moins 20%», poursuit-on dans l’entourage de la secrétaire d’État.

Le bonus-malus de la loi anti-gaspillage même quand il n'y a pas de filière de recyclage ?

Le 10 mars dernier, rappelle Le Figaro, Brune Poirson avait également épinglé le géant français de l’agroalimentaire Fleury Michon, toujours sur Twitter, pour l’une de ses salades proposée dans une boîte en plastique non recyclable.

Dans la soirée, Michel-Edouard Leclerc a réagi. Il a évoqué «une bourde» dans ce magasin breton.

Ce qui est curieux dans cette affaire est que rien de ce qui a été entrepris par E.Leclerc n'est interdit !

Selon ce guide la DGCCRF sur les Spécifications techniques applicables aux œufs et aux ovoproduits, à propos des œufs durs écalés, il est rapporté,

Les œufs subissent une cuisson, un refroidissement puis un écalage avant d’être conditionnés. Les œufs durs sont prêts à l’emploi. Lorsqu’ils sont présentés dans un liquide de couverture, un égouttage et un rinçage peuvent s’avérer nécessaires pour éliminer le goût légèrement acide

Parmi les principaux produits existant sur le marché, il existe des œufs sous atmosphère modifiée … d'où la nécessité d'une barquette et d'un film plastique ...

Moralité, il faut se méfier d'une secrétaire d'Etat à l'environnement qui ne sait pas quoi faire de son temps pour exister ...

Mise à jour du 16 juin 2020. On lira sur le blog de seppi, Les « étranges » méthodes de Mme Brune Poirson : M. Michel-Édouard Leclerc répond poliment mais fermement...

COVID-19: Comportement des consommateurs et sécurité des aliments selon différentes enquêtes

« Une étude révèle que des personnes croient aux fausses informations sur le COVID-19 et la sécurité des aliments », source article de Joe Whitworth paru le 6 juin 2020 dans Food Safety News.

Près de la moitié des personnes interrogées dans un sondage ont déclaré qu'il était sûr de consommer des fruits et légumes lavés au savon ou à l'eau de Javel diluée.

L'Université College de Londres et la Health Sciences Academy ont constaté que 43% des participants croient à tort que la pratique était sûre, prétendument faite pour éliminer les particules virales potentielles du coronavirus.

L'étude a vu le professeur Michael Reiss et le doctorant Alex Ruani investiguer sur la désinformation concernant le COVID-19, les aliments et les pratiques alimentaires.

Cela a été lancé peu de temps après le début du confinement et comptait 25 affirmations et 3 781 participants qui devaient répondre par «correct», «incorrect» ou «pas sûr». Les deux tiers des personnes interrogées venaient du Royaume-Uni, des États-Unis, de l'Inde et de l'Irlande.

Il n'est pas sûr de laver les produits avec du savon ou de se gargariser la bouche avec de l'eau de Javel

Ruani a dit: «Il n'est pas sûr de laver vos produits frais avec du savon ou de l'eau de Javel diluée. Mais, de façon assez inquiétante, nous avons constaté qu'un grand nombre de personnes pourraient se livrer à cette pratique alimentaire dangereuse malgré les recommandations des autorités alimentaires. »

Un total de 3,3% des participants pensaient que «vous pouvez vous protéger du nouveau coronavirus en vous gargarisant la bouche avec de l'eau de Javel», 7,5% n'étaient pas sûrs.

Plus de 90% croient que pour réduire le risque d'infection par COVID-19, les personnes devraient essayer d'éviter le contact direct avec la personne vous livrant des aliments ou des colis et se laver soigneusement les mains après avoir apporté de telles livraisons.

Les chercheurs ont également constaté que 21% pensaient que «l'eau potable lave toutes les particules virales du COVID-19 dans l'œsophage puis dans l'estomac, où elles seront désintégrées par l'acide gastrique», 22% n'étaient pas sûrs.

Messages de santé publique

Le professeur Reiss a déclaré que la plupart des personnes comprennent l'importance de la distanciation sociale pour prévenir la propagation du COVID-19.

