Revue systématique de l'attribution de l’origine de la campylobactériose humaine à l'aide du typage par MLST

Un article récent vient de paraître dans Eurosurveillance, A systematic review of source attribution of human campylobacteriosis using multilocus sequence typing ou Revue systématique de l'attribution de l’origine de la campylobactériose humaine à l'aide du typage par multilocus sequence typing (MLST).

Je serais tenté de dire étude systématique mais aussi critique de l'attribution de l’origine de la campylobactériose humaine.

Voici, pour vous, quelques extraits de l’introduction et de la discussion.

Introduction

La gastro-entérite à Campylobacter est l'une des principales causes de gastro-entérite bactérienne aiguë dans les pays à revenu élevé, faible et moyen.

Le nombre de cas confirmés a continué d'augmenter dans tous les pays de l'Union européenne (de 214 000 en 2013 à 246 000 en 2016 et 2017) et on estime que plus de 800 000 cas se produiraient chaque année aux États-Unis (données de 2000 à 2008). Dans les pays à faible revenu, Campylobacter est de plus en plus impliqué dans le ralentissement de la croissance chez les enfants de moins de 2 ans.

Les produits de poulet ont été identifiés comme un facteur de risque important d'infection humaine par diverses techniques, notamment des expériences naturelles, des études cas-témoins et, de plus en plus, par l'application de méthodes génotypiques. Les autres sources d'infection identifiées par les études épidémiologiques d'observation incluent les bovins, les ovins, les porcins, les oiseaux sauvages et l'environnement.

Parallèlement aux études épidémiologiques, on a eu de plus en plus recours à des analyses génétiques de population pour attribuer des cas humains à des sources probables. Dans ces analyses, la diversité génétique des isolats humains est comparée à celle des collections d’isolats de Campylobacter provenant de sources d’infection possibles, ce qui permet une attribution quantitative à ces sources.

Discussion

Cette revue considère que les volailles et les ruminants sont les principales sources de campylobactériose humaine dans les milieux étudiés, plus de la moitié des cas de campylobactériose humaine étant attribués à la volaille.

Les études variaient selon les populations étudiées, les algorithmes utilisés et les méthodes de choix des jeux de données de référence pour les sources potentielles, mais ont systématiquement identifié l’importance de la volaille en tant que source. Toutes les études portaient sur des pays à revenu élevé, avec un écart de preuves substantiel pour les pays à revenu faible et intermédiaire.

(...)

Cette revue systématique rassemble des preuves irréfutables selon lesquelles la volaille est la principale source de campylobactériose humaine et donne des résultats cohérents dans plusieurs pays et périodes, et utilise différents algorithmes et approches analytiques pour rassembler des données isolées à partir de sources potentielles. Les études ont principalement été réalisées en Europe et en Nouvelle-Zélande et mettent en évidence le manque de preuves pour les pays à revenu faible et intermédiaire dans lesquels Campylobacter pourrait avoir un fardeau de santé particulièrement important.

Cette revue montre également des limites marquées en termes de qualité et de comparabilité, la plupart des études n'évaluant pas leur propre précision. De plus, aucune des études ayant mesuré la précision et les biais n’a utilisé cela pour ajuster les estimations de la proportion d’infections humaines provenant de chaque source potentielle ou d’une analyse de sensibilité. L'absence d'évolution vers des méthodes optimales convenues dans le contexte de presque toutes les études utilisant les mêmes données MLST est frappante.

À mesure que les données WGS deviennent de plus en plus disponibles, permettant l'utilisation de données génétiques différentes d'une étude à l'autre, il peut être encore plus difficile d'adopter une approche cohérente ou optimale, bien que cela soit important pour assurer la comparabilité. La réalisation de tests de précision et de biais tels que l'auto-attribution et les analyses de sensibilité pour prendre en compte l'imputation imparfaite de la source sera encore plus importante. Nous recommandons que les validations, utilisant des approches telles que l'attribution d'isolats de sources connues, et l'ajustement pour les biais identifiés, soient incluses dans les futures études et rapports d'attribution de sources génétiques de population.

NB : Cet article est dédié à la DGAL, qui considère que la présence de Campylobacter y compris supérieur à 1000 UFC/g dans des carcasses de poulets de chair au stade de l’abattoir, il n’y a « aucunemesure de gestion mise en œuvre suite aux résultats ».