Public Health England enquête sur une augmentation des cas d’infection à E. coli O157

« Public Health England enquête sur une augmentation des cas d’infection à E. coli O157 », source article de Joe Whitworth paru le 23 août 2020 dans Food Safety News.

Public Health England enquête sur un pic dans les rapports des cas d’infections à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) ce mois-ci.

Les sources potentielles de l'augmentation des cas à E. coli O157 ne sont pas encore claires, mais le temps chaud récent peut avoir joué un rôle.

Les dernières données disponibles montrent que lors de la semaine se terminant le 16 août, il y a eu 27 notifications à E. coli O157. Les quatre dernières semaines en avaient vu respectivement, 11, 13, 6 et 7.

Selon les statistiques de 2019 pour la semaine se terminant le 18 août, il y avait eu 13 notifications à E. coli O157. Les quatre semaines précédentes avaient trois semaines avec 12 et une avec 14.

Source encore inconnue

« Depuis le début du mois d'août, Public Health England a noté une augmentation générale des signalements d'infections à E. coli O157, en particulier dans les West et East Midlands », indique un communiqué de PHE envoyé à Food Safety News.

« Une augmentation de l'activité des E. coli à cette période de l'année n'est pas inhabituelle, surtout compte tenu des conditions climatiques récentes. Public Health England étudie activement cette situation. Une source possible de ces flambées reste incertaine à ce stade. »

Certains services de l'unité de référence des bactéries gastro-intestinales (GBRU), qui fait partie de la PHE, ont été suspendus en raison de la pandémie de coronavirus. Cependant, la détection des STEC à partir d'échantillons de selles et d'isolats par PCR et la confirmation de l'identité et du typage de Salmonella, Shigella, STEC et Listeria par séquençage du génome entier se poursuivent.

Précautions pour le public

Les symptômes de l'infection à E. coli comprennent des crampes abdominales et une diarrhée qui peuvent devenir sanglantes. De la fièvre et des vomissements peuvent également survenir. La période d'incubation peut aller de trois à huit jours et la plupart des patients se rétablissent dans les 10 jours.

Le SHU est une maladie grave qui peut entraîner une insuffisance rénale, des problèmes de santé permanents et même la mort. Il est le plus souvent déclenché par une infection à STEC, selon les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis. Les premiers symptômes comprennent une diminution du débit urinaire, de la diarrhée et une sensation de lenteur et de fatigue. Le SHU se développe généralement une à deux semaines après les premiers symptômes de l'infection à E. coli.

La bactérie E. coli est principalement transmise à l'homme par la consommation d'aliments contaminés, comme la viande hachée crue ou insuffisamment cuite, le lait cru et les légumes crus et les graines germées.

« E. coli peut causer une infection grave chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli ou les groupes vulnérables, y compris les bébés, les personnes âgées ou les femmes enceintes », selon la PHE.

« Certaines infections peuvent être graves et les personnes infectées peuvent développer des complications qui peuvent mettre leur vie en danger. Comme pour tous les cas de diarrhée et de vomissements, il est important que les gens restent hydratés et restent loin du travail ou de l'école aussi longtemps que les symptômes persistent. Si vous remarquez du sang dans vos selles, contactez immédiatement votre médecin généraliste. »

Lire le communiqué de l’Académie nationale de médecine : Masquez-vous, masquez-vous, masquez-vous

Salmonella, E. coli O157, Listeria, Campylobacyer: 1,9 million de cas de maladies d'origine alimentaire par an aux États-Unis

Annonce : S’agissant de l’information à propos des rappels de produits alimentaires, pour le moment, il ne faut pas faire confiance à nos autorités sanitaires (Ministère de l’agriculture et DGCCRF). Ces deux entités ont fait et font toujours preuve d’une incroyable légèreté et d’un manque d’informations fiables vis-à-vis des consommateurs avec comme corollaire une absence de transparence en matière de sécurité des aliments.

« Salmonella, E. coli O157, Listeria, Campylobacyer: 1,9 million de cas de maladies d'origine alimentaire par an aux États-Unis », source Doug Powell du barfblog.

Dans le cadre des efforts en cours pour comprendre les sources de maladies d'origine alimentaire aux États-Unis, l’Interagency Food Safety Analytics Collaboration (IFSAC) collecte et analyse les données sur les foyers de cas pour produire un rapport annuel contenant des estimations des aliments responsables de maladies d'origine alimentaire causées par des pathogènes.

Le rapport évalue dans quelle mesure quatre agents pathogènes - Salmonella, E. coli O157, Listeria monocytogenes et Campylobacter - et certains aliments et catégories d'aliments sont responsables de maladies d'origine alimentaire.

Le Centers for Disease Control and Prevention (CDC)  estiment qu’ensemble ces quatre agents pathogènes sont à l'origine de 1,9 million de cas de maladies d'origine alimentaire aux États-Unis chaque année.

Le plus récent rapport, intitulé « Estimations de l'attribution des origines des cas de maladies d'origine alimentaire pour 2017 concernant Salmonella, Escherichia coli O157, Listeria monocytogenes et Campylobacter à l'aide de données de surveillance pluriannuelle des éclosions, États-Unis » ou (Foodborne illness source attribution estimates for 2017 for salmonella, Escherichia coli O157, listeria monocytogenes, and campylobacter using multi-year outbreak surveillance data, United States, Sept.2019, CDC, FDA, USDA-FSIS), est disponible sur le site Internet de l’IFSAC.