«Cependant, il existe d'importants malentendus concernant les implications sur les aliments et des pratiques alimentaires. Les gouvernements peuvent aider à apaiser ces craintes et à réduire la transmission du COVID-19 en promouvant des messages clairs de santé publique sur les aliments et l'alimentation.»

L'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a dit pendant des mois qu'il n'y avait «aucune preuve que les aliments constituent une source ou une voie de transmission». Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a dit qu'il se propage d'une personne à l'autre principalement des gouttelettes respiratoires que les personnes éternuent, toussent ou expirent.

L'Institut fédéral d'évaluation des risques (BfR) a étudié régulièrement la façon dont la population allemande (Corona-Monitor) a vu voit l'épidémie de coronavirus et ce qui a inquièté les personnes. (Voir à ce sujet les articles que le blog a consacré au Corona-Monitor du BfR, ici)

Dans l'un des sondages, la probabilité d'être infecté par un coronavirus par les aliments a été jugée élevée ou très élevée par 11% des 510 participants et moyenne par 12%. Plus de jeunes de 14 à 39 ans pensaient qu'il y avait un risque élevé pour les 40 à 59 ans ou les plus de 60 ans.

Pendant ce temps, une autre enquête de Leatherhead Food Research a révélé que le comportement et les habitudes alimentaires des consommateurs pourraient être affectés de manière permanente en raison de la pandémie.

La plupart des consommateurs britanniques ont déclaré avoir changé leur façon de faire leurs achats d'aliments après l'épidémie, notamment en achetant moins souvent mais en achetant plus, en planifiant leurs repas pour la semaine à venir et en achetant plus dans des magasins en ligne.

L'enquête auprès de 1 706 personnes a révélé que les attitudes à l'égard de l'hygiène alimentaire ont changé pour 78% des répondants. Les deux tiers disent qu'ils font plus attention à se laver les mains et à nettoyer les surfaces après avoir manipulé et déballé les aliments des magasins, 37% pensent que tout le monde devrait utiliser un désinfectant pour les mains en entrant dans un magasin où les aliments sont vendus, et 40% des personnes font plus attention à laver les fruits et légumes non emballés qu'auparavant.

NB : Tous les liens de cet article sont de mon fait -aa.

Plusieurs dizaines de personnes contaminées par Campylobacter sur l'Île de Bornholm (Danemark)

Plusieurs personnes contaminés par Campylobacter à Bornholm, source Danish Veterinary and Food Administration (Fødevarestyrelsen).

Ces derniers jours, la Danish Veterinary and Food Administration ainsi que le DTU Food Institute et le Danish Serum Institute ont investigué sur une éclosion épidémique importante à Campylobacter, actuellement en cours à Bornholm.

Actuellement, il y a des articles indiquant jusqu'à 100 personnes atteintes à Bornholm avec des symptômes similaires à une infection par la bactérie Campylobacter. Les travaux sont en cours pour trouver une source d'infection.

Statut de l'éclosion

Jusqu'à présent, 54 personnes âgées de 9 mois à 97 ans ont été testées positives pour Campylobacter, et plusieurs échantillons de patients sont à l'étude. Les malades vivent à Bornholm ou ont récemment visité l'île.

L'Administration vétérinaire et alimentaire danoise, le Danish Serum Institute et le DTU Le Food Institute collaborent avec, entre autres, l'hôpital de Bornholm pour investiguer sur l'épidémie.

À l'heure actuelle, il n'est pas possible d'identifier une source spécifique comme cause de l'épidémie, mais on soupçonne qu'il s'agit d'un aliment produit localement, vraisemblablement un produit prêt à consommer.

« Nous sommes en train de contacter les patients et, entre autres, de leur demander ce qu'ils ont mangé et bu et fait dans les jours précédant leur maladie. Nous espérons voir un schéma à ce sujet et nous ferons également un entretien avec eux. Nous cherchons également à savoir si c'est exactement le même type de Campylobacter qui a rendu les patients malades », a dit Steen Ethelberg, chercheur au State Serum Institute.

L'Administration vétérinaire et alimentaire danoise va rendre visite aux producteurs locaux concernés de l'île et va prélever des échantillons d'aliments pour analyse microbiologique, le tout en vue d'identifier une source spécifique de l'épidémie et de l'arrêter.

