Identifier via un test PCR les 30 groupes de souches les plus courants de Listeria monocytogenes

Un test PCR permettant d’identifier rapidement et pour un faible coût les souches de Listeria monocytogenes à l’origine d’infections d’origine alimentaire a été développé par l’Anses, en collaboration avec des laboratoires en charge de la sécurité sanitaire des aliments de plusieurs pays européens. Ce test a déjà été utilisé dans plusieurs pays pour investiguer l’origine de cas humains de listériose.

L’Anses est le laboratoire de référence européen pour Listeria monocytogenes. Après plusieurs années de recherche, elle a développé un test PCR permettant d’identifier le groupe génétique auquel appartient une souche de Listeria monocytogenes en moins d’un jour et pour moins de 10 euros. Ceci constitue une avancée par rapport à la méthode utilisée habituellement, le MultiLocus Sequencing Typing (MLST), qui nécessite trois à cinq jours d’analyse et 150 euros par souche analysée.

Identifier les 30 groupes de souches les plus courants

« Le test que nous avons développé permet d’identifier les 30 groupes génétiques de Listeria monocytogenes, appelés complexes clonaux, les plus couramment trouvés dans l’alimentation en Europe.» explique Benjamin Félix, chargé de projet au sein du laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses. «Notre méthode est très utile pour les pays qui n’ont pas les moyens financiers de faire des séquençages de génomes complets en routine ou lorsqu’il faut analyser un grand nombre d’échantillons car elle permet de faire un premier tri rapide.»

Le test repose sur la détection de séquences d’ADN caractéristiques de chaque groupe de souches. La nouvelle méthode a fait l’objet d’une publication dans la revue Microbiology Spectrum en mai dernier. 

Dans la conclusion de l’article, les auteurs notent,

Nos tests rapides, précis et précieux constituent une étape supplémentaire vers une meilleure compréhension et gestion des risques sanitaires associés à L. monocytogenes pour la surveillance et a maîtrise de la contamination dans l'industrie agroalimentaire. Les méthodes ne couvrent pas l'ensemble de la diversité MLST décrite au sein des espèces de L. monocytogenes, mais permettent le typage des 30 complexes clonaux (CC) les plus abondants retrouvés dans le monde dans les produits alimentaires. La large utilisation de ces méthodes devrait contribuer à (i) définir la répartition mondiale des CC le long de la chaîne alimentaire, (ii) fournir une vision précise des structures des populations de L. monocytogenes dans les aliments, et (iii) anticiper l'émergence de nouveaux types génétiques. Ces tests représentent des outils clés pour aider les laboratoires de surveillance sur le terrain à (i) différencier les souches alimentaires représentant les risques sanitaires les plus importants, (ii) comprendre l'entrée et le transfert de L. monocytogenes dans la chaîne alimentaire, (iii) évaluer les risques représentés par les souches détectées, (iv) tracer l'origine de la contamination lors des investigations épidémiologiques, et (v) adapter les plans de gestion microbiologique et hygiénique dans les usines de transformation, puis sélectionner les mesures de maîtrise les plus appropriées en conséquence.