Les estimations mises à jour, associées à d'autres données, peuvent aider à définir les priorités des agences et à contribuer à la création d'interventions ciblées permettant de réduire les maladies d'origine alimentaire causées par ces pathogènes. À mesure que davantage de données deviennent disponibles et que les méthodes évoluent, les estimations d'attribution peuvent s'améliorer. Ces estimations ont pour but d’informer et de mobiliser les intervenants et d’améliorer la capacité des agences fédérales à évaluer si les mesures de prévention fonctionnent.

Rôle de la toxine dans la gravité de l'infection à E. coli

« Rôle de la toxine dans la gravité de l'infection à E. coli », source Food safety News.

Des scientifiques ont examiné pourquoi l’homme infecté par E. coli risquaient davantage de souffrir de symptômes graves après avoir étudié les toxines produites par la bactérie.

L’équipe a découvert qu’une toxine produite naturellement par E. coli aide les bactéries à coloniser le tractus intestinal des bovins et augmente la transmission de la bactérie à d’autres animaux du troupeau.

Des scientifiques du Moredun Research Institute, du Roslin Institute (Université d’Édimbourg), de Biomathematics et de Statistics Scotland ont montré que des niveaux élevés et rapides d’expression de toxines signifiaient également que les personnes infectées auraient probablement des symptômes plus graves.

L'étude a été financée par la Food Standards Agency et la Food Standards Scotland et publiée dans la revue PLOS Pathogens.

Le rôle clé du type de shigatoxines

E. coli entérohémorragique (EHEC) O157 est un sous-ensemble de E. coli présents dans le tractus gastro-intestinal des bovins mais ne cause pas de maladie chez ces animaux. Cependant, EHEC O157 dans les matières fécales des bovins infectés peut être transmis à l'homme par l'exposition à de l'eau, de la viande ou des légumes contaminés.

EHEC produit des shigatoxines de divers sous-types. Ces toxines peuvent provoquer diverses maladies, de la diarrhée avec ou sans sang à une maladie rénale plus grave et potentiellement fatale. Le sous-type de toxine (stx) le plus dangereux est le sous-type 2a (Stx2a).

Au Royaume-Uni, les souches de phage type (PT) 21/28 O157 sont la principale cause d'infections à EHEC menaçant le pronostic vital et ce type de phage code couramment les types de toxines Stx2a et Stx2c.

« Notre étude montre pour la première fois que la toxine Stx2a joue un rôle clé en permettant à E. coli O157 de coloniser l'intestin des bovins, en augmentant la capacité des bactéries Stx2a positives à se transmettre entre animaux et à se répandre dans l'environnement », a dit le Dr Tom McNeilly, de l'Institut de recherche Moredun.

« Cela est important, car on pense que la plupart des infections humaines proviennent de bovins et que les infections à E. coli O157 contenant Stx2a sont associées à des formes plus graves de maladie humaine. »

Lors d'une série d'essais contrôlés sur des bovins, les chercheurs ont montré que les veaux recevaient par voie orale une souche PT21/28 excrétée à des niveaux significativement plus élevés que ceux recevant une souche PT32.

L'hypothèse selon laquelle Stx2a est importante pour la super-excrétion et la transmission de veau à veau a été testée en comparant les dynamiques d'excrétion et de transmission des souches de E. coli O157 avec et sans Stx2a.

Une survie plus longue et des niveaux plus élevés

L'étude a examiné le rôle de Stx2a dans la colonisation de l'intestin des bovins et a montré qu'il est essentiel pour la transmission croissante des EHEC O157 entre les bovins en raison de deux facteurs.

Premièrement, Stx2a est produite plus rapidement par la bactérie que les autres shigatoxines et, deuxièmement, Stx2a favorise la persistance de la bactérie sur les cellules qui tapissent le tube digestif du bétail en réduisant leur taux de renouvellement.

Cela permet aux cellules infectées de survivre plus longtemps et augmente la probabilité que le bétail élimine les bactéries dans leurs selles plus longtemps et à des niveaux plus élevés. Cela augmente donc le risque que des bactéries puissent être transmises à d'autres bovins du troupeau, ainsi qu'à l'homme.

Le professeur David Gally de l'Institut Roslin a dit que l'étude explique que le sous-type Stx2a est courant chez les souches de E. coli O157 car il peut être produit plus rapidement que d'autres sous-types de Stx.

« Deuxièmement, nos travaux démontrent à quel point la toxine peut offrir un avantage chez l’hôte animal, essentiellement en arrêtant le renouvellement habituel des cellules intestinales qui éliminerait les E. coli adhérents; ainsi, les bactéries se colonisent plus facilement, persistent dans l'intestin et peuvent être excrétées à des niveaux élevés pour infecter d'autres animaux et éventuellement l’homme. »

L’Institut de recherche Moredun, Roslin Technologies, le Collège rural d’Ecosse et l’Institut Roslin de l’Université d’Édimbourg ont financé également le développement commercial d’un vaccin contre le bétail pour E. coli O157:H7.

Le vaccin expérimental a été mis au point pour limiter l’excrétion de E. coli O157: H7 par les bovins et la transmission entre bovins.