Nikolas Kühn Hove, responsable des urgences à la Danish Veterinary and Food Administration, a commenté:

« La Danish Veterinary and Food Administration travaille en étroite collaboration avec l'hôpital de Bornholm, le Danish State Serum Institute et le DTU Food Institute pour trouver la source de l'épidémie. Il est encore trop tôt pour dire quoi que ce soit sur la source, mais nous étudions plusieurs sources possibles. des conseils généraux en matière d'hygiène, à savoir le rinçage des fruits et légumes, la cuisson de la viande de poulet et la séparation de la viande crue des aliments finis, tels que la laitue, le pain et la viande cuite. »

À propos de l'infection à Campylobacter

Campylobacter est la principale cause d'infections bactériennes intestinales au Danemark. En 2019, plus de 5 300 cas de maladie ont été enregistrés. L'infection à Campylobacter provoque généralement un malaise général, de la diarrhée, des douleurs abdominales, éventuellement des nausées, des vomissements et de la fièvre. Les selles peuvent contenir du sang. La maladie disparaît généralement d'elle-même et les personnes récupèrent après quelques jours de maladie. Le temps qui s'écoule entre l'infection et l'apparition des symptômes est généralement de 2 à 5 jours.

Mise à jour du 8 juin 2020. On lira cet article de Joe Whitworth paru le 7 juin dans Food Safety News, Danish officials search for source of Campylobacter outbreak

Les critères utilisés pour exclure des personnes pourraient modifier les conclusions d'une épidémie

« Les critères utilisés pour exclure des personnes pourraient modifier les conclusions d'une épidémie », source article de Joe Whitworth paru le 5 juin 2020 dans Food Safety News.

Des chercheurs ont utilisé une épidémie il y a dix ans pour examiner comment les décisions d'exclure des personnes malades et en bonne santé des investigations pourraient changer les conclusions auxquelles ils sont parvenues.

Les critères d'inclusion ou d'exclusion des cas peuvent aider à accroître l'efficacité des analyses épidémiologiques et de traçabilié, mais ils peuvent également affecter la capacité de l'investigateur à impliquer un véhicule alimentaire suspect.

Une éclosion de 2010 à Salmonella Hvittingfoss associée àSubway en Illinois était l'étude de cas.

Des conclusions inexactes ou ambiguës dans les investigations sur les éclosions peuvent avoir des implications financières importantes pour l'industrie, selon l'étude publiée dans la revue Epidemiology and Infection.

L'exclusion en raison de visites multiples a changé les conclusions

Des chercheurs ont examiné comment l'exclusion de cas et de personnes qui ont mangé avec eux mais qui ne sont pas tombés malades avec plusieurs dates de repas ont eu un impact sur les résultats des analyses épidémiologiques.

Dans l'investigation initiale, une étude cas-témoins des cas associés aux restaurants et des compagnons de repas non malades a été réalisée au niveau des ingrédients pour identifier un véhicule alimentaire suspect; cependant, 21% des cas et 22% des compagnons de repas en bonne santé ont été exclus pour avoir mangé plus d'une fois dans la chaîne de restaurants à service rapide pendant l'épidémie.

En mai 2010, le département de la santé publique de l'Illinois (IDPH) a investigué une épidémie à Salmonella Hvittingfoss associée à plusieurs restaurants Subway dans de nombreux comtés entre avril et juin. Il y avait 97 cas et 12 manipulateurs d'aliments avec des infections confirmées, avec début de maladie allant du 25 avril au 30 juin.

Début juin, les restaurants Subway de la zone où l'épidémie s'est déclarée a reçu l'ordre de retirer quatre produits suspects: oignons, laitue, tomates et poivrons verts sur la base d'un examen précoce des articles les plus fréquemment consommés par les cas.

Pleins feux sur les poivrons verts

Au début de l'investigation, des poivrons verts ont été suspectés sur la base d'entretiens avec des cas et des compagnons de repas bien, ainsi que des données de traçabilité des produits. Cependant, les cas et les personnes en bonne santé qui ont mangé chez Subway plusieurs fois pendant l'épidémie ont été exclus, car il n'a pas été possible de déterminer la date du repas à l'origine de l'exposition. En dernière analyse, les poivrons verts n'étaient pas statistiquement associés à la maladie, contrairement à la laitue, les olives et les tomates. Tous les cas exclus qui ont consommé des poivrons verts sont tombés malades.

«Bien que l'analyse par ingrédient ne puisse pas clairement impliquer un seul véhicule alimentaire, y compris ceux avec plusieurs dates de repas, cela a montré que les poivrons verts étaient associés à la maladie comme cela a été constaté au début de l'investigation initiale sur l'épidémie. Cette découverte aurait pu aider à éclairer l'investigation sur l'éclosion en temps réel et, en conjonction avec la traçabilité et/ou des preuves de laboratoire, cela aurait éclairé une conclusion moins ambiguë», ont dit les chercheurs.

Sur les 85 cas et les 32 compagnons de repas bien, l'IDPH a exclu 18 cas et sept compagnons de repas avec plusieurs dates de repas avec des informations d'entretien. L'analyse ultime cas-témoins de l'IDPH comprenait 67 cas et 25 compagnons de repas. Dans certains cas, seules des expositions alimentaires positives ont été enregistrées.

En excluant les personnes qui avaient mangé chez Subway plus d'une fois pendant l'épidémie, trois aliments étaient statistiquement associés à la maladie, la laitue, les tomates et les olives. En incluant ceux avec plusieurs repas, les poivrons verts étaient également significativement associés à la maladie.

Le retrait des quatre aliments (laitue, tomates, poivrons verts et oignons) qui avaient été consommés par au moins 36% des cas a semblé arrêter la maladie. L'investigation initiale sur l'éclosion n'a pas impliqué un seul véhicule alimentaire, mais a énuméré la laitue, les tomates ou les olives comme des possibilités parce qu'elles étaient statistiquement associées à la maladie.

Les produits, y compris les tomates et la laitue, provenaient d'un centre de distribution du centre de l'Illinois qui desservait plusieurs restaurants clients, dont Subway.

Les poivrons verts n'ont été livrés qu'à Subway. Des cas confirmés ont rapporté avoir mangé dans 49 de ces restaurants dans 28 comtés de l'Illinois. La combinaison de données de traçabilité avec l'épidémiologie a fortement suggéré que les poivrons verts étaient le véhicule probable, mais ils n'étaient pas impliqués lorsque ceux ayant plusieurs dates de repas ont été exclus.

«Cette étude a montré que l'exclusion des clients avec plusieurs dates de repas des analyses de cas-compagnon de repas a changé les conclusions qui pourraient être tirées des résultats de l'investigation initiale. Utiliser toutes les informations disponibles pour construire un récit cohérent de ce qui s'est passé et pourquoi cela est un élément essentiel d'une investigation sur une épidémie», ont dit les chercheurs.

Un nombre record de 1 346 tonnes de pesticides illégaux retirés du marché en 2020, dans le cadre de l'opération Siver Axe V

«Un nombre record de 1 346 tonnes de pesticides illégaux retirés du marché en 2020, dans le cadre de l'opération Siver Axe»; source Europol.

Europol a coordonné la cinquième édition de l'opération Silver Axe, qui a vu le double des produits illégaux saisis par rapport à l'opération de l'an dernier. L'opération annuelle d'application de la loi, qui vise le commerce illicite et contrefait des pesticides, s'est déroulée du 13 janvier au 25 avril et a concerné 32 pays.

Les autorités chargées de l'application des lois ont effectué des inspections aux frontières terrestres et maritimes, sur les marchés intérieurs et aux livraisons de colis, vérifiant plus de 3 000 tonnes de pesticides. Au total, 260 investigations ont été ouvertes, deux individus arrêtés et 1 346 tonnes de pesticides illégaux saisis. Actuellement, 8 investigations sont toujours en cours en Belgique, France, Allemagne, Pologne, Slovénie et Suisse.