Roslin Technologies réalisera un essai de validation en deux étapes de mai à septembre 2020 dans le Nebraska. Des essais sur le terrain examineront les bovins super-excréteurs, c'est-à-dire le passage de grands volumes de bactéries dans les matières fécales, afin de déterminer si le vaccin prévient l'excrétion de la bactérie et s'il est viable pour un usage commercial.

Estimations d'attribution des sources de maladies d'origine alimentaire pour 2017 concernant Salmonella, Escherichia coli O157, Listeria monocytogenes et Campylobacter à l'aide de données de surveillance pluriannuelle des épidémies aux États Unis

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« Un nouveau rapport sur les maladies infectieuses d'origine alimentaire aux États-Unis met en évidence la présence de Salmonella et d'autres agents pathogènes », source CIDRAP News.

À la fin de la semaine dernière, des responsables de la FDA ont publié une vue d'ensemble globale des flambées de maladies d'origine alimentaire, mise à jour chaque année, intégrant des données de 2017 et mettant en évidence la présence de Salmonella comme agent pathogène le plus répandu.

Le rapport vise à peaufiner les interventions visant à réduire le nombre de maladies d'origine alimentaire.

Le rapport annuel de IFSAC (Interagency Food Safety Analytics Collaboration), qui inclut des données de surveillance depuis 1998, est conçu pour estimer les aliments responsables d'épidémies impliquant quatre agents pathogènes : Salmonella, Escherichia coli O157:H7, Listeria monocytogenes et Campylobacter. La collaboration comprend les Centers for Disease Control and Prevention (CDC), la Food and Drug Administration (FDA) et l’US Department of Agriculture (USDA).

Les données du rapport de cette année proviennent de 1 329 épidémies de maladies d'origine alimentaire de 1998 à 2017 qui étaient liées à une seule catégorie d'aliments.

Parmi ceux-ci, 811 ont été causées par Salmonella, 242 par E. coli O157, 40 par Listeria et 89 par Campylobacter (après que 147 foyers dus à des produits laitiers aient été exclus).

L'analyse a révélé que les maladies dues à Salmonella et à Campylobacter étaient plus largement réparties entre les catégories d'aliments et que les maladies dues à E. coli O157 et à Listeria étaient principalement liées à deux catégories d'aliments.

Pour E. coli, 75% des infections étaient liées à des cultures telles que les légumes à feuilles ou à la viande bovine, et plus de 75% des infections à Listeria provenaient de produits laitiers ou de fruits.

L'Ecosse rapporte une augmentation des cas d'infection à STEC en 2018

« L'Ecosse rapporte une augmentation des infections à STEC en 2018 », source article de Food Safety News adapté par les soins.

Le nombre d'infections à STEC enregistrées en Écosse a augmenté en 2018, selon un rapport sur les données de surveillance fournies par le pays.

Le 20 août 2019, Health Protection Scotland (HPS) a publié le rapport de surveillance intitulé « E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) en Écosse 2018: surveillance renforcée et données du laboratoire de référence ». Globalement, le nombre de cas à E. coli O157/STEC signalés en Écosse a légèrement augmenté en 2018, le nombre de cas à E. coli O157 a diminué et les cas à STEC non-O157 ont augmenté. Les chiffres correspondent aux variations normales attendues d'une année à l'autre.

Les cas d'infection à E. coli O157 ont diminué, tandis que ceux d'infection à E. coli produisant une toxine de Shiga non-O157 ont augmenté. Environ un tiers des personnes infectées ont été admises à l'hôpital pendant au moins une nuit au cours de leur maladie.

Sur les 218 personnes pour lesquelles des informations étaient disponibles, 27% étaient considérées comme ayant contracté l'infection en dehors du Royaume-Uni.

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E. coli O157 en déclin

Les taux d'infection à E. coli O157 en Écosse ont considérablement augmenté au milieu des années 90 et restent élevés par rapport à d'autres pays du Royaume-Uni et de l'Europe.

Health Protection Scotland (HPS) a indiqué que les chiffres reflétaient les variations normales attendues d'une année sur l'autre, mais que les taux étaient toujours élevés et que le tiers des cas nécessitaient un traitement hospitalier et cela renforce la nécessité d'appliquer la série de mesures de maîtrise existantes figurant dans les règles et autres lignes directrices de la sécurité sanitaires des aliments.

En 2018, 156 cas confirmés d'infections à E. coli O157 ont été signalés à HPS, ce qui représente une légère diminution par rapport aux 165 cas l'année précédente et aux 183 cas d’infection en 2016.

La répartition par âge des 156 cas allait de moins d’un an à plus de quatre-vingts ans. Plus de la moitié étaient des femmes, 44% des hommes. Les enfants de moins de 16 ans représentaient 35% des cas et 10% des victimes étaient âgés de plus de 65 ans. Comme on l'a vu les années précédentes, les enfants de moins de cinq ans avaient le taux d'infection le plus élevé.

Les taux d'incidence ont varié d'un bout à l'autre de l'Écosse, comme ils l'ont toujours fait par le passé. Comme dans la plupart des années, les cas ont tendance à atteindre leur maximum en été. La plupart des infections ont eu lieu aux deuxième et troisième trimestres de l'année, avec 64% au cours de cette période.