Une étude européenne estime qu'entre 10% et 14% du marché européen des pesticides sont touchés par ce commerce illégal et les criminels récupèrent jusqu'à 70 euros pour chaque kilogramme de pesticides illicites faisant l'objet d'un trafic. Certains groupes criminels organisés qui trafiquent des pesticides sont également impliqués dans d'autres activités illégales telles que le trafic de cigarettes contrefaites et le commerce illégal de produits pharmaceutiques.

Les pesticides sont l'un des produits les plus réglementés au monde: ils ciblent les organismes nuisibles des plantes mais sont sans danger pour l'homme et l'environnement. Les pesticides illégaux, cependant, pourraient présenter un risque pour la santé humaine et l'environnement.

L'abus dans le commerce de pesticides illégaux varie du trafic de produits contrefaits ou mal étiquetés à l'importation irrégulière de substances interdites telles que le chlorpyrifos, spécifiquement ciblées pendant l'opération Silver Axe V.

Des succès de Silver Axe V comprennent:

des pesticides non autorisés à Chypre en provenance de Suisse interceptés en Belgique;

saisie de produits non étiquetés trouvés en petits lots en Pologne;

des autorités italiennes ont saisi 16,9 tonnes de pesticides contrefaits d'une valeur de 300 000 euros, qui ont été retrouvés dans un entrepôt de la province italienne de Viterbe.

2 568 tonnes de pesticides illégaux saisies dans les cinq opérations de Silver Axe

Pour répondre plus efficacement à cette menace, une approche coordonnée européenne a été développée avec le lancement de la première opération Silver Axe en 2015. Les cinq dernières opérations ont vu une quantité totale de 2 568 tonnes de pesticides illégaux saisis. Cette importante coopération internationale et les efforts communs des secteurs public et privé ont été cruciaux pour le succès des activités opérationnelles. Europol a soutenu la coordination globale de l'opération, facilitant l'échange d'informations et fournissant un soutien analytique opérationnel et stratégique.

Une équipe de Princeton développe une 'flèche empoisonnée' pour vaincre les bactéries résistantes aux antibiotiques

Une équipe de Princeton développe une 'flèche empoisonnée' pour vaincre les bactéries résistantes aux antibiotiques, source communiqué de l'Université de Princeton.

Une équipe de chercheurs de Princeton dirigée par le professeur Zemer Gitai a trouvé un antibiotique qui peut simultanément percer les parois bactériennes et détruire le folate dans leurs cellules - éliminant même les bactéries monstrueuses avec l'efficacité d'une flèche empoisonnée - tout en se révélant immunisé contre la résistance aux antibiotiques.

Le poison est mortel à lui tout seul - tout comme celui des flèches - mais leur combinaison est supérieure à la somme de leurs parties. Une arme qui attaque simultanément de l'intérieur et de l'extérieur peut abattre même les adversaires les plus puissants, depuis E. coli au SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline).

Une équipe de chercheurs de Princeton a rapporté dans la revue Cell qu'ils avaient trouvé un composé, SCH-79797, qui peut simultanément percer la paroi bactérienne et détruire le folate dans leurs cellules - tout en étant immunisé contre la résistance aux antibiotiques.

Les infections bactériennes se présentent sous deux formes - à Gram positif et à Gram négatif - du nom du scientifique qui a découvert comment les distinguer. La principale différence est que les bactéries à Gram négatif sont blindées avec une couche externe qui élimine la plupart des antibiotiques. En fait, aucune nouvelle classe de médicaments anti-Gram négatif n'a été commercialisée depuis près de 30 ans.

«Il s'agit du premier antibiotique capable de cibler les Gram-positifs et les Gram-négatifs sans résistance», a déclaré Zemer Gitai, professeur de biologie à Princeton et auteur principal de l'article. «Depuis 'Pourquoi c'est utile', ça c'est le nœud. Mais ce qui nous passionne le plus en tant que scientifiques, c'est quelque chose que nous avons découvert sur le fonctionnement de cet antibiotique - attaquer via deux mécanismes différents au sein d'une molécule - que nous espérons généralisable, conduisant à de meilleurs antibiotiques - et à de nouveaux types d'antibiotiques - dans l'avenir.»