Comme les années précédentes, les types de phage (PT) 21/28 et PT8 restent les deux plus fréquemment signalés. Cependant, contrairement aux années précédentes, le PT8 a été le plus souvent déclaré (33,3%), contre 18,1% en 2017. Cette évolution fait suite à la tendance à la baisse observée ces dernières années dans la proportion de PT21/28.

Augmentation des STEC non-O157

Les laboratoires de diagnostic recherchent la présence de E. coli O157 dans toutes les matières fécales diarrhéiques et transmettent les isolats au laboratoire écossais de référence pour E. coli O157/STEC aux fins de confirmation et de typage supplémentaire. Les STEC du sérogroupe O157 sont les seuls pour lesquels des analyses standardisées de routine sont effectuées dans les laboratoires de diagnostic. L’identification des STEC non-O157 nécessite la soumission d’échantillons fécaux à haut risque à laboratoire de référence pour investigation.

En 2018, 110 cas à STEC non O157 ont été signalés à HPS, contre 83 cas en 2017 et 82 en 2016. Les cas à STEC non O157 représentaient 41% de tous les rapports sur les STEC.

Trente sérogroupes différents de STEC non-O157 ont été identifiés, dont 19 signalés une seule fois.

STEC O26 était le sérogroupe le plus courant et représentait 34 cas confirmés par culture. Les deux sérogroupes les plus fréquemment signalés, O26 et O145, représentaient 52% de tous les cas de STEC non O157 confirmés en culture.

En 2018, six foyers de cas à E. coli O157 et de STEC ont été signalés;trois avec E. coli O157, deux avec E. coli O145 et un avec E. coli O26. Ce chiffre est comparable au nombre de foyers de 2013 à 2017, avec une moyenne de cinq et une fourchette de trois à neuf incidents par an.

L'année dernière, lors de cinq éclosions, le principal mode de transmission était considéré comme d'origine alimentaire et dans le sixième, il s'agissait d'une combinaison de contamination d'origine alimentaire et de personne à personne.

La Food Standards Scotland clarifie sa position sur les STEC dans les aliments prêts à être consommés

« La Food Standards Scotland clarifie sa position sur les STEC dans les aliments prêts à être consommés », source Food Safety News.

La présence de E. coli producteurs de shigatoxines (ou STEC pour Shiga toxin-producing E. coli) dans les aliments prêts à être consommés constitue un risque potentiel pour la santé, quelles que soient les souches ou les empreintes génétiques, selon la Food Standards Scotland (FSS).

L'agence dit vouloir préciser sa position selon laquelle ces aliments ne doivent pas contenir de STEC. La présence de STEC dans des aliments non cuits avant consommation peut provoquer une intoxication alimentaire. Les responsables de l’agence ont déclaré que les autorités locales, l’industrie et les consommateurs devaient être avisés qu’il ne devait pas y avoir de malentendu.

Le rapport complet s'intitule, Advice on measures required to protect consumers from infection with Shiga toxin-producing E. coli (STEC).

Les STEC sont définis comme des cellules bactériennes de E. coli qui contient un gène producteur de shigatoxine, également connu sous le nom de stx. La capacité des STEC à provoquer une maladie implique un certain nombre de facteurs et cela n'est pas entièrement compris, selon la FSS. Bien que d'autres gènes, en plus des stx, aient été liés à des infections graves, il n'est pas possible de garantir qu'un STEC sans ces autres gènes ne causera pas de maladie.

Le type d’infection à STEC le plus courant en Écosse est causé par E. coli O157, potentiellement mortel. Ce n’est cependant pas le seul à être associé à une maladie humaine. Jusqu'à 30% des STEC isolés parmi les patients dans le pays sont des souches de E. coli non-O157. Environ un tiers de ces souches sont dépourvues d'autres gènes qui, selon les articles scientifiques, sont nécessaires pour l'infection.

La FSS a consulté la Food Standards Agency, la Health Protection Scotland, la Public Health England, le Moredun Research Institute, le Royal Environmental Health Institute of Scotland, le Chartered Institute for Environmental Health, le laboratoire de référence écossais des E. coli O157/STEC et l'Association of Public Analysts Scotland, les directeurs de la santé publique en Écosse, de la faculté de santé publique du Royaume-Uni et le médecin-chef en Écosse pour la rédaction de la déclaration du communiqué.

Le professeur Norval Strachan, conseiller scientifique principal indépendant de la FSS, a déclaré que le communiqué clarifiait la situation concernant les STEC dans les aliments prêts à être consommés en Écosse.

« Les cas de maladies causées par les STEC peuvent être très graves pour les jeunes enfants et les personnes âgées en particulier, et peuvent provoquer des maladies graves, voire la mort », a déclaré Strachan. « 10 à 100 cellules de STEC peuvent causer une infection. Cela reste la principale préoccupation de la Food Standards Scotland. Nos décisions sont toujours fondées sur des preuves et prises dans le meilleur intérêt des consommateurs. »

Un rapport récent de l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) et de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a établi qu'« Il n'est pas prudent de considérer une souche de STEC comme non pathogène ou ne présentant pas de risque pour la santé, car toutes les souches de STEC peuvent provoquer de la diarrhée et avoir le potentiel de causer la diarrhée et d’être un risque, en particulier pour les personnes sensibles. »

Une infection à STEC provoque généralement des douleurs abdominales et une diarrhée souvent sanglante. L'impact de l'infection peut varier, mais il est particulièrement dangereux pour les groupes vulnérables, en particulier les enfants de moins de cinq ans et les personnes âgées. Certaines personnes peuvent développer des complications graves telles que le syndrome hémolytique et urémique (SHU), cause d'insuffisance rénale et d'infection pouvant s'avérer fatale. Le SHU est plus souvent associé à des souches produisant stx2a que le gène stx1a.

Dans l’intervalle, l’Agence suédoise de la santé publique (Folkhälsomyndigheten) a publié un rapport résumant une investigation réalisée en avril 2018 sur les modalités de diagnostic des STEC dans les laboratoires de microbiologie clinique de Suède. Les diagnostics de E. coli montrent d'importantes variations entre les différents laboratoires du pays avec des taux d'isolement variables.

Trois des sept laboratoires utilisaient une PCR multiplexe directe et dans ce panel, les STEC étaient inclus. Les autres ont analysé des échantillons pour détecter les STEC selon des critères et/ou des indications spécifiques. Conformément à une précédente enquête de 2015, les critères utilisés pour analyser les échantillons de STEC variaient considérablement, de même que la méthodologie utilisée, de la détection à l'isolement.

En Suède, plus de 500 cas liés aux Escherichia coli entéroentérohémorragiques (EHEC) sont signalés chaque année chez l’homme, dont 50 à 60% sont infectés dans le pays. L'incidence la plus élevée est observée chez les 1 à 4 ans.

En France, selon l'InVS

• Le SHU est la forme clinique sévère d’une infection à Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC)
• Entre 100 et 150 cas de SHU pédiatrique sont notifiés chaque année en France, 164 en 2017
• Le SHU touche particulièrement les jeunes enfants et l’incidence la plus élevée est observée chez les enfants âgés de 6 mois à 2 ans (3.3 cas /100 000 enfants-année dans cette tranche d’âge)
• Une recrudescence estivale des cas est observée chaque année
• En France, les trois sérogroupes de STEC observés les plus fréquemment sont : O80, O26 et O157

Complément. A noter qu'en France, dans un avis de rappel du 1er mars 2019 concernant des fromages de chèvre au lait cru contaminés par des STEC, il est noté :

D’une façon générale, il est rappelé que par précaution le lait cru et les fromages à base de lait cru ne doivent pas être consommés par les jeunes enfants ; il faut préférer les fromages à pâte pressée cuite (type Emmental, Comté, etc.), les fromages fondus à tartiner et les fromages au lait pasteurisé. La même recommandation vaut pour les femmes enceintes et les personnes immunodéprimées.

La FDA publie son rapport sur l'épidémie liée à de la laitue romaine

Doug Powell du barfblog signale que « Scott Gottlieb et Frank Yiannas ont mis en ligne un communiqué sur le site de la FDA le 13 février détaillant les conclusions de l'investigation de l'agence sur plus de 50 cas de maladies à E. coli O157 à l'automne 2018. »

Nous annonçons aujourd’hui les résultats de cette investigation et nos meilleures hypothèses sur la manière dont cette contamination aurait pu se produire. Dans le cas d'une exploitation agricole ayant un prélèvement positif précédemment référencé, la FDA estime que la manière la plus probable de la contamination de la laitue romaine dans cette exploitation agricole spécifique a été l'utilisation de l'eau de ce réservoir en tant qu'eau agricole. On pense que cette eau est entrée en contact avec une partie récoltée de la laitue romaine, car la souche épidémique de E. coli O157:H7 a été retrouvée dans les sédiments du réservoir et dans aucun autre lieu prélevé. L’eau du réservoir n’explique pas en quoi la laitue cultivée dans d’autres exploitations agricoles identifiées par la traçabilité peut avoir été contaminée. Donc, cette exploitation agricole ne peut pas expliquer l'intégralité de l'épidémie. 

La découverte de la souche épidémique dans les sédiments du réservoir d’eau est importante, car des études ont montré que E. coli générique peut survivre dans les sédiments beaucoup plus longtemps que dans les eaux sous-jacentes. Il est possible que la souche épidémique ait été présente dans le réservoir d’eau de l'exploitation agricole pendant quelques mois, voire des années, avant que l’équipe d’investigation ait recueilli le prélèvement positif. Il est également possible que la souche épidémique ait été introduite à plusieurs reprises dans le réservoir à partir d'une source inconnue.

Les équipes ont trouvé des preuves d'une activité intense d'animaux sauvages, notamment de la sauvagine, des rongeurs, des coyotes, etc., et des terriers pour des animaux près du réservoir contaminé. Cela mérite probablement d'être considéré comme une source possible de l'agent pathogène humain présent dans le réservoir d'eau de l'exploitation agricole. C'est un autre facteur sur lequel nous allons travailler avec l'exploitation agricole. De plus, l’utilisation des terres adjacentes, y compris l’utilisation d’amendements du sol, ou le pâturage d’animaux sur des terres avoisinantes, pourraient avoir contribué à cette évolution.

Le rapport complet peut être trouvé ici.