La plus grande faiblesse des antibiotiques est que les bactéries évoluent rapidement pour leur résister, mais l'équipe de Princeton a constaté que même avec un effort extraordinaire, elles n'étaient pas en mesure de générer une résistance à ce composé. « C'est vraiment prometteur, c'est pourquoi nous appelons les dérivés du composé 'Irresistin'» , a dit Gitai.

C'est le Saint Graal de la recherche sur les antibiotiques: un antibiotique efficace contre les maladies et immunisé contre la résistance tout en étant sûr pour l'homme (contrairement à la friction avec de l'alcool ou à l'eau de Javel, qui sont irrésistiblement mortels pour les cellules humaines et les cellules bactériennes).

Pour un chercheur sur les antibiotiques, cela revient à découvrir la formule pour convertir le plomb en or, ou à monter sur une licorne - quelque chose que tout le monde veut, mais personne ne croit vraiment que ça existe, a dit James Martin, étudiant en PhD, qui a passé la majeure partie de son temps à travailler sur ce composé. «Mon premier défi a été de convaincre le laboratoire que c'était vrai», a-t-il dit.

Mais l'irrésistibilité est une épée à double tranchant. La recherche typique sur les antibiotiques consiste à trouver une molécule qui peut tuer les bactéries, à multiplier les générations jusqu'à ce que les bactéries développent une résistance, à regarder comment fonctionne exactement cette résistance et à l'utiliser pour inverser la façon dont la molécule fonctionne en premier lieu.

Mais comme le SCH-79797 est irrésistible, les chercheurs n'avaient rien à faire de la rétro-ingénierie.

«Ce fut un véritable exploit technique», a dit Gitai. «Aucune résistance n'est un avantage du côté de l'utilisation, mais un défi du côté scientifique.»

L'équipe de recherche a eu deux énormes défis techniques: essayer de prouver le négatif - que rien ne peut résister au SCH-79797 - puis déterminer comment fonctionne le composé.

Pour prouver sa résistance à la résistance, Martin a essayé d'innombrables tests et méthodes différents, dont aucun n'a révélé une particule de résistance au composé SCH. Enfin, il a essayé la force brutale: pendant 25 jours, il l'a «passé en série», ce qui signifie qu'il a exposé les bactéries au médicament encore et encore et encore. Étant donné que les bactéries prennent environ 20 minutes par génération, les germes avaient des millions de chances de développer une résistance - mais ce n’était pas le cas. Pour vérifier leurs méthodes, l'équipe a également passé en série d'autres antibiotiques (novobiocine, triméthoprime, nisine et gentamicine) qui ont rapidement développé une résistance.

Prouver quelque chose de négatif est techniquement impossible, donc les chercheurs utilisent des expressions comme «fréquence de résistance indétectablement faible» et «aucune résistance détectable», mais le résultat est que le SCH-79797 est irrésistible - d'où le nom qu'ils ont donné à ses composés dérivés, Irresistin.

Ils ont également essayé de l'utiliser contre des espèces bactériennes connues pour leur résistance aux antibiotiques, notamment Neisseria gonorrhoeae, qui figure sur la liste des cinq menaces les plus urgentes publiée par le Center for Disease Control and Prevention.

«La gonorrhée pose un énorme problème en ce qui concerne la résistance à plusieurs antibiotiques», a dit Gitai. «Nous n'avons plus de médicaments contre la gonorrhée. Avec les infections les plus courantes, les médicaments génériques à l'ancienne fonctionnent toujours. Quand j'ai eu une angine streptococcique il y a deux ans, on m'a donné de la pénicilline-G – la pénicilline découverte en 1928 ! Mais pour N. gonorrhoeae, les souches standard qui circulent sur les campus universitaires sont très résistantes aux antibiotiques. Ce qui était autrefois la dernière ligne de défense, l'antibiotique de dernière intention à utiliser en cas d'urgence pour Neisseria, est désormais la règle dans les soins en première intention, et quand il n'y a vraiment plus de solution de secours. C’est pourquoi celui-ci est particulièrement important et passionnant car nous pouvons guérir.»