Ma partie préférée du rapport, selon Doug Powell, est cette recommandation des enquêteurs:

Effectuez une analyse des causes profondes lorsqu'un agent pathogène d'origine alimentaire est identifié dans l'environnement de cultures, dans les intrants agricoles (par exemple, les amendements pour l'eau ou le sol agricoles), dans les produits agricoles bruts ou dans les produits fraîchement découpés prêts à être consommés. Une analyse de la cause fondamentale a pour objectif de déterminer la source probable de la contamination, si les mesures de prévention ont échoué et si des mesures supplémentaires sont nécessaires pour empêcher leur réapparition.

D'après mon expérience, cette approche d'analyse des causes fondamentales est aléatoire lorsque des agents pathogènes sont détectés au cours de prélèvements de routine (mais un lecteur de barfblog peut peut-être me fournir des détails pour savoir s'il sait que des personnes le font).

Contamination de steaks hachés et …justice, huit ans après les faits

Selon Les Marchés, dans le procès des steaks contaminés, le gérant de SEB-Cerf réfute toute responsabilité.

Le gérant du fournisseur de Lidl mis en cause dans le scandale des steaks hachés contaminés par la bactérie E. coli en 2011 a accusé son ancien responsable qualité, mort en 2017, lundi lors de son procès devant la Cour d'appel de Douai. Guy Lamorlette, 78 ans, à la tête de la société SEB-Cerf basée à Saint-Dizier (Haute-Marne) depuis sa création, accuse son ex-responsable qualité, Laurent Appéré -qui s'est suicidé quelques jours avant le jugement en première instance, en juin 2017- d'avoir modifié de lui-même le plan de maîtrise sanitaire (PMS) et de lui avoir fait signer les papiers sans l'informer du fait que le nouveau « PMS-3 » n'était pas validé par les autorités sanitaires. En juin 2011, une quinzaine d'enfants avaient développé, après avoir mangé des steaks hachés achetés chez Lidl, des syndromes hémolytiques et urémiques (SHU) qui ont laissé d'importantes séquelles. L'un d'eux est paralysé à vie et handicapé mental. Le nouveau PMS contrôlait uniquement les produits finis, de façon aléatoire, et non les matières premières. Lors du procès en première instance, en juin 2017, Guy Lamorlette avait déclaré se sentir « responsable mais pas coupable ». Lundi, en appel, il a cette fois réfuté toute responsabilité.

Pour La Provence (avec AFP), « Bactérie E.coli : deux ans ferme requis en appel contre le producteur de steaks contaminés »/

Trois ans de prison dont deux ans ferme ont été requis en appel mardi à Douai à l'encontre du fournisseur de Lidl mis en cause dans le scandale des steaks hachés contaminés par la bactérie E. coli en 2011. L'arrêt sera rendu le 26 février. 

Guy Lamorlette, 78 ans, à la tête de la société SEB-Cerf basée à Saint-Dizier (Haute-Marne) depuis sa création, avait accusé lundi son ex-responsable qualité, Laurent Appéré - qui s'est suicidé quelques jours avant le jugement en première instance, en juin 2017 - d'être responsable des failles sanitaires ayant causé contamination de seize enfants par la bactérie E. coli O157:H7.

Selon France 3 Régions,

En juin 2011, une quinzaine d'enfants ont été contaminés par la bactérie E.coli après avoir mangé des steak hachés achetés chez Lidl et fournis par cette société de Saint-Dizier. Ces enfants avaient développé des syndromes hémolytiques et urémiques qui ont laissé d'importantes séquelles. L'un d'entre eux, Nolan, 9 ans, est paralysé à vie et handicapé mental.

« La sécurité sanitaire des denrées alimentaires incombe d'abord au chef d'entreprise qui les produit », a cependant insisté l'avocat général Bernard Beffy, précisant que c'était Guy Lamorlette qui était jugé à cette audience. « M. Appéré ayant l'avantage d'être mort, on peut lui coller beaucoup de choses sur le dos sans qu'il puisse se défendre », a-t-il ajouté. 

L'avocat de Guy Lamorlette, Arnaud Vauthier, a expliqué que son client, à la tête d'une « entreprise familiale où la confiance joue pour beaucoup », avait placé en M. Appéré une « confiance aveugle » qu'il n'avait pas souhaité lui retirer lors du premier procès. 

Plaidant la relaxe, il a insisté sur la bonne foi du prévenu : « Si M. Lamorlette était sûr qu'il y avait un risque potentiel dans ces boîtes de steaks, il ne les aurait pas mises en vente ».

Le fait que les parents n'aient pas respecté la cuisson à 65°C recommandée sur les boîtes de steaks pour éliminer tous les germes, a également été avancé pour dédouaner Guy Lamorlette de sa responsabilité. 

Dans la matinée, les dix avocats des parties civiles ont également demandé la reconduction de la peine prononcée en première instance en juin 2017, soit, en plus de la peine de deux ans ferme d'emprisonnement, 50.000 euros d'amende, plusieurs milliers d'euros de dommages et intérêts pour de nombreuses familles de victimes et à une interdiction d'exercer dans le secteur industriel et commercial.

Rappelons que cette société avait communiqué via l’affichette apposée dans les magasins (une copie de cette affichette datant du 20 mai 2011 m'avait été adressée) :

«Selon le principe de précaution, soucieuse d’assurer toutes ses responsabilités et ne s’autorisant aucune concession ce qui concerne la sécurité des consommateurs, la société CERF rappelle des produits ayant subi plusieurs contrôles négatifs après cuisson, mais issus d’une matière première potentiellement dangereuse avant cuisson. »

Royaume-Uni : Augmentation du nombre de cas à Campylobacter et à Salmonella

« Le Royaume-Uni voit une augmentation du nombre de cas à Campylobacter et à Salmonella », source article de Joe Whitworth paru le 19 janvier 2019 dans Food Safety News.

Les cas à E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) non-O157, à Campylobacter, à Salmonella ont augmenté au Royaume-Uni en 2017, selon un rapport.

Le rapport U.K. Zoonoses Report a révélé que les cas à Listeria et de STEC O157 avaient diminué. Les zoonoses sont des maladies qui peuvent être transmises de l'animal à l'homme. Campylobacter est resté l'agent pathogène gastro-intestinal humain le plus souvent signalé et les cas ont augmenté en 2017 après une baisse au cours des deux années précédentes.

Taux rapporté des infections à Campylobacter par région et pour 100 000 habitants de 2008 à 2017. Cliquez pour agrandir.

Au total, 63 946 cas ont été notifiés, contre 58 938 en 2016 et 63 201 en 2015. Le taux de déclaration est passé de 89,8 pour 100 000 habitants en 2016 à 96,8 pour 100 000 en 2017. Cette hausse a été constatée dans chacun des pays du Royaume-Uni. L’Irlande du Nord continue de signaler des taux inférieurs à ceux des autres pays (76 cas pour 100 000 habitants), mais les raisons en sont inconnues.

Il y a eu neuf épidémies de campylobactériose d'origine alimentaire au Royaume-Uni, contre huit en 2016. Sept d'entre elles étaient associées à la consommation de produits à base de volaille, dont six étaient du pâté de foie de canard ou de foies de volailles. Deux foyers liés à du lait cru (non pasteurisé) et un foyer à Campylobacter jejuni ont touché 69 cas en Angleterre liés à un produit à base de lait cru.

STEC non O157, STEC O157et lait cru

Selon le rapport, la charge de morbidité due aux STEC non-O157 est sous-estimée, mais les laboratoires introduisant la PCR pour trouver directement les gènes des shigatoxines ont amélioré la détection des sérogroupes autres que O157.

En 2017, il y avait 589 cas confirmés en laboratoire de STEC non-O157, 384 en Angleterre, un au Pays de Galles, 59 en Écosse et 145 en Irlande du Nord , ce qui représente une augmentation constante par rapport aux 59 cas de 2012. Le sérogroupe O26 est le plus fréquent. au Royaume-Uni après O157, suivis de O91, O146 et O103.

Entre-temps, il y a eu 775 cas humains confirmés de STEC O157, 563 en Angleterre et au Pays de Galles, 167 en Écosse et 45 en Irlande du Nord, versus 959 l'année précédente.

L'incidence des STEC O157 a diminué dans tous les pays par rapport à 2016. Le taux de déclaration pour le Royaume-Uni est globalement le plus bas des 10 dernières années et suit une baisse d'un année sur l'autre en Angleterre depuis 2015. L'Ecosse a enregistré le taux d'infection le plus élevé depuis 2008, sauf en 2012, lorsqu'un grand foyer s'est déclaré en Irlande du Nord.

Au total, 10 éclosions ont été rapportées en 2017. La plupart étaient de petite taille, de 3 à 17 personnes touchées. Sept concernaient STEC O157 et trois STEC non-O157, O26, O145 et O55. Aucune source d'infection commune n'a été déterminée pour aucune des éclosions liées aux STEC non-O157.

Les épidémies à STEC O157 comprenaient deux épidémies, l'une liée à du lait cru de consommation et l'autre aux hamburgers, une épidémie associée à une piscine, une épidémie dans une école maternelle où la source de l'infection était inconnue, une épidémie liée à des aliments crus pour animaux de compagnie et deux autres épidémies sans aucune source d'infection connue.

L'éclosion d'infection à O26 en août 2017 comprenait deux cas en Écosse et un en Angleterre. Un groupe national de STEC du sérogroupe O145 en septembre 2017 a concerné quatre infections en Angleterre et un en Écosse. Une épidémie à STEC O55 dans le sud de l'Angleterre a été une réapparition d'incidents précédemment identifiés et ayant fait l'objet d'une enquête de 2014 à 2016.

Taux annuel de rapports confirmés par laboratoire d'infections humaines à STEC O157 au Royaume-Uni, 2008 à 2017. Cliquez pour agrandir.

L'année a été marquée par la première éclosion à STEC associée au lait cru de consommation en Angleterre et au Pays de Galles depuis 2014, avec une incidence de neuf cas. L'épidémie à STEC O157 avec des phages 21/28 stx2 s'est produite à l'automne 2017 dans le sud de l'Angleterre. Les enquêtes ont identifié sept cas confirmés et trois personnes ont développé un syndrome hémolytique et urémique (SHU). Trois autres cas ont été notifiés à la suite du rappel, dont deux avaient bu du lait cru de la ferme après le rappel.