Les chercheurs ont même obtenu un échantillon de la souche la plus résistante de N. gonorrhoeae dans les coffres de l'Organisation mondiale de la santé - une souche qui résiste à tous les antibiotiques connus - et «Joe a montré que notre produit a toujours tué cette souche», a dit Gitai, se référant à Joseph Sheehan, un co-premier auteur de l'article et manager du laboratoire de Gitai. «Nous sommes très excités à ce sujet.»

La flèche empoisonnée

Sans résistance à l'ingénierie inverse, les chercheurs ont passé des années à essayer de déterminer comment la molécule tue les bactéries, en utilisant un large éventail d'approches, des techniques classiques qui ont été utilisées depuis la découverte de la pénicilline jusqu'aux technologies de pointe.

Martin l'a appelé l'approche «tout sauf l'évier de la cuisine», et il a finalement révélé que le SCH-79797 utilise deux mécanismes distincts dans une molécule, comme une flèche recouverte de poison.

«La flèche doit être bien aiguisée pour introduire le poison, mais le poison doit aussi tuer par lui-même», a dit Benjamin Bratton, chercheur associé en biologie moléculaire et professeur au Lewis Sigler Institute for Integrative Genomics, qui est l'autre co-premier auteur.

La flèche cible la membrane externe - traversant même l'armure épaisse des bactéries à Gram négatif - tandis que le poison déchiquette le folate, un élément constitutif fondamental de l'ARN et de l'ADN. Les chercheurs ont été surpris de découvrir que les deux mécanismes fonctionnent en synergie, se combinant en plus d'une somme de leurs parties.

«Si vous prenez simplement ces deux moitiés - il existe des médicaments disponibles dans le commerce qui peuvent attaquer l'une de ces deux voies - et si vous les mettez dans le même pot, cela ne tue pas aussi efficacement que notre molécule, qui les a réunis le même corps», a dit Bratton.

Il y avait un problème: le SCH-79797 d'origine a tué des cellules humaines et des cellules bactériennes à des niveaux à peu près similaires, ce qui signifie qu'en tant que médicament, il courait le risque de tuer le patient avant de tuer l'infection. Le dérivé Irresistin-16 a corrigé cela. Il est près de 1 000 fois plus puissant contre les bactéries que les cellules humaines, ce qui en fait un antibiotique prometteur. En guise de confirmation finale, les chercheurs ont démontré qu'ils pouvaient utiliser Irresistin-16 pour soigner des souris infectées par N. gonorrhoeae.

Un nouvel espoir

Ce paradigme de la flèche empoisonnée pourrait révolutionner le développement d'antibiotiques, a déclaré KC Huang, professeur de bio-ingénierie et de microbiologie et d'immunologie à l'Université de Stanford qui n'était pas impliqué dans cette recherche.

« Ce qui ne peut pas être surestimé, c'est que la recherche sur les antibiotiques est au point mort depuis plusieurs décennies», a déclaré Huang. «Il est rare de trouver un domaine scientifique qui est si bien étudié et pourtant qui a besoin d'une secousse d'énergie nouvelle.»

La flèche empoisonnée, la synergie entre deux mécanismes d'attaque des bactéries, «peut fournir exactement cela», a dit Huang, qui a été chercheur en postdoc à Princeton de 2004 à 2008. «Ce composé est déjà si utile en soi, mais aussi, les gens peuvent commencer à concevoir de nouveaux composés qui s'en inspirent. C’est ce qui a rendu ce travail si passionnant.»

En particulier, chacun des deux mécanismes - la flèche et le poison - cible des processus qui sont présents à la fois dans les bactéries et dans les cellules de mammifères. Le folate est vital pour les mammifères (c'est pourquoi on dit aux femmes enceintes de prendre de l'acide folique), et bien sûr, les bactéries et les cellules de mammifères ont des membranes. «Cela nous donne beaucoup d'espoir, car il y a toute une classe de cibles que les gens ont largement négligées parce qu'ils pensaient: 'Oh, je ne peux pas cibler cela, car alors je tuerais aussi l'humain'», a dit Gitai.

«Une étude comme celle-ci dit que nous pouvons revenir en arrière et revoir ce que nous pensions être les limites de notre développement de nouveaux antibiotiques», a déclaré Huang. «D'un point de vue sociétal, c'est fantastique d'avoir un nouvel espoir pour l'avenir.»