Au pays de Galles, un enfant infecté par un STEC qui avait bu du lait cru est décédé. Entre-temps, trois épidémies à Campylobacter ont touché 27 personnes et une infection à Salmonella Dublin. Il y a eu une augmentation chez les producteurs de lait cru à boire enregistrés au Royaume-Uni, avec 168 en janvier 2018, contre 108 en avril 2014.

Les cas de salmonelles passent à 10 000

Un peu plus de 10 000 cas de salmonellose confirmés en laboratoire ont été rapportés en 2017. C'est la première fois depuis 2009 que plus de 10 000 cas sont signalés et il y a une recrudescence continue des infections chaque année depuis 2014.

Salmonella Enteritidis est resté le sérovar le plus souvent signalé, représentant 27% des cas.

Salmonella Typhimurium, y compris les variants monophasiques, était le deuxième sérovar en importance, avec 21% des cas et avait augmenté de 10% par rapport à 2016. Cette hausse était due à une augmentation du nombre de cas en Angleterre; des diminutions ont été observées dans d'autres pays du Royaume-Uni. Les autres sérotypes communs étaient Newport, Infantis, Agona, Stanley, Java et Kentucky.

Treize éclosions d'origine alimentaire ont été rapportées, contre 12 en 2016. Deux étaient dues à Salmonella Enteritidis, cinq à Salmonella Typhimurium et d'autres à Salmonella Adjame, Salmonella Agona, Salmonella Chester, Salmonella Infantis, Salmonella Infantis et Salmonella Stanley. Des œufs ont été impliqués dans deux épidémies à Salmonella Enteritidis. Les produits à base de viande de porc ont été impliqués dans deux autres, tous deux des variants monophasiques du sérovar Typhimurium.

Le plus bas taux de Listeria en 10 ans

Il y a eu 153 cas de listériose, ce qui représente une diminution par rapport aux 202 infections recensées en 2016 et il s'agit du nombre le plus bas enregistré au cours des 10 dernières années. En 2017, 44% des cas étaient des femmes et 17% étaient associés à une grossesse.

L'utilisation du séquençage du génome entier (WGS pour whole genome sequencing) pour le typage microbiologique des isolats de Listeria a conduit à une détection accrue des cas liés, souvent sur une longue période, en raison de la persistance sur le long terme de Listeria dans les locaux d'entreprises alimentaires. Quatre cas de listériose ont fait l'objet d'une investigation et trois d'entre eux étaient des isolats couvant la période,de 2013 à 2017.

Un foyer a été associé à un producteur de poulet cuit, un autre à un producteur de sandwichs et la source d'infection était inconnue pour deux d'entre eux. Deux incidents ont été étudiés dans lesquels un seul cas était lié microbiologiquement à un ou plusieurs échantillons d'aliments positifs au moyen d'une analyse WGS ; l'un impliquant des sandwichs hospitaliers et l'autre un produit à base de fromage au lait cru. Un décès lié à la listériose a été signalé en 2017, alors que la même souche avait été détectée dans un fromage et chez la patiente.

Chiffres sur l'hépatite E et Cryptosporidium

Les rapports sur les infections au virus de l'hépatite E (VHE), en augmentation constante depuis plus de 10 ans, ont finalement diminué en 2017.

Au Royaume-Uni, 912 cas ont été signalés en Angleterre et au Pays de Galles, contre 1 243 en 2016, 170 en Écosse, contre 205 en 2016 et 10 contre 18 en 2016 en Irlande du Nord.

Les facteurs à l'origine de cette situation ne sont pas clairs mais peuvent refléter l'évolution du niveau d'exposition au virus par le biais de la chaîne alimentaire, éventuellement influencée par les modifications de l'élevage, des pratiques agricoles, de la transformation des aliments et de l'importation de viande.

Dans les pays développés, le génotype 3 du VHE est le génotype autochtone et se transmet principalement par l'ingestion de produits non cuits provenant d'animaux infectés. La plupart des cas sont sporadiques, mais des épidémies ont suivi la consommation de viande de porc insuffisamment cuite, de la viande de cerf ou des crustacés non cuits.

Le nombre de cas de cryptosporidiose s'est établi à 5 052, soit une diminution de 25% par rapport à 2016. Toutefois, leur nombre a été élevé en 2015 et 2016 en raison de l'augmentation du nombre de cas à Cryptosporidium hominis chez les personnes ayant voyagé en Espagne et d'une épidémie à Cryptosporidium parvum liée à des aliments dans des cafés.

En France, un tel rapport n'existe pas. Il faut aller sur le site de l'InVS à la page, Risque infectieux d'origine alimentaire, mais aussi aller à ma page Zoonoses, ainsi que sur la page des Hépatites, pour tenter d'avoir des données .

Les maladies infectieuses d'origine alimentaires à Campylobacter et à Salmonella ne sont pas des maladies à déclaration obligatoire.

Cela étant, selon l'InVS,

Une étude sur la morbidité et la mortalité liées aux infections d’origine alimentaire en France entre 2008-2013 a permis d’estimer le nombre annuel moyen de cas symptomatiques de Campylobacter à 493 000 (ICr90% : 273 000-1 080 000) dont 392 000 (ICr90% : 215 000-863 000) liés à une transmission alimentaire soit 26 % du nombre total des infections d’origine alimentaire en France (Van Cauteren et al., 2018).

Les salmonelloses, selon cette page du ministère de l'agriculture, représente environ 300 cas par million d’habitants par an